Cette page constitue le fondement des références de la page Autisme et troubles digestifs . Elle passe en revue les six publications : ce qui a été mesuré, ce qui a été trouvé, et où aucun effet n'a été démontré. Pour les parents comme pour les médecins traitants.
Ce qui suit résume les études menées dans l'autisme sur la thérapie de transfert de microbiote — dans le langage courant, la transplantation de microbiote fécal (FMT) . Six publications portent sur cette procédure fondée sur la modification du microbiote intestinal ; nous les passons toutes en revue, avec leurs limites.
C'est sur les symptômes digestifs que les données sont les mieux étayées. Dans l'essai ouvert d'une équipe de l'Arizona, la sévérité des symptômes gastro-intestinaux a évolué ainsi par rapport à la valeur initiale :
Évolution par rapport au score GSRS[G]initial, le même groupe de 18 personnes
Essai ouvert, 18 participants (7–16 ans), avec un suivi à deux ans, sans contrôle placebo. Il s'agit des mêmes 18 enfants mesurés à deux moments 122, 123, et non de l'agrégation de plusieurs études indépendantes. La revue systématique de 2025 a trouvé une réduction des symptômes de 35–82 % dans les études non contrôlées.126
Sur les symptômes comportementaux : le critère principal des deux études avec groupe contrôle a été négatif. Dans le seul essai en double aveugle contre placebo mené à ce jour (103 enfants : 52 traités, 51 placebo), sur le critère principal — l'échelle de réciprocité sociale — il n'y avait pas de différence significative entre les deux groupes. Une différence est apparue en faveur des traités sur une échelle secondaire (domaine socialisation du Vineland-3).124 Dans une étude observationnelle avec groupe contrôle, le score d'autisme fondé sur une observation clinique structurée ne montrait pas non plus de différence significative entre les groupes, alors que les échelles d'évaluation parentales et médicales ainsi que les indicateurs digestifs en montraient une.125
Les chiffres les plus spectaculaires — dans l'étude portant sur 18 personnes, un score de sévérité de l'autisme inférieur de 47 % à deux ans, et le fait que 44 % des participants soient passés sous le seuil diagnostique 123 — proviennent d'un essai ouvert sans groupe contrôle. Les auteurs signalent eux-mêmes que 12 des 18 participants ont modifié leur traitement, leurs compléments alimentaires ou leur alimentation au cours des deux ans, si bien que l'amélioration ne peut pas être attribuée sans ambiguïté au traitement.
La revue systématique de 2025 décrit elle aussi ce schéma : toutes les études avant-après rapportaient une amélioration, alors que sur les critères principaux, les études contrôlées n'ont pas démontré d'effet.126
Les données relatives à la sécurité d'emploi de la FMT sont extrêmement rassurantes. La revue systématique de 2025 agrège 9 études, soit les données de 394 participants enfants et adolescents au total (2–17 ans) ; sur ces neuf, six ont examiné la sécurité, et aucune d'elles n'a qualifié de grave un événement indésirable (trois études n'ont pas abordé la question). Les troubles rapportés étaient légers et passagers — diarrhée transitoire, inconfort abdominal, fébricule, éruption cutanée, et dans certaines études irritabilité, agitation et troubles du sommeil.126 Dans l'essai en double aveugle, les événements indésirables ont été plus fréquents dans le bras FMT (23 % vs 14 %) ; l'événement le plus fréquent était la fièvre, survenue dans des proportions comparables dans les deux bras, la différence tenant surtout aux événements neurologiques et psychiatriques (8 vs 2). Aucun événement grave n'est survenu dans l'un ou l'autre bras.124
Les faits et données figurant sur cette page proviennent de six publications — deux essais ouverts et le suivi à deux ans de l'un d'eux, un essai en double aveugle contre placebo, une étude observationnelle avec groupe contrôle et deux revues systématiques. Il s'agit au total des données de quelques centaines d'enfants — la plus grande revue agrège 394 participants.
Ce que cette littérature étaye : l'amélioration des symptômes digestifs apparaît de façon constante dans les études, et les données de sécurité relatives au traitement sont rassurantes — aucun événement indésirable grave n'a été décrit à ce jour chez l'enfant. Ce qu'elle n'étaye pas : une conclusion sur les symptômes comportementaux. Sur le critère principal des deux études avec groupe contrôle menées à ce jour, aucune différence significative n'a été démontrée ; l'amélioration apparaît plus constamment sur les échelles d'évaluation parentales et cliniciennes que sur l'observation clinique structurée ou sur les instruments principaux standardisés. Les études non contrôlées donnent une image plus favorable, mais elles présentent un risque de biais élevé.
Les données énumérées se rapportent à la méthode MTT (FMT) , et non à une préparation particulière. Les études citées ont toutes été menées chez des enfants vivant avec un trouble du spectre de l'autisme ; il n'existe pratiquement aucune donnée clinique portant sur le TDAH.
[122] Kang DW, Adams JB, Gregory AC, Borody T, Chittick L, Fasano A, Khoruts A, Geis E, Maldonado J, McDonough-Means S, Pollard EL, Roux S, Sadowsky MJ, Lipson KS, Sullivan MB, Caporaso JG, Krajmalnik-Brown R. Microbiota Transfer Therapy alters gut ecosystem and improves gastrointestinal and autism symptoms: an open-label study. Microbiome 2017;5(1):10. doi:10.1186/s40168-016-0225-7
Essai ouvert, non contrôlé contre placebo , chez 18 enfants de 7 à 16 ans vivant avec un trouble du spectre de l'autisme. Le protocole comportait deux semaines de prétraitement antibiotique, un lavage intestinal, un inhibiteur de l'acidité gastrique, puis une FMT prolongée : dose initiale élevée, suivie de doses d'entretien quotidiennes pendant 7–8 semaines. Les symptômes gastro-intestinaux (GSRS) ont diminué d'environ 80 % en fin de traitement, et l'amélioration persistait encore 8 semaines plus tard ; les symptômes comportementaux se sont également améliorés de façon significative, et la diversité bactérienne a augmenté. Limites : pas de groupe placebo ni d'insu, un effectif de 18, les échelles reposent en grande partie sur le rapport des parents, et comme le protocole comportait aussi un antibiotique et un lavage intestinal, l'effet ne peut être attribué à la seule FMT.Source : references-v2.bib · ref-122
[123] Kang DW, Adams JB, Coleman DM, Pollard EL, Maldonado J, McDonough-Means S, Caporaso JG, Krajmalnik-Brown R. Long-term benefit of Microbiota Transfer Therapy on autism symptoms and gut microbiota. Sci Rep 2019;9(1):5821. doi:10.1038/s41598-019-42183-0
L'étude [122] a fait l'objet d'un suivi à deux ans, chez les mêmes 18 participants. La majeure partie de l'amélioration gastro-intestinale s'est maintenue, et les symptômes liés à l'autisme se sont encore améliorés depuis la fin du traitement. Les modifications du microbiote — diversité bactérienne plus élevée, proportions plus importantes de Bifidobacterium et de Prevotella — persistaient également lors du suivi. Limites : il ne s'agit pas d'une nouvelle étude, mais du suivi des mêmes 18 personnes ; pas de groupe contrôle ni d'insu, et le développement naturel des enfants sur deux ans ainsi que l'effet des thérapies concomitantes ne peuvent pas être distingués — les auteurs eux-mêmes appellent à un essai en double aveugle contre placebo.Source : references-v2.bib · ref-123
[124] Wan L, Wang H, Liang Y, Zhang X, Yao X, Zhu G, Cai J, Liu G, Liu X, Niu Q, Li S, Zhang B, Gao J, Wang J, et al. Effect of oral faecal microbiota transplantation intervention for children with autism spectrum disorder: A randomised, double-blind, placebo-controlled trial. Clin Transl Med 2024;14(9):e70006. doi:10.1002/ctm2.70006
Essai randomisé, en double aveugle, contrôlé contre placebo de FMT administrée par voie orale, chez 103 enfants vivant avec un trouble du spectre de l'autisme (52 traités, 51 placebo). C'est, dans ce domaine, le seul essai de ce type mené à ce jour — toutes les autres publications sont des essais ouverts ou non randomisés. Sur le critère principal — l'échelle de réciprocité sociale — il n'y avait pas de différence significative entre les groupes (p=0,362), ni sur l'ABC (p=0,569) ; l'étude n'a mesuré aucun critère digestif. Une différence en faveur des traités est apparue sur une échelle secondaire, le domaine socialisation du Vineland-3 (p=0,037). Les événements indésirables ont été plus fréquents dans le bras FMT (23 % vs 14 %) ; la fièvre est survenue dans des proportions comparables dans les deux bras, la différence tenant surtout aux événements neurologiques et psychiatriques (8 vs 2). Aucun événement grave n'est survenu dans l'un ou l'autre bras.Source : references-v2.bib · ref-124
[125] Varnas D, Kunevičius A, Burokas A, Urbonas V. Fecal Microbiota Transplantation for Autism Spectrum Disorder in Children: Results from a Prospective Open-Label Controlled Observational Study. Medicina (Kaunas) 2026;62(1):65. doi:10.3390/medicina62010065
Étude prospective, monocentrique, ouverte et contrôlée — mais non randomisée , de FMT par coloscopie, chez 30 enfants (15 en intervention, 15 témoins). Le résultat clé : à 8 semaines, sur le critère principal préspécifié — la variation du score ADOS — il n'y avait pas de différence significative entre les groupes. Sur les indicateurs secondaires, oui : CARS (p<0,001), impression globale parentale (p<0,001), problèmes internalisés du CBCL (p=0,001) et GSRS (p=0,037) ; les améliorations du CARS et du PGI-R persistaient à 6 mois. Aucun événement indésirable grave n'est survenu ; trois événements légers et spontanément résolutifs ont été enregistrés ; les auteurs considèrent les résultats comme exploratoires.Source : references-v2.bib · ref-125
[126] Liber A, Więch M. The Impact of Fecal Microbiota Transplantation on Gastrointestinal and Behavioral Symptoms in Children and Adolescents with Autism Spectrum Disorder: A Systematic Review. Nutrients 2025;17(13):2250. doi:10.3390/nu17132250
Revue systématique menée selon PRISMA 2020 et enregistrée dans PROSPERO, sur l'effet de la FMT sur les symptômes digestifs et comportementaux chez les enfants et adolescents vivant avec l'autisme. Neuf études ont été incluses : 2 essais contrôlés randomisés et 7 études avant-après. Toutes les études avant-après rapportaient une amélioration, alors que les résultats des ECR étaient incohérents — les premières présentaient un risque de biais élevé, les secondes un risque faible. Les auteurs concluent qu'en raison des limites méthodologiques, aucune conclusion claire ne peut être tirée sur l'efficacité de la FMT — cette notice est donc une source de prudence, et non une référence étayant l'efficacité.Source : references-v2.bib · ref-126
[127] Taha H, Issa A, Muhanna Z, Al-Shehab M, Wadi T, Awamleh S, Ateiwi YA, Abusido M, Berggren V. Microbiota-based interventions for autism spectrum disorder: a systematic review of efficacy and clinical potential. Front Microbiol 2025;16:1648118. doi:10.3389/fmicb.2025.1648118
Revue systématique menée selon PRISMA et enregistrée dans PROSPERO (CRD42024615043), couvrant l'ensemble des interventions fondées sur le microbiote — probiotiques, prébiotiques, synbiotiques et FMT. 33 études ont été incluses (16 ECR), dont 9 évaluaient la FMT. La FMT a montré l'amélioration la plus constante et la plus durable , tant sur les critères comportementaux que digestifs ; les événements indésirables étaient minimes, principalement des symptômes digestifs transitoires. Les auteurs appellent à des protocoles standardisés et à des essais contrôlés plus vastes. À lire avec la revue [126] : les deux travaux pondèrent différemment la même littérature.Source : references-v2.bib · ref-127
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