Cette page constitue le fondement des références de la page Infection récidivante à C. difficile. Elle passe en revue les quinze publications : ce qui a été mesuré, ce qui a été trouvé, et où se situent les limites. Pour les patients comme pour les médecins traitants.
L'infection récidivante à Clostridioides difficile est, pour la thérapie de transfert de microbiote, le domaine d'application le mieux établi. Il ne s'agit pas ici de données simplement encourageantes : des essais randomisés, des recommandations professionnelles internationales et plusieurs années de suivi de sécurité en attestent.
Ce que cette littérature étaye. Le premier essai randomisé a été arrêté plus tôt que prévu en 2013, parce que la différence entre les selles de donneur et l'antibiotique administré seul était si importante que la poursuite de la randomisation n'a pas été jugée acceptable.29 Dans un essai randomisé de 116 patients, la forme en capsules administrée par voie orale s'est révélée équivalente à la coloscopie: 12 semaines après un traitement unique, l'infection n'était pas revenue chez 96,2 % des patients, dans la même proportion dans les deux bras.8 La recommandation européenne comme la recommandation américaine préconisent la procédure pour les deuxièmes récidives et les suivantes.17, 28
Ce qu'elle n'étaye pas. À la première infection, la FMT n'est pas encore une recommandation des référentiels. Un essai norvégien de 2025, mené dans dix-huit centres, a comparé la FMT à la vancomycine dans l'infection primaire, et le critère de non-infériorité a été atteint — il s'agit toutefois d'un essai unique, en ouvert, qui ne remplace pas les recommandations actuelles.57 Elle n'établit pas non plus que l'effet est le même dans tous les groupes de patients : les 75 % de guérison mesurés chez des patients âgés et multirécidivants sont inférieurs à ceux observés dans des populations plus jeunes.52
Sécurité. La plus vaste revue agrégée a traité les données de 4241 patients issus de 129 études.15 Un suivi prospectif de 609 patients sur une médiane de 3,7 ans et le suivi à dix ans de l'essai randomisé initial n'ont trouvé aucun événement tardif attribuable à la FMT.87, 30 Cela ne revient pas à dire qu'il n'y a aucun risque : les troubles légers et transitoires sont fréquents, et chez les patients immunodéprimés le risque exige une évaluation individuelle.
Une distinction importante. Les données énumérées ici se rapportent à la méthode MTT (FMT) et non à un produit particulier. Les essais diffèrent par la voie d'administration, la préparation et la dose ; la forme lyophilisée en capsules fait l'objet des publications les plus récentes.52
La dose n'est donnée ni par le poids corporel ni par l'âge du patient, mais par la sévérité de l'état — condensée en un score unique sur une échelle de 0–100. Ci-dessous, nous passons en revue, tranche par tranche, ce qui se cache derrière ce score : ce qu'il mesure, de quelles échelles validées il se compose, et quelle est la dose initiale dans chaque tranche.
Aucun cas n'est identique à un autre — c'est pourquoi aucun protocole ne l'est non plus. Le succès du traitement dépend de la concentration bactérienne et de la durée du traitement, et nous déterminons la dose appropriée sur la base du SIS (Symptom Importance Scale). Ce système de score clinique structuré prend en compte 23 variables pondérées — les symptômes que vous rapportez, les résultats de laboratoire, les données de vos traitements antérieurs et les facteurs de risque connus — et combine quatre modèles médicaux validés : le score de Zar254, le score ATLAS255, le score de sévérité Hines VA256 et le score CARDS27. Vous bénéficiez ainsi d'un traitement fondé sur les preuves et adapté à votre propre état.
Le Symptom Importance Scale traduit vos symptômes, vos résultats de laboratoire et vos facteurs de risque en un chiffre unique, sur une échelle de 0–100. Ce chiffre détermine l'intensité du traitement par lequel nous commençons, la durée de la phase initiale et le moment où la dose peut être réduite. Vous n'avez pas à le remplir vous-même : nous le calculons à partir du questionnaire et de vos résultats, et nous vous indiquons dans quelle tranche vous vous situez.
L'échelle de sévérité SIS (PDF) →Plus l'état est sévère (plus le score SIS est élevé), plus la concentration bactérienne initiale est élevée et plus la cure est longue. À mesure que votre état s'améliore, la dose est réduite selon la règle de l'échelle : au minimum 10 jours à la dose initiale (ou majorée), puis −1 capsule tous les 3–4 jours tant que le seuil symptomatique se maintient. Au niveau 1 (SIS 0–24), aucune capsule n'est plus nécessaire.
L'intensité du traitement évolue de façon hyperbolique avec la gravité. Au cours du rétablissement, le patient glisse le long de la courbe, de gauche à droite.
À domicile, uniquement DiffBiome 30(V)+ (V = 5×). En établissement, HospBiome 5(XX) (20×) et 5(L) (50×). 1 unité de densité = 1 gélule de densité (I) = 1/1200 de la matière sèche d'un don de 150 g.
La dose initiale est une valeur de départ obligatoire. Le maximum de la tranche est uniquement une valeur d'escalade, si le patient ne répond pas au-delà de 48 heures – il ne s'agit pas d'une fourchette librement choisie.
En l'état actuel des connaissances scientifiques, la MTT est la méthode la plus efficace, et celle qui rétablit le mieux le fonctionnement naturel, dans le traitement de l'infection récidivante à Clostridioides difficile. Lorsque les règles de l'art et la réglementation sont respectées, la procédure est sûre : elle réduit la probabilité de réinfection et, effet secondaire bénéfique, améliore la diversité du microbiote intestinal. Les capsules doivent dans tous les cas être utilisées sous la conduite de votre médecin traitant ; nous restons à vos côtés et à ceux de votre médecin tout au long du parcours.
Les faits et données figurant sur cette page proviennent de quinze publications : trois essais contrôlés randomisés, une étude ouverte et une étude de cohorte rétrospective, deux recommandations professionnelles internationales, un document de consensus européen, une revue systématique de sécurité et deux suivis à long terme.
[8] Kao, D., Roach, B., Silva, M., et al. Effect of Oral Capsule– vs Colonoscopy-Delivered Fecal Microbiota Transplantation on Recurrent Clostridium difficile Infection: A Randomized Clinical Trial JAMA 2017. doi:10.1001/jama.2017.17077
Essai randomisé de non-infériorité mené chez 116 adultes atteints de CDI récidivante dans trois centres universitaires canadiens, comparant la FMT orale en capsules à la FMT administrée par coloscopie (inclusion 2014–2016 ; seuil de non-infériorité 15 %). L'essai a testé si la voie capsulaire, moins invasive, atteint le résultat de la coloscopie dans la prévention de la rechute de CDI. Les résultats étayent l'équivalence clinique des deux voies, ce qui permet un accès plus large et moins contraignant à la FMT en cas de CDI récidivante.Source : references-v2.bib · ref-008
[15] Marcella, C., Cui, B., Kelly, C. R., Ianiro, G., Cammarota, G., Zhang, F. Systematic review: the global incidence of faecal microbiota transplantation-related adverse events from 2000 to 2020. Aliment Pharmacol Ther 2021. doi:10.1111/apt.16148
Revue systématique de la sécurité de la FMT, résumant les effets indésirables (EI) survenus sur 20 ans dans 129 études portant sur 4 241 patients et 5 688 cycles de FMT (bases EMBASE, MEDLINE, Cochrane, CNKI, Wanfang, 2000–2020). Les EI ont été répartis entre ceux liés à l'administration et ceux liés au microbiote. Cette revue fournit le plus vaste ensemble agrégé de données de sécurité sur la FMT et étaye le profil de sécurité globalement favorable de la FMT dans la CDI récidivante, tout en signalant que les complications peuvent être sous-déclarées dans la littérature.Source : references-v2.bib · ref-015
[16] Cammarota, G., Ianiro, G., Tilg, H., et al. European consensus conference on faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut 2017. doi:10.1136/gutjnl-2016-313017
Conférence de consensus européenne qui a élaboré des recommandations fondées sur les preuves pour l'utilisation clinique de la FMT, avec la participation de 28 experts de 10 pays réunis en groupes de travail. Les énoncés ont été préparés au moyen d'une revue fondée sur les preuves, évalués dans un processus Delphi électronique et finalisés lors d'une séance plénière de consensus. Les recommandations couvrent les indications de la FMT, la sélection des donneurs, la préparation du matériel fécal, la prise en charge clinique, l'administration des selles et les exigences minimales pour créer un centre de FMT. Le document fournit un cadre européen de standardisation pour une administration sûre et encadrée de la FMT.Source : references-v2.bib · ref-016
[17] van Prehn, J., Reigadas, E., Vogelzang, E. H., Bouza, E., Kuijper, E. J., et al. European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases: 2021 update on the treatment guidance document for Clostridioides difficile infection in adults. Clinical Microbiology and Infection 2021. doi:10.1016/j.cmi.2021.09.038
Les recommandations de traitement ESCMID 2021 pour l'infection à C. difficile de l'adulte. Le métronidazole n'est plus recommandé lorsque la fidaxomicine ou la vancomycine est disponible ; lors du premier épisode et de la première récidive, la fidaxomicine est l'agent préféré ; lors de la deuxième récidive ou des suivantes, la transplantation de microbiote fécal (FMT) ou le bezlotoxumab en complément du traitement antibiotique standard constitue la solution recommandée en première intention. Par rapport à l'édition précédente, l'accent s'est déplacé de la sévérité de la maladie vers le risque de rechute : la stratégie thérapeutique est déterminée par le risque individuel de récidive du patient. Cette approche conforte l'idée que la classification doit mesurer non seulement les symptômes du moment, mais aussi le risque pronostique.Source : references-v2.bib · ref-017
[19] Youngster, I., Russell, G. H., Pindar, C., Ziv-Baran, T., Sauk, J., Hohmann, E. L. Oral, capsulized, frozen fecal microbiota transplantation for relapsing Clostridium difficile infection JAMA 2014. doi:10.1001/jama.2014.13875
Vingt patients atteints d'une infection récidivante à C. difficile ont reçu des selles encapsulées provenant de donneurs préalablement dépistés et conservées congelées à -80 degrés : 15 capsules sur deux jours consécutifs. Aucun effet indésirable grave attribuable au traitement n'est survenu. Après une seule cure, la diarrhée a disparu chez 14 patients (70 pour cent) ; après un nouveau traitement des six non-répondeurs, le résultat global a atteint 90 pour cent (18/20). Le nombre quotidien de selles est passé d'une médiane de 5 avant traitement à 2 au 3e jour et à 1 à la 8e semaine. Ce fut la première étude à obtenir, avec une FMT congelée en capsules administrée par voie orale, un résultat comparable à celui de l'administration interventionnelle – sans sédation ni endoscopie.Source : references-v2.bib · ref-019
[28] Johnson, S., Lavergne, V., Skinner, A. M., Gonzales-Luna, A. J., Garey, K. W., Kelly, C. P., Wilcox, M. H. Clinical Practice Guideline by the Infectious Diseases Society of America (IDSA) and Society for Healthcare Epidemiology of America (SHEA): 2021 Focused Update Guidelines on Management of Clostridioides difficile Infection in Adults. Clinical Infectious Diseases 2021;73:e1029–e1044. doi:10.1093/cid/ciab549
Mise à jour ciblée des recommandations IDSA/SHEA de 2017, limitée aux recommandations de traitement. Le changement le plus important est que, lors d'un premier épisode, la fidaxomicine passe devant la vancomycine – recommandation conditionnelle, avec un niveau de preuve modéré –, car si la guérison initiale est comparable, la guérison durable est meilleure. Lors d'un épisode récidivant, la fidaxomicine est également le premier choix, de même qu'un schéma de vancomycine en décroissance lente ou en pulses. Le bezlotoxumab entre en ligne de compte comme traitement adjuvant chez les patients à haut risque de récidive. Les recommandations précisent que, si la fidaxomicine n'est pas disponible, la vancomycine reste un choix acceptable. Le métronidazole est passé au second plan, y compris dans les cas légers. Ces recommandations sont importantes du point de vue du SIS parce qu'elles confirment que la décision thérapeutique dépend non seulement de la sévérité actuelle, mais aussi du risque de récidive – cette dualité est à la base des sous-scores aigu et pronostique du SIS.Source : references-v2.bib · ref-028
[29] van Nood, E., Vrieze, A., Nieuwdorp, M., Fuentes, S., Zoetendal, E. G., de Vos, W. M., Visser, C. E., Kuijper, E. J., Bartelsman, J. F., Tijssen, J. G., Speelman, P., Dijkgraaf, M. G., Keller, J. J. Duodenal infusion of donor feces for recurrent Clostridium difficile The New England Journal of Medicine 2013;368:407–415. doi:10.1056/NEJMoa1205037
Le premier essai contrôlé randomisé, qui a comparé la transplantation de microbiote fécal au traitement antibiotique standard dans l'infection récidivante à Clostridioides difficile. Les patients ont été répartis en trois bras : selles de donneur administrées par sonde duodénale après une courte cure de vancomycine, vancomycine seule, et vancomycine avec lavage intestinal. L'essai a été arrêté plus tôt que prévu parce que la différence était considérable : dans le bras transplantation, 81 pour cent des patients ont guéri après la première intervention et 94 pour cent en tenant compte des interventions répétées, contre 31 et 23 pour cent dans les bras vancomycine. Après le traitement, la diversité de la flore fécale des patients est devenue comparable à celle des donneurs. Cette publication a fait de la transplantation de microbiote un traitement fondé sur les preuves, et elle constitue également le point de départ du schéma posologique du présent protocole.Source : references-v2.bib · ref-029
[30] Ooijevaar, R. E., van Nood, E., Goorhuis, A., Terveer, E. M., van Prehn, J., Verspaget, H. W., van Beurden, Y. H., Dijkgraaf, M. G. W., Keller, J. J. Ten-Year Follow-Up of Patients Treated with Fecal Microbiota Transplantation for Recurrent Clostridioides difficile Infection from a Randomized Controlled Trial and Review of the Literature. Microorganisms 2021;9(3):548. doi:10.3390/microorganisms9030548
Cette étude de suivi à long terme a suivi, parmi les 43 patients randomisés de l'essai initial de van Nood et collaborateurs (2013), les 34 qui avaient reçu une FMT ; le suivi médian a été de 3,5 ans, et sept des patients ont atteint le cap des dix ans. Les auteurs documentent une efficacité clinique durable sans signal de sécurité tardif – aucune infection transmise par les selles du donneur ni nouveau trouble à médiation immunitaire n'a été identifié ; à propos d'un unique décès par urosepsis, les auteurs notent qu'un lien avec la FMT ne peut être exclu avec une certitude complète en l'absence de données microbiologiques. Aucun échantillon de selles n'était disponible pour étudier l'effet à long terme sur le microbiote ; les auteurs signalent eux-mêmes cette limite de l'étude. L'article synthétise en outre une revue de la littérature des résultats rCDI–FMT recueillis à l'échelle mondiale. Il confirme que la thérapie de transfert de microbiote est durable lorsqu'elle est correctement appliquée ; en revanche, la nature écologique de la résolution ne peut pas être déduite de cette étude, car aucun prélèvement de microbiote n'a été réalisé.Source : references-v2.bib · ref-030
[52] Daneri, L., Urbano, A., Escudero-Sánchez, R., Halperin, A. V., Moreno-Blanco, A., Corbacho, M. D., Suárez-Carantoña, C., Rodríguez-Jiménez, C., Serrano-Villar, S., del Campo, R., Cobo, J. Lyophilised fecal microbiota transfer in capsules for recurrent Clostridioides difficile infection. Int J Antimicrob Agents 2025;66:107561. doi:10.1016/j.ijantimicag.2025.107561
Cette étude de cohorte rétrospective espagnole de 2025 a porté sur 36 patients atteints de CDI à récidives multiples et sur 38 interventions, avec un âge médian de 78,5 ans et une médiane de quatre épisodes antérieurs ; la grande majorité des auteurs travaillent dans un même centre de Madrid. La préparation lyophilisée en capsules a obtenu 75 pour cent de guérison à trois mois dans ce groupe de patients âgés et résistants au traitement, sans effet indésirable grave lié à l'intervention. Les auteurs notent que les échecs de FMT peuvent être pris en charge avec succès par un traitement supplémentaire, qui n'a pas nécessairement à être une nouvelle FMT – ce qui plaide en faveur de voies d'escalade souples. L'article valide la FMT prête à l'emploi à base de capsules comme une alternative logistiquement plus simple que l'administration par coloscopie – ce qui correspond directement au format utilisé pour le protocole MicroBiome Bank, comme le décrit également la section IV.Source : references-v2.bib · ref-052
[57] Juul, F. E., Bretthauer, M., Johnsen, P. H., et al. Fecal Microbiota Transplantation Versus Vancomycin for Primary Clostridioides difficile Infection: A Randomized Controlled Trial. Ann Intern Med 2025;178:940–947. doi:10.7326/ANNALS-24-03285
COLONIZE (NCT03796650) est un essai norvégien de phase III, mené dans dix-huit centres, en ouvert, de non-infériorité : dans la CDI primaire, il a comparé une FMT rectale unique sans prétraitement à dix jours de vancomycine orale (125 mg quatre fois par jour). Selon le registre des essais, l'essai a été arrêté lors de l'analyse intermédiaire prévue, parce que le critère de non-infériorité était atteint ; cent quatre patients ont été randomisés, dont cent étaient analysables. Le critère de jugement principal – guérison clinique à quatorze jours et absence de rechute dans les soixante jours sans traitement supplémentaire – a été atteint par 34/51 patients (66,7 %) dans le bras FMT et par 30/49 (61,2 %) dans le bras vancomycine (différence de 5,4 points de pourcentage ; IC à 95,2 % −13,5–24,4 ; p < 0,001 pour la non-infériorité). La marge de non-infériorité était de vingt-cinq points de pourcentage et l'intervalle de confiance est large, si bien que le résultat doit être interprété avec prudence. Les auteurs concluent que la FMT peut également être envisagée comme traitement de première ligne dans la CDI primaire.Source : references-v2.bib · ref-057
[87] Saha, S., Mara, K., Pardi, D., Khanna, S. Long-term Safety of Fecal Microbiota Transplantation for Recurrent Clostridioides difficile Infection. Gastroenterology 2021. doi:10.1053/j.gastro.2021.01.010
Sécurité à long terme de la FMT dans la rCDI : faible risque de transmission d'infection, nouveaux diagnostics probablement sans lien avec la FMT – Mayo Clinic, 609 patients, 6,8 ans de données prospectives – 609 patients, suivi médian de 3,7 ans (intervalle 2,0–6,8 ans). À 1 an : 9,5 % ont signalé un nouvel épisode de CDI. À long terme, 73 nouveaux diagnostics (13 % gastro-intestinaux, 10 % prise de poids, 11,8 % infections) – tous jugés sans lien avec la FMT. Risque de diarrhée plus élevé en cas d'IBD, de maladie rénale dialysée et chez les patients ayant reçu une FMT répétée.Source : references-v2.bib · ref-087
Les quatre systèmes de score ci-dessous ne portent pas sur l'efficacité de la FMT, mais sur l'appréciation de la sévérité de la maladie. Le SIS les réunit en une échelle unique de 0–100. Les quatre items figurent dans notre gestionnaire de références (references-v2.bib) ; les données bibliographiques ont été vérifiées à partir de l'identifiant PubMed.
[27] Kassam Z, Cribb Fabersunne C, Smith MB, Alm EJ, Kaplan GG, Nguyen GC, Ananthakrishnan AN. Clostridium difficile associated risk of death score (CARDS): a novel severity score to predict mortality among hospitalised patients with C. difficile infection. Alimentary Pharmacology and Therapeutics 2016;43(6):725–733. doi:10.1111/apt.13546
Le CARDS est le premier système de score de sévérité dérivé de façon objective qui prédit la mortalité hospitalière dans l'infection à Clostridioides difficile à partir d'une base de données administrative nationale. Les auteurs ont utilisé les 77 776 cas hospitaliers du Nationwide Inpatient Sample américain de 2011 pour construire le modèle, et l'ont validé sur les données de 2010 (67 715 cas). Huit prédicteurs indépendants sont restés dans le modèle – âge, admission en soins intensifs, insuffisance rénale aiguë, maladie hépatique, maladie inflammatoire chronique de l'intestin, malignité, maladie cardiopulmonaire et diabète –, avec les valeurs de points suivantes : admission en soins intensifs 5 points, 81-100 ans 4 points, 61-80 ans 3 points, 41-60 ans 2 points, insuffisance rénale aiguë 3 points, maladie hépatique 2 points, maladie inflammatoire chronique de l'intestin 2 points, malignité 2 points, maladie cardiopulmonaire 1 point, et le diabète, en tant que facteur protecteur, -1 point. En principe, le score peut aller de -1 à 19 ; dans la cohorte étudiée, il allait en réalité de 0 à 18. La mortalité est de 1,2 pour cent à 0 point et de 100 pour cent à 18 points ; la discrimination du modèle était de c = 0,77 dans les deux cohortes. La section IV du SIS reprend cette logique de pondération : la comorbidité n'est pas un facteur traité à part, elle est intégrée au score de sévérité.Source : references-v2.bib · ref-027
[254] Zar FA, Bakkanagari SR, Moorthi KMLST, Davis MB. A comparison of vancomycin and metronidazole for the treatment of Clostridium difficile-associated diarrhea, stratified by disease severity. Clinical Infectious Diseases 2007;45(3):302–307. doi:10.1086/519265
C'est cette étude qui a introduit la stratification par sévérité que la littérature appelle aujourd'hui échelle de Zar. Les auteurs ont comparé la vancomycine et le métronidazole dans la diarrhée due à Clostridioides difficile, ont classé les patients en groupe léger ou sévère sur la base de caractéristiques cliniques et biologiques prédéfinies, puis ont évalué séparément le résultat du traitement dans les deux groupes. L'importance de cette stratification tient à ce que la classification de sévérité modifie le choix de l'agent. Le système de score SIS de MicroBiome Bank utilise cette stratification comme l'une de ses entrées ; l'item relève donc de l'appréciation de la sévérité, et non de l'efficacité de la FMT.Source : references-v2.bib · ref-254
[255] Miller MA, Louie T, Mullane K, Weiss K, Lentnek A, Golan Y, Kean Y, Sears P. Derivation and validation of a simple clinical bedside score (ATLAS) for Clostridium difficile infection which predicts response to therapy. BMC Infectious Diseases 2013;13:148. doi:10.1186/1471-2334-13-148
L'ATLAS est un système de score calculable au lit du patient dans l'infection à Clostridioides difficile. Il tient son nom des initiales des cinq variables d'entrée : âge, nombre de jours de fièvre, taux d'albumine, numération leucocytaire et antibiotiques systémiques administrés en parallèle. Les auteurs ont dérivé et validé le score non pas d'abord pour prédire la mortalité, mais pour prédire la réponse au traitement, à partir de données d'essais cliniques. Son avantage pratique est qu'il se calcule à partir de données de routine, sans examen supplémentaire. Le système de score SIS de MicroBiome Bank intègre ce point de vue dans le classement par tranches.Source : references-v2.bib · ref-255
[256] Belmares J, Gerding DN, Parada JP, Miskevics S, Weaver F, Johnson S. Outcome of metronidazole therapy for Clostridium difficile disease and correlation with a scoring system. Journal of Infection 2007. doi:10.1016/j.jinf.2007.09.015
C'est de ce travail que provient l'échelle de sévérité Hines VA. Les auteurs ont confronté le résultat du traitement par métronidazole à un système de score qui pondère les signes cliniques et biologiques, et ont examiné dans quelle mesure le score prédit l'échec du traitement. L'étude a été réalisée chez des patients de l'Edward Hines Jr. VA Hospital, d'où le nom courant de l'échelle. Le système de score SIS de MicroBiome Bank prend également en compte ce modèle lors du classement par tranches.Source : references-v2.bib · ref-256
Si vous souhaitez savoir si votre cas s'y prête, ce qui se passe et quand, et combien cela coûte, vous le trouverez sur la page du service.
Le service de MicroBiome Bank ne remplace pas un avis médical professionnel, un diagnostic ou un traitement. La décision de l'utiliser revient dans tous les cas au médecin traitant.