Cette page constitue le fondement documentaire de la page obésité et métabolisme. Elle passe en revue treize publications — non pas pêle-mêle, mais selon deux critères: séparément pour le poids et séparément pour les marqueurs métaboliques. Le niveau de preuve des deux n'est pas le même, et c'est précisément le message de cette page.
Rares sont les domaines où le discours public et les preuves cliniques se sont à ce point éloignés l'un de l'autre. Derrière la phrase « la flore intestinale fait grossir » se trouvent de véritables observations physiologiques — mais qu'un remplacement de la flore intestinale fasse maigrir, aucun essai randomisé ne l'a démontré.
Que le microbiote intestinal intervienne dans le métabolisme est bien décrit au niveau des mécanismes : certaines espèces tirent davantage d'énergie des aliments et augmentent la perméabilité de la paroi intestinale, d'autres renforcent la barrière intestinale, et les acides gras à chaîne courte régulent le métabolisme lipidique par l'intermédiaire de récepteurs.810 Du côté clinique, l'observation la plus solide est l'amélioration transitoire de la sensibilité à l'insuline: six semaines après l'administration dans l'intestin grêle d'un microbiote provenant d'un donneur mince, le taux de disparition du glucose avait augmenté de façon mesurable.194
L'effet ne se manifeste pas chez tout le monde, et cela est en soi informatif : la réponse dépend de la flore intestinale initiale du receveur — une faible diversité initiale et la proportion de certains genres bactériens prédisent qui va répondre.712, 811 L'intervention associée compte tout autant : administré avec un apport complémentaire en fibres ou une intervention sur le mode de vie, le transfert a donné de meilleurs résultats que seul.805, 806
La perte de poids n'est pas démontrée. La méta-analyse la plus récente regroupe neuf essais randomisés et 303 patients : pour le poids, la différence était de 2,72 kg, avec un intervalle de confiance si large (95% CI −4,74 … +10,18) qu'il inclut aussi bien l'absence d'effet qu'une variation dans les deux sens ; pour l'indice de masse corporelle, il en va de même.821 Une analyse de 2025 regroupant onze études et 320 patients n'a elle aussi trouvé qu'une tendance non significative, et a jugé la force des preuves faible.809
La durabilité n'est pas non plus établie. Dans le suivi au-delà de douze semaines, la méta-analyse n'a trouvé de différence sur aucun critère,821 et dans l'étude mécanistique, l'amélioration observée à six semaines avait disparu à dix-huit semaines.712 Une seule donnée à plus long terme est disponible : dans le suivi à quatre ans d'une étude menée chez des adolescents, l'indice de masse corporelle ne différait pas, mais le tour de taille était plus favorable de 10,0 cm, le pourcentage de masse grasse de 4,8 points de pourcentage et le marqueur inflammatoire de 68 pour cent.808 Il s'agit d'une seule cohorte, dans un suivi non mené en aveugle — un signal intéressant, pas une preuve.
Enfin, la colonisation ne suffit pas. Dans un essai randomisé américain, la flore implantée s'est établie durablement, et pourtant la sensibilité à l'insuline, le HOMA-IR et le poids ne se sont pas améliorés de façon significative.804 Ce résultat négatif est plus important qu'il n'y paraît : il exclut l'explication selon laquelle l'absence d'effet ne serait qu'un échec technique.
Dans les études, l'intervention a été bien tolérée. La méta-analyse n'a trouvé que des événements légers — fébricule, maux de tête, nausées, diarrhée, douleurs abdominales —, aucun effet indésirable grave n'a été décrit, et les auteurs évaluent l'intervention comme un traitement complémentaire.821 Ce profil de sécurité relativement favorable ne compense toutefois pas l'absence d'efficacité : un traitement inoffensif mais inefficace n'en reste pas moins injustifié. Les exigences minimales du dépistage des donneurs sont traitées séparément dans la littérature ;816, 817 nous décrivons notre propre procédure plus bas, dans la section Sécurité.
Deux méta-analyses de 2023 parviennent, à partir de la même littérature restreinte, à des conclusions différentes: l'une a trouvé une amélioration significative pour la glycémie, le HOMA-IR, la tension artérielle et les lipides,807 l'autre non pour le HOMA-IR et le poids.821 La différence tient aux études incluses et aux choix d'analyse — et c'est précisément ce qui montre à quel point cette base de preuves est étroite et sensible. Lorsque l'inclusion ou l'exclusion de quelques études inverse la conclusion, le résultat n'est pas encore solide.
Nous posons ci-dessous six questions. Pour chacune, nous répondons d'abord pour le poids, puis pour les marqueurs métaboliques — selon le même découpage, côte à côte. Ainsi apparaît aussi la différence qui se perdrait dans un texte indifférencié.
Rien. Pour le poids, la différence était de 2,72 kg (95% CI −4,74 … +10,18), pour l'IMC de −0,22 kg/m² (95% CI −1,36 … +0,92) — aucune des deux n'est significative.821 Dans l'analyse de 2025, la différence de −0,65 pour l'IMC n'atteignait pas non plus le seuil de significativité.809
Un déplacement faible, mais mesurable. Glycémie à jeun −0,12 mmol/l, HbA1c −0,37 mmol/mol, insuline −24,77 pmol/l, cholestérol HDL +0,07 mmol/l — tous significatifs, tous faibles. Le HOMA-IR ne différait pas.821
Aucune recommandation. Aucun référentiel de prise en charge de l'obésité ne compte le transfert de microbiote parmi les moyens de réduction du poids. L'arsenal des recommandations, c'est l'alimentation, l'activité physique, la thérapie comportementale, le traitement médicamenteux et la chirurgie bariatrique.
Ici non plus, aucune recommandation. Les recommandations de prise en charge du diabète de type 2 et du syndrome métabolique ne mentionnent pas la procédure. La piste de recherche est reconnue, l'application clinique non.
Dans le fait de savoir si nous mesurons seulement le bon critère. Dans le suivi à quatre ans chez des adolescents, l'indice de masse corporelle ne différait pas, mais le tour de taille, le pourcentage de masse grasse et le marqueur inflammatoire, si.808 Il se peut que la balance soit le mauvais instrument — mais c'est une hypothèse, pas un résultat.
L'alimentation, l'activité physique, la thérapie comportementale, le traitement médicamenteux et chirurgical. Leur niveau de preuve est incomparablement plus solide. Sur ce critère, le transfert de microbiote n'a pas sa place — ce n'est pas une alternative, car il n'agit pas.
| Critère | Poids | Marqueurs métaboliques |
|---|---|---|
| Qu'a-t-on mesuré ? | kilogrammes, indice de masse corporelle | glycémie, HbA1c, insuline, HOMA-IR, lipides sanguins |
| Qu'en est-il ressorti ? | aucun effet | amélioration faible, mais mesurable |
| Fiabilité | 9 RCT, 303 patients ; le résultat négatif est constant | le même échantillon ; les méta-analyses se contredisent |
| Recommandations | aucune recommandation | aucune recommandation |
| Incertitude | le choix du critère | la durabilité de l'effet et le profil des répondeurs |
| Alternative | alimentation, activité physique, médicaments, chirurgie — non remplaçable | le traitement établi, complété |
| Pour qui cela peut-il se poser ? | pour ce critère, à personne — cela ne peut pas être promis | en cas d'anomalie métabolique confirmée, avec l'accord du médecin traitant |
Les données de sécurité mesurées dans les publications sont reprises plus haut : une vaste revue groupée, un suivi de plusieurs années et la réserve selon laquelle les troubles légers et passagers sont fréquents. Ce qui entre dans la capsule ne découle en revanche pas de la littérature, mais de notre propre procédure.
Le dépistage des donneurs. Chaque donneur passe par notre cadre de dépistage des donneurs DSQ : examens bactériologiques, virologiques, parasitologiques et sérologiques, analyse de selles et questionnaire détaillé.
La fenêtre sérologique. Une infection récente n'est pas nécessairement détectable au moment du prélèvement. Le don est donc conservé congelé en quarantaine : pendant au moins huit semaines, et il n'est en aucun cas libéré avant l'arrivée du résultat de l'examen répété effectué après la huitième semaine. Cet examen répété porte sur les infections qui ont pu survenir avant le prélèvement mais qui ne sont devenues détectables qu'au cours de ces huit semaines.
Prenez toujours les capsules sous la conduite de votre médecin traitant.
Les faits et données figurant sur cette page proviennent de treize publications : six essais contrôlés randomisés, trois revues systématiques et méta-analyses, une analyse secondaire d'un essai randomisé, une revue mécanistique et deux publications traitant du dépistage des donneurs.
[194] Vrieze, A., Van Nood, E., Holleman, F. et al. Transfer of intestinal microbiota from lean donors increases insulin sensitivity in individuals with metabolic syndrome Gastroenterology 2012. doi:10.1053/j.gastro.2012.06.031
Des receveurs masculins atteints de syndrome métabolique ont été randomisés entre une infusion dans l'intestin grêle d'un microbiote intestinal allogénique (donneur mince) ou autologue. Six semaines après l'infusion issue d'un donneur mince, la sensibilité à l'insuline avait augmenté (taux médian de disparition du glucose : 26,2 → 45,3 μmol/kg/min ; p<0,05), avec une augmentation parallèle du microbiote intestinal producteur de butyrate. Cette étude de preuve de concept soutient le développement du microbiote intestinal comme agent thérapeutique pour améliorer la sensibilité à l'insuline chez l'homme.Source : references-v2.bib · ref-194
[712] Kootte, R., Levin, E., Salojärvi, J., et al. Improvement of Insulin Sensitivity after Lean Donor Feces in Metabolic Syndrome Is Driven by Baseline Intestinal Microbiota Composition Cell metabolism 2017. doi:10.1016/j.cmet.2017.09.008
La composition initiale du microbiote détermine qui répond favorablement à la FMT dans le syndrome métabolique — La FMT allogénique a amélioré la sensibilité à l'insuline à 6 semaines ; l'effet ne persistait plus à 18 semaines. La réponse est corrélée à une faible diversité initiale du microbiote. Les métabolites plasmatiques (GABA) ont été modifiés. Suivi mécanistique de l'essai Vrieze 2012.Source : references-v2.bib · ref-712
[804] Yu, E., Gao, L., Stastka, P., et al. Fecal microbiota transplantation for the improvement of metabolism in obesity: The FMT-TRIM double-blind placebo-controlled pilot trial PLoS medicine 2020. doi:10.1371/journal.pmed.1003051
Des capsules orales hebdomadaires de FMT produisent un engraftment durable chez les personnes obèses, mais les paramètres métaboliques ne s'améliorent pas significativement — 24 patients obèses insulinorésistants, 6 semaines de capsules de FMT hebdomadaires vs placebo. L'engraftment a eu lieu, mais la sensibilité à l'insuline (clamp euglycémique), l'HOMA-IR et le poids corporel ne se sont pas améliorés significativement. Résultat négatif mais important : l'engraftment seul ne suffit pas.Source : references-v2.bib · ref-804
[805] Mocanu, V., Zhang, Z., Deehan, E., et al. Fecal microbial transplantation and fiber supplementation in patients with severe obesity and metabolic syndrome: a randomized double-blind, placebo-controlled phase 2 trial Nature medicine 2021. doi:10.1038/s41591-021-01399-2
FMT + supplémentation en fibres à faible fermentation améliore significativement l'insulinorésistance dans l'obésité sévère et le syndrome métabolique — 70 participants (groupes FMT-HF, FMT-LF, HF, LF). Groupe FMT+LF : l'HOMA2-IR s'est amélioré significativement après 6 semaines (p=0,02). Aucune amélioration dans le groupe FMT+HF. Le type de supplémentation en fibres module l'efficacité de la FMT. Aucun événement indésirable grave.Source : references-v2.bib · ref-805
[806] Ng, S., Xu, Z., Mak, J., et al. Microbiota engraftment after faecal microbiota transplantation in obese subjects with type 2 diabetes: a 24-week, double-blind, randomised controlled trial Gut 2022. doi:10.1136/gutjnl-2020-323617
Des FMT répétées + une intervention sur le mode de vie produisent un engraftment durable et une amélioration du profil lipidique chez des diabétiques de type 2 obèses — 61 patients obèses atteints de T2DM, suivi de 24 semaines. Engraftment de 100 % dans le groupe FMT+LSI, 88 % avec la FMT seule, 22 % avec placebo+LSI (p<0,0001). FMT+LSI : le cholestérol LDL et l'élasticité hépatique (stiffness) ont diminué (p<0,05). L'intervention sur le mode de vie potentialise l'effet de la FMT.Source : references-v2.bib · ref-806
[807] Zecheng, L., Donghai, L., Runchuan, G., et al. Fecal microbiota transplantation in obesity metabolism: A meta analysis and systematic review Diabetes research and clinical practice 2023. doi:10.1016/j.diabres.2023.110803
La FMT améliore significativement les paramètres associés à l'obésité et au syndrome métabolique : pression artérielle, glycémie, HOMA-IR, lipides et CRP — méta-analyse de 10 RCT, 334 patients. La FMT a significativement amélioré la glycémie à jeun, le HOMA-IR, la pression artérielle systolique/diastolique, le cholestérol total, le HDL, le LDL, les triglycérides et la CRP. Les indices d'adiposité abdominale étaient négativement associés. La FMT est la plus efficace chez les patients obèses présentant une pression artérielle élevée, une dysglycémie et une dyslipidémie.Source : references-v2.bib · ref-807
[808] Wilson, B., Zuppi, M., Derraik, J., et al. Long-term health outcomes in adolescents with obesity treated with faecal microbiota transplantation: 4-year follow-up Nature communications 2025. doi:10.1038/s41467-025-62752-4
La FMT réduit durablement la masse grasse, le tour de taille et la sévérité du syndrome métabolique chez les adolescents obèses — un engraftment durable du microbiome du donneur est démontré — suivi à 4 ans d'un RCT (n=55) : FMT vs placebo — tour de taille −10,0 cm (p=0,026), masse grasse −4,8 % (p=0,024), score de sévérité du syndrome métabolique −0,58 (p=0,003), hs-CRP −68 % (p=0,002), HDL +0,16 mmol/L (p=0,037) ; souches et bactériophages du donneur détectables durablement (Nature Commun, 2025).Source : references-v2.bib · ref-808
[809] Zhang, Y., Cao, J., Wang, Y., et al. Effects of fecal microbiota transplantation on glycemic and lipid profiles in overweight or obese patients with metabolic disorders: a systematic review and meta-analysis Frontiers in endocrinology 2025. doi:10.3389/fendo.2025.1737543
La FMT améliore l'IMC et l'insulinorésistance (HOMA-IR) chez les patients obèses métaboliques — sur la base de 11 RCT, une amélioration au niveau de tendance est démontrée — 11 RCT, 320 patients : la FMT montre une tendance à la réduction de l'IMC (MD : −0,65 ; p=0,070) et à l'amélioration du HOMA-IR (MD : −0,64 ; p=0,062) ; HbA1c non significative ; le résultat négatif est statistiquement instable : l'effet sur l'IMC devenait significatif (p=0,010) dans un modèle alternatif ; une standardisation des protocoles est nécessaire (Front Endocrinol, 2025).Source : references-v2.bib · ref-809
[810] Iqbal, M., Yu, Q., Tang, J., Xiang, J. Unraveling the gut microbiota's role in obesity: key metabolites, microbial species, and therapeutic insights Journal of bacteriology 2025. doi:10.1128/jb.00479-24
Les métabolites SCFA du microbiome intestinal (acétate, propionate, butyrate) régulent le métabolisme lipidique via des récepteurs couplés aux protéines G et favorisent le brunissement du tissu adipeux blanc (WAT browning), augmentant la thermogenèse et la dépense énergétique — les SCFA (propionate, butyrate, acétate) — activation des récepteurs couplés aux protéines G (GPR41, GPR43) — régulation du métabolisme lipidique + conversion WAT→BAT + augmentation de la thermogenèse ; le LPS : effet inverse (insulinorésistance, dépôt de graisse) ; les thérapies fondées sur le microbiote sont prometteuses dans l'obésité (J Bacteriol, 2025).Source : references-v2.bib · ref-810
[811] Zhang, Z., Mocanu, V., Deehan, E., et al. Recipient microbiome-related features predicting metabolic improvement following fecal microbiota transplantation in adults with severe obesity and metabolic syndrome: a secondary analysis of a phase 2 clinical trial Gut microbes 2024. doi:10.1080/19490976.2024.2345134
La FMT associée à une supplémentation en fibres améliore la sensibilité à l'insuline (HOMA-IR) chez les patients obèses atteints de syndrome métabolique ; le degré d'engraftment et la composition initiale du microbiome du receveur prédisent la réponse — RCT de phase 2 : FMT+fibres → amélioration du HOMA2-IR chez 72 % (répondeurs) ; l'abondance relative de Blautia est prédictive (p=0,02) ; une richesse bactérienne plus élevée après la FMT + l'engraftment d'ASV spécifiques du donneur sont corrélés à la réponse ; le microbiome initial du receveur détermine le succès (Gut Microbes, 2024).Source : references-v2.bib · ref-811
[816] Kassam, Z., Dubois, N., Ramakrishna, B. et al. Donor Screening for Fecal Microbiota Transplantation N Engl J Med 2019. doi:10.1056/NEJMc1913670
La correspondance de Kassam et collaborateurs publiée en 2019 dans le New England Journal of Medicine sous le titre « Donor Screening for Fecal Microbiota Transplantation » a été rédigée à la suite d'une alerte de sécurité de la FDA rapportant deux cas de bactériémie à E. coli productrice de bêta-lactamase à spectre étendu (ESBL) — dont un mortel — transmise par FMT à partir d'un donneur non dépisté pour les MDRO. L'équipe d'OpenBiome, principale banque de selles des États-Unis, y résume les protocoles actualisés de dépistage des donneurs, incluant PCR et culture pour ESBL/CRE, et discute des implications plus larges pour la biosécurité, le recrutement des donneurs et le fonctionnement des banques de selles. Cette lettre a directement nourri les recommandations actualisées de dépistage des donneurs de la FDA, de l'ESCMID et de l'EBP et constitue la citation canonique de l'intensification du dépistage motivée par l'AMR.Source : references-v2.bib · ref-816
[817] Rondinella, D., Quaranta, G., Rozera, T., et al. Donor screening for fecal microbiota transplantation with a direct stool testing-based strategy: a prospective cohort study Microbes and infection 2024. doi:10.1016/j.micinf.2024.105341
Stratégie de sélection des donneurs fondée sur un test direct d'identité des selles — Sur 277 dons, 99 (36 %) ont été écartés en raison d'une positivité pour un agent pathogène (les plus fréquents : EPEC n=37, Blastocystis n=20). Parmi les 337 aliquotes approuvées utilisées en FMT : aucun événement indésirable grave n'est survenu sur 12 semaines.Source : references-v2.bib · ref-817
[821] Qiu, B., Liang, J., Li, C. Effects of fecal microbiota transplantation in metabolic syndrome: A meta-analysis of randomized controlled trials PLOS ONE 2023. doi:10.1371/journal.pone.0288718
Synthèse de neuf essais randomisés et 303 participants : aucun effet significatif sur le poids corporel ni sur l'IMC ; quelques marqueurs métaboliques s'améliorent légèrement, mais au-delà de douze semaines il n'y a plus de différence. — Dans l'analyse à court terme, le poids (MD 2,72 kg ; 95% CI −4,74 … +10,18) et l'IMC (MD −0,22 kg/m² ; 95% CI −1,36 … +0,92) ne différaient pas du contrôle. La glycémie à jeun (MD −0,12 mmol/l ; 95% CI −0,23 … −0,01), l'HbA1c (MD −0,37 mmol/mol ; 95% CI −0,73 … −0,01), l'insulinémie (MD −24,77 pmol/l ; 95% CI −37,60 … −11,94) et le cholestérol HDL (MD +0,07 mmol/l ; 95% CI +0,02 … +0,11) se sont améliorés de façon significative mais faible ; le HOMA-IR non. Lors du suivi au-delà de douze semaines, les auteurs n'ont trouvé aucune différence entre les groupes sur aucun critère. Aucun effet indésirable grave n'a été rapporté ; les auteurs présentent la procédure comme un traitement d'appoint.Source : references-v2.bib · ref-821
Si vous souhaitez savoir si votre cas s'y prête, ce qui se passe et quand, et combien cela coûte, vous le trouverez sur la page du service.
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