Ce que nous mesurons et ce que cela signifie

Il n'existe pas de résultat de microbiome « normal » ; ce chapitre distingue donc les marqueurs ciblés cliniquement utiles (calprotectine, H. pylori, SIBO) des portraits complets 16S/shotgun et des tests à domicile qui promettent trop – et montre quand un test vaut réellement la peine.

Au cours des 5 dernières années, tant de tests de microbiome sont apparus sur le marché qu'il est difficile de savoir lesquels relèvent de la science, lesquels du marketing et lesquels ont une valeur clinique. Ce chapitre fait le tri – ce que nous savons mesurer aujourd'hui du microbiome, à quoi cela sert et à quoi cela ne sert pas.

Le sujet compte plus qu'il n'y paraît. Un test prescrit au mauvais moment n'est pas seulement de l'argent gaspillé – un résultat trompeur peut vous engager dans des tentatives injustifiées tout en détournant l'attention du vrai diagnostic. Un test prescrit au bon moment peut épargner des mois de tâtonnements.

Pourquoi il n'existe pas de résultat de microbiome « normal »

Le microbiome intestinal des personnes en bonne santé présente bien plus de variation que leur numération formule sanguine ou leur glycémie. Deux adultes en bonne santé peuvent partager moins de 50% de leurs bactéries intestinales au niveau de l'espèce – tous deux en bonne santé, et pourtant avec des microbiomes très différents. [541]

Cela a deux conséquences importantes. Premièrement : une valeur de référence (une « plage normale ») n'est pas interprétable comme elle l'est, par exemple, pour la TSH. Deuxièmement : l'état fonctionnel peut compter davantage que l'état taxonomique (la fréquence estimée de présence des bactéries). Si les microbiomes de deux personnes diffèrent sur le plan taxonomique mais que tous deux produisent autant de butyrate^[G] et maintiennent aussi bien la fonction de barrière intestinale, tous deux vont cliniquement « bien ».

Séquençage de l'ARNr 16S

C'est la méthode la plus courante et la moins chère. Une région du gène de l'ARNr 16S bactérien (le plus souvent V3-V4) est séquencée, et les séquences permettent d'identifier les bactéries présentes.

Utile pour : un aperçu taxonomique au niveau du genre ou au-dessus, le calcul des diversités alpha et bêta, la comparaison au niveau des populations. La plupart des tests commerciaux à domicile utilisent cette méthode.

Peu utile pour : l'identification au niveau de l'espèce et de la souche (limitée) ; il ne détecte ni les virus, ni les champignons, ni les archées (seulement les bactéries) ; l'information fonctionnelle (ce que les micro-organismes font réellement) n'est obtenue qu'indirectement, et l'algorithme utilisé procède par approximations.

Le 16S est une liste – il ne dit rien de ce que les bactéries listées produisent réellement, de la façon dont elles répondent à l'alimentation, du réseau de relations qu'elles forment, ni de leur stabilité.

Métagénomique shotgun

Ici, tout l'ADN est séquencé, pas seulement un gène. C'est plus coûteux, mais bien plus informatif.

Utile pour : l'identification au niveau de l'espèce et souvent de la souche, la détection des gènes de résistance aux antimicrobiens (AMR), l'inventaire des gènes fonctionnels (par exemple les voies de production de butyrate, les enzymes dégradant la mucine), ainsi que la détection des virus et des champignons.

Peu utile pour : en soi, cela ne reste qu'un potentiel – la présence d'un gène ne signifie pas qu'il est exprimé. L'activité fonctionnelle exige de la métatranscriptomique (ARN) ou de la métabolomique, rarement disponibles en clinique. Et la méthode travaille avec un volume de données considérable, évalué par des logiciels, avec toutes les difficultés que cela implique.

Pourquoi les tests de microbiome ne sont pas fiables : les pièges méthodologiques

Les deux sections précédentes ont montré ce que mesurent le 16S et le shotgun. Mais pour la décision clinique, il faut aussi savoir où l'information peut se perdre – et il s'avère qu'elle peut se perdre en de nombreux endroits. Les pièges méthodologiques se répartissent en quatre niveaux : pré-analytique (avant que l'échantillon n'arrive au laboratoire), spécifique au 16S, spécifique au shotgun, et commun à toutes les méthodes.

Avant que l'échantillon n'arrive au laboratoire : les problèmes pré-analytiques

Les selles ne sont pas une substance homogène. Un simple prélèvement par écouvillon reflète une région aléatoire du côlon, et sa composition microbienne peut différer de ce qu'aurait donné un prélèvement voisin. Les protocoles scientifiques compensent cela par une homogénéisation (mélange de l'échantillon complet, puis aliquotage) ; la plupart des tests à domicile ne donnent aucune consigne à ce sujet.

Le temps et la température de conservation comptent également : à température ambiante, un déplacement mesurable du microbiome commence en quelques heures (les anaérobies sensibles meurent, les espèces tolérantes à l'oxygène deviennent surreprésentées). Les échantillons congelés et frais donnent eux aussi des résultats différents.

Et voici une nuance conceptuelle déjà apparue au chapitre 1, mais particulièrement importante dans le contexte des tests : la dysbiose n'est pas un écart par rapport à un microbiome « idéal » universel. Le microbiome d'un adulte en bonne santé peut différer substantiellement de celui d'un autre selon le sexe, l'âge, l'alimentation, le mode de vie et le fond génétique – tout en restant dans un équilibre stable et fonctionnel. Ainsi, lorsqu'un test signale une « dysbiose », il ne dit en réalité qu'une chose : cet échantillon diffère de la population de référence qu'utilise le test. Savoir si cela signifie quelque chose pour votre santé est une autre question.

Pièges spécifiques au 16S

Le séquençage 16S présente cinq faiblesses bien documentées.

1. Contamination par les réactifs : l'ADN peut provenir non seulement de l'échantillon soumis, mais aussi de l'équipement et des réactifs du laboratoire eux-mêmes, et lorsque la biomasse de l'échantillon est faible, ce signal de contamination peut dépasser celui de l'échantillon réel. [548]
2. L'effet de faible biomasse : la détection des bactéries rares est souvent indiscernable du bruit de fond de la contamination. [549]
3. Les amorces « universelles » ne sont pas universelles : le choix de la région V du gène 16S (V1-V2 vs. V3-V4 vs. V4, etc.) donne des profils bactériens différents sur un même échantillon – une espèce détectable avec un jeu d'amorces peut être invisible pour un autre.
4. Variabilité entre laboratoires : un même échantillon analysé par différents laboratoires, avec des kits et une bioinformatique différents, donne des résultats substantiellement différents – autrement dit, les données dépendent souvent de la méthode, et non de l'échantillon. [16]
5. Le piège des données compositionnelles : le 16S donne des proportions relatives (ce qui est présent par rapport au reste), et non des quantités absolues. L'« augmentation » d'une espèce peut en réalité être l'image inversée de la diminution d'une autre. [18]

Pièges spécifiques au shotgun

La métagénomique shotgun est plus informative, mais ses pièges sont aussi plus sérieux.

1. La méthode d'extraction de l'ADN domine tout le reste : Costea et al. 2017 Nature Biotechnology – un même échantillon de selles traité par 21 méthodes différentes a produit 21 profils microbiens différents. [19] Cela signifie que deux laboratoires appliquant des protocoles d'extraction différents ne produiront pas de résultats concordants même si l'échantillon provient physiquement du même patient le même jour.
2. Dominance de l'ADN de l'hôte : si l'échantillon contient beaucoup d'ADN humain, celui-ci « absorbe » la capacité du séquenceur, et les microbes plus rares ne sont pas détectés. Les étapes de déplétion de l'ADN humain destinées à corriger ce problème introduisent leurs propres biais. [476]
3. Le choix du pipeline bioinformatique : les référentiels internationaux du consortium CAMI (Critical Assessment of Metagenome Interpretation) montrent que le choix du pipeline influence le résultat davantage que la différence biologique réelle entre les échantillons. [22]
4. Enfin, un biais systémique à tous les niveaux : McLaren et al. 2019 eLife – les mesures du microbiome présentent constamment des biais dépendant de la méthode, qui rendent les données tout simplement non comparables d'un protocole à l'autre. [21]

Un problème commun : les fausses découvertes induites par la méthode

Un cas instructif des années 2010 fut l'hypothèse d'un « microbiome in utero » : de premières études ont détecté de l'ADN bactérien dans le placenta et le liquide amniotique, suscitant un enthousiasme scientifique majeur. Des réanalyses ultérieures, avec des contrôles plus stricts, ont montré qu'une grande partie du signal provenait de la contamination de fond du laboratoire, et non d'un véritable microbiome fœtal. [558] Ce ne fut pas une erreur isolée, mais un avertissement à l'échelle du système.

Ce sont précisément ces expériences qui ont conduit aux normes de rapport STORMS (Strengthening The Organization and Reporting of Microbiome Studies) et aux cadres qualité de type RIDE. [306] Sans eux, les publications sur le microbiome peuvent facilement induire en erreur, et les résultats cliniquement exploitables tiennent souvent moins que ce que les publications elles-mêmes affirment.

L'enseignement clinique

De tous ces pièges méthodologiques découle un message pratique.

1. Nous savons que nous mesurons – mais nous ne savons pas toujours précisément ce que nous mesurons.
2. Nous ne savons pas nécessairement ce que fait dans l'organisme ce que nous avons mesuré.
3. Nous ne pouvons pas toujours dire si c'est « beaucoup » ou « peu » pour une personne donnée dans un état donné.

Un équilibre qui soutient la santé peut être atteint avec de nombreuses compositions – autrement dit, vous pouvez avoir un rapport « impeccable » alors que vous vous sentez mal, et un rapport « catastrophique » alors que vous fonctionnez parfaitement.

C'est pourquoi l'une des plus anciennes règles de la pratique clinique s'applique ici aussi : nous ne traitons pas le résultat de laboratoire – nous traitons le patient. Un test de microbiome est donc un outil de suivi (même échantillonnage + même laboratoire + même algorithme), et non un instrument de décision diagnostique autonome.

Le marché des tests de microbiome à domicile

Plus de 20 tests commerciaux à domicile sont disponibles, à un prix d'environ 80–1 100 $ sur la plupart des marchés européens. L'offre typique : « envoyez un échantillon de selles, nous le séquençons en 16S, et vous recevrez des recommandations personnalisées de mode de vie et de nutrition ».

Les offres du marché se répartissent en trois niveaux selon leur défendabilité scientifique :

Défendable : les tests qui restituent les données 16S ou shotgun sous une forme brute accessible (fichier FASTQ) et ne promettent pas de diagnostics de maladies précises. L'utilisateur (ou le médecin traitant) en tire ce que la science permet réellement. Exemple : l'American Gut Project (fondé sur la recherche, à faible coût).

Promesses excessives mais sans danger : « des recommandations alimentaires favorables à l'intestin fondées sur votre microbiome » – le problème ne vient pas des données, mais du mécanisme de génération des recommandations. Les connaissances actuelles ne permettent pas de déduire de façon fiable des régimes propres à chaque individu à partir d'un résultat 16S. Les recommandations sont probablement aussi génériques (plus de fibres, des aliments fermentés) que celles que tout le monde reçoit au chapitre 4 – simplement plus chères et « personnalisées ». Exemple : plusieurs tests à domicile européens et américains.

Scientifiquement problématique : « profil de microbiote de l'autisme », « signature microbiotique de la dépression », « risque de cancer d'après le microbiome ». Ces offres promettent une certitude diagnostique dans les zones et de la carte des preuves du chapitre 3 – une certitude que la science ne fournit pas encore. Nous recommandons ici la prudence.

Marqueurs utilisés en pratique clinique

Les tests suivants font partie de la pratique clinique et soutiennent de véritables décisions. Vous pouvez les demander à votre médecin traitant lorsque les symptômes le justifient.

Calprotectine fécale

La calprotectine fécale est une protéine issue des granulocytes neutrophiles – son taux reflète l'inflammation de la muqueuse intestinale. La décision qu'elle soutient le plus utilement : différencier une poussée d'IBD d'un IBS.

• < 50 µg/g – inflammation peu probable (tableau de type IBS)
• 50–250 µg/g – douteux, contrôle ou examen complémentaire indiqué
• > 250 µg/g – inflammation active (coloscopie justifiée)

La calprotectine sert également, chez les patients atteints d'IBD suivis médicalement, à surveiller l'activité de la maladie : des valeurs basses et stables pendant la rémission signalent le succès du traitement. [545]

Zonuline fécale et sérique – contestée

La zonuline régule les jonctions serrées^[G] de la barrière intestinale et constitue un marqueur populaire dans le diagnostic de l'« hyperperméabilité intestinale ». Problèmes : la plupart des kits ELISA commerciaux ne mesurent pas réellement la zonuline – ils présentent des réactions croisées avec d'autres protéines (complément C3, pré-haptoglobine-2). [546] Le lien « zonuline élevée = hyperperméabilité intestinale » n'est pas bien validé cliniquement. Recommandation clinique : à manier avec prudence ; ne fondez pas un diagnostic autonome dessus.

Tests respiratoires du SIBO (lactulose, glucose)

La pullulation bactérienne de l'intestin grêle (SIBO) a traditionnellement été diagnostiquée par culture d'un aspirat duodénal, mais les tests respiratoires (mesure de H₂ et CH₄ après administration orale de lactulose ou de glucose) sont plus accessibles. Limites : le test respiratoire au lactulose est sensible mais les faux positifs sont fréquents ; le glucose est plus spécifique mais moins sensible. Le consensus nord-américain de 2020 recommande le test respiratoire au glucose comme option préférentielle. [547]

La portée clinique du SIBO se situe probablement dans l'IBS-D et la rosacée (voir chapitre 3) ; une éradication par rifaximine peut améliorer les symptômes chez un sous-groupe. En même temps, tant le mécanisme de l'ensemble du tableau que les tentatives expérimentales de le guérir montrent que la science se concentre encore souvent sur des segments intestinaux plutôt que sur une restauration globale de la digestion. Le recours croissant aux préparations orales de FMT nuance substantiellement l'existence même du SIBO en tant qu'entité.

Antigène fécal d'Helicobacter pylori

Test simple, peu coûteux et non invasif pour le diagnostic de l'infection à H. pylori et le suivi après éradication. Indication : symptômes dyspeptiques, antécédent d'ulcère gastrique, ou antécédents familiaux de cancer de l'estomac. Le test est sensible et spécifique (environ 95% dans les deux sens) et moins coûteux que les tests respiratoires.

Autres analyses de selles utiles

• Recherche de sang occulte dans les selles (FIT) – dépistage du cancer colorectal, recommandé à partir de 50 ans
• Élastase fécale – insuffisance pancréatique exocrine
• pH des selles et sucres réducteurs – pour la malabsorption du lactose ou des glucides

Quand un test de microbiome a-t-il du sens ?

Quatre profils fréquents – avec des recommandations différentes :

« Je suis en bonne santé et simplement curieux » : un test 16S à domicile est acceptable par curiosité. Attente réaliste : des données intéressantes, mais peu d'apport pour les décisions cliniques. Moins cher et plus instructif : un journal alimentaire + la mise en œuvre du chapitre 4.

« J'ai des symptômes (ballonnements, alternance du transit) » : un bilan médical d'abord, avec des tests ciblés correspondant aux symptômes (calprotectine, H. pylori, test respiratoire SIBO). Un test de microbiome seulement ensuite, si votre médecin traitant le juge pertinent.

« Je suis un patient avec un diagnostic d'IBD/IBS/maladie cœliaque » : la calprotectine fait partie de la prise en charge. Un test de microbiome général n'aide pas de façon routinière à la décision.

« J'ai une inquiétude précise (par exemple un cancer colorectal familial, une suspicion d'IBD familiale) » : le dépistage par coloscopie et les tests génétiques constituent la voie principale, pas un test de microbiome.

Comment interpréter un résultat

Le même résultat remis à deux personnes donne deux types de valeur :

Lecteur non spécialiste : trois questions méritent une réponse :

1. Y a-t-il des signaux d'alerte dans le résultat (par exemple un pathogène connu comme Salmonella, C. difficile, Yersinia) ?
2. La diversité alpha est-elle extrêmement basse ?
3. Les étapes de mode de vie recommandées correspondent-elles au chapitre 4 ? Si oui, suivez-les ; si des recommandations drastiques de « détox » ou d'« élimination de tel groupe alimentaire » apparaissent, soyez méfiant.

Lecteur clinicien : examinez les aspects fonctionnels :

1. la présence de producteurs de butyrate (Faecalibacterium prausnitzii^[G], Roseburia, Eubacterium rectale),
2. l'abondance d'Akkermansia muciniphila^[G],
3. l'expansion des Enterobacteriaceae (marqueur inflammatoire).

N'interprétez la liste taxonomique sur le plan diagnostique que lorsque le contexte clinique l'appuie.

Quand le microbiome n'est pas en cause – diagnostic différentiel

Un piège fréquent mais dangereux : une personne présentant des symptômes digestifs et ayant lu quelques articles sur le microbiome tend à attribuer tous ses problèmes à une « dysbiose ». La réalité clinique est plus nuancée – dans de nombreux symptômes digestifs, le microbiome n'est au mieux qu'un acteur secondaire, et certaines affections exigent un traitement à part entière.

Symptômes dans lesquels le microbiome n'est généralement pas la cause principale

Douleur abdominale aiguë + fièvre ou défense abdominale : appendicite, cholécystite, diverticulite, perforation – bilan chirurgical ou en urgence, pas une analyse du microbiome.

Dysphagie d'apparition récente ou progressive : sténoses œsophagiennes, trouble de la motricité, parfois tumeur – endoscopie et manométrie.

Selles sanglantes aiguës + instabilité hémodynamique : hémorragie sévère (diverticulose, malformation artérioveineuse, tumeur digestive basse) – soins d'urgence.

Douleur épigastrique persistante après les repas : calculs biliaires, problème pancréatique, ulcère peptique – gastroscopie, échographie abdominale.

Perte de poids involontaire récente >5% en 6 mois : l'exclusion d'une malignité est obligatoire – dépistage tumoral.

Symptômes dans lesquels le microbiome est secondaire (traitable, mais pas de façon autonome)

Maladie cœliaque : auto-immune, déclenchée par le gluten – le régime sans gluten est le traitement principal, la restauration du microbiome un complément.

Intolérance au lactose ou au fructose : déficit enzymatique ou trouble de l'absorption – la prise en charge est alimentaire, l'étape visant le microbiome est secondaire.

Maladies endocriniennes (hyperthyroïdie, maladie d'Addison, diabète) : métaboliques, le traitement de la maladie sous-jacente est prioritaire.

Maladie mentale à expression digestive : dépression, symptômes fonctionnels causés par l'anxiété – le traitement psychologique est central.

Symptômes dans lesquels le microbiome joue probablement un rôle principal

IBS (selon les critères de Rome IV, causes organiques exclues) : tableau fonctionnel, la combinaison microbiome-axe du stress est une cible pertinente (voir chapitres 3 et 11).

Symptômes persistants liés aux antibiotiques (>4 semaines) : une perturbation du microbiome est probable, la régénération peut être accompagnée (chapitre 7).

Infection récidivante à C. difficile : la FMT est une indication clinique (chapitre 11).

Constellation non spécifique « fatigue + intestin + peau » sans altération anatomique : les leviers de mode de vie visant le microbiome (chapitres 4 et 5) offrent le meilleur rapport.

Exemple d'interprétation d'un échantillon

Supposons qu'une femme de 32 ans avec un diagnostic d'IBS réalise un test de microbiome à domicile, et que le résultat situe sa diversité alpha dans les 25% les plus bas, avec Akkermansia muciniphila indétectable et une abondance relative de Faecalibacterium prausnitzii de 1.2% (moyenne 3–7%).

Une interprétation clinique responsable :

1. Que ne dit pas ce test ? – il ne donne pas de diagnostic, ne dit pas si l'IBS est la cause ou la conséquence de l'état du microbiome, ne dit pas quelle bactérie il faudrait « remplacer »
2. Que suggère-t-il ? – une faible abondance de producteurs de butyrate est cohérente avec un IBS-D ; cohérente avec la carte des preuves du chapitre 3, mais non pathognomonique
3. Quelle démarche est justifiée ? – renforcer les bases (apport en fibres du chapitre 4, aliments fermentés) + un essai de probiotique spécifique au sous-type pendant 4 à 8 semaines (par exemple B. infantis 35624) + un diététicien clinique pour le protocole FODMAP
4. Qu'est-ce qui n'est pas justifié ? – un produit ciblé et coûteux de type « supplément d'Akkermansia » (le probiotique AKK est actuellement encore en essais cliniques ; la fiabilité des produits commerciaux est discutable)

Une interprétation irresponsable : « votre Akkermansia est à 0, vous devez donc commander un pack de polyphénols, et vous avez un IBS à cause de votre microbiome » – c'est de la surinterprétation, et cela n'aide pas la patiente.

Ce que vous pouvez faire dès demain

1. Si vous avez des symptômes : consultez votre médecin généraliste. Demandez si une calprotectine fécale, un antigène d'H. pylori, un FIT ou un test respiratoire SIBO est justifié. N'envisagez un test de microbiome qu'ensuite, si votre spécialiste le juge pertinent.
2. Si vous êtes en bonne santé : ne payez pas pour un test à domicile ; mettez plutôt en œuvre les chapitres 4 et 5. Si vous souhaitez malgré tout faire un test, choisissez-en un qui restitue les données brutes.
3. Si vous êtes un patient IBD/IBS suivi médicalement : suivez les marqueurs recommandés par votre médecin traitant. N'ajoutez pas un test de microbiome général sans en discuter avec lui.
4. Si vous êtes en âge de dépistage du cancer colorectal (45 ans et plus dans l'UE ; 50 ans et plus localement) : le FIT ou la coloscopie constitue la voie principale – un test de microbiome ne peut s'y substituer.

La suite

Le chapitre 11 traite de la boîte à outils thérapeutique : une fois que nous savons ce que nous avons mesuré et ce que cela signifie, que peut-on réellement faire ? Choix de probiotiques spécifiques à la souche, choix des prébiotiques, synbiotiques, indications de la FMT et outils de nouvelle génération.

Références

[16] Sinha R, Abu-Ali G, Vogtmann E et al. Assessment of Variation in Microbial Community Amplicon Sequencing by the Microbiome Quality Control (MBQC) Project Consortium. Nature Biotechnology. 2017. Link

[18] Gloor GB, Macklaim JM, Pawlowsky-Glahn V, Egozcue JJ. Microbiome datasets are compositional: and this is not optional. Front Microbiol. 2017. Link

[19] Costea PI, Zeller G, Sunagawa S et al. Towards Standards for Human Fecal Sample Processing in Metagenomic Studies. Nature Biotechnology. 2017. Link

[21] McLaren MR, Willis AD, Callahan BJ. Consistent and Correctable Bias in Metagenomic Sequencing Experiments. eLife. 2019. Link

[22] Sczyrba A, Hofmann P, Belmann P et al. Critical Assessment of Metagenome Interpretation -- A Benchmark of Metagenomics Software. Nature Methods. 2017. Link

[306] Mirzayi C, Renson A, Genomic Standards Consortium et al. Reporting Guidelines for Human Microbiome Research: The STORMS Checklist. Nature Medicine. 2021. Link

[476] Marotz CA, Sanders JG, Zuniga C et al. Improving Saliva Shotgun Metagenomics by Chemical Host DNA Depletion. Microbiome. 2018. Link

[541] Knight R, Vrbanac A, Taylor BC et al. Best practices for analysing microbiomes. Nat Rev Microbiol. 2018. Link

[542] McDonald D, Hyde E, Debelius JW et al. American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems. 2018. Link

[543] Allaband C, McDonald D, Vázquez-Baeza Y et al. Microbiome 101: Studying, Analyzing, and Interpreting Gut Microbiome Data for Clinicians. Clin Gastroenterol Hepatol. 2019. Link

[545] Walsham NE, Sherwood RA. Fecal calprotectin in inflammatory bowel disease. Clin Exp Gastroenterol. 2016. Link

[546] Scheffler L, Crane A, Heyne H et al. Widely Used Commercial ELISA Does Not Detect Precursor of Haptoglobin2, but Recognizes Properdin as a Potential Second Member of the Zonulin Family. Front Endocrinol. 2018. Link

[547] Rezaie A, Buresi M, Lembo A et al. Hydrogen and methane-based breath testing in gastrointestinal disorders: The North American Consensus. Am J Gastroenterol. 2017. Link

[548] Eisenhofer R, Minich JJ, Marotz C, Cooper A, Knight R, Weyrich LS. Contamination in Low Microbial Biomass Microbiome Studies: Issues and Recommendations. Trends Microbiol. 2019. Link

[549] Karstens L, Asquith M, Davin S et al. Controlling for Contaminants in Low-Biomass 16S rRNA Gene Sequencing Experiments. mSystems. 2019. Link

[558] Kennedy KM, de Goffau MC, Perez-Muñoz ME et al. Questioning the fetal microbiome illustrates pitfalls of low-biomass microbial studies. Nature. 2023. Link

[559] Drossman DA, Hasler WL. Rome IV — Functional GI Disorders: Disorders of Gut-Brain Interaction. Gastroenterology. 2016. Link