VII. 2. Références

La bibliographie complète du "MicroBiota Handbook" – les sources scientifiques originales qui se cachent derrière les numéros de référence apparaissant dans les chapitres.

Que contient la bibliographie ?

Cette annexe rassemble en un seul endroit la bibliographie complète du livre : toutes les références scientifiques citées dans les différents chapitres de l'ouvrage. Les numéros `[12]`, `[325]` et les autres qui figurent dans le corps du texte renvoient aux entrées listées ci-dessous – la numérotation est continue sur l'ensemble du livre, si bien qu'un même numéro de référence `[N]` renvoie toujours à la même source. La grande majorité des publications listées sont parues dans des revues à comité de lecture et sont également retrouvables dans les bases de données indexées (PubMed/NCBI, Crossref), auprès d'éditeurs professionnels reconnus.

Pourquoi y a-t-il un résumé sous chaque entrée ?

Sous chaque référence figure une synthèse de 5 à 6 phrases. Il ne s'agit pas du résumé officiel de l'article, mais d'un bref résumé en langage courant présentant le contexte de l'étude, la méthode utilisée, le principal résultat et sa portée clinique ou pratique. Son objectif est de permettre au lecteur de décider rapidement si la publication intégrale mérite d'être lue et si elle correspond à sa propre question ou à la situation du patient. Ces résumés vous aident à vous orienter même sans accès direct au texte intégral.

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E.1 Liste complète des références

La liste ci-dessous rassemble toutes les publications scientifiques citées dans les chapitres du livre, classées par numéro de référence. Un résumé court et accessible accompagne chaque entrée.

[7] van Nood E, Vrieze A, Nieuwdorp M et al. Duodenal infusion of donor feces for recurrent Clostridium difficile. N Engl J Med. 2013. · Link

Essai randomisé en ouvert chez des patients atteints d'infection récidivante à Clostridium difficile, comparant une perfusion duodénale de selles de donneur (après une brève cure de vancomycine et un lavage intestinal) à un traitement standard par vancomycine pendant 14 jours, avec ou sans lavage intestinal. Le critère de jugement principal était la résolution de la diarrhée sans rechute à 10 semaines. L'essai a été arrêté précocement lors de l'analyse intermédiaire : 13/16 patients (81 %) du groupe TMF ont obtenu une résolution après une seule perfusion, dépassant largement les deux groupes vancomycine. Cette étude établit la supériorité de la TMF sur la monothérapie antibiotique dans l'ICD récidivante et constitue la base de preuves fondatrice pour la translation clinique de la TMF.

[16] Sinha R, Abu-Ali G, Vogtmann E et al. Assessment of Variation in Microbial Community Amplicon Sequencing by the Microbiome Quality Control (MBQC) Project Consortium. Nature Biotechnology. 2017. · Link

L'étude de référence du Microbiome Quality Control (MBQC) a évalué la variabilité du profilage taxonomique entre 15 laboratoires et 9 protocoles bio-informatiques, en utilisant des échantillons de selles, de chémostat et de communautés artificielles en aveugle. La variabilité dépendait le plus du type et de l'origine du biospécimen, suivis de l'extraction d'ADN, de l'environnement de manipulation des échantillons et du pipeline bio-informatique. Les analyses de communautés artificielles ont révélé des différences quantitatives dans l'efficacité d'extraction et la classification bio-informatique. Ces résultats soulignent la nécessité d'une standardisation pour permettre la méta-analyse des études de microbiote à l'échelle populationnelle.

[18] Gloor GB, Macklaim JM, Pawlowsky-Glahn V, Egozcue JJ. Microbiome datasets are compositional: and this is not optional. Front Microbiol. 2017. · Link

Les jeux de données de microbiote générés par séquençage à haut débit d'amplicons d'ARNr 16S, de métagénomes ou de métatranscriptomes sont intrinsèquement compositionnels, car l'instrument impose un total arbitraire. Cette revue explique les biais qui apparaissent lorsque des données compositionnelles sont analysées avec des méthodes non compositionnelles, et propose des recommandations pour appliquer l'analyse de données compositionnelles tout au long des workflows d'étude du microbiote. Le cadre compositionnel est présenté comme essentiel, et non optionnel, pour une inférence valide.

[19] Costea PI, Zeller G, Sunagawa S et al. Towards Standards for Human Fecal Sample Processing in Metagenomic Studies. Nature Biotechnology. 2017. · Link

21 protocoles représentatifs d'extraction d'ADN ont été testés sur des échantillons fécaux identiques, et les effets de la préparation des bibliothèques et du stockage ont été comparés à la variation biologique intra-individuelle. L'extraction d'ADN avait l'effet technique le plus important sur les résultats métagénomiques. Les protocoles ont été classés selon la quantité et la qualité d'ADN, ainsi que les biais dans la diversité communautaire et le rapport Gram-positif/Gram-négatif. Les auteurs recommandent une méthode d'extraction d'ADN standardisée et transférable, validée à l'aide d'une communauté fictive de composition connue, pour les études métagénomiques de selles humaines.

[21] McLaren MR, Willis AD, Callahan BJ. Consistent and Correctable Bias in Metagenomic Sequencing Experiments. eLife. 2019. · Link

Les mesures par séquençage de gènes marqueurs et par métagénomique sont systématiquement biaisées vers la détection de certains taxons au détriment d'autres, rendant les abondances taxonomiques générées par différents protocoles quantitativement incomparables et propices à des conclusions biologiques erronées. Les auteurs proposent un modèle mathématique du biais expérimental fondé sur des propriétés réelles des expériences, et le valident à l'aide de données d'ARNr 16S et de métagénomique shotgun issues de communautés bactériennes définies. Ce modèle s'ajuste mieux aux données expérimentales que les cadres antérieurs, plus complexes, et ouvre une voie vers la correction du biais.

[22] Sczyrba A, Hofmann P, Belmann P et al. Critical Assessment of Metagenome Interpretation -- A Benchmark of Metagenomics Software. Nature Methods. 2017. · Link

Le défi Critical Assessment of Metagenome Interpretation (CAMI) a évalué les logiciels de métagénomique à l'aide de jeux de données réalistes hautement complexes issus d'environ 700 micro-organismes nouvellement séquencés et d'environ 600 nouveaux virus et plasmides. L'assemblage et le binning se sont révélés performants pour les espèces représentées par des génomes individuels, mais nettement dégradés en présence de souches étroitement apparentées. Le profilage taxonomique et le binning étaient performants aux rangs taxonomiques élevés, avec une chute marquée en dessous du niveau de la famille. Les réglages des paramètres influençaient fortement les performances, soulignant l'importance de la reproductibilité. CAMI fournit une feuille de route pour le choix des logiciels.

[28] Vétizou M, Pitt JM, Daillère R et al. Anticancer immunotherapy by CTLA-4 blockade relies on the gut microbiota. Science. 2015. · Link

L'effet antitumoral du blocage de CTLA-4 dépend d'espèces spécifiques de Bacteroides. Chez la souris et chez les patients, les réponses des lymphocytes T contre B. thetaiotaomicron ou B. fragilis étaient corrélées à l'efficacité du traitement. Les souris traitées par antibiotiques ou axéniques ne répondaient pas à l'anti-CTLA-4, et ce défaut était corrigé par gavage de B. fragilis, immunisation par polysaccharide, ou transfert de lymphocytes T spécifiques de B. fragilis. La transplantation de microbiote fécal de l'humain vers la souris a confirmé que le traitement par anti-CTLA-4 chez des patients atteints de mélanome favorise la prolifération de B. fragilis, dotée d'une activité anticancéreuse.

[36] Cammarota G, Ianiro G, Tilg H et al. European consensus conference on faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut. 2017. · Link

Conférence de consensus européenne élaborant des recommandations fondées sur les preuves pour la TMF en pratique clinique, avec 28 experts de 10 pays collaborant au sein de groupes de travail. Les énoncés ont été générés par une revue fondée sur les preuves, évalués électroniquement via un processus Delphi, puis finalisés lors d'une séance de consensus plénière. Les recommandations couvrent les indications de la TMF, la sélection des donneurs, la préparation du matériel fécal, la prise en charge clinique, les modalités d'administration fécale, et les exigences minimales pour établir un centre de TMF. Cette conférence fournit le cadre européen de standardisation pour une TMF sûre et encadrée.

[59] Thaiss CA, Zeevi D, Levy M et al. Transkingdom control of microbiota diurnal oscillations promotes metabolic homeostasis. Cell. 2014. · Link

Étude mécanistique chez la souris et l'humain démontrant que le microbiote intestinal présente des oscillations circadiennes pilotées par les rythmes alimentaires, produisant des profils compositionnels et fonctionnels spécifiques à chaque moment de la journée. La perturbation des composants de l'horloge moléculaire de l'hôte ou le décalage horaire entraînait des oscillations aberrantes du microbiote et une dysbiose via une altération du rythme alimentaire. La dysbiose induite par le décalage horaire, chez les deux espèces, favorisait une intolérance au glucose et une obésité transmissibles par TMF à des receveurs axéniques. Cette étude identifie la régulation croisée circadienne microbiote-hôte comme un mécanisme de maladie métabolique.

[60] Benedict C, Vogel H, Jonas W et al. Gut microbiota and glucometabolic alterations in response to recurrent partial sleep deprivation in normal-weight young individuals. Mol Metab. 2016. · Link

Étude randomisée croisée intra-sujet chez 9 hommes de poids normal comparant deux nuits de privation partielle de sommeil (PSD ; 02h45–07h00) à deux nuits de sommeil normal (22h30–07h00) dans des conditions standardisées de repas et d'exercice en laboratoire. Des échantillons fécaux ont été prélevés et une hyperglycémie provoquée par voie orale a été testée. L'étude a évalué si une perte de sommeil de courte durée modifie la composition et la fonction du microbiote intestinal, apportant des preuves humaines précoces reliant la restriction de sommeil à des altérations aiguës du microbiote et à une résistance à l'insuline.

[62] Clarke SF, Murphy EF, O'Sullivan O et al. Exercise and associated dietary extremes impact on gut microbial diversity. Gut. 2014. · Link

Étude transversale par séquençage d'amplicons d'ARNr 16S comparant la composition du microbiote intestinal chez des athlètes professionnels de rugby à des groupes témoins appariés pour la taille physique, l'âge et le sexe. Les athlètes présentaient une diversité microbienne plus élevée et une structure communautaire distincte, liée à la fois à l'exercice extrême et aux différences alimentaires associées. Cette étude apporte des preuves précoces que l'exercice de haut niveau et l'alimentation façonnent conjointement le microbiote intestinal, et soutient les investigations ultérieures sur la triade exercice-alimentation-microbiome dans la santé métabolique et immunitaire.

[93] Goldenberg JZ, Yap C, Lytvyn L et al. Probiotics for the prevention of Clostridium difficile-associated diarrhea in adults and children. Cochrane Database Syst Rev. 2017. · Link

Revue systématique sur les probiotiques pour la prévention primaire de la diarrhée associée à Clostridium difficile chez les adultes recevant des antibiotiques. La revue évalue l'efficacité et la sécurité dans un contexte de recommandations des guides de pratique qui n'approuvent pas la prophylaxie probiotique malgré des preuves probiotiques de haute qualité. Cette synthèse soutient la prophylaxie probiotique comme efficace et sûre chez les adultes hospitalisés recevant des antibiotiques, sélectionnés de manière appropriée.

[106] Wastyk HC, Fragiadakis GK, Perelman D et al. Gut-microbiota-targeted diets modulate human immune status. Cell. 2021. · Link

Essai prospectif randomisé de 17 semaines (n=18/groupe) chez des adultes en bonne santé comparant un régime riche en fibres à un régime riche en aliments fermentés, avec profilage multi-omique du microbiome et de l'immunité de l'hôte. Le régime riche en fibres a augmenté les CAZymes dégradant les glycanes codées par le microbiome, malgré une diversité stable. Le régime riche en aliments fermentés a augmenté la diversité du microbiome et diminué plusieurs marqueurs inflammatoires. Ces résultats démontrent des effets microbiome-immunité spécifiques au régime alimentaire et soutiennent les aliments fermentés comme un puissant modulateur, favorisant la diversité, de l'axe intestin-immunité.

[122] Costantini L, Molinari R, Farinon B, Merendino N. Impact of Omega-3 Fatty Acids on the Gut Microbiota. Int J Mol Sci. 2017. · Link

Les habitudes alimentaires à long terme façonnent un microbiote intestinal propre à chaque hôte, mais les effets des graisses alimentaires sont moins bien caractérisés que ceux des glucides. Les rares études de supplémentation en AGPI oméga-3 chez l'adulte humain montrent des changements cohérents : diminution de Faecalibacterium, augmentation des Bacteroidetes et des Lachnospiraceae productrices de butyrate. Comme la dysbiose de ces taxons survient dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, les AGPI oméga-3 pourraient exercer un effet bénéfique en restaurant la composition microbienne et en augmentant la production d'acides gras à chaîne courte anti-inflammatoires.

[141] David LA, Maurice CF, Carmody RN et al. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome. Nature. 2014. · Link

La consommation à court terme de régimes composés entièrement de produits animaux versus végétaux a produit des changements spectaculaires et reproductibles dans la structure de la communauté microbienne intestinale humaine, dépassant les différences interindividuelles. Le régime d'origine animale a augmenté les microbes tolérants aux sels biliaires (Alistipes, Bilophila, Bacteroides) et diminué les Firmicutes fermentant les polysaccharides végétaux (Roseburia, E. rectale, R. bromii), reflétant les profils herbivore versus carnivore. Bilophila wadsworthia a proliféré sous le régime d'origine animale, reliant mécanistiquement les graisses alimentaires, les acides biliaires et la prolifération de microbes capables de déclencher une maladie inflammatoire chronique de l'intestin.

[154] Suez J, Korem T, Zeevi D et al. Artificial sweeteners induce glucose intolerance by altering the gut microbiota. Nature. 2014. · Link

Les édulcorants artificiels non caloriques (NAS) ont induit une intolérance au glucose chez la souris et chez l'humain via des changements compositionnels et fonctionnels du microbiote intestinal. Le traitement antibiotique a supprimé les effets métaboliques délétères, et les souris axéniques recevant des transplants fécaux de souris consommant des NAS (ou de microbiote incubé avec des NAS) ont développé une intolérance au glucose. Les voies métaboliques microbiennes altérées par les NAS étaient liées à une susceptibilité aux maladies métaboliques, avec une dysbiose similaire et une intolérance au glucose démontrées chez des sujets humains sains. Ces résultats appellent à une réévaluation de l'usage généralisé des NAS.

[159] Chassaing B, Koren O, Goodrich JK et al. Dietary emulsifiers impact the mouse gut microbiota promoting colitis and metabolic syndrome. Nature. 2015. · Link

Chez des souris de type sauvage, des concentrations relativement faibles de deux émulsifiants ubiquitaires — la carboxyméthylcellulose (CMC) et le polysorbate-80 (P80) — ont induit une inflammation de bas grade et une obésité/syndrome métabolique, et ont favorisé une colite marquée chez des souris prédisposées. La barrière muqueuse protectrice et la composition du microbiote étaient perturbées. Ces résultats impliquent les émulsifiants alimentaires, composants ubiquitaires des aliments transformés, dans l'augmentation des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin et des troubles métaboliques observée depuis le milieu du XXe siècle.

[161] Desai MS, Seekatz AM, Koropatkin NM et al. A dietary fiber-deprived gut microbiota degrades the colonic mucus barrier and enhances pathogen susceptibility. Cell. 2016. · Link

Chez des souris gnotobiotiques colonisées par un microbiote intestinal humain synthétique, une carence alimentaire chronique ou intermittente en fibres a conduit le microbiote à utiliser les glycoprotéines de mucus sécrétées par l'hôte comme source de nutriments, érodant la barrière muqueuse colique. La combinaison d'une carence en fibres et d'un microbiote érodant le mucus a permis un accès épithélial accru et une colite létale par le pathogène mucosal Citrobacter rodentium. Ces résultats relient l'alimentation, le microbiome et le dysfonctionnement de la barrière intestinale, et identifient les fibres alimentaires comme un facteur clé de protection de la barrière, exploitable pour des stratégies thérapeutiques.

[162] Suez J, Cohen Y, Valdés-Mas R et al. Personalized microbiome-driven effects of non-nutritive sweeteners on human glucose tolerance. Cell. 2022. · Link

Essai contrôlé randomisé chez 120 adultes en bonne santé recevant de la saccharine, du sucralose, de l'aspartame ou de la stévia (à des doses inférieures à la dose journalière admissible) versus un véhicule glucosé ou aucun supplément pendant 2 semaines. Les quatre édulcorants non nutritifs ont modifié de manière distincte le microbiome fécal/oral et le métabolome plasmatique ; la saccharine et le sucralose ont significativement altéré les réponses glycémiques. Des souris gnotobiotiques colonisées par des microbiomes provenant des répondeurs humains extrêmes (les plus et les moins réactifs) ont reproduit les réponses glycémiques spécifiques au donneur, démontrant que les édulcorants non nutritifs peuvent induire des altérations glycémiques dépendantes du microbiome, propres à chaque individu.

[172] Halmos EP, Power VA, Shepherd SJ, Gibson PR, Muir JG. A diet low in FODMAPs reduces symptoms of irritable bowel syndrome. Gastroenterology. 2014. · Link

Essai croisé randomisé en simple aveugle chez 30 patients atteints du SII et 8 témoins comparant un régime pauvre en FODMAP (avec une période de sevrage ≥21 jours). Presque toute la nourriture était fournie. Le groupe pauvre en FODMAP a présenté une réduction significativement plus importante des symptômes du SII, mesurés sur des échelles visuelles analogiques de 0 à 100 mm, confirmant que le régime pauvre en FODMAP est une intervention efficace pour le contrôle des symptômes du SII par rapport à un régime occidental standard.

[204] Allen JM, Mailing LJ, Niemiro GM et al. Exercise alters gut microbiota composition and function in lean and obese humans. Med Sci Sports Exerc. 2018. · Link

Cet essai d'entraînement d'endurance de 6 semaines chez 32 adultes auparavant sédentaires, minces (n=18) ou obèses (n=14), a évalué les changements induits par l'exercice dans la composition, la fonction et la production métabolique du microbiote intestinal, suivi d'une période de sevrage sédentaire de 6 semaines. L'entraînement progressait de 30 à 60 minutes à 60-75 % de la réserve de fréquence cardiaque, trois jours par semaine. L'analyse de la bêta-diversité a montré que les altérations du microbiote induites par l'exercice dépendaient du statut pondéral. Ces résultats indiquent que l'entraînement d'endurance remodèle le microbiote intestinal de manière dépendante du phénotype de l'hôte, avec des effets partiellement réversibles au retour à l'inactivité.

[213] Cryan JF, Dinan TG. Mind-altering microorganisms: the impact of the gut microbiota on brain and behaviour. Nat Rev Neurosci. 2012. · Link

Cette revue synthétise les preuves selon lesquelles le microbiote intestinal influence la fonction cérébrale et le comportement via des voies neuronales, endocriniennes et immunitaires. Les animaux axéniques et les modèles d'infection pathogène, de probiotiques ou d'antibiotiques impliquent les bactéries intestinales dans la régulation de l'anxiété, de l'humeur, de la cognition et de la douleur. L'axe microbiote-intestin-cerveau apparaît comme une cible exploitable pour développer de nouvelles thérapeutiques contre les troubles complexes du SNC. Les auteurs appellent à des études translationnelles établissant des liens de causalité chez l'humain.

[218] Dethlefsen L, Relman DA. Incomplete recovery and individualized responses of the human distal gut microbiota to repeated antibiotic perturbation. Proc Natl Acad Sci USA. 2011. · Link

Cette étude longitudinale a examiné le microbiote intestinal distal de trois individus sur 10 mois, couvrant deux cures de ciprofloxacine, en analysant 1,7 million de séquences d'ARNr 16S provenant de 52 à 56 échantillons par sujet. La variation interindividuelle dominait ; les communautés intra-sujet de référence étaient stables sur plusieurs mois. La ciprofloxacine a profondément réduit la diversité et modifié la composition en 3 à 4 jours après le début du traitement, avec une récupération incomplète et spécifique à chaque individu. Ces résultats caractérisent la résilience du microbiote intestinal et la perturbation durable causée par une exposition répétée aux fluoroquinolones.

[222] Forslund K, Hildebrand F, Nielsen T et al. Disentangling type 2 diabetes and metformin treatment signatures in the human gut microbiota. Nature. 2015. · Link

À partir de 784 métagénomes intestinaux humains, cette étude a démêlé les signatures microbiennes du diabète de type 2 (DT2) de celles liées aux effets des traitements antidiabétiques, montrant que les médicaments antidiabétiques, en particulier la metformine, confondent les associations antérieures de dysbiose liée au DT2. Les auteurs apportent des preuves d'une médiation microbienne des effets thérapeutiques de la metformine par la production d'acides gras à chaîne courte, ainsi que de mécanismes médiés par le microbiote à l'origine des effets secondaires gastro-intestinaux connus, incluant une augmentation relative des espèces d'Escherichia. Ces résultats soulignent que le statut thérapeutique doit être contrôlé lors de la caractérisation des microbiomes associés aux maladies.

[229] Maier L, Pruteanu M, Kuhn M et al. Extensive impact of non-antibiotic drugs on human gut bacteria. Nature. 2018. · Link

Ce criblage in vitro a testé plus de 1000 médicaments commercialisés contre 40 souches bactériennes intestinales représentatives, et a montré que 24 % des médicaments à visée humaine, toutes classes thérapeutiques confondues, inhibaient au moins une souche. Les antipsychotiques étaient surreprésentés dans ce groupe. Les effets des médicaments sur les bactéries intestinales étaient corrélés à des effets secondaires de type antibiotique chez l'humain et concordaient avec les données de cohortes existantes. La sensibilité aux antibiotiques et aux médicaments à visée humaine était corrélée entre espèces, indiquant des mécanismes de résistance partagés, vérifiés pour plusieurs médicaments. Ces résultats soulèvent la préoccupation que des médicaments non antibiotiques puissent favoriser la résistance aux antibiotiques.

[234] Routy B, Le Chatelier E, Derosa L et al. Gut microbiome influences efficacy of PD-1–based immunotherapy against epithelial tumors. Science. 2018. · Link

Cette étude translationnelle a montré que la résistance primaire aux inhibiteurs de points de contrôle immunitaire (ICI) anti-PD-1/PD-L1 dans les cancers avancés peut être attribuée à une composition anormale du microbiome intestinal, les antibiotiques réduisant le bénéfice clinique des ICI. La TMF de répondeurs aux ICI vers des souris axéniques ou traitées par antibiotiques a restauré l'efficacité du blocage de PD-1 ; la TMF de non-répondeurs ne l'a pas fait. La métagénomique fécale a corrélé la réponse aux ICI avec l'abondance d'Akkermansia muciniphila. L'administration orale d'A. muciniphila après une TMF de non-répondeur a restauré l'efficacité de l'anti-PD-1 via le recrutement de lymphocytes T CD4+ CCR9+CXCR3+ dépendant de l'IL-12. Ces résultats établissent la modulation du microbiome comme un adjuvant à l'immunothérapie anticancéreuse.

[238] Dominguez-Bello MG, Costello EK, Contreras M et al. Delivery mode shapes the acquisition and structure of the initial microbiota across multiple body habitats in newborns. Proc Natl Acad Sci USA. 2010. · Link

Cette étude a utilisé le pyroséquençage multiplexé de l'ARNr 16S pour caractériser les communautés bactériennes de 10 dyades mère-nouveau-né (4 accouchements par voie basse, 6 par césarienne), en échantillonnant la peau, la bouche et le vagin des mères avant l'accouchement, ainsi que la peau, la bouche, l'aspirat nasopharyngé et le méconium des nouveau-nés dans les 24 heures. Le mode d'accouchement a fortement façonné l'établissement du microbiote néonatal dans tous les habitats corporels : les nourrissons nés par voie basse hébergeaient des communautés ressemblant au microbiote vaginal maternel, tandis que les nourrissons nés par césarienne ressemblaient au microbiote cutané maternel. Ces résultats documentent l'influence fondatrice du mode d'accouchement sur le microbiome humain initial.

[300] Goodrich JK, Waters JL, Poole AC et al. Human genetics shape the gut microbiome. Cell. 2014. · Link

Cette étude a comparé les microbiotes de plus de 1000 échantillons fécaux issus de la population TwinsUK, incluant 416 paires de jumeaux, afin de tester les effets génétiques de l'hôte sur le microbiote intestinal. De nombreux taxons microbiens présentaient une abondance héréditaire, notamment la famille des Christensenellaceae, qui formait un réseau de co-occurrence avec d'autres bactéries héréditaires et des archées méthanogènes. Les Christensenellaceae et leurs partenaires étaient enrichis chez les individus à faible indice de masse corporelle. Ces résultats apportent, à l'échelle populationnelle, des preuves que la génétique de l'hôte façonne le microbiote intestinal et interagit avec lui pour influencer le phénotype métabolique.

[306] Mirzayi C, Renson A, Genomic Standards Consortium et al. Reporting Guidelines for Human Microbiome Research: The STORMS Checklist. Nature Medicine. 2021. · Link

Ce consensus méthodologique, élaboré par des chercheurs pluridisciplinaires en microbiote, a adapté les recommandations de déclaration de l'épidémiologie observationnelle et génétique dans l'outil Strengthening The Organization and Reporting of Microbiome Studies (STORMS). STORMS est une liste de contrôle en 17 items, organisée en six sections correspondant à la structure de publication habituelle, avec de nouveaux éléments pour les analyses de laboratoire, bio-informatiques et statistiques propres aux études de microbiote indépendantes de la culture. Ces travaux fournissent un cadre de déclaration standardisé facilitant la rédaction des manuscrits, l'évaluation par les pairs, la compréhension des lecteurs et l'analyse comparative des études de microbiote.

[381] Househam AM, Peterson CT, Mills PJ, Chopra D. The effects of stress and meditation on the immune system, human microbiota, and epigenetics. Adv Mind Body Med. 2017. · Link

Cette revue de 2017 d'Househam, Peterson, Mills et Chopra, parue dans Advances in Mind-Body Medicine, examine les effets du stress et de la méditation sur le système immunitaire, le microbiote humain et l'épigénétique. Les auteurs synthétisent les preuves selon lesquelles le stress psychologique chronique active la libération de cortisol par l'axe HPA, une dysrégulation autonome et une production de cytokines pro-inflammatoires, avec des altérations dysbiotiques documentées du microbiote intestinal (diminution de Lactobacillus et Bifidobacterium, augmentation des pathobiontes). À l'inverse, les pratiques de méditation — pleine conscience, yoga, méditation transcendantale — montrent des effets sur la longueur des télomères, la méthylation de l'ADN, l'expression des gènes inflammatoires et la composition du microbiote. La revue soutient un cadre d'axe intestin-cerveau-immunité-esprit et motive des essais d'interventions corps-esprit pour le dysfonctionnement du microbiome lié au stress.

[382] Zeb F, Wu X, Chen L et al. Effect of time-restricted feeding on metabolic risk and circadian rhythm associated with gut microbiome in healthy males. Br J Nutr. 2020. · Link

Cette étude a examiné les effets de l'alimentation à horaires restreints (time-restricted feeding, TRF) sur les marqueurs métaboliques, le rythme circadien et le microbiote intestinal chez des hommes adultes en bonne santé. Les sujets ont été répartis en groupes TRF (n=56) ou non-TRF (n=24) pour un essai de 25 jours. Le sang a été prélevé avant et après le TRF (groupe TRF) ou une seule fois à 25 jours (groupe non-TRF). Les profils lipidiques sériques et hépatiques ont été mesurés ; la PCR en temps réel a évalué l'expression des gènes circadiens et inflammatoires. Le TRF a amélioré le profil lipidique sérique et les marqueurs hépatiques, modulé l'expression des gènes circadiens et inflammatoires dans un sens cohérent avec un bénéfice métabolique, et produit des changements de rythme liés au microbiote intestinal. Ces résultats soutiennent le TRF comme stratégie non pharmacologique alignant la fenêtre alimentaire sur la biologie circadienne pour réduire le risque métabolique.

[402] Feuerstadt P, Louie TJ, Lashner B et al. SER-109, an Oral Microbiome Therapy for Recurrent Clostridioides difficile Infection. New England Journal of Medicine. 2022. · Link

Cet essai randomisé de phase III (ECOSPOR III) a testé le SER-109, un traitement microbiobiotique oral composé de spores purifiées de Firmicutes, chez des adultes ayant présenté ≥3 épisodes d'ICD (incluant l'épisode aigu qualifiant). Après une antibiothérapie standard, les patients ont reçu du SER-109 ou un placebo (4 gélules par jour pendant 3 jours). Le diagnostic nécessitait un test de toxine à l'entrée dans l'essai, avec stratification selon l'âge et l'antibiotique utilisé. Le critère de jugement principal d'efficacité était la réduction du risque de récidive de l'ICD à 8 semaines. Le SER-109 a démontré une supériorité significative par rapport au placebo pour une réponse clinique soutenue. Les analyses ont également documenté un engraftment du microbiome et des changements des métabolites microbiens cohérents avec le mécanisme de la formulation sporale. Cet essai a soutenu l'approbation par la FDA du SER-109 (Vowst) comme premier traitement microbiobiotique oral pour l'ICD récidivante.

[476] Marotz CA, Sanders JG, Zuniga C et al. Improving Saliva Shotgun Metagenomics by Chemical Host DNA Depletion. Microbiome. 2018. · Link

Pour permettre le séquençage métagénomique shotgun d'échantillons oraux dominés par l'hôte, trois kits commerciaux de déplétion de l'ADN hôte, une filtration par taille, et une nouvelle méthode de lyse osmotique + monoazide de propidium (lyPMA) ont été comparés dans la salive humaine. La lyPMA était la méthode la plus efficace, réduisant les lectures alignées sur l'hôte de 89,29 ± 0,03 % dans les échantillons non traités à 8,53 ± 0,10 %. De plus, les échantillons traités par lyPMA présentaient le biais taxonomique le plus faible par rapport aux témoins non traités. Cette méthode est recommandée pour l'enrichissement en ADN microbien à partir d'échantillons oraux riches en hôte dans les études métagénomiques.

[504] Gionchetti P, Rizzello F, Helwig U et al. Prophylaxis of pouchitis onset with probiotic therapy: a double-blind, placebo-controlled trial. Gastroenterology. 2003. · [DOI](https://doi.org/10.1016/S0016-5085(03)

L'article de 2003 de Gionchetti et collègues dans Gastroenterology est l'essai de référence, en double aveugle contrôlé contre placebo, du probiotique VSL#3 pour la prophylaxie de la pochite après anastomose iléo-anale avec réservoir (IPAA) dans la rectocolite hémorragique. Quarante patients atteints de RCH post-IPAA ont été randomisés pendant un an pour recevoir soit VSL#3 (un mélange de quatre souches de Lactobacillus, trois de Bifidobacterium et de Streptococcus thermophilus), soit un placebo. La pochite est survenue chez 10 % du groupe VSL#3 contre 40 % sous placebo (p<0,05), avec une qualité de vie significativement meilleure sous probiotique. Cet essai a établi le VSL#3 comme preuve de grade A pour la prévention de la pochite dans les recommandations de l'ECCO et de l'AGA.

[505] Bin-Nun A, Bromiker R, Wilschanski M et al. Oral probiotics prevent necrotizing enterocolitis in very low birth weight neonates. J Pediatr. 2005. · Link

Des nouveau-nés ≤1500 g ont été randomisés pour recevoir soit une supplémentation alimentaire quotidienne par un mélange probiotique (Bifidobacterium infantis, Streptococcus thermophilus, Bifidobacterium bifidus ; 10^9 UFC/jour), soit aucun supplément. Le poids de naissance, l'âge gestationnel et le délai d'atteinte de l'alimentation complète ne différaient pas entre les 72 nourrissons de l'étude et les 73 témoins. L'incidence de l'entérocolite nécrosante (ECN) était significativement réduite dans le groupe probiotique (4 % vs 16,4 % ; p=0,03), et la sévérité de l'ECN selon les critères de Bell était plus faible (2,3 ± 0,5 vs 1,3 ± 0,5 ; p=0,005). Les probiotiques prophylactiques réduisent à la fois l'incidence et la sévérité de l'ECN chez les nourrissons de très faible poids de naissance.

[506] Sokol H, Pigneur B, Watterlot L et al. Faecalibacterium prausnitzii is an anti-inflammatory commensal bacterium identified by gut microbiota analysis of Crohn disease patients. Proc Natl Acad Sci USA. 2008. · Link

Le microbiote associé à la muqueuse a été profilé chez des patients atteints de maladie de Crohn (MC) lors d'une résection chirurgicale puis 6 mois plus tard, par FISH. Une réduction de Faecalibacterium prausnitzii — membre majeur des Firmicutes — était associée à un risque plus élevé de récidive iléale postopératoire de la MC ; un taux plus faible de F. prausnitzii sur la muqueuse iléale réséquée était également corrélé à la récidive endoscopique à 6 mois. Des expériences in vitro et in vivo (colite induite par le TNBS) ont démontré les effets anti-inflammatoires de F. prausnitzii. Cette espèce constitue un biomarqueur potentiel du risque de récidive postopératoire et une cible thérapeutique candidate dans la MC.

[507] Costello SP, Hughes PA, Waters O et al. Effect of fecal microbiota transplantation on 8-week remission in patients with ulcerative colitis: a randomized clinical trial. JAMA. 2019. · Link

Un essai multicentrique, randomisé, en double aveugle, mené dans trois centres australiens, a inclus 73 adultes atteints de rectocolite hémorragique légère à modérée. Les patients ont reçu une TMF de donneur poolé préparée en anaérobiose (n=38) ou une TMF autologue (n=35) par coloscopie suivie de 2 lavements sur 7 jours, avec un suivi de 12 mois. L'hypothèse était que le traitement anaérobie des selles améliore la viabilité microbienne et permette une efficacité avec une TMF plus courte et moins intensive. Cet essai soutient la TMF préparée en anaérobiose, de courte durée, comme thérapie d'induction efficace dans la RCH active.

[508] Camilleri, M. Diagnosis and treatment of irritable bowel syndrome: a review. JAMA. 2021. · Link

Le syndrome de l'intestin irritable (SII) touche 7 à 16 % de la population américaine, le plus souvent des femmes et de jeunes adultes, avec des coûts directs annuels dépassant 1 milliard de dollars US. Le diagnostic a traditionnellement été fondé sur les symptômes. Les études de validation des critères de consensus fondés sur les symptômes favorisent une identification simplifiée des symptômes cardinaux (douleur abdominale, dysfonction intestinale, ballonnements) et l'exclusion des symptômes d'alarme (perte de poids involontaire, saignement rectal, changement récent du transit intestinal). La précision diagnostique est améliorée par une anamnèse complémentaire, un examen physique incluant un toucher rectal, et des tests de dépistage de base (hémoglobine, protéine C-réactive) pour exclure une maladie organique.

[510] Verdu EF, Galipeau HJ, Jabri B. Novel players in coeliac disease pathogenesis: role of the gut microbiota. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2015. · Link

Plusieurs études indiquent une altération de la composition et de la fonction du microbiote intestinal dans la maladie cœliaque — altérations pouvant précéder l'apparition de la maladie et/ou persister sous régime sans gluten. Le microbiote pourrait favoriser ou atténuer l'immunopathologie associée à la maladie cœliaque. Cette revue synthétise les preuves actuelles reliant la génétique de l'hôte, les facteurs environnementaux et le microbiote intestinal dans la pathogenèse de la maladie, et souligne l'importance des modèles animaux (utilisant la technologie gnotobiotique) et des études cliniques à long terme pour établir des relations de cause à effet et évaluer la modulation du microbiote comme stratégie thérapeutique ou préventive.

[511] Kostic AD, Chun E, Robertson L et al. Fusobacterium nucleatum potentiates intestinal tumorigenesis and modulates the tumor-immune microenvironment. Cell Host Microbe. 2013. · Link

Les espèces de Fusobacterium étaient enrichies dans les adénomes coliques humains par rapport aux tissus environnants, et dans les selles de patients atteints d'adénome ou de carcinome colorectal par rapport aux sujets sains. Dans le modèle murin ApcMin/+, F. nucleatum a augmenté la multiplicité tumorale et recruté sélectivement des cellules myéloïdes infiltrant la tumeur, favorisant la progression tumorale. Les tumeurs des souris exposées à F. nucleatum partageaient une signature pro-inflammatoire avec les carcinomes colorectaux humains Fusobacterium-positifs. Contrairement à d'autres bactéries associées au cancer colorectal, F. nucleatum n'a pas aggravé la colite ni la carcinogenèse associée à l'inflammation, suggérant un mécanisme distinct, piloté par les cellules myéloïdes.

[513] Davar D, Dzutsev AK, McCulloch JA et al. Fecal microbiota transplant overcomes resistance to anti-PD-1 therapy in melanoma patients. Science. 2021. · Link

Un essai clinique a évalué la TMF issue de répondeurs, combinée à l'anti-PD-1, chez des patients atteints de mélanome réfractaire au PD-1. La combinaison a été bien tolérée, a apporté un bénéfice clinique chez 6 des 15 patients, et a induit une perturbation rapide et durable du microbiote. Les répondeurs présentaient une abondance accrue de taxons précédemment associés à la réponse à l'anti-PD-1, une activation accrue des lymphocytes T CD8+, et une diminution des cellules myéloïdes exprimant l'IL-8. Des signatures protéomiques et métabolomiques distinctes, ainsi que des analyses de réseaux transrègnes, ont confirmé la régulation par le microbiome intestinal de ces changements immunitaires. La TMF peut surmonter la résistance au blocage de PD-1 dans le mélanome.

[514] Walters WA, Xu Z, Knight R. Meta-analyses of human gut microbes associated with obesity and IBD. FEBS Lett. 2014. · Link

Une signature microbiotique cohérente des MICI a été identifiée à travers plusieurs cohortes, permettant une classification très précise des sujets MICI versus non-MICI lorsque les données d'ARNr 16S étaient réanalysées avec un pipeline commun. En revanche, bien que les individus aient pu être classés comme minces ou obèses avec une précision significative au sein de chaque cohorte — cohérent avec un transfert expérimental du phénotype —, les signatures de l'obésité n'étaient pas cohérentes entre les études, même avec une analyse harmonisée. Ces résultats indiquent que les corrélations microbe-pathologie à taille d'effet plus faible (obésité) nécessitent des stratégies de cohorte et d'analyse différentes de celles à effet plus important (MICI).

[515] Vrieze A, Van Nood E, Holleman F et al. Transfer of intestinal microbiota from lean donors increases insulin sensitivity in individuals with metabolic syndrome. Gastroenterology. 2012. · Link

Des hommes receveurs atteints de syndrome métabolique ont été randomisés pour recevoir une perfusion intestinale grêle de microbiote allogénique (donneur mince) ou autologue. Six semaines après la perfusion de donneur mince, la sensibilité à l'insuline a augmenté (taux médian de disparition du glucose : 26,2 → 45,3 μmol/kg/min ; p<0,05), avec une augmentation parallèle du microbiote intestinal producteur de butyrate. Cette étude de validation de principe soutient le développement du microbiote intestinal comme agent thérapeutique pour améliorer la sensibilité à l'insuline chez l'humain.

[516] Aron-Wisnewsky J, Vigliotti C, Witjes J et al. Gut microbiota and human NAFLD: disentangling microbial signatures from metabolic disorders. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2020. · Link

La dysbiose du microbiote intestinal est fréquemment rapportée dans l'obésité et le diabète de type 2, tous deux fortement liés à la stéatose hépatique non alcoolique (NAFLD). Des études animales suggèrent un rôle causal potentiel du microbiote intestinal dans la NAFLD. Les études humaines ont commencé à identifier des signatures du microbiome distinguant les individus sains de ceux atteints de NAFLD, de NASH ou de cirrhose, mais les facteurs de confusion métaboliques ne sont pas toujours pris en compte. Des lésions hétérogènes, une variabilité démographique et des méthodes de séquençage/diagnostic différentes peuvent expliquer les résultats discordants, indiquant la nécessité d'études futures standardisées et bien contrôlées.

[517] Stiemsma LT, Reynolds LA, Turvey SE, Finlay BB. The hygiene hypothesis: current perspectives and future therapies. ImmunoTargets Ther. 2015. · Link

Les pays développés ont connu une augmentation constante des troubles atopiques et de dysrégulation immunitaire depuis les années 1980, en parallèle d'une diminution des maladies infectieuses. L'hypothèse hygiéniste originale (Strachan, 1989) a été élargie au cours de la dernière décennie en hypothèses de la « microflore » et des « vieux amis », reliant le microbiote commensal et les helminthes parasites au développement immunitaire normal. Les preuves actuelles soutiennent le potentiel de la manipulation du microbiote intestinal pour traiter ou prévenir les maladies atopiques, les MICI et le diabète de type 1, et soulignent la coévolution de l'immunité humaine avec ses partenaires microbiens et parasitaires.

[518] Parodi A, Paolino S, Greco A et al. Small intestinal bacterial overgrowth in rosacea: clinical effectiveness of its eradication. Clin Gastroenterol Hepatol. 2008. · Link

Chez 113 patients ambulatoires consécutifs atteints de rosacée (31 hommes / 82 femmes ; âge moyen 52 ± 15 ans) et 60 témoins sains appariés par sexe et âge, des tests respiratoires au lactulose et au glucose ont évalué la prolifération bactérienne de l'intestin grêle (SIBO). Les patients SIBO-positifs ont été randomisés pour recevoir de la rifaximine 1200 mg/jour pendant 10 jours ou un placebo ; un sous-groupe SIBO-négatif a également reçu de la rifaximine. L'éradication a été évaluée 1 mois après le traitement. Cet essai soutient une association cliniquement pertinente entre le SIBO et la rosacée, ainsi que l'efficacité de l'éradication du SIBO par la rifaximine pour améliorer les symptômes de la rosacée.

[519] Kang DW, Adams JB, Coleman DM et al. Long-term benefit of Microbiota Transfer Therapy on autism symptoms and gut microbiota. Sci Rep. 2019. · Link

Suivi en ouvert à 2 ans d'un essai de Microbiota Transfer Therapy (MTT) chez 18 participants — combinant antibiotiques, lavage intestinal, suppresseur d'acide gastrique et TMF — chez des enfants atteints de troubles du spectre autistique. La plupart des améliorations gastro-intestinales ont été maintenues, et les symptômes liés à l'autisme se sont encore améliorés après la fin du traitement. Les changements clés du microbiote (augmentation significative de la diversité bactérienne et de l'abondance relative de Bifidobacterium et Prevotella) ont persisté au suivi. Ces résultats soutiennent la sécurité et les bénéfices durables de la MTT basée sur la TMF dans les TSA.

[520] Sampson TR, Debelius JW, Thron T et al. Gut microbiota regulate motor deficits and neuroinflammation in a model of Parkinson's disease. Cell. 2016. · Link

Chez des souris surexprimant l'α-synucléine, modélisant la maladie de Parkinson, le microbiote intestinal était nécessaire aux déficits moteurs, à l'activation microgliale et à la pathologie de l'α-synucléine. Le traitement antibiotique a amélioré, et la recolonisation microbienne a favorisé, la physiopathologie chez les animaux adultes — indiquant qu'une signalisation postnatale intestin-cerveau module la maladie. L'administration orale de métabolites microbiens spécifiques à des souris axéniques a favorisé la neuroinflammation et les symptômes moteurs. Ces résultats établissent un lien fonctionnel entre les bactéries intestinales et les synucléinopathies, et suggèrent le ciblage du microbiote comme stratégie thérapeutique dans la maladie de Parkinson.

[521] Liu RT, Walsh RFL, Sheehan AE. Prebiotics and probiotics for depression and anxiety: a systematic review and meta-analysis of controlled clinical trials. Neurosci Biobehav Rev. 2019. · Link

Une méta-analyse à effets aléatoires de 34 essais cliniques contrôlés a évalué les effets des prébiotiques et probiotiques sur la dépression et l'anxiété. Les prébiotiques ne différaient pas du placebo pour la dépression (d=-0,08 ; p=0,51) ni pour l'anxiété (d=0,12 ; p=0,11). Les probiotiques ont produit des effets faibles mais significatifs pour la dépression (d=-0,24 ; p<0,01) et l'anxiété (d=-0,10 ; p=0,03). Le type d'échantillon modérait l'effet des probiotiques sur la dépression, avec un effet plus important dans les échantillons cliniques/médicaux (d=-0,45 ; p<0,001) que dans les échantillons communautaires ; une analyse restreinte préliminaire des échantillons psychiatriques a donné un effet moyen à important (d=-0,73 ; p<0,001).

[522] Dominy SS, Lynch C, Ermini F et al. Porphyromonas gingivalis in Alzheimer's disease brains: evidence for disease causation and treatment with small-molecule inhibitors. Sci Adv. 2019. · Link

Porphyromonas gingivalis, le pathogène clé de la parodontite chronique, et ses protéases gingipaïnes toxiques ont été identifiés dans des cerveaux atteints de la maladie d'Alzheimer (MA), les taux de gingipaïnes étant corrélés à la pathologie tau et ubiquitine. L'infection orale par P. gingivalis chez la souris a colonisé le cerveau et augmenté la production d'Aβ1-42. Les gingipaïnes étaient neurotoxiques in vitro et in vivo, endommageant la protéine tau. Des inhibiteurs de gingipaïnes à petites molécules ont réduit la charge cérébrale en P. gingivalis, bloqué la production d'Aβ1-42, atténué la neuroinflammation et sauvé les neurones hippocampiques — soutenant l'inhibition des gingipaïnes comme stratégie thérapeutique dans la MA.

[523] Scher JU, Sczesnak A, Longman RS et al. Expansion of intestinal Prevotella copri correlates with enhanced susceptibility to arthritis. eLife. 2013. · Link

La polyarthrite rhumatoïde (PR) est une maladie auto-immune systémique pilotée par des facteurs génétiques et environnementaux. Les auteurs ont réalisé un séquençage de l'ARNr 16S sur 114 échantillons de selles (patients PR et témoins), ainsi qu'un séquençage shotgun sur un sous-ensemble de 44. Prevotella copri était fortement corrélée à la maladie dans la PR récente non traitée (NORA) ; une abondance accrue de Prevotella était corrélée à une diminution des Bacteroides et à la perte de microbes rapportés comme bénéfiques. Des gènes uniques de Prevotella étaient également corrélés à la maladie. Ces résultats relient l'expansion de P. copri à la pathogenèse précoce de la PR et suggèrent des biomarqueurs et cibles thérapeutiques fondés sur le microbiote.

Dans un modèle de MRC chez le rat (alimentation à 0,7 % d'adénine pendant 2 semaines), le charbon actif oral AST-120 (4 g/kg/jour pendant 2 semaines) a été testé pour sa capacité présumée à adsorber l'urée et l'ammoniac dérivé de l'urée, atténuant ainsi la perturbation de la barrière épithéliale intestinale et l'inflammation systémique induites par la MRC. La MRC altère la fonction de barrière intestinale, permettant un afflux systémique de produits nocifs. Cette étude soutient l'AST-120 comme stratégie thérapeutique pour préserver les jonctions serrées épithéliales et réduire l'inflammation systémique dans la MRC en modifiant l'environnement chimique intestinal.

[525] Pasini E, Aquilani R, Testa C et al. Pathogenic gut flora in patients with chronic heart failure. JACC Heart Fail. 2016. · Link

60 patients stables et bien nourris atteints d'insuffisance cardiaque chronique (ICC) (NYHA I–II n=30 ; NYHA III–IV n=30) ainsi que 20 témoins sains appariés ont subi une culture des selles pour les bactéries et les champignons (Candida), une mesure de la perméabilité intestinale (test au sucre cellobiose), une mesure échocardiographique de la pression auriculaire droite (PAD), et un dosage de la CRP. Cette étude corrèle la flore intestinale pathogène et la perméabilité intestinale avec la sévérité de la maladie, la congestion veineuse et l'inflammation dans l'ICC, soutenant l'hypothèse selon laquelle la translocation de la flore intestinale contribue à l'inflammation systémique dans l'ICC.

[526] Anand S, Mande SS. Diet, microbiota and gut-lung connection. Front Microbiol. 2018. · Link

Le microbiote intestinal influence l'homéostasie métabolique et immunitaire. L'alimentation est un déterminant majeur de sa composition et des métabolites qu'il produit, lesquels modulent l'immunité gastro-intestinale et impactent des organes distaux tels que le poumon et le cerveau. La micro-aspiration de bactéries intestinales et la migration de cellules immunitaires sensibilisées via la lymphe ou le sang peuvent également façonner des réponses immunitaires spécifiques à l'organe. La dysbiose a été impliquée dans des maladies pulmonaires incluant l'allergie, l'asthme et la mucoviscidose, soutenant l'axe intestin-poumon comme cible thérapeutique dans les maladies respiratoires.

[541] Knight R, Vrbanac A, Taylor BC et al. Best practices for analysing microbiomes. Nat Rev Microbiol. 2018. · Link

Revue des meilleures pratiques pour la conception des études de microbiote, le choix des technologies moléculaires, l'analyse des données et l'intégration multi-omique. Les auteurs recommandent les variants de séquence exacts (ASV) plutôt que les analyses fondées sur les OTU ; discutent des méthodes de combinaison des données métagénomiques et métabolomiques ; et abordent l'analyse de données compositionnelles, domaine où les progrès ont été particulièrement rapides. Les préoccupations classiques de conception expérimentale et de reproductibilité de la recherche restent essentielles. Les garder à l'esprit permet une compréhension plus approfondie des jeux de données de microbiote, dans des contextes humains comme environnementaux.

[542] McDonald D, Hyde E, Debelius JW et al. American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems. 2018. · Link

Le projet American Gut a comparé plus de 10 000 échantillons de selles de citoyens-scientifiques des États-Unis, du Royaume-Uni et d'Australie à des échantillons environnementaux, en utilisant les protocoles standardisés de l'Earth Microbiome Project. Les microbiomes fécaux humains ont montré une bêta-diversité étonnamment large par rapport aux échantillons environnementaux. L'intégration de données ouvertes a permis la découverte de nouvelles molécules et d'associations métabolomiques non ciblées avec une consommation diversifiée de plantes (un prédicteur plus fort que des variables catégorielles réductrices comme le véganisme). Ces travaux démontrent la faisabilité d'échantillons de microbiote auto-collectés et envoyés par courrier pour reproduire des associations connues et en révéler de nouvelles, y compris des liens avec les maladies psychiatriques et des perturbations individuelles telles que la chirurgie.

[543] Allaband C, McDonald D, Vázquez-Baeza Y et al. Microbiome 101: Studying, Analyzing, and Interpreting Gut Microbiome Data for Clinicians. Clin Gastroenterol Hepatol. 2019. · Link

Revue à visée clinique du contenu du microbiome, de la variabilité inter- et intra-sujet, des considérations de conception d'étude et des facteurs de confusion, ainsi que des méthodes de laboratoire et informatiques pour lire le microbiote, les produits géniques et les métabolites. Les pièges courants pour les cliniciens sont soulignés : l'idée fausse que le microbiome d'un individu est stable ; que l'alimentation induit des changements rapides importants par rapport aux différences interindividuelles ; que toutes les personnes partagent un microbiome fécal de base commun ; et que tous les pipelines de laboratoire/informatiques produisent des résultats équivalents. Comprendre les limites actuelles et les perspectives futures est essentiel pour la translation vers la pratique clinique de routine.

[545] Walsham NE, Sherwood RA. Fecal calprotectin in inflammatory bowel disease. Clin Exp Gastroenterol. 2016. · Link

Les MICI et le SII partagent de nombreux symptômes cliniques, ce qui rend un diagnostic précis essentiel, car le traitement des MICI évolue rapidement tandis que le SII est largement pris en charge de manière symptomatique. L'évaluation clinique associée à l'imagerie et à l'endoscopie a longtemps constitué le pilier diagnostique. Au cours de la dernière décennie, les biomarqueurs fécaux de l'inflammation digestive — principalement la calprotectine, une protéine cytosolique des neutrophiles — sont entrés dans la pratique courante. La calprotectine permet une évaluation objective de l'activité de la maladie et de la réponse au traitement dans l'évolution chronique à rechutes-rémissions des MICI (maladie de Crohn, rectocolite hémorragique).

[546] Scheffler L, Crane A, Heyne H et al. Widely Used Commercial ELISA Does Not Detect Precursor of Haptoglobin2, but Recognizes Properdin as a Potential Second Member of the Zonulin Family. Front Endocrinol. 2018. · Link

Les auteurs montrent que le dosage ELISA commercial de zonuline, largement utilisé, ne mesure pas la pré-haptoglobine-2 (« véritable » zonuline) : la spectrométrie de masse a identifié le complément C3 et la properdine (facteur P du complément) comme les protéines reconnues par le kit, et non la pré-HP2 — remettant en cause la validité des données de zonuline obtenues avec ce test en tant que marqueur de la barrière intestinale.

[547] Rezaie A, Buresi M, Lembo A et al. Hydrogen and methane-based breath testing in gastrointestinal disorders: The North American Consensus. Am J Gastroenterol. 2017. · Link

Des questions d'enquête préalable réparties sur cinq domaines (indications, préparation, réalisation, interprétation, lacunes de connaissances) ont été envoyées à 17 cliniciens-chercheurs ; 10 ont assisté à une réunion en présentiel. Selon une approche fondée sur les preuves, 28 énoncés ont été finalisés et soumis à un vote anonyme du groupe de travail. Un consensus a été atteint sur 26 énoncés couvrant les cinq domaines. Ces recommandations visent à standardiser les indications, la méthodologie et l'interprétation des tests respiratoires pour les syndromes de malabsorption des glucides et la prolifération bactérienne de l'intestin grêle (SIBO).

[548] Eisenhofer R, Minich JJ, Marotz C, Cooper A, Knight R, Weyrich LS. Contamination in Low Microbial Biomass Microbiome Studies: Issues and Recommendations. Trends Microbiol. 2019. · Link

Le séquençage nouvelle génération en recherche sur le microbiote permet des relevés communautaires à haute sensibilité, mais détecte également efficacement l'ADN contaminant et la contamination croisée, en particulier dans les échantillons à faible biomasse. Les auteurs passent en revue les sources et l'impact de la contamination, et identifient les mesures clés pour l'atténuer. Ils proposent une liste de critères minimaux, « RIDE », pour améliorer la validité des futures études à faible biomasse microbienne — couvrant les contrôles de réactifs et d'instruments, le suivi de la contamination interne, les séries de dilution d'ADN et les témoins positifs expérimentaux.

[549] Karstens L, Asquith M, Davin S et al. Controlling for Contaminants in Low-Biomass 16S rRNA Gene Sequencing Experiments. mSystems. 2019. · Link

Même jeu de données que la référence 471 : une série de dilution de communauté fictive a testé quatre méthodes computationnelles de décontamination (filtrage par témoins négatifs, filtrage par abondance, Decontam, SourceTracker). La proportion d'ADN contaminant augmentait avec la diminution de la biomasse — 80,1 % dans l'échantillon le plus dilué. Ce benchmark oriente le choix des pipelines bio-informatiques d'élimination de la contamination, en particulier pour les échantillons à faible biomasse microbienne, où les méthodes in silico ont des limites inhérentes.

[558] Kennedy KM, de Goffau MC, Perez-Muñoz ME et al. Questioning the fetal microbiome illustrates pitfalls of low-biomass microbial studies. Nature. 2023. · Link

Les auteurs évaluent les études récentes affirmant une colonisation microbienne des fœtus humains et de l'environnement intra-utérin, sous les angles de la biologie de la reproduction, de l'écologie microbienne, de la bio-informatique, de l'immunologie, de la microbiologie clinique et de la gnotobiologie. Ils concluent que les signaux microbiens détectés résultent probablement d'une contamination survenue lors du prélèvement, de l'extraction d'ADN ou du séquençage. L'existence de populations microbiennes vivantes et se répliquant dans un tissu fœtal sain est incompatible avec les principes établis de l'immunologie, de la microbiologie clinique et de la dérivation des mammifères axéniques. Le microbiome fœtal sert d'exemple d'avertissement des pièges du séquençage à faible biomasse et de la nécessité d'une approche transdisciplinaire.

[559] Drossman DA, Hasler WL. Rome IV — Functional GI Disorders: Disorders of Gut-Brain Interaction. Gastroenterology. 2016. · Link

L'article de 2016 de Drossman et Hasler dans Gastroenterology présente Rome IV — la révision majeure des critères diagnostiques de Rome pour les troubles fonctionnels digestifs, désormais reformulés comme « troubles de l'interaction intestin-cerveau ». Ce nouveau cadre intègre les concepts biopsychosociaux, de l'axe microbiote-intestin-cerveau, et d'hypersensibilité viscérale, remplaçant l'ancienne étiquette « fonctionnelle » par une terminologie tenant compte des mécanismes. L'article détaille les mises à jour des critères diagnostiques pour le SII, la dyspepsie fonctionnelle, la constipation/diarrhée fonctionnelle, la douleur abdominale et d'autres troubles, avec des seuils de fréquence des symptômes et des définitions de sous-types révisés. Rome IV constitue la référence opérationnelle mondiale pour le diagnostic des troubles fonctionnels/TIIC, largement citée dans la pratique clinique, la recherche et la littérature microbiote-SII.

[560] Thomas RL, Jiang L, Adams JS et al. Vitamin D Metabolites and the Gut Microbiome in Older Men. Nat Commun. 2020. · Link

Analyse transversale portant sur 567 hommes âgés : des taux plus élevés de 1,25(OH)2D actif étaient associés à une abondance plus importante de bactéries productrices de butyrate (dont Faecalibacterium) et à une diversité microbienne plus élevée. La direction de causalité reste indéterminée, mais cette association positive est confirmée par les données humaines.

[561] Hill C, Guarner F, Reid G et al. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2014. · Link

Un panel d'experts de l'ISAPP réuni en octobre 2013 a réexaminé le domaine des probiotiques 13 ans après la définition initiale de la FAO/OMS. Le panel a confirmé que la définition de la FAO/OMS — « micro-organismes vivants qui, administrés en quantités adéquates, confèrent un bénéfice pour la santé de l'hôte » — reste pertinente et suffisamment large pour s'appliquer aux usages actuels et anticipés. Les incohérences entre le rapport de la consultation d'experts FAO/OMS et les lignes directrices FAO/OMS ont été clarifiées à la lumière des avancées scientifiques et des usages. Cette déclaration de consensus promeut un emploi plus rigoureux du terme « probiotique » pour aider les cliniciens et les consommateurs à différencier les produits sur le marché.

[562] Su GL, Ko CW, Bercik P et al. AGA Clinical Practice Guidelines on the Role of Probiotics in the Management of Gastrointestinal Disorders. Gastroenterology. 2020. · Link

L'article de 2020 de Su, Ko, Bercik et collègues dans Gastroenterology présente les recommandations de pratique clinique de l'American Gastroenterological Association (AGA) sur le rôle des probiotiques dans la prise en charge des troubles gastro-intestinaux. Le panel d'experts a examiné les preuves concernant la pochite, l'infection à Clostridioides difficile, la diarrhée associée aux antibiotiques, le SII, les MICI, la gastro-entérite infectieuse aiguë (adultes et enfants), et l'entérocolite nécrosante. La recommandation soutient conditionnellement les probiotiques pour des indications sélectionnées (prophylaxie de la pochite : VSL#3 ; prévention de l'entérocolite nécrosante : association Lactobacillus + Bifidobacterium), et déconseille les probiotiques pour le SII, l'induction/le maintien des MICI et la gastro-entérite infectieuse aiguë chez l'adulte, faute de preuves suffisantes. Cette recommandation constitue la référence opérationnelle de l'AGA pour un usage probiotique fondé sur les preuves dans les troubles digestifs.

[563] Gibson GR, Hutkins R, Sanders ME et al. Expert consensus document: The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of prebiotics. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2017. · Link

Un panel d'experts de l'ISAPP réuni en décembre 2016 a réexaminé et actualisé la définition des prébiotiques. Conformément au concept original, la définition mise à jour établit qu'un prébiotique est « un substrat utilisé de manière sélective par les micro-organismes de l'hôte conférant un bénéfice pour la santé ». Cette définition élargie permet d'inclure des substrats non glucidiques, des applications au-delà du tractus gastro-intestinal, et un usage dans diverses catégories non alimentaires ; l'exigence de mécanismes sélectifs médiés par le microbiote est maintenue. Des effets bénéfiques documentés sur la santé sont requis, et la définition s'applique aux prébiotiques humains comme animaux.

[564] Salminen S, Collado MC, Endo A et al. The International Scientific Association of Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of postbiotics. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2021. · Link

Un panel de l'ISAPP en 2019 a réexaminé le terme « postbiotique », de plus en plus utilisé mais défini de manière incohérente. Ils ont défini un postbiotique comme « une préparation de micro-organismes inanimés et/ou de leurs composants qui confère un bénéfice pour la santé de l'hôte ». Pour être efficaces, les postbiotiques doivent contenir des cellules microbiennes inactivées ou des composants cellulaires, avec ou sans métabolites, contribuant au bénéfice de santé observé. Le panel a discuté des preuves existantes des effets des postbiotiques sur la santé, des mécanismes d'action proposés, des niveaux de preuve requis, des considérations de sécurité et des implications pour les parties prenantes.

[565] Wilson BC, Vatanen T, Cutfield WS, O'Sullivan JM. The Super-Donor Phenomenon in Fecal Microbiota Transplantation. Front Cell Infect Microbiol. 2019. · Link

La TMF est très efficace pour l'infection récidivante à Clostridium difficile, mais son efficacité dans les maladies chroniques associées à la dysbiose a été modeste et variable. Plusieurs études suggèrent que le résultat de la TMF dépend de la diversité et de la composition microbienne du donneur de selles, donnant naissance au concept de « super-donneurs » pour la TMF. Cette revue explore les espèces clés comme prédicteurs du succès de la TMF, et examine comment la génétique de l'hôte et l'alimentation peuvent influencer l'engraftment et son maintien — fournissant un cadre pour une bactériothérapie plus ciblée et stratifiée par donneur.

[588] Ahmed S, Spence JD. Mediterranean diet, the gut microbiome and meditation: a systematic review. Nutrients. 2022. · Link

L'alimentation et l'activité physique façonnent toutes deux le microbiote intestinal, avec des conséquences pertinentes pour la santé. Cette revue résume les connaissances actuelles sur la façon dont les régimes occidental, cétogène, végétalien, sans gluten et méditerranéen, ainsi que les modalités d'exercice intensif, d'endurance et aérobie, modifient la composition et la fonction du microbiote. De nombreux facteurs — sexe, âge, mode de vie, traitements médicamenteux — influencent également le microbiote, le reliant aux maladies et aux troubles immunitaires. Les interactions alimentation-microbiote et exercice-microbiote apparaissent comme des leviers actionnables pour la prévention et la prise en charge des maladies cardiovasculaires, neuroendocriniennes, respiratoires et musculosquelettiques.

[592] Mutlu EA, Comba IY, Cho T et al. Inhalational exposure to particulate matter air pollution alters the composition of the gut microbiome. Environ Pollut. 2018. · Link

Des souris C57BL/6 ont été exposées, par inhalation, à des particules atmosphériques ambiantes concentrées ou à de l'air filtré, 8 h/jour, 5 jours/semaine pendant 3 semaines. Après l'exposition, les tissus du tractus digestif et les selles ont été prélevés et le microbiote intestinal analysé. Ce modèle examine comment les particules — déposées directement ou délivrées indirectement via la clairance mucociliaire et la déglutition de salive/mucus — altèrent l'épithélium digestif et le microbiote. Ces résultats relient la pollution atmosphérique inhalée à des changements du microbiote intestinal, soutenant un axe voies aériennes-intestin comme mécanisme par lequel les particules ambiantes pourraient contribuer aux maladies gastro-intestinales.

[593] Duan H, Yu L, Tian F et al. Gut microbiota: A target for heavy metal toxicity and a probiotic protective strategy. Sci Total Environ. 2020. · Link

L'exposition aux métaux lourds (ML) pourrait contribuer à la progression des maladies métaboliques via une perturbation du microbiote intestinal. Cette revue décrit la relation bidirectionnelle : les ML modifient la composition et la fonction du microbiote intestinal, tandis que les bactéries intestinales affectent l'absorption et le métabolisme des ML via des effets de barrière physique, la modulation du pH et de l'équilibre oxydatif, et une expression altérée des enzymes de détoxification et des transporteurs de métaux. Le microbiote intestinal influence également l'intégrité de la barrière intestinale, affectant indirectement l'absorption des ML. Les stratégies probiotiques — renforcement de la séquestration intestinale des ML, détoxification des ML, modulation de l'expression des transporteurs de métaux et maintien de la fonction de barrière — sont examinées comme approches protectrices contre la dysbiose induite par les ML.

[599] Bokulich NA, Chung J, Battaglia T et al. Antibiotics, birth mode, and diet shape microbiome maturation during early life. Sci Transl Med. 2016. · Link

Le développement microbien a été profilé chez 43 nourrissons américains au cours des deux premières années de vie. Les expositions précoces — usage d'antibiotiques, césarienne et alimentation au lait maternisé — étaient associées à un établissement perturbé des bactéries maternelles, à un développement retardé du microbiome et à une altération de l'alpha-diversité. Ces résultats illustrent la complexité de la maturation du microbiome en début de vie et sa sensibilité aux perturbations courantes durant la fenêtre néonatale critique — pertinent pour le risque immunitaire et métabolique à long terme.

[600] Imhann F, Bonder MJ, Vich Vila A et al. Proton pump inhibitors affect the gut microbiome. Gut. 2016. · Link

L'usage des IPP et la composition du microbiote intestinal ont été évalués par séquençage de l'ARNr 16S chez 1815 individus répartis dans trois cohortes. Les utilisateurs d'IPP ont été comparés aux non-utilisateurs dans chaque cohorte, puis les résultats ont fait l'objet d'une méta-analyse. Les IPP figurent parmi les 10 médicaments les plus utilisés au monde et ont été associés à un risque d'infection entérique, en particulier à Clostridium difficile. Cette étude confirme que l'usage des IPP modifie la composition du microbiome intestinal dans des directions pouvant altérer la résistance à la colonisation — apportant un fondement mécanistique à l'association épidémiologique entre les IPP et les infections entériques.

[601] Targownik LE, Fisher DA, Saini SD. AGA Clinical Practice Update on De-Prescribing of Proton Pump Inhibitors: Expert Review. Gastroenterology. 2022. · Link

Une mise à jour clinique fournit des recommandations de bonnes pratiques pour la déprescription des IPP chez les patients ambulatoires. Les IPP figurent parmi les médicaments les plus prescrits et sont de plus en plus utilisés pour des indications au bénéfice incertain, contribuant à la polymédication et au fardeau économique. L'usage des IPP a été de plus en plus associé à des événements indésirables liés aux IPP (EIALI). Ces recommandations promeuvent des stratégies structurées de déprescription pour réduire le fardeau médicamenteux, les coûts réels et les risques théoriques, tout en garantissant que les patients ayant des indications appropriées poursuivent leur traitement.

[605] Plottel CS, Blaser MJ. Microbiome and malignancy. Cell Host Microbe. 2011. · Link

Pourquoi seuls certains individus exposés à des cancérogènes ou génétiquement prédisposés développent un cancer reste inexpliqué. Au-delà des facteurs classiques, le microbiome humain — bactéries, archées, eucaryotes et virus colonisant l'humain dès la naissance — est apparu comme un modulateur. Cette revue présente les principes et paradigmes des malignités liées au microbiome à travers trois études de cas : les effets du microbiote sur la néoplasie locale et adjacente, le modèle de l'« estrobolome » des effets hormonaux à distance sur les cancers hormono-dépendants, et les interactions complexes entre le microbiome et un virus latent conduisant à une malignité.

[609] Berg G, Rybakova D, Fischer D et al. Microbiome definition re-visited: old concepts and new challenges. Microbiome. 2020. · Link

Un panel international d'experts au sein du projet européen MicrobiomeSupport (environ 40 responsables, appuyés par plus de 100 répondants à une enquête en ligne) a abordé l'absence de définition communément admise du terme « microbiome ». L'article propose une définition fondée sur la description compacte et complète fournie par Whipps et al. en 1988, complétée par de nouvelles recommandations reflétant les derniers développements technologiques et de recherche. Un consensus sur les meilleures pratiques et un cadre conceptuel plus clair visent à harmoniser la recherche sur le microbiome à travers les disciplines.

[610] Sender R, Fuchs S, Milo R. Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body. PLoS Biol. 2016. · Link

Les valeurs rapportées pour le nombre de cellules dans le corps varient de plusieurs ordres de grandeur et sont rarement étayées par des mesures. En intégrant des informations actualisées, les auteurs estiment le nombre total de bactéries chez un « homme de référence » de 70 kg à 3,8·10^13. Ils estiment le nombre de cellules humaines à 3,0·10^13, la lignée hématopoïétique dominant ce total (environ 90 %). Le ratio bactéries/cellules humaines de 10:1, largement cité, est révisé : les nombres de cellules bactériennes et humaines sont du même ordre de grandeur, avec une masse bactérienne totale d'environ 0,2 kg.

[612] Earle KA, Billings G, Sigal M et al. Quantitative imaging of gut microbiota spatial organization. Cell Host Microbe. 2015. · Link

Les auteurs présentent BacSpace, un logiciel flexible, ainsi qu'un pipeline d'imagerie pour la quantification à haut débit de l'organisation spatiale du microbiote intestinal au sein d'images d'immunofluorescence de coupes transversales intestinales fixées. Appliqué à des souris gnotobiotiques et colonisées par un microbiote humain, le pipeline a montré que l'élimination des glucides accessibles au microbiote (MAC) amincit le mucus du côlon distal, augmente la proximité microbienne avec l'épithélium, et élève le marqueur inflammatoire REG3β. Un régime pauvre en MAC modifie également le regroupement spatial monophylétique. Cette approche se généralise à d'autres contextes (invasion des glandes gastriques de souris par Helicobacter pylori), permettant des études spatio-fonctionnelles de l'interaction hôte-microbiote.

[613] Smith PM, Howitt MR, Panikov N et al. The microbial metabolites, short-chain fatty acids, regulate colonic Treg cell homeostasis. Science. 2013. · Link

Les auteurs ont étudié la régulation des lymphocytes T régulateurs (Treg) coliques Foxp3+, qui contrôlent l'inflammation intestinale. Les acides gras à chaîne courte (AGCC) produits par le microbiote intestinal ont régulé la taille et la fonction du pool de Treg coliques et ont protégé contre la colite de manière dépendante de Ffar2 chez la souris. Ces résultats établissent une classe de métabolites microbiens abondants comme mécanisme de coadaptation microbiote-immunité, soutenant l'homéostasie colique et fournissant un fondement moléculaire pour des interventions basées sur les AGCC dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin.

[615] Atarashi K, Tanoue T, Oshima K et al. Treg induction by a rationally selected mixture of Clostridia strains from the human microbiota. Nature. 2013. · Link

À partir d'un échantillon fécal humain sain, une stratégie de sélection séquentielle a isolé 17 souches bactériennes du microbiote humain indigène qui induisent fortement les lymphocytes T régulateurs (Treg) CD4+FOXP3+ et des médiateurs anti-inflammatoires (IL-10, ICOS) chez des souris axéniques colonisées. Le séquençage du génome a montré que les 17 souches appartenaient toutes aux clusters IV, XIVa et XVIII des Clostridia, dépourvus de toxines et de facteurs de virulence importants. Ce travail fournit une approche rationnelle, à consortium défini, pour développer des probiotiques immunomodulateurs contre les maladies allergiques et inflammatoires.

[617] Lindell AE, Zimmermann-Kogadeeva M, Patil KR. Multimodal interactions of drugs, natural compounds and pollutants with the gut microbiota. Nat Rev Microbiol. 2022. · Link

Cette revue résume les mécanismes d'interaction entre les bactéries intestinales et les xénobiotiques — antibiotiques, médicaments à visée humaine, composés alimentaires naturels, additifs alimentaires et polluants environnementaux. Au-delà de l'alimentation, les médicaments à petites molécules et autres xénobiotiques sont apparus comme des effecteurs majeurs de la composition et de la fonction du microbiote intestinal, avec des conséquences sur le métabolisme des médicaments, l'immunomodulation et le risque de maladie. Comprendre ces interactions bidirectionnelles est essentiel pour la médecine personnalisée et pour l'évaluation des expositions environnementales.

[619] Mishra A, Lai GC, Yao LJ et al. Microbial exposure during early human development primes fetal immune cells. Cell. 2021. · Link

L'amorçage immunitaire fœtal a été exploré en profilant les signaux microbiens dans les organes fœtaux par séquençage de l'ARNr 16S. Des signaux microbiens faibles mais constants ont été détectés dans l'intestin, la peau, le placenta et les poumons fœtaux durant le 2e trimestre. Plusieurs bactéries vivantes — dont Staphylococcus et Lactobacillus — ont été isolées et ont induit in vitro une activation des lymphocytes T mémoire dans le ganglion lymphatique mésentérique fœtal. La microscopie électronique à balayage et l'hybridation in situ de l'ARN ont visualisé des structures ressemblant à des bactéries et de l'ARN eubactérien dans la lumière intestinale fœtale à 14 semaines, soutenant une présence sélective de microbes vivants et un rôle dans l'amorçage immunitaire prénatal. (L'interprétation est contestée — voir réf. 558 et réf. 479.)

[623] Stewart CJ, Ajami NJ, O'Brien JL et al. Temporal development of the gut microbiome in early childhood from the TEDDY study. Nature. 2018. · Link

Les échantillons fécaux longitudinaux de l'étude TEDDY (3 à 46 mois) provenant de 903 enfants — 12 005 échantillons d'ARNr 16S et 10 867 échantillons métagénomiques — ont défini trois phases de développement du microbiome intestinal : développementale (mois 3-14), transitionnelle (mois 15-30) et stable (mois 31-46). L'allaitement (exclusif ou partiel) était le facteur le plus déterminant influençant la structure du microbiome ; l'allaitement était associé à des taux plus élevés d'espèces de Bifidobacterium (B. breve, B. bifidum), et l'arrêt de l'allaitement accélérait une maturation marquée par les Firmicutes. Ces résultats caractérisent le dialogue microbien-immunitaire pertinent pour l'auto-immunité des îlots et le développement du diabète de type 1.

[624] von Hertzen L, Hanski I, Haahtela T. Natural immunity. Biodiversity loss and inflammatory diseases are two global megatrends that might be related. EMBO Rep. 2011. · Link

Le commentaire de 2011 de von Hertzen, Hanski et Haahtela dans EMBO Reports, « Natural immunity. Biodiversity loss and inflammatory diseases are two global megatrends that might be related », synthétise une perspective écologico-immunologique reliant le déclin de la biodiversité environnementale à la charge croissante des maladies inflammatoires et allergiques. Les auteurs proposent qu'un contact réduit avec des microbes environnementaux diversifiés — dû à l'urbanisation, aux environnements antiseptiques, aux aliments transformés et à la perte de paysages riches en biodiversité — altère l'entraînement de la tolérance immunitaire en début de vie, contribuant à l'allergie, à l'asthme, aux MICI et aux maladies auto-immunes. Ils relient l'hypothèse hygiéniste/des « vieux amis » aux données mondiales de perte de biodiversité, et appellent à une politique de santé environnementale intégrant l'exposition au microbiome comme intervention de santé publique. Cet article est une référence fondatrice pour le cadre biodiversité-microbiome-santé.

[625] Fitzstevens JL, Smith KC, Hagadorn JI et al. Systematic review of the human milk microbiota. Nutr Clin Pract. 2017. · Link

Une revue systématique de PubMed (janvier 1964 - juin 2015) a caractérisé le microbiote du lait humain. Douze études répondaient aux critères d'inclusion (mères en bonne santé, langue anglaise, identification des bactéries du lait humain par des méthodes indépendantes de la culture, résultats rapportés au niveau du genre). Les études variaient selon la géographie et les méthodes de collecte, de stockage et d'analyse du lait. Les microbes du lait humain semblent coloniser précocement l'intestin du nourrisson et pourraient influencer les résultats de santé à court et long terme ; l'hétérogénéité méthodologique limite la comparaison entre études et souligne la nécessité de protocoles standardisés.

[626] Biagi E, Nylund L, Candela M et al. Through ageing, and beyond: gut microbiota and inflammatory status in seniors and centenarians. PLoS One. 2010. · Link

Le microbiote intestinal de jeunes adultes, de personnes âgées et de centenaires (>100 ans) a été profilé par HITChip et PCR quantitative de l'ARNr 16S. Les jeunes adultes et les personnes de 70 ans avaient des microbiotes très similaires ; les centenaires différaient significativement. Après 100 ans de symbiose, le microbiote présentait un réarrangement des Firmicutes et un enrichissement en anaérobies facultatifs incluant des pathobiontes. Ce microbiote compromis était associé à l'« inflammaging » — des marqueurs inflammatoires élevés dans le sang périphérique — en partie expliqué par une diminution marquée de Faecalibacterium prausnitzii anti-inflammatoire et de ses apparentés chez les centenaires.

[628] Rothschild D, Weissbrod O, Barkan E et al. Environment dominates over host genetics in shaping human gut microbiota. Nature. 2018. · Link

Les données de génotype et de microbiome de 1046 individus en bonne santé de plusieurs ascendances ont démontré que la composition du microbiome intestinal n'est pas significativement associée à l'ascendance génétique, la génétique de l'hôte ne jouant qu'un rôle mineur. À l'inverse, des individus génétiquement non apparentés partageant un même foyer avaient des microbiomes significativement similaires. Plus de 20 % de la variabilité interindividuelle du microbiome était associée à l'alimentation, aux médicaments et aux mesures anthropométriques. Les données de microbiome ont significativement amélioré la précision de prédiction de plusieurs traits humains (glucose, mesures d'obésité) par rapport à des modèles utilisant uniquement la génétique de l'hôte et l'environnement. Les interventions ciblant le microbiome pourraient se transposer à travers des contextes génétiques divers.

[629] Kurilshikov A, Medina-Gomez C, Bacigalupe R et al. Large-scale association analyses identify host factors influencing human gut microbiome composition. Nat Genet. 2021. · Link

Le consortium MiBioGen a analysé les génotypes à l'échelle du génome et les données de microbiome fécal par ARNr 16S de 18 340 individus répartis dans 24 cohortes. La composition microbienne variait fortement entre les cohortes (seulement 9 des 410 genres détectés dans plus de 95 % des échantillons). Une étude d'association pangénomique a identifié 31 loci influençant la composition du microbiome à p<5×10^-8. Un locus — le gène de la lactase (LCT) — a atteint une significativité à l'échelle de l'étude (p=1,28×10^-20) et a montré une association dépendante de l'âge avec l'abondance de Bifidobacterium. D'autres associations suggestives étaient enrichies pour des taxons à forte héritabilité et des gènes exprimés dans l'intestin/le cerveau. La randomisation mendélienne a impliqué une causalité du microbiome dans la rectocolite hémorragique et la polyarthrite rhumatoïde.

[630] Cortese R, Lu L, Yu Y et al. Epigenome-Microbiome crosstalk: a potential new paradigm influencing neonatal susceptibility to disease. Epigenetics. 2016. · Link

Le dialogue entre l'épigénome de l'intestin immature et la colonisation bactérienne initiale a été étudié aux stades néonatals critiques, pertinent pour l'entérocolite nécrosante (ECN) chez les prématurés. L'exposition d'entérocytes immatures à des bactéries probiotiques et pathogènes a produit plus de 200 régions de modification différentielle de l'ADN, avec des profils spécifiques à l'exposition. Réciproquement, un modèle murin d'exposition prénatale à la dexaméthasone a montré que les glucocorticoïdes anténatals modifient l'épigénome de l'hôte. Ces résultats soutiennent un modèle dans lequel une programmation épigénétique pilotée par les microbes établit les propriétés inflammatoires et de barrière néonatales, prédisposant à l'ECN.

[631] Asnicar F, Berry SE, Valdes AM et al. Microbiome connections with host metabolism and habitual diet from 1,098 deeply phenotyped individuals. Nat Med. 2021. · Link

Un séquençage métagénomique approfondi de 1203 microbiomes intestinaux issus de 1098 individus de l'étude PREDICT-1 (avec un régime alimentaire à long terme détaillé et des centaines de marqueurs cardiométaboliques à jeun/postprandiaux) a révélé de fortes associations entre microbes et nutriments, aliments et indices alimentaires spécifiques, particulièrement portées par les aliments d'origine végétale sains. Les biomarqueurs microbiens de l'obésité étaient reproductibles dans des cohortes externes et concordaient avec les métabolites sanguins cardiovasculaires circulants. Certains microbes (Prevotella copri, Blastocystis spp.) prédisaient une glycémie postprandiale favorable ; la composition globale prédisait plusieurs marqueurs sanguins cardiométaboliques. Les microbes associés à une alimentation saine chevauchaient les marqueurs d'un métabolisme postprandial favorable, fournissant une ressource extensible pour stratifier les microbiomes selon le niveau de santé.

[632] Berry SE, Valdes AM, Drew DA et al. Human postprandial responses to food and potential for precision nutrition. Nat Med. 2020. · Link

PREDICT-1 a inclus n=1002 jumeaux et adultes britanniques non apparentés pour évaluer les réponses métaboliques postprandiales en clinique et à domicile. Des repas identiques ont produit une grande variabilité interindividuelle des réponses postprandiales en triglycérides (CV 103 %), glucose (68 %) et insuline (59 %). Des facteurs propres à l'individu tels que le microbiome intestinal ont contribué à hauteur de 7,1 % de la variance de la lipémie postprandiale, contre 3,6 % pour les macronutriments du repas ; pour la glycémie postprandiale, les macronutriments contribuaient davantage (15,4 % vs 6,0 % pour le microbiome). Les variants génétiques avaient un effet modeste (9,5 % glucose, 0,8 % triglycérides, 0,2 % peptide C). Une cohorte américaine (n=100) a validé indépendamment ces résultats ; un modèle d'apprentissage automatique a prédit les réponses en triglycérides (r=0,47) et glycémiques (r=0,77) aux aliments.

[634] Schmitt FCF, Brenner T, Uhle F et al. Gut microbiome patterns correlate with higher postoperative complication rates after pancreatic surgery. BMC Microbiol. 2019. · Link

Étude pilote clinique prospective chez 32 patients subissant une chirurgie pancréatique : 116 échantillons fécaux ont été analysés par séquençage nouvelle génération de l'ARNr 16S. Un échantillon de référence préopératoire (sans stress chirurgical/antibiotiques) et au moins deux échantillons postopératoires dans les 10 jours ont été obtenus par patient, avec des échantillons supplémentaires prélevés en cas de complications postopératoires. Cette étude visait à caractériser les changements du microbiome intestinal après chirurgie pancréatique et à les corréler à l'évolution postopératoire, explorant le rôle du microbiome dans les complications postopératoires — incluant le dysfonctionnement de la barrière et la translocation bactérienne.

[636] Barton W, Penney NC, Cronin O et al. The microbiome of professional athletes differs from that of more sedentary subjects in composition and particularly at the functional metabolic level. Gut. 2018. · Link

Le phénotypage métabolique et l'analyse métagénomique fonctionnelle ont comparé des joueurs professionnels internationaux de rugby à XV (n=40) et des témoins (n=46), en corrélant les résultats avec le mode de vie (par ex. l'alimentation) et des mesures cliniques (par ex. la créatine kinase sérique). Les athlètes présentaient des augmentations relatives des voies métagénomiques (biosynthèse d'acides aminés et d'antibiotiques, métabolisme des glucides) et des métabolites fécaux (acétate, propionate, butyrate) associés à un renouvellement musculaire accru et à la santé. Les différences entre athlètes et témoins sédentaires étaient plus marquées aux niveaux métagénomique et métabolomique qu'au niveau compositionnel, apportant un éclairage supplémentaire sur le paradigme alimentation-exercice-microbiote intestinal.

[638] Chaix A, Manoogian ENC, Melkani GC, Panda S. Time-Restricted Eating to Prevent and Manage Chronic Metabolic Diseases. Annu Rev Nutr. 2019. · Link

Des horloges moléculaires sont présentes dans presque toutes les cellules pour anticiper les changements quotidiens récurrents et prévisibles, tels que la disponibilité rythmique des nutriments, et adapter les fonctions cellulaires en conséquence. Parallèlement, les voies de détection des nutriments peuvent répondre à un déséquilibre nutritionnel aigu et moduler et orienter le métabolisme afin que les cellules s'adaptent de manière optimale à une disponibilité décroissante ou croissante des nutriments. Les rythmes circadiens de l'organisme sont coordonnés par des rythmes comportementaux tels que les cycles activité-repos et alimentation-jeûne, orchestrant temporellement une séquence de processus physiologiques pour optimiser le métabolisme. La recherche fondamentale sur les rythmes circadiens s'est largement concentrée sur le fonctionnement de l'oscillateur circadien moléculaire autonome, tandis que la recherche en nutrition a apporté des éclairages sur les réponses physiologiques à la privation calorique ou à des macronutriments spécifiques. L'intégration de ces deux domaines en concepts pratiques concernant le moment de la prise alimentaire a conduit à la pratique émergente de l'alimentation à horaires restreints. Dans ce paradigme, l'apport calorique quotidien est restreint à une fenêtre constante de 8 à 12 heures.

[640] Park BJ, Tsunetsugu Y, Kasetani T et al. The physiological effects of Shinrin-yoku (taking in the forest atmosphere or forest bathing): evidence from field experiments in 24 forests across Japan. Environ Health Prev Med. 2010. · Link

Cet article passe en revue les recherches antérieures sur les effets physiologiques du Shinrin-yoku (bain de forêt, ou immersion dans l'atmosphère forestière), et présente de nouveaux résultats issus d'expérimentations de terrain menées dans 24 forêts à travers le Japon. Le terme Shinrin-yoku a été forgé par le ministère japonais de l'Agriculture, des Forêts et de la Pêche en 1982, et peut être défini comme le fait d'entrer en contact avec l'atmosphère de la forêt et de s'en imprégner. Afin de clarifier les effets physiologiques du Shinrin-yoku, les auteurs ont mené des expérimentations de terrain dans 24 forêts à travers le Japon. Dans chaque expérience, 12 sujets (280 au total ; âge 21,7 ± 1,5 an) ont marché et observé une zone forestière ou une zone urbaine. Le premier jour, six sujets ont été envoyés en zone forestière, et les autres en zone urbaine. Le second jour, chaque groupe a été envoyé dans l'autre zone, en contre-vérification croisée.

[2614] Chassaing B, Compher C, Bonhomme B et al. Randomized Controlled-Feeding Study of Dietary Emulsifier Carboxymethylcellulose Reveals Detrimental Impacts on the Gut Microbiota and Metabolome. Gastroenterology. 2022. · Link

Essai contrôlé randomisé en alimentation contrôlée chez 16 volontaires humains. Un régime contenant l'émulsifiant carboxyméthylcellulose (CMC, E466) a altéré la composition du microbiote intestinal en 11 jours, diminué la diversité microbienne et les taux de métabolites de fermentation, et deux participants ont présenté des signes d'empiètement bactérien dans la couche de mucus. Première preuve humaine que la CMC, à des niveaux d'exposition quotidienne homologués, a des effets microbiologiques délétères.

[2615] Sutton EF, Beyl R, Early KS et al. Early Time-Restricted Feeding Improves Insulin Sensitivity, Blood Pressure, and Oxidative Stress Even without Weight Loss in Men with Prediabetes. Cell Metabolism. 2018. · Link

Essai contrôlé randomisé croisé chez 8 hommes prédiabétiques : la restriction des repas à une fenêtre précoce de 6 heures (eTRF, 8h00-14h00) pendant 5 semaines — à apport énergétique équivalent — a significativement amélioré la sensibilité à l'insuline, la réponse des cellules bêta, la pression artérielle et le stress oxydatif par rapport à une fenêtre témoin de 12 heures. Une perte de poids n'était PAS nécessaire pour obtenir ces changements métaboliques favorables, indiquant que l'effet résulte de l'alignement circadien.

[2616] Wilkinson MJ, Manoogian ENC, Zadourian A et al. Ten-Hour Time-Restricted Eating Reduces Weight, Blood Pressure, and Atherogenic Lipids in Patients with Metabolic Syndrome. Cell Metabolism. 2020. · Link

Essai à bras unique de 12 semaines chez 19 patients atteints de syndrome métabolique : une fenêtre alimentaire quotidienne de 10 heures (TRE) — sans autre changement alimentaire ou d'activité — a significativement réduit le poids corporel, le tour de taille, la pression artérielle, le cholestérol LDL et l'HbA1c. L'ampleur des améliorations est cliniquement significative, l'intervention a été bien tolérée et volontairement poursuivie après l'étude. Confirme le TRE comme un complément sûr et efficace dans la prise en charge du syndrome métabolique.

[2617] {EFSA Panel on Dietetic Products Nutrition,, Allergies (NDA). Scientific Opinion on Dietary Reference Values for carbohydrates and dietary fibre. EFSA Journal. 2010. · Link

Avis scientifique du panel NDA de l'EFSA sur les valeurs de référence nutritionnelles pour les glucides et les fibres alimentaires. Recommande un apport de 25 g/jour de fibres pour une fonction intestinale adéquate, et de 25 à 30 g/jour pour réduire le risque métabolique et cardiovasculaire chez l'adulte. Valeur de référence européenne sous-tendant les recommandations nationales (DGE, NHS, MDOSZ).

[2620] Alderete TL, Jones RB, Chen Z et al. Exposure to traffic-related air pollution and the composition of the gut microbiota in overweight and obese adolescents. Environmental Research. 2018. · Link

Une cohorte de 43 adolescents latino-américains en surpoids ou obèses a examiné la relation entre la pollution atmosphérique (PM2,5 et NO₂) et la composition du microbiote intestinal. Les participants vivant dans des quartiers plus pollués présentaient une diversité microbienne réduite et une dominance accrue de la famille des Coriobacteriaceae, également corrélée à la résistance à l'insuline. L'une des premières études humaines documentant la relation entre les niveaux de particules atmosphériques ambiantes et le microbiote intestinal.

[2713] Marshall BJ, Warren JR. Unidentified curved bacilli in the stomach of patients with gastritis and peptic ulceration. The Lancet. 1984. · Link

L'article de 1984 de Marshall et Warren dans The Lancet a identifié la bactérie incurvée baptisée plus tard Helicobacter pylori sur la muqueuse gastrique de patients atteints de gastrite et d'ulcération gastro-duodénale, confirmée par la célèbre auto-expérimentation de Marshall. Ce travail a réécrit la physiopathologie de l'ulcère, remplaçant le paradigme antérieur du « stress et de l'acide » par un modèle infectieux et permettant un traitement d'éradication par antibiotiques. Ce travail a reçu le prix Nobel de médecine en 2005.

[2714] Alang N, Kelly CR. Weight Gain After Fecal Microbiota Transplantation. Open Forum Infectious Diseases. 2015. · Link

Rapport de cas d'une femme auparavant de poids normal, traitée avec succès par TMF pour une infection récidivante à Clostridioides difficile, devenue obèse en 16 mois (IMC 26→33) après avoir reçu des selles d'un donneur (apparenté) en surpoids. Ce cas soulève la possibilité qu'un phénotype métabolique du donneur soit partiellement transférable au receveur via le microbiote. Un cas isolé ne constitue pas une preuve de causalité (d'autres facteurs ont pu contribuer), mais il souligne l'importance de la sélection et du dépistage des donneurs.

Eng et ses collègues ont isolé le peptide exendine-4 du venin du monstre de Gila (Heloderma suspectum). Il est structurellement similaire à l'hormone incrétine humaine GLP-1, mais résiste à la dégradation rapide par la DPP-4, lui conférant une durée d'action bien plus longue. Cette découverte fortuite est devenue le fondement de la classe des agonistes du récepteur GLP-1 : une version synthétique de l'exendine-4 (exénatide) est devenue le premier agoniste du GLP-1 approuvé en 2005, ouvrant la voie aux sémaglutide et tirzépatide actuels.

[2716] Wilding JPH, Batterham RL, Calanna S, et al. Once-Weekly Semaglutide in Adults with Overweight or Obesity (STEP 1). New England Journal of Medicine. 2021. · Link

L'essai de phase III STEP 1, randomisé, contrôlé contre placebo (n=1961 adultes en surpoids/obèses, sans diabète) a comparé le sémaglutide sous-cutané hebdomadaire à 2,4 mg au placebo, associés à un accompagnement du mode de vie, sur 68 semaines. Le groupe sémaglutide a obtenu une réduction pondérale moyenne d'environ 14,9 % contre environ 2,4 % sous placebo. Les effets indésirables les plus fréquents étaient gastro-intestinaux (nausées, diarrhée), majoritairement transitoires.

[2717] (experimental study, high-fat diet-induced obese mice). Effects of semaglutide on metabolism and gut microbiota in high-fat diet-induced obese mice. Frontiers in Pharmacology. 2025. · Link

Étude animale (souris obèses induites par un régime riche en graisses) indiquant que le sémaglutide modifie favorablement le métabolisme sérique et la composition du microbiote intestinal, une partie de l'amélioration métabolique étant transférable par transplantation fécale. IMPORTANT : il s'agit de preuves précliniques issues d'un modèle animal ; la pertinence chez l'humain n'est pas encore établie, et cette affirmation doit donc être considérée comme une hypothèse.

À partir des ellagitanins présents dans la grenade et les noix, le microbiote intestinal produit des urolithines ; les individus se répartissent en trois métabotypes selon les urolithines qu'ils peuvent produire (UM-A, UM-B, et non-producteurs UM-0). Le profil producteur est déterminé par la composition du microbiote et corrèle avec des marqueurs de risque cardiométabolique — ce qui signifie qu'un même aliment peut avoir des effets sur la santé différents selon les individus. Un exemple clé du concept de « sous-produit microbien » (postbiotique) et de la nutrition personnalisée.

[2719] Setchell KDR, Clerici C. Equol: history, chemistry, and formation. The Journal of Nutrition. 2010. · Link

Revue sur l'équol, un métabolite formé par les bactéries intestinales à partir de la daidzéine, isoflavone du soja. Seuls environ 25 à 30 % de la population sont « producteurs d'équol » — c'est-à-dire hébergent les bactéries intestinales appropriées — ce qui pourrait expliquer pourquoi les études sur les effets du soja sur la santé sont contradictoires. Le statut de producteur d'équol est un métabotype dépendant du microbiote et un exemple précoce et bien documenté de nutrition personnalisée.

[2720] Zeevi D, Korem T, Zmora N, et al. Personalized Nutrition by Prediction of Glycemic Responses. Cell. 2015. · Link

Dans une cohorte de 800 personnes, près de 47 000 réponses glycémiques postprandiales ont été mesurées par surveillance continue du glucose. Les réponses des individus à un même aliment variaient considérablement, en partie prédites par la composition du microbiote intestinal. Les auteurs ont construit un modèle personnalisé d'apprentissage automatique qui a surpassé le calcul fondé sur les nutriments, et une courte intervention diététique personnalisée a réduit les excursions glycémiques. Une pierre angulaire du paradigme nutritionnel « pas de solution universelle ».

[2723] Kapil V, Haydar SMA, Pearl V, Lundberg JO, Weitzberg E, Ahluwalia A. Physiological role for nitrate-reducing oral bacteria in blood pressure control. Free Radical Biology and Medicine. 2013. · Link

[2724] Bondonno CP, Liu AH, Croft KD, Considine MJ, Puddey IB, Woodman RJ, Hodgson JM. Antibacterial mouthwash blunts oral nitrate reduction and increases blood pressure in treated hypertensive men and women. American Journal of Hypertension. 2015. · Link

[2725] Vanhatalo A, Blackwell JR, L'Heureux JE, Williams DW, Smith A, van der Giezen M, Winyard PG, Kelly J, Jones AM. Nitrate-responsive oral microbiome modulates nitric oxide homeostasis and blood pressure in humans. Free Radical Biology and Medicine. 2018. · Link

[2898] Santé publique France. Étude de santé sur l'environnement, la biosurveillance, l'activité physique et la nutrition (Esteban 2014-2016) — Volet Nutrition, chapitre Consommations alimentaires. Santé publique France, Saint-Maurice. 2018. · Link

Esteban (2014-2016) est l'étude représentative française de santé et de nutrition menée par Santé publique France. L'apport moyen en fibres des adultes est d'environ 17,5 g/jour, et seuls 13 % des adultes atteignent la recommandation du PNNS/de l'EFSA d'au moins 25 g/jour — une proportion qui n'a pas évolué en dix ans. Référence officielle de l'écart d'apport en fibres en France.

E.2 Lectures complémentaires pour les lecteurs non spécialistes

Les suggestions de lecture ci-dessous s'adressent aux lecteurs qui souhaitent replacer dans son contexte le tableau esquissé par ce livre – il s'agit d'ouvrages narratifs et de vulgarisation scientifique, non d'articles de revues. Le critère de sélection est la fiabilité scientifique : cette liste exclut les titres qui substituent des promesses de niveau marketing aux preuves cliniques. Éditions facilement disponibles au format imprimé ou numérique.

Ouvrages de vulgarisation scientifique

• Spector T. The Diet Myth. 2015 – toujours l'une des meilleures synthèses pour le grand public
• Knight R. Follow Your Gut. 2015 (TED Books)
• Sonnenburg J, Sonnenburg E. The Good Gut. 2015
• Enders G. Gut: The Inside Story of Our Body's Most Underrated Organ. 2015

Sites web fiables

• ISAPP (International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics) : isappscience.org
• American Gut Project : humanfoodproject.com/americangut
• WGO (World Gastroenterology Organisation) Global Guidelines : worldgastroenterology.org

Podcasts

• Stanford Center for Continuing Medical Education podcasts
• American Gastroenterological Association podcasts

E.3 Lectures complémentaires pour les cliniciens

Recommandations destinées au lectorat clinique : revues systématiques, recommandations cliniques et documents de consensus professionnels qui présentent la médecine du microbiome à un niveau de détail pertinent pour la pratique. La sélection privilégie les publications de 2022–2025 (à l'exclusion des travaux fondateurs déjà classiques). Toutes les entrées comportent un accès PubMed/DOI.

Revues systématiques récentes

• Synthèses annuelles sur le microbiome dans Nat Rev Gastroenterol Hepatol
• Lancet Gastroenterology & Hepatology

Revues clés

• Gut (BMJ)
• Gastroenterology (AGA)
• Cell Host & Microbe
• Microbiome (BMC)
• Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology

Congrès et sociétés savantes

• Réunions annuelles de l'ISAPP
• DDW (Digestive Disease Week)
• UEG Week (United European Gastroenterology Week)
• Sociétés nationales de gastro-entérologie
• Consortiums régionaux sur le microbiome

Documents de consensus comme cadre de référence

• Documents de consensus de l'ISAPP sur les probiotiques, prébiotiques et postbiotiques ( [170] [169] [213])
• Recommandations ESCMID, ECCO sur les MICI (IBD)
• Critères de Rome IV pour les troubles fonctionnels intestinaux