A mikrobiom-diagnosztika lenyűgöző technológia, de egy vizsgálatnak csak akkor van értelme, ha az eredménye valóban megváltoztatja a kezelési döntést.
A 16S rRNS-szekvenálás olcsó és jól validált, megbízhatóan megmutatja a főbb baktériumcsoportokat — de a bél ökoszisztémájának csak egy részét látja.
A shotgun metagenomika a minta teljes DNS-ét olvassa, így gazdagabb képet ad — de az értelmezési bizonytalanságok nem tűnnek el, csak áthelyeződnek.
A relatív arányok megtéveszthetnek; a kvantitatív profilozás és a Dynamap abszolút sejtszámot mér — előrelépés, de a klinikai értelmezést ez sem oldja meg.
A metabolomika nem azt méri, ki van jelen a bélben, hanem hogy mit termel — közvetlenül a működést, nem csupán a mikrobiom összetételét.
Minden mikrobiom-vizsgálati módszernek megvannak a maga erősségei és vakfoltjai; ez a fejezet összeveti őket, és megmutatja, mire használhatók valóban a klinikumban.