A visszatérő C. difficile-fertőzésnél az FMT a legbizonyítottabb terápia: helyreállítja a kolonizációs rezisztenciát, és a hasmenés gyakran néhány napon belül elmúlik.
Ha a gyulladásos bélbetegség képe nem sorolható egyértelműen colitisbe vagy Crohnba, ez a profil ad támpontot a kombinált, óvatosan személyre szabott FMT-megközelítéshez.
Fekélyes vastagbélgyulladásban az FMT a betegek egy részénél remissziót hozhat, ha több donortól és kitartó, hetekig tartó konszolidációval végzik.
Autizmusban az FMT kísérleti: a bélpanaszok javulása reális cél, a viselkedési változás bizonytalanabb, és minden lépés a gondozócsapattal együtt történik.
Crohn-betegségben az FMT-válasz gyengébb, mint colitisben, ezért egyelőre kísérleti marad, és főként a biológikum-naiv, ileokolikus alcsoportban ígéretes.
Irritábilis bél szindrómában a válasz erősen egyéni: a hasmenéses típus reagál a legjobban, és itt egyetlen, gondosan választott szuperdonor a leghatékonyabb.
Sclerosis multiplexben az FMT kísérleti: az immunegyensúlyt és a bélpanaszokat célozza, de nem váltja ki a betegségmódosító kezelést, és neurológussal együtt vezetendő.
Parkinson-kórban az FMT kísérleti, és főként korai stádiumban ígéretes: a székrekedés oldódik a legmegbízhatóbban, miközben a klasszikus terápiát kiegészíti, nem helyettesíti.
Metabolikus szindrómában és 2-es típusú cukorbetegségben az FMT még kísérleti: a legerősebb, azonnali lépés a rostdús, mediterrán étrend, amely javítja az inzulinérzékenységet.