Az emberi test mikrobiális ökoszisztéma, és amikor egyensúlya felborul, az FMT célja nem a kórokozó elpusztítása, hanem az egész közösség helyreállítása.
A gombaellenes szerek a fertőzést kezelik, de egyúttal megbontják a mikobiomot — a bélflóra gombakomponensét —, amely versengéssel féken tartja a baktériumközösséget.
A bélmikrobiom a szájban kezdődik: a naponta lenyelt szájbaktériumok elérik a beleket, és a szájüregi diszbiózis közvetlenül táplálhatja a bélgyulladást.
Az antiszeptikus szájvíz a kórokozókkal együtt a hasznos nitrátredukáló baktériumokat is kiirtja, mérhetően emelve a vérnyomást — rutinszerű használata ezért nem ajánlott.