Az FMT biztonságos, de néhány jel — láz, véres széklet, heves hasi fájdalom, légzési nehézség — azonnali sürgősségi ellátást kíván.
A korai mikrobiális sokféleség edzi az immunrendszert: nem a higiénia, hanem a túlzott tisztaság hiányozhat a kiegyensúlyozott immunfejlődéshez — a cél az egyensúly, nem a sterilitás.
A sterilitás a kórházban életet ment, de otthon felesleges cél: a csíramentes laboratóriumi állatok torz immunrendszere mutatja, mennyire szüksége van a testnek a mikrobiális találkozásokra.
A szénanátha és az allergiás nátha mögött gyakran a bél mikrobiális sokféleségének hiánya áll, amely meggyengíti az immunológiai toleranciát.