Az emberi test mikrobiális ökoszisztéma, és amikor egyensúlya felborul, az FMT célja nem a kórokozó elpusztítása, hanem az egész közösség helyreállítása.
Az FMT nem egyetlen baktérium átültetése, hanem egy egész mikrobiális ökoszisztéma újjáépítése — ahogy egy várost sem lehet pusztán mérnökök importálásával működtetni.
Az alkohol dózisfüggően zavarja a bélmikrobiotát és gyengíti a bélgátat; nincs olyan mennyiség, amely kifejezetten jót tenne a bélbaktériumoknak.
Az antibiotikum életet menthet, ám a bél mikrobiális egyensúlyát is felboríthatja — a cél a pontos, indokolt használat és a tudatos helyreállítás.