Az átültetés sikere már a kapszula előtt eldől: az antibiotikum-kimosás és a bélkörnyezet előkészítése a kezelés első aktív fázisa, nem puszta formalitás.
Az antibiotikum életet menthet, ám a bél mikrobiális egyensúlyát is felboríthatja — a cél a pontos, indokolt használat és a tudatos helyreállítás.
A császármetszéskor adott antibiotikum megvédi az anyát a fertőzéstől, de egyúttal átformálja az újszülött legkorábbi mikrobiális indulását — amit a szoptatás sokat enyhíthet.