Az étkezés időzítése nemcsak arról szól, hogy mennyit eszünk, hanem arról is, mikor a leginkább felkészült a szervezet és a bél környezete a tápanyagok feldolgozására. A kalóriák papíron azonosnak tűnhetnek, az anyagcsere-feldolgozásuk azonban eltérhet attól függően, hogy a bevitel összhangban van-e a cirkadián élettani ritmussal, vagy akkor történik, amikor a szervezet már a pihenési fázis felé vált.
Az időszakos böjt (intermittent fasting, IF) leggyakrabban úgy jelenik meg, mint az evési és nem evési időszakok váltakozására épülő étrendi minta. Élettani szempontból azonban ezek a nem evési szakaszok nem pusztán az étkezések közötti szünetek. Olyan periódusok, amikor az emésztés lelassul, a hormonális jelátvitel átrendeződik, és a bélműködés is módosul, ami megváltoztatja azt a környezetet, amelyben a bélben élő mikroorganizmusok működnek.
A kalóriamegszorítás (caloric restriction, CR), vagyis a napi energiabevitel tartós csökkentése megfelelő tápanyagellátottság mellett, régóta szerepel az öregedéssel és anyagcserével foglalkozó kutatások fókuszában. Kevésbé hangsúlyozott azonban, hogy ez a beavatkozás nem közvetlenül a mikrobiotát célozza, hanem elsősorban a gazdaszervezet anyagcsere- és gyulladásos környezetét alakítja át, amelyhez a bélökoszisztéma alkalmazkodik.
A fény az elsődleges környezeti jel, amely a szervezet cirkadián időzítőrendszerét alakítja. A retinában található speciális fotoreceptorokon keresztül a fényinformáció eljut az agy központi órájához, amely ezután összehangolja az anyagcserében, az emésztésben és az immunregulációban részt vevő szervek napi ritmusait. A fény nem közvetlenül hat a bél mikrobiotára, hanem a gazdaszervezet élettani ritmusait alakítja, amelyekhez a mikrobiális közösségek alkalmazkodnak.
