Az étkezés időzítése nemcsak arról szól, hogy mennyit eszünk, hanem arról is, mikor a leginkább felkészült a szervezet és a bél környezete a tápanyagok feldolgozására. A kalóriák papíron azonosnak tűnhetnek, az anyagcsere-feldolgozásuk azonban eltérhet attól függően, hogy a bevitel összhangban van-e a cirkadián élettani ritmussal, vagy akkor történik, amikor a szervezet már a pihenési fázis felé vált.
A fény az elsődleges környezeti jel, amely a szervezet cirkadián időzítőrendszerét alakítja. A retinában található speciális fotoreceptorokon keresztül a fényinformáció eljut az agy központi órájához, amely ezután összehangolja az anyagcserében, az emésztésben és az immunregulációban részt vevő szervek napi ritmusait. A fény nem közvetlenül hat a bél mikrobiotára, hanem a gazdaszervezet élettani ritmusait alakítja, amelyekhez a mikrobiális közösségek alkalmazkodnak.
