A fény az elsődleges környezeti jel, amely a szervezet cirkadián időzítőrendszerét alakítja. A retinában található speciális fotoreceptorokon keresztül a fényinformáció eljut az agy központi órájához, amely ezután összehangolja az anyagcserében, az emésztésben és az immunregulációban részt vevő szervek napi ritmusait. A fény nem közvetlenül hat a bél mikrobiotára, hanem a gazdaszervezet élettani ritmusait alakítja, amelyekhez a mikrobiális közösségek alkalmazkodnak.