II. 1. Qu'est-ce que Clostridioides difficile ?

Vous faites connaissance avec votre adversaire : ce qu'est C. difficile, pourquoi sa spore est si résistante, et comment ses toxines provoquent vos troubles. Pendant votre cure, c'est précisément ce pathogène que vous faites reculer.

Qu'est-ce que cette bactérie, et d'où vient-elle ?

C. difficile n'est pas un pathogène exotique et lointain : elle peut être présente dans notre environnement, dans le sol et dans la flore intestinale de nombreuses personnes sans leur causer le moindre dommage. Aux côtés d'une flore intestinale^[G] saine et diversifiée, cette bactérie cohabite tranquillement avec les autres, car les « bonnes » bactéries ne lui laissent ni place ni nutriments pour proliférer. Les ennuis commencent quand cet équilibre est rompu.

Le déclencheur le plus fréquent est le traitement antibiotique. L'antibiotique ne détruit pas seulement (ou ne réduit pas seulement le nombre) du pathogène visé, il raréfie aussi la flore intestinale protectrice – ce point est abordé en détail dans le chapitre suivant. Dans cette nouvelle composition, C. difficile a soudain les mains libres : elle se multiplie et se met à produire les toxines (toxine A et/ou B) qui provoquent la diarrhée et l'inflammation de la muqueuse intestinale.

Il est important de comprendre que l'infection à C. difficile n'est donc pas simplement une maladie que l'on « attrape », mais plutôt la conséquence d'un équilibre interne perturbé. C'est exactement pour cette raison qu'il ne suffit pas de s'attaquer au pathogène – pour un rétablissement durable, l'équilibre de la flore doit aussi être restauré, et il vaut la peine d'examiner quels facteurs, à côté de l'antibiotique, ont eux aussi « favorisé » la prolifération. Créer ce nouvel équilibre est l'objectif principal du livre, et son outil peut-être le plus important est votre cure DiffBiome.

Les spores – pourquoi ce pathogène est-il si résistant ?

L'un des traits les plus insidieux de C. difficile est qu'elle forme des spores. Une spore est comme une forme dormante scellée dans une armure : elle résiste à la chaleur, à la dessiccation, à de nombreux désinfectants, et même à l'acidité gastrique. Tant que les conditions sont défavorables, la spore « attend » sans bouger, mais dès qu'elle retrouve des conditions favorables dans l'intestin, elle germe, et la bactérie redevient active et capable de se multiplier.

Ce trait explique pourquoi l'infection peut revenir avec autant d'obstination, et pourquoi elle est si difficile à éradiquer en milieu hospitalier. Les gels hydroalcooliques classiques, par exemple, ne sont pas toujours efficaces contre elle – ici, le lavage des mains au savon et le nettoyage soigneux des surfaces comptent beaucoup (McDonald LC 2018 [023]). La présence de spores est aussi l'une des principales raisons pour lesquelles, après une cure d'antibiotiques réussie, les troubles peuvent réapparaître des semaines plus tard : les spores survivantes germent si la flore intestinale ne s'est pas encore suffisamment reconstituée pour les tenir en échec.

Les toxines – qu'est-ce qui provoque vos troubles ?

C. difficile en elle-même, si elle reste discrète, ne provoque pas nécessairement de symptômes. Les troubles – la diarrhée aqueuse et fréquente, les douleurs abdominales à type de crampes, les ballonnements – sont causés par les toxines qu'elle produit. Ces toxines attaquent la couche de cellules qui recouvre la surface interne de la paroi intestinale : elles provoquent inflammation et lésions, à cause desquelles l'intestin ne peut plus réabsorber correctement l'eau, et une diarrhée abondante et aqueuse se développe.

C'est pourquoi il est important de surveiller et de consigner vos symptômes. L'un des signes les plus visibles de C. difficile est justement la modification de la consistance des selles : nous la mesurons sur l'échelle de Bristol^[G], une échelle à sept degrés où 1 correspond à des selles dures et 7 à des selles entièrement liquides. Le chapitre Lire le journal des symptômes et l'échelle de Bristol la traite en détail, mais il vaut la peine d'y jeter un œil dès maintenant : la valeur quotidienne de Bristol fait partie des rares chiffres que vous noterez pendant toute la cure. Le nombre quotidien de selles, leur consistance et la présence éventuelle de sang dans les selles donnent tous une indication sur le degré d'activité résiduelle du pathogène et sur l'importance de l'inflammation de votre intestin. Lorsque la cure commence à agir et que la flore se reconstruit, les bactéries productrices de toxines sont repoussées – et à mesure que cela se produit, les symptômes s'atténuent eux aussi progressivement.

En raison de l'inflammation, la paroi intestinale peut être plus fragile, si bien que du sang peut apparaître dans les selles. C'est toujours un signe à prendre au sérieux : si vous voyez du sang frais, ou si la douleur abdominale est forte et s'accompagne d'un ventre tendu à la palpation, n'attendez pas – consultez un médecin, comme vous avez déjà pu le lire dans les signaux d'alerte du chapitre Démarrage rapide (McDonald LC 2018 [023]; Kelly 2021 [005]).

🍽️ L'alimentation pendant ces jours

Pendant ces trois jours, vous découvrez à quoi vous avez affaire – des spores résistantes et des toxines responsables des symptômes – et, en parallèle, votre tâche est l'observation consciente de vos symptômes. L'alimentation soutient elle aussi cette phase : puisque l'inflammation causée par les toxines et la diarrhée aqueuse font perdre beaucoup de liquide, l'objectif est maintenant une alimentation douce et constipante – beaucoup de liquides, des aliments faciles à digérer et des fibres solubles. Les fibres solubles forment un gel dans l'eau, ce qui ralentit le passage du contenu intestinal et favorise des selles plus fermes, tandis qu'une abondance de liquides remplace la quantité perdue avec la diarrhée. Vos tâches concrètes : pendant les trois jours, prenez la dose quotidienne selon la routine habituelle, buvez un verre d'eau supplémentaire après chaque selle plus molle, et, au jour 5, réduisez aussi l'effet réinfectant des spores par le lavage des mains au savon et une préparation propre des aliments.

Dans cette phase précoce, il n'y a pas encore de plante quotidienne – le Calendrier des plantes ne commence qu'au jour 15. Pour l'instant, restez sur des aliments faciles à digérer, bouillis ou cuits à la vapeur, et évitez les aliments crus, grossiers et fortement fermentescibles ; la construction d'une alimentation variée et diversifiée viendra plus tard, à mesure que les symptômes s'apaisent.

Pourquoi est-ce important ?

Si vous savez que les spores de C. difficile sont résistantes et que ses toxines provoquent vos troubles, vous comprenez mieux pourquoi la reconstruction d'une flore saine est précisément la solution durable. Consigner précisément vos symptômes aide non seulement votre médecin, mais vous montre aussi comment votre cure fait reculer le pathogène pas à pas.

Références

[003] Reed AD, Theriot CM. Contribution of Inhibitory Metabolites and Competition for Nutrients to Colonization Resistance against Clostridioides difficile by Commensal Clostridium**. Microorganisms. 2021. Link

Cette revue examine comment les espèces commensales de *Clostridium* assurent la résistance à la colonisation par C. difficile. Les *Clostridia* commensaux transforment les acides biliaires primaires en acides biliaires secondaires qui inhibent la germination des spores et la croissance végétative de C. difficile. Ils produisent en outre des peptides antimicrobiens et des acides gras à chaîne courte qui inhibent directement C. difficile, et entrent en compétition pour des nutriments limitants tels que la proline, importante pour la croissance de C. difficile via la fermentation de Stickland. La perte des *Clostridia* commensaux après antibiothérapie à large spectre constitue une étape mécanistique clé vers la susceptibilité à la CDI. Les auteurs en concluent qu'il existe un besoin urgent de nouvelles thérapies contre la CDI ; la validation clinique des consortiums définis de *Clostridium* ne provient pas de cette revue, mais de l'essai de phase 2 de VE303 [56].

[004] Chilton C, Viprey V, Normington C, Moura I, Buckley A, Freeman J, Davies K, Wilcox M. Clostridioides difficile pathogenesis and control. Nature reviews. Microbiology. 2026. Link

Pathogenèse de C. difficile, dysbiose du microbiote et rôle de la FMT — Revue exhaustive : dysbiose induite par les antibiotiques → germination des spores de C. difficile → production de toxines → colite. Un microbiote sain assure une résistance à la colonisation. Des thérapies plus récentes du microbiote comme alternatives à la FMT.

[005] Kelly C, Fischer M, Allegretti J, LaPlante K, Stewart D, Limketkai B, Stollman N. ACG Clinical Guidelines: Prevention, Diagnosis, and Treatment of Clostridioides difficile Infections. The American journal of gastroenterology. 2021. Link

Selon la recommandation ACG 2021, la FMT fait partie de la prise en charge standard de la rCDI ; elle est fortement recommandée après ≥2 récidives — Dernières recommandations sur la CDI de l'American College of Gastroenterology : FMT fortement recommandée après ≥2 récidives de CDI ; les administrations par capsules et par coloscopie sont équivalentes ; protocole détaillé de dépistage des donneurs et de stockage ; mises à jour de l'ère COVID concernant la sécurité de la FMT également intégrées.

[023] McDonald LC, Gerding DN, Johnson S, Bakken JS, Carroll KC et al. Clinical Practice Guidelines for Clostridium. difficile Infection in Adults and Children: 2017 Update by the Infectious Diseases Society of America (IDSA) and Society for Healthcare Epidemiology of America (SHEA). Clinical Infectious Diseases. 2018. Link

Recommandations de pratique clinique complètes de l'IDSA et de la SHEA sur le diagnostic, le traitement et la prévention de l'infection à C. difficile chez l'adulte et l'enfant. Elles définissent des catégories de gravité (non sévère, sévère, fulminante) et caractérisent la forme fulminante par une hypotension ou un choc, un iléus ou un mégacôlon toxique — des signes qui imposent une hospitalisation, un traitement intraveineux et un avis chirurgical. En cas d'infection à récidives multiples avec échecs répétés de l'antibiothérapie, la transplantation de microbiote fécal est recommandée. Ce document constitue le cadre international auquel s'alignent les signaux d'alerte et les critères d'orientation hospitalière du livre.

[031] Lessa FC, Mu Y, Bamberg WM, Beldavs ZG, Dumyati GK, Dunn JR, Farley MM, Holzbauer SM, Meek JI, Phipps EC, Wilson LE, Winston LG, Cohen JA, Limbago BM, Fridkin SK, Gerding DN, McDonald LC. Burden of Clostridium. difficile infection in the United States. N Engl J Med. 2015. Link

Une surveillance populationnelle menée en 2011 dans dix zones géographiques des États-Unis a estimé la charge nationale à 453 000 infections à CDI et 29 300 décès par an. L'étude a constaté qu'environ deux tiers des cas étaient associés aux soins de santé et que la souche hypervirulente NAP1 y jouait un rôle disproportionné. L'infection récidivante a touché 83 000 patients la même année. Ces chiffres soulignent pourquoi la CDI demeure la cible prioritaire des thérapies de restauration écologique face à un traitement exclusivement fondé sur les antibiotiques.

[032] Guh AY, Mu Y, Winston LG, Johnston H, Olson D, Farley MM, Wilson LE, Holzbauer SM, Phipps EC, Dumyati GK, Beldavs ZG, Kainer MA, Karlsson M, Gerding DN, McDonald LC; Emerging Infections Program Clostridioides difficile Infection Working Group. Trends in U.S. Burden of Clostridioides difficile Infection and Outcomes. N Engl J Med. 2020. Link

Enquête épidémiologique américaine actualisée selon laquelle le fardeau de la CDI associée aux soins de santé a substantiellement diminué entre 2011 et 2017 – de 36 % selon l'estimation ajustée (IC à 95 % 24–54), principalement, selon les auteurs, du fait du recul du ribotype 027 et, à côté de cela, de l'amélioration du contrôle de l'infection –, tandis que la CDI d'origine communautaire est restée inchangée. En revanche, le fardeau estimé des premières récidives et de la mortalité hospitalière (in-hospital) n'a pas changé de façon substantielle. Selon la conclusion des auteurs, il est nécessaire de mieux identifier les patients à haut risque de récidive et de renforcer davantage le contrôle de l'infection et le bon usage des antibiotiques ; la publication ne traite pas de thérapie de restauration du microbiote. C'est le fardeau inchangé des récidives qui constitue la brèche clinique à laquelle répond la MTT fondée sur la compatibilité.

[044] Wang S, Xiang L, Li F, Deng W, Lv P, Chen Y. Butyrate Protects against Clostridium. difficile Infection by Regulating Bile Acid Metabolism. Microbiol Spectr. 2023. Link

Étude mécanistique de la CDI qui montre que le butyrate – acide gras à chaîne courte produit par les Firmicutes commensaux – exerce un effet protecteur contre la CDI par plusieurs voies qui se renforcent mutuellement : il accroît l'intégrité de la barrière intestinale, a un effet anti-inflammatoire et module le métabolisme des acides biliaires via la régulation de l'hydrolase des sels biliaires et l'activation de FXR. Le taux de butyrate fécal des patients atteints de CDI était considérablement réduit par rapport aux témoins. Les résultats décrivent un mécanisme métabolique par lequel un microbiote sain et diversifié résiste à la colonisation par la CDI – et par lequel un microbiote dysbiotique devient permissif. C'est ce qui étaye l'argumentation relative aux SCFA de la section II. 2. sur la synthèse réduite de SCFA dans la dysbiose chronique.