V. 3. FAQ
Les questions ci-dessous sont celles que les patients posent le plus souvent. Les réponses sont brèves et faciles à comprendre ; pour toute question individuelle, c'est votre médecin traitant qui vous guidera.
Le traitement fait-il mal ? Non. DiffBiome est une capsule prise par voie orale – il n'y a ni coloscopie, ni lavement, ni intervention. C'est l'un des grands avantages de la FMT[G] orale par rapport aux méthodes plus anciennes.
Combien de temps dure la cure ? Un flacon de DiffBiome contient 30 capsules, ce qui correspond à une cure d'environ dix jours, typiquement avec 2 à 5 capsules par jour selon votre classement. Dans les cas plus sévères, une cure plus longue ou répétée peut être nécessaire – cela est déterminé par votre médecin. Le programme complet du livre dure 90 jours, car la guérison ne s'arrête pas à la cure : la construction de votre mode de vie et l'implantation demandent aussi du temps.
Que puis-je manger pendant la cure ? Au début de la cure, une alimentation douce et une hydratation abondante sont recommandées. À mesure que vous allez mieux, passez progressivement à une alimentation variée, riche en fibres et d'origine végétale – c'est elle qui nourrit les bactéries bénéfiques en train de s'installer (Koh et al., 2016 [111]). Les aliments fermentés[G] (kéfir, choucroute) peuvent également soutenir la flore (Dimidi et al., 2019 [161]).
Puis-je boire du café ou de l'alcool ? Ne prenez jamais la capsule avec de l'alcool ou une boisson chaude, car ceux-ci peuvent nuire aux bactéries vivantes. Une demi-heure après la prise de la capsule, vous pouvez revenir à votre routine habituelle. Il vaut la peine d'éviter ou de limiter au minimum l'alcool pendant la cure ; pour le café, demandez conseil à votre médecin, et n'en buvez pas directement avec la capsule.
Et si j'oublie une dose ? Pas de panique. Si vous y pensez, prenez-la dès que possible, sauf si l'heure de la dose suivante est déjà proche – dans ce cas, poursuivez selon votre horaire habituel et ne prenez pas de double dose. Si vous oubliez des doses régulièrement, prévenez votre médecin. Tenez le journal afin de pouvoir repérer le schéma.
L'infection peut-elle revenir après la guérison ? Malheureusement, dans la CDI récidivante[G], il existe un risque de nouvelle rechute, mais la cure DiffBiome est conçue pour réduire précisément ce risque en restaurant l'équilibre de la flore : dans un essai randomisé, la FMT a éliminé l'infection récidivante dans une proportion nettement supérieure à celle de l'antibiotique (van Nood et al., 2013 [029]), et la forme en capsules s'est révélée équivalente à l'administration par coloscopie (Kao et al., 2017 [008]). Un mode de vie d'entretien – une alimentation diversifiée, la vigilance sur les antibiotiques – réduit encore ce risque. Si des symptômes réapparaissent, adressez-vous à votre médecin ; un cycle répété est également possible.
Suis-je contagieux pour les autres pendant la cure ? DiffBiome en lui-même ne vous rend pas contagieux. C. difficile[G], en revanche, peut se transmettre ; un lavage des mains minutieux (à l'eau et au savon, et pas seulement avec un gel hydroalcoolique) est donc particulièrement important, surtout après être allé aux toilettes. Cela vous protège, vous et votre entourage.
Puis-je prendre des antibiotiques pendant la cure ? Si vous prenez encore un antibiotique, terminez-le au moins 48 heures avant de commencer DiffBiome – faute de quoi l'antibiotique détruira aussi la flore fraîchement apportée ; les protocoles de FMT prévoient généralement une fenêtre de sevrage antibiotique de 1 à 3 jours avant l'administration (Kelly et al., 2021 [005]). Pendant la cure, ne prenez un antibiotique que si votre médecin le prescrit expressément, et mentionnez-lui toujours que vous suivez une cure DiffBiome.
Puis-je prendre des probiotiques[G] pendant la cure ? Pendant la cure, les produits probiotiques doivent généralement être arrêtés, sauf avis contraire de votre médecin. DiffBiome apporte une flore vivante et diversifiée, et un probiotique peut interférer avec cela de façon indésirable : dans un écosystème intestinal perturbé, les probiotiques peuvent retarder la reconstitution du microbiote propre (Suez et al., 2018 [018]).
Est-ce sûr pendant la grossesse ou à un âge avancé ? À un âge avancé, le traitement est souvent la seule alternative lorsque les antibiotiques échouent, mais en raison des multiples maladies et médicaments concomitants, une supervision médicale plus prudente et plus étroite est nécessaire. Pendant la grossesse et l'allaitement, les données d'étude sont insuffisantes et les recommandations n'énoncent donc pas d'avis distinct pour cette situation ; la décision doit toujours être prise conjointement avec votre médecin, au cas par cas.
Que dois-je faire si mon système immunitaire est affaibli ? La cure peut être envisagée dans ce cas également, mais avec une surveillance renforcée : chez les patients immunodéprimés, une série de cas étaye la sécurité d'une FMT réalisée sous surveillance plus étroite (Kelly et al., 2014 [100]). Signalez tout symptôme inhabituel – même s'il paraît léger – et gardez un contact plus étroit avec votre médecin.
Puis-je voyager avec les capsules ? Oui. Les capsules sont des produits de la catégorie SoHO[G] (substances d'origine humaine), destinés à un usage personnel, et un certificat de voyage/de douane (Medical Recommendation) est disponible pour elles, attestant qu'il ne s'agit pas d'un médicament mais d'un approvisionnement personnel et non commercial. Pendant le voyage, conservez les capsules dans les conditions de stockage adéquates, au frais.
Comment dois-je conserver les capsules ? Conservez le flacon non ouvert au réfrigérateur, à l'abri de la lumière et en position verticale : le réfrigérateur est le lieu de conservation (+4 à +8 °C, jusqu'à 24 mois). Pour une conservation de longue durée, utilisez le congélateur (<−20 °C, jusqu'à 20 ans). La température ambiante (≤25 °C) est une tolérance transitoire, et non un mode de conservation : les gélules restent stables jusqu'à 6 mois, mais remettez-les au réfrigérateur dès que possible. Ouvrez le flacon rarement, afin que le contenu reste protégé.
En quoi DiffBiome diffère-t-il d'un probiotique ordinaire ? Les probiotiques du commerce contiennent quelques souches bactériennes sélectionnées, dont l'implantation dépend de la personne et n'est souvent que transitoire (Zmora et al., 2018 [034]). DiffBiome, en revanche, apporte une communauté bactérienne entière et diversifiée – la flore d'un donneur[G] sain rigoureusement dépisté – dont persistent durablement les souches du donneur qui trouvent une place dans votre propre communauté (Smillie et al., 2018 [108]), et qui restaure ainsi la résistance à la colonisation[G], la protection qui tient C. difficile en échec (Britton et Young, 2014 [002]). C'est pourquoi il peut aider là où un probiotique seul ne suffit pas.
Pourquoi la FMT peut-elle agir là où les antibiotiques échouent ? Un antibiotique « vide » : il supprime C. difficile mais ne reconstruit pas la flore diversifiée manquante, et des spores[G] résistantes au traitement peuvent se réactiver une fois le médicament arrêté. La FMT « repeuple » : elle remplace la communauté manquante et restaure la résistance à la colonisation, de sorte qu'il ne reste plus de place pour le pathogène. C'est pourquoi elle peut briser le cycle des récidives là où les antibiotiques échouent de façon répétée.
Pourquoi l'infection revient-elle sans cesse ? Derrière une CDI récidivante se trouve une flore intestinale[G] perturbée : les spores de C. difficile résistent à l'antibiotique et, comme la flore concurrente n'est pas là, elles se multiplient à nouveau après le traitement. Chaque rechute augmente la probabilité de la suivante (Chilton et al., 2018 [007]) – cette spirale est brisée par la restauration de la flore (FMT + mode de vie).
Combien de temps avant de voir des résultats ? Les symptômes commencent souvent à s'apaiser dès les premiers jours de la cure, mais une rémission[G] durable se met en place au fil des semaines, à mesure que la flore apportée s'installe : la composition de la communauté transplantée se déplace vers la plage saine en quelques jours (Weingarden et al., 2015 [048]), le déroulement temporel précis reflétant toutefois ici l'expérience du protocole DiffBiome. Dans les premiers jours, des ballonnements passagers ou des modifications des selles sont fréquents et généralement légers et spontanément résolutifs (Marcella et al., 2021 [015]). Le programme de 90 jours du livre est aussi long précisément parce que l'implantation et la construction du mode de vie demandent également du temps.
Quelles preuves cliniques y a-t-il derrière DiffBiome ? Dans l'infection récidivante à C. difficile, la FMT figure parmi les traitements les plus efficaces et les mieux étayés (van Nood et al., 2013 [029]), et elle est recommandée par les recommandations cliniques internationales (Cammarota et al., 2017 [016] ; Johnson et al., 2021 [028]). Des études ont montré que la FMT administrée par voie orale en capsules élimine l'infection à des taux comparables à ceux de l'administration par coloscopie – dans la comparaison randomisée, l'absence de récidive atteignait 96 % par les deux voies (Kao et al., 2017 [008]) – la voie la moins contraignante est donc aussi l'une des plus efficaces.
Que contient une capsule de DiffBiome ? Un greffon de flore intestinale entière provenant d'un donneur sain, dépisté minutieusement et en plusieurs étapes – non pas quelques souches isolées, mais une communauté bactérienne diversifiée. Le produit est fourni lyophilisé, en gélules.
DiffBiome peut-il provoquer une réaction allergique ? Les effets indésirables fréquents sont légers et passagers : ballonnements, gaz, modification temporaire des selles (Marcella et al., 2021 [015]). Une réaction allergique est rare mais possible – si vous remarquez une éruption cutanée, des démangeaisons, une difficulté respiratoire ou un autre symptôme inhabituel et soudain, arrêtez la prise et consultez immédiatement un médecin.
Ai-je besoin d'une ordonnance, et comment l'obtenir ? Partout, l'utilisation de la FMT est liée à une supervision médicale et requiert l'intervention d'un médecin expérimenté en FMT – le traitement et la posologie sont toujours déterminés par un médecin. DiffBiome relève de la catégorie des substances d'origine humaine (SoHO) ; ce n'est pas un médicament ordinaire, librement achetable. Discutez avec votre médecin traitant des modalités exactes d'obtention.
Quand DiffBiome n'est-il PAS adapté ? Dans certaines situations – immunodéficience sévère, poussée active d'IBD[G], grossesse, traitement oncologique en cours –, le traitement ne peut être envisagé qu'avec une prudence accrue et l'accord de votre médecin : le consensus européen sur la FMT impose dans ces cas une évaluation individuelle du rapport bénéfice-risque (Cammarota et al., 2017 [016]) et, chez les patients immunodéprimés, une série de cas étaye la sécurité d'une FMT réalisée sous surveillance plus étroite (Kelly et al., 2014 [100]). C'est pourquoi il est important d'informer votre médecin de chaque maladie chronique et de chaque médicament avant le traitement.
Comment diagnostique-t-on une infection à C. difficile ? Le diagnostic combine les symptômes (typiquement plusieurs selles liquides par jour) et une analyse des selles : le laboratoire détecte la présence de C. difficile et de ses toxines[G]. Il est important que seules des selles diarrhéiques, non moulées, soient testées et que le test soit interprété en regard des symptômes – un portage asymptomatique de la bactérie ne nécessite pas à lui seul de traitement (McDonald et al., 2018 [023]). C'est toujours votre médecin qui pose le diagnostic définitif.
Existe-t-il un vaccin contre C. difficile ? Il n'existe actuellement aucun vaccin approuvé et largement disponible contre C. difficile. La meilleure protection consiste à restaurer et à maintenir l'équilibre de la flore, à éviter les antibiotiques inutiles et à respecter une bonne hygiène.
Combien de temps C. difficile survit-il sur les surfaces, et avec quoi désinfecter à la maison ? Les spores de C. difficile restent viables longtemps sur les surfaces et résistent aux gels hydroalcooliques. Après un contact avec des selles, le lavage des mains à l'eau et au savon est donc la méthode à privilégier (le frottement emporte les spores) et, pour les surfaces, un produit sporicide à base de chlore (eau de Javel, hypochlorite de sodium dilué au 1:10) est recommandé, en particulier dans la salle de bain et autour des toilettes (McDonald et al., 2018 [023]).
Ma famille ou mon animal de compagnie peuvent-ils l'attraper ? DiffBiome en lui-même n'est pas contagieux. C. difficile, en revanche, peut se transmettre par ses spores ; un lavage des mains minutieux et le maintien de surfaces propres protègent donc votre entourage. Les personnes en bonne santé, dotées d'une flore intestinale intacte, tombent rarement malades, car un microbiote intact assure une résistance à la colonisation vis-à-vis de C. difficile (Britton et Young, 2014 [002]) ; d'après les données actuelles, le risque de contamination par les animaux de compagnie est faible, sans pouvoir être totalement exclu – l'hygiène compte là aussi.
Les remèdes « naturels » (ail, miel, huiles essentielles, jeûne) aident-ils ? Il n'existe aucune preuve fiable que l'ail, le miel, les huiles essentielles ou le jeûne guérissent l'infection à C. difficile – il ne faut pas s'y fier comme traitement, et le jeûne en particulier est à éviter, car la guérison a besoin de nutriments et d'une hydratation abondante. La voie éprouvée est la restauration de la flore (FMT) et une alimentation progressive, variée et riche en fibres.
Le stress ou l'état psychique influencent-ils l'infection ? L'intestin et le cerveau sont étroitement liés (l'axe intestin-cerveau[G]) ; un stress prolongé peut donc accentuer la sensibilité abdominale et les symptômes (Cryan et al., 2019 [445]) – mais il ne provoque pas l'infection à lui seul. La gestion du stress, le repos et une routine quotidienne prévisible soutiennent la guérison ; si la charge émotionnelle reste lourde, parlez-en avec votre médecin traitant.
Quand dois-je consulter un médecin immédiatement ? Si vous présentez une douleur abdominale forte ou un ventre tendu, une fièvre élevée, une confusion, une déshydratation sévère (vous n'urinez presque plus, vertiges, faiblesse) ou du sang frais dans les selles, n'attendez pas – consultez immédiatement un médecin et, en cas de gravité, rendez-vous aux urgences. Ce sont les signaux d'alerte, et ils exigent une prise en charge urgente (Kelly et al., 2021 [005] ; McDonald et al., 2018 [023]).
Références
[002] Britton R, Young V. Role of the intestinal microbiota in resistance to colonization by Clostridium. difficile. Gastroenterology. 2014. Link
Microbiote intestinal et résistance à la colonisation par C. difficile — mécanismes fondamentaux — Le microbiote natif inhibe la germination et la croissance des spores de C. difficile. Les antibiotiques altèrent cette défense. Mécanismes clés : métabolisme des acides biliaires, compétition nutritionnelle. La FMT restaure la résistance à la colonisation.
[005] Kelly C, Fischer M, Allegretti J, LaPlante K, Stewart D, Limketkai B, Stollman N. ACG Clinical Guidelines: Prevention, Diagnosis, and Treatment of Clostridioides difficile Infections. The American journal of gastroenterology. 2021. Link
Selon la recommandation ACG 2021, la FMT fait partie de la prise en charge standard de la rCDI ; elle est fortement recommandée après ≥2 récidives — Dernières recommandations sur la CDI de l'American College of Gastroenterology : FMT fortement recommandée après ≥2 récidives de CDI ; les administrations par capsules et par coloscopie sont équivalentes ; protocole détaillé de dépistage des donneurs et de stockage ; mises à jour de l'ère COVID concernant la sécurité de la FMT également intégrées.
[007] Chilton C, Pickering D, Freeman J. Microbiologic factors affecting Clostridium. difficile recurrence. Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. 2018. Link
Causes microbiologiques de la récidive de C. difficile — persistance des spores et dysbiose — Une faible diversité bactérienne est corrélée à la rCDI clinique. La persistance des spores et leur germination sont la clé de la récidive. La FMT et les thérapies du microbiote sont de plus en plus étudiées. Antibiotiques ciblés (fidaxomicine) + restauration du microbiote constituent l'approche combinée.
[008] Kao D, Roach B, Silva M et al. Effect of Oral Capsule– vs Colonoscopy-Delivered Fecal Microbiota Transplantation on Recurrent Clostridium. difficile Infection: A Randomized Clinical Trial. JAMA. 2017. Link
Essai randomisé de non-infériorité chez 116 adultes atteints de CDI récidivante dans trois centres universitaires canadiens, comparant la FMT par capsules orales à la FMT administrée par coloscopie (inclusion 2014–2016 ; marge de non-infériorité de 15%). L'étude visait à déterminer si l'administration par capsules, moins invasive, égale la coloscopie dans la prévention de nouvelles récidives de CDI. Les résultats soutiennent l'équivalence clinique des deux voies, permettant un accès plus large et moins contraignant à la FMT dans la CDI récidivante.
[015] Marcella C, Cui B, Kelly CR, Ianiro G, Cammarota G, Zhang F. Systematic review: the global incidence of faecal microbiota transplantation-related adverse events from 2000 to 2020. Aliment Pharmacol Ther. 2021. Link
Revue systématique de la sécurité de la FMT résumant les événements indésirables (EI) sur 20 ans à partir de 129 études incluant 4 241 patients et 5 688 cures de FMT (recherche dans EMBASE, MEDLINE, Cochrane, CNKI, Wanfang de 2000 à 2020). Les EI ont été classés en EI liés à l'administration ou liés au microbiote. Cette revue fournit le plus vaste ensemble agrégé de données de sécurité de la FMT à ce jour et conforte le profil de sécurité globalement favorable de la FMT dans les CDI récidivantes, tout en signalant que les complications pourraient être sous-rapportées dans la littérature.
[016] Cammarota G, Ianiro G, Tilg H et al. European consensus conference on faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut. 2017. Link
Conférence de consensus européenne élaborant des recommandations fondées sur les preuves relatives à la FMT en pratique clinique, avec 28 experts de 10 pays collaborant au sein de groupes de travail. Les énoncés ont été produits par une revue fondée sur les preuves, évalués électroniquement par un processus Delphi, puis finalisés lors d'une séance plénière de consensus. Les recommandations portent sur les indications de la FMT, la sélection des donneurs, la préparation du matériel fécal, la prise en charge clinique, l'administration des selles et les exigences minimales pour créer un centre de FMT. Le document fournit le cadre européen de standardisation d'une FMT sûre et encadrée.
[018] Suez J, Zmora N, Zilberman-Schapira G, Mor U, Dori-Bachash M et al. Post-Antibiotic Gut Mucosal Microbiome Reconstitution Is Impaired by Probiotics and Improved by Autologous FMT. Cell. 2018. Link
Étude chez l'homme et la souris portant sur le devenir du microbiome de la muqueuse intestinale après une cure d'antibiotiques. Trois voies ont été comparées : la récupération spontanée, un probiotique à 11 souches et la transplantation fécale autologue, c'est-à-dire la restitution de la flore propre congelée avant l'antibiotique. Le probiotique a colonisé la muqueuse mais a retardé le retour du microbiome indigène et de l'expression génique muqueuse de l'hôte, l'écart persistant durant des mois. La transplantation autologue a en revanche permis une récupération quasi complète en quelques jours. Conclusion : après une antibiothérapie, un probiotique n'est pas un complément neutre et peut ralentir le retour de la flore propre ; c'est un greffon microbiotique complet qui remplace la communauté manquante.
[023] McDonald LC, Gerding DN, Johnson S, Bakken JS, Carroll KC et al. Clinical Practice Guidelines for Clostridium. difficile Infection in Adults and Children: 2017 Update by the Infectious Diseases Society of America (IDSA) and Society for Healthcare Epidemiology of America (SHEA). Clinical Infectious Diseases. 2018. Link
Recommandations de pratique clinique complètes de l'IDSA et de la SHEA sur le diagnostic, le traitement et la prévention de l'infection à C. difficile chez l'adulte et l'enfant. Elles définissent des catégories de gravité (non sévère, sévère, fulminante) et caractérisent la forme fulminante par une hypotension ou un choc, un iléus ou un mégacôlon toxique — des signes qui imposent une hospitalisation, un traitement intraveineux et un avis chirurgical. En cas d'infection à récidives multiples avec échecs répétés de l'antibiothérapie, la transplantation de microbiote fécal est recommandée. Ce document constitue le cadre international auquel s'alignent les signaux d'alerte et les critères d'orientation hospitalière du livre.
[028] Johnson S, Lavergne V, Skinner AM, Gonzales-Luna AJ, Garey KW, Kelly CP, Wilcox MH. Clinical Practice Guideline by the Infectious Diseases Society of America (IDSA) and Society for Healthcare Epidemiology of America (SHEA): 2021 Focused Update Guidelines on Management of Clostridioides difficile Infection in Adults. Clinical Infectious Diseases. 2021. Link
Une mise a jour ciblee de la recommandation IDSA/SHEA de 2017, limitee aux propositions therapeutiques. Le changement principal est que la fidaxomicine est desormais preferee a la vancomycine pour un premier episode — recommandation conditionnelle, certitude moderee —, car si la guerison initiale est comparable, la guerison durable est meilleure. Pour les episodes recidivants, la fidaxomicine est egalement preferee, de meme qu'un schema de vancomycine en decroissance et en pulses. Le bezlotoxumab est propose en complement chez les patients a haut risque de recidive. Le texte precise que la vancomycine reste un choix acceptable lorsque la fidaxomicine n'est pas disponible, et le metronidazole a recule meme dans les formes legeres. Pour le SIS, cette recommandation compte parce qu'elle confirme que la decision therapeutique ne depend pas seulement de la gravite actuelle mais aussi du risque de recidive — la dualite qui fonde les sous-scores aigu et pronostique du SIS.
[029] van Nood E, Vrieze A, Nieuwdorp M, Fuentes S, Zoetendal EG, de Vos WM, Visser CE, Kuijper EJ, Bartelsman JF, Tijssen JG, Speelman P, Dijkgraaf MG, Keller JJ. Duodenal infusion of donor feces for recurrent Clostridium. difficile. The New England Journal of Medicine. 2013. Link
Le premier essai randomise controle comparant la transplantation de microbiote fecal au traitement antibiotique standard dans l'infection recidivante a *Clostridioides difficile*. Les patients ont ete repartis en trois bras : selles de donneur administrees par sonde duodenale apres une courte cure de vancomycine, vancomycine seule, ou vancomycine avec lavage intestinal. L'essai a ete interrompu de facon anticipee tant la difference etait importante : dans le bras transplantation, 81 pour cent des patients etaient gueris apres la premiere infusion et 94 pour cent en comptant les infusions repetees, contre 31 et 23 pour cent dans les deux bras vancomycine. Apres le traitement, la diversite de la flore fecale des patients s'est rapprochee de celle des donneurs. Ce travail a fait de la transplantation de microbiote un traitement fonde sur les preuves et constitue le point de depart du schema posologique du present protocole.
[034] Zmora N, Zilberman-Schapira G, Suez J, Mor U, Dori-Bachash M, Bashiardes S, Kotler E, Zur M, Regev-Lehavi D, Brik RB, Federici S, Cohen Y, Linevsky R, Rothschild D, Moor AE, Ben-Moshe S, Harmelin A, Itzkovitz S, Maharshak N, Shibolet O, Shapiro H, Pevsner-Fischer M, Sharon I, Halpern Z, Segal E, Elinav E. Personalized Gut Mucosal Colonization Resistance to Empiric Probiotics Is Associated with Unique Host and Microbiome Features. Cell. 2018. Link
Le pendant de Suez et collaborateurs (2018), qui montre que la colonisation de la muqueuse intestinale par les probiotiques dépend fortement de la personne : certains individus sont « permissifs », tandis que d'autres sont « résistants », et la prise orale de probiotiques a exercé un effet transitoire et variable d'un individu à l'autre sur la structure de la communauté muqueuse et sur le transcriptome intestinal. L'échantillonnage des selles à lui seul ne détecte pas cette variabilité – un échantillonnage direct de la muqueuse est nécessaire. Ce résultat mine l'usage empirique des probiotiques comme intervention générale. Il fournit en même temps la base conceptuelle de la thérapie de microbiote personnalisée et testée en compatibilité qu'opérationnalise FindBiome.
[048] Weingarden A, González A, Vázquez-Baeza Y, Weiss S, Humphry G, Berg-Lyons D, Knights D, Unno T, Bobr A, Kang J, Khoruts A, Knight R, Sadowsky MJ. Dynamic changes in short- and long-term bacterial composition following fecal microbiota transplantation for recurrent Clostridium. difficile infection. Microbiome. 2015. Link
Caractérisation longitudinale du microbiome après la FMT de quatre patients atteints de CDI récidivante, avec un échantillonnage quotidien pendant 28 jours, puis hebdomadaire pendant les 84 jours suivant le traitement, soit au total 151 jours. Le microbiote des receveurs s'est rétabli rapidement, en quelques jours, d'un état nettement dysbiotique vers une composition située dans la fourchette saine. La composition a ensuite continué de changer, s'est écartée de l'implant initial du donneur et a fluctué de manière dynamique tant à court qu'à long terme – tout en restant en permanence dans la fourchette du microbiote sain. L'article étaye le cadre du présent guide selon lequel une MTT réussie crée un écosystème du receveur autonome, et non une empreinte permanente calquée sur le donneur.
[100] Kelly CR, Ihunnah C, Fischer M, Khoruts A, Surawicz C, Afzali A, Aroniadis O, Barto A, Borody T, Giovanelli A, Gordon S, Gluck M, Hohmann EL, Kao D, Kao JY, McQuillen DP, Mellow M, Rank KM, Rao K, Ray A, Schwartz MA, Singh N, Stollman N, Suskind DL, Vindigni SM, Youngster I, Brandt L. **. American Journal of Gastroenterology. 2014. Link
L'infection à Clostridium difficile (ICD) est particulièrement dangereuse chez les patients immunodéprimés, mais la sécurité de la transplantation de microbiote fécal (TMF) dans ce groupe restait incertaine. Cette série rétrospective de 16 centres a étudié 80 patients immunodéprimés (75 adultes, 5 enfants) dont l'ICD était récidivante (55%), réfractaire (11%) ou sévère/mixte (34%); les causes d'immunodépression incluaient le VIH/sida, la transplantation d'organe, une maladie oncologique, l'immunosuppression pour maladie inflammatoire de l'intestin et d'autres affections. Le taux de guérison de l'ICD après une seule TMF était de 78%, et la procédure s'est révélée globalement sûre : les événements indésirables graves dans les 12 semaines étaient rares et ne suggéraient pas d'infection transmise par la TMF. Les auteurs concluent que la TMF est une option efficace et sûre contre l'ICD, même chez les patients immunodéprimés.
[108] Smillie CS, Sauk J, Gevers D, Friedman J, Sung J, Youngster I, Hohmann EL, Staley C, Khoruts A, Sadowsky MJ, Allegretti JR, Smith MB, Xavier RJ, Alm EJ. Strain Tracking Reveals the Determinants of Bacterial Engraftment in the Human Gut Following Fecal Microbiota Transplantation. Cell Host Microbe. 2018. Link
Suivi au niveau des souches après FMT : les auteurs ont examiné ce qui détermine qu'une souche donnée du donneur s'implante chez le receveur. Le meilleur prédicteur est la **composition de la propre communauté du receveur** — une souche s'implante lorsqu'un parent est déjà présent ou lorsqu'une niche écologique est libre ; la richesse et l'abondance des souches du donneur comptent également. La greffe suit donc des règles écologiques et non le hasard, et elle est modifiable du côté du receveur. Important : l'article décrit des déterminants au niveau des souches ; il ne démontre pas par un ECR que la disponibilité en fibres soit un facteur modifiable.
[111] Koh A, De Vadder F, Kovatcheva-Datchary P, Bäckhed F. From Dietary Fiber to Host Physiology: Short-Chain Fatty Acids as Key Bacterial Metabolites. Cell. 2016. Link
Revue mécanistique sur les acides gras à chaîne courte (AGCC), produits par la fermentation bactérienne des fibres alimentaires. Les fibres fermentescibles sont la source d'énergie primaire du microbiote colique ; les principaux produits de fermentation sont l'**acétate, le propionate et le butyrate**. Le **butyrate est le principal substrat énergétique des colonocytes** ; les AGCC influencent aussi l'intégrité de la barrière, la fonction immunitaire et, une fois dans la circulation, le métabolisme de l'hôte, en partie via des récepteurs couplés aux protéines G (GPR41/43) et l'inhibition des histone-désacétylases. Cette entrée est la source des affirmations de manuel du III.2 (S-0302-01, -02). Important : il s'agit d'une **revue**, non de données expérimentales propres.
[161] Dimidi E, Cox SR, Rossi M, Whelan K. Fermented Foods: Definitions and Characteristics, Impact on the Gut Microbiota and Effects on Gastrointestinal Health and Disease. Nutrients. 2019. Link
Revue définissant les aliments fermentés comme les produits d'une croissance microbienne contrôlée et d'une conversion enzymatique du substrat, caractérisant les produits courants (kéfir, kombucha, choucroute, tempeh, natto, miso, kimchi, pain au levain) et leurs mécanismes proposés — y compris les effets sur le microbiote. La revue résume les preuves de l'impact des aliments fermentés sur la santé et les maladies gastro-intestinales humaines, soutenant leur intégration sélective dans des modèles alimentaires favorables à la santé.
[445] Cryan JF, O'Riordan KJ, Cowan CSM et al. The Microbiota-Gut-Brain Axis. Physiol Rev. 2019. Link
Revue exhaustive (Cryan et al., Physiol Rev 2019) de l'axe microbiote-intestin-cerveau. Elle détaille les voies de communication reliant le microbiote intestinal et le cerveau, notamment le système immunitaire, le métabolisme du tryptophane, le nerf vague et le système nerveux entérique, ainsi que les métabolites microbiens (acides gras à chaîne courte, acides aminés à chaîne ramifiée, peptidoglycanes). L'article passe en revue les données animales et humaines relatives à l'importance physiologique et comportementale/neurologique de cet axe.