V. 2. Références

Cette liste rassemble la base de preuves externe du livre : la littérature citable et évaluée par les pairs qui sous-tend les affirmations cliniques. Le texte principal du livre est rédigé dans un langage accessible au patient et ne remplace pas ces sources – c'est ici que le lecteur intéressé (et le médecin traitant) en trouvera le fondement.

Références

[001] Seekatz A, Safdar N, Khanna S. The role of the gut microbiome in colonization resistance and recurrent. Therapeutic advances in gastroenterology. 2022. Link

Résistance à la colonisation du microbiote intestinal et thérapie par FMT dans la rCDI — Un microbiote sain inhibe la colonisation par C. difficile (compétition nutritionnelle, acides biliaires, SCFA, bactériocines). Antibiotiques → dysbiose → CDI. La FMT restaure la diversité. Les anticorps monoclonaux ne traitent pas la dysbiose.

[002] Britton R, Young V. Role of the intestinal microbiota in resistance to colonization by Clostridium difficile. Gastroenterology. 2014. Link

Microbiote intestinal et résistance à la colonisation par C. difficile — mécanismes fondamentaux — Le microbiote natif inhibe la germination et la croissance des spores de C. difficile. Les antibiotiques altèrent cette défense. Mécanismes clés : métabolisme des acides biliaires, compétition nutritionnelle. La FMT restaure la résistance à la colonisation.

[003] Reed AD, Theriot CM. Contribution of Inhibitory Metabolites and Competition for Nutrients to Colonization Resistance against Clostridioides difficile by Commensal Clostridium**. Microorganisms. 2021. Link

Cette revue examine comment les espèces commensales de *Clostridium* assurent la résistance à la colonisation par C. difficile. Les *Clostridia* commensaux transforment les acides biliaires primaires en acides biliaires secondaires qui inhibent la germination des spores et la croissance végétative de C. difficile. Ils produisent en outre des peptides antimicrobiens et des acides gras à chaîne courte qui inhibent directement C. difficile, et entrent en compétition pour des nutriments limitants tels que la proline, importante pour la croissance de C. difficile via la fermentation de Stickland. La perte des *Clostridia* commensaux après antibiothérapie à large spectre constitue une étape mécanistique clé vers la susceptibilité à la CDI. Les auteurs en concluent qu'il existe un besoin urgent de nouvelles thérapies contre la CDI ; la validation clinique des consortiums définis de *Clostridium* ne provient pas de cette revue, mais de l'essai de phase 2 de VE303 [56].

[004] Chilton C, Viprey V, Normington C, Moura I, Buckley A, Freeman J, Davies K, Wilcox M. Clostridioides difficile pathogenesis and control. Nature reviews. Microbiology. 2026. Link

Pathogenèse de C. difficile, dysbiose du microbiote et rôle de la FMT — Revue exhaustive : dysbiose induite par les antibiotiques → germination des spores de C. difficile → production de toxines → colite. Un microbiote sain assure une résistance à la colonisation. Des thérapies plus récentes du microbiote comme alternatives à la FMT.

[005] Kelly C, Fischer M, Allegretti J, LaPlante K, Stewart D, Limketkai B, Stollman N. ACG Clinical Guidelines: Prevention, Diagnosis, and Treatment of Clostridioides difficile Infections. The American journal of gastroenterology. 2021. Link

Selon la recommandation ACG 2021, la FMT fait partie de la prise en charge standard de la rCDI ; elle est fortement recommandée après ≥2 récidives — Dernières recommandations sur la CDI de l'American College of Gastroenterology : FMT fortement recommandée après ≥2 récidives de CDI ; les administrations par capsules et par coloscopie sont équivalentes ; protocole détaillé de dépistage des donneurs et de stockage ; mises à jour de l'ère COVID concernant la sécurité de la FMT également intégrées.

[006] Feuerstadt P, Louie TJ, Lashner B et al. SER-109, an Oral Microbiome Therapy for Recurrent Clostridioides difficile Infection. New England Journal of Medicine. 2022. Link

Cet essai randomisé de phase III (ECOSPOR III) a testé le SER-109, un traitement oral du microbiome constitué de spores purifiées de Firmicutes, chez des adultes ayant présenté ≥3 épisodes de CDI (épisode aigu qualifiant inclus). Après une antibiothérapie de référence, les patients ont reçu le SER-109 ou un placebo (4 capsules par jour pendant 3 jours). Le diagnostic exigeait une recherche de toxines à l'inclusion, avec stratification selon l'âge et l'antibiotique. Le critère principal d'efficacité était la réduction du risque de récidive de CDI à 8 semaines. Le SER-109 a démontré une supériorité significative sur le placebo pour la réponse clinique durable. Les analyses ont également documenté l'engraftment du microbiome et des déplacements des métabolites microbiens cohérents avec le mécanisme de la formulation sporulée. L'essai a soutenu l'approbation par la FDA du SER-109 (Vowst) comme premier traitement oral du microbiome dans la CDI récidivante.

[007] Chilton C, Pickering D, Freeman J. Microbiologic factors affecting Clostridium difficile recurrence. Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. 2018. Link

Causes microbiologiques de la récidive de C. difficile — persistance des spores et dysbiose — Une faible diversité bactérienne est corrélée à la rCDI clinique. La persistance des spores et leur germination sont la clé de la récidive. La FMT et les thérapies du microbiote sont de plus en plus étudiées. Antibiotiques ciblés (fidaxomicine) + restauration du microbiote constituent l'approche combinée.

[008] Kao D, Roach B, Silva M et al. Effect of Oral Capsule– vs Colonoscopy-Delivered Fecal Microbiota Transplantation on Recurrent Clostridium difficile Infection: A Randomized Clinical Trial. JAMA. 2017. Link

Essai randomisé de non-infériorité chez 116 adultes atteints de CDI récidivante dans trois centres universitaires canadiens, comparant la FMT par capsules orales à la FMT administrée par coloscopie (inclusion 2014–2016 ; marge de non-infériorité de 15%). L'étude visait à déterminer si l'administration par capsules, moins invasive, égale la coloscopie dans la prévention de nouvelles récidives de CDI. Les résultats soutiennent l'équivalence clinique des deux voies, permettant un accès plus large et moins contraignant à la FMT dans la CDI récidivante.

[009] Ramai D, Zakhia K, Fields PJ, Ofosu A, Patel G, Chang S. Fecal Microbiota Transplantation (FMT) with Colonoscopy Is Superior to Enema and Nasogastric Tube While Comparable to Capsule for the Treatment of Recurrent Clostridioides difficile Infection: A Systematic Review and Meta-Analysis. Digestive Diseases and Sciences. 2021. Link

Revue systématique et méta-analyse examinant dans quelle mesure la voie d'administration compte pour la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile. À partir de trois bases de données (PubMed, EMBASE, CINAHL), 26 études totalisant 1309 patients ont été incluses : coloscopie dans 16 études (483), sonde nasogastrique dans 5 (149), lavement dans 4 (360) et capsules dans 4 (301). Les taux de guérison groupés étaient : coloscopie 94,8 pour cent ; capsule 92,1 pour cent ; lavement 87,2 pour cent ; sonde nasogastrique/nasoduodénale 78,1 pour cent. Conclusion : l'administration par coloscopie est supérieure au lavement et à la sonde, mais comparable aux capsules — la voie la moins contraignante ne coûte donc rien en efficacité. Ni la préparation de l'échantillon (fraîche ou congelée) ni le lien avec le donneur n'ont modifié le résultat.

[010] Gregory AL, Pensinger DA, Hryckowian AJ. A short chain fatty acid-centric view of Clostridioides difficile pathogenesis. PLoS Pathog. 2021. Link

Cette revue synthétise le rôle des acides gras à chaîne courte (SCFA) dans la résistance à la colonisation par C. difficile. Le microbiome intestinal produit acétate, propionate et butyrate par fermentation des fibres ; ces SCFA maintiennent la fonction de barrière épithéliale, modulent l'immunité et signalent directement à C. difficile. Les auteurs proposent un modèle conceptuel dans lequel C. difficile perçoit les SCFA eux-mêmes comme un marqueur d'un environnement intestinal sain et compétitif et, en réponse, augmente la production de toxines afin de maintenir l'état dysbiotique qui lui est favorable. Les SCFA influencent la production de toxines et la compétition avec les commensaux. La revue soutient que cibler les voies des SCFA — par une intervention alimentaire, des probiotiques de nouvelle génération ou d'autres approches ciblées — offre une stratégie de précision, non antibiotique, contre la CDI, distincte à la fois des antibiotiques et de la transplantation fécale.

[011] Donohoe DR, Garge N, Zhang X, Sun W, O'Connell TM, Bunger MK, Bultman SJ. The microbiome and butyrate regulate energy metabolism and autophagy in the mammalian colon. Cell Metabolism. 2011. Link

Étude chez la souris comparant les colonocytes d'animaux axéniques et d'animaux à microbiote normal afin d'établir d'où la muqueuse colique tire son énergie. Les colonocytes des animaux axéniques sont en état de carence énergétique : expression réduite des enzymes du cycle de Krebs, baisse de la phosphorylation oxydative et de l'ATP, d'où activation de l'AMPK et autophagie ; l'ajout de butyrate rétablit la respiration mitochondriale. C'est la preuve canonique que le butyrate produit par les bactéries est la principale source d'énergie de l'épithélium colique — le mécanisme par lequel les fibres nourrissent directement la paroi intestinale et entretiennent la barrière.

[012] Imhann F, Bonder MJ, Vich Vila A et al. Proton pump inhibitors affect the gut microbiome. Gut. 2016. Link

L'article d'Imhann et collaborateurs paru dans Gut en 2016 rapporte que l'usage d'inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) modifie significativement le microbiote intestinal humain. En combinant trois cohortes populationnelles (>1800 individus) avec séquençage 16S rRNA, les auteurs montrent que les utilisateurs d'IPP présentent une diversité microbienne diminuée et des modifications cohérentes de 20 % des taxons bactériens : augmentation des bactéries de la cavité buccale (Streptococcaceae, Enterococcaceae), des Enterobacteriaceae et de *Clostridium* difficile, parallèlement à une diminution de commensaux tels que Ruminococcaceae et Bifidobacteriaceae. Ces modifications expliquent mécanistiquement les associations épidémiologiques entre usage d'IPP et CDI, infections entériques, encéphalopathie hépatique et SIBO. Ce travail plaide pour une prescription prudente des IPP et des démarches de déprescription.

[013] Jackson MA, Goodrich JK, Maxan ME et al. Proton pump inhibitors alter the composition of the gut microbiota. Gut. 2016. Link

Cette étude de jumeaux a analysé le 16S rRNA fécal de 1827 jumeaux sains afin de tester l'association entre l'usage d'inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) et le microbiote intestinal, avec réplication dans une cohorte interventionnelle. Les utilisateurs d'IPP présentaient une abondance significativement plus faible de commensaux intestinaux et une diversité microbienne moindre, ainsi qu'une augmentation significative des commensaux de la cavité buccale et du tractus digestif supérieur. Ces résultats étayent un lien à l'échelle populationnelle entre l'usage d'IPP et la perturbation du microbiote intestinal, fournissant un mécanisme plausible au risque accru d'infections entériques associé aux IPP.

[014] Whelan K, Bancil AS, Lindsay JO, Chassaing B. Ultra-processed foods and food additives in gut health and disease. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology. 2024. Link

Revue critique sur les effets des aliments ultra-transformés (AUT) et de leurs additifs sur la santé intestinale. Le lien entre une alimentation riche en AUT et les maladies digestives — maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, cancer colorectal, syndrome de l'intestin irritable — repose surtout sur l'épidémiologie observationnelle, tandis que l'effet des additifs pris isolément (émulsifiants, édulcorants, colorants, micro- et nanoparticules) provient largement de travaux in vitro et animaux montrant un impact sur le microbiote, la perméabilité intestinale et l'inflammation. Les auteurs soulignent la rareté des études d'intervention chez l'humain : le sens de l'association est bien établi, l'ampleur de l'effet reste incertaine.

[015] Marcella C, Cui B, Kelly CR, Ianiro G, Cammarota G, Zhang F. Systematic review: the global incidence of faecal microbiota transplantation-related adverse events from 2000 to 2020. Aliment Pharmacol Ther. 2021. Link

Revue systématique de la sécurité de la FMT résumant les événements indésirables (EI) sur 20 ans à partir de 129 études incluant 4 241 patients et 5 688 cures de FMT (recherche dans EMBASE, MEDLINE, Cochrane, CNKI, Wanfang de 2000 à 2020). Les EI ont été classés en EI liés à l'administration ou liés au microbiote. Cette revue fournit le plus vaste ensemble agrégé de données de sécurité de la FMT à ce jour et conforte le profil de sécurité globalement favorable de la FMT dans les CDI récidivantes, tout en signalant que les complications pourraient être sous-rapportées dans la littérature.

[016] Cammarota G, Ianiro G, Tilg H et al. European consensus conference on faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut. 2017. Link

Conférence de consensus européenne élaborant des recommandations fondées sur les preuves relatives à la FMT en pratique clinique, avec 28 experts de 10 pays collaborant au sein de groupes de travail. Les énoncés ont été produits par une revue fondée sur les preuves, évalués électroniquement par un processus Delphi, puis finalisés lors d'une séance plénière de consensus. Les recommandations portent sur les indications de la FMT, la sélection des donneurs, la préparation du matériel fécal, la prise en charge clinique, l'administration des selles et les exigences minimales pour créer un centre de FMT. Le document fournit le cadre européen de standardisation d'une FMT sûre et encadrée.

[017] van Prehn J, Reigadas E, Vogelzang EH, Bouza E, Kuijper EJ et al. European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases: 2021 update on the treatment guidance document for Clostridioides difficile infection in adults. Clinical Microbiology and Infection. 2021. Link

Document d'orientation thérapeutique de l'ESCMID 2021 pour l'infection à C. difficile chez l'adulte. Le métronidazole n'est plus recommandé lorsque la fidaxomicine ou la vancomycine sont disponibles ; la fidaxomicine est l'agent préféré pour l'épisode initial et la première récidive ; à partir de la deuxième récidive, la transplantation de microbiote fécal (FMT) ou le bezlotoxumab en complément du traitement antibiotique standard sont préférés. Par rapport à l'édition précédente, l'accent passe de la sévérité de la maladie au risque de récidive : la stratégie thérapeutique est déterminée par le risque individuel de rechute. Cela conforte une évaluation qui mesure à la fois les symptômes actuels et le risque pronostique.

[018] Suez J, Zmora N, Zilberman-Schapira G, Mor U, Dori-Bachash M et al. Post-Antibiotic Gut Mucosal Microbiome Reconstitution Is Impaired by Probiotics and Improved by Autologous FMT. Cell. 2018. Link

Étude chez l'homme et la souris portant sur le devenir du microbiome de la muqueuse intestinale après une cure d'antibiotiques. Trois voies ont été comparées : la récupération spontanée, un probiotique à 11 souches et la transplantation fécale autologue, c'est-à-dire la restitution de la flore propre congelée avant l'antibiotique. Le probiotique a colonisé la muqueuse mais a retardé le retour du microbiome indigène et de l'expression génique muqueuse de l'hôte, l'écart persistant durant des mois. La transplantation autologue a en revanche permis une récupération quasi complète en quelques jours. Conclusion : après une antibiothérapie, un probiotique n'est pas un complément neutre et peut ralentir le retour de la flore propre ; c'est un greffon microbiotique complet qui remplace la communauté manquante.

[019] Youngster I, Russell GH, Pindar C, Ziv-Baran T, Sauk J, Hohmann EL. Oral, capsulized, frozen fecal microbiota transplantation for relapsing Clostridium difficile infection. JAMA. 2014. Link

Vingt patients atteints d'infection récidivante à C. difficile ont reçu des selles encapsulées de donneurs préalablement sélectionnés, conservées congelées à -80 degrés C : 15 capsules pendant deux jours consécutifs. Aucun événement indésirable grave imputable au traitement n'est survenu. La diarrhée a disparu chez 14 patients (70 pour cent) après une seule cure ; après retraitement des six non-répondeurs, le résultat global atteignait 90 pour cent (18/20). Le nombre quotidien de selles est passé d'une médiane de 5 avant traitement à 2 au jour 3 et à 1 à la semaine 8. C'est la première étude à obtenir, avec une FMT orale congelée et encapsulée, un résultat comparable à l'administration instrumentale — sans sédation ni endoscopie.

[020] Lewis SJ, Heaton KW. Stool form scale as a useful guide to intestinal transit time. Scandinavian Journal of Gastroenterology. 1997. Link

Validation initiale de l'échelle de Bristol des selles. Le temps de transit intestinal total a été mesuré par marqueurs radio-opaques chez 66 volontaires, qui consignaient dans un carnet la forme des selles sur une échelle en 7 points ainsi que la fréquence des selles. Le temps de transit était le plus étroitement corrélé à la forme des selles (r = -0,54), davantage qu'à la fréquence ou au poids des selles. Lorsque le transit était modifié par le séné puis par le lopéramide, la forme des selles suivait ce changement (r = -0,65). Conclusion : noter la forme des selles est un moyen simple et sensible de suivre l'évolution de la fonction intestinale — d'où sa pertinence dans le carnet tenu par le patient.

[021] Thaiss CA, Zeevi D, Levy M, Zilberman-Schapira G, Elinav E et al. Transkingdom control of microbiota diurnal oscillations promotes metabolic homeostasis. Cell. 2014. Link

La composition et la fonction du microbiote intestinal suivent un rythme quotidien : l'abondance bactérienne et l'activité métabolique oscillent au fil du cycle jour-nuit, et cette oscillation est principalement pilotée par le rythme alimentaire de l'hôte. Lorsque le rythme est perturbé — modélisé ici chez la souris et sur des échantillons humains après un vol intercontinental —, l'oscillation du microbiote disparaît et une dysbiose s'installe ; le transfert de cette flore arythmique à des souris axeniques induit des troubles métaboliques. Conclusion : un rythme quotidien régulier est l'une des conditions de la stabilité du microbiote — d'où l'intérêt d'une heure de lever fixe et d'une lumière matinale dès les premiers jours du traitement.

[022] Eswaran S, Muir J, Chey WD. Fiber and functional gastrointestinal disorders. American Journal of Gastroenterology. 2013. Link

Revue du rôle des fibres dans les troubles fonctionnels intestinaux. Les auteurs classent les fibres selon leur solubilité et leur fermentescibilité et soulignent que ce sont précisément ces deux propriétés qui guident le choix. Les fibres fermentent partiellement ou totalement dans l'iléon distal et le côlon, produisant des acides gras à chaîne courte et du gaz, ce qui influe sur la fonction et la sensibilité intestinales. Lorsqu'une fibre est recommandée dans les troubles fonctionnels intestinaux, les données soutiennent avant tout un supplément soluble et gélifiant (ispaghul, psyllium). Même utilisées avec discernement, les fibres peuvent toutefois aggraver ballonnement, flatulences, constipation et diarrhée ; la dose doit donc être augmentée progressivement.

[023] McDonald LC, Gerding DN, Johnson S, Bakken JS, Carroll KC et al. Clinical Practice Guidelines for Clostridium difficile Infection in Adults and Children: 2017 Update by the Infectious Diseases Society of America (IDSA) and Society for Healthcare Epidemiology of America (SHEA). Clinical Infectious Diseases. 2018. Link

Recommandations de pratique clinique complètes de l'IDSA et de la SHEA sur le diagnostic, le traitement et la prévention de l'infection à C. difficile chez l'adulte et l'enfant. Elles définissent des catégories de gravité (non sévère, sévère, fulminante) et caractérisent la forme fulminante par une hypotension ou un choc, un iléus ou un mégacôlon toxique — des signes qui imposent une hospitalisation, un traitement intraveineux et un avis chirurgical. En cas d'infection à récidives multiples avec échecs répétés de l'antibiothérapie, la transplantation de microbiote fécal est recommandée. Ce document constitue le cadre international auquel s'alignent les signaux d'alerte et les critères d'orientation hospitalière du livre.

[024] Hoffmann DE, Javitt GH, Kelly CR, Keller JJ, Baunwall SMD, Hvas CL. Fecal microbiota transplantation: a tale of two regulatory pathways. Gut Microbes. 2025. Link

Analyse conjointe de juristes et de cliniciens sur la manière dont la transplantation de microbiote fécal s'est retrouvée sur deux voies réglementaires divergentes. Aux États-Unis, elle est traitée comme un médicament (nouveau médicament expérimental ou produit autorisé) ; en Europe, elle relève du cadre des substances d'origine humaine (SoHO). Les auteurs examinent ce que cela implique pour la sélection des donneurs, la traçabilité, l'accès et la responsabilité. Point commun aux deux voies : la FMT n'est pas un produit librement accessible mais une procédure soumise à une supervision médicale et à un cadre institutionnel contrôlé — quelle que soit la voie juridique suivie par le pays concerné.

[025] Rodriguez J, Cordaillat-Simmons M, Pot B, Druart C. The regulatory framework for microbiome-based therapies: insights into European regulatory developments. npj Biofilms and Microbiomes. 2025. Link

Revue du cadre réglementaire européen des thérapies fondées sur le microbiote. L'article distingue les produits biothérapeutiques vivants (LBP), qui peuvent être autorisés comme médicaments, des substances issues de donneurs, qui relèvent du cadre européen des substances d'origine humaine (SoHO) — dont la transplantation de microbiote fécal. Il souligne que la sélection des donneurs, la traçabilité et la supervision clinique constituent des exigences minimales, et que la pratique des États membres peut varier au sein du cadre commun. C'est l'arrière-plan international auquel se conforme la formulation du livre « liée à une surveillance médicale et à un cadre institutionnel ».

[026] Riddle MS, DuPont HL, Connor BA. ACG Clinical Guideline: Diagnosis, Treatment, and Prevention of Acute Diarrheal Infections in Adults. American Journal of Gastroenterology. 2016. Link

Recommandation clinique de l'American College of Gastroenterology sur le diagnostic, le traitement et la prévention des infections diarrhéiques aiguës chez l'adulte. Le socle de la prise en charge, sous toutes ses formes, est le remplacement hydroélectrolytique : par voie orale, avec un apport abondant en liquide et en sel, dans les formes légères et modérées, et par voie intraveineuse en cas de déshydratation sévère. Le document détaille les signes permettant de reconnaître la déshydratation ainsi que les groupes à risque, et souligne que la réhydratation n'est pas un traitement d'appoint mais le traitement principal — ce qui fonde la compensation délibérée après chaque selle plus molle pendant la cure. La recommandation distingue egalement les degres de gravite : **dans les diarrhees legeres et spontanement resolutives, les apports habituels en liquides et en aliments suffisent generalement**, tandis qu'**en cas de perte hydrique importante ou prolongee — en particulier chez les patients ages et vulnerables — une solution de rehydratation orale contenant des electrolytes est recommandee**, et non de l'eau seule. C'est la source de l'affirmation du III.7 selon laquelle l'eau et une alimentation variee suffisent dans les diarrhees legeres, alors qu'il faut aussi compenser le sel en cas de diarrhee frequente ou persistante. **LIMITE :** la recommandation porte sur la diarrhee infectieuse aigue ; elle ne traite pas separement la convalescence post-FMT.

[028] Johnson S, Lavergne V, Skinner AM, Gonzales-Luna AJ, Garey KW, Kelly CP, Wilcox MH. Clinical Practice Guideline by the Infectious Diseases Society of America (IDSA) and Society for Healthcare Epidemiology of America (SHEA): 2021 Focused Update Guidelines on Management of Clostridioides difficile Infection in Adults. Clinical Infectious Diseases. 2021. Link

Une mise a jour ciblee de la recommandation IDSA/SHEA de 2017, limitee aux propositions therapeutiques. Le changement principal est que la fidaxomicine est desormais preferee a la vancomycine pour un premier episode — recommandation conditionnelle, certitude moderee —, car si la guerison initiale est comparable, la guerison durable est meilleure. Pour les episodes recidivants, la fidaxomicine est egalement preferee, de meme qu'un schema de vancomycine en decroissance et en pulses. Le bezlotoxumab est propose en complement chez les patients a haut risque de recidive. Le texte precise que la vancomycine reste un choix acceptable lorsque la fidaxomicine n'est pas disponible, et le metronidazole a recule meme dans les formes legeres. Pour le SIS, cette recommandation compte parce qu'elle confirme que la decision therapeutique ne depend pas seulement de la gravite actuelle mais aussi du risque de recidive — la dualite qui fonde les sous-scores aigu et pronostique du SIS.

[029] van Nood E, Vrieze A, Nieuwdorp M, Fuentes S, Zoetendal EG, de Vos WM, Visser CE, Kuijper EJ, Bartelsman JF, Tijssen JG, Speelman P, Dijkgraaf MG, Keller JJ. Duodenal infusion of donor feces for recurrent Clostridium difficile. The New England Journal of Medicine. 2013. Link

Le premier essai randomise controle comparant la transplantation de microbiote fecal au traitement antibiotique standard dans l'infection recidivante a *Clostridioides difficile*. Les patients ont ete repartis en trois bras : selles de donneur administrees par sonde duodenale apres une courte cure de vancomycine, vancomycine seule, ou vancomycine avec lavage intestinal. L'essai a ete interrompu de facon anticipee tant la difference etait importante : dans le bras transplantation, 81 pour cent des patients etaient gueris apres la premiere infusion et 94 pour cent en comptant les infusions repetees, contre 31 et 23 pour cent dans les deux bras vancomycine. Apres le traitement, la diversite de la flore fecale des patients s'est rapprochee de celle des donneurs. Ce travail a fait de la transplantation de microbiote un traitement fonde sur les preuves et constitue le point de depart du schema posologique du present protocole.

[031] Lessa FC, Mu Y, Bamberg WM, Beldavs ZG, Dumyati GK, Dunn JR, Farley MM, Holzbauer SM, Meek JI, Phipps EC, Wilson LE, Winston LG, Cohen JA, Limbago BM, Fridkin SK, Gerding DN, McDonald LC. Burden of Clostridium difficile infection in the United States. N Engl J Med. 2015. Link

Une surveillance populationnelle menée en 2011 dans dix zones géographiques des États-Unis a estimé la charge nationale à 453 000 infections à CDI et 29 300 décès par an. L'étude a constaté qu'environ deux tiers des cas étaient associés aux soins de santé et que la souche hypervirulente NAP1 y jouait un rôle disproportionné. L'infection récidivante a touché 83 000 patients la même année. Ces chiffres soulignent pourquoi la CDI demeure la cible prioritaire des thérapies de restauration écologique face à un traitement exclusivement fondé sur les antibiotiques.

[032] Guh AY, Mu Y, Winston LG, Johnston H, Olson D, Farley MM, Wilson LE, Holzbauer SM, Phipps EC, Dumyati GK, Beldavs ZG, Kainer MA, Karlsson M, Gerding DN, McDonald LC; Emerging Infections Program Clostridioides difficile Infection Working Group. Trends in U.S. Burden of Clostridioides difficile Infection and Outcomes. N Engl J Med. 2020. Link

Enquête épidémiologique américaine actualisée selon laquelle le fardeau de la CDI associée aux soins de santé a substantiellement diminué entre 2011 et 2017 – de 36 % selon l'estimation ajustée (IC à 95 % 24–54), principalement, selon les auteurs, du fait du recul du ribotype 027 et, à côté de cela, de l'amélioration du contrôle de l'infection –, tandis que la CDI d'origine communautaire est restée inchangée. En revanche, le fardeau estimé des premières récidives et de la mortalité hospitalière (in-hospital) n'a pas changé de façon substantielle. Selon la conclusion des auteurs, il est nécessaire de mieux identifier les patients à haut risque de récidive et de renforcer davantage le contrôle de l'infection et le bon usage des antibiotiques ; la publication ne traite pas de thérapie de restauration du microbiote. C'est le fardeau inchangé des récidives qui constitue la brèche clinique à laquelle répond la MTT fondée sur la compatibilité.

[033] Dethlefsen L, Relman DA. Incomplete recovery and individualized responses of the human distal gut microbiota to repeated antibiotic perturbation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2011. Link

Étude longitudinale menée à Stanford qui a suivi le microbiome intestinal de trois personnes pendant 10 mois, au fil de deux cures consécutives de ciprofloxacine, par séquençage profond de l'ARNr 16S. La perte de diversité bactérienne a été profonde et rapide, dans les 3–4 jours suivant le début de l'antibiotique ; le retour à l'état antérieur au traitement est souvent resté incomplet même des mois après l'arrêt de la cure. L'exposition répétée aux antibiotiques a engendré des déplacements croissants et non restaurables dans la composition de la communauté. Avec plus de 2000 citations, il s'agit de la référence classique qui établit que la dysbiose causée par les antibiotiques n'est pas un trouble qui se corrige de lui-même, mais qu'elle peut laisser une empreinte écologique durable – un point clé dans l'argumentation en faveur de la MTT chez les patients ayant des antécédents d'exposition cumulée aux antibiotiques.

[034] Zmora N, Zilberman-Schapira G, Suez J, Mor U, Dori-Bachash M, Bashiardes S, Kotler E, Zur M, Regev-Lehavi D, Brik RB, Federici S, Cohen Y, Linevsky R, Rothschild D, Moor AE, Ben-Moshe S, Harmelin A, Itzkovitz S, Maharshak N, Shibolet O, Shapiro H, Pevsner-Fischer M, Sharon I, Halpern Z, Segal E, Elinav E. Personalized Gut Mucosal Colonization Resistance to Empiric Probiotics Is Associated with Unique Host and Microbiome Features. Cell. 2018. Link

Le pendant de Suez et collaborateurs (2018), qui montre que la colonisation de la muqueuse intestinale par les probiotiques dépend fortement de la personne : certains individus sont « permissifs », tandis que d'autres sont « résistants », et la prise orale de probiotiques a exercé un effet transitoire et variable d'un individu à l'autre sur la structure de la communauté muqueuse et sur le transcriptome intestinal. L'échantillonnage des selles à lui seul ne détecte pas cette variabilité – un échantillonnage direct de la muqueuse est nécessaire. Ce résultat mine l'usage empirique des probiotiques comme intervention générale. Il fournit en même temps la base conceptuelle de la thérapie de microbiote personnalisée et testée en compatibilité qu'opérationnalise FindBiome.

[036] Chassaing B, Koren O, Goodrich JK, Poole AC, Srinivasan S, Ley RE, Gewirtz AT. Dietary emulsifiers impact the mouse gut microbiota promoting colitis and metabolic syndrome. Nature. 2015. Link

Article de référence paru dans Nature qui montre que deux émulsifiants alimentaires omniprésents – la carboxyméthylcellulose (CMC, E466) et le polysorbate 80 (P80, E433) – ont déclenché, même à des concentrations relativement faibles, une inflammation intestinale de bas grade et ont modifié la composition du microbiote chez des souris de type sauvage. Les auteurs notent eux-mêmes que l'ampleur de la consommation humaine d'émulsifiants n'est pas suivie, mais que, compte tenu de la généralisation des émulsifiants dans l'industrie alimentaire, l'exposition humaine réelle peut dépasser le niveau de 1,0 % utilisé dans l'expérience. Chez des souris prédisposées à la colite, ces mêmes composés ont induit une colite manifeste. Selon les auteurs, l'exposition aux émulsifiants contribue à l'essor des MICI et des maladies métaboliques postérieur à 1950. Une rectification est associée à cette publication (Corrigendum : *Nature* 2016;536(7615):238). C'est la preuve centrale de l'argumentation de la section VIII. 3. sur la production industrielle d'aliments comme voie d'entrée chronique de la dysbiose.

[037] Chassaing B, Van de Wiele T, De Bodt J, Marzorati M, Gewirtz AT. Dietary emulsifiers directly alter human microbiota composition and gene expression ex vivo potentiating intestinal inflammation. Gut. 2017. Link

La suite de Chassaing 2015, qui étend les résultats des expériences chez la souris à un modèle de microbiote humain (le système ex vivo M-SHIME). Les deux émulsifiants ont accru le potentiel pro-inflammatoire du microbiote, ce qui s'est manifesté par une élévation du taux de flagelline ; la composition de la communauté n'a toutefois été modifiée que par le P80, l'effet de la CMC passant par l'expression génique du microbiote. L'élévation du taux de lipopolysaccharide n'est apparue qu'avec le P80, à des doses plus élevées. L'injection de la suspension du microbiote traité aux émulsifiants à des souris immunodéficientes (RAG−/−) a entraîné une augmentation significative du taux sérique d'IL-6. L'étude confirme que les résultats obtenus chez la souris sont transposables à l'écologie intestinale humaine et étaye l'argument selon lequel la réforme alimentaire est un élément clinique, et non esthétique, de la phase d'entretien.

[044] Wang S, Xiang L, Li F, Deng W, Lv P, Chen Y. Butyrate Protects against Clostridium difficile Infection by Regulating Bile Acid Metabolism. Microbiol Spectr. 2023. Link

Étude mécanistique de la CDI qui montre que le butyrate – acide gras à chaîne courte produit par les Firmicutes commensaux – exerce un effet protecteur contre la CDI par plusieurs voies qui se renforcent mutuellement : il accroît l'intégrité de la barrière intestinale, a un effet anti-inflammatoire et module le métabolisme des acides biliaires via la régulation de l'hydrolase des sels biliaires et l'activation de FXR. Le taux de butyrate fécal des patients atteints de CDI était considérablement réduit par rapport aux témoins. Les résultats décrivent un mécanisme métabolique par lequel un microbiote sain et diversifié résiste à la colonisation par la CDI – et par lequel un microbiote dysbiotique devient permissif. C'est ce qui étaye l'argumentation relative aux SCFA de la section II. 2. sur la synthèse réduite de SCFA dans la dysbiose chronique.

[046] Chen RA, Wu WK, Panyod S, Liu PY, Chuang HL, Chen YH, Lyu Q, Hsu HC, Lin TL, Shen TD, Yang YT, Zou HB, Huang HS, Lin YE, Chen CC, Ho CT, Lai HC, Wu MS, Hsu CC, Sheen LY. Dietary Exposure to Antibiotic Residues Facilitates Metabolic Disorder by Altering the Gut Microbiota and Bile Acid Composition. mSystems. 2022. Link

Étude empirique qui quantifie la manière dont l'exposition alimentaire chronique à des résidus subthérapeutiques d'antibiotiques (concrètement la tylosine à des doses Theoretical Maximum Daily Intake, TMDI) modifie la composition du microbiote intestinal et le métabolisme des acides biliaires, provoquant un dysfonctionnement métabolique mesurable dans des modèles animaux. Le phénotype lié à l'obésité était transférable à des souris receveuses axéniques, ce qui indique que l'effet est médié par le microbiote altéré lui-même. L'exposition en début de vie a entraîné des conséquences métaboliques durables via la signalisation de FGF15. C'est la preuve empirique la plus récente à l'appui de l'exclusion catégorique, exposée à la section VIII. 2., de la protéine animale conventionnelle traitée aux antibiotiques, tant du régime du donneur que de celui du receveur après la MTT.

[048] Weingarden A, González A, Vázquez-Baeza Y, Weiss S, Humphry G, Berg-Lyons D, Knights D, Unno T, Bobr A, Kang J, Khoruts A, Knight R, Sadowsky MJ. Dynamic changes in short- and long-term bacterial composition following fecal microbiota transplantation for recurrent Clostridium difficile infection. Microbiome. 2015. Link

Caractérisation longitudinale du microbiome après la FMT de quatre patients atteints de CDI récidivante, avec un échantillonnage quotidien pendant 28 jours, puis hebdomadaire pendant les 84 jours suivant le traitement, soit au total 151 jours. Le microbiote des receveurs s'est rétabli rapidement, en quelques jours, d'un état nettement dysbiotique vers une composition située dans la fourchette saine. La composition a ensuite continué de changer, s'est écartée de l'implant initial du donneur et a fluctué de manière dynamique tant à court qu'à long terme – tout en restant en permanence dans la fourchette du microbiote sain. L'article étaye le cadre du présent guide selon lequel une MTT réussie crée un écosystème du receveur autonome, et non une empreinte permanente calquée sur le donneur.

[049] Hecker MT, Rosero C, Mendo-Lopez R, Wilson BM, Torres-Teran MM, Donskey CJ. Long-Term Follow-Up After Fecal Microbiota Transplantation via Freeze-Dried Capsules for Recurrent Clostridioides difficile Infection. Pathog Immun. 2026. Link

Cette étude de cohorte rétrospective de 2026 a suivi, dans deux hôpitaux universitaires américains, 129 patients traités par capsules orales de FMT lyophilisées pour une CDI récidivante, avec un suivi médian de 182 semaines – il s'agit du résultat à long terme le plus important de la FMT en capsules, et d'une correspondance quasi parfaite avec le format de capsule lyophilisée utilisé dans le protocole MicroBiome Bank. 89 % de la cohorte avaient trois épisodes de CDI antérieurs ou plus ; à trois mois, 80 % des patients n'avaient pas récidivé, et les 20 % n'ayant pas répondu à la thérapie initiale ont pu être traités avec succès, pour l'essentiel, par une FMT répétée. Au cours de ce long suivi, seuls 17 % des patients ont connu un nouvel épisode de CDI, et une grande partie d'entre eux a pu elle aussi être traitée avec succès par une FMT répétée. L'étude confirme que la FMT orale en capsules lyophilisées est une thérapie durable, reproductible et issue de la pratique clinique réelle pour les cas difficiles à traiter de CDI récidivante.

[052] Daneri L, Urbano A, Escudero-Sánchez R, Halperin AV, Moreno-Blanco A, Corbacho MD, Suárez-Carantoña C, Rodríguez-Jiménez C, Serrano-Villar S, del Campo R, Cobo J. Lyophilised fecal microbiota transfer in capsules for recurrent Clostridioides difficile infection. Int J Antimicrob Agents. 2025. Link

Cette étude de cohorte rétrospective espagnole de 2025 a examiné 36 patients atteints de CDI à récidives multiples et 38 procédures, avec un âge médian de 78,5 ans et une médiane de quatre épisodes antérieurs ; la grande majorité des auteurs travaillent dans un seul centre madrilène. La préparation lyophilisée en capsules a atteint 75 % de guérison à trois mois dans ce groupe de patients âgés et réfractaires au traitement, sans effet indésirable grave lié à la procédure. Les auteurs notent que les échecs de la FMT peuvent être traités avec succès par une thérapie supplémentaire, qui ne doit pas nécessairement être une nouvelle FMT – ce qui soutient des voies d'escalade flexibles. L'article valide la FMT en capsules prête à l'emploi comme alternative logistiquement plus simple à l'administration par coloscopie – ce qui correspond directement au format utilisé pour le protocole MicroBiome Bank, tel que le décrit également la section IV.

[058] Carlson TJ, Gonzales-Luna AJ, Garey KW. Fulminant Clostridioides difficile Infection: A Review of Treatment Options for a Life-Threatening Infection. Semin Respir Crit Care Med. 2022. Link

Revue des options thérapeutiques de l'infection fulminante à Clostridioides difficile. Les auteurs situent la forme fulminante à 3–5 % de l'ensemble des cas de CDI et la mortalité associée à 30–40 % — un ordre de grandeur au-dessus de la mortalité par CDI à l'échelle de la population. Elle passe en revue les options médicamenteuses et chirurgicales de la prise en charge du cas fulminant. Dans le présent document, cette référence fournit la donnée de mortalité de la station terminale de la section II. 1. ; son dénominateur est l'ensemble des cas fulminants, et non les seuls patients opérés.

[061] Benedict C, Vogel H, Jonas W et al. Gut microbiota and glucometabolic alterations in response to recurrent partial sleep deprivation in normal-weight young individuals. Mol Metab. 2016. Link

Étude randomisée en cross-over intra-sujet chez 9 hommes de poids normal comparant deux nuits de privation partielle de sommeil (PSD ; 02:45-07:00) à deux nuits de sommeil normal (22:30-07:00), dans des conditions standardisées de repas et d'exercice en laboratoire. Des échantillons fécaux ont été recueillis et une hyperglycémie provoquée par voie orale a été réalisée. L'étude a évalué si une perte de sommeil de courte durée modifie la composition du microbiote intestinal et sa fonction métabolique, apportant des données humaines précoces reliant la restriction de sommeil à des modifications aiguës du microbiote et à une insulinorésistance.

[062] Hamer HM, Jonkers D, Venema K, Vanhoutvin S, Troost FJ, Brummer RJ. The role of butyrate on colonic function. Aliment Pharmacol Ther. 2008. Link

Revue narrative résumant la bioactivité du butyrate — un SCFA produit par la fermentation microbienne colique des fibres alimentaires — et ses mécanismes d'action sur la fonction colique humaine. Le butyrate est la principale source d'énergie des colonocytes et module l'inflammation, la carcinogenèse, l'intégrité de la barrière muqueuse, le stress oxydatif, la perméabilité et la satiété. La revue consolide les données faisant du butyrate un effecteur central de l'homéostasie colique et une cible des interventions alimentaires dans les maladies coliques.

[063] Wastyk HC, Fragiadakis GK, Perelman D et al. Gut-microbiota-targeted diets modulate human immune status. Cell. 2021. Link

Essai prospectif randomisé de 17 semaines (n=18/bras) chez des adultes sains, comparant un régime riche en fibres à un régime riche en aliments fermentés, avec profilage multi-omique du microbiome et de l'immunité de l'hôte. Le régime riche en fibres a augmenté les CAZymes de dégradation des glycanes codées par le microbiome, malgré une diversité stable. Le régime riche en aliments fermentés a augmenté la diversité du microbiome et diminué plusieurs marqueurs inflammatoires. Ces résultats démontrent des effets microbiome–immunité spécifiques du régime et soutiennent les aliments fermentés comme modulateur puissant de l'axe intestin–immunité, favorisant la diversité.

[064] Marco ML, Heeney D, Binda S et al. Health benefits of fermented foods: microbiota and beyond. Curr Opin Biotechnol. 2017. Link

Revue des aliments fermentés, parmi les premiers produits alimentaires transformés consommés par l'homme (yaourt, lait fermenté, vin, bière, choucroute, kimchi, saucisse fermentée). D'abord appréciés pour leur durée de conservation et leurs qualités gustatives, les aliments fermentés sont aujourd'hui reconnus comme dotés de propriétés nutritionnelles et fonctionnelles renforcées, par transformation du substrat et formation de produits finaux bioactifs. De nombreux aliments fermentés contiennent des micro-organismes vivants aux effets potentiels sur la santé. La revue consolide les aliments fermentés comme catégorie alimentaire pertinente pour le microbiome.

[065] Calder, P. C. Omega-3 fatty acids and inflammatory processes: from molecules to man. Biochem Soc Trans. 2017. Link

Revue du rôle des acides gras oméga-6 et oméga-3 dans l'inflammation. L'EPA et le DHA issus des poissons gras ou des suppléments d'huile de poisson inhibent partiellement la chimiotaxie des leucocytes, l'expression des molécules d'adhésion, les interactions leucocytes–endothélium ainsi que la production d'eicosanoïdes dérivés de l'acide arachidonique et de cytokines pro-inflammatoires. Les eicosanoïdes dérivés de l'EPA sont typiquement moins puissants que ceux issus de l'acide arachidonique, et l'EPA/DHA donnent naissance à des médiateurs anti-inflammatoires et de résolution de l'inflammation (résolvines, protectines, marésines), ce qui soutient leur utilisation dans les affections inflammatoires.

[066] Costantini L, Molinari R, Farinon B, Merendino N. Impact of Omega-3 Fatty Acids on the Gut Microbiota. Int J Mol Sci. 2017. Link

Les habitudes alimentaires de longue durée façonnent un microbiote intestinal spécifique de l'hôte, mais les effets des lipides alimentaires sont moins bien caractérisés que ceux des glucides. Les rares études de supplémentation en AGPI oméga-3 chez l'adulte montrent des modifications constantes : diminution de Faecalibacterium, augmentation des Bacteroidetes et des Lachnospiraceae productrices de butyrate. Puisqu'une dysbiose de ces taxons survient dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, les AGPI oméga-3 pourraient exercer un effet bénéfique en restaurant la composition microbienne et en augmentant la production d'acides gras à chaîne courte anti-inflammatoires.

[067] Suez J, Korem T, Zeevi D et al. Artificial sweeteners induce glucose intolerance by altering the gut microbiota. Nature. 2014. Link

Les édulcorants artificiels non caloriques (NAS) ont induit une intolérance au glucose chez la souris et chez l'homme via des modifications de composition et de fonction du microbiote intestinal. Un traitement antibiotique a aboli ces effets métaboliques délétères, et des souris axéniques recevant des transplantations fécales issues de souris consommant des NAS (ou un microbiote incubé avec des NAS) ont développé une intolérance au glucose. Les voies métaboliques microbiennes modifiées par les NAS ont été reliées à la susceptibilité aux maladies métaboliques, une dysbiose et une intolérance au glucose comparables étant démontrées chez des sujets humains sains. Ces résultats appellent à une réévaluation de l'usage massif des NAS.

[068] Desai MS, Seekatz AM, Koropatkin NM et al. A dietary fiber-deprived gut microbiota degrades the colonic mucus barrier and enhances pathogen susceptibility. Cell. 2016. Link

Chez des souris gnotobiotiques colonisées par un microbiote intestinal humain synthétique, une carence chronique ou intermittente en fibres alimentaires a conduit le microbiote à utiliser les glycoprotéines du mucus sécrété par l'hôte comme source de nutriments, érodant la barrière de mucus colique. L'association d'une privation de fibres et d'un microbiote éroseur de mucus a permis un accès accru à l'épithélium et une colite létale due au pathogène muqueux Citrobacter rodentium. Ces résultats relient alimentation, microbiome et dysfonction de la barrière intestinale et identifient les fibres alimentaires comme un facteur clé de protection de la barrière, exploitable à des fins thérapeutiques.

[069] Suez J, Cohen Y, Valdés-Mas R et al. Personalized microbiome-driven effects of non-nutritive sweeteners on human glucose tolerance. Cell. 2022. Link

Essai contrôlé randomisé chez 120 adultes sains recevant de la saccharine, du sucralose, de l'aspartame ou de la stévia (à des doses inférieures à la dose journalière admissible) versus un véhicule glucosé ou aucune supplémentation pendant 2 semaines. Les quatre édulcorants non nutritifs ont modifié de façon distincte le microbiome fécal/oral et le métabolome plasmatique ; la saccharine et le sucralose ont significativement altéré les réponses glycémiques. Des souris gnotobiotiques colonisées par les microbiomes des répondeurs humains extrêmes (les plus forts et les plus faibles) ont reproduit les réponses glycémiques propres au donneur, démontrant que les édulcorants non nutritifs peuvent induire des altérations glycémiques individuelles dépendantes du microbiome.

[070] Halmos EP, Power VA, Shepherd SJ, Gibson PR, Muir JG. A diet low in FODMAPs reduces symptoms of irritable bowel syndrome. Gastroenterology. 2014. Link

Un essai randomisé en simple aveugle, en cross-over, mené chez 30 patients atteints d'IBS et 8 témoins a comparé un régime pauvre en FODMAP (<0,5 g/repas) à un régime australien typique pendant 21 jours chacun (période de sevrage >=21 jours). La quasi-totalité des aliments était fournie. Le bras pauvre en FODMAP a produit une réduction significativement plus importante des symptômes de l'IBS, mesurés sur des échelles visuelles analogiques de 0-100 mm, ce qui conforte le régime pauvre en FODMAP comme intervention efficace de contrôle symptomatique dans l'IBS par rapport à un régime occidental standard.

[071] Liang X, FitzGerald GA. Timing the Microbes: The Circadian Rhythm of the Gut Microbiome. J Biol Rhythms. 2017. Link

Revue de l'organisation circadienne du microbiome intestinal. Le système circadien des mammifères (horloge maîtresse et horloges périphériques) coordonne les processus biologiques en réponse à des signaux externes tels que le cycle lumière-obscurité, mais la chronobiologie des procaryotes — en dehors des cyanobactéries — reste mal comprise. La revue synthétise les données montrant une structure compositionnelle et fonctionnelle dépendante de l'heure de la journée au sein du microbiote intestinal, la régulation de ces oscillations par l'hôte, et l'influence réciproque du microbiome intestinal sur la synchronisation circadienne de l'hôte.

[072] Chaix A, Zarrinpar A, Miu P, Panda S. Time-restricted feeding is a preventative and therapeutic intervention against diverse nutritional challenges. Cell Metab. 2014. Link

L'alimentation à horaires restreints (TRF ; accès à la nourriture 8-9 h durant la phase active) a été testée chez des souris soumises à divers régimes obésogènes. La TRF a atténué la maladie métabolique pour toute une gamme de régimes obésogènes, avec des bénéfices proportionnels à la durée du jeûne. Les effets protecteurs persistaient même lorsqu'un accès ad libitum le week-end interrompait la TRF — un schéma pertinent pour le mode de vie humain. La TRF a également stabilisé et inversé la maladie métabolique chez des souris présentant déjà une obésité et un diabète de type 2, ce qui conforte la TRF comme stratégie à la fois préventive et thérapeutique.

[073] Zarrinpar A, Chaix A, Yooseph S, Panda S. Diet and feeding pattern affect the diurnal dynamics of the gut microbiome. Cell Metab. 2014. Link

Le microbiome intestinal présente des fluctuations compositionnelles cycliques quotidiennes dictées par le cycle alimentation/jeûne. L'obésité induite par l'alimentation atténue le rythme quotidien alimentation/jeûne et amoindrit les fluctuations cycliques du microbiote. L'alimentation à horaires restreints (TRF), dans laquelle la prise alimentaire est regroupée sur la phase nocturne chez la souris, restaure partiellement les fluctuations cycliques et protège de l'obésité et de la maladie métabolique. La TRF affecte préférentiellement des bactéries connues pour influencer le métabolisme de l'hôte, reliant rythme alimentaire, dynamique du microbiome et conséquences métaboliques.

[074] Irwin MR, Opp MR. Sleep health: reciprocal regulation of sleep and innate immunity. Neuropsychopharmacology. 2017. Link

Cette revue examine les interactions réciproques entre les troubles du sommeil, dont l'insomnie, et le système immunitaire inné. Les plaintes d'insomnie, les durées de sommeil extrêmes et la privation expérimentale de sommeil modifient les marqueurs génomiques, cellulaires et systémiques de l'inflammation et contribuent à l'inflammaging. Les médiateurs inflammatoires remodèlent en retour la régulation homéostatique de la continuité et de la macrostructure du sommeil. Les implications cliniques comprennent le lien entre trouble du sommeil et symptômes dépressifs liés à l'inflammation, ainsi que le potentiel des interventions ciblant l'insomnie pour inverser l'inflammation. Ces données soulignent que le trouble du sommeil est un facteur de risque modifiable de maladie inflammatoire.

[075] Allen JM, Mailing LJ, Niemiro GM et al. Exercise alters gut microbiota composition and function in lean and obese humans. Med Sci Sports Exerc. 2018. Link

Cet essai d'entraînement d'endurance de 6 semaines chez 32 adultes auparavant sédentaires, minces (n=18) et obèses (n=14), a évalué les modifications induites par l'exercice sur la composition, la fonction et la production de métabolites du microbiote intestinal, suivies d'une période de sevrage sédentaire de 6 semaines. L'entraînement progressait de 30 à 60 minutes à 60-75 % de la réserve de fréquence cardiaque, trois jours par semaine. L'analyse de bêta-diversité a montré que les altérations du microbiote induites par l'exercice dépendaient du statut d'obésité. Ces résultats indiquent que l'entraînement d'endurance remodèle le microbiote intestinal d'une manière dépendante du phénotype de l'hôte, avec des effets en partie réversibles au retour à l'inactivité.

[076] Mayer EA, Tillisch K, Gupta A. Gut/brain axis and the microbiota. J Clin Invest. 2015. Link

Cette revue synthétise les données précliniques montrant que le microbiote intestinal influence l'axe bidirectionnel SNC-SNE-tube digestif. Les études chez les rongeurs axéniques montrent que le microbiote façonne le comportement émotionnel, les systèmes de modulation du stress et de la douleur et les neurotransmetteurs cérébraux. Les perturbations par probiotiques et antibiotiques modulent ces critères chez l'animal adulte. De multiples voies endocrines et neurocrines médient la signalisation du microbiote vers le cerveau, tandis que le cerveau modifie la composition microbienne via le système nerveux autonome. La transposition de ces observations à l'homme sain et aux troubles de l'axe intestin-cerveau reste limitée et est identifiée comme une priorité de recherche.

[077] Atarashi K, Suda W, Luo C et al. Ectopic colonization of oral bacteria in the intestine drives TH1 cell induction and inflammation. Science. 2017. Link

Cette étude gnotobiotique a montré que des souches salivaires de Klebsiella, lorsqu'elles colonisent l'intestin, sont de puissants inducteurs de lymphocytes T auxiliaires de type 1 (TH1). Ces souches de Klebsiella résistantes aux antibiotiques colonisent l'intestin lorsque le microbiote intestinal est dysbiotique et provoquent une inflammation intestinale sévère chez des hôtes génétiquement susceptibles. Ces résultats établissent la cavité buccale comme réservoir de pathobiontes intestinaux potentiels susceptibles d'aggraver des maladies telles que les IBD lorsqu'ils colonisent l'intestin de façon ectopique.

[078] Kapil V, Haydar SM, Pearl V, Lundberg JO, Weitzberg E, Ahluwalia A. Physiological role for nitrate-reducing oral bacteria in blood pressure control. Free Radic Biol Med. 2013. Link

Cette étude randomisée en cross-over menée chez 19 volontaires sains a testé si la suppression des bactéries buccales réduisant le nitrate par un bain de bouche antiseptique à la chlorhexidine affecte les taux systémiques de nitrite et la pression artérielle. La pression artérielle (au cabinet, à domicile, ambulatoire sur 24 heures) a été mesurée durant une période contrôle de 7 jours et une période de traitement par chlorhexidine de 7 jours. L'usage du bain de bouche a supprimé la flore buccale réductrice de nitrate, réduit le nitrite systémique et augmenté significativement la pression artérielle. Ces résultats démontrent que le microbiote buccal contribue activement à la régulation systémique de la pression artérielle via la voie entéro-salivaire nitrate–nitrite–NO.

[079] Hajishengallis, G. Periodontitis: from microbial immune subversion to systemic inflammation. Nat Rev Immunol. 2015. Link

Cette revue examine comment des communautés microbiennes buccales dysbiotiques induisent la parodontite et une pathologie inflammatoire à des sites locaux et distants. Les auteurs détaillent les mécanismes microbiens de subversion immunitaire qui font basculer l'homéostasie buccale vers la maladie. La parodontite apparaît comme une maladie inflammatoire dysbiotique aux implications systémiques, incluant des liens avec les maladies cardiovasculaires et d'autres maladies chroniques. Ces éléments présentent le traitement de la parodontite comme une stratégie susceptible d'apporter des bénéfices de santé systémique.

[080] Sonnenburg ED, Smits SA, Tikhonov M, Higginbottom SK, Wingreen NS, Sonnenburg JL. Diet-induced extinctions in the gut microbiota compound over generations. . 2016. Link

Chez des souris soumises à un régime pauvre en glucides accessibles au microbiote (fibres), la diversité du microbiote intestinal a diminué et cet effet s'est cumulé au fil des générations : sur quatre générations, le régime pauvre en fibres a conduit à des extinctions cumulatives de taxons qui n'étaient plus réversibles par la réintroduction de fibres alimentaires.

[081] Chang AM, Aeschbach D, Duffy JF, Czeisler CA. Evening use of light-emitting eReaders negatively affects sleep, circadian timing, and next-morning alertness. Proc Natl Acad Sci USA. 2015. Link

La durée et la qualité moyennes du sommeil ont diminué, et 90 % des adultes américains déclarent utiliser un appareil électronique dans l'heure précédant le coucher. La lumière enrichie en courtes longueurs d'onde émise par ces appareils peut supprimer la mélatonine, décaler la phase circadienne et augmenter la vigilance. Dans une comparaison contrôlée, les auteurs ont évalué les effets biologiques de la lecture sur une liseuse électronique émettrice de lumière par rapport à un livre imprimé avant le coucher, en examinant la mélatonine, le calage circadien, la latence d'endormissement et la vigilance le lendemain matin. La condition LE-eBook a retardé le calage circadien, supprimé la mélatonine du soir, allongé l'endormissement et réduit la vigilance matinale. Ces résultats indiquent que l'usage d'écrans émetteurs de lumière avant le coucher dégrade le sommeil et l'alignement circadien.

[082] Kelly JR, Kennedy PJ, Cryan JF, Dinan TG, Clarke G, Hyland NP. Breaking down the barriers: the gut microbiota, intestinal permeability and stress-related psychiatric disorders. Front Cell Neurosci. 2015. Link

L'axe intestin-cerveau est présenté comme un nœud critique des troubles psychiatriques liés au stress, le microbiome intestinal modulant le développement cérébral, son fonctionnement et le comportement par des voies immunitaires, endocriniennes et neurales. Des données précliniques impliquent une altération de la fonction barrière intestinale — le fameux leaky gut — comme médiateur clé reliant la dysbiose à une inflammation chronique de bas grade et à des troubles tels que la dépression. Le microbiome intestinal régule la perméabilité intestinale via les acides gras à chaîne courte (SCFA), la production de mucines et la signalisation des jonctions serrées. La revue soutient que cibler l'intégrité de la barrière déterminée par le microbiote pourrait apporter un éclairage mécanistique et thérapeutique sur les maladies psychiatriques liées au stress.

[083] McDonald D, Hyde E, Debelius JW et al. American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems. 2018. Link

L'American Gut Project a comparé plus de 10 000 échantillons de selles de citoyens-scientifiques des États-Unis, du Royaume-Uni et d'Australie à des échantillons environnementaux, selon les protocoles standardisés de l'Earth Microbiome Project. Les microbiotes fécaux humains présentaient une diversité bêta étonnamment large par rapport aux échantillons environnementaux. L'intégration ouverte des données a permis la découverte de nouvelles molécules et d'associations métabolomiques non ciblées avec la diversité de la consommation végétale (prédicteur plus fort que des variables catégorielles réductrices comme le véganisme). Ce travail démontre la faisabilité d'échantillons de microbiote auto-prélevés et envoyés par courrier pour reproduire des associations connues et en révéler de nouvelles, incluant des liens avec les maladies psychiatriques et des perturbations individuelles telles qu'une intervention chirurgicale.

[084] Wilson BC, Vatanen T, Cutfield WS, O'Sullivan JM. The Super-Donor Phenomenon in Fecal Microbiota Transplantation. Front Cell Infect Microbiol. 2019. Link

La FMT est très efficace dans l'infection récurrente à Clostridium difficile, mais son efficacité dans les maladies associées à une dysbiose chronique est modeste et variable. Plusieurs études suggèrent que le résultat de la FMT dépend de la diversité et de la composition microbiennes des selles du donneur, ce qui a conduit au concept de « super-donneurs » de FMT. Cette revue explore les espèces clés (keystone) comme prédicteurs du succès de la FMT et discute la façon dont la génétique de l'hôte et l'alimentation peuvent influencer l'engraftment et son maintien, fournissant un cadre pour une bactériothérapie plus ciblée et stratifiée selon le donneur.

[085] Targownik LE, Fisher DA, Saini SD. AGA Clinical Practice Update on De-Prescribing of Proton Pump Inhibitors: Expert Review. Gastroenterology. 2022. Link

Une mise à jour clinique fournit des énoncés Best Practice Advice pour la déprescription des IPP chez les patients ambulatoires. Les IPP figurent parmi les médicaments les plus prescrits et sont de plus en plus utilisés pour des indications au bénéfice incertain, contribuant à la polymédication et à une charge économique. L'usage des IPP est de plus en plus associé à des événements indésirables liés aux IPP (PAAE). Ces recommandations promeuvent des stratégies structurées de déprescription afin de réduire le nombre de comprimés, les coûts réels et les risques théoriques, tout en assurant la poursuite du traitement chez les patients ayant une indication appropriée.

[086] Chaix A, Manoogian ENC, Melkani GC, Panda S. Time-Restricted Eating to Prevent and Manage Chronic Metabolic Diseases. Annu Rev Nutr. 2019. Link

Des horloges moléculaires sont présentes dans presque chaque cellule afin d'anticiper les changements quotidiens récurrents et prévisibles, comme la disponibilité rythmique des nutriments, et d'adapter en conséquence les fonctions cellulaires. Parallèlement, les voies de détection des nutriments peuvent répondre à un déséquilibre nutritionnel aigu et moduler et orienter le métabolisme afin que les cellules s'adaptent de façon optimale à une disponibilité décroissante ou croissante des nutriments. Les rythmes circadiens de l'organisme sont coordonnés par des rythmes comportementaux tels que les cycles activité-repos et alimentation-jeûne, afin d'orchestrer temporellement une séquence de processus physiologiques optimisant le métabolisme. La recherche fondamentale sur les rythmes circadiens s'est largement concentrée sur le fonctionnement de l'oscillateur circadien moléculaire auto-entretenu, tandis que la recherche en nutrition a éclairé les réponses physiologiques à la privation calorique ou à des macronutriments spécifiques. L'intégration de ces deux champs en nouveaux concepts actionnables sur le moment de la prise alimentaire a conduit à la pratique émergente de l'alimentation à horaires restreints. Dans ce paradigme, l'apport calorique quotidien est restreint à une fenêtre constante de 8 à 12 h.

[087] Saha S, Mara K, Pardi D, Khanna S. Long-term Safety of Fecal Microbiota Transplantation for Recurrent Clostridioides difficile Infection. Gastroenterology. 2021. Link

Sécurité à long terme de la FMT dans la rCDI : faible risque de transmission d'infection ; les nouveaux diagnostics sont probablement sans lien avec la FMT — Mayo Clinic, 609 patients, données prospectives sur 6,8 ans — 609 patients, suivi médian de 3,7 ans (intervalle 2,0–6,8 ans). À 1 an : 9,5 % ont rapporté un nouvel épisode de CDI. À long terme, 73 nouveaux diagnostics (13 % digestifs, 10 % prise de poids, 11,8 % infections) — tous jugés sans lien avec la FMT. Risque de diarrhée plus élevé dans les IBD, l'insuffisance rénale dialysée et chez les patients recevant des FMT répétées.

[088] Yau Y, Lau L, Lui R, Wong S, Guo C, Mak J, Ching J, Ip M, Kamm M, Rubin D, Chan P, Chan F, Ng S. Long-Term Safety Outcomes of Fecal Microbiota Transplantation: Real-World Data Over 8 Years From the Hong Kong FMT Registry. Clinical gastroenterology and hepatology : the official clinical practice journal of the American Gastroenterological Association. 2024. Link

Excellent profil de sécurité à long terme de la FMT d'après 8 ans de données de registre : risque faible de nouvelle maladie au-delà de 12 mois ; survie des patients traités pour CDI significativement meilleure que celle des témoins sous antibiotiques — 123 patients, 510 FMT, suivi médian de 30,3 mois (max. 57,9 mois = ~5 ans). Au-delà de 12 mois, 21 nouvelles maladies chez 16 patients — toutes jugées sans lien avec la FMT. Aucun développement d'IBD, d'IBS, d'allergie, de T2DM ni de trouble psychiatrique. La probabilité de survie cumulée des patients atteints de rCDI traités par FMT est significativement meilleure que celle des témoins appariés sous antibiotiques.

[089] Bonomini-Gnutzmann R, Plaza-Díaz J, Jorquera-Aguilera C, Rodríguez-Rodríguez A, Rodríguez-Rodríguez F. Effect of Intensity and Duration of Exercise on Gut Microbiota in Humans: A Systematic Review. International journal of environmental research and public health. 2022. Link

L'intensité et la durée de l'exercice déterminent la composition du microbiote intestinal ; l'exercice modéré est favorable, tandis qu'une charge d'endurance extrême peut entraîner des modifications défavorables du microbiote — 13 études : exercice intense — augmentation de la perméabilité intestinale, élévation de l'I-FABP, dysbiose ; 7 études : exercice modéré — augmentation de la diversité microbienne et des métabolites SCFA ; chez les athlètes, davantage d'effets défavorables à haute intensité (IJERPH, 2022).

[090] Kolida S, Meyer D, Gibson GR. A double-blind placebo-controlled study to establish the bifidogenic dose of inulin in healthy humans. Eur J Clin Nutr. 2007. Link

OBJECTIF : évaluer l'efficacité bifidogène de deux doses d'inuline chez des adultes humains sains. SCHÉMA : étude humaine croisée, en double aveugle, contrôlée contre placebo. LIEU : Food Microbial Sciences Unit, The University of Reading, Reading, Royaume-Uni. SUJETS : trente volontaires sains, 15 hommes, 15 femmes (tranche d'âge 19–35 ans). INTERVENTIONS : les sujets ont consommé une boisson chocolatée contenant un placebo (maltodextrine, 8 g/jour), 5 g/jour d'inuline et 8 g/jour d'inuline pendant une période de traitement de 2 semaines. Chaque traitement était suivi d'un washout d'une semaine à l'issue duquel les volontaires passaient au traitement suivant.

[091] Wu, G. Functional amino acids in nutrition and health. . 2013. Link

Ces dernières années ont vu croître l'intérêt pour la biochimie, la physiologie et la nutrition des acides aminés (AA) dans la croissance, la santé et la maladie chez l'homme et d'autres animaux. Cela résulte de la découverte du rôle des AA dans la signalisation cellulaire impliquant les protéines kinases, les récepteurs couplés aux protéines G et les molécules gazeuses (à savoir NO, CO et H2S). De plus, des études nutritionnelles ont montré qu'une supplémentation alimentaire en plusieurs AA (par exemple arginine, glutamine, glutamate, leucine et proline) module l'expression génique, favorise la croissance de l'intestin grêle et du muscle squelettique, ou réduit l'excès de masse grasse corporelle. Ces découvertes majeures ont conduit au nouveau concept d'AA fonctionnels, définis comme les AA qui participent aux voies métaboliques clés et les régulent afin d'améliorer la santé, la survie, la croissance, le développement, la lactation et la reproduction des organismes. Les AA fonctionnels sont très prometteurs pour la prévention et le traitement des maladies métaboliques (par exemple obésité, diabète et troubles cardiovasculaires), du retard de croissance intra-utérin, de l'infertilité, des dysfonctions intestinales et neurologiques, ainsi que des maladies infectieuses (y compris les infections virales).

[092] Sutton EF, Beyl R, Early KS et al. Early Time-Restricted Feeding Improves Insulin Sensitivity, Blood Pressure, and Oxidative Stress Even without Weight Loss in Men with Prediabetes. Cell Metabolism. 2018. Link

RCT en cross-over chez 8 hommes prédiabétiques : la restriction des repas à une fenêtre matinale de 6 heures (eTRF, 8h00–14h00) pendant 5 semaines — à apport énergétique apparié — a significativement amélioré la sensibilité à l'insuline, la réponse des cellules β, la pression artérielle et le stress oxydatif par rapport à une fenêtre témoin de 12 heures. Une perte de poids n'était PAS nécessaire à ces modifications métaboliques favorables, ce qui indique que l'effet découle de l'alignement circadien.

[093] Zou T, Zhao Y, Zhou X, Kang Y, Wang X. Insight into the effects of Omega-3 fatty acids on gut microbiota: impact of a balanced tissue Omega-6/Omega-3 ratio. Front Nutr. 2025. Link

Revue portant sur la manière dont les acides gras oméga-3 et un rapport tissulaire équilibré oméga-6:oméga-3 façonnent la composition et la fonction du microbiote intestinal : un rapport élevé favorise les bactéries pro-inflammatoires/productrices de LPS, tandis qu'un rapport équilibré favorise les producteurs de SCFA (Bifidobacterium, Roseburia, Lactobacillus) ; ces données soutiennent une approche diététique personnalisée fondée sur les rapports d'acides gras.

[096] De Schryver AM, Keulemans YC, Peters HP, Akkermans LM, Smout AJ, De Vries WR. Effects of regular physical activity on defecation pattern in middle-aged patients complaining of chronic constipation. Scandinavian Journal of Gastroenterology. 2005. Link

Étude randomisée chez des patients d'âge moyen, inactifs, atteints de constipation idiopathique chronique : un programme de 12 semaines d'activité physique régulière (incluant la marche) a réduit significativement le temps de transit rectosigmoïdien et colique total et amélioré le schéma de défécation. Ce travail apporte une preuve clinique directe que l'activité physique régulière accélère le transit intestinal.

[097] Palleja A, Mikkelsen KH, Forslund SK et al. Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure. Nature Microbiology. 2018. Link

Étude par métagénomique shotgun chez 12 hommes en bonne santé : après une cure de 4 jours associant trois antibiotiques de dernier recours (méropénème, gentamicine, vancomycine), le microbiote intestinal s'est rétabli en grande partie mais de façon incomplète en six mois — plusieurs espèces communes sont restées absentes et des gènes de résistance ont été transitoirement enrichis.

[098] Karmisholt Grosen A et al. Effects of clinical donor characteristics on the success of faecal microbiota transplantation for patients in Denmark with Clostridioides difficile infection: a single-centre, prospective cohort study. The Lancet Microbe. 2025. Link

Cohorte danoise prospective monocentrique : les caractéristiques cliniques du donneur — dont l'exposition aux antibiotiques dans les 12 mois précédant le don et la consistance des selles données — influent sur le succès de la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile ; l'usage d'antibiotiques par le donneur détériore les résultats, ce qui appuie un dépistage strict des donneurs.

[099] Deutz NE, Bauer JM, Barazzoni R, Biolo G, Boirie Y, Bosy-Westphal A, Cederholm T, Cruz-Jentoft A, Krznaric Z, Nair KS, Singer P, Teta D, Tipton K, Calder PC. Protein intake and exercise for optimal muscle function with aging: recommendations from the {ESPEN. Clinical Nutrition. 2014. Link

Le vieillissement s'accompagne d'une perte progressive de masse musculaire, de force et d'endurance physique (sarcopénie), plus marquée chez les personnes âgées sédentaires. Cette revue du Groupe d'experts de l'ESPEN conclut que l'exercice aérobie et de résistance régulier contrecarre la plupart des aspects de la sarcopénie et qu'un apport suffisant en protéines et en énergie aide à limiter et à traiter le déclin lié à l'âge de la masse, de la force et de la fonction musculaires. Le groupe recommande un apport protéique supérieur aux 0,8 g/kg/jour traditionnels — environ 1,0–1,2 g/kg de poids corporel par jour chez les personnes âgées en bonne santé et 1,2–1,5 g/kg/jour en cas de maladie aiguë ou chronique — associé à une activité physique. L'objectif est de préserver la fonction musculaire, la mobilité et l'autonomie au grand âge.

[100] Kelly CR, Ihunnah C, Fischer M, Khoruts A, Surawicz C, Afzali A, Aroniadis O, Barto A, Borody T, Giovanelli A, Gordon S, Gluck M, Hohmann EL, Kao D, Kao JY, McQuillen DP, Mellow M, Rank KM, Rao K, Ray A, Schwartz MA, Singh N, Stollman N, Suskind DL, Vindigni SM, Youngster I, Brandt L. Fecal Microbiota Transplant for Treatment of {Clostridium. American Journal of Gastroenterology. 2014. Link

L'infection à Clostridium difficile (ICD) est particulièrement dangereuse chez les patients immunodéprimés, mais la sécurité de la transplantation de microbiote fécal (TMF) dans ce groupe restait incertaine. Cette série rétrospective de 16 centres a étudié 80 patients immunodéprimés (75 adultes, 5 enfants) dont l'ICD était récidivante (55%), réfractaire (11%) ou sévère/mixte (34%); les causes d'immunodépression incluaient le VIH/sida, la transplantation d'organe, une maladie oncologique, l'immunosuppression pour maladie inflammatoire de l'intestin et d'autres affections. Le taux de guérison de l'ICD après une seule TMF était de 78%, et la procédure s'est révélée globalement sûre : les événements indésirables graves dans les 12 semaines étaient rares et ne suggéraient pas d'infection transmise par la TMF. Les auteurs concluent que la TMF est une option efficace et sûre contre l'ICD, même chez les patients immunodéprimés.

[101] Buccigrossi Vittoria, Lo Vecchio Andrea, Bruzzese Eugenia, Russo Carla, Marano Antonella, Terranova Sara, Cioffi Valentina, Guarino Alfredo. Potency of Oral Rehydration Solution in Inducing Fluid Absorption is Related to Glucose Concentration. Scientific Reports. 2020. Link

La solution de réhydratation orale (SRO) est le traitement clé de la diarrhée aiguë de l'enfant : elle rétablit l'équilibre électrolytique en stimulant le transporteur intestinal sodium/glucose SGLT1 pour induire l'absorption des liquides. Les auteurs ont testé des solutions à différentes concentrations de sodium et de glucose sur des cellules intestinales Caco-2 par électrophysiologie en chambre d'Ussing pendant une sécrétion induite par le rotavirus. La SRO ESPGHAN (sodium 60 mmol/L, glucose 111 mmol/L) a produit un effet pro-absorptif plus puissant que la SRO de l'OMS, effet dépendant du rapport sodium/glucose ; la sécrétion liquidienne induite par le rotavirus a pu être inversée vers l'absorption lorsque le sodium se situait entre 45 et 60 mEq/L et le glucose entre 80 et 110 mM. La conclusion est que la puissance pro-absorptive de la SRO dépend de ses concentrations en sodium et en glucose.

[102] Laborde Sylvain, Allen MarkS, Borges Uirassu, Iskra Maša, Zammit Nina, You Min, Hosang Thomas, Mosley Emma, Dosseville Fabrice. Psychophysiological effects of slow-paced breathing at six cycles per minute with or without heart rate variability biofeedback. Psychophysiology. 2022. Link

Le biofeedback de la variabilité de la fréquence cardiaque (VFC) — respiration lente (RL) réalisée en observant un signal de fréquence cardiaque/VFC — est de plus en plus utilisé comme complément dans de nombreuses affections psychologiques et médicales, mais son mécanisme reste flou. Chez 112 participants, cette étude a comparé la RL à six respirations par minute avec biofeedback de VFC (RL-VFCB) et sans (RL-SansVFCB), en mesurant la valence, l'activation et le contrôle émotionnels, le stress perçu et l'indice de VFC d'origine vagale RMSSD. Les deux conditions ont produit les mêmes bénéfices avant-après — une valence émotionnelle plus apaisée, une activation moindre, un plus grand contrôle émotionnel et un RMSSD plus élevé —, le biofeedback n'ajoutant qu'une valence globale légèrement plus positive. Les auteurs concluent que la respiration lente elle-même produit l'essentiel du bénéfice psychophysiologique et proposent d'étudier des interventions plus longues et divers facteurs de stress.

[103] Hengel RichardL, Schroeder ClaudiaP, Jo Jinhee, Ritter TimothyE, Nathan RameshV, Gonzales-Luna AnneJ, Obi EngelsN, Dillon RyanJ, Van Anglen LucindaJ, Garey KevinW. Recurrent Clostridioides difficile infection worsens anxiety-related patient-reported quality of life. Journal of Patient-Reported Outcomes. 2022. Link

Cette étude fondée sur les résultats rapportés par les patients mesure l'évolution de la qualité de vie liée à la santé (HrQOL) après traitement d'une infection à Clostridioides difficile (ICD), à l'aide de l'instrument Cdiff32 axé sur l'anxiété. Chez 144 adultes traités par bezlotoxumab, le score moyen s'est amélioré de 26,4 au départ à 56,4 lors du suivi à 90 jours (des scores plus élevés indiquent une meilleure qualité de vie). Les patients sans récidive se sont améliorés beaucoup plus (hausse de 34,1 points) que ceux ayant une ICD récidivante (hausse de 6,7 points; P < 0,001). L'ICD récidivante dégrade donc sensiblement la qualité de vie liée à l'anxiété, et l'instrument Cdiff32 est utile pour évaluer ces résultats.

[104] McFarland, L. V. Use of probiotics to correct dysbiosis of normal microbiota following disease or disruptive events: a systematic review. BMJ Open. 2014. Link

Revue systématique portant sur la capacité des probiotiques à restaurer un microbiote normal perturbé par une maladie ou une antibiothérapie, à partir de 63 études. Le résultat est double : certaines souches probiotiques ont amélioré de façon mesurable certains indicateurs du microbiote, mais la restauration de la communauté entière — reconstruire la diversité et les groupes fonctionnels manquants — n'a pas été obtenue dans la plupart des études, et l'effet dépendait de la souche, de la dose et de l'état initial. L'article ne plaide pas contre les probiotiques mais pour une délimitation précise de leur champ d'action. Le chapitre II.5 du manuel s'appuie sur cette distinction entre probiotique et greffon complet de microbiote.

[105] Bishehsari F, Post Z, Swanson GR, Keshavarzian A. Circadian Rhythms in Gastroenterology: The Biological Clock's Impact on Gut Health. Gastroenterology. 2025. Link

Revue sur le rôle du rythme circadien dans la fonction intestinale normale. L'horloge centrale de l'hypothalamus et les horloges périphériques des organes digestifs coordonnent la fonction gastro-intestinale avec les cycles environnementaux ; cette horloge est réglée par des signaux tels que la lumière, le **sommeil** et les horaires des repas. La perturbation du rythme — lumière nocturne, décalage horaire, travail posté, repas mal synchronisés, jet lag social — affecte directement la digestion, l'absorption, la **motilité**, la barrière intestinale, la fonction immunitaire et le **microbiome** lui-même. Important pour le manuel : l'article relie la perturbation du rythme à la motilité et au microbiome ; il n'affirme PAS que la privation de sommeil accélère à elle seule le transit intestinal.

[106] Vandeputte D, Falony G, Vieira-Silva S, Tito RY, Joossens M, Raes J. Stool consistency is strongly associated with gut microbiota richness and composition, enterotypes and bacterial growth rates. Gut. 2016. Link

À partir du profilage de l'ARNr 16S d'échantillons fécaux de 53 femmes en bonne santé, la consistance des selles — mesurée par l'échelle de Bristol, qui reflète la **teneur en eau** des selles et, par là, le temps de transit colique — est fortement associée à la **richesse**, à la composition, à l'entérotype et aux taux de croissance bactérienne estimés du microbiote. Des selles plus molles étaient associées à une richesse plus faible et à un déplacement vers l'entérotype Bacteroides. Important pour le manuel : l'article relie la **teneur en eau** des selles au microbiote ; il n'affirme PAS que l'apport hydrique améliore la greffe.

[107] Vanhaecke T, Bretin O, Poirel M, Tap J. Drinking Water Source and Intake Are Associated with Distinct Gut Microbiota Signatures in {US. J Nutr. 2022. Link

À l'aide de la base de données de l'American Gut Project (3 413 et 3 794 échantillons fécaux), les auteurs ont examiné comment la **source** de l'eau de boisson et l'**apport** quotidien sont liés à la composition du microbiote intestinal et oral, après ajustement sur des facteurs anthropométriques, alimentaires et de mode de vie. La source de l'eau de boisson figurait parmi les principaux facteurs expliquant la variation du microbiote intestinal, et la source comme la quantité étaient associées à des signatures microbiennes distinctes — notamment des différences d'abondance relative de Campylobacter. Important : il s'agit d'une association transversale, non d'une preuve causale, et non dans une population FMT.

[108] Smillie CS, Sauk J, Gevers D, Friedman J, Sung J, Youngster I, Hohmann EL, Staley C, Khoruts A, Sadowsky MJ, Allegretti JR, Smith MB, Xavier RJ, Alm EJ. Strain Tracking Reveals the Determinants of Bacterial Engraftment in the Human Gut Following Fecal Microbiota Transplantation. Cell Host Microbe. 2018. Link

Suivi au niveau des souches après FMT : les auteurs ont examiné ce qui détermine qu'une souche donnée du donneur s'implante chez le receveur. Le meilleur prédicteur est la **composition de la propre communauté du receveur** — une souche s'implante lorsqu'un parent est déjà présent ou lorsqu'une niche écologique est libre ; la richesse et l'abondance des souches du donneur comptent également. La greffe suit donc des règles écologiques et non le hasard, et elle est modifiable du côté du receveur. Important : l'article décrit des déterminants au niveau des souches ; il ne démontre pas par un ECR que la disponibilité en fibres soit un facteur modifiable.

[109] Karl JP, Hatch AM, Arcidiacono SM, Pearce SC, Pantoja-Feliciano IG, Doherty LA, Soares JW. Effects of Psychological, Environmental and Physical Stressors on the Gut Microbiota. Front Microbiol. 2018. Link

Revue sur la manière dont les facteurs de stress psychologiques, environnementaux et physiques affectent le microbiote intestinal. Les auteurs soutiennent que divers stresseurs — dont la privation de sommeil, la charge thermique, l'altitude et le stress psychologique — modifient la composition et la fonction du microbiote via l'axe intestin-cerveau et altèrent l'intégrité de la barrière intestinale. Important pour le manuel : il s'agit d'une **revue**, largement fondée sur des travaux animaux et des modèles humains de stress contrôlé ; elle n'affirme PAS que le stress ou le manque de sommeil dégrade la greffe FMT.

[110] David LA, Maurice CF, Carmody RN, Gootenberg DB, Button JE, Wolfe BE, Ling AV, Devlin AS, Varma Y, Fischbach MA, Biddinger SB, Dutton RJ, Turnbaugh PJ. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome. Nature. 2014. Link

Étude d'intervention humaine contrôlée : des volontaires ont suivi brièvement un régime exclusivement animal, puis exclusivement végétal. La composition et l'expression génique du microbiote intestinal ont changé **en moins de 24 heures** et sont largement revenues à l'état initial après l'arrêt du régime. Le régime animal a augmenté les organismes tolérants à la bile et diminué les souches fermentant les polysaccharides végétaux. C'est la preuve classique que la flore intestinale est un **système vivant qui réagit à notre mode de vie**, et non un état statique. Important : étude à court terme sur petit échantillon, hors population FMT et sans porter sur la greffe.

[111] Koh A, De Vadder F, Kovatcheva-Datchary P, Bäckhed F. From Dietary Fiber to Host Physiology: Short-Chain Fatty Acids as Key Bacterial Metabolites. Cell. 2016. Link

Revue mécanistique sur les acides gras à chaîne courte (AGCC), produits par la fermentation bactérienne des fibres alimentaires. Les fibres fermentescibles sont la source d'énergie primaire du microbiote colique ; les principaux produits de fermentation sont l'**acétate, le propionate et le butyrate**. Le **butyrate est le principal substrat énergétique des colonocytes** ; les AGCC influencent aussi l'intégrité de la barrière, la fonction immunitaire et, une fois dans la circulation, le métabolisme de l'hôte, en partie via des récepteurs couplés aux protéines G (GPR41/43) et l'inhibition des histone-désacétylases. Cette entrée est la source des affirmations de manuel du III.2 (S-0302-01, -02). Important : il s'agit d'une **revue**, non de données expérimentales propres.

[112] Shen D, Bai H, Li Z, Yu Y, Zhang H, Chen L. Positive effects of resistant starch supplementation on bowel function in healthy adults: a systematic review and meta-analysis of randomized controlled trials. Int J Food Sci Nutr. 2017. Link

Revue systématique et méta-analyse d'essais contrôlés randomisés chez des adultes en bonne santé sur l'effet de l'amidon résistant sur la fonction colique. L'amidon résistant a **augmenté significativement la concentration fécale de butyrate** (DMS 0,61 ; IC 95 % 0,32-0,89) ainsi que le poids humide des selles (DMP 35,51 g/j), et a **abaissé significativement le pH fécal** (DMP -0,19) ; la variation de la fréquence des selles n'était pas significative. Important pour le manuel : la méta-analyse établit que l'amidon résistant est butyrogène chez l'humain — elle n'examine **PAS** s'il l'est davantage que d'autres substrats prébiotiques (aucune comparaison directe) et n'a pas été menée dans une population FMT.

[113] Gibson GR, Roberfroid MB. Dietary modulation of the human colonic microbiota: introducing the concept of prebiotics. J Nutr. 1995. Link

Cet article a introduit le concept de **prébiotique** : un ingrédient alimentaire non digestible qui stimule sélectivement la croissance ou l'activité d'une ou de quelques espèces bactériennes du côlon, améliorant ainsi la santé de l'hôte. Les auteurs le distinguent du **probiotique** (qui apporte des micro-organismes vivants) et du **synbiotique** (combinaison des deux), et citent en exemple les oligosaccharides non digestibles, dont l'inuline et les fructo-oligosaccharides. Cette entrée est la source de la définition du prébiotique au III.2 (S-0302-04). Important : article conceptuel de 1995 ; la définition a été précisée à plusieurs reprises depuis.

[114] Lozupone CA, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota. Nature. 2012. Link

Revue sur la diversité, la stabilité et la résilience du microbiote intestinal humain. En appliquant des concepts écologiques à l'intestin, les auteurs soutiennent que la **richesse et l'équitabilité spécifiques** sont des indicateurs clés de la capacité d'une communauté à résister aux perturbations : la redondance fonctionnelle d'une communauté diversifiée fait que la perte d'un seul taxon est moins déstabilisante. Ils discutent la notion de dysbiose et l'association des états de faible diversité à plusieurs maladies. Important : il s'agit d'une **revue** offrant un cadre écologique ; elle ne traite pas la CDI séparément et n'apporte pas de preuve causale.

[115] Cardona F, Andrés-Lacueva C, Tulipani S, Tinahones FJ, Queipo-Ortuño MI. Benefits of polyphenols on gut microbiota and implications in human health. J Nutr Biochem. 2013. Link

Revue sur la relation **bidirectionnelle** entre les polyphénols et le microbiote intestinal. La majorité des polyphénols alimentaires ne sont pas absorbés dans l'intestin grêle mais **atteignent le côlon**, où le microbiote les métabolise — les métabolites produits sont souvent biologiquement plus actifs que les composés d'origine. Inversement, les polyphénols et leurs dérivés modifient la composition du microbiote de façon **proche d'un prébiotique** : ils peuvent favoriser les groupes Bifidobacterium et Lactobacillus et freiner certains pathogènes potentiels. Les auteurs discutent aussi d'effets anti-inflammatoires et métaboliques. Important : il s'agit d'une **revue**, reposant largement sur des données in vitro et de petits échantillons humains.

[116] Manach C, Scalbert A, Morand C, Rémésy C, Jiménez L. Polyphenols: food sources and bioavailability. Am J Clin Nutr. 2004. Link

L'inventaire canonique des sources alimentaires de polyphénols et de leur biodisponibilité. Il recense la teneur en polyphénols de plusieurs centaines d'aliments et identifie les **sources les plus riches** : baies, cacao/chocolat noir, thé (dont le thé vert), café, vin rouge, huile d'olive et certains fruits (dont la grenade). Il montre que la relation entre apport et concentration plasmatique varie fortement selon la classe de composés — le polyphénol le plus consommé n'est pas nécessairement celui qui atteint la concentration active la plus élevée. Important : il s'agit d'une **revue de science de la nutrition** ; les effets sur le microbiote ne font pas l'objet de cet article (voir ref-115).

[117] Chung WSF, Walker AW, Louis P, Parkhill J, Vermeiren J, Bosscher D, Duncan SH, Flint HJ. Modulation of the human gut microbiota by dietary fibres occurs at the species level. BMC Biol. 2016. Link

Deux polysaccharides non digestibles de structures différentes — **inuline et pectine** — ont été fournis comme sources d'énergie dans un système de fermentation contrôlée ensemencé de microbiote fécal humain. Les deux fibres ont favorisé des **espèces bactériennes différentes** : la pectine a fortement stimulé *Eubacterium eligens*, l'inuline d'autres groupes. Les auteurs concluent que l'effet des glucides non digestibles s'exerce au **niveau de l'espèce**, et pas seulement à des rangs taxonomiques supérieurs. Cette entrée est la source de l'affirmation du III.3 selon laquelle des sources de fibres de structure glucidique différente sélectionnent des populations bactériennes différentes. Important : système de fermentation contrôlée avec microbiote humain, et non essai d'intervention alimentaire chez des patients.

[118] Deehan EC, Yang C, Perez-Muñoz ME, Nguyen NK, Cheng CC, Triador L, Zhang Z, Bakal JA, Walter J. Precision Microbiome Modulation with Discrete Dietary Fiber Structures Directs Short-Chain Fatty Acid Production. Cell Host Microbe. 2020. Link

Essai humain randomisé contrôlé fournissant des fibres structurellement **différentes à base d'amidon de maïs**. Les différentes structures de fibres ont façonné différemment la composition du microbiote et le **profil des acides gras à chaîne courte** produits — en particulier la quantité de butyrate. L'ampleur de la réponse dépendait aussi de la composition initiale du microbiote (réponse individualisée). Les auteurs parlent de *modulation de précision du microbiome* : le choix de la structure de la fibre permet d'orienter le résultat de la fermentation. Cette entrée est la source de l'affirmation du III.3 selon laquelle la variété soutient un répertoire fonctionnel plus large. Important : adultes en bonne santé, hors population FMT ou CDI.

[120] Marco ML, Sanders ME, Gänzle M, Arrieta MC, Cotter PD, De Vuyst L, Hill C, Holzapfel W, Lebeer S, Merenstein D, Reid G, Wolfe BE, Hutkins R. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics ({ISAPP. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2021. Link

Déclaration de consensus du panel d'experts de l'ISAPP. Le panel définit les aliments et boissons fermentés comme des **« aliments obtenus par croissance microbienne souhaitée et conversions enzymatiques des composants alimentaires »**. Cette définition vise explicitement à clarifier **ce qui est (et n'est pas) un aliment fermenté** — distinguant par exemple les légumes marinés au vinaigre (non fermentés) et les aliments fermentés qui, du fait d'un traitement thermique, ne contiennent plus de cultures vivantes. Le panel clarifie en outre la **différence entre aliment fermenté et probiotique** : les probiotiques apportent des souches définies aux effets santé documentés et à dose connue, ce qui n'est pas nécessairement le cas des aliments fermentés. La sécurité, les risques et les attributs nutritionnels sont également traités. Cette entrée est la source des affirmations conceptuelles du III.4.

[121] Savaiano DA, Hutkins RW. Yogurt, cultured fermented milk, and health: a systematic review. Nutr Rev. 2021. Link

Revue systématique qualitative selon PRISMA : 108 études issues de 1057 résumés examinés, publiées entre 1979 et 2017. Sur les 108, 76 rapportaient un résultat de santé favorable. Les auteurs concluent qu'**il existe une relation causale entre la consommation de yaourt et la digestion et la tolérance au lactose** — les cultures vivantes du yaourt facilitent la dégradation du lactose, de sorte que le yaourt est bien toléré même par des personnes qui ne tolèrent pas le lait. Des associations constantes avec plusieurs autres critères de santé ont également été trouvées. Important pour le manuel : cette entrée étaye la **tolérabilité du yaourt** — elle n'examine **PAS** si les ferments laitiers sont plus doux que les ferments végétaux (une telle comparaison n'existe pas).

[128] Mamerow MM, Mettler JA, English KL, Casperson SL, Arentson-Lantz E, Sheffield-Moore M, Layman DK, Paddon-Jones D. Dietary protein distribution positively influences 24-h muscle protein synthesis in healthy adults. J Nutr. 2014. Link

Étude randomisée en crossover chez des **adultes en bonne santé** : à apport protéique quotidien total identique, une répartition **uniforme** (environ 30 g de protéines au petit-déjeuner, au déjeuner et au dîner) a été comparée au schéma habituel **décalé vers le soir** (peu le matin, beaucoup le soir). La synthèse protéique musculaire calculée sur 24 heures était **significativement plus élevée** avec la répartition uniforme. Cette entrée est la source de l'affirmation du III.5 selon laquelle répartir les protéines sur la journée — en particulier au petit-déjeuner — est préférable à une seule grande portion le soir. **LIMITE IMPORTANTE :** adultes en bonne santé, avec la synthèse protéique musculaire comme critère ; l'étude n'a **pas** été menée chez des patients digestifs en convalescence et n'a **pas** mesuré la régénération de la muqueuse intestinale.

[129] Kris-Etherton PM, Harris WS, Appel LJ. Fish consumption, fish oil, omega-3 fatty acids, and cardiovascular disease. Circulation. 2002. Link

Déclaration scientifique de l'American Heart Association sur la consommation de poisson, l'huile de poisson et les acides gras oméga-3. C'est de là que provient la recommandation pratique bien connue : **au moins deux portions de poisson (de préférence gras) par semaine**, ainsi que de l'ALA d'origine végétale (graines de lin, noix). **LIMITE IMPORTANTE — décisive pour le manuel :** cette déclaration porte sur la **prévention cardiovasculaire**. Elle ne traite ni de la cicatrisation de la muqueuse intestinale, ni de la convalescence après FMT, ni de la composition du microbiote. Au III.5, elle n'est donc utilisée **que comme source de la quantité pratique par portion** ; les effets muqueux et sur le microbiote s'appuient sur ref-066, ref-093 et ref-065.

[130] Lund, B. M. Microbiological Food Safety for Vulnerable People. Int J Environ Res Public Health. 2015. Link

Revue sur la sécurité microbiologique des aliments pour les **groupes vulnérables** — personnes immunodéprimées, transplantées, patients atteints de cancer, femmes enceintes, personnes âgées et jeunes enfants. L'auteur résume que dans ces groupes le risque et la gravité des infections d'origine alimentaire (Listeria, Salmonella, Campylobacter, E. coli) sont **nettement plus élevés**, et que cela peut être réduit en partie par le **choix et la manipulation des aliments** : viande bien cuite, produits laitiers pasteurisés, évitement des aliments crus ou insuffisamment traités thermiquement, respect de la chaîne du froid et prévention des contaminations croisées. Cette entrée est la source de l'affirmation du III.5 sur l'importance de l'hygiène des matières premières chez les patients immunodéprimés. **LIMITE :** il s'agit d'une revue, non d'une étude d'intervention, et elle n'a pas été menée dans une population FMT ou CDI.

[131] Duncanson KR, Talley NJ, Walker MM, Burrows TL. Food and functional dyspepsia: a systematic review. J Hum Nutr Diet. 2018. Link

Revue systématique sur les aliments et nutriments qui déclenchent ou aggravent les symptômes de la dyspepsie fonctionnelle (DF) — satiété précoce, plénitude postprandiale et douleur épigastrique. Sur 6451 publications examinées, 16 répondaient aux critères d'inclusion. Les auteurs rapportent qu'une **alimentation riche en graisses** est associée aux symptômes de DF ; les aliments contenant du blé apparaissaient comme déclencheurs dans six études. Cette entrée est la source de l'affirmation du III.5 selon laquelle une **préparation pauvre en graisses et douce** réduit la charge symptomatique. **LIMITE IMPORTANTE :** les études ont été menées chez des **adultes atteints de dyspepsie fonctionnelle** — non chez des patients en convalescence après une CDI — et n'ont pas mesuré séparément l'effet des épices, de la panure ou du mode de cuisson. Au III.5, elle sert donc d'**analogie indicative, non de preuve directe**.

[132] Katz PO, Dunbar KB, Schnoll-Sussman FH, Greer KB, Yadlapati R, Spechler SJ. {ACG. Am J Gastroenterol. 2022. Link

Recommandation clinique de l'American College of Gastroenterology sur le diagnostic et la prise en charge du reflux gastro-œsophagien (RGO). Parmi les recommandations d'hygiène de vie figure l'**évitement des repas tardifs avant le coucher** — la recommandation préconise un intervalle entre le dernier repas et la position allongée —, ainsi que la réduction pondérale et la surélévation de la tête de lit chez les patients refluants. Cette entrée est la source de l'affirmation du III.6 selon laquelle le dernier repas important doit précéder le coucher de 2 à 3 heures. **LIMITE IMPORTANTE — décisive pour le manuel :** la recommandation porte sur le **reflux**. Elle ne traite ni de la régénération intestinale, ni du rythme circadien du microbiote, ni de la convalescence post-FMT. Au III.6, elle n'est donc utilisée **que comme source de la recommandation horaire**.

[133] Gomes F, Schuetz P, Bounoure L, Austin P, Ballesteros-Pomar M, Cederholm T, Fletcher J, Laviano A, Norman K, Poulia KA, Ravasco P, Schneider SM, Stanga Z, Weekes CE, Bischoff SC. {ESPEN. Clin Nutr. 2018. Link

Recommandation de l'ESPEN sur le soutien nutritionnel des **patients polymorbides de médecine interne** — la population la plus proche d'une personne convalescente après une infection prolongée. La recommandation établit que dans ce groupe la **dégradation de l'état nutritionnel est fréquente et constitue un facteur de risque indépendant** ; l'apport doit donc être dépisté et suivi, et des **objectifs énergétiques et protéiques doivent être atteints** plutôt que l'apport restreint. Un déficit énergétique et protéique prolongé aggrave l'état catabolique et la perte musculaire, peut nuire au rétablissement et augmenter les complications. Cette entrée est la source de l'affirmation du III.6 selon laquelle **les protocoles de type jeûne ne sont pas recommandés pendant la convalescence**. Important : la recommandation ne porte pas sur l'alimentation à horaires restreints ; elle indique que chez le patient polymorbide convalescent l'objectif est d'ASSURER l'apport.

[134] Bishehsari F, Magno E, Swanson G, Desai V, Voigt RM, Forsyth CB, Keshavarzian A. Alcohol and Gut-Derived Inflammation. Alcohol Res. 2017. Link

Revue sur la façon dont la consommation chronique d'alcool induit une inflammation d'origine intestinale. Les auteurs décrivent comment l'alcool **modifie la composition du microbiote intestinal (dysbiose)** et **altère l'intégrité de la barrière intestinale**, permettant la translocation de produits bactériens (endotoxine) et une inflammation systémique ; ce mécanisme relie l'alcool aux lésions hépatiques et à d'autres complications organiques. Cette entrée est la source de l'affirmation du III.7 selon laquelle **l'alcool nuit à la flore en train de s'implanter**. **LIMITE IMPORTANTE :** l'article porte sur la consommation **chronique** d'alcool et ne couvre que la partie relative à l'alcool — il ne traite **pas** de l'effet sécrétoire d'eau des boissons sucrées ni de l'effet légèrement diurétique de la caféine.

[135] Volkert D, Beck AM, Cederholm T, Cruz-Jentoft A, Hooper L, Kiesswetter E, Maggio M, Raynaud-Simon A, Sieber C, Sobotka L, van Asselt D, Wirth R, Bischoff SC. {ESPEN. Clin Nutr. 2022. Link

Recommandation pratique de l'ESPEN sur la nutrition clinique et l'**hydratation** en gériatrie. Elle constate que **la dénutrition et la déshydratation sont fréquentes chez les personnes âgées** et formule des recommandations fondées sur les preuves pour les prévenir et les traiter. Dans la partie hydratation, elle souligne que la **sensation de soif diminue avec l'âge** : l'apport hydrique ne peut donc être laissé à la soif. Elle recommande une **prise de boisson planifiée et programmée**, un suivi régulier des apports et un dépistage actif des facteurs de risque et des signes de déshydratation. Cette entrée est la source de l'affirmation du III.7 sur l'importance d'un apport hydrique planifié chez les patients âgés. **LIMITE :** recommandation gériatrique ; non élaborée pour une population CDI ou FMT.

[137] Armstrong LE, Ganio MS, Casa DJ, Lee EC, McDermott BP, Klau JF, Jimenez L, Le Bellego L, Chevillotte E, Lieberman HR. Mild dehydration affects mood in healthy young women. J Nutr. 2012. Link

Étude randomisée en crossover chez **25 jeunes femmes en bonne santé** : une déshydratation légère d'environ 1,4 % de perte de masse corporelle — sans stress thermique ni effort important — a **dégradé l'humeur**, augmenté les céphalées et la sensation de fatigue, et altéré l'appréciation subjective de tâches exigeant de la concentration. Cette entrée est la source de l'affirmation du III.7 selon laquelle **la déshydratation dégrade le bien-être**. **LIMITE IMPORTANTE — décisive pour le manuel :** l'étude a été menée chez de **jeunes femmes en bonne santé** et mesurait des **critères d'humeur et de performance**. Elle n'affirme **PAS**, et n'a pas examiné, que la déshydratation ralentirait la **régénération de la muqueuse intestinale** ou rendrait plus difficile la **greffe de la nouvelle flore**.

[138] Bubenik, G. A. Gastrointestinal melatonin: localization, function, and clinical relevance. Dig Dis Sci. 2002. Link

Revue sur la melatonine propre, extrapineale, du tractus gastro-intestinal (GI). La concentration de melatonine dans les tissus GI depasse les taux sanguins de 10 a 100 fois, et l'intestin contient au moins 400 fois plus de melatonine que la glande pineale. La liberation de la melatonine GI est liee a la **periodicite de la prise alimentaire** plutot qu'au photoperiodisme, et elle agit localement (endocrine/paracrine/autocrine) pour **favoriser la regeneration de l'epithelium**, renforcer la fonction immunitaire intestinale, reduire le tonus du muscle lisse et proteger la muqueuse comme antioxydant. Cette entree est la source de l'affirmation du III.8 selon laquelle la melatonine est aussi presente dans le tractus GI et module la muqueuse et la motricite. **LIMITE :** une revue reposant en grande partie sur des donnees animales et cellulaires ; elle ne concerne ni la CDI ni la FMT et ne traite pas le role de la melatonine comme hormone du sommeil.

[139] He M, Ru T, Li S, Li Y, Zhou G. Shine light on sleep: Morning bright light improves nocturnal sleep and next morning alertness among college students. J Sleep Res. 2023. Link

Etude d'intervention de terrain sur la question de savoir si la lumiere vive du matin ameliore le sommeil nocturne. Douze etudiants ont recu 1,5 h de lumiere electrique vive (1000 lx, 6500 K) contre la lumiere de bureau habituelle (300 lx, 4000 K) les matins d'une semaine de travail, en plan croise, mesure par actigraphie et agenda du sommeil. La lumiere vive du matin a produit une **meilleure efficacite du sommeil** (83,8 % contre 80,4 %), un **indice de fragmentation plus faible**, un endormissement plus precoce, une latence plus courte et une **moindre somnolence matinale**. Cette entree est la source de la recommandation du III.8 selon laquelle la lumiere du matin apres le reveil stabilise le rythme quotidien et facilite l'endormissement le soir. **LIMITE :** echantillon tres reduit (n=12) d'etudiants en bonne sante sur une intervention d'une semaine ; population ni clinique ni CDI.

[140] Edinger JD, Arnedt JT, Bertisch SM, Carney CE, Harrington JJ, Lichstein KL, Sateia MJ, Troxel WM, Zhou ES, Martin JL. Behavioral and psychological treatments for chronic insomnia disorder in adults: an American Academy of Sleep Medicine clinical practice guideline. J Clin Sleep Med. 2021. Link

Recommandation de pratique clinique de l'American Academy of Sleep Medicine (AASM) sur les traitements comportementaux et psychologiques de l'insomnie chronique de l'adulte, selon la methodologie GRADE. La recommandation preconise la **therapie cognitivo-comportementale multicomposante (TCC-I)** en premiere intention et evalue separement les methodes a composante unique, dont le **controle du stimulus** (n'utiliser le lit que pour dormir ; si la somnolence ne vient pas, se lever), la **restriction de sommeil** et les techniques de relaxation. Cette entree est la source du conseil pratique du III.8 selon lequel, en cas de difficulte persistante a s'endormir, il faut se lever et ne revenir qu'a la somnolence. **LIMITE :** recommandation sur l'insomnie chronique ; ni specifique a la CDI ni au FMT, et non elaboree pour le trouble transitoire du sommeil pendant une cure.

[141] Drake C, Roehrs T, Shambroom J, Roth T. Caffeine effects on sleep taken 0, 3, or 6 hours before going to bed. J Clin Sleep Med. 2013. Link

Etude randomisee menee a domicile sur la maniere dont une dose fixe de cafeine, administree a differentes heures, perturbe le sommeil. Les auteurs ont administre 400 mg de cafeine **0, 3 et 6 heures** avant l'heure habituelle du coucher, contre placebo, avec des donnees de sommeil autorapportees et un moniteur de sommeil portable valide. Les trois moments — meme **6 heures avant le coucher** — ont perturbe le sommeil de facon significative par rapport au placebo ; au vu de la reduction du temps de sommeil total, les auteurs recommandent au moins 6 heures sans cafeine avant le coucher. Cette entree est la source de la regle sur la cafeine du III.8. **LIMITE :** une seule dose fixe (400 mg) chez des sujets sains, en partie autorapportee ; la regle « pas de cafeine apres 14 h » est une marge de securite par rapport a cela, non le resultat direct de l'article.

[142] Ebrahim IO, Shapiro CM, Williams AJ, Fenwick PB. Alcohol and sleep I: effects on normal sleep. Alcohol Clin Exp Res. 2013. Link

Revue de l'effet de l'alcool sur le sommeil nocturne a partir d'etudes chez des volontaires sains. A toutes les doses, l'alcool **raccourcit la latence d'endormissement** et consolide la premiere moitie du sommeil, mais **augmente la perturbation du sommeil dans la seconde moitie de la nuit**. Le debut du sommeil paradoxal (REM) est nettement retarde a toutes les doses, et la proportion de REM sur l'ensemble de la nuit diminue aux doses moderees et elevees ; le sommeil lent profond de la premiere moitie augmente. Cette entree est la source de l'affirmation du III.8 selon laquelle l'alcool — bien qu'il assoupisse — fragmente et rend plus superficiel le sommeil nocturne. **LIMITE :** une revue qualitative chez des volontaires sains ; population ni CDI ni FMT et ne concernant pas le microbiote.

[143] Schmidt TS, Hayward MR, Coelho LP, Li SS, Costea PI, Voigt AY, Wirbel J, Sunagawa S, Zeller G, Bork P. Extensive transmission of microbes along the gastrointestinal tract. Elife. 2019. Link

Etude metagenomique de population chez 470 personnes de cinq pays, comparant les populations de souches salivaires et fecales de 310 especes. Les auteurs ont constate que la **transmission des especes orales vers le gros intestin et leur colonisation est frequente et etendue meme chez les personnes en bonne sante** — non l'evenement rare et signal de maladie que l'on supposait auparavant. La grande majorite des especes orales sont transferables ; la transmission est plus elevee dans le cancer colorectal et la polyarthrite rhumatoide ainsi que pour les pathogenes opportunistes. Cette entree est la source HUMAINE de la justification du III.8 selon laquelle la cavite buccale est un reservoir endogene de souches intestinales, si bien que l'hygiene bucco-dentaire compte pendant la cure. **LIMITE :** suivi observationnel de souches ; elle etablit le reservoir, mais non que le brossage quotidien modifie l'issue de la CDI ou du FMT.

[144] Kitamoto S, Nagao-Kitamoto H, Hein R, Schmidt TM, Kamada N. The Intermucosal Connection between the Mouth and Gut in Commensal Pathobiont-Driven Colitis. Cell. 2020. Link

Cette etude decrit la connexion intermuqueuse entre la bouche et l'intestin dans un modele murin : lors d'une inflammation buccale (parodontite), les pathobiontes oraux qui proliferent et sont deglutis — dont Klebsiella et des lymphocytes Th17 amorces au niveau parodontal — transloquent vers l'intestin, ou ils colonisent un environnement dysbiotique et aggravent la colite. Deux axes independants — microbien (bacteries orales ectopiques colonisant l'intestin) et immunologique (lymphocytes T amorces dans la bouche migrant vers l'intestin) — relient conjointement la maladie parodontale chronique a l'inflammation intestinale. Cette entree est la source de l'affirmation mecanistique du III.8 selon laquelle la cavite buccale sert de reservoir d'organismes dysbiotiques atteignant l'intestin par deglutition. **LIMITE :** un modele murin mecanistique ; ni CDI ni FMT et sans preuve d'un resultat clinique humain.

[145] Grasa-Ciria D, Couto S, Samatan E, Martinez-Jarreta B, Cenit MDC, Iguacel I. Disrupted Rhythms, Disrupted Microbes: A Systematic Review of Shift Work and Gut Microbiota Alterations. Nutrients. 2025. Link

Revue systematique sur la question de savoir si le travail poste — en particulier de nuit — modifie le microbiote intestinal. Les auteurs ont interroge trois bases de donnees jusqu'a mars 2025 ; cinq etudes etaient eligibles (quatre observationnelles a petit effectif et une randomisation mendelienne). Les etudes observationnelles ont rapporte une **diversite alpha reduite** et une augmentation de **genres pro-inflammatoires** (Escherichia/Shigella, Blautia, Dialister) chez les travailleurs de nuit, autrement dit le travail poste s'accompagne d'une dysbiose. Cette entree est la source de l'affirmation du III.8 selon laquelle le travail poste, une forme de perturbation circadienne de l'hote, s'accompagne d'une alteration du microbiote. **LIMITE :** peu d'etudes a petit effectif ; la difference de composition ne prouve pas de causalite, et la revue ne concerne pas une population CDI ou FMT.

[146] Oettle, G. J. Effect of moderate exercise on bowel habit. Gut. 1991. Link

Essai croise chez 10 volontaires sains (6 hommes, 4 femmes, 22-41 ans) : au cours de trois periodes d'une semaine, ils couraient, pedalaient ou se reposaient assis 1 heure par jour, a une intensite des deux tiers de la frequence cardiaque maximale estimee (environ 50 % du VO2max, soit une intensite moderee/Zone-2). Le **temps de transit de tout l'intestin a ete considerablement accelere** par l'exercice : 51,2 h au repos, 36,6 h a velo, 34,0 h en courant (les deux significativement differents du repos, p<0,01) ; le poids des selles, la frequence des defecations et les apports en fibres et en liquides n'ont pas change de facon notable. Cette entree est la source de l'affirmation du III.9 selon laquelle l'exercice aerobie modere accelere le transit intestinal. **LIMITE :** un petit echantillon sain ; population ni CDI ni FMT.

[147] Sorensen L, Larsen KSR, Petersen AK. Validity of the Talk Test as a Method to Estimate Ventilatory Threshold and Guide Exercise Intensity in Cardiac Patients. J Cardiopulm Rehabil Prev. 2020. Link

Etude de validation chez 20 patients cardiaques (moyenne 65 ans) examinant la relation entre le Talk Test (TT) et le seuil ventilatoire (SV) sur cycloergometre. Les stades du TT se situaient dans la plage d'intensite recommandee de 40-80 % (58-77 %), et la frequence cardiaque au stade equivoque/negatif ne differait pas de facon notable du SV — autrement dit, le talk test est un guide d'intensite utilisable au niveau du groupe. Cette entree est la source de l'affirmation du III.9 selon laquelle le fait de pouvoir maintenir une parole continue signale l'allure confortable (Zone-2). **LIMITE :** un petit echantillon de patients cardiaques ; la precision individuelle etait faible (larges limites d'accord, correlation 0,37-0,60), c'est donc une boussole approximative, non une mesure precise.

[148] Dick NA, Diehl JJ. Febrile illness in the athlete. Sports Health. 2014. Link

Revue clinique de la relation entre maladie febrile et exercice. L'etat febrile modifie la thermoregulation, augmente le taux metabolique et perturbe l'homeostasie hydrique ; des donnees humaines et animales montrent que le catabolisme musculaire lie a la fievre reduit la force et l'endurance musculaires. Les auteurs conseillent donc la prudence a l'effort pendant la phase febrile. Cette entree est la source de l'affirmation du III.9 selon laquelle la phase aigue, febrile ou deshydratee est une contre-indication a la sollicitation, le repos etant alors prioritaire. **LIMITE :** une revue clinique centree sur les sportifs (niveau de preuve 4) ; il n'existe pas de preuve clinique solide sur le moment de la reprise, et elle n'a pas ete elaboree pour une population CDI.

[149] {American College of Sports Medicine. American College of Sports Medicine position stand. Exercise and fluid replacement. Med Sci Sports Exerc. 2007. Link

Prise de position de l'American College of Sports Medicine (ACSM) sur le remplacement hydrique autour de l'exercice. L'objectif est d'etre suffisamment hydrate avant l'activite, de prevenir pendant celle-ci une deshydratation excessive (>2 % de perte de poids corporel) et des deplacements electrolytiques, et de compenser ensuite tout deficit hydrique et electrolytique ; en raison de la variabilite individuelle du taux de sudation, un remplacement hydrique personnalise est recommande. Cette entree est la source de l'affirmation du III.9 selon laquelle il faut compenser les liquides avant et apres le mouvement. **LIMITE :** une prise de position sportive generale, non specifique a la CDI ou au FMT ; la logique de l'objectif hydrique de la cure est detaillee au III.7 (ref-026).

[150] Holt-Lunstad J, Smith TB, Baker M, Harris T, Stephenson D. Loneliness and Social Isolation as Risk Factors for Mortality: A Meta-Analytic Review. Perspect Psychol Sci. 2015. Link

Meta-analyse du risque de mortalite de la solitude, de l'isolement social et du fait de vivre seul. Apres controle statistique de plusieurs facteurs de confusion, les tailles d'effet ponderees etaient : isolement social OR = 1,29, solitude OR = 1,26, vivre seul OR = 1,32 — soit 26 a 32 % de probabilite de mortalite en plus. Aucune difference entre isolement objectif et subjectif ; resultats coherents selon le sexe, le suivi et la region, les deficits sociaux etant plus predictifs avant 65 ans. Cette entree est la source de l'affirmation du III.10 selon laquelle la solitude est un risque de sante independant et le lien social un facteur protecteur. **LIMITE :** meta-analyse d'etudes observationnelles (association, non causalite) ; population ni CDI ni FMT.

[151] Holt-Lunstad J, Smith TB, Layton JB. Social relationships and mortality risk: a meta-analytic review. PLoS Med. 2010. Link

Meta-analyse de 148 etudes (308 849 participants) sur l'association entre les relations sociales et la survie. La taille d'effet moyenne ponderee (effets aleatoires) etait OR = 1,50 (IC 95% 1,42–1,59), soit une probabilite de survie superieure de 50% chez les personnes ayant des relations sociales plus fortes. L'association etait coherente selon l'age, le sexe, l'etat de sante initial, la cause de deces et le suivi, et la plus forte pour les mesures complexes d'integration sociale (OR = 1,91). Les auteurs concluent que l'influence des relations sociales sur le risque de mortalite est comparable a des facteurs de risque bien etablis. Cette entree est la source de l'affirmation du III.10 selon laquelle le lien social est un facteur protecteur independant et fort. **LIMITE :** meta-analyse d'etudes observationnelles (association) ; population ni CDI ni FMT.

[152] Van Bogart K, Almeida DM, Felt JM, Rush J, Cerino ES, Charles ST. Loneliness, positive social interactions, and diurnal cortisol among mid-to-later life adults in everyday life. Biol Psychol. 2026. Link

Etude de la vie quotidienne (evaluation ecologique momentanee) chez des adultes d'age moyen a avance sur le lien entre la solitude et le cortisol diurne. La solitude est un probleme de sante publique lie a des maladies liees au stress (p. ex. cardiovasculaires) ; l'etude a montre que la solitude vecue au quotidien est liee a l'amplitude dynamique du cortisol diurne, et que l'age et les interactions sociales faconnent ces associations. Cette entree est la source de l'affirmation **prudemment formulee** du III.10 selon laquelle la solitude s'accompagne d'une regulation stress-physiologique (cortisol) modifiee. **LIMITE :** une association observationnelle du quotidien (ni causalite, ni simple « elevation ») ; population non CDI.

[153] DiMatteo MR, Lepper HS, Croghan TW. Depression is a risk factor for noncompliance with medical treatment: meta-analysis of the effects of anxiety and depression on patient adherence. Arch Intern Med. 2000. Link

Meta-analyse de l'association entre l'observance therapeutique et l'anxiete/depression ; dans les etudes incluses, le patient n'etait pas suivi en psychiatrie mais recevait un traitement somatique recommande par un medecin non psychiatre. Douze articles sur la depression et 13 sur l'anxiete repondaient aux criteres. L'association anxiete–inobservance etait variable et en moyenne non significative ; l'association **depression–inobservance**, en revanche, etait substantielle et significative : **OR = 3,03** (IC 95% 1,96–4,89) — les risques d'inobservance sont 3 fois plus eleves chez les patients deprimes. Cette entree est la source de l'affirmation du III.10 selon laquelle une psyche qui se degrade pendant la maladie (en particulier la depression) altere l'observance therapeutique. **LIMITE :** meta-analyse portant sur des maladies somatiques diverses ; non specifique a la CDI, et mesurant une association.

[154] Tariq R, Singh S, Gupta A, Pardi DS, Khanna S. Association of Gastric Acid Suppression With Recurrent Clostridium difficile Infection: A Systematic Review and Meta-analysis. JAMA Intern Med. 2017. Link

Revue systematique et meta-analyse sur la question de savoir si la suppression de l'acide gastrique (surtout les IPP, et les anti-H2) est associee au risque d'infection **recidivante** a *Clostridioides difficile*. Cinq bases de donnees ont ete interrogees de 1995 a 2015 ; ont ete inclus des etudes cas-temoins, de cohorte et cliniques dans lesquelles les patients atteints de CDI recevaient ou non une suppression acide et ou la recidive etait evaluee. La suppression de l'acide gastrique etait associee a un risque significativement plus eleve de CDI recidivante (OR groupe d'environ 1,5). Cette entree est la source de l'affirmation du III.11 selon laquelle l'usage prolonge d'IPP comporte un risque accru de CDI recidivante. **LIMITE :** meta-analyse d'etudes observationnelles — association, non causalite ; les auteurs eux-memes mettent en garde contre la confusion residuelle (les utilisateurs d'IPP sont souvent plus malades/ages), de sorte qu'un arret de sa propre initiative n'est pas justifie, seule la reevaluation clinique l'est.

[155] Langdon A, Schwartz DJ, Bulow C, Sun X, Hink T, Reske KA, Dubberke ER, Dantas G. Microbiota restoration reduces antibiotic-resistant bacteria gut colonization in patients with recurrent Clostridioides difficile infection from the open-label PUNCH CD study. Genome Med. 2021. Link

Analyse secondaire d'un essai clinique ouvert (PUNCH CD) : les selles de 29 patients atteints de CDI recidivante ont ete analysees avant et jusqu'a six mois apres l'administration du produit a base de microbiote RBX2660, par sequencage 16S, sequencage metagenomique shotgun (contenu du resistome) et culture selective. La prevention reussie de la recidive etait correlee a la convergence taxonomique du microbiote du patient vers le donneur ; RBX2660 a **reduit de facon spectaculaire l'abondance des Enterobacteriaceae resistantes** dans les 2 mois suivants, et la **charge fecale en genes de resistance aux antibiotiques (resistome) a diminue en relation directe avec le degre d'implantation du microbiote du donneur**. Cette entree est la source de l'affirmation du IV.1 selon laquelle l'implantation du microbiote du donneur et la dynamique de restauration du resistome sont liees. **LIMITE :** ouvert, petit echantillon (n=29), et le produit etudie est **RBX2660** (non DiffBiome) — le mecanisme concerne la therapie par microbiote dans la rCDI, non une preuve specifique du produit.

[156] Ianiro G, Puncochar M, Karcher N, Porcari S, Armanini F, Asnicar F, Segata N. Variability of strain engraftment and predictability of microbiome composition after fecal microbiota transplantation across different diseases. Nat Med. 2022. Link

Meta-analyse metagenomique shotgun integree de 226 triades (donneur, receveur avant et apres la FMT) sur huit types de maladies differents, avec un profilage de souches ameliore. Le resultat cle : **les receveurs presentant une implantation plus elevee des souches du donneur avaient plus de chances d'obtenir un succes clinique** apres la FMT (P=0,017). L'implantation depend du donneur, de la voie d'administration (plusieurs voies — p. ex. gelules plus coloscopie simultanement — donnent une implantation plus elevee) et du receveur (plus elevee chez les patients atteints de maladies infectieuses traites par antibiotiques que chez les patients atteints de maladies non transmissibles sans antibiotiques prealables) ; les especes de Bacteroidetes et d'Actinobacteria s'implantent mieux. Cette entree est la source de l'affirmation du IV.3 selon laquelle, en raison de la variabilite d'implantation dependante du donneur, un lot de donneur alternatif (changement de LOT) peut ameliorer le resultat. **LIMITE :** meta-analyse observationnelle sur huit types de maladies (non la seule CDI), mesurant une association ; elle n'a pas etudie le changement de LOT de produit en tant que tel.

[157] Sheitoyan-Pesant C, Abou Chakra CN, Pepin J, Marcil-Heguy A, Nault V, Valiquette L. Clinical and Healthcare Burden of Multiple Recurrences of Clostridium difficile Infection. Clin Infect Dis. 2016. Link

Cohorte retrospective d'adultes diagnostiques avec une CDI dans un hopital de Sherbrooke, Canada (1998–2013), evaluant le fardeau des recidives multiples. 1527 patients. La **probabilite d'une premiere recidive etait de 25%** (354/1418), d'une **deuxieme 38%** (128/334), d'une troisieme 29% (35/121) et d'une quatrieme ou plus 27% (9/33) ; deux recidives ou plus sont survenues chez 9% des patients. La gravite et le risque de complications des recidives ont diminue avec les episodes successifs. Cette entree est la source de l'affirmation du IV.4 selon laquelle le risque de recidive de la CDI est significatif et augmente a chaque nouvelle recidive. **LIMITE :** cohorte retrospective monocentrique ; les probabilites conditionnelles par episode (25%, 38%) sont inferieures a l'estimation cumulee de ">60%" souvent citee dans les recommandations — c'est pourquoi le manuel utilise les chiffres precis de la cohorte.

[158] Cruz-Jentoft AlfonsoJ, Bahat Gülistan, Bauer Jürgen, Boirie Yves, Bruyère Olivier, Cederholm Tommy, Cooper Cyrus, Landi Francesco, Rolland Yves, Sayer AvanAihie, Schneider StéphaneM, Sieber CornelC, Topinková Eva, Vandewoude Maurits, Visser Marjolein, Zamboni Mauro. Sarcopenia: revised {European. Age and Ageing. 2019. Link

En 2010, le Groupe de travail européen sur la sarcopénie chez les personnes âgées (EWGSOP) a publié une définition de la sarcopénie ; en 2018, le groupe s'est réuni de nouveau (EWGSOP2) pour l'actualiser à la lumière d'une décennie de nouvelles données, et cet article présente le consensus révisé. L'EWGSOP2 redéfinit la sarcopénie comme une maladie musculaire progressive (défaillance musculaire) et place désormais la faible force musculaire au centre du diagnostic, la faible quantité ou qualité musculaire servant à le confirmer et la mauvaise performance physique à signaler une sarcopénie sévère. L'article fournit un algorithme actualisé de repérage des cas, de diagnostic et de détermination de la sévérité, avec des seuils clairs pour les variables mesurées. Les auteurs appellent les cliniciens à détecter et traiter la sarcopénie précocement afin de prévenir des évolutions défavorables qui pèsent sur les patients et les systèmes de santé.

[159] Volkert D, Beck AM, Cederholm T, Cruz-Jentoft A, Goisser S, Hooper L, Kiesswetter E, Maggio M, Raynaud-Simon A, Sieber CC, Sobotka L, van Asselt D, Wirth R, Bischoff SC. {ESPEN. Clinical Nutrition. 2019. Link

La dénutrition et la déshydratation sont fréquentes chez les personnes âgées, tandis que l'obésité devient un problème croissant. Cette recommandation de l'ESPEN fournit des recommandations fondées sur les preuves pour la nutrition clinique et l'hydratation des personnes âgées afin de prévenir et de traiter la dénutrition et la déshydratation. Elle examine aussi si — et quand — des interventions de réduction du poids sont appropriées chez les personnes âgées en surpoids ou obèses. Le message pratique est de dépister systématiquement l'état nutritionnel et d'hydratation et d'appliquer des interventions individualisées visant à préserver la fonction, la mobilité et la qualité de vie.

[160] Hocquart M, Lagier JC, Cassir N, Saidani N, Eldin C, Kerbaj J, Delord M, Valles C, Brouqui P, Raoult D, Million M. Early Fecal Microbiota Transplantation Improves Survival in Severe Clostridium difficile Infections. Clin Infect Dis. 2018. Link

Etude de cohorte retrospective (Marseille, Hopital Universitaire Nord, 2013–2016) sur la question de savoir si la **FMT precoce** ameliore la survie des patients hospitalises pour CDI, en particulier en cas d'infection severe. 111 patients : 66 FMT, 45 non-FMT. Le critere principal etait la **mortalite a 3 mois**. Predicteurs independants : ribotype O27 (OR 3,64), CDI severe (OR 9,62) et FMT (OR 0,13 — protectrice). La FMT a reduit la mortalite **dans les cas severes** (OR 0,08 ; NNT = 2 pour sauver une vie a 3 mois) mais **pas dans les cas non severes** (OR 1,07). Les auteurs concluent que la FMT precoce devrait etre envisagee en premiere ligne dans la CDI severe. **LIMITE :** cohorte retrospective monocentrique ; aucun patient chirurgical ; l'effet n'est apparu que dans le sous-groupe severe — d'ou une decision hospitaliere et non domiciliaire, ce que le manuel souligne.

[161] Dimidi E, Cox SR, Rossi M, Whelan K. Fermented Foods: Definitions and Characteristics, Impact on the Gut Microbiota and Effects on Gastrointestinal Health and Disease. Nutrients. 2019. Link

Revue définissant les aliments fermentés comme les produits d'une croissance microbienne contrôlée et d'une conversion enzymatique du substrat, caractérisant les produits courants (kéfir, kombucha, choucroute, tempeh, natto, miso, kimchi, pain au levain) et leurs mécanismes proposés — y compris les effets sur le microbiote. La revue résume les preuves de l'impact des aliments fermentés sur la santé et les maladies gastro-intestinales humaines, soutenant leur intégration sélective dans des modèles alimentaires favorables à la santé.

[238] Chassaing B, Compher C, Bonhomme B et al. Randomized Controlled-Feeding Study of Dietary Emulsifier Carboxymethylcellulose Reveals Detrimental Impacts on the Gut Microbiota and Metabolome. Gastroenterology. 2022. Link

RCT en alimentation contrôlée mené chez 16 volontaires humains. Un régime contenant l'émulsifiant carboxyméthylcellulose (CMC, E466) a modifié la composition du microbiote intestinal en 11 jours, diminué la diversité microbienne et les taux de métabolites de fermentation, et deux participants ont présenté des signes d'empiètement bactérien dans la couche de mucus. Il s'agit des premières données humaines montrant que la CMC, aux niveaux d'exposition journalière autorisés, a des effets microbiologiques délétères.

[445] Cryan JF, O'Riordan KJ, Cowan CSM et al. The Microbiota-Gut-Brain Axis. Physiol Rev. 2019. Link

Revue exhaustive (Cryan et al., Physiol Rev 2019) de l'axe microbiote-intestin-cerveau. Elle détaille les voies de communication reliant le microbiote intestinal et le cerveau, notamment le système immunitaire, le métabolisme du tryptophane, le nerf vague et le système nerveux entérique, ainsi que les métabolites microbiens (acides gras à chaîne courte, acides aminés à chaîne ramifiée, peptidoglycanes). L'article passe en revue les données animales et humaines relatives à l'importance physiologique et comportementale/neurologique de cet axe.

[447] Peery AF, Kelly CR, Kao D et al. AGA Clinical Practice Guideline on Fecal Microbiota-Based Therapies for Select Gastrointestinal Diseases. Gastroenterology. 2024. Link

Recommandation de pratique clinique de l'AGA, élaborée selon le cadre GRADE, portant sur les thérapies à base de microbiote fécal (FMT conventionnelle, fecal microbiota live-jslm, fecal microbiota spores live-brpk) chez l'adulte atteint d'infection à Clostridioides difficile récidivante ou sévère à fulminante, d'IBD/pochite et d'IBS. Le panel a émis 7 recommandations. Chez l'adulte immunocompétent présentant une CDI récidivante, l'AGA suggère un recours sélectif aux thérapies à base de microbiote fécal après l'antibiothérapie de référence afin de prévenir de nouvelles récidives. Le texte fournit un cadre intégrant les produits approuvés par la FDA et la FMT conventionnelle.

[454] Gogokhia L, Tran N, Grier A, Nagayama M, Xiang G, Funez-dePagnier G, Lavergne A, Ericsson C, Ben Maamar S, Zhang M, Battat R, Scherl E, Lukin DJ, Longman RS. Donor composition and fiber promote strain engraftment in a randomized controlled trial of fecal microbiota transplant for ulcerative colitis. Med. 2025. Link

L'essai MINDFUL, randomisé, en double aveugle et contrôlé contre placebo, a réparti 27 patients atteints de rectocolite hémorragique légère à modérée entre une TMF unique et un placebo, avec ou sans supplémentation en fibres de psyllium, pendant 8 semaines. La TMF a induit une réponse clinique, une rémission et une amélioration endoscopique par rapport au placebo (p < 0,05). La supplémentation en fibres n'a pas amélioré les critères cliniques, mais l'analyse métagénomique au niveau des souches a montré que la composition de la communauté du donneur, associée à l'apport en fibres du receveur, conditionne l'implantation des souches du donneur. Il s'agit de l'une des premières preuves humaines randomisées que les facteurs alimentaires de l'exposome postérieurs à la procédure influencent directement l'implantation après TMF, tout en montrant qu'une meilleure implantation ne se traduit pas automatiquement par de meilleurs résultats cliniques. ClinicalTrials.gov: NCT03998488.

[483] Baxter NT, Schmidt AW, Venkataraman A, Kim KS, Martens EC, Schloss PD. Dynamics of Human Gut Microbiota and Short-Chain Fatty Acids in Response to Dietary Interventions with Three Fermentable Fibers. mBio. 2019. Link

Intervention alimentaire de deux semaines chez 174 jeunes adultes sains, avec supplémentation en amidon résistant de pomme de terre (RPS), amidon résistant de maïs (RMS), inuline, ou amidon de maïs accessible comme témoin. Le RPS a produit la plus forte augmentation des SCFA totaux, dont le butyrate. La plupart des microbiomes ont répondu au RPS par une augmentation des bifidobactéries, mais les répondeurs présentant une hausse de Ruminococcus bromii ou de Clostridium chartatabidum ont atteint les concentrations de butyrate les plus élevées. L'étude démontre l'existence de voies substrat- et taxon-spécifiques vers l'enrichissement en butyrate, éclairant les stratégies prébiotiques personnalisées.

[487] Khoruts A, Sadowsky MJ. Understanding the mechanisms of faecal microbiota transplantation. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2016. Link

Revue mécanistique de la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile résumant les mécanismes d'action proposés : compétition directe entre C. difficile et les commensaux apportés par la FMT, restauration du métabolisme des acides biliaires secondaires (qui inhibe la germination de C. difficile) et réparation de la barrière intestinale par stimulation immunitaire muqueuse. La revue consolide les bases mécanistiques de la FMT dans les CDI et souligne les implications translationnelles pour les thérapeutiques microbiennes conçues pour cibler ces voies.

[525] Dueñas M, Muñoz-González I, Cueva C et al. A survey of modulation of gut microbiota by dietary polyphenols. Biomed Res Int. 2015. Link

Revue de la modulation du microbiote intestinal par les polyphénols, organisée selon le type de dispositif expérimental : cultures en batch, simulateurs gastro-intestinaux, modèles animaux et études d'intervention chez l'homme. Les données convergent vers des déplacements constants, induits par les polyphénols, en faveur de taxons bénéfiques (Bifidobacterium, Lactobacillus) ainsi que vers une génération, dépendante du microbiote, de métabolites polyphénoliques bioactifs. La revue fournit une synthèse structurée du domaine polyphénols–microbiote à l'appui de la recherche translationnelle et des recommandations alimentaires.

[610] Jernberg C, Löfmark S, Edlund C, Jansson JK. Long-term ecological impacts of antibiotic administration on the human intestinal microbiota. ISME J. 2007. Link

Cette étude longitudinale de 2 ans a suivi le microbiote fécal de quatre sujets sains exposés à une antibiothérapie par clindamycine de 7 jours et de quatre témoins, à neuf temps de mesure. L'analyse polyphasique a montré des perturbations hautement significatives persistant durant tout le suivi. La diversité clonale des isolats de Bacteroides a fortement diminué en rep-PCR, avec une persistance à long terme de clones hautement résistants. La communauté de Bacteroides n'est jamais revenue à sa composition initiale d'après l'empreinte T-RFLP. Ces résultats documentent les conséquences écologiques pluriannuelles d'une seule cure courte de clindamycine.

[667] Sanidad KZ, Xiao H, Zhang G, et al. Triclosan has a robust, yet reversible impact on human gut microbial composition in vitro. . 2020. Link

Dans un modèle in vitro du microbiome intestinal humain, le triclosan a modifié de façon robuste la communauté microbienne : il a réduit la taille de la population, la diversité et la production de métabolites, en supprimant sélectivement certains taxons commensaux. L'effet était largement réversible après une période de récupération de deux semaines. L'étude fournit une preuve mécanistique directe de l'effet perturbateur du triclosan sur le microbiote ; son potentiel de sélection de résistances aux antibiotiques est étayé par des études d'exposition distinctes (murines et environnementales).

[735] Cammarota G, Ianiro G, Kelly CR et al. International consensus conference on stool banking for faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut. 2019. Link

Ce consensus international, réunissant des experts de la FMT d'Europe, d'Amérique du Nord et d'Australie, formule des recommandations sur les banques de selles pour la FMT, couvrant les principes généraux, l'organisation, la sélection et le dépistage des donneurs, le recueil, la préparation et la conservation des selles, les services et les clients, les registres, le suivi des résultats, l'éthique et le rôle clinique évolutif de la FMT. Le consensus a été obtenu par des tours Delphi complétés par une discussion plénière, les énoncés étant étayés par les meilleures données disponibles. Le document guide le développement mondial des banques de selles afin de promouvoir un accès sûr et équitable à la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile.

[777] Mullish BH, Merrick B, Quraishi MN et al. The use of faecal microbiota transplant as treatment for recurrent or refractory Clostridioides difficile infection and other potential indications: second edition of joint British Society of Gastroenterology (BSG) and Healthcare Infection Society (HIS) guidelines. Gut. 2024. Link

Un bref résumé de la publication citée est en cours de préparation.

[832] Reygner J, Charrueau C, Delannoy J, Mayeur C, Robert V, Cuinat C, Meylheuc T, Mauras A, Augustin J, Nicolis I, Modoux M, Joly F, Waligora-Dupriet A, Thomas M, Kapel N. Freeze-dried fecal samples are biologically active after long-lasting storage and suited to fecal microbiota transplantation in a preclinical murine model of. Gut microbes. 2020. Link

Les inocula de FMT lyophilisés peuvent être conservés 12 mois avec une viabilité stable ; une formulation orale en gélules dures est réalisable avec 0,5 % d'excipient lubrifiant — les échantillons de FMT lyophilisés et congelés conservent leur viabilité, leurs concentrations de SCFA et leur activité anti-C. difficile après 12 mois de stockage. La poudre lyophilisée peut être conditionnée en gélules dures orales ; dans un modèle murin, taux de survie de 70 % (vs 53–60 % congelé, 20 % non traité). Soutient la faisabilité d'une formulation orale en gélules.

[833] Zain N, Merrick B, Martin-Lilley T, Edwards L, Ter Linden D, Tsoka S, Mason A, Hatton G, Allen E, Royall P, Lilley A, Bruce K, Shawcross D, Goldenberg S, Forbes B. Bacterial diversity, viability and stability in lyophilised faecal microbiota capsules support ongoing clinical use. International journal of pharmaceutics. 2025. Link

La diversité et la viabilité bactériennes des gélules de FMT lyophilisées à enrobage entérique sont stables à −80 °C pendant 36 semaines, à −20 °C et à 2–8 °C pendant 24 semaines — ce qui soutient une application clinique flexible en matière de chaîne du froid — gélules de FMT lyophilisées fabriquées selon le protocole GMP du King's College London (5 donneurs, séquençage 16S rRNA + séparation live-dead) : la diversité spécifique est restée stable après la fabrication et 36 semaines de stockage à −80 °C. Aucune perte significative de viabilité à −20 °C et à 2–8 °C pendant 24 semaines. Les anaérobies survivent au traitement aérobie avec une perte minimale. Confirme l'applicabilité clinique de la forme en gélules lyophilisées, avec une efficacité comparable à celle des autres formulations.

Remarque : les éléments ci-dessus constituent la base de preuves externe et citable du livre. Les documents sources internes de MicroBiome Bank (DiffBiome / HospBiome Service Datasheet, SIS Clinical Guide, guide de protocole clinique v7.1, protocole de densité des capsules, fiches DSQ, stratégie d'élimination de C. diff 2026) fournissent les faits spécifiques au produit et au protocole ; il ne s'agit pas d'éléments de littérature publique, mais des propres documents référencés du prestataire.