III. 4. Aliments fermentés

Les aliments fermentés apportent des cultures vivantes dans nos assiettes depuis des millénaires. Au cours des trois prochains jours, vous découvrirez pourquoi ils peuvent être des alliés de votre flore, et comment les introduire judicieusement, à petits pas – en prêtant attention à ce qui convient à votre intestin en cours de guérison.

Que sont les aliments fermentés, et pourquoi sont-ils utiles ?

La fermentation est une méthode de conservation ancestrale : des microbes bénéfiques – bactéries, levures – « travaillent » l'aliment et le transforment au passage. C'est ce qui donne au yaourt son goût acidulé, à la choucroute sa fraîcheur croquante, au kéfir son pétillant. Ces aliments fermentés^[G] peuvent aider votre intestin de deux façons : d'une part, beaucoup d'entre eux contiennent des microbes vivants ; d'autre part, la fermentation produit des substances qui nourrissent et apaisent l'environnement intestinal.

Il importe toutefois de faire une distinction. Une gélule de probiotique du commerce contient une ou deux souches bactériennes sélectionnées, en quantité importante et concentrée – c'est précisément pourquoi nous vous demandons de les éviter pendant la cure DiffBiome, afin qu'elles ne perturbent pas l'équilibre en train de se former. Un aliment fermenté traditionnel, à l'inverse, apporte de nombreux types de microbes en petites quantités, sous forme naturelle, en tant que partie d'un aliment. Cela est plus proche de la façon dont les humains se sont nourris pendant des millénaires, et c'est généralement plus doux.

Tout aliment « acide » n'est pas fermenté, et tout aliment fermenté ne contient pas de cultures vivantes. Selon le consensus international d'experts (ISAPP), est fermenté un aliment obtenu par croissance microbienne souhaitée et conversions enzymatiques des composants alimentaires – la définition sert précisément à distinguer ce qui est, et ce qui n'est pas, un aliment fermenté (Marco ML 2021 [120]). Les cornichons, par exemple, sont souvent simplement conservés dans du vinaigre et ne contiennent pas de bactéries vivantes. Dans les produits traités thermiquement ou pasteurisés (beaucoup de choucroutes du commerce, certains yaourts), la chaleur peut détruire les microbes. Les produits conservés au rayon frais et portant la mention « cultures vivantes » sont généralement meilleurs – mais les détails viendront plus tard ; pour l'instant, l'objectif est de faire connaissance avec prudence.

Comment les introduire ?

Ici aussi, la progressivité et l'observation sont la clé, peut-être plus encore qu'avec les fibres. Votre intestin en cours de guérison est plus sensible en ce moment : introduisez donc un seul nouvel aliment fermenté à la fois, en très petite portion – quelques cuillerées de yaourt nature, une petite gorgée de kéfir, une fourchetée de choucroute. Observez pendant un jour ou deux comment vous réagissez, et seulement ensuite augmentez la portion ou essayez quelque chose de nouveau.

Les points d'entrée les plus doux sont généralement les produits laitiers à cultures vivantes : yaourt nature (non sucré) et kéfir, à condition que vous tolériez bien les produits laitiers – les cultures vivantes du yaourt facilitent aussi la dégradation du lactose, ce qui explique que beaucoup le tolèrent sans tolérer le lait (Savaiano & Hutkins 2021 [121]). (La question de savoir si les ferments laitiers sont plus doux que les ferments végétaux n'a pas fait l'objet d'une étude comparative – cet ordre repose sur l'expérience pratique.) Les ferments végétaux – choucroute, kimchi – peuvent être plus puissants : commencez donc par une très petite quantité, et plutôt en accompagnement qu'en plat principal. Laissez les versions très relevées et épicées (kimchi fort) pour plus tard.

Le plus important : discutez de l'introduction de tout nouvel aliment fermenté avec votre médecin traitant, en particulier tant que la cure est en cours. Il existe des situations – par exemple un système immunitaire affaibli – où les cultures vivantes appellent une prudence accrue. Votre médecin connaît votre état et peut vous dire quand et quoi il vaut la peine d'essayer. Votre journal vous aide ici aussi : notez ce que vous avez mangé et comment vous l'avez toléré, afin de voir ce qui vous fait du bien.

🍽️ L'alimentation pendant ces journées

Le thème de ces trois journées est l'introduction prudente des aliments fermentés, et la tâche alimentaire concrète des trois jours porte exactement là-dessus : un seul aliment fermenté doux – quelques cuillerées de yaourt nature, non sucré – en très petite portion, en observant la tolérance (jour 34) ; sur la base de l'expérience de la veille, une augmentation prudente ou une gorgée de kéfir, ou un ralentissement si cela a provoqué des ballonnements (jour 35) ; et enfin un aliment fermenté végétal – une fourchetée de choucroute à cultures vivantes – en accompagnement (jour 36). Le principe directeur : une seule nouveauté à la fois, en petite portion, suivie dans le journal.

Le Calendrier des végétaux (Annexe F) recommande pour ces journées des légumes doux, cuits à la vapeur, et des légumes-feuilles : céleri-rave cuit (jour 34), épinards à la vapeur (jour 35) et blettes à la vapeur (jour 36) – ces journées tombent dans la phase « expansion progressive » (jours 31–50) du calendrier, où l'objectif est d'augmenter graduellement les légumes cuits à la vapeur et la diversité végétale. Ces sources apportent des fibres douces et fermentescibles ainsi que du folate ; les fibres sont le substrat des bactéries dégradant les fibres (vers les acides gras à chaîne courte, le butyrate), de sorte que les cultures vivantes des aliments fermentés et les fibres des légumes vapeur se complètent pour soutenir la diversité et la résilience de la flore en cours d'implantation.

Pourquoi est-ce important ?

Les aliments fermentés peuvent être de précieux alliés de votre flore en cours d'implantation : ils apportent des cultures vivantes et des substances bénéfiques dans votre intestin, sous forme naturelle, alimentaire. Au cours de ces journées, vous avez appris la différence la plus importante entre un aliment fermenté et une gélule de probiotique concentré, et que le secret d'une introduction judicieuse tient en ceci : une seule nouveauté à la fois, en petite portion, avec observation – le tout en concertation avec votre médecin traitant. Votre journal montre ce qui vous fait du bien en ce moment. Au cours des trois prochains jours, nous parlerons des protéines et de l'alimentation douce.

Références

[018] Suez J, Zmora N, Zilberman-Schapira G, Mor U, Dori-Bachash M et al. Post-Antibiotic Gut Mucosal Microbiome Reconstitution Is Impaired by Probiotics and Improved by Autologous FMT. Cell. 2018. Link

Étude chez l'homme et la souris portant sur le devenir du microbiome de la muqueuse intestinale après une cure d'antibiotiques. Trois voies ont été comparées : la récupération spontanée, un probiotique à 11 souches et la transplantation fécale autologue, c'est-à-dire la restitution de la flore propre congelée avant l'antibiotique. Le probiotique a colonisé la muqueuse mais a retardé le retour du microbiome indigène et de l'expression génique muqueuse de l'hôte, l'écart persistant durant des mois. La transplantation autologue a en revanche permis une récupération quasi complète en quelques jours. Conclusion : après une antibiothérapie, un probiotique n'est pas un complément neutre et peut ralentir le retour de la flore propre ; c'est un greffon microbiotique complet qui remplace la communauté manquante.

[034] Zmora N, Zilberman-Schapira G, Suez J, Mor U, Dori-Bachash M, Bashiardes S, Kotler E, Zur M, Regev-Lehavi D, Brik RB, Federici S, Cohen Y, Linevsky R, Rothschild D, Moor AE, Ben-Moshe S, Harmelin A, Itzkovitz S, Maharshak N, Shibolet O, Shapiro H, Pevsner-Fischer M, Sharon I, Halpern Z, Segal E, Elinav E. Personalized Gut Mucosal Colonization Resistance to Empiric Probiotics Is Associated with Unique Host and Microbiome Features. Cell. 2018. Link

Le pendant de Suez et collaborateurs (2018), qui montre que la colonisation de la muqueuse intestinale par les probiotiques dépend fortement de la personne : certains individus sont « permissifs », tandis que d'autres sont « résistants », et la prise orale de probiotiques a exercé un effet transitoire et variable d'un individu à l'autre sur la structure de la communauté muqueuse et sur le transcriptome intestinal. L'échantillonnage des selles à lui seul ne détecte pas cette variabilité – un échantillonnage direct de la muqueuse est nécessaire. Ce résultat mine l'usage empirique des probiotiques comme intervention générale. Il fournit en même temps la base conceptuelle de la thérapie de microbiote personnalisée et testée en compatibilité qu'opérationnalise FindBiome.

[063] Wastyk HC, Fragiadakis GK, Perelman D et al. Gut-microbiota-targeted diets modulate human immune status. Cell. 2021. Link

Essai prospectif randomisé de 17 semaines (n=18/bras) chez des adultes sains, comparant un régime riche en fibres à un régime riche en aliments fermentés, avec profilage multi-omique du microbiome et de l'immunité de l'hôte. Le régime riche en fibres a augmenté les CAZymes de dégradation des glycanes codées par le microbiome, malgré une diversité stable. Le régime riche en aliments fermentés a augmenté la diversité du microbiome et diminué plusieurs marqueurs inflammatoires. Ces résultats démontrent des effets microbiome–immunité spécifiques du régime et soutiennent les aliments fermentés comme modulateur puissant de l'axe intestin–immunité, favorisant la diversité.

[064] Marco ML, Heeney D, Binda S et al. Health benefits of fermented foods: microbiota and beyond. Curr Opin Biotechnol. 2017. Link

Revue des aliments fermentés, parmi les premiers produits alimentaires transformés consommés par l'homme (yaourt, lait fermenté, vin, bière, choucroute, kimchi, saucisse fermentée). D'abord appréciés pour leur durée de conservation et leurs qualités gustatives, les aliments fermentés sont aujourd'hui reconnus comme dotés de propriétés nutritionnelles et fonctionnelles renforcées, par transformation du substrat et formation de produits finaux bioactifs. De nombreux aliments fermentés contiennent des micro-organismes vivants aux effets potentiels sur la santé. La revue consolide les aliments fermentés comme catégorie alimentaire pertinente pour le microbiome.

[120] Marco ML, Sanders ME, Gänzle M, Arrieta MC, Cotter PD, De Vuyst L, Hill C, Holzapfel W, Lebeer S, Merenstein D, Reid G, Wolfe BE, Hutkins R. **. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2021. Link

Déclaration de consensus du panel d'experts de l'ISAPP. Le panel définit les aliments et boissons fermentés comme des **« aliments obtenus par croissance microbienne souhaitée et conversions enzymatiques des composants alimentaires »**. Cette définition vise explicitement à clarifier **ce qui est (et n'est pas) un aliment fermenté** — distinguant par exemple les légumes marinés au vinaigre (non fermentés) et les aliments fermentés qui, du fait d'un traitement thermique, ne contiennent plus de cultures vivantes. Le panel clarifie en outre la **différence entre aliment fermenté et probiotique** : les probiotiques apportent des souches définies aux effets santé documentés et à dose connue, ce qui n'est pas nécessairement le cas des aliments fermentés. La sécurité, les risques et les attributs nutritionnels sont également traités. Cette entrée est la source des affirmations conceptuelles du III.4.

[121] Savaiano DA, Hutkins RW. Yogurt, cultured fermented milk, and health: a systematic review. Nutr Rev. 2021. Link

Revue systématique qualitative selon PRISMA : 108 études issues de 1057 résumés examinés, publiées entre 1979 et 2017. Sur les 108, 76 rapportaient un résultat de santé favorable. Les auteurs concluent qu'**il existe une relation causale entre la consommation de yaourt et la digestion et la tolérance au lactose** — les cultures vivantes du yaourt facilitent la dégradation du lactose, de sorte que le yaourt est bien toléré même par des personnes qui ne tolèrent pas le lait. Des associations constantes avec plusieurs autres critères de santé ont également été trouvées. Important pour le manuel : cette entrée étaye la **tolérabilité du yaourt** — elle n'examine **PAS** si les ferments laitiers sont plus doux que les ferments végétaux (une telle comparaison n'existe pas).