III. 1. Soutenir la greffe

La FMT a mis le rétablissement en mouvement, mais la flore que vous avez reçue doit aussi trouver un foyer en vous. Au cours des trois prochains jours, vous apprenez ce qu'est la greffe et comment l'aider par de petites décisions quotidiennes, afin que les nouvelles bactéries restent vraiment.

Que signifie la greffe ?

Imaginez que la flore implantée est comme un jardin fraîchement semé que nous continuons d'ensemencer. Les graines ont été dispersées – c'était la cure de FMT – mais pour qu'elles germent et prennent racine, il leur faut la bonne terre, de l'eau et de la lumière. Il en va de même dans l'intestin : les bactéries bénéfiques^[G] que vous avez reçues ont besoin de nourriture et d'un environnement calme pour se multiplier et s'implanter durablement. Ce processus est ce que nous appelons la greffe^[G].

La différence entre un médicament et une préparation vivante devient palpable précisément ici. Un antalgique agit même si vous mangez une pizza et dormez peu ensuite. La flore intestinale vivante, au contraire, répond à votre manière de vivre – un changement d'alimentation déplace sa composition en moins de 24 heures (David 2014 [110]) : si vous la nourrissez et ne la perturbez pas, elle se renforce ; si vous l'affamez ou la bousculez de nouveau, elle a plus de mal à rester. La bonne nouvelle est que vous pouvez influencer cela vous-même, et avec des outils simples et quotidiens de surcroît.

La greffe n'est pas l'affaire d'un seul jour, mais un processus de semaines et de mois. Au cours des prochaines semaines, nous construirons progressivement les habitudes – fibres, variété végétale, aliments fermentés, repos – qui maintiennent ce jardin en vie. Nous ne voulons pas semer indéfiniment ; nous voulons prendre soin de la vie qui est maintenant plantée. Pour l'instant, nous commençons par les bases : par une hydratation consciente, par les premières fibres, et en ne perturbant pas la flore fraîchement arrivée.

La fenêtre protégée : c'est maintenant qu'il faut changer

La « fenêtre protégée » est une image, non un état physiologique – mais l’idée qui la sous-tend est simple. Tant que vous prenez la gélule quotidienne, la flore qui arrive est reconstituée jour après jour : une mauvaise journée, une portion de fibres oubliée ou une mauvaise nuit ne renversent pas l’équilibre, parce que la gélule le tient. Vous n’avez donc pas à tout faire à cent pour cent – et c’est précisément ce qui rend cette période propice à l’apprentissage tranquille des nouvelles habitudes.

Après les gélules, en revanche, ce soutien disparaît, et ce qui compte dès lors, c’est ce que vous avez construit entre-temps. N’attendez donc pas la fin de la cure : que les fibres quotidiennes, la variété des plantes et la soirée calme s’installent maintenant, sous protection – afin que, lorsque les gélules seront épuisées, ce soient les habitudes qui tiennent l’équilibre. La greffe n’est pas aléatoire non plus : les souches du donneur qui persistent sont celles qui trouvent où s’installer dans votre propre communauté (Smillie 2018 [108]) – et c’est votre alimentation qui façonne cet environnement.

Qu'est-ce qui aide et qu'est-ce qui gêne la greffe ?

L'aide la plus importante, c'est la nourriture. Les bactéries bénéfiques vivent avant tout des fibres^[G], que nous-mêmes ne pouvons pas digérer – mais elles, si. C'est pourquoi, dès ces jours-ci, nous commençons à introduire de petites sources de fibres dans les repas : une poignée de flocons d'avoine, quelques bouchées de légumes, une pomme. Vous n'avez pas besoin de passer à un régime drastique, seulement d'associer quelque chose d'origine végétale à chaque repas.

Le facteur gênant le plus important est précisément ce qui a tout déclenché : les antibiotiques. C'est pourquoi, pendant et après la cure, vous devez éviter tout antibiotique dont vous n'avez pas absolument besoin – et si, pour une raison quelconque, on vous en prescrit malgré tout un, informez-en toujours aussi le médecin traitant qui suit votre FMT. Sont également à éviter pendant la cure les préparations probiotiques du commerce, car elles peuvent bousculer l'équilibre en train de se former. Le calme compte lui aussi : un stress durable et un manque de sommeil agissent sur la composition de la flore intestinale et sur la barrière intestinale (Karl 2018 [109]; Bishehsari 2025 [105]), et c'est pourquoi, ces jours-ci, nous prêtons autant d'attention au repos qu'à l'alimentation.

🍽️ L'alimentation pendant ces jours

Pendant ces trois jours, le thème est le soutien de la greffe – et l'un des outils les plus importants pour cela est l'alimentation elle-même. Vos tâches : prendre la dose quotidienne selon la routine habituelle, boire beaucoup de liquide, ne pas commencer de votre propre initiative une cure d'antibiotiques ou de probiotiques, et associer à chaque repas quelque chose de doux et d'origine végétale – au jour 25 une première source de fibres, au jour 26 éviter les aliments sucrés et transformés en abondance, et au jour 27 apporter déjà une petite fibre à chacun de deux repas différents. Buvez toujours assez d'eau avec les fibres, pour faciliter la digestion ; si les ballonnements s'intensifient, réduisez un peu la quantité – ce n'est pas une course.

Pour ces jours, le Calendrier des plantes, dans la phase de fondation constipante, recommande des sources apportant des fibres solubles et de l'amidon résistant : au jour 25 la patate douce cuite (fibre soluble, douce), au jour 26 la gomme arabique (fibre d'acacia) (fibre soluble douce), et au jour 27 l'amidon résistant^[G] – riz ou pomme de terre cuits puis refroidis – qui est une excellente source de butyrate. Ces fibres nourrissent dans le côlon la flore en cours d'implantation et favorisent des selles plus fermes pendant que les symptômes s'apaisent. Intégrez la plante du jour à au moins un repas, préparée en douceur ; si vous ne tolérez pas bien l'une d'elles, réduisez sa portion et revenez-y plus tard.

Pourquoi est-ce important ?

La FMT ne fait que mettre le rétablissement en mouvement – le résultat durable se joue sur la capacité de la nouvelle flore à s'implanter en vous. Ces jours-ci, vous avez appris que vous pouvez y contribuer vous-même : vous nourrissez les bactéries bénéfiques avec un peu de fibres, et vous ne les perturbez pas avec des antibiotiques ou des probiotiques inutiles. Au cours des prochaines semaines, nous bâtirons encore, pas à pas, sur exactement cette fondation.

Références

[003] Reed AD, Theriot CM. Contribution of Inhibitory Metabolites and Competition for Nutrients to Colonization Resistance against Clostridioides difficile by Commensal Clostridium**. Microorganisms. 2021. Link

Cette revue examine comment les espèces commensales de *Clostridium* assurent la résistance à la colonisation par C. difficile. Les *Clostridia* commensaux transforment les acides biliaires primaires en acides biliaires secondaires qui inhibent la germination des spores et la croissance végétative de C. difficile. Ils produisent en outre des peptides antimicrobiens et des acides gras à chaîne courte qui inhibent directement C. difficile, et entrent en compétition pour des nutriments limitants tels que la proline, importante pour la croissance de C. difficile via la fermentation de Stickland. La perte des *Clostridia* commensaux après antibiothérapie à large spectre constitue une étape mécanistique clé vers la susceptibilité à la CDI. Les auteurs en concluent qu'il existe un besoin urgent de nouvelles thérapies contre la CDI ; la validation clinique des consortiums définis de *Clostridium* ne provient pas de cette revue, mais de l'essai de phase 2 de VE303 [56].

[010] Gregory AL, Pensinger DA, Hryckowian AJ. A short chain fatty acid-centric view of Clostridioides difficile pathogenesis. PLoS Pathog. 2021. Link

Cette revue synthétise le rôle des acides gras à chaîne courte (SCFA) dans la résistance à la colonisation par C. difficile. Le microbiome intestinal produit acétate, propionate et butyrate par fermentation des fibres ; ces SCFA maintiennent la fonction de barrière épithéliale, modulent l'immunité et signalent directement à C. difficile. Les auteurs proposent un modèle conceptuel dans lequel C. difficile perçoit les SCFA eux-mêmes comme un marqueur d'un environnement intestinal sain et compétitif et, en réponse, augmente la production de toxines afin de maintenir l'état dysbiotique qui lui est favorable. Les SCFA influencent la production de toxines et la compétition avec les commensaux. La revue soutient que cibler les voies des SCFA — par une intervention alimentaire, des probiotiques de nouvelle génération ou d'autres approches ciblées — offre une stratégie de précision, non antibiotique, contre la CDI, distincte à la fois des antibiotiques et de la transplantation fécale.

[014] Whelan K, Bancil AS, Lindsay JO, Chassaing B. Ultra-processed foods and food additives in gut health and disease. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology. 2024. Link

Revue critique sur les effets des aliments ultra-transformés (AUT) et de leurs additifs sur la santé intestinale. Le lien entre une alimentation riche en AUT et les maladies digestives — maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, cancer colorectal, syndrome de l'intestin irritable — repose surtout sur l'épidémiologie observationnelle, tandis que l'effet des additifs pris isolément (émulsifiants, édulcorants, colorants, micro- et nanoparticules) provient largement de travaux in vitro et animaux montrant un impact sur le microbiote, la perméabilité intestinale et l'inflammation. Les auteurs soulignent la rareté des études d'intervention chez l'humain : le sens de l'association est bien établi, l'ampleur de l'effet reste incertaine.

[033] Dethlefsen L, Relman DA. Incomplete recovery and individualized responses of the human distal gut microbiota to repeated antibiotic perturbation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2011. Link

Étude longitudinale menée à Stanford qui a suivi le microbiome intestinal de trois personnes pendant 10 mois, au fil de deux cures consécutives de ciprofloxacine, par séquençage profond de l'ARNr 16S. La perte de diversité bactérienne a été profonde et rapide, dans les 3–4 jours suivant le début de l'antibiotique ; le retour à l'état antérieur au traitement est souvent resté incomplet même des mois après l'arrêt de la cure. L'exposition répétée aux antibiotiques a engendré des déplacements croissants et non restaurables dans la composition de la communauté. Avec plus de 2000 citations, il s'agit de la référence classique qui établit que la dysbiose causée par les antibiotiques n'est pas un trouble qui se corrige de lui-même, mais qu'elle peut laisser une empreinte écologique durable – un point clé dans l'argumentation en faveur de la MTT chez les patients ayant des antécédents d'exposition cumulée aux antibiotiques.

[048] Weingarden A, González A, Vázquez-Baeza Y, Weiss S, Humphry G, Berg-Lyons D, Knights D, Unno T, Bobr A, Kang J, Khoruts A, Knight R, Sadowsky MJ. Dynamic changes in short- and long-term bacterial composition following fecal microbiota transplantation for recurrent Clostridium. difficile infection. Microbiome. 2015. Link

Caractérisation longitudinale du microbiome après la FMT de quatre patients atteints de CDI récidivante, avec un échantillonnage quotidien pendant 28 jours, puis hebdomadaire pendant les 84 jours suivant le traitement, soit au total 151 jours. Le microbiote des receveurs s'est rétabli rapidement, en quelques jours, d'un état nettement dysbiotique vers une composition située dans la fourchette saine. La composition a ensuite continué de changer, s'est écartée de l'implant initial du donneur et a fluctué de manière dynamique tant à court qu'à long terme – tout en restant en permanence dans la fourchette du microbiote sain. L'article étaye le cadre du présent guide selon lequel une MTT réussie crée un écosystème du receveur autonome, et non une empreinte permanente calquée sur le donneur.

[089] Bonomini-Gnutzmann R, Plaza-Díaz J, Jorquera-Aguilera C, Rodríguez-Rodríguez A, Rodríguez-Rodríguez F. Effect of Intensity and Duration of Exercise on Gut Microbiota in Humans: A Systematic Review. International journal of environmental research and public health. 2022. Link

L'intensité et la durée de l'exercice déterminent la composition du microbiote intestinal ; l'exercice modéré est favorable, tandis qu'une charge d'endurance extrême peut entraîner des modifications défavorables du microbiote — 13 études : exercice intense — augmentation de la perméabilité intestinale, élévation de l'I-FABP, dysbiose ; 7 études : exercice modéré — augmentation de la diversité microbienne et des métabolites SCFA ; chez les athlètes, davantage d'effets défavorables à haute intensité (IJERPH, 2022).

[098] Karmisholt Grosen A et al. Effects of clinical donor characteristics on the success of faecal microbiota transplantation for patients in Denmark with Clostridioides difficile infection: a single-centre, prospective cohort study. The Lancet Microbe. 2025. Link

Cohorte danoise prospective monocentrique : les caractéristiques cliniques du donneur — dont l'exposition aux antibiotiques dans les 12 mois précédant le don et la consistance des selles données — influent sur le succès de la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile ; l'usage d'antibiotiques par le donneur détériore les résultats, ce qui appuie un dépistage strict des donneurs.

[105] Bishehsari F, Post Z, Swanson GR, Keshavarzian A. Circadian Rhythms in Gastroenterology: The Biological Clock's Impact on Gut Health. Gastroenterology. 2025. Link

Revue sur le rôle du rythme circadien dans la fonction intestinale normale. L'horloge centrale de l'hypothalamus et les horloges périphériques des organes digestifs coordonnent la fonction gastro-intestinale avec les cycles environnementaux ; cette horloge est réglée par des signaux tels que la lumière, le **sommeil** et les horaires des repas. La perturbation du rythme — lumière nocturne, décalage horaire, travail posté, repas mal synchronisés, jet lag social — affecte directement la digestion, l'absorption, la **motilité**, la barrière intestinale, la fonction immunitaire et le **microbiome** lui-même. Important pour le manuel : l'article relie la perturbation du rythme à la motilité et au microbiome ; il n'affirme PAS que la privation de sommeil accélère à elle seule le transit intestinal.

[108] Smillie CS, Sauk J, Gevers D, Friedman J, Sung J, Youngster I, Hohmann EL, Staley C, Khoruts A, Sadowsky MJ, Allegretti JR, Smith MB, Xavier RJ, Alm EJ. Strain Tracking Reveals the Determinants of Bacterial Engraftment in the Human Gut Following Fecal Microbiota Transplantation. Cell Host Microbe. 2018. Link

Suivi au niveau des souches après FMT : les auteurs ont examiné ce qui détermine qu'une souche donnée du donneur s'implante chez le receveur. Le meilleur prédicteur est la **composition de la propre communauté du receveur** — une souche s'implante lorsqu'un parent est déjà présent ou lorsqu'une niche écologique est libre ; la richesse et l'abondance des souches du donneur comptent également. La greffe suit donc des règles écologiques et non le hasard, et elle est modifiable du côté du receveur. Important : l'article décrit des déterminants au niveau des souches ; il ne démontre pas par un ECR que la disponibilité en fibres soit un facteur modifiable.

[109] Karl JP, Hatch AM, Arcidiacono SM, Pearce SC, Pantoja-Feliciano IG, Doherty LA, Soares JW. Effects of Psychological, Environmental and Physical Stressors on the Gut Microbiota. Front Microbiol. 2018. Link

Revue sur la manière dont les facteurs de stress psychologiques, environnementaux et physiques affectent le microbiote intestinal. Les auteurs soutiennent que divers stresseurs — dont la privation de sommeil, la charge thermique, l'altitude et le stress psychologique — modifient la composition et la fonction du microbiote via l'axe intestin-cerveau et altèrent l'intégrité de la barrière intestinale. Important pour le manuel : il s'agit d'une **revue**, largement fondée sur des travaux animaux et des modèles humains de stress contrôlé ; elle n'affirme PAS que le stress ou le manque de sommeil dégrade la greffe FMT.

[110] David LA, Maurice CF, Carmody RN, Gootenberg DB, Button JE, Wolfe BE, Ling AV, Devlin AS, Varma Y, Fischbach MA, Biddinger SB, Dutton RJ, Turnbaugh PJ. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome. Nature. 2014. Link

Étude d'intervention humaine contrôlée : des volontaires ont suivi brièvement un régime exclusivement animal, puis exclusivement végétal. La composition et l'expression génique du microbiote intestinal ont changé **en moins de 24 heures** et sont largement revenues à l'état initial après l'arrêt du régime. Le régime animal a augmenté les organismes tolérants à la bile et diminué les souches fermentant les polysaccharides végétaux. C'est la preuve classique que la flore intestinale est un **système vivant qui réagit à notre mode de vie**, et non un état statique. Important : étude à court terme sur petit échantillon, hors population FMT et sans porter sur la greffe.