III. 3. La diversité végétale : les 30 de la semaine

Ce qui compte, ce n'est pas la quantité d'un même aliment, mais le nombre de plantes différentes que vous mangez au total. Au cours des trois prochains jours, vous découvrirez le principe des 30 plantes par semaine et commencerez à collectionner la diversité – le secret d'une flore intestinale variée et résiliente.

Pourquoi la diversité, et non la quantité ?

Imaginez votre flore intestinale comme une forêt. Une forêt où ne pousse qu'une seule espèce d'arbre est fragile : un seul ravageur peut la raser. Une forêt composée de nombreuses espèces d'arbres, d'arbustes et de champignons est en revanche résiliente – si un élément faiblit, les autres reprennent son rôle. Votre flore intestinale^[G] fonctionne exactement de la même manière : plus elle abrite de sortes de bactéries, plus il est difficile pour un pathogène, comme Clostridioides difficile^[G], de proliférer et de rompre l'équilibre.

Différentes espèces bactériennes aiment différents aliments. L'une préfère les fibres de la pomme, une autre celles des haricots, une troisième celles de l'oignon, une quatrième celles des baies. Si vous mangez toujours les mêmes quelques aliments – aussi sains soient-ils –, vous ne nourrissez que quelques espèces, tandis que les autres restent affamées. C'est pourquoi la question n'est pas la quantité d'un même aliment, mais le nombre de sortes que vous mangez au total.

C'est là qu'intervient le principe des 30 plantes par semaine : l'objectif est de consommer au moins trente sortes de plantes différentes en une semaine. Ce n'est pas un simple chiffre rond : dans l'étude American Gut, forte de dizaines de milliers de participants, les personnes consommant plus de 30 sortes de plantes par semaine présentaient la flore intestinale la plus diversifiée, contre celles qui en consommaient moins de dix (McDonald D 2018 [083]). Cela paraît beaucoup au premier abord, mais c'est plus facile qu'on ne le croit : cela inclut les légumes, les fruits, les céréales complètes, les légumineuses, les graines, les fruits à coque – et même les herbes et les épices. Une soupe contenant cinq sortes de légumes, c'est déjà cinq marques sur la liste.

Comment collectionner vos 30 de la semaine ?

La meilleure approche est de traiter cela comme un jeu, non comme une corvée. Faites une liste simple – sur papier ou sur votre téléphone – et, au fil de la semaine, tracez un trait pour chaque nouvelle plante que vous mangez. Une pomme, une poignée de flocons d'avoine, un bouquet de persil, quelques noix : chacun est une marque distincte. Le comptage lui-même est motivant, et vous remarquerez à quel point il est facile d'élargir la liste par de petits changements.

Le secret de l'élargissement réside dans de petits changements et ajouts. Mettez quatre légumes dans la soupe au lieu des deux habituels. Parsemez quelques graines sur vos flocons d'avoine du matin. À côté de votre pomme habituelle, choisissez parfois une poire, quelques baies, une banane. Assaisonnez vos plats d'herbes fraîches ou séchées – elles comptent aussi. Aucun jour ne vous demande de faire beaucoup ; et pourtant, en fin de semaine, la liste sera étonnamment longue.

Gardez à l'esprit ce que vous avez appris sur les fibres : construisez la diversité elle aussi progressivement et en douceur. Si une nouvelle plante provoque des ballonnements, prenez-en une portion plus petite, ou cuite ou à la vapeur. L'objectif n'est pas de déverser trente nouveaux aliments dans votre intestin en une seule journée, mais que votre assiette devienne plus colorée lentement et agréablement au fil de la semaine. C'est cette variété qui rend votre flore résiliente sur le long terme.

Le pouvoir de la couleur : les polyphénols

Il y a une raison particulière de viser des plantes colorées en particulier. La couleur vive des plantes – le bleu profond des baies, le rouge de la grenade, le brun du cacao – provient en grande partie de composés naturels que nous appelons polyphénols^[G]. Ce ne sont pas de simples colorants : la plupart ne sont pas absorbés dans l'intestin grêle mais parviennent dans le côlon, où les bactéries les transforment – et où ils façonnent à leur tour la composition de la flore à la manière d'un prébiotique (Cardona et al., 2013 [115]). Ils exercent aussi un effet anti-inflammatoire – c'est-à-dire qu'ils peuvent aider à apaiser l'inflammation qu'une infection prolongée laisse derrière elle.

Vous n'avez pas besoin d'acheter ni de compter les polyphénols séparément – ils sont simplement présents dans les aliments colorés les plus savoureux. Les sources quantitativement les plus riches sont : les baies (myrtille, cassis, aronia), le cacao et le chocolat noir à au moins 70 % en petites portions, le thé vert et le café – le vin rouge figure lui aussi sur la liste des sources les plus riches, mais l’alcool est à éviter pendant la cure (Manach et al., 2004 [116]). Les polyphénols de l’huile d’olive vierge extra et de la grenade sont précieux en eux-mêmes pour la flore intestinale, mais ils ne comptent pas quantitativement parmi les sources les plus riches (Dueñas et al., 2015 [525]). Lorsque vous ajoutez une poignée de myrtilles ou une tasse de thé vert à vos 30 de la semaine, vous ne tracez pas seulement une marque de plus sur la liste – vous nourrissez aussi votre flore avec ces composés protecteurs. La règle est donc simple : plus l'assiette est colorée, plus il y a de polyphénols.

Si vous souhaitez être guidé, le Calendrier des plantes du livre (Annexe F) propose une source végétale précise pour chaque jour à partir du jour 15 – au début, des sources de fibres solubles qui favorisent des selles plus fermes, puis une sélection de plus en plus large, afin que l'atteinte des 30 de la semaine devienne facile. Des descriptions détaillées de chaque plante et de leurs effets sur le microbiome figurent dans la publication sœur Food Sources, qui s'enrichit continuellement.

🍽️ L'alimentation pendant ces jours

Le thème de ces trois jours est la diversité végétale elle-même, et l'alimentation en est le terrain d'exercice : la tâche concrète sur les trois jours est de commencer une liste de vos aliments végétaux (jour 31), de l'élargir par de petits changements – des légumes en plus dans la soupe, des graines sur les flocons d'avoine, un fruit différent, une épice, une poignée de baies ou une tasse de thé vert (jour 32), puis de compter et de planifier où la liste peut être complétée d'ici la fin de la semaine (jour 33). Chaque repas est une occasion d'amener une espèce végétale de plus dans l'assiette – c'est exactement le mouvement quotidien du principe des 30 de la semaine.

Le Calendrier des plantes (Annexe F) donne des sources précises pour ces jours : des graines de chia trempées pour le jour 31, des graines de lin moulues pour le jour 32, de la betterave cuite pour le jour 33. Ces jours relèvent de la phase d'« élargissement progressif » (jours 31–50) du calendrier, dans laquelle nous élargissons le cercle vers les légumes vapeur, les graines trempées et les sources de polyphénols. Le chia et le lin apportent des fibres solubles (le lin apporte aussi des oméga-3), et la betterave cuite apporte des fibres de légume-racine et des polyphénols – ensemble, ils augmentent la diversité végétale et l'apport en fibres fermentescibles, qui est un substrat pour les bactéries dégradant les fibres et, par leur intermédiaire, conduit à la formation d'une plus grande quantité d'acides gras à chaîne courte, dont le butyrate ; celui-ci nourrit la muqueuse intestinale, et la diversité renforce la résilience de la flore.

Pourquoi est-ce important ?

Une flore variée est une flore résiliente – et la source la plus simple de variété, c'est un grand nombre de sortes de plantes dans votre alimentation. Ces jours-ci, vous avez appris que ce n'est pas la quantité mais la variété qui compte, et vous avez commencé à collectionner vos 30 de la semaine par de petits changements, de façon ludique. Cette variété est l'une de vos meilleures protections contre la rechute, car plus vous nourrissez de sortes de bonnes bactéries, moins il reste de place pour le pathogène. Au cours des trois prochains jours, nous sortirons un autre outil puissant : les aliments fermentés.

Références

[003] Reed AD, Theriot CM. Contribution of Inhibitory Metabolites and Competition for Nutrients to Colonization Resistance against Clostridioides difficile by Commensal Clostridium**. Microorganisms. 2021. Link

Cette revue examine comment les espèces commensales de *Clostridium* assurent la résistance à la colonisation par C. difficile. Les *Clostridia* commensaux transforment les acides biliaires primaires en acides biliaires secondaires qui inhibent la germination des spores et la croissance végétative de C. difficile. Ils produisent en outre des peptides antimicrobiens et des acides gras à chaîne courte qui inhibent directement C. difficile, et entrent en compétition pour des nutriments limitants tels que la proline, importante pour la croissance de C. difficile via la fermentation de Stickland. La perte des *Clostridia* commensaux après antibiothérapie à large spectre constitue une étape mécanistique clé vers la susceptibilité à la CDI. Les auteurs en concluent qu'il existe un besoin urgent de nouvelles thérapies contre la CDI ; la validation clinique des consortiums définis de *Clostridium* ne provient pas de cette revue, mais de l'essai de phase 2 de VE303 [56].

[080] Sonnenburg ED, Smits SA, Tikhonov M, Higginbottom SK, Wingreen NS, Sonnenburg JL. Diet-induced extinctions in the gut microbiota compound over generations. . 2016. Link

Chez des souris soumises à un régime pauvre en glucides accessibles au microbiote (fibres), la diversité du microbiote intestinal a diminué et cet effet s'est cumulé au fil des générations : sur quatre générations, le régime pauvre en fibres a conduit à des extinctions cumulatives de taxons qui n'étaient plus réversibles par la réintroduction de fibres alimentaires.

[083] McDonald D, Hyde E, Debelius JW et al. American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems. 2018. Link

L'American Gut Project a comparé plus de 10 000 échantillons de selles de citoyens-scientifiques des États-Unis, du Royaume-Uni et d'Australie à des échantillons environnementaux, selon les protocoles standardisés de l'Earth Microbiome Project. Les microbiotes fécaux humains présentaient une diversité bêta étonnamment large par rapport aux échantillons environnementaux. L'intégration ouverte des données a permis la découverte de nouvelles molécules et d'associations métabolomiques non ciblées avec la diversité de la consommation végétale (prédicteur plus fort que des variables catégorielles réductrices comme le véganisme). Ce travail démontre la faisabilité d'échantillons de microbiote auto-prélevés et envoyés par courrier pour reproduire des associations connues et en révéler de nouvelles, incluant des liens avec les maladies psychiatriques et des perturbations individuelles telles qu'une intervention chirurgicale.

[114] Lozupone CA, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota. Nature. 2012. Link

Revue sur la diversité, la stabilité et la résilience du microbiote intestinal humain. En appliquant des concepts écologiques à l'intestin, les auteurs soutiennent que la **richesse et l'équitabilité spécifiques** sont des indicateurs clés de la capacité d'une communauté à résister aux perturbations : la redondance fonctionnelle d'une communauté diversifiée fait que la perte d'un seul taxon est moins déstabilisante. Ils discutent la notion de dysbiose et l'association des états de faible diversité à plusieurs maladies. Important : il s'agit d'une **revue** offrant un cadre écologique ; elle ne traite pas la CDI séparément et n'apporte pas de preuve causale.

[115] Cardona F, Andrés-Lacueva C, Tulipani S, Tinahones FJ, Queipo-Ortuño MI. Benefits of polyphenols on gut microbiota and implications in human health. J Nutr Biochem. 2013. Link

Revue sur la relation **bidirectionnelle** entre les polyphénols et le microbiote intestinal. La majorité des polyphénols alimentaires ne sont pas absorbés dans l'intestin grêle mais **atteignent le côlon**, où le microbiote les métabolise — les métabolites produits sont souvent biologiquement plus actifs que les composés d'origine. Inversement, les polyphénols et leurs dérivés modifient la composition du microbiote de façon **proche d'un prébiotique** : ils peuvent favoriser les groupes Bifidobacterium et Lactobacillus et freiner certains pathogènes potentiels. Les auteurs discutent aussi d'effets anti-inflammatoires et métaboliques. Important : il s'agit d'une **revue**, reposant largement sur des données in vitro et de petits échantillons humains.

[116] Manach C, Scalbert A, Morand C, Rémésy C, Jiménez L. Polyphenols: food sources and bioavailability. Am J Clin Nutr. 2004. Link

L'inventaire canonique des sources alimentaires de polyphénols et de leur biodisponibilité. Il recense la teneur en polyphénols de plusieurs centaines d'aliments et identifie les **sources les plus riches** : baies, cacao/chocolat noir, thé (dont le thé vert), café, vin rouge, huile d'olive et certains fruits (dont la grenade). Il montre que la relation entre apport et concentration plasmatique varie fortement selon la classe de composés — le polyphénol le plus consommé n'est pas nécessairement celui qui atteint la concentration active la plus élevée. Important : il s'agit d'une **revue de science de la nutrition** ; les effets sur le microbiote ne font pas l'objet de cet article (voir ref-115).

[117] Chung WSF, Walker AW, Louis P, Parkhill J, Vermeiren J, Bosscher D, Duncan SH, Flint HJ. Modulation of the human gut microbiota by dietary fibres occurs at the species level. BMC Biol. 2016. Link

Deux polysaccharides non digestibles de structures différentes — **inuline et pectine** — ont été fournis comme sources d'énergie dans un système de fermentation contrôlée ensemencé de microbiote fécal humain. Les deux fibres ont favorisé des **espèces bactériennes différentes** : la pectine a fortement stimulé *Eubacterium eligens*, l'inuline d'autres groupes. Les auteurs concluent que l'effet des glucides non digestibles s'exerce au **niveau de l'espèce**, et pas seulement à des rangs taxonomiques supérieurs. Cette entrée est la source de l'affirmation du III.3 selon laquelle des sources de fibres de structure glucidique différente sélectionnent des populations bactériennes différentes. Important : système de fermentation contrôlée avec microbiote humain, et non essai d'intervention alimentaire chez des patients.

[118] Deehan EC, Yang C, Perez-Muñoz ME, Nguyen NK, Cheng CC, Triador L, Zhang Z, Bakal JA, Walter J. Precision Microbiome Modulation with Discrete Dietary Fiber Structures Directs Short-Chain Fatty Acid Production. Cell Host Microbe. 2020. Link

Essai humain randomisé contrôlé fournissant des fibres structurellement **différentes à base d'amidon de maïs**. Les différentes structures de fibres ont façonné différemment la composition du microbiote et le **profil des acides gras à chaîne courte** produits — en particulier la quantité de butyrate. L'ampleur de la réponse dépendait aussi de la composition initiale du microbiote (réponse individualisée). Les auteurs parlent de *modulation de précision du microbiome* : le choix de la structure de la fibre permet d'orienter le résultat de la fermentation. Cette entrée est la source de l'affirmation du III.3 selon laquelle la variété soutient un répertoire fonctionnel plus large. Important : adultes en bonne santé, hors population FMT ou CDI.

[525] Dueñas M, Muñoz-González I, Cueva C et al. A survey of modulation of gut microbiota by dietary polyphenols. Biomed Res Int. 2015. Link

Revue de la modulation du microbiote intestinal par les polyphénols, organisée selon le type de dispositif expérimental : cultures en batch, simulateurs gastro-intestinaux, modèles animaux et études d'intervention chez l'homme. Les données convergent vers des déplacements constants, induits par les polyphénols, en faveur de taxons bénéfiques (Bifidobacterium, Lactobacillus) ainsi que vers une génération, dépendante du microbiote, de métabolites polyphénoliques bioactifs. La revue fournit une synthèse structurée du domaine polyphénols–microbiote à l'appui de la recherche translationnelle et des recommandations alimentaires.