III. 11. Ce qu'il faut éviter : antibiotiques, IPP, aliments ultra-transformés

Parfois, le plus important est ce que nous NE faisons PAS. Les antibiotiques inutiles, les antiacides superflus et les aliments ultra-transformés sapent tous la flore intestinale fraîchement implantée. Ce chapitre vous apprend à reconnaître et à éviter les trois principaux pièges.

Les antibiotiques – le plus grand risque

Les antibiotiques sont le déclencheur le plus important de l'infection à C. difficile. La logique est simple : un antibiotique ne fait pas de distinction, il détruit en même temps les bactéries pathogènes et les bactéries bénéfiques. Lorsque la flore intestinale protectrice est éclaircie, C. difficile dispose d'un espace libre pour proliférer. C'est précisément ce processus qui a créé votre infection initiale, et c'est précisément lui qui peut aussi déclencher une rechute – surtout maintenant, alors que la flore transplantée est encore en train de prendre racine.

Cela ne signifie pas que vous ne pourrez plus jamais prendre d'antibiotiques. Il y aura des situations – une infection bactérienne sévère – où ils sont réellement nécessaires. L'objectif est que vous ne receviez pas d'antibiotiques inutilement : pour un rhume ou une grippe d'origine virale, par exemple, ils ne servent à rien, car il ne s'agit pas de bactéries. Si un médecin, quel qu'il soit, veut vous prescrire un antibiotique, mentionnez toujours que vous avez traversé une infection à C. difficile et que vous suivez une cure de FMT – c'est une information importante qui peut influencer la décision et le choix du type d'agent.

Concernant la cure DiffBiome : si vous avez besoin d'un antibiotique pour une raison quelconque, la règle de base est que l'antibiotique doit être terminé au moins 48 heures avant le début de DiffBiome, faute de quoi l'antibiotique détruirait aussi la flore fraîchement administrée. Coordonnez toujours cela avec votre médecin traitant.

L'antiacide (IPP) – le risque silencieux

L'inhibiteur de la pompe à protons – IPP en abrégé – est le médicament antiacide le plus courant (leur nom se termine souvent par « -prazole » : oméprazole, pantoprazole et apparentés). Beaucoup de personnes en prennent pour des brûlures d'estomac ou un reflux, parfois pendant des années, sans réexaminer s'ils sont encore réellement nécessaires.

Pourquoi cela importe-t-il pour C. difficile ? L'acidité gastrique est l'une des lignes de défense naturelles de votre corps : elle détruit la plupart des pathogènes avalés avant qu'ils n'atteignent l'intestin. Si vous supprimez durablement la production d'acide, cette ligne de défense s'affaiblit, et des bactéries indésirables peuvent s'installer plus facilement – des recherches ont associé l'usage prolongé d'IPP à un risque accru de C. difficile.

Le message important : n'arrêtez jamais ce médicament de votre propre initiative, car certaines personnes en ont réellement besoin (par exemple en cas d'ulcère ou de reflux sévère). Mais il vaut la peine d'en discuter avec votre médecin traitant : la prise est-elle encore réellement justifiée, la dose pourrait-elle être réduite, ou pourrait-elle être remplacée par des mesures de mode de vie ? Il apparaît souvent qu'un antiacide instauré il y a longtemps n'est plus nécessaire.

Les aliments ultra-transformés – le risque du quotidien

Le troisième piège se trouve dans l'alimentation. Les aliments ultra-transformés^[G] sont ces produits fortement transformés par l'industrie qui contiennent de nombreux additifs, des émulsifiants^[G], du sucre raffiné et peu de fibres – pensez aux friandises emballées, aux boissons sucrées, à la restauration rapide, aux nombreux en-cas aux emballages colorés. Ils apportent exactement l'inverse de ce dont votre flore intestinale en cours d'implantation a besoin.

Votre flore intestinale, en effet, vit de fibres et de matière végétale variée. Les aliments ultra-transformés, au contraire, sont pauvres en fibres et, en revanche, pleins d'additifs (certains émulsifiants, par exemple) qui, selon les recherches, peuvent perturber la couche protectrice de la muqueuse intestinale et l'équilibre de la flore. Si ces produits dominent votre alimentation, les bactéries bénéfiques sont affamées, tandis que des substances qui pèsent sur la flore atteignent l'intestin en abondance.

Vous n'avez pas à viser la perfection, et vous n'avez pas à tout changer d'un coup. L'objectif est de déplacer l'équilibre : le plus possible d'aliments naturels, peu transformés dans votre assiette – légumes, fruits, légumineuses, céréales complètes et, dans la mesure où vos symptômes le permettent, progressivement plus de fibres – et le moins possible de produits emballés et ultra-transformés. (La construction détaillée de l'alimentation est traitée dans un chapitre distinct ; ici, il s'agit d'évitement.) Si votre intestin est sensible, introduisez les aliments fermentescibles et riches en fibres étape par étape, en surveillant vos symptômes – dans certains cas, une approche temporaire et plus douce (tenant compte des FODMAP^[G]) peut également aider ; discutez-en avec votre médecin traitant.

L'hygiène bucco-dentaire – le lien souvent oublié

Peu d'entre nous penseraient que notre bouche a quoi que ce soit à voir avec notre flore intestinale – or la cavité buccale est la première station du microbiome de l'organisme, et ce qui s'y passe compte aussi plus bas. Les bactéries qui vivent dans la bouche atteignent continuellement l'intestin par la déglutition ; si la flore buccale s'effondre (p. ex. une gingivite non traitée, une parodontite), des bactéries persistantes et pro-inflammatoires peuvent passer de là dans l'intestin, ce qui peut aussi peser sur l'équilibre de la flore intestinale. La bonne nouvelle est qu'il s'agit exactement du type de domaine que vous pouvez tenir en main avec des habitudes quotidiennes simples.

Le principe n'est pas compliqué : un brossage des dents régulier, deux fois par jour, un nettoyage entre les dents (fil dentaire ou brossette interdentaire), et – ce que beaucoup omettent – un nettoyage doux de la langue, car la plaque et les bactéries se déposent aussi sur le fond de la langue. Il vaut également la peine de maintenir des contrôles dentaires réguliers, car une maladie gingivale et parodontale non traitée est une source d'inflammation qui persiste silencieusement.

Une mise en garde : n'utilisez les bains de bouche antiseptiques puissants (bactéricides) qu'avec modération, et non comme une routine quotidienne permanente, sauf si votre dentiste le recommande spécifiquement. Eux non plus ne font pas de distinction – ils éliminent également les bactéries bénéfiques de la bouche – de sorte que leur usage permanent et injustifié peut en réalité réduire la diversité^[G] de la flore buccale. La base quotidienne est le nettoyage mécanique (brosse, fil dentaire) ; le bain de bouche n'est qu'un complément, tout au plus.

Revue des médicaments – passez en revue ce que vous prenez, avec votre médecin

Au-delà de l'IPP, il vaut la peine de passer en revue de temps à autre vos médicaments au long cours avec votre médecin. Beaucoup de personnes prennent depuis des années des produits instaurés pour un trouble ancien, et depuis, personne ne s'est demandé s'ils sont encore nécessaires. La période qui suit une CDI est une bonne occasion pour un tel « inventaire médicamenteux ».

Prêtez une attention particulière à deux groupes. Le premier est l'antiacide (IPP), évoqué plus haut. Le second est celui des antibiotiques inutiles ou répétés : si vous recevez fréquemment des antibiotiques « par sécurité », chaque fois cela éclaircit de nouveau votre flore intestinale protectrice. Outre ceux-ci, les agents qui ralentissent la motricité intestinale ou assèchent la bouche et l'intestin (certains antispasmodiques, médicaments anticholinergiques) peuvent aussi influer sur la flore et les symptômes.

La règle est ici la même que pour l'IPP : n'arrêtez et ne modifiez jamais un médicament de votre propre initiative. Votre tâche est de dresser la liste de ce que vous prenez et de poser la question : « chacun est-il encore justifié ? » – la mise en balance et la décision reviennent à votre médecin traitant. C'est souvent précisément une telle revue qui révèle que quelque chose n'est plus nécessaire, ou qu'il existe une alternative plus douce pour l'intestin.

🍽️ L'alimentation pendant ces journées

Le thème de ces trois journées est ce qu'il vaut la peine d'éviter, et l'un de ses piliers est précisément l'alimentation : la tâche concrète du jour 57 consiste à examiner la quantité d'aliments ultra-transformés présents chez vous et à commencer à déplacer l'équilibre – remplacez au moins un de ces produits par une alternative naturelle (de l'eau au lieu d'un soda, un fruit au lieu de chips), et introduisez progressivement les fibres et les aliments fermentescibles, en surveillant vos symptômes. Les deux autres journées (vigilance antibiotique – jour 55 ; revue de la liste des médicaments – jour 56) soutiennent l'alimentation indirectement : moins il y a de substances qui pèsent sur la flore, mieux une alimentation nourrissante est mise à profit.

Pour ces journées, le Calendrier des végétaux (Annexe F) recommande le brocoli vapeur (jour 55), le chou-fleur vapeur (jour 56) et le chou kale (jour 57) – trois crucifères, cuits à la vapeur, préparés en douceur. Ces journées tombent dans la phase « diversité / fibres fermentescibles » (jours 51–70) du calendrier, où l'objectif est la construction active de la diversité du microbiome. Les fibres fermentescibles des crucifères sont le substrat des bactéries dégradant les fibres, à partir desquelles se forment les acides gras à chaîne courte^[G], dont le butyrate^[G], qui nourrissent la muqueuse intestinale – exactement l'inverse de ce qu'apporte une alimentation pauvre en fibres et ultra-transformée. Ces végétaux naturels et peu transformés sont ainsi des exemples pratiques du déplacement d'équilibre dont traite ce chapitre ; en cas d'intestin sensible, introduisez-les eux aussi progressivement, à la vapeur, en surveillant vos symptômes.

Pourquoi est-ce important ?

Les trois principaux déclencheurs quotidiens de rechute – des antibiotiques inutiles, un IPP superflu et une alimentation ultra-transformée – entretiennent ou redéclenchent tous l'effondrement de la flore intestinale, exactement au moment où votre nouvelle flore devrait prendre racine. Les éviter est en grande partie une affaire de vigilance et de quelques règles du quotidien – toujours en collaboration avec votre médecin.

Références

[003] Reed AD, Theriot CM. Contribution of Inhibitory Metabolites and Competition for Nutrients to Colonization Resistance against Clostridioides difficile by Commensal Clostridium**. Microorganisms. 2021. Link

Cette revue examine comment les espèces commensales de *Clostridium* assurent la résistance à la colonisation par C. difficile. Les *Clostridia* commensaux transforment les acides biliaires primaires en acides biliaires secondaires qui inhibent la germination des spores et la croissance végétative de C. difficile. Ils produisent en outre des peptides antimicrobiens et des acides gras à chaîne courte qui inhibent directement C. difficile, et entrent en compétition pour des nutriments limitants tels que la proline, importante pour la croissance de C. difficile via la fermentation de Stickland. La perte des *Clostridia* commensaux après antibiothérapie à large spectre constitue une étape mécanistique clé vers la susceptibilité à la CDI. Les auteurs en concluent qu'il existe un besoin urgent de nouvelles thérapies contre la CDI ; la validation clinique des consortiums définis de *Clostridium* ne provient pas de cette revue, mais de l'essai de phase 2 de VE303 [56].

[012] Imhann F, Bonder MJ, Vich Vila A et al. Proton pump inhibitors affect the gut microbiome. Gut. 2016. Link

L'article d'Imhann et collaborateurs paru dans Gut en 2016 rapporte que l'usage d'inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) modifie significativement le microbiote intestinal humain. En combinant trois cohortes populationnelles (>1800 individus) avec séquençage 16S rRNA, les auteurs montrent que les utilisateurs d'IPP présentent une diversité microbienne diminuée et des modifications cohérentes de 20 % des taxons bactériens : augmentation des bactéries de la cavité buccale (Streptococcaceae, Enterococcaceae), des Enterobacteriaceae et de *Clostridium* difficile, parallèlement à une diminution de commensaux tels que Ruminococcaceae et Bifidobacteriaceae. Ces modifications expliquent mécanistiquement les associations épidémiologiques entre usage d'IPP et CDI, infections entériques, encéphalopathie hépatique et SIBO. Ce travail plaide pour une prescription prudente des IPP et des démarches de déprescription.

[033] Dethlefsen L, Relman DA. Incomplete recovery and individualized responses of the human distal gut microbiota to repeated antibiotic perturbation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2011. Link

Étude longitudinale menée à Stanford qui a suivi le microbiome intestinal de trois personnes pendant 10 mois, au fil de deux cures consécutives de ciprofloxacine, par séquençage profond de l'ARNr 16S. La perte de diversité bactérienne a été profonde et rapide, dans les 3–4 jours suivant le début de l'antibiotique ; le retour à l'état antérieur au traitement est souvent resté incomplet même des mois après l'arrêt de la cure. L'exposition répétée aux antibiotiques a engendré des déplacements croissants et non restaurables dans la composition de la communauté. Avec plus de 2000 citations, il s'agit de la référence classique qui établit que la dysbiose causée par les antibiotiques n'est pas un trouble qui se corrige de lui-même, mais qu'elle peut laisser une empreinte écologique durable – un point clé dans l'argumentation en faveur de la MTT chez les patients ayant des antécédents d'exposition cumulée aux antibiotiques.

[036] Chassaing B, Koren O, Goodrich JK, Poole AC, Srinivasan S, Ley RE, Gewirtz AT. Dietary emulsifiers impact the mouse gut microbiota promoting colitis and metabolic syndrome. Nature. 2015. Link

Article de référence paru dans Nature qui montre que deux émulsifiants alimentaires omniprésents – la carboxyméthylcellulose (CMC, E466) et le polysorbate 80 (P80, E433) – ont déclenché, même à des concentrations relativement faibles, une inflammation intestinale de bas grade et ont modifié la composition du microbiote chez des souris de type sauvage. Les auteurs notent eux-mêmes que l'ampleur de la consommation humaine d'émulsifiants n'est pas suivie, mais que, compte tenu de la généralisation des émulsifiants dans l'industrie alimentaire, l'exposition humaine réelle peut dépasser le niveau de 1,0 % utilisé dans l'expérience. Chez des souris prédisposées à la colite, ces mêmes composés ont induit une colite manifeste. Selon les auteurs, l'exposition aux émulsifiants contribue à l'essor des MICI et des maladies métaboliques postérieur à 1950. Une rectification est associée à cette publication (Corrigendum : *Nature* 2016;536(7615):238). C'est la preuve centrale de l'argumentation de la section VIII. 3. sur la production industrielle d'aliments comme voie d'entrée chronique de la dysbiose.

[037] Chassaing B, Van de Wiele T, De Bodt J, Marzorati M, Gewirtz AT. Dietary emulsifiers directly alter human microbiota composition and gene expression ex vivo potentiating intestinal inflammation. Gut. 2017. Link

La suite de Chassaing 2015, qui étend les résultats des expériences chez la souris à un modèle de microbiote humain (le système ex vivo M-SHIME). Les deux émulsifiants ont accru le potentiel pro-inflammatoire du microbiote, ce qui s'est manifesté par une élévation du taux de flagelline ; la composition de la communauté n'a toutefois été modifiée que par le P80, l'effet de la CMC passant par l'expression génique du microbiote. L'élévation du taux de lipopolysaccharide n'est apparue qu'avec le P80, à des doses plus élevées. L'injection de la suspension du microbiote traité aux émulsifiants à des souris immunodéficientes (RAG−/−) a entraîné une augmentation significative du taux sérique d'IL-6. L'étude confirme que les résultats obtenus chez la souris sont transposables à l'écologie intestinale humaine et étaye l'argument selon lequel la réforme alimentaire est un élément clinique, et non esthétique, de la phase d'entretien.

[062] Hamer HM, Jonkers D, Venema K, Vanhoutvin S, Troost FJ, Brummer RJ. The role of butyrate on colonic function. Aliment Pharmacol Ther. 2008. Link

Revue narrative résumant la bioactivité du butyrate — un SCFA produit par la fermentation microbienne colique des fibres alimentaires — et ses mécanismes d'action sur la fonction colique humaine. Le butyrate est la principale source d'énergie des colonocytes et module l'inflammation, la carcinogenèse, l'intégrité de la barrière muqueuse, le stress oxydatif, la perméabilité et la satiété. La revue consolide les données faisant du butyrate un effecteur central de l'homéostasie colique et une cible des interventions alimentaires dans les maladies coliques.

[068] Desai MS, Seekatz AM, Koropatkin NM et al. A dietary fiber-deprived gut microbiota degrades the colonic mucus barrier and enhances pathogen susceptibility. Cell. 2016. Link

Chez des souris gnotobiotiques colonisées par un microbiote intestinal humain synthétique, une carence chronique ou intermittente en fibres alimentaires a conduit le microbiote à utiliser les glycoprotéines du mucus sécrété par l'hôte comme source de nutriments, érodant la barrière de mucus colique. L'association d'une privation de fibres et d'un microbiote éroseur de mucus a permis un accès accru à l'épithélium et une colite létale due au pathogène muqueux Citrobacter rodentium. Ces résultats relient alimentation, microbiome et dysfonction de la barrière intestinale et identifient les fibres alimentaires comme un facteur clé de protection de la barrière, exploitable à des fins thérapeutiques.

[077] Atarashi K, Suda W, Luo C et al. Ectopic colonization of oral bacteria in the intestine drives TH1 cell induction and inflammation. Science. 2017. Link

Cette étude gnotobiotique a montré que des souches salivaires de Klebsiella, lorsqu'elles colonisent l'intestin, sont de puissants inducteurs de lymphocytes T auxiliaires de type 1 (TH1). Ces souches de Klebsiella résistantes aux antibiotiques colonisent l'intestin lorsque le microbiote intestinal est dysbiotique et provoquent une inflammation intestinale sévère chez des hôtes génétiquement susceptibles. Ces résultats établissent la cavité buccale comme réservoir de pathobiontes intestinaux potentiels susceptibles d'aggraver des maladies telles que les IBD lorsqu'ils colonisent l'intestin de façon ectopique.

[078] Kapil V, Haydar SM, Pearl V, Lundberg JO, Weitzberg E, Ahluwalia A. Physiological role for nitrate-reducing oral bacteria in blood pressure control. Free Radic Biol Med. 2013. Link

Cette étude randomisée en cross-over menée chez 19 volontaires sains a testé si la suppression des bactéries buccales réduisant le nitrate par un bain de bouche antiseptique à la chlorhexidine affecte les taux systémiques de nitrite et la pression artérielle. La pression artérielle (au cabinet, à domicile, ambulatoire sur 24 heures) a été mesurée durant une période contrôle de 7 jours et une période de traitement par chlorhexidine de 7 jours. L'usage du bain de bouche a supprimé la flore buccale réductrice de nitrate, réduit le nitrite systémique et augmenté significativement la pression artérielle. Ces résultats démontrent que le microbiote buccal contribue activement à la régulation systémique de la pression artérielle via la voie entéro-salivaire nitrate–nitrite–NO.

[085] Targownik LE, Fisher DA, Saini SD. AGA Clinical Practice Update on De-Prescribing of Proton Pump Inhibitors: Expert Review. Gastroenterology. 2022. Link

Une mise à jour clinique fournit des énoncés Best Practice Advice pour la déprescription des IPP chez les patients ambulatoires. Les IPP figurent parmi les médicaments les plus prescrits et sont de plus en plus utilisés pour des indications au bénéfice incertain, contribuant à la polymédication et à une charge économique. L'usage des IPP est de plus en plus associé à des événements indésirables liés aux IPP (PAAE). Ces recommandations promeuvent des stratégies structurées de déprescription afin de réduire le nombre de comprimés, les coûts réels et les risques théoriques, tout en assurant la poursuite du traitement chez les patients ayant une indication appropriée.

[154] Tariq R, Singh S, Gupta A, Pardi DS, Khanna S. Association of Gastric Acid Suppression With Recurrent Clostridium difficile Infection: A Systematic Review and Meta-analysis. JAMA Intern Med. 2017. Link

Revue systematique et meta-analyse sur la question de savoir si la suppression de l'acide gastrique (surtout les IPP, et les anti-H2) est associee au risque d'infection **recidivante** a *Clostridioides difficile*. Cinq bases de donnees ont ete interrogees de 1995 a 2015 ; ont ete inclus des etudes cas-temoins, de cohorte et cliniques dans lesquelles les patients atteints de CDI recevaient ou non une suppression acide et ou la recidive etait evaluee. La suppression de l'acide gastrique etait associee a un risque significativement plus eleve de CDI recidivante (OR groupe d'environ 1,5). Cette entree est la source de l'affirmation du III.11 selon laquelle l'usage prolonge d'IPP comporte un risque accru de CDI recidivante. **LIMITE :** meta-analyse d'etudes observationnelles — association, non causalite ; les auteurs eux-memes mettent en garde contre la confusion residuelle (les utilisateurs d'IPP sont souvent plus malades/ages), de sorte qu'un arret de sa propre initiative n'est pas justifie, seule la reevaluation clinique l'est.

[454] Gogokhia L, Tran N, Grier A, Nagayama M, Xiang G, Funez-dePagnier G, Lavergne A, Ericsson C, Ben Maamar S, Zhang M, Battat R, Scherl E, Lukin DJ, Longman RS. Donor composition and fiber promote strain engraftment in a randomized controlled trial of fecal microbiota transplant for ulcerative colitis. Med. 2025. Link

L'essai MINDFUL, randomisé, en double aveugle et contrôlé contre placebo, a réparti 27 patients atteints de rectocolite hémorragique légère à modérée entre une TMF unique et un placebo, avec ou sans supplémentation en fibres de psyllium, pendant 8 semaines. La TMF a induit une réponse clinique, une rémission et une amélioration endoscopique par rapport au placebo (p < 0,05). La supplémentation en fibres n'a pas amélioré les critères cliniques, mais l'analyse métagénomique au niveau des souches a montré que la composition de la communauté du donneur, associée à l'apport en fibres du receveur, conditionne l'implantation des souches du donneur. Il s'agit de l'une des premières preuves humaines randomisées que les facteurs alimentaires de l'exposome postérieurs à la procédure influencent directement l'implantation après TMF, tout en montrant qu'une meilleure implantation ne se traduit pas automatiquement par de meilleurs résultats cliniques. ClinicalTrials.gov: NCT03998488.