I. 2. Démarrage rapide : triage et lancement de la première cure

Vous n'avez pas besoin de tout comprendre avant de commencer à aller mieux. Ce chapitre vous met en route en trois jours : où vous en êtes actuellement, quelle cure vous convient et comment prendre correctement les premières gélules.

Quelle est la sévérité ? – une évaluation rapide

La première étape du traitement consiste à évaluer la sévérité actuelle de votre état, car elle détermine l'intensité par laquelle il faut commencer. Pour cela, votre médecin traitant utilise un score simple (appelé SIS^[G] – Symptom Importance Scale) : quelques questions sur vos symptômes, vos rechutes antérieures et vos facteurs de risque, d'où découlent un score entre 0 et 100 et un classement. Que ce score mesure, en plus des symptômes du moment, le risque de rechute est délibéré : les recommandations internationales elles-mêmes ont évolué dans ce sens – la voie de traitement n'est donc pas déterminée par la seule sévérité instantanée, mais aussi par le risque individuel de récidive (van Prehn 2021 [017]). Si vous avez déjà la gélule en main, ce classement a été effectué ; à partir de là, votre rôle est de savoir ce qu'il signifie. Vous n'avez pas besoin de connaître le score par cœur ; l'essentiel est que le classement indique où votre état peut être pris en charge et avec quelle dose initiale.

Globalement, trois situations peuvent se présenter – et ce qui les distingue n'est pas le nom de la sévérité, mais le lieu de la prise en charge. Prise en charge à domicile : la cure se déroule à la maison, à la dose quotidienne fixée par votre médecin traitant, accompagnée d'une réhydratation et d'une surveillance. Évaluation hospitalière : le traitement peut se poursuivre à domicile, mais il faut d'abord vérifier à l'hôpital que cela est sûr. Hospitalisation : la cure démarre à l'hôpital, avec une préparation plus concentrée et un suivi médical rapproché – ici, l'admission n'est pas une réaction excessive, mais la seule voie sûre et acceptable.

Le triage est toujours réalisé par votre médecin traitant, car c'est lui qui voit l'ensemble du tableau. Votre rôle, à cet instant, est simplement de rapporter honnêtement vos symptômes – en particulier le nombre quotidien de selles, leur consistance, et la présence éventuelle de sang – et de reconnaître les signes devant lesquels il ne faut pas attendre, mais demander de l'aide sur-le-champ. Si vous souhaitez accélérer le processus, nos propres collègues médecins peuvent vous aider à évaluer la sévérité de votre état : Link

Le lancement de la cure

Une fois le triage effectué, votre médecin traitant (ou l'équipe MicroBiome Bank) choisit la préparation DiffBiome qui vous convient et sa dose quotidienne. La préparation du traitement à domicile est DiffBiome 30(V)+ : un flacon en verre foncé contenant 30 gélules. Le « 30 » indique le nombre de gélules, et le chiffre romain entre parenthèses indique la densité^[G] – plus une préparation est concentrée, moins il faut de gélules pour un même effet.

Ici, vous ne choisissez pas dans une fourchette : selon votre classement, votre médecin prescrit une dose initiale précise et ne l'augmente que si les symptômes ne s'améliorent pas. Le nombre de flacons nécessaires à votre cure dépend lui aussi du classement : au niveau 2, en général un flacon ; au niveau 3, un ou deux ; au niveau 4, deux ; au niveau 5, de trois à cinq. Ce sont des estimations, calculées sur une phase initiale de dix jours et une réduction d'une gélule tous les 3 à 4 jours ; si votre médecin augmente la dose ou change de lot, il en faudra davantage. Vous pouvez en lire davantage sur la densité des gélules ici : Link

L'essentiel est de lancer la cure avec une aide médicale : l'utilisation des gélules DiffBiome requiert la surveillance d'un médecin expérimenté en FMT^[G], et la préparation exacte, le nombre quotidien de gélules et la durée sont adaptés par lui à votre état. Plus le classement est sévère, plus la dose initiale est élevée et plus le rétablissement prend du temps. Si, au-delà de 48 heures, le nombre quotidien de selles ne diminue pas, votre médecin peut augmenter jusqu'au maximum correspondant à votre niveau ; si là non plus il n'y a pas d'amélioration, la dose initiale du niveau suivant ou un changement de LOT peuvent être envisagés, et le classement doit être refait. C'est toujours une décision médicale – ne modifiez pas la dose quotidienne de votre propre initiative.

Ne vous laissez pas décourager par l'idée qu'il ne s'agit « que » d'une gélule. La flore intestinale^[G] vivante qu'elle contient, issue d'un donneur^[G] rigoureusement sélectionné, remplace exactement ce que l'infection et les antibiotiques ont détruit et ce que les probiotiques^[G] ne peuvent pas restaurer – et c'est précisément ce qui fait durablement reculer le pathogène. Dans une étude, après une antibiothérapie, le probiotique n'était même pas neutre : il colonisait bien la muqueuse intestinale, mais retardait le retour de la flore propre, tandis que le greffon complet de microbiote la restaurait en quelques jours (Suez 2018 [018]). Les détails sont abordés dans les chapitres suivants ; pour l'instant, le plus important est que vous commenciez à aller mieux.

Comment la prendre correctement

Une prise correcte est tout aussi importante que la gélule elle-même. Le matin, à jeun, prenez le nombre de gélules prescrit avec beaucoup d'eau, en les avalant entières – ne les mâchez pas et ne les ouvrez pas. La prise à jeun n'est pas un caprice : c'est ainsi que les gélules ont été administrées dans les essais cliniques de FMT en gélules (Youngster 2014 [019]). Environ trente minutes plus tard, buvez un autre grand verre de liquide ; ensuite, vous pouvez prendre votre petit-déjeuner, prendre vos autres médicaments et commencer votre routine quotidienne habituelle. Ne prenez jamais les gélules avec de l'alcool ou une boisson chaude, car cela peut nuire aux bactéries vivantes.

Deux points qui comptent beaucoup : si vous prenez encore un antibiotique, terminez-le – sur avis médical – au moins 48 heures avant de commencer DiffBiome, faute de quoi l'antibiotique détruirait aussi la flore fraîchement apportée ; c'est une règle du protocole DiffBiome – le consensus professionnel européen juge nécessaire un délai de 12 à 48 heures avant une FMT (Cammarota 2017 [016]). Et pendant la cure, arrêtez les préparations probiotiques, sauf avis contraire de votre médecin. Les gélules contiennent plusieurs milliers de souches, un probiotique tout au plus quelques-unes à une dizaine : ce n'est pas le même ordre de grandeur, et le probiotique – comme évoqué plus haut – peut même ralentir le retour de la flore propre (Suez 2018 [018]). La conservation obéit à deux régimes : pendant la cure, gardez le flacon non ouvert au réfrigérateur, à l'abri de la lumière et en position verticale ; si la préparation doit être conservée plus longtemps, placez-la au congélateur, également dans le flacon non ouvert. Cela ne veut pas dire que les gélules s'abîment dès qu'elles quittent le réfrigérateur : pendant une courte durée – le trajet de la pharmacie jusqu'à chez vous, un voyage ou une journée de travail – la température ambiante ne les endommage pas non plus. Le réfrigérateur est le lieu de conservation, non le seul environnement tolérable ; remettez-y le flacon dès que vous le pouvez. Protégez-la de l'humidité et de la lumière directe du soleil, tenez-la hors de portée des enfants et, une fois ouverte, utilisez-la au plus vite.

🍽️ L'alimentation pendant ces jours

Les trois premiers jours portent sur le triage, le lancement sûr de la cure et la réhydratation – et votre alimentation sert le même but. Comme, à ce stade, la diarrhée et la déshydratation sont le principal danger, c'est une alimentation douce et constipante qui a sa place sur votre table : beaucoup de liquides, des aliments faciles à digérer et des fibres solubles. Les fibres solubles^[G] forment un gel dans l'eau, ce qui ralentit le passage du contenu intestinal et favorise donc des selles plus fermes – ce sont précisément ces fibres solubles et gélifiantes (par exemple le psyllium) que les données soutiennent le plus fortement, tandis que les fibres grossières et insolubles accentuent plutôt les ballonnements (Eswaran 2013 [022]) ; et une abondance de liquides remplace ce que des selles plus molles emportent. Vos tâches concrètes pendant ces trois jours : le premier jour, prenez la première dose le matin, à jeun, avec beaucoup d'eau, et 30 minutes plus tard buvez un autre grand verre de liquide ; les deuxième et troisième jours, tenez-vous à cette routine, et après chaque selle plus molle buvez un verre supplémentaire.

Dans cette phase précoce, il n'y a pas encore de plante quotidienne – le Calendrier des plantes ne commence qu'au jour 15. Pour l'instant, l'objectif est que votre intestin s'apaise : restez donc sur des aliments faciles à digérer et doux (par exemple bouillis, cuits à la vapeur ou pelés), et évitez les aliments crus, grossiers et fortement fermentescibles. La construction d'une alimentation variée et diversifiée peut attendre les semaines à venir, quand vos symptômes se seront apaisés.

Pourquoi est-ce important ?

Ces trois jours servent à enclencher votre rétablissement : au triage adéquat, au démarrage sûr de la cure et au lancement du journal. La compréhension et le changement de mode de vie se construisent pas à pas au cours des semaines à venir – pour l'instant, votre rôle est de commencer.

Références

[016] Cammarota G, Ianiro G, Tilg H et al. European consensus conference on faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut. 2017. Link

Conférence de consensus européenne élaborant des recommandations fondées sur les preuves relatives à la FMT en pratique clinique, avec 28 experts de 10 pays collaborant au sein de groupes de travail. Les énoncés ont été produits par une revue fondée sur les preuves, évalués électroniquement par un processus Delphi, puis finalisés lors d'une séance plénière de consensus. Les recommandations portent sur les indications de la FMT, la sélection des donneurs, la préparation du matériel fécal, la prise en charge clinique, l'administration des selles et les exigences minimales pour créer un centre de FMT. Le document fournit le cadre européen de standardisation d'une FMT sûre et encadrée.

[017] van Prehn J, Reigadas E, Vogelzang EH, Bouza E, Kuijper EJ et al. European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases: 2021 update on the treatment guidance document for Clostridioides difficile infection in adults. Clinical Microbiology and Infection. 2021. Link

Document d'orientation thérapeutique de l'ESCMID 2021 pour l'infection à C. difficile chez l'adulte. Le métronidazole n'est plus recommandé lorsque la fidaxomicine ou la vancomycine sont disponibles ; la fidaxomicine est l'agent préféré pour l'épisode initial et la première récidive ; à partir de la deuxième récidive, la transplantation de microbiote fécal (FMT) ou le bezlotoxumab en complément du traitement antibiotique standard sont préférés. Par rapport à l'édition précédente, l'accent passe de la sévérité de la maladie au risque de récidive : la stratégie thérapeutique est déterminée par le risque individuel de rechute. Cela conforte une évaluation qui mesure à la fois les symptômes actuels et le risque pronostique.

[018] Suez J, Zmora N, Zilberman-Schapira G, Mor U, Dori-Bachash M et al. Post-Antibiotic Gut Mucosal Microbiome Reconstitution Is Impaired by Probiotics and Improved by Autologous FMT. Cell. 2018. Link

Étude chez l'homme et la souris portant sur le devenir du microbiome de la muqueuse intestinale après une cure d'antibiotiques. Trois voies ont été comparées : la récupération spontanée, un probiotique à 11 souches et la transplantation fécale autologue, c'est-à-dire la restitution de la flore propre congelée avant l'antibiotique. Le probiotique a colonisé la muqueuse mais a retardé le retour du microbiome indigène et de l'expression génique muqueuse de l'hôte, l'écart persistant durant des mois. La transplantation autologue a en revanche permis une récupération quasi complète en quelques jours. Conclusion : après une antibiothérapie, un probiotique n'est pas un complément neutre et peut ralentir le retour de la flore propre ; c'est un greffon microbiotique complet qui remplace la communauté manquante.

[019] Youngster I, Russell GH, Pindar C, Ziv-Baran T, Sauk J, Hohmann EL. Oral, capsulized, frozen fecal microbiota transplantation for relapsing Clostridium. difficile infection. JAMA. 2014. Link

Vingt patients atteints d'infection récidivante à C. difficile ont reçu des selles encapsulées de donneurs préalablement sélectionnés, conservées congelées à -80 degrés C : 15 capsules pendant deux jours consécutifs. Aucun événement indésirable grave imputable au traitement n'est survenu. La diarrhée a disparu chez 14 patients (70 pour cent) après une seule cure ; après retraitement des six non-répondeurs, le résultat global atteignait 90 pour cent (18/20). Le nombre quotidien de selles est passé d'une médiane de 5 avant traitement à 2 au jour 3 et à 1 à la semaine 8. C'est la première étude à obtenir, avec une FMT orale congelée et encapsulée, un résultat comparable à l'administration instrumentale — sans sédation ni endoscopie.

[020] Lewis SJ, Heaton KW. Stool form scale as a useful guide to intestinal transit time. Scandinavian Journal of Gastroenterology. 1997. Link

Validation initiale de l'échelle de Bristol des selles. Le temps de transit intestinal total a été mesuré par marqueurs radio-opaques chez 66 volontaires, qui consignaient dans un carnet la forme des selles sur une échelle en 7 points ainsi que la fréquence des selles. Le temps de transit était le plus étroitement corrélé à la forme des selles (r = -0,54), davantage qu'à la fréquence ou au poids des selles. Lorsque le transit était modifié par le séné puis par le lopéramide, la forme des selles suivait ce changement (r = -0,65). Conclusion : noter la forme des selles est un moyen simple et sensible de suivre l'évolution de la fonction intestinale — d'où sa pertinence dans le carnet tenu par le patient.

[021] Thaiss CA, Zeevi D, Levy M, Zilberman-Schapira G, Elinav E et al. Transkingdom control of microbiota diurnal oscillations promotes metabolic homeostasis. Cell. 2014. Link

La composition et la fonction du microbiote intestinal suivent un rythme quotidien : l'abondance bactérienne et l'activité métabolique oscillent au fil du cycle jour-nuit, et cette oscillation est principalement pilotée par le rythme alimentaire de l'hôte. Lorsque le rythme est perturbé — modélisé ici chez la souris et sur des échantillons humains après un vol intercontinental —, l'oscillation du microbiote disparaît et une dysbiose s'installe ; le transfert de cette flore arythmique à des souris axeniques induit des troubles métaboliques. Conclusion : un rythme quotidien régulier est l'une des conditions de la stabilité du microbiote — d'où l'intérêt d'une heure de lever fixe et d'une lumière matinale dès les premiers jours du traitement.

[022] Eswaran S, Muir J, Chey WD. Fiber and functional gastrointestinal disorders. American Journal of Gastroenterology. 2013. Link

Revue du rôle des fibres dans les troubles fonctionnels intestinaux. Les auteurs classent les fibres selon leur solubilité et leur fermentescibilité et soulignent que ce sont précisément ces deux propriétés qui guident le choix. Les fibres fermentent partiellement ou totalement dans l'iléon distal et le côlon, produisant des acides gras à chaîne courte et du gaz, ce qui influe sur la fonction et la sensibilité intestinales. Lorsqu'une fibre est recommandée dans les troubles fonctionnels intestinaux, les données soutiennent avant tout un supplément soluble et gélifiant (ispaghul, psyllium). Même utilisées avec discernement, les fibres peuvent toutefois aggraver ballonnement, flatulences, constipation et diarrhée ; la dose doit donc être augmentée progressivement.

[023] McDonald LC, Gerding DN, Johnson S, Bakken JS, Carroll KC et al. Clinical Practice Guidelines for Clostridium. difficile Infection in Adults and Children: 2017 Update by the Infectious Diseases Society of America (IDSA) and Society for Healthcare Epidemiology of America (SHEA). Clinical Infectious Diseases. 2018. Link

Recommandations de pratique clinique complètes de l'IDSA et de la SHEA sur le diagnostic, le traitement et la prévention de l'infection à C. difficile chez l'adulte et l'enfant. Elles définissent des catégories de gravité (non sévère, sévère, fulminante) et caractérisent la forme fulminante par une hypotension ou un choc, un iléus ou un mégacôlon toxique — des signes qui imposent une hospitalisation, un traitement intraveineux et un avis chirurgical. En cas d'infection à récidives multiples avec échecs répétés de l'antibiothérapie, la transplantation de microbiote fécal est recommandée. Ce document constitue le cadre international auquel s'alignent les signaux d'alerte et les critères d'orientation hospitalière du livre.

[024] Hoffmann DE, Javitt GH, Kelly CR, Keller JJ, Baunwall SMD, Hvas CL. Fecal microbiota transplantation: a tale of two regulatory pathways. Gut Microbes. 2025. Link

Analyse conjointe de juristes et de cliniciens sur la manière dont la transplantation de microbiote fécal s'est retrouvée sur deux voies réglementaires divergentes. Aux États-Unis, elle est traitée comme un médicament (nouveau médicament expérimental ou produit autorisé) ; en Europe, elle relève du cadre des substances d'origine humaine (SoHO). Les auteurs examinent ce que cela implique pour la sélection des donneurs, la traçabilité, l'accès et la responsabilité. Point commun aux deux voies : la FMT n'est pas un produit librement accessible mais une procédure soumise à une supervision médicale et à un cadre institutionnel contrôlé — quelle que soit la voie juridique suivie par le pays concerné.

[025] Rodriguez J, Cordaillat-Simmons M, Pot B, Druart C. The regulatory framework for microbiome-based therapies: insights into European regulatory developments. npj Biofilms and Microbiomes. 2025. Link

Revue du cadre réglementaire européen des thérapies fondées sur le microbiote. L'article distingue les produits biothérapeutiques vivants (LBP), qui peuvent être autorisés comme médicaments, des substances issues de donneurs, qui relèvent du cadre européen des substances d'origine humaine (SoHO) — dont la transplantation de microbiote fécal. Il souligne que la sélection des donneurs, la traçabilité et la supervision clinique constituent des exigences minimales, et que la pratique des États membres peut varier au sein du cadre commun. C'est l'arrière-plan international auquel se conforme la formulation du livre « liée à une surveillance médicale et à un cadre institutionnel ».

[026] Riddle MS, DuPont HL, Connor BA. ACG Clinical Guideline: Diagnosis, Treatment, and Prevention of Acute Diarrheal Infections in Adults. American Journal of Gastroenterology. 2016. Link

Recommandation clinique de l'American College of Gastroenterology sur le diagnostic, le traitement et la prévention des infections diarrhéiques aiguës chez l'adulte. Le socle de la prise en charge, sous toutes ses formes, est le remplacement hydroélectrolytique : par voie orale, avec un apport abondant en liquide et en sel, dans les formes légères et modérées, et par voie intraveineuse en cas de déshydratation sévère. Le document détaille les signes permettant de reconnaître la déshydratation ainsi que les groupes à risque, et souligne que la réhydratation n'est pas un traitement d'appoint mais le traitement principal — ce qui fonde la compensation délibérée après chaque selle plus molle pendant la cure. La recommandation distingue egalement les degres de gravite : **dans les diarrhees legeres et spontanement resolutives, les apports habituels en liquides et en aliments suffisent generalement**, tandis qu'**en cas de perte hydrique importante ou prolongee — en particulier chez les patients ages et vulnerables — une solution de rehydratation orale contenant des electrolytes est recommandee**, et non de l'eau seule. C'est la source de l'affirmation du III.7 selon laquelle l'eau et une alimentation variee suffisent dans les diarrhees legeres, alors qu'il faut aussi compenser le sel en cas de diarrhee frequente ou persistante. **LIMITE :** la recommandation porte sur la diarrhee infectieuse aigue ; elle ne traite pas separement la convalescence post-FMT.