IV. 6. Prévention : bon usage des antibiotiques et environnement

Conserver votre guérison dépend de la prévention. Dans ce chapitre, vous découvrirez les outils préventifs les plus importants – de l'usage réfléchi des antibiotiques à l'hygiène de l'environnement et au mode de vie – afin de maintenir le risque de rechute à un niveau bas pour les années à venir.

Le bon usage des antibiotiques : votre ligne de défense la plus importante

S'il ne fallait retenir qu'une seule chose sur la prévention, ce serait celle-ci : l'antibiotique est le plus grand perturbateur de votre flore intestinale^[G], et c'est précisément lui qui ouvre la voie au retour de C. difficile. Les antibiotiques ne font pas le tri – tandis qu'ils détruisent la bactérie visée, ils déciment aussi la flore utile et protectrice, et l'« espace » ainsi libéré peut facilement être investi par le pathogène. Cela ne veut pas dire que vous ne devrez plus jamais prendre d'antibiotique ; il existe des situations où il sauve la vie. La clé, c'est la conscience : uniquement lorsque c'est réellement justifié, et toujours de telle sorte que votre médecin traitant connaisse vos antécédents de CDI.

En pratique, cela se traduit par quelques règles simples. Ne prenez jamais un antibiotique de votre propre initiative ou avec des restes de traitement ; demandez toujours s'il est véritablement nécessaire, et s'il existe une alternative à spectre plus étroit ou plus sûre. Si un autre médecin (par exemple un dentiste ou un service d'urgence) vous prescrit un antibiotique, mentionnez toujours que vous avez eu une infection récidivante à C. difficile – cette information peut influencer le choix. Cet usage réfléchi des antibiotiques est la colonne vertébrale de la prévention.

Et il existe aussi un lien important avec le déroulement du traitement : si à l'avenir vous avez besoin d'un antibiotique et que vous souhaitez entre-temps commencer une cure DiffBiome, l'antibiotique doit toujours être terminé avant l'apport de la flore vivante, en respectant un intervalle approprié – sans quoi l'antibiotique détruirait aussi les bactéries fraîchement apportées. Discutez-en toujours avec votre médecin.

L'antibiotique n'est pas le seul médicament qui agit sur votre flore. De temps à autre, il vaut la peine de passer aussi en revue avec votre médecin vos médicaments pris de façon chronique. Parmi les antiacides, les inhibiteurs de la pompe à protons^[G] (IPP) – que beaucoup de personnes prennent depuis des années, souvent inutilement à ce stade – réduisent l'acidité protectrice de l'estomac et augmentent le risque de CDI. Vous ne devez pas les arrêter de manière arbitraire, mais il vaut la peine de poser la question : « est-ce encore nécessaire ? ». Il est tout aussi utile de réexaminer les agents qui ralentissent la motilité intestinale (médicaments anticholinergiques, de type opioïde), car le pathogène se multiplie plus facilement dans un intestin paresseux. L'objectif n'est pas l'autodiagnostic, mais une révision médicamenteuse régulière et conjointe avec votre médecin – chaque médicament inutile que l'on peut abandonner est une couche de protection supplémentaire pour votre flore.

L'environnement et le mode de vie : le filet de sécurité silencieux

À côté du bon usage des antibiotiques, l'hygiène de l'environnement est le deuxième pilier de la prévention. C. difficile se propage par des spores^[G] résistantes, que le gel hydroalcoolique habituel ne détruit pas toujours de façon fiable – un lavage des mains fréquent et minutieux à l'eau et au savon est donc la protection la plus efficace, surtout après être allé aux toilettes et avant de manger. Au domicile, le nettoyage régulier des surfaces fréquemment touchées (toilettes, poignées de porte, robinets) réduit également la présence de spores. Ce n'est pas une inquiétude excessive, mais un filet de sécurité simple et discret dans la vie quotidienne.

L'hygiène de l'environnement a aussi un sens plus large, au-delà du strict contrôle des spores – on parle d'exposome, c'est-à-dire des milliers d'influences environnementales auxquelles vous êtes exposé jour après jour et qui façonnent subtilement votre microbiome. Quelques points de vigilance simples relèvent de cette catégorie. L'eau de boisson : visez une eau propre provenant d'une source fiable ; un apport hydrique suffisant est le fondement de la guérison, mais la qualité de l'eau compte aussi. Les désinfectants ménagers et les produits antibactériens : un nettoyage ciblé contre les spores de CDI est justifié, mais un usage quotidien et injustifié de désinfectants – savons antibactériens, sprays sur chaque surface – tue également les microbes utiles de votre propre corps et de votre environnement ; là aussi, la modération est la bonne voie : là où l'eau savonneuse suffit, ne désinfectez pas. Enfin, l'exposition en milieu de soins : l'environnement hospitalier et les cabinets médicaux sont l'une des principales sources de CDI – si vous êtes admis dans un établissement, n'hésitez pas à demander une hygiène des mains, à mentionner votre infection antérieure et à éviter les antibiotiques inutiles.

Peu de gens y pensent, mais la bouche est elle aussi un microbiome – et par ce que l'on appelle l'axe bucco-intestinal^[G], elle est reliée à votre système digestif. Un brossage des dents régulier, l'utilisation du fil dentaire et les contrôles chez le dentiste protègent non seulement vos dents, mais réduisent aussi la charge en pathogènes buccaux, qui peuvent gagner l'intestin. C'est une petite habitude, facile à tenir, qui soutient l'ensemble de la santé de votre microbiome.

Le pilier suivant est le mode de vie, qui maintient votre flore suffisamment diversifiée et résiliente pour que le pathogène n'ait nulle part où se réinstaller. Ce sont les quelques mêmes habitudes que vous avez construites pendant la guérison : une alimentation variée et riche en fibres, un sommeil suffisant, une activité physique régulière et la gestion du stress. Ensemble, elles renforcent la résistance à la colonisation^[G] – c'est-à-dire la capacité de votre flore à évincer le pathogène par elle-même. Ici, l'objectif est la continuité : il vaut la peine de conserver ces habitudes non seulement jusqu'à la fin du programme, mais au-delà.

Enfin, la prévention consiste aussi à connaître vos propres signes précoces et à ne pas avoir honte de demander de l'aide à temps. Si des symptômes venaient à réapparaître, la vigilance que vous avez apprise plus tôt – une attention mesurée à l'aune de la référence consignée dans votre journal – et une prise de contact médicale rapide sont les plus efficaces. La prévention n'est donc pas une règle unique, mais une attitude : la conscience avec laquelle vous protégez l'équilibre pour lequel vous avez travaillé pendant quatre-vingt-dix jours.

🍽️ L'alimentation pendant ces journées

Du côté de l'alimentation, le thème de la prévention signifie maintenir la flore intestinale suffisamment diversifiée et résiliente pour que le pathogène n'ait nulle part où se réinstaller. À côté de la vigilance sur les antibiotiques et de l'hygiène, une alimentation variée et riche en fibres est le troisième pilier, silencieux, de la prévention – c'est elle qui soutient la résistance à la colonisation sur le long terme. La tâche alimentaire concrète de ces trois journées est en harmonie avec les tâches quotidiennes : poursuivez une hydratation consciente, choisissez 2 à 3 habitudes alimentaires à conserver durablement, et intégrez chaque jour le végétal du jour dans au moins un repas.

Pour ces journées (76–78), le Calendrier des végétaux (Annexe F) propose les sources suivantes : la chicorée / le café de chicorée (76), l'ail noir (77) et les pruneaux (78). La chicorée est l'une des sources naturelles les plus riches en inuline – une fibre prébiotique^[G] fortement fermentescible à partir de laquelle les bactéries intestinales utiles fabriquent des acides gras à chaîne courte^[G], dont le butyrate^[G] ; l'ail noir est fermenté et riche en polyphénols^[G], et les pruneaux favorisent la régularité une fois que les selles sont déjà stables. Dans la seconde moitié du programme (environ les jours 61–90), l'objectif est précisément de soutenir une diversité^[G] complète et des sources fermentescibles riches en inuline : une flore diversifiée et bien nourrie est plus résiliente, et cette résilience est la base biologique de la prévention. Les sources d'inuline peuvent être plus génératrices de gaz ; introduisez-les selon votre tolérance, et les pruneaux uniquement si vos selles sont stables.

Pourquoi est-ce important ?

La prévention, c'est conserver votre guérison. Le principal déclencheur de rechute est un antibiotique inutile ; votre ligne de défense la plus importante est donc l'usage réfléchi des antibiotiques – toujours avec votre médecin, qui connaît vos antécédents de CDI. L'hygiène de l'environnement et des habitudes de mode de vie maintenues fournissent un filet de sécurité silencieux, et le mode de vie garde votre flore diversifiée et résiliente. La prévention n'est pas une règle unique, mais une attitude avec laquelle vous protégez ce pour quoi vous avez travaillé pendant quatre-vingt-dix jours.

Références

[003] Reed AD, Theriot CM. Contribution of Inhibitory Metabolites and Competition for Nutrients to Colonization Resistance against Clostridioides difficile by Commensal Clostridium**. Microorganisms. 2021. Link

Cette revue examine comment les espèces commensales de *Clostridium* assurent la résistance à la colonisation par C. difficile. Les *Clostridia* commensaux transforment les acides biliaires primaires en acides biliaires secondaires qui inhibent la germination des spores et la croissance végétative de C. difficile. Ils produisent en outre des peptides antimicrobiens et des acides gras à chaîne courte qui inhibent directement C. difficile, et entrent en compétition pour des nutriments limitants tels que la proline, importante pour la croissance de C. difficile via la fermentation de Stickland. La perte des *Clostridia* commensaux après antibiothérapie à large spectre constitue une étape mécanistique clé vers la susceptibilité à la CDI. Les auteurs en concluent qu'il existe un besoin urgent de nouvelles thérapies contre la CDI ; la validation clinique des consortiums définis de *Clostridium* ne provient pas de cette revue, mais de l'essai de phase 2 de VE303 [56].

[005] Kelly C, Fischer M, Allegretti J, LaPlante K, Stewart D, Limketkai B, Stollman N. ACG Clinical Guidelines: Prevention, Diagnosis, and Treatment of Clostridioides difficile Infections. The American journal of gastroenterology. 2021. Link

Selon la recommandation ACG 2021, la FMT fait partie de la prise en charge standard de la rCDI ; elle est fortement recommandée après ≥2 récidives — Dernières recommandations sur la CDI de l'American College of Gastroenterology : FMT fortement recommandée après ≥2 récidives de CDI ; les administrations par capsules et par coloscopie sont équivalentes ; protocole détaillé de dépistage des donneurs et de stockage ; mises à jour de l'ère COVID concernant la sécurité de la FMT également intégrées.

[012] Imhann F, Bonder MJ, Vich Vila A et al. Proton pump inhibitors affect the gut microbiome. Gut. 2016. Link

L'article d'Imhann et collaborateurs paru dans Gut en 2016 rapporte que l'usage d'inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) modifie significativement le microbiote intestinal humain. En combinant trois cohortes populationnelles (>1800 individus) avec séquençage 16S rRNA, les auteurs montrent que les utilisateurs d'IPP présentent une diversité microbienne diminuée et des modifications cohérentes de 20 % des taxons bactériens : augmentation des bactéries de la cavité buccale (Streptococcaceae, Enterococcaceae), des Enterobacteriaceae et de *Clostridium* difficile, parallèlement à une diminution de commensaux tels que Ruminococcaceae et Bifidobacteriaceae. Ces modifications expliquent mécanistiquement les associations épidémiologiques entre usage d'IPP et CDI, infections entériques, encéphalopathie hépatique et SIBO. Ce travail plaide pour une prescription prudente des IPP et des démarches de déprescription.

[023] McDonald LC, Gerding DN, Johnson S, Bakken JS, Carroll KC et al. Clinical Practice Guidelines for Clostridium. difficile Infection in Adults and Children: 2017 Update by the Infectious Diseases Society of America (IDSA) and Society for Healthcare Epidemiology of America (SHEA). Clinical Infectious Diseases. 2018. Link

Recommandations de pratique clinique complètes de l'IDSA et de la SHEA sur le diagnostic, le traitement et la prévention de l'infection à C. difficile chez l'adulte et l'enfant. Elles définissent des catégories de gravité (non sévère, sévère, fulminante) et caractérisent la forme fulminante par une hypotension ou un choc, un iléus ou un mégacôlon toxique — des signes qui imposent une hospitalisation, un traitement intraveineux et un avis chirurgical. En cas d'infection à récidives multiples avec échecs répétés de l'antibiothérapie, la transplantation de microbiote fécal est recommandée. Ce document constitue le cadre international auquel s'alignent les signaux d'alerte et les critères d'orientation hospitalière du livre.

[036] Chassaing B, Koren O, Goodrich JK, Poole AC, Srinivasan S, Ley RE, Gewirtz AT. Dietary emulsifiers impact the mouse gut microbiota promoting colitis and metabolic syndrome. Nature. 2015. Link

Article de référence paru dans Nature qui montre que deux émulsifiants alimentaires omniprésents – la carboxyméthylcellulose (CMC, E466) et le polysorbate 80 (P80, E433) – ont déclenché, même à des concentrations relativement faibles, une inflammation intestinale de bas grade et ont modifié la composition du microbiote chez des souris de type sauvage. Les auteurs notent eux-mêmes que l'ampleur de la consommation humaine d'émulsifiants n'est pas suivie, mais que, compte tenu de la généralisation des émulsifiants dans l'industrie alimentaire, l'exposition humaine réelle peut dépasser le niveau de 1,0 % utilisé dans l'expérience. Chez des souris prédisposées à la colite, ces mêmes composés ont induit une colite manifeste. Selon les auteurs, l'exposition aux émulsifiants contribue à l'essor des MICI et des maladies métaboliques postérieur à 1950. Une rectification est associée à cette publication (Corrigendum : *Nature* 2016;536(7615):238). C'est la preuve centrale de l'argumentation de la section VIII. 3. sur la production industrielle d'aliments comme voie d'entrée chronique de la dysbiose.

[037] Chassaing B, Van de Wiele T, De Bodt J, Marzorati M, Gewirtz AT. Dietary emulsifiers directly alter human microbiota composition and gene expression ex vivo potentiating intestinal inflammation. Gut. 2017. Link

La suite de Chassaing 2015, qui étend les résultats des expériences chez la souris à un modèle de microbiote humain (le système ex vivo M-SHIME). Les deux émulsifiants ont accru le potentiel pro-inflammatoire du microbiote, ce qui s'est manifesté par une élévation du taux de flagelline ; la composition de la communauté n'a toutefois été modifiée que par le P80, l'effet de la CMC passant par l'expression génique du microbiote. L'élévation du taux de lipopolysaccharide n'est apparue qu'avec le P80, à des doses plus élevées. L'injection de la suspension du microbiote traité aux émulsifiants à des souris immunodéficientes (RAG−/−) a entraîné une augmentation significative du taux sérique d'IL-6. L'étude confirme que les résultats obtenus chez la souris sont transposables à l'écologie intestinale humaine et étaye l'argument selon lequel la réforme alimentaire est un élément clinique, et non esthétique, de la phase d'entretien.

[077] Atarashi K, Suda W, Luo C et al. Ectopic colonization of oral bacteria in the intestine drives TH1 cell induction and inflammation. Science. 2017. Link

Cette étude gnotobiotique a montré que des souches salivaires de Klebsiella, lorsqu'elles colonisent l'intestin, sont de puissants inducteurs de lymphocytes T auxiliaires de type 1 (TH1). Ces souches de Klebsiella résistantes aux antibiotiques colonisent l'intestin lorsque le microbiote intestinal est dysbiotique et provoquent une inflammation intestinale sévère chez des hôtes génétiquement susceptibles. Ces résultats établissent la cavité buccale comme réservoir de pathobiontes intestinaux potentiels susceptibles d'aggraver des maladies telles que les IBD lorsqu'ils colonisent l'intestin de façon ectopique.

[079] Hajishengallis, G. Periodontitis: from microbial immune subversion to systemic inflammation. Nat Rev Immunol. 2015. Link

Cette revue examine comment des communautés microbiennes buccales dysbiotiques induisent la parodontite et une pathologie inflammatoire à des sites locaux et distants. Les auteurs détaillent les mécanismes microbiens de subversion immunitaire qui font basculer l'homéostasie buccale vers la maladie. La parodontite apparaît comme une maladie inflammatoire dysbiotique aux implications systémiques, incluant des liens avec les maladies cardiovasculaires et d'autres maladies chroniques. Ces éléments présentent le traitement de la parodontite comme une stratégie susceptible d'apporter des bénéfices de santé systémique.

[085] Targownik LE, Fisher DA, Saini SD. AGA Clinical Practice Update on De-Prescribing of Proton Pump Inhibitors: Expert Review. Gastroenterology. 2022. Link

Une mise à jour clinique fournit des énoncés Best Practice Advice pour la déprescription des IPP chez les patients ambulatoires. Les IPP figurent parmi les médicaments les plus prescrits et sont de plus en plus utilisés pour des indications au bénéfice incertain, contribuant à la polymédication et à une charge économique. L'usage des IPP est de plus en plus associé à des événements indésirables liés aux IPP (PAAE). Ces recommandations promeuvent des stratégies structurées de déprescription afin de réduire le nombre de comprimés, les coûts réels et les risques théoriques, tout en assurant la poursuite du traitement chez les patients ayant une indication appropriée.

[107] Vanhaecke T, Bretin O, Poirel M, Tap J. **. J Nutr. 2022. Link

À l'aide de la base de données de l'American Gut Project (3 413 et 3 794 échantillons fécaux), les auteurs ont examiné comment la **source** de l'eau de boisson et l'**apport** quotidien sont liés à la composition du microbiote intestinal et oral, après ajustement sur des facteurs anthropométriques, alimentaires et de mode de vie. La source de l'eau de boisson figurait parmi les principaux facteurs expliquant la variation du microbiote intestinal, et la source comme la quantité étaient associées à des signatures microbiennes distinctes — notamment des différences d'abondance relative de Campylobacter. Important : il s'agit d'une association transversale, non d'une preuve causale, et non dans une population FMT.

[154] Tariq R, Singh S, Gupta A, Pardi DS, Khanna S. Association of Gastric Acid Suppression With Recurrent Clostridium difficile Infection: A Systematic Review and Meta-analysis. JAMA Intern Med. 2017. Link

Revue systematique et meta-analyse sur la question de savoir si la suppression de l'acide gastrique (surtout les IPP, et les anti-H2) est associee au risque d'infection **recidivante** a *Clostridioides difficile*. Cinq bases de donnees ont ete interrogees de 1995 a 2015 ; ont ete inclus des etudes cas-temoins, de cohorte et cliniques dans lesquelles les patients atteints de CDI recevaient ou non une suppression acide et ou la recidive etait evaluee. La suppression de l'acide gastrique etait associee a un risque significativement plus eleve de CDI recidivante (OR groupe d'environ 1,5). Cette entree est la source de l'affirmation du III.11 selon laquelle l'usage prolonge d'IPP comporte un risque accru de CDI recidivante. **LIMITE :** meta-analyse d'etudes observationnelles — association, non causalite ; les auteurs eux-memes mettent en garde contre la confusion residuelle (les utilisateurs d'IPP sont souvent plus malades/ages), de sorte qu'un arret de sa propre initiative n'est pas justifie, seule la reevaluation clinique l'est.

[155] Langdon A, Schwartz DJ, Bulow C, Sun X, Hink T, Reske KA, Dubberke ER, Dantas G. Microbiota restoration reduces antibiotic-resistant bacteria gut colonization in patients with recurrent Clostridioides difficile infection from the open-label PUNCH CD study. Genome Med. 2021. Link

Analyse secondaire d'un essai clinique ouvert (PUNCH CD) : les selles de 29 patients atteints de CDI recidivante ont ete analysees avant et jusqu'a six mois apres l'administration du produit a base de microbiote RBX2660, par sequencage 16S, sequencage metagenomique shotgun (contenu du resistome) et culture selective. La prevention reussie de la recidive etait correlee a la convergence taxonomique du microbiote du patient vers le donneur ; RBX2660 a **reduit de facon spectaculaire l'abondance des Enterobacteriaceae resistantes** dans les 2 mois suivants, et la **charge fecale en genes de resistance aux antibiotiques (resistome) a diminue en relation directe avec le degre d'implantation du microbiote du donneur**. Cette entree est la source de l'affirmation du IV.1 selon laquelle l'implantation du microbiote du donneur et la dynamique de restauration du resistome sont liees. **LIMITE :** ouvert, petit echantillon (n=29), et le produit etudie est **RBX2660** (non DiffBiome) — le mecanisme concerne la therapie par microbiote dans la rCDI, non une preuve specifique du produit.

[667] Sanidad KZ, Xiao H, Zhang G, et al. Triclosan has a robust, yet reversible impact on human gut microbial composition in vitro. . 2020. Link

Dans un modèle in vitro du microbiome intestinal humain, le triclosan a modifié de façon robuste la communauté microbienne : il a réduit la taille de la population, la diversité et la production de métabolites, en supprimant sélectivement certains taxons commensaux. L'effet était largement réversible après une période de récupération de deux semaines. L'étude fournit une preuve mécanistique directe de l'effet perturbateur du triclosan sur le microbiote ; son potentiel de sélection de résistances aux antibiotiques est étayé par des études d'exposition distinctes (murines et environnementales).