3. Index des cibles microbiennes
Vue inversée – les 196 aliments organisés selon les huit cibles microbiennes les plus importantes, classés par niveau de preuve.
Le livre Food Sources v1.5 propose, dans ses 196 chapitres, une description approfondie aliment par aliment. Cette annexe offre la vue inversée : elle organise les aliments par cibles microbiennes. Un clinicien, un diététicien ou un planificateur d'alimentation du donneur peut ainsi obtenir une réponse rapide à la question de savoir quels chapitres contiennent les meilleurs aliments pour atteindre une cible donnée.
L'annexe présente huit listes classées par cible. Ne sont retenus que les aliments pour lesquels les références de Food Sources v1.5 contiennent au moins des preuves de force modérée (★★). Les entrées de niveau ★ (précliniques / seulement hypothétiques) et les cases vides sont omises – par souci de crédibilité.
| Notation | Interprétation |
|---|---|
| ★★★ | Preuves humaines solides : au moins 1 ECR ou méta-analyse avec mesures directes du microbiome |
| ★★ | Preuves modérées : étude pilote humaine + rationnel mécanistique + fermentation in vitro + association épidémiologique |
| ⚠ | Catégorie à risque : un contrôle ou un dosage est requis (ce n'est pas une contre-indication absolue) |
Les lignes ★ et vides sont omises. La matrice complète des preuves des 196 chapitres est détaillée à l'intérieur des chapitres du livre.
Quelle est la cible ? Prébiotiques de type fructanes, FOS, GOS, inuline → augmentation sélective de la proportion de Bifidobacterium dans le côlon.
★★★ – Preuves solides d'ECR humains :
| Chapitre | Preuves |
|---|---|
| I.1 Artichaut | Costabile 2010 Br J Nutr – ECR humain avec une inuline à très longue chaîne |
| I.3 Asperge | Tang 2015, apport humain moyen de FOS + allégation inuline de l'EFSA |
| I.4 Chicorée | Link + Kolida 2002 Br J Nutr |
| I.14 Topinambour | Bonnema 2010 J Am Diet Assoc + Tuohy 2001, ECR humain sur l'inuline |
| XIII.4 Inuline d'agave | Ramnani 2015 J Nutr Sci + Camacho-Díaz 2023 Nutrients, ECR dans l'IBS-C |
★★ – Preuves modérées :
| Chapitre | Preuves |
|---|---|
| I.5 Oignon | Tang 2015, association humaine avec un apport moyen de FOS |
| I.6 Ail | Sun 2017, étude pilote humaine + épidémiologie |
| I.7 Poireau | Teneur en FOS + épidémiologie |
| II.1 Lentille | Teneur en GOS + méta-analyse de Bazzano 2011 + intervention humaine |
| II.2 Pois chiche | Fibres prébiotiques + méta-analyse humaine sur la consommation de légumineuses |
| II.3 Haricot | Fibres de galactomannane + épidémiologie |
| II.4 Petit pois et fibre de pois | Études pilotes humaines sur les fibres prébiotiques |
| III.2 Amande | Liu 2014, ECR humain J Funct Foods |
| IV.1 Pomme | Cuervo 2014, étude pilote humaine + pectine |
| IV.7 Banane verte | Bhattacharyya 2016, étude pilote humaine sur le RS2 |
| V.2 Datte | Eid 2014 in vitro + Eid 2015, étude pilote humaine |
| X.4 Café de chicorée | Résidu d'inuline de chicorée + méta-analyse de Slavin |
| X.10 Tisane de racine de chicorée | Cherbut 2002 + Kolida 2007, 5–8 g d'inuline chez l'humain |
| XIII.1 Psyllium | Jalanka 2019 Sci Rep chez l'humain + augmentation de F. prausnitzii |
| XIII.3 Gomme arabique | Calame 2008 Br J Nutr, ECR humain |
Quelle est la cible ? Apport de Lactobacillus / Lactiplantibacillus / bactéries lactiques vivantes par des supports fermentés.
★★★ – Preuves solides d'ECR humains :
| Chapitre | Preuves |
|---|---|
| VIII.1 Choucroute | Wastyk 2021 Cell, ECR de 10 semaines sur un portefeuille d'aliments fermentés |
| VIII.3 Kimchi | Han 2015 Mol Nutr Food Res + Kim 2022, ECR dans l'IBS |
| IX.1 Yaourt | Allégation EFSA 2010 sur la digestion du lactose + Marteau 2002 Aliment Pharmacol Ther DN-173 010 |
| IX.2 Kéfir | Bellikci-Koyu 2019 Nutrients, ECR dans le syndrome métabolique + Wastyk 2021 |
★★ – Preuves modérées :
| Chapitre | Preuves |
|---|---|
| VIII.2 Concombre en saumure | Extrapolé du portefeuille de Wastyk |
| VIII.4 Miso | Inoue 2021 Nutrients, intervention humaine de 14 jours |
| VIII.8 Légumes mélangés fermentés | Extrapolé du portefeuille de Wastyk |
| IX.3 Fromages affinés | Sharp 2008 J Dairy Sci, ECR sur un gouda probiotique chez la personne âgée |
| XV.28 Kombucha | Portefeuille de Wastyk 2021 + revue de Stiemsma 2020 J Nutr |
Quelle est la cible ? Polyphénols, ellagitanins, anthocyanes → soutien de la matrice de mucine d'Akkermansia muciniphila.
★★★ – Preuves solides d'ECR humains :
| Chapitre | Preuves |
|---|---|
| IV.4 Grenade | Henning 2017 Eur J Nutr + Cortés-Martín 2018 Front Microbiol, ECR humain ellagitanins–Akkermansia |
| X.1 Thé vert / Matcha | Link + revue de Liu 2022 Crit Rev Food Sci Nutr |
| XVI.1 Cacao / chocolat noir | Tzounis 2011 AJCN + essai COSMOS, Sesso 2022 AJCN (n≈21 000) |
★★ – Preuves modérées :
| Chapitre | Preuves |
|---|---|
| III.1 Noix | Holscher 2018 J Nutr, ECR humain sur le microbiome |
| III.3 Pistache | Ukhanova 2014 Br J Nutr, ECR humain + augmentation des Bifidobacterium |
| IV.5 Raisin | Roopchand 2015 Diabetes + Most 2017 AJCN, étude pilote humaine |
| IV.11 Cassis | Wallace 2016 Crit Rev Food Sci Nutr, méta-analyse sur les anthocyanes |
| IV.12 Canneberge | Anhê 2015 Gut chez l'animal + Rodríguez-Morató 2018, étude pilote humaine |
| IV.13 Aronia noir (aronie) | Le Sayec 2022 Mol Nutr Food Res, ECR humain sur les anthocyanes |
| IV.14 Myrtille | Vendrame 2011 J Agric Food Chem + Lacombe 2013 J Funct Foods chez l'humain |
| VII.17 Riz noir | Czank 2013 AJCN, métabolisme de la cyanidine-3-glucoside + Wallace 2016 |
| X.2 Thé noir | Mou 2018 Food Funct, ECR humain Prevotella + théaflavine |
| X.3 Café | Jaquet 2009 Int J Food Microbiol + Asnicar 2024 Nat Med (n>22 000) |
| X.5 Thé pu-erh | Hou 2021 mSystems, module du microbiome humain |
| XI.1 Huile d'olive vierge extra | Revue de Marcelino 2019 Front Nutr + Carnevale 2017, étude pilote humaine |
| XII.2 Moule / huître | Link – association alimentation–microbiome |
| XV.1 Curcuma | Scazzocchio 2020 Nutrients, mécanistique + module du microbiome humain |
| XV.6 Piment / capsaïcine | Kang 2017 mBio + Bonaccio 2019 JACC, épidémiologie cardiovasculaire |
| XIX.1 Germe de brocoli | Egner 2011 Cancer Prev Res, ECR humain sur la biodisponibilité du sulforaphane |
Quelle est la cible ? Substrats de SCFA pour Roseburia, Faecalibacterium prausnitzii et Eubacterium rectale.
★★★ – Preuves solides d'ECR humains :
| Chapitre | Preuves |
|---|---|
| VII.1 Avoine | Connolly 2016 J Funct Foods + allégation EFSA sur les β-glucanes + fermentation en butyrate chez l'humain |
| VII.14 Amidon résistant RS2 | Maki 2012 J Nutr + Walker 2011 ISME J + Bodinham 2014 Endocr Connect + Li 2024 Nat Metab |
| XIII.1 Psyllium | Jalanka 2019 Sci Rep – augmentation sélective de F. prausnitzii + hausse du butyrate sérique |
★★ – Preuves modérées :
| Chapitre | Preuves |
|---|---|
| I.1 Artichaut | Fermentation de l'inuline (butyrate colique secondaire) |
| I.3 Asperge | Fermentation de l'inuline |
| I.4 Chicorée | Fermentation de l'inuline |
| I.14 Topinambour | Fermentation de l'inuline |
| II.1 Lentille | Fermentation humaine du galactomannane + des GOS |
| II.2 Pois chiche | Galactomannane + GOS |
| II.3 Haricot | Fermentation humaine du galactomannane |
| III.7 Graine de lin | Hu 2019 chez l'humain + module du microbiome médié par les lignanes |
| IV.7 Banane verte | Bhattacharyya 2016, étude pilote humaine sur le RS2 |
| V.1 Pruneau | Lever 2014 Clin Nutr + Hooshmand 2022 chez l'humain |
| VII.2 Orge | De Angelis 2015 Appl Environ Microbiol + Aoe 2017 Nutrients |
| VII.3 Seigle complet | Vuholm 2018 J Nutr + Eriksen 2020 Br J Nutr, essai croisé humain |
| VII.4 Blé complet | Costabile 2008 Br J Nutr, ECR humain sur les AXOS |
| VII.7 Maïs | Whisner 2016 J Nutr + Van den Abbeele 2018 Br J Nutr chez l'humain |
| VII.15 Amidon résistant RS3 | Sonia 2015 APJCN + Patterson 2020 J Acad Nutr Diet |
Quelle est la cible ? Production de propionate médiée par les Bacteroidetes → GLP-1, PYY, régulation de l'appétit, réduction de la graisse hépatique.
Les preuves humaines d'ECR spécifiques au propionate sont plus modestes que pour le butyrate – c'est pourquoi il n'y a pas ici de niveau ★★★. Dans les études de fermentation humaines, le propionate apparaît toujours dans une matrice butyrate + propionate.
★★ – Preuves modérées :
| Chapitre | Preuves |
|---|---|
| VII.1 Avoine | Wolever 2010 AJCN – β-glucanes + fermentation humaine en propionate |
| VII.2 Orge | β-glucanes + fermentation humaine en propionate |
| II.1 Lentille | Galactomannane + méta-analyse lipidique de Bazzano 2011 (indirect) |
| II.4 Petit pois et fibre de pois | Fibres prébiotiques de lupin/de pois + étude pilote humaine |
| II.5 Graine de lupin et fibre de lupin | Fermentation humaine en propionate spécifique de la fibre de lupin |
| XIII.1 Psyllium | Méta-analyse de Gibb 2015 AJCN + fermentation en propionate |
| IV.1 Pomme | Pectine → fermentation humaine en propionate |
Quelle est la cible ? Nitrate alimentaire → réduction du nitrate par Veillonella / Rothia / les commensaux buccaux → nitrite → NO systémique → pression artérielle, fonction vasculaire, performance sportive.
★★★ – Preuves solides d'ECR humains :
| Chapitre | Preuves |
|---|---|
| I.11 Betterave | Link + Velmurugan 2016 AJCN, ECR humain dans l'hypertension |
| I.18 Épinard | Bondonno 2016, légumes riches en nitrates + dilatation médiée par le flux chez l'humain |
★★ – Preuves modérées :
| Chapitre | Preuves |
|---|---|
| I.8 Légumes crucifères | Nitrates modérés + portefeuille de Bondonno |
| I.13 Radis | Teneur en nitrates + études pilotes humaines |
Qu'est-ce que cela indique ? Bilophila wadsworthia prolifère avec un apport élevé en graisses animales (surtout saturées) + en acides biliaires conjugués à la taurine. Une proportion chroniquement élevée est pro-inflammatoire et associée à la colite. C'est un risque exigeant un contrôle, pas une contre-indication absolue.
⚠ – Catégorie à risque (chaque item est riche en graisses animales ou en AGS) :
| Chapitre | Preuves |
|---|---|
| XI.2 Beurre | Graisses saturées + contexte de l'hypothèse de matrice d'Astrup 2020 AJCN |
| XI.3 Ghee | Graisses saturées plus concentrées (≈ 60 g d'AGS / 100 g) |
| XI.6 Huile de coco | 82–92% d'AGS + avis de l'AHA, Sacks 2017 Circulation |
| XII.1 Poissons gras de mer | Prise en compte d'une matrice à teneur totale élevée en lipides (sensible au contexte) |
| XII.5 Hareng | Riche en lipides |
| XII.6 Sardine | Riche en lipides + contexte Q-SYMBIO, Mortensen 2014 |
| XII.7 Thon (espèces grasses) | Riche en lipides + double risque lié au mercure |
| XII.8 Saumon | Riche en lipides (sensible au contexte) |
| XII.10 Maquereau | Riche en lipides |
| XII.13 Anguille | Riche en lipides (≈ 18 g/100 g) + rigueur concernant le rétinol |
| XVII.1 Œuf de poule | Cholestérol + voie microbienne choline-TMAO – sensible au contexte |
| XVII.4 Œuf de cane / d'oie | Cholestérol plus élevé (≈ 850 mg/100 g) |
| IX.3 Fromages affinés | Graisses saturées + risque combiné lié à la tyramine |
Qu'est-ce que cela indique ? Une teneur élevée en fructanes, GOS, raffinose, fructose ou sorbitol constitue le substrat producteur de gaz de Methanobrevibacter smithii + Methanosphaera. Chez les personnes sensibles à l'IBS / au SIBO, cela provoque une aggravation symptomatique. Cela peut être dosé (début à 5–10 g/jour, titration), mais un contrôle est nécessaire.
⚠ – Catégorie à risque (FODMAP élevés / substrat fermentescible) :
| Chapitre | Preuves |
|---|---|
| I.1 Artichaut | Fructanes élevés (rouge Monash) |
| I.3 Asperge | Fructanes + raffinose |
| I.4 Chicorée | Inuline (12 g atteignent déjà le seuil de symptômes d'IBS) |
| I.5 Oignon | Fructanes, rouge Monash |
| I.6 Ail | Fructanes, rouge Monash |
| I.7 Poireau | Fructanes, rouge |
| I.14 Topinambour | Inuline (l'une des plus fortes sources naturelles) |
| II.1 Lentille | GOS + raffinose |
| II.2 Pois chiche | GOS + raffinose |
| II.3 Haricot | GOS + raffinose, rouge Monash |
| IV.19 Figue fraîche | Fructose élevé |
| V.1 Pruneau | Concentré de sorbitol + fructose |
| V.2 Datte | Fructose + glucose élevés |
| V.3 Raisin sec | Concentré de fructose + glucose |
| XIII.4 Inuline d'agave | Fructane ramifié, rouge Monash (12 g/jour → symptômes d'IBS) |
Décision clinique : choisissez une cible (p. ex. « soutien fort d'Akkermansia »), consultez la liste ★★★ et, à partir de là, chaque aliment est classé, preuves à l'appui. La matrice des contre-indications (annexe B) permet de filtrer davantage pour un patient donné.
Planification de l'alimentation du donneur : pour une rotation hebdomadaire, choisissez 2–3 aliments par cible dans le groupe ★★★. La diversité soutient non seulement le goût, mais aussi la réponse du microbiome.
Gestion du risque : le marquage ⚠ n'est pas une interdiction, mais une question de dosage. Dans les cas d'IBS / de SIBO, titrez les items de la liste 8 en commençant à 5 g/jour, avec une augmentation progressive sur 2–4 semaines.
Mise à jour avec les nouvelles preuves : les tableaux sont dynamiques – à mesure que de nouveaux ECR paraissent, les niveaux de preuve sont actualisés. Ils reflètent l'état de l'édition v1.5 au 2026-06-02.
La classification a été réalisée selon des critères d'audit stricts élaborés lors de la revue interne de Food Sources v1.5 :
- 7a) Exactitude de l'attribution des revues : PMC, Wikipédia et les autres sources d'indexation / de vulgarisation ne sont PAS considérés comme des sources à comité de lecture.
- 7b) Correspondance du contexte : l'ECR cité s'applique à la forme spécifique de l'aliment examiné (p. ex. inuline de chicorée ≠ VLCI d'artichaut, ail ≠ ail noir).
- 7c) Interdiction des sources sans comité de lecture : seuls les revues à comité de lecture et les documents officiels de l'EFSA / l'EMA / Cochrane / l'OMS / la FDA peuvent être inclus.
- 7d) Cohérence des années : l'année indiquée dans le texte et le numéro de référence doivent concorder.
- 7e) Distinction méta-analyse vs ECR : une méta-analyse ne peut pas être citée comme un ECR individuel.
Si une affirmation ne satisfait pas aux critères ci-dessus, l'aliment est retiré de la liste ou se voit attribuer un niveau de preuve inférieur. Lors de la revue complète des 196 chapitres, 33 véritables erreurs factuelles et 54 incohérences d'attribution ont été corrigées pour la version v1.5 (voir `SCI-REVIEW-FIXES.md`).