28. Produits hydroponiques

Les produits hydroponiques sont de vrais aliments nourrissants, mais ils sont dépourvus de la diversité microbienne du sol qui aide à éduquer le système immunitaire par l'exposition environnementale quotidienne.

Des plantes privées de nutriments et leurs implications pour le microbiote

Les produits cultivés en hydroponie sont dépourvus de l'exposition microbienne diversifiée liée au sol, essentielle à un microbiote humain robuste.

La question de savoir si les produits hydroponiques diffèrent réellement des produits cultivés en pleine terre pour la santé intestinale s'emmêle souvent avec une question plus large : la vie moderne nous prive-t-elle d'une exposition microbienne dont notre système immunitaire et notre intestin dépendaient autrefois ? Une étude publiée en 2012 dans les Proceedings of the National Academy of Sciences par Ilkka Hanski et ses collègues de l'université d'Helsinki aide à situer cette question avec précision. [188] L'étude a inclus 118 adolescents vivant dans des zones semi-rurales et rurales de Finlande. Pour chaque foyer, l'équipe a cartographié la biodiversité de l'environnement alentour – la variété des espèces végétales dans le voisinage immédiat de l'habitation. Elle a aussi échantillonné le microbiote cutané de chaque participant et mesuré la sensibilisation allergique par des tests immunologiques standard. Les résultats ont montré une relation constante : les adolescents vivant dans des environnements à plus grande biodiversité végétale avaient un microbiote cutané plus diversifié. Plus précisément, ils présentaient une abondance relative plus élevée de Gammaproteobacteria et de taxons apparentés à la surface de la peau. Fait important, une plus forte abondance de ces bactéries cutanées particulières était associée négativement à la sensibilisation allergique – les participants au microbiote cutané plus riche, issus d'environnements biodivers, étaient moins susceptibles de présenter une réactivité immunitaire aux allergènes courants. [188] L'étude ne comportait pas d'intervention alimentaire. Elle ne mesurait pas directement le microbiote intestinal. Ce qu'elle mesurait, c'était la chaîne allant de la biodiversité environnementale au microbiote des surfaces corporelles puis aux résultats immunitaires – et cette chaîne était mesurable et statistiquement robuste. Le mécanisme proposé était que les microbes environnementaux fournissent une stimulation immunitaire régulière et de faible intensité, qui maintient les réponses immunitaires régulatrices et prévient la réactivité excessive caractéristique de l'allergie. [188] La pertinence pour ce chapitre est indirecte mais claire. Les légumes hydroponiques sont un élément d'un mode de vie moderne plus large, caractérisé par un contact réduit avec des environnements naturels et biodivers. L'inquiétude au sujet des produits hydroponiques ne porte pas d'abord sur ce que contient le légume – les fibres, les vitamines et les polyphénols restent largement intacts. Elle porte sur ce qui est absent : le « saupoudrage » microbien environnemental qui accompagne les produits cultivés en plein champ, l'exposition au marché, le contact avec la terre en extérieur et le contexte écologique plus large des systèmes alimentaires ruraux. L'étude de Hanski ne met pas l'hydroponie en accusation. Elle aide à comprendre pourquoi la question compte : la biodiversité environnementale atteint le système immunitaire humain en partie via le microbiote, et la production alimentaire moderne est l'un des nombreux facteurs qui ont réduit cette voie.

Quand des patients demandent si les légumes cultivés en hydroponie sont « inférieurs » pour la santé intestinale, je commence généralement par un point pratique. Les produits hydroponiques sont de vrais aliments. Ils apportent souvent des quantités appréciables de vitamines, de minéraux et de fibres alimentaires, et pour beaucoup de gens ils constituent un moyen fiable de manger davantage de végétaux–surtout en ville ou aux saisons où les produits de plein champ sont rares.

L'agriculture hydroponique fait pousser les plantes dans des solutions nutritives à base d'eau plutôt que dans le sol, souvent en serre contrôlée. De ce fait, les communautés microbiennes entourant les racines et présentes à la surface des plantes peuvent différer de celles des cultures de plein champ. Cette différence n'est pas une simple question de « plus de microbes » contre « moins de microbes ». Il est plus exact de dire que l'exposition microbienne peut différer par sa source et sa composition.

Il importe aussi de garder l'échelle à l'esprit. Les bactéries présentes sur une feuille de laitue ne sont pas celles qui forment un microbiote intestinal adulte stable. De nombreux microbes associés aux aliments traversent le tube digestif sans devenir des résidents permanents. Cela dit, même une exposition brève peut être biologiquement pertinente, car les microbes et leurs métabolites peuvent interagir avec le système immunitaire et la paroi intestinale pendant le transit [187].

Ce qui façonne le plus sûrement le microbiote intestinal n'est pas la méthode de culture mais le schéma alimentaire dans la durée. La qualité de l'alimentation, la diversité des fibres, la régularité des repas, les médicaments–en particulier les antibiotiques–et le mode de vie global ont des effets plus forts et plus constants que les microbes attachés à un aliment isolé. C'est pourquoi une alimentation riche en fibres végétales variées reste la stratégie la plus fiable pour soutenir le métabolisme microbien [188].

De ce point de vue, les légumes hydroponiques peuvent tout à fait soutenir le microbiote. Ils apportent des glucides fermentescibles et des composés végétaux que les microbes intestinaux utilisent pour produire des métabolites bénéfiques comme les acides gras à chaîne courte. Ces fonctions dépendent davantage de la variété végétale consommée que du fait que les légumes aient poussé dans la terre ou dans un système contrôlé [542].

Les différences de microbiote entre milieux ruraux et urbains sont parfois discutées comme si elles tenaient à un seul facteur, tel qu'un « moindre contact avec la terre ». En réalité, elles reflètent tout un ensemble d'expositions : biodiversité environnementale, variété alimentaire, contact avec les animaux, pratiques d'hygiène et habitudes de consommation de médicaments. L'hydroponie peut être un petit élément d'un mode de vie moderne plus large, mais il est peu probable qu'elle en soit à elle seule le moteur principal.

En pratique clinique, l'enseignement le plus utile est simple. Si quelqu'un mange plus de légumes parce que les produits hydroponiques sont accessibles, c'est généralement un gain net. Si quelqu'un s'inquiète de manquer d'exposition environnementale, la meilleure réponse n'est pas d'éviter l'hydroponie mais de renforcer les fondations : plus de diversité végétale, des repas réguliers, du temps passé dehors et un moindre recours aux aliments ultra-transformés.

Les produits hydroponiques trouvent donc mieux leur place lorsqu'on les voit comme un outil parmi d'autres dans un plan plus large. Une alimentation stable, variée et riche en fibres construit la résilience microbienne. Lorsque ces bases sont en place, l'écosystème intestinal tend à rester plus stable–que les légumes viennent d'un champ, d'une serre ou d'une ferme verticale.

Comment intégrer les produits hydroponiques dans une alimentation favorable à l'intestin

En pratique, les légumes hydroponiques peuvent faire partie d'une alimentation favorable au microbiote lorsqu'ils s'inscrivent dans un schéma varié d'aliments végétaux issus de différentes sources.

Les patients gagnent souvent à se concentrer sur la diversité végétale–légumes-feuilles, légumineuses, légumes-racines, fruits et céréales complètes–plutôt que sur le mode de culture d'un aliment isolé.

Les produits frais, hydroponiques ou de plein champ, apportent des fibres fermentescibles et des polyphénols qui soutiennent les bactéries productrices de butyrate et la signalisation immunitaire muqueuse.

L'accès à des légumes de saison et disponibles localement peut améliorer la qualité de l'alimentation et la régularité de la consommation de légumes, ce qui compte davantage que les différences entre systèmes de culture.

Des aliments fermentés peuvent être associés aux légumes pour apporter des métabolites microbiens supplémentaires et de la variété alimentaire.

Une activité extérieure en sécurité, le jardinage ou le contact avec des environnements biodivers peuvent accroître l'exposition environnementale et l'activité physique, deux facteurs associés à la santé immunitaire et métabolique.

Laver les produits pour des raisons de sécurité est important, mais une préparation hygiénique de routine n'élimine pas la valeur nutritionnelle des légumes ni leur soutien au microbiote.

Pendant la récupération après des antibiotiques ou une maladie gastro-intestinale, les cliniciens privilégient habituellement des repas simples, riches en végétaux et peu transformés, plutôt que de se focaliser sur l'opposition hydroponie/pleine terre.

Les habitudes alimentaires du foyer comptent ; lorsque les repas incluent régulièrement un large éventail d'aliments végétaux, la résilience microbienne tend à s'améliorer quelle que soit la méthode de culture.

Globalement, les légumes hydroponiques se comprennent au mieux comme un élément d'un schéma alimentaire plus large centré sur la diversité végétale, un apport suffisant en fibres et des routines de repas régulières.

Effets sur le microbiote

• Les légumes hydroponiques et ceux cultivés en terre peuvent différer par les communautés microbiennes de leur surface, mais la plupart des microbes associés aux aliments ne colonisent pas durablement l'intestin humain [186].
• La composition à long terme du microbiote intestinal est façonnée principalement par la diversité des fibres alimentaires, les médicaments (en particulier les antibiotiques), les infections et le mode de vie, plutôt que par les microbes présents à la surface des plantes [188].
• Les produits hydroponiques apportent tout de même des fibres fermentescibles et des polyphénols qui soutiennent les bactéries productrices de butyrate comme Faecalibacterium prausnitzii et les taxons apparentés [542].
• Les différences d'exposition microbienne environnementale entre modes de vie ruraux et urbains sont multifactorielles et impliquent le contact avec la terre, les animaux, la variété alimentaire et l'activité en extérieur–et non le seul mode de culture des légumes [186].
• L'exposition précoce aux environnements de ferme a été associée à un moindre risque d'allergie, mais cet effet reflète une biodiversité environnementale complexe plutôt que l'absence d'aliments hydroponiques [187].
• Certains microbes environnementaux issus des aliments ou du sol peuvent interagir transitoirement avec l'immunité muqueuse sans établir de colonisation durable.
• Il n'existe pas de données constantes montrant que les produits hydroponiques réduisent Bifidobacterium, Lactobacillus ou la diversité microbienne globale chez les personnes en bonne santé.
• Les alimentations pauvres en diversité végétale–quel que soit le mode de culture–peuvent réduire la production d'acides gras à chaîne courte et influencer la signalisation immunitaire et la fonction de barrière intestinale [542].
• L'exposition microbienne environnementale par le jardinage, l'activité en extérieur et le contact avec des environnements biodivers peut influencer le développement immunitaire, mais ces effets sont indépendants de la consommation d'aliments hydroponiques.
• Une alimentation variée incluant des légumes de plusieurs origines, des légumineuses, des céréales complètes et des aliments fermentés offre le soutien le plus fiable à la résilience microbienne.

Conseils au patient

• Essayez de manger chaque semaine des légumes de plusieurs origines, et non d'un seul type de culture.
• Visez la diversité végétale au quotidien : légumes, légumineuses, fruits et céréales complètes.
• Incluez une petite portion d'aliment fermenté la plupart des jours (p. ex. kéfir, yaourt, choucroute).
• Lavez normalement les légumes pour des raisons de sécurité, mais évitez les désinfectants chimiques superflus.
• Passez régulièrement du temps dehors (marche, jardinage) pour soutenir la santé immunitaire et métabolique globale.
• Après des antibiotiques ou une maladie digestive, privilégiez des repas simples, riches en fibres et peu transformés.
• Ajoutez régulièrement des aliments riches en prébiotiques comme les oignons, l'ail, les poireaux, l'avoine ou les haricots.
• Gardez des repas réguliers et variés ; la régularité aide votre microbiote à s'adapter et à récupérer.

Références

[186] Lichtenberg SS, Sivaganesan M, Shanks OC. Microbiome methods to assess produce quality and safety. mSphere. 2021. Link

[187] Pham ND, Kim HJ, Kim IH et al. The impact of production system on microbiome and safety of fresh-cut vegetables. Front Microbiol. 2021. Link

[188] Hanski I, von Hertzen L, Fyhrquist N et al. Environmental biodiversity, human microbiota, and allergy are interrelated. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012. Link

[542] McDonald D, Hyde E, Debelius JW et al. American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems. 2018. Link