III. 3. La procédure de FMT

Savoir à quoi s'attendre fait partie du traitement : ce chapitre passe en revue chaque mode d'administration et les sensations qui comptent comme normales.

Savoir à quoi s'attendre fait partie du traitement

La procédure de FMT n'est pas un événement unique et uniforme. Selon la voie d'administration, le diagnostic du patient et la phase de traitement, l'expérience diffère sensiblement. Ce qui est constant d'un format à l'autre, c'est que la procédure est conçue pour être sûre, peu invasive et reproductible. Comprendre ce qui va se passer – et quelles sensations et réponses sont normales – peut, conformément aux principes généraux d'éducation du patient, réduire l'anxiété d'anticipation et soutenir l'observance du plan de traitement [468].

Ce chapitre décrit le vécu de la procédure du point de vue du patient pour chaque format d'administration utilisé en pratique de FMT : administration par coloscopie, FMT orale par capsules et lavement de rétention. L'accent est mis sur ce que le patient éprouve directement – avant, pendant et immédiatement après chaque type de procédure – ainsi que sur la justification clinique de chaque étape. Les signaux d'alerte précis qui exigent un contact médical immédiat sont traités en détail au chapitre II.4.

La FMT par coloscopie – la procédure d'induction à forte dose

La FMT par coloscopie est la méthode d'administration à la dose la plus élevée actuellement en usage clinique. Elle est typiquement réservée à l'induction de phase 1 dans l'infection récidivante à Clostridioides difficile et chez certains patients non-ICD nécessitant un ensemencement microbien rapide et profond. La procédure suit le même cadre général qu'une coloscopie diagnostique et est réalisée par un gastro-entérologue ou un spécialiste colorectal dans une unité d'endoscopie.

Avant la procédure. Le patient aura effectué la préparation intestinale décrite au chapitre II.2. À l'arrivée dans l'unité d'endoscopie, une brève évaluation clinique est réalisée : les constantes vitales sont relevées, tout changement de symptômes ou de médicaments depuis le dernier contact clinique est noté, et le consentement éclairé écrit est confirmé. Une voie veineuse est typiquement posée pour permettre la sédation. Le patient enfile une blouse de procédure et est installé en décubitus latéral gauche sur la table. Une sédation consciente légère à modérée – le plus souvent par midazolam et fentanyl, ou par propofol selon les pratiques locales et la préférence du patient – est administrée par un anesthésiste ou une infirmière d'endoscopie formée [751]. Le patient reste conscient et réactif, mais il est typiquement détendu et n'éprouve que peu ou pas d'inconfort pendant la procédure elle-même.

Pendant la procédure. Le coloscope est avancé dans tout le côlon jusqu'au cæcum et à l'iléon terminal sous contrôle visuel direct. La durée totale d'insertion est typiquement de 10–20 minutes. Une fois le coloscope positionné au cæcum, la préparation de FMT – une suspension de selles de donneur traitée et filtrée dans du sérum physiologique (ou, pour les préparations congelées, dans le cryoprotecteur glycérolé décongelé) – est instillée par le canal opérateur du coloscope tandis que l'instrument est lentement retiré. Le consensus européen recommande au moins 30 g de selles par procédure, dilués dans trois à cinq volumes de solvant ; une suspension de 200–500 mL peut être délivrée sans danger dans le côlon [016], [447]. L'instillation est répartie sur le côlon droit, le côlon transverse et le côlon gauche pendant le retrait, ce qui maximise le contact avec la surface muqueuse et réduit le risque que la préparation stagne dans un seul segment. Le patient ressent typiquement de légères crampes ou une sensation de plénitude pendant l'instillation, qui se dissipe rapidement. La durée totale de la procédure, de l'insertion au retrait de l'endoscope, est habituellement de 20–40 minutes.

Après la procédure. Le patient est conduit en salle de réveil et surveillé pendant 30–60 minutes, le temps que la sédation se dissipe. Les constantes vitales sont contrôlées à intervalles réguliers. Un léger inconfort abdominal, des ballonnements ou un besoin impérieux d'aller à la selle sont fréquents durant les 1–2 premières heures et sont attendus : le volume de préparation introduit et la stimulation mécanique de la coloscopie contribuent tous deux à une activité intestinale accrue. Les patients sont encouragés à retenir la préparation aussi longtemps que possible après la procédure – le consensus européen recommande une rétention d'au moins 30 minutes et le décubitus dorsal pour atténuer le besoin d'aller à la selle – afin de maximiser le temps de contact muqueux [016]. Un adulte responsable doit raccompagner le patient à son domicile si une sédation a été utilisée ; la conduite n'est pas autorisée le jour de la procédure. Les patients peuvent reprendre une alimentation normale légère l'après-midi ou le soir même. Les patients reprennent en général leurs activités quotidiennes habituelles peu après la dissipation des effets de la sédation ; le rythme de récupération après la procédure n'a pas été quantifié par des études dédiées, aucun délai fixe ne peut donc être promis [468], [447].

La FMT orale par capsules – le protocole à doses répétées

La FMT par capsules orales est le format d'administration principal de la phase d'évaluation de compatibilité (phase 0), de la phase de consolidation (phase 2) et de la phase de réduction progressive (phase 3) du protocole MicroBiome Bank. Elle est également utilisée pour une induction intensive chez certains patients pour lesquels la coloscopie est contre-indiquée ou non souhaitée. Les capsules contiennent un microbiote de donneur lyophilisé et, avalées entières, libèrent leur contenu dans l'intestin grêle et le côlon [008], [469].

Avant la prise des capsules. Aucun jeûne ni préparation intestinale n'est nécessaire. Selon le protocole de la MicroBiome Bank, le patient doit prendre un repas normal avant les capsules ; l'objectif est de fournir un substrat fermentescible au microbiote libéré. Cette étape est une recommandation de pratique institutionnelle, et non un résultat d'étude publié. Un apport d'au moins 200–300 mL d'eau doit accompagner l'ingestion des capsules pour favoriser leur transit et l'hydratation de la préparation lyophilisée. Les patients devraient éviter de prendre les capsules juste avant de s'allonger, la position couchée ralentissant la vidange gastrique et pouvant retarder la délivrance dans l'intestin grêle.

La prise des capsules. Le nombre de capsules prescrit – qui varie selon la phase et le protocole individuel – doit être pris en une seule fois avec la quantité d'eau prescrite. Les capsules ne doivent pas être ouvertes, mâchées ni dissoutes avant d'être avalées : l'intégrité de la capsule fait partie intégrante du mécanisme de délivrance et son altération exposerait le contenu microbien à l'acide gastrique, réduisant considérablement la viabilité [008]. Si avaler plusieurs capsules est difficile, le patient peut les prendre en deux ou trois groupes plus petits sur 10–15 minutes ; chaque groupe doit être accompagné d'un grand verre d'eau. Certains patients éprouvent de légères nausées lors de la prise de doses plus importantes ; elles sont transitoires et disparaissent habituellement en 30–60 minutes. Si les nausées sont sévères ou accompagnées de vomissements, l'équipe clinique doit être prévenue, car des capsules vomies ne peuvent pas être remplacées sans évaluation clinique.

Après la prise des capsules. Les activités normales peuvent être reprises immédiatement. Aucune période de repos n'est nécessaire. En phase 0, les patients doivent commencer ou poursuivre leurs entrées dans le journal alimentaire et des symptômes dès le jour même : modifications des selles, symptômes abdominaux, niveau d'énergie et toute sensation inhabituelle doivent être consignés quotidiennement. Des changements de fréquence, de couleur ou de consistance des selles dans les premiers jours suivant la prise des capsules sont fréquents et reflètent typiquement la réponse écologique initiale à la préparation du donneur plutôt qu'un processus pathologique. Les selles peuvent apparaître plus molles, plus foncées ou plus fréquentes qu'à l'état de référence pendant cette période ; les symptômes digestifs légers et spontanément résolutifs sont les effets indésirables les plus fréquents associés à la FMT et ne sont pas des signaux d'alerte, à condition qu'il n'y ait pas de sang et que le patient ne présente pas de retentissement général [015], [470].

La FMT par lavement de rétention – une administration basse

L'administration de la FMT par lavement de rétention est utilisée dans des contextes cliniques précis : comme format d'entretien chez certains patients atteints de rectocolite hémorragique, chez les patients pour lesquels la coloscopie n'est pas réalisable et la tolérance aux capsules est mauvaise, et occasionnellement dans les atteintes coliques distales où une administration basse ciblée est préférée. Le volume de la préparation pour lavement varie selon les protocoles – typiquement une suspension de donneur traitée, de quelques dizaines à quelques centaines de millilitres –, administrée au moyen d'un cathéter à lavement standard introduit par voie rectale ; le consensus européen recommande de retenir la préparation au moins 30 minutes après l'instillation [016], [447].

La procédure. Le patient est allongé en décubitus latéral gauche, genoux repliés. Un cathéter lubrifié est doucement introduit sur environ 10–15 cm dans le rectum. La suspension est instillée lentement par gravité ou par une légère pression manuelle sur 2–5 minutes. Le cathéter est retiré et il est demandé au patient de retenir la préparation pendant au moins 30 minutes, idéalement 1–2 heures. Des temps de rétention plus longs sont associés à une distribution colique proportionnellement plus étendue de la préparation et à de meilleurs résultats cliniques [464]. Pour faciliter la rétention, le patient peut changer de position pendant cette période – passer du décubitus latéral gauche au décubitus dorsal puis au décubitus latéral droit à intervalles de 10–15 minutes améliore la distribution dans le côlon gauche et l'angle splénique. Un léger besoin impérieux d'aller à la selle est attendu et peut habituellement être maîtrisé par la relaxation et un changement de position ; si une défécation impérieuse survient avant 20–30 minutes, l'équipe clinique doit en être informée.

Données d'efficacité – le rôle de la voie d'administration. La revue systématique et méta-analyse de Ramai et al. (2021) a comparé les voies d'administration dans l'infection récidivante à C. difficile (rICD) : la FMT par coloscopie s'est révélée supérieure au lavement de rétention et à l'administration par sonde nasogastrique, tout en donnant des résultats comparables à ceux de la FMT par capsules [009]. Cela conforte une décision adaptée au patient – fondée sur sa préférence autant que sur des facteurs cliniques – au moment de choisir la voie d'administration : lorsque la coloscopie n'est pas réalisable, la voie par capsules constitue une alternative sans perte d'efficacité notable, tandis que le lavement et l'administration par voie digestive haute restent en retrait dans la rICD.

Comparaison des procédures – ce que le patient éprouve

Tableau 5 – Comparaison des voies d'administration de la FMT du point de vue du patient # Les sensations décrites sont typiques ; le vécu individuel varie. Toute sensation sortant de la fourchette attendue décrite ci-dessus doit être signalée à l'équipe clinique.

Ce que contient la préparation de FMT – traitement, sécurité et conservation

Le matériel de donneur utilisé dans les préparations de FMT de MicroBiome Bank suit un protocole de traitement structuré en plusieurs étapes avant l'administration. Comprendre ce processus répond à une préoccupation fréquente chez les patients et soutient le consentement éclairé.

La sélection des donneurs. Tous les donneurs de MicroBiome Bank sont des adultes en bonne santé ayant fait l'objet d'un dépistage approfondi comprenant des analyses sanguines (VIH, hépatites B et C, HTLV, syphilis, CMV, EBV), des cultures de selles (C. difficile, pathogènes entériques, œufs et parasites, Helicobacter pylori, norovirus, rotavirus, adénovirus), des panels PCR étendus de pathogènes et un questionnaire détaillé de santé et de mode de vie. Le dépistage est répété tous les 3 mois pendant la période de don active. Ce protocole atteint ou dépasse les normes établies par la Conférence de consensus européenne sur la FMT [016] et par les recommandations d'OpenBiome et des banques de selles internationales [474]. Depuis 2020, le dépistage du SARS-CoV-2 a été ajouté au protocole standard [475].

Traitement et formulation. Le matériel donné est traité dans une fenêtre de temps définie après le recueil, typiquement en conditions anaérobies ou appauvries en oxygène afin de maximiser la viabilité des bactéries anaérobies strictes – les taxons les plus critiques pour la production de SCFA et la résistance à la colonisation. La préparation est filtrée pour éliminer les particules, standardisée en densité microbienne, puis mélangée à un milieu cryoprotecteur avant lyophilisation (séchage par le froid) ou congélation. La lyophilisation (séchage par le froid) donne une forme qui exige une chaîne du froid moins stricte que le produit congelé et qui se conserve plus longtemps, ce qui est indispensable aux protocoles de capsules en ambulatoire ; la durée de conservation exacte et la température d'expédition admise dépendent des données de stabilité validées de la banque de selles [735]. Les préparations congelées sont conservées à −80 °C et décongelées immédiatement avant usage lors des procédures par coloscopie ou par lavement.

Bilan de sécurité. Le taux d'événements indésirables graves dans la FMT – définis comme des événements nécessitant une hospitalisation, un traitement médical spécifique, ou entraînant un préjudice permanent – est faible chez les patients correctement sélectionnés. Une revue systématique de 2021 portant sur 4 241 procédures de FMT a rapporté un taux d'événements indésirables graves d'environ 1–2 %, la majorité étant attribuable à la procédure endoscopique plutôt qu'au matériel de FMT lui-même [015]. La transmission de pathogènes non couverts par les protocoles de dépistage standard est survenue dans de rares cas publiés, ce qui souligne l'importance permanente d'une sélection des donneurs rigoureuse et actualisée à mesure que de nouveaux risques infectieux apparaissent. Les patients présentant une immunosuppression sévère (par exemple après greffe de moelle osseuse, ou sous corticothérapie à forte dose) présentent un risque procédural plus élevé et font l'objet d'une évaluation individualisée du rapport bénéfice/risque avant l'initiation d'une FMT [476].

Effets sur le microbiote

• La FMT par coloscopie délivre le plus grand volume de préparation de donneur, avec un contact muqueux direct sur toute la surface colique. Les données cliniques comparatives montrent que le taux de guérison de l'administration par coloscopie dans l'infection récidivante à C. difficile dépasse celui du lavement et de la sonde nasogastrique [009] ; en revanche, aucune comparaison directe de la densité microbienne ni de la cinétique du remaniement communautaire entre les voies d'administration n'est disponible.
• La FMT orale par capsules délivre des communautés microbiennes viables dans l'iléon et le côlon proximal ; l'enrobage gastro-résistant a pour but de protéger le contenu microbien de l'inactivation par l'acide gastrique. Aucune étude clinique publiée n'a quantifié l'ampleur de la perte de viabilité pendant le transit gastrique ; l'administration par capsules ne s'est toutefois pas révélée moins efficace que la voie coloscopique dans un essai randomisé portant sur l'infection récidivante à C. difficile [008].
• Une rétention aussi longue que possible après une FMT par lavement est l'objectif des protocoles pratiques, car elle allonge le temps de contact muqueux de la préparation et améliore ainsi, en principe, les chances d'attachement microbien et de colonisation initiale ; la relation dose–réponse entre le temps de rétention et la greffe n'a toutefois pas été quantifiée par des études dédiées, aucun palier de durée précis ne peut donc être indiqué [464].
• La sédation utilisée pendant la FMT par coloscopie ne semble pas influencer notablement les taux de greffe ; toutefois, les agents de sédation à base d'opioïdes ralentissent transitoirement la motricité intestinale, ce qui peut prolonger la rétention colique de la préparation instillée et éventuellement favoriser sa distribution après la procédure [447].
• Le traitement anaérobie des préparations de FMT vise à préserver la viabilité microbienne du produit : la très grande majorité des bactéries coliques sont des anaérobies strictes, nettement sensibles à l'oxygène – parmi elles des taxons producteurs de butyrate comme Faecalibacterium prausnitzii^[G], Roseburia intestinalis et Eubacterium rectale –, de sorte que leur nombre peut chuter, voire qu'elles peuvent disparaître, lorsque le traitement est réalisé en conditions aérobies. Dans un essai randomisé en double aveugle utilisant un matériel de donneur préparé en anaérobiose, le taux de rémission à la semaine 8 était plus élevé qu'avec une FMT autologue [188].
• La lyophilisation (séchage par le froid) préserve la composition et la viabilité de la communauté microbienne sur de longues périodes de conservation, même si de modestes déplacements de composition par rapport au matériel frais d'origine ont été rapportés ; la portée clinique de ces déplacements pour les résultats de greffe est actuellement évaluée dans des essais comparatifs [008].
• Le profil écologique du microbiome du donneur – sa diversité, la composition en espèces clés et la communauté de bactériophages – est transféré au receveur lors de la procédure et constitue le principal déterminant de la structure communautaire après FMT ; la voie procédurale module la densité et la distribution spatiale de ce transfert, mais ne modifie pas fondamentalement quelles espèces sont introduites [156].

Conseils au patient

• Avant toute procédure de FMT, confirmez auprès de votre équipe clinique le format exact que vous recevrez (coloscopie, capsules ou lavement), la date et l'heure prévues, et les étapes de préparation restant à accomplir. Ne présumez pas que les exigences de préparation sont les mêmes que pour une procédure précédente.
• Si une FMT par coloscopie est programmée : organisez-vous pour qu'un adulte responsable vous accompagne et vous ramène à votre domicile. Vous ne serez pas autorisé à conduire le jour de la procédure en raison de la sédation. Prévoyez de rester 2–3 heures au total dans l'unité d'endoscopie, préparation, procédure et réveil compris.
• Si la procédure par coloscopie vous angoisse fortement, parlez-en à l'avance à votre équipe clinique. Des anxiolytiques ou des protocoles de sédation adaptés peuvent être prévus si nécessaire ; une anxiété d'anticipation non prise en charge réduit la coopération pendant la procédure et accroît l'inconfort ressenti.
• Pour la FMT par capsules : prenez vos capsules avec un grand verre d'eau (200–300 mL au minimum), après un repas normal, et ne vous allongez pas immédiatement après l'ingestion. Si vous avez des nausées, restez en position assise ou debout et respirez lentement ; la sensation passe typiquement en 30–60 minutes. N'ouvrez et n'écrasez les capsules en aucune circonstance.
• Pour la FMT par lavement de rétention : préparez votre environnement avant la procédure – ayez des serviettes, une position confortable et, si possible, une horloge visible pour chronométrer votre période de rétention. Commencez en décubitus latéral gauche, puis tournez lentement vers le décubitus dorsal et le décubitus latéral droit à intervalles de 15 minutes si vous le supportez. Visez la rétention la plus longue possible ; la relation exacte entre le temps de rétention et l'efficacité n'a pas été quantifiée par des études.
• Dans les 24–72 heures suivant toute procédure de FMT, attendez-vous à des changements dans vos selles : consistance plus molle, couleur plus foncée, fréquence accrue ou flatulences plus abondantes sont autant de réponses normales et attendues, qui reflètent l'activité écologique initiale de la communauté du donneur. Ces changements ne nécessitent pas de traitement et ne doivent pas vous inquiéter.
• Consignez vos symptômes dans votre journal alimentaire et des symptômes dès le jour de la procédure. Notez l'heure à laquelle vous avez reçu la préparation, votre première selle après la procédure (heure, score sur l'échelle de Bristol), toute sensation abdominale, votre niveau d'énergie et ce que vous avez mangé. Ce relevé est le principal outil de suivi de votre équipe clinique dans les jours qui suivent immédiatement la procédure.
• Contactez immédiatement votre équipe clinique – ou rendez-vous aux urgences – si vous présentez après une FMT l'un des éléments suivants : fièvre supérieure à 38 °C, sang dans les selles (rouge vif ou noir goudronneux), douleur abdominale sévère non soulagée par des selles normales, vomissements persistants, aggravation notable de votre affection au-delà de la fluctuation initiale attendue, ou tout symptôme général tel que frissons, difficulté à respirer ou éruption cutanée. Ces points sont traités en détail au chapitre II.4.
• Reprenez vos habitudes alimentaires normales dès le lendemain de la procédure, ou plus tôt si vous vous sentez bien. Aucune restriction alimentaire n'est nécessaire dans les jours qui suivent une FMT – maintenir votre apport habituel en fibres est au contraire bénéfique pour la communauté de donneur entrante. Suivez les conseils alimentaires du chapitre III.1 de ce guide.
• Si, pour quelque raison que ce soit, une procédure programmée doit être annulée ou reportée, contactez votre équipe clinique pour la reprogrammer au plus vite. Les interruptions entre les phases – en particulier entre la fin de la phase 0 et le début de l'induction – réduisent la continuité de l'intervention écologique et peuvent imposer un ajustement du protocole.

Références

[008] Kao D, Roach B, Silva M et al. Effect of Oral Capsule– vs Colonoscopy-Delivered Fecal Microbiota Transplantation on Recurrent Clostridium. difficile Infection: A Randomized Clinical Trial. JAMA. 2017. Link

Essai randomisé de non-infériorité chez 116 adultes atteints de CDI récidivante dans trois centres universitaires canadiens, comparant la FMT par capsules orales à la FMT administrée par coloscopie (inclusion 2014–2016 ; marge de non-infériorité de 15%). L'étude visait à déterminer si l'administration par capsules, moins invasive, égale la coloscopie dans la prévention de nouvelles récidives de CDI. Les résultats soutiennent l'équivalence clinique des deux voies, permettant un accès plus large et moins contraignant à la FMT dans la CDI récidivante.

[009] Ramai D, Zakhia K, Fields PJ, Ofosu A, Patel G, Chang S. Fecal Microbiota Transplantation (FMT) with Colonoscopy Is Superior to Enema and Nasogastric Tube While Comparable to Capsule for the Treatment of Recurrent Clostridioides difficile Infection: A Systematic Review and Meta-Analysis. Digestive Diseases and Sciences. 2021. Link

Revue systématique et méta-analyse examinant dans quelle mesure la voie d'administration compte pour la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile. À partir de trois bases de données (PubMed, EMBASE, CINAHL), 26 études totalisant 1309 patients ont été incluses : coloscopie dans 16 études (483), sonde nasogastrique dans 5 (149), lavement dans 4 (360) et capsules dans 4 (301). Les taux de guérison groupés étaient : coloscopie 94,8 pour cent ; capsule 92,1 pour cent ; lavement 87,2 pour cent ; sonde nasogastrique/nasoduodénale 78,1 pour cent. Conclusion : l'administration par coloscopie est supérieure au lavement et à la sonde, mais comparable aux capsules — la voie la moins contraignante ne coûte donc rien en efficacité. Ni la préparation de l'échantillon (fraîche ou congelée) ni le lien avec le donneur n'ont modifié le résultat.

[015] Marcella C, Cui B, Kelly CR, Ianiro G, Cammarota G, Zhang F. Systematic review: the global incidence of faecal microbiota transplantation-related adverse events from 2000 to 2020. Aliment Pharmacol Ther. 2021. Link

Revue systématique de la sécurité de la FMT résumant les événements indésirables (EI) sur 20 ans à partir de 129 études incluant 4 241 patients et 5 688 cures de FMT (recherche dans EMBASE, MEDLINE, Cochrane, CNKI, Wanfang de 2000 à 2020). Les EI ont été classés en EI liés à l'administration ou liés au microbiote. Cette revue fournit le plus vaste ensemble agrégé de données de sécurité de la FMT à ce jour et conforte le profil de sécurité globalement favorable de la FMT dans les CDI récidivantes, tout en signalant que les complications pourraient être sous-rapportées dans la littérature.

[016] Cammarota G, Ianiro G, Tilg H et al. European consensus conference on faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut. 2017. Link

Conférence de consensus européenne élaborant des recommandations fondées sur les preuves relatives à la FMT en pratique clinique, avec 28 experts de 10 pays collaborant au sein de groupes de travail. Les énoncés ont été produits par une revue fondée sur les preuves, évalués électroniquement par un processus Delphi, puis finalisés lors d'une séance plénière de consensus. Les recommandations portent sur les indications de la FMT, la sélection des donneurs, la préparation du matériel fécal, la prise en charge clinique, l'administration des selles et les exigences minimales pour créer un centre de FMT. Le document fournit le cadre européen de standardisation d'une FMT sûre et encadrée.

[156] Ianiro G, Puncochar M, Karcher N, Porcari S, Armanini F, Asnicar F, Segata N. Variability of strain engraftment and predictability of microbiome composition after fecal microbiota transplantation across different diseases. Nat Med. 2022. Link

Meta-analyse metagenomique shotgun integree de 226 triades (donneur, receveur avant et apres la FMT) sur huit types de maladies differents, avec un profilage de souches ameliore. Le resultat cle : **les receveurs presentant une implantation plus elevee des souches du donneur avaient plus de chances d'obtenir un succes clinique** apres la FMT (P=0,017). L'implantation depend du donneur, de la voie d'administration (plusieurs voies — p. ex. gelules plus coloscopie simultanement — donnent une implantation plus elevee) et du receveur (plus elevee chez les patients atteints de maladies infectieuses traites par antibiotiques que chez les patients atteints de maladies non transmissibles sans antibiotiques prealables) ; les especes de Bacteroidetes et d'Actinobacteria s'implantent mieux. Cette entree est la source de l'affirmation du IV.3 selon laquelle, en raison de la variabilite d'implantation dependante du donneur, un lot de donneur alternatif (changement de LOT) peut ameliorer le resultat. **LIMITE :** meta-analyse observationnelle sur huit types de maladies (non la seule CDI), mesurant une association ; elle n'a pas etudie le changement de LOT de produit en tant que tel.

[188] Costello SP, Hughes PA, Waters O et al. Effect of fecal microbiota transplantation on 8-week remission in patients with ulcerative colitis: a randomized clinical trial. JAMA. 2019. Link

Un essai multicentrique, randomisé, en double aveugle mené dans trois centres australiens a inclus 73 adultes atteints de rectocolite hémorragique d'activité légère à modérée. Les patients ont reçu une FMT issue d'un pool de donneurs préparée en conditions anaérobies (n=38) ou une FMT autologue (n=35) par coloscopie, suivie de 2 lavements sur 7 jours, avec un suivi de 12 mois. L'hypothèse était qu'un traitement anaérobie des selles améliore la viabilité microbienne et permet une efficacité avec une FMT plus courte et moins intensive. L'essai soutient l'utilisation d'une FMT préparée en anaérobiose et de courte durée comme traitement d'induction efficace dans la rectocolite hémorragique active.

[447] Peery AF, Kelly CR, Kao D et al. AGA Clinical Practice Guideline on Fecal Microbiota-Based Therapies for Select Gastrointestinal Diseases. Gastroenterology. 2024. Link

Recommandation de pratique clinique de l'AGA, élaborée selon le cadre GRADE, portant sur les thérapies à base de microbiote fécal (FMT conventionnelle, fecal microbiota live-jslm, fecal microbiota spores live-brpk) chez l'adulte atteint d'infection à Clostridioides difficile récidivante ou sévère à fulminante, d'IBD/pochite et d'IBS. Le panel a émis 7 recommandations. Chez l'adulte immunocompétent présentant une CDI récidivante, l'AGA suggère un recours sélectif aux thérapies à base de microbiote fécal après l'antibiothérapie de référence afin de prévenir de nouvelles récidives. Le texte fournit un cadre intégrant les produits approuvés par la FDA et la FMT conventionnelle.

[464] Paramsothy S, Kamm MA, Kaakoush NO et al. Multidonor intensive faecal microbiota transplantation for active ulcerative colitis: a randomised placebo-controlled trial. Lancet. 2017. Link

Paramsothy et ses collègues rapportent l'essai FOCUS, étude randomisée contrôlée contre placebo marquante publiée dans le Lancet en 2017, portant sur la transplantation de microbiote fécal (FMT) intensive multidonneurs dans la rectocolite hémorragique active. Quatre-vingt-un adultes atteints d'UC active légère à modérée ont reçu soit une FMT issue d'un pool de donneurs, soit des lavements placebo, avec une perfusion coloscopique d'induction suivie de lavements cinq jours par semaine pendant huit semaines. Le critère principal, une rémission clinique sans corticoïdes avec rémission ou réponse endoscopique à la semaine 8, a été atteint chez 27% des receveurs de FMT contre 8% des receveurs de placebo (p=0,021). La diversité microbienne augmentait chez les répondeurs, avec des diminutions spécifiques de Fusobacterium et des augmentations d'Eubacterium et de Roseburia. L'essai a établi la FMT multidonneurs à dose intensive comme une stratégie thérapeutique crédible dans l'UC.

[468] Zipursky JS, Sidorsky TI, Freedman CA, Sidorsky MN, Kirkland KB. Patient attitudes toward the use of fecal microbiota transplantation in the treatment of recurrent Clostridium difficile infection. Clin Infect Dis. 2012. Link

Enquête structurée auprès de 192 patients (taux de réponse de 48%) évaluant la disposition à envisager une FMT en cas de CDI récidivante. Soixante-dix pour cent des répondants étaient des femmes et 59% avaient plus de 49 ans. Avec les seules données d'efficacité, 162 répondants (85%) ont choisi la FMT et 29 (15%) les antibiotiques seuls. Après avoir appris la nature fécale de la FMT, 16 répondants sont passés aux antibiotiques, mais la préférence globale pour la FMT est restée essentiellement inchangée (154/192, 81% ; P=0,15). Ces résultats réfutent l'hypothèse selon laquelle des considérations esthétiques expliqueraient la faible adoption de la FMT et attestent de la disposition des patients lorsqu'ils sont correctement informés.

[469] Ianiro G, Bibbo S, Scaldaferri F et al. Fecal Microbiota Transplantation in Inflammatory Bowel Disease: Beyond the Excitement. Medicine (Baltimore). 2014. Link

Revue systématique de la FMT dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (IBD), ayant identifié 31 publications — majoritairement des cas cliniques et des séries de cas, ainsi que 8 essais en ouvert incluant de petites cohortes. Au total, 133 patients atteints d'IBD avaient été traités par FMT au moment de la revue. Les auteurs ont évalué de façon critique l'efficacité, la sécurité et les paramètres procéduraux rapportés. Les résultats reflètent des données précoces hétérogènes, aux signaux prometteurs mais inconstants, justifiant la nécessité d'essais contrôlés de puissance suffisante avant un usage clinique de routine dans les IBD.

[470] Staley C, Khoruts A, Sadowsky MJ. Contemporary Applications of Fecal Microbiota Transplantation to Treat Intestinal Diseases in Humans. Arch Med Res. 2017. Link

Revue (Staley, Khoruts, Sadowsky, Arch Med Res 2017) consacrée aux applications cliniques contemporaines de la transplantation de microbiote fécal (FMT) dans les maladies intestinales humaines. La FMT, transfert du microbiote intestinal d'un donneur sain destiné à restaurer la diversité et la fonction de la communauté microbienne, est devenue une thérapie alternative bien établie dans l'infection récidivante à Clostridium difficile. Les auteurs relèvent également que les essais cliniques et les modèles animaux suggèrent un potentiel prometteur de la FMT dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin et le syndrome métabolique.

[474] Smith MB, Kelly C, Alm EJ. Policy: How to regulate faecal transplants. Nature. 2014. Link

L'article de politique publié dans Nature en 2014 par Smith, Kelly et Alm plaide pour une régulation proportionnée et fondée sur la science de la transplantation de microbiote fécal (FMT). Écrivant dans le sillage de l'enforcement discretion de la FDA pour la CDI récidivante, les auteurs examinent si les selles doivent être régulées comme un médicament, un tissu ou une nouvelle catégorie. Ils soulignent les risques d'une surrégulation (orientant les patients vers des procédures DIY non sûres) et d'une sous-régulation (lacunes du dépistage des donneurs, extension hors AMM). L'article propose un cadre gradué : encadrement allégé pour les indications établies telles que la CDI, supervision plus stricte fondée sur les essais pour les indications expérimentales, et registre de sécurité unifié. Ces recommandations ont façonné les débats réglementaires ultérieurs aux États-Unis, dans l'UE et autour des banques de selles.

[475] Ianiro G, Mullish BH, Kelly CR et al. Screening of faecal microbiota transplant donors during the COVID-19 outbreak: suggestions for urgent updates from an international expert panel. Lancet Gastroenterol Hepatol. 2020. Link

Recommandation d'un panel international d'experts en 2020 : en réponse à la pandémie de COVID-19, un questionnaire de dépistage du SARS-CoV-2 et un test moléculaire (RT-PCR) doivent être ajoutés au dépistage des donneurs de selles, faisant du dépistage du SARS-CoV-2 une composante des protocoles standard de sélection des donneurs de FMT à partir de 2020.

[476] DeFilipp Z, Bloom PP, Torres Soto M et al. Drug-Resistant E. coli Bacteremia Transmitted by Fecal Microbiota Transplant. New England Journal of Medicine. 2019. Link

Description de deux cas de patients inclus dans des essais cliniques de FMT indépendants qui ont développé une bactériémie à Escherichia coli producteur de BLSE après la procédure ; les deux cas ont été reliés au même donneur de selles par séquençage génomique, et un patient est décédé. Le rapport souligne le risque de transmission d'organismes multirésistants par FMT et appuie le renforcement des protocoles de sélection des donneurs. Il fonde les mises à jour réglementaires imposant le dépistage des pathogènes multirésistants sur tout matériel de donneur destiné à la FMT.

[735] Cammarota G, Ianiro G, Kelly CR et al. International consensus conference on stool banking for faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut. 2019. Link

Ce consensus international, réunissant des experts de la FMT d'Europe, d'Amérique du Nord et d'Australie, formule des recommandations sur les banques de selles pour la FMT, couvrant les principes généraux, l'organisation, la sélection et le dépistage des donneurs, le recueil, la préparation et la conservation des selles, les services et les clients, les registres, le suivi des résultats, l'éthique et le rôle clinique évolutif de la FMT. Le consensus a été obtenu par des tours Delphi complétés par une discussion plénière, les énoncés étant étayés par les meilleures données disponibles. Le document guide le développement mondial des banques de selles afin de promouvoir un accès sûr et équitable à la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile.

[751] Early DS, Lightdale JR, Vargo JJ, Acosta RD, Chandrasekhara V, Chathadi KV, Evans JA, Fisher DA, Fonkalsrud L, Hwang JH, Khashab MA, Muthusamy VR, Pasha SF, Saltzman JR, Shergill AK, Cash BD, DeWitt JM. Guidelines for sedation and anesthesia in GI endoscopy. Gastrointestinal Endoscopy. 2018. Link

Un bref résumé de la publication citée est en cours de préparation.