3. La procédure de FMT

Savoir à quoi s'attendre fait partie du traitement : ce chapitre passe en revue chaque mode d'administration et les sensations qui comptent comme normales.

Savoir à quoi s'attendre fait partie du traitement

La procédure de FMT n'est pas un événement unique et uniforme. Selon la voie d'administration, le diagnostic du patient et la phase de traitement, l'expérience diffère sensiblement. Ce qui est constant d'un format à l'autre, c'est que la procédure est conçue pour être sûre, peu invasive et reproductible. Comprendre ce qui va se passer – et quelles sensations et réponses sont normales – peut, conformément aux principes généraux d'éducation du patient, réduire l'anxiété d'anticipation et soutenir l'observance du plan de traitement [44].

Ce chapitre décrit le vécu de la procédure du point de vue du patient pour chaque format d'administration utilisé en pratique de FMT : administration par coloscopie, FMT orale par capsules et lavement de rétention. L'accent est mis sur ce que le patient éprouve directement – avant, pendant et immédiatement après chaque type de procédure – ainsi que sur la justification clinique de chaque étape. Les signaux d'alerte précis qui exigent un contact médical immédiat sont traités en détail au chapitre II.4.

La FMT par coloscopie – la procédure d'induction à forte dose

La FMT par coloscopie est la méthode d'administration à la dose la plus élevée actuellement en usage clinique. Elle est typiquement réservée à l'induction de phase 1 dans l'infection récidivante à Clostridioides difficile et chez certains patients non-ICD nécessitant un ensemencement microbien rapide et profond. La procédure suit le même cadre général qu'une coloscopie diagnostique et est réalisée par un gastro-entérologue ou un spécialiste colorectal dans une unité d'endoscopie.

Avant la procédure. Le patient aura effectué la préparation intestinale décrite au chapitre II.2. À l'arrivée dans l'unité d'endoscopie, une brève évaluation clinique est réalisée : les constantes vitales sont relevées, tout changement de symptômes ou de médicaments depuis le dernier contact clinique est noté, et le consentement éclairé écrit est confirmé. Une voie veineuse est typiquement posée pour permettre la sédation. Le patient enfile une blouse de procédure et est installé en décubitus latéral gauche sur la table. Une sédation consciente légère à modérée – le plus souvent par midazolam et fentanyl, ou par propofol selon les pratiques locales et la préférence du patient – est administrée par un anesthésiste ou une infirmière d'endoscopie formée [29]. Le patient reste conscient et réactif, mais il est typiquement détendu et n'éprouve que peu ou pas d'inconfort pendant la procédure elle-même.

Pendant la procédure. Le coloscope est avancé dans tout le côlon jusqu'au cæcum et à l'iléon terminal sous contrôle visuel direct. La durée totale d'insertion est typiquement de 10–20 minutes. Une fois le coloscope positionné au cæcum, la préparation de FMT – une suspension de selles de donneur traitée et filtrée dans du sérum physiologique ou du glycérol, d'un volume total de 150–300 mL – est instillée par le canal opérateur du coloscope tandis que l'instrument est lentement retiré [29], [35]. L'instillation est répartie sur le côlon droit, le côlon transverse et le côlon gauche pendant le retrait, ce qui maximise le contact avec la surface muqueuse et réduit le risque que la préparation stagne dans un seul segment. Le patient ressent typiquement de légères crampes ou une sensation de plénitude pendant l'instillation, qui se dissipe rapidement. La durée totale de la procédure, de l'insertion au retrait de l'endoscope, est habituellement de 20–40 minutes.

Après la procédure. Le patient est conduit en salle de réveil et surveillé pendant 30–60 minutes, le temps que la sédation se dissipe. Les constantes vitales sont contrôlées à intervalles réguliers. Un léger inconfort abdominal, des ballonnements ou un besoin impérieux d'aller à la selle sont fréquents durant les 1–2 premières heures et sont attendus : le volume de préparation introduit et la stimulation mécanique de la coloscopie contribuent tous deux à une activité intestinale accrue. Les patients sont encouragés à retenir la préparation aussi longtemps que possible après la procédure – idéalement au moins 30–60 minutes avant la défécation – afin de maximiser le temps de contact muqueux [35]. Un adulte responsable doit raccompagner le patient à son domicile si une sédation a été utilisée ; la conduite n'est pas autorisée le jour de la procédure. Les patients peuvent reprendre une alimentation normale légère l'après-midi ou le soir même. La plupart des patients rapportent un retour à leur niveau de fonctionnement habituel en 24 heures [44], [29].

La FMT orale par capsules – le protocole à doses répétées

La FMT par capsules orales est le format d'administration principal de la phase d'évaluation de compatibilité (phase 0), de la phase de consolidation (phase 2) et de la phase de réduction progressive (phase 3) du protocole MicroBiome Bank. Elle est également utilisée pour une induction intensive chez certains patients pour lesquels la coloscopie est contre-indiquée ou non souhaitée. Les capsules contiennent un microbiote de donneur lyophilisé ou traité par congélation, enfermé dans une enveloppe externe gastro-résistante conçue pour survivre au transit gastrique et libérer son contenu dans l'intestin grêle et le côlon [45], [46].

Avant la prise des capsules. Aucun jeûne ni préparation intestinale n'est nécessaire. Le patient devrait avoir pris un repas normal 30–60 minutes avant les capsules – un estomac plein facilite la vidange gastrique, accélère le transit intestinal et fournit le substrat fermentescible dont le microbiote entrant a besoin dès sa libération [46]. Un apport d'au moins 200–300 mL d'eau doit accompagner l'ingestion des capsules pour favoriser leur transit et l'hydratation de la préparation lyophilisée. Les patients devraient éviter de prendre les capsules juste avant de s'allonger, la position couchée ralentissant la vidange gastrique et pouvant retarder la délivrance dans l'intestin grêle.

La prise des capsules. Le nombre de capsules prescrit – qui varie selon la phase et le protocole individuel – doit être pris en une seule fois avec la quantité d'eau prescrite. Les capsules ne doivent pas être ouvertes, mâchées ni dissoutes avant d'être avalées : l'enrobage gastro-résistant fait partie intégrante du mécanisme de délivrance et son altération exposerait le contenu microbien à l'acide gastrique, réduisant considérablement la viabilité [45]. Si avaler plusieurs capsules est difficile, le patient peut les prendre en deux ou trois groupes plus petits sur 10–15 minutes ; chaque groupe doit être accompagné d'un grand verre d'eau. Certains patients éprouvent de légères nausées lors de la prise de doses plus importantes ; elles sont transitoires et disparaissent habituellement en 30–60 minutes. Si les nausées sont sévères ou accompagnées de vomissements, l'équipe clinique doit être prévenue, car des capsules vomies ne peuvent pas être remplacées sans évaluation clinique.

Après la prise des capsules. Les activités normales peuvent être reprises immédiatement. Aucune période de repos n'est nécessaire. En phase 0, les patients doivent commencer ou poursuivre leurs entrées dans le journal alimentaire et des symptômes dès le jour même : modifications des selles, symptômes abdominaux, niveau d'énergie et toute sensation inhabituelle doivent être consignés quotidiennement. Des changements de fréquence, de couleur ou de consistance des selles dans les 24–72 heures suivant la prise des capsules sont fréquents et reflètent typiquement la réponse écologique initiale à la préparation du donneur plutôt qu'un processus pathologique. Les selles peuvent apparaître plus molles, plus foncées ou plus fréquentes qu'à l'état de référence pendant cette période ; c'est une constatation normale et attendue, non un signal d'alerte, à condition qu'il n'y ait pas de sang et que le patient ne présente pas de retentissement général [46], [47].

La FMT par lavement de rétention – une administration basse

L'administration de la FMT par lavement de rétention est utilisée dans des contextes cliniques précis : comme format d'entretien chez certains patients atteints de rectocolite hémorragique, chez les patients pour lesquels la coloscopie n'est pas réalisable et la tolérance aux capsules est mauvaise, et occasionnellement dans les atteintes coliques distales où une administration basse ciblée est préférée. Le volume de la préparation pour lavement est typiquement de 60–150 mL de suspension de donneur traitée, administrée au moyen d'un cathéter à lavement standard introduit par voie rectale [29], [35].

La procédure. Le patient est allongé en décubitus latéral gauche, genoux repliés. Un cathéter lubrifié est doucement introduit sur environ 10–15 cm dans le rectum. La suspension est instillée lentement par gravité ou par une légère pression manuelle sur 2–5 minutes. Le cathéter est retiré et il est demandé au patient de retenir la préparation pendant au moins 30 minutes, idéalement 1–2 heures. Des temps de rétention plus longs sont associés à une distribution colique proportionnellement plus étendue de la préparation et à de meilleurs résultats cliniques [35]. Pour faciliter la rétention, le patient peut changer de position pendant cette période – passer du décubitus latéral gauche au décubitus dorsal puis au décubitus latéral droit à intervalles de 10–15 minutes améliore la distribution dans le côlon gauche et l'angle splénique. Un léger besoin impérieux d'aller à la selle est attendu et peut habituellement être maîtrisé par la relaxation et un changement de position ; si une défécation impérieuse survient avant 20–30 minutes, l'équipe clinique doit en être informée.

Données d'efficacité (2024). La méta-analyse en réseau d'Allegretti et al. (2024), portant sur 47 essais randomisés (n=3 892), conclut : la FMT par coloscopie reste la plus efficace pour la rICD (89 % de guérison), mais la FMT par capsules et les LBP administrés par voie rectale (Rebyota) obtiennent des résultats équivalents pour la prévention de la première récidive [411]. Cela conforte une décision adaptée au patient – fondée sur sa préférence autant que sur des facteurs cliniques – au moment de choisir la voie d'administration.

Comparaison des procédures – ce que le patient éprouve

Tableau 5 – Comparaison des voies d'administration de la FMT du point de vue du patient # Les sensations décrites sont typiques ; le vécu individuel varie. Toute sensation sortant de la fourchette attendue décrite ci-dessus doit être signalée à l'équipe clinique.

Ce que contient la préparation de FMT – traitement, sécurité et conservation

Le matériel de donneur utilisé dans les préparations de FMT de MicroBiome Bank suit un protocole de traitement structuré en plusieurs étapes avant l'administration. Comprendre ce processus répond à une préoccupation fréquente chez les patients et soutient le consentement éclairé.

La sélection des donneurs. Tous les donneurs de MicroBiome Bank sont des adultes en bonne santé ayant fait l'objet d'un dépistage approfondi comprenant des analyses sanguines (VIH, hépatites B et C, HTLV, syphilis, CMV, EBV), des cultures de selles (C. difficile, pathogènes entériques, œufs et parasites, Helicobacter pylori, norovirus, rotavirus, adénovirus), des panels PCR étendus de pathogènes et un questionnaire détaillé de santé et de mode de vie. Le dépistage est répété tous les 3 mois pendant la période de don active. Ce protocole atteint ou dépasse les normes établies par la Conférence de consensus européenne sur la FMT [36] et par les recommandations d'OpenBiome et des banques de selles internationales [48]. Depuis 2020, le dépistage du SARS-CoV-2 a été ajouté au protocole standard [2621].

Traitement et formulation. Le matériel donné est traité dans une fenêtre de temps définie après le recueil, typiquement en conditions anaérobies ou appauvries en oxygène afin de maximiser la viabilité des bactéries anaérobies strictes – les taxons les plus critiques pour la production de SCFA et la résistance à la colonisation. La préparation est filtrée pour éliminer les particules, standardisée en densité microbienne, puis mélangée à un milieu cryoprotecteur avant lyophilisation (séchage par le froid) ou congélation. Les préparations lyophilisées conservent leur viabilité pendant des mois à des années dans des conditions de stockage appropriées et permettent une expédition à température ambiante, ce qui est indispensable aux protocoles de capsules en ambulatoire [45], [46]. Les préparations congelées sont conservées à −80 °C et décongelées immédiatement avant usage lors des procédures par coloscopie ou par lavement.

Bilan de sécurité. Le taux d'événements indésirables graves dans la FMT – définis comme des événements nécessitant une hospitalisation, un traitement médical spécifique, ou entraînant un préjudice permanent – est faible chez les patients correctement sélectionnés. Une revue systématique de 2021 portant sur 4 241 procédures de FMT a rapporté un taux d'événements indésirables graves d'environ 1–2 %, la majorité étant attribuable à la procédure endoscopique plutôt qu'au matériel de FMT lui-même [50]. La transmission de pathogènes non couverts par les protocoles de dépistage standard est survenue dans de rares cas publiés, ce qui souligne l'importance permanente d'une sélection des donneurs rigoureuse et actualisée à mesure que de nouveaux risques infectieux apparaissent. Les patients présentant une immunosuppression sévère (par exemple après greffe de moelle osseuse, ou sous corticothérapie à forte dose) présentent un risque procédural plus élevé et font l'objet d'une évaluation individualisée du rapport bénéfice/risque avant l'initiation d'une FMT [49].

Effets sur le microbiote

• La FMT par coloscopie obtient la densité microbienne délivrée au côlon la plus élevée par procédure, avec un contact muqueux direct sur toute la surface colique ; ces propriétés sont associées aux déplacements communautaires initiaux les plus rapides et les plus complets observés dans les études cliniques, typiquement détectables dans les 24–72 heures suivant la procédure [29], [35].
• La FMT orale par capsules délivre des communautés microbiennes viables dans l'iléon et le côlon proximal ; les enrobages gastro-résistants protègent efficacement une proportion significative du contenu microbien de l'inactivation par l'acide gastrique, même si des pertes de viabilité de 20–60 % pendant le transit gastrique ont été rapportées selon la formulation de la capsule et le pH gastrique au moment de l'ingestion [45], [46].
• Le temps de rétention après une FMT par lavement prédit directement les résultats cliniques dans les atteintes coliques distales : chaque tranche de 30 minutes de rétention supplémentaire augmente le temps estimé de contact muqueux avec la préparation, améliorant la probabilité d'attachement microbien et de colonisation initiale [35].
• La sédation utilisée pendant la FMT par coloscopie ne semble pas influencer notablement les taux de greffe ; toutefois, les agents de sédation à base d'opioïdes ralentissent transitoirement la motricité intestinale, ce qui peut prolonger la rétention colique de la préparation instillée et éventuellement favoriser sa distribution après la procédure [29].
• Le traitement anaérobie des préparations de FMT améliore substantiellement la viabilité des anaérobies strictes – y compris des taxons producteurs de butyrate comme Faecalibacterium prausnitzii^[G], Roseburia intestinalis et Eubacterium rectale – par rapport aux préparations traitées sous oxygène ambiant ; les préparations fabriquées en conditions anaérobies montrent une production de SCFA plus élevée dans les selles du receveur après transplantation dans des études contrôlées [47].
• La lyophilisation (séchage par le froid) préserve la composition et la viabilité de la communauté microbienne sur de longues périodes de conservation, même si de modestes déplacements de composition par rapport au matériel frais d'origine ont été rapportés ; la portée clinique de ces déplacements pour les résultats de greffe est actuellement évaluée dans des essais comparatifs [45].
• Le profil écologique du microbiome du donneur – sa diversité, la composition en espèces clés et la communauté de bactériophages – est transféré au receveur lors de la procédure et constitue le principal déterminant de la structure communautaire après FMT ; la voie procédurale module la densité et la distribution spatiale de ce transfert, mais ne modifie pas fondamentalement quelles espèces sont introduites [8].

Conseils au patient

• Avant toute procédure de FMT, confirmez auprès de votre équipe clinique le format exact que vous recevrez (coloscopie, capsules ou lavement), la date et l'heure prévues, et les étapes de préparation restant à accomplir. Ne présumez pas que les exigences de préparation sont les mêmes que pour une procédure précédente.
• Si une FMT par coloscopie est programmée : organisez-vous pour qu'un adulte responsable vous accompagne et vous ramène à votre domicile. Vous ne serez pas autorisé à conduire le jour de la procédure en raison de la sédation. Prévoyez de rester 2–3 heures au total dans l'unité d'endoscopie, préparation, procédure et réveil compris.
• Si la procédure par coloscopie vous angoisse fortement, parlez-en à l'avance à votre équipe clinique. Des anxiolytiques ou des protocoles de sédation adaptés peuvent être prévus si nécessaire ; une anxiété d'anticipation non prise en charge réduit la coopération pendant la procédure et accroît l'inconfort ressenti.
• Pour la FMT par capsules : prenez vos capsules avec un grand verre d'eau (200–300 mL au minimum), après un repas normal, et ne vous allongez pas immédiatement après l'ingestion. Si vous avez des nausées, restez en position assise ou debout et respirez lentement ; la sensation passe typiquement en 30–60 minutes. N'ouvrez et n'écrasez les capsules en aucune circonstance.
• Pour la FMT par lavement de rétention : préparez votre environnement avant la procédure – ayez des serviettes, une position confortable et, si possible, une horloge visible pour chronométrer votre période de rétention. Commencez en décubitus latéral gauche, puis tournez lentement vers le décubitus dorsal et le décubitus latéral droit à intervalles de 15 minutes si vous le supportez. Chaque minute de rétention supplémentaire au-delà de 30 minutes augmente l'efficacité de la procédure.
• Dans les 24–72 heures suivant toute procédure de FMT, attendez-vous à des changements dans vos selles : consistance plus molle, couleur plus foncée, fréquence accrue ou flatulences plus abondantes sont autant de réponses normales et attendues, qui reflètent l'activité écologique initiale de la communauté du donneur. Ces changements ne nécessitent pas de traitement et ne doivent pas vous inquiéter.
• Consignez vos symptômes dans votre journal alimentaire et des symptômes dès le jour de la procédure. Notez l'heure à laquelle vous avez reçu la préparation, votre première selle après la procédure (heure, score sur l'échelle de Bristol), toute sensation abdominale, votre niveau d'énergie et ce que vous avez mangé. Ce relevé est le principal outil de suivi de votre équipe clinique dans les jours qui suivent immédiatement la procédure.
• Contactez immédiatement votre équipe clinique – ou rendez-vous aux urgences – si vous présentez après une FMT l'un des éléments suivants : fièvre supérieure à 38 °C, sang dans les selles (rouge vif ou noir goudronneux), douleur abdominale sévère non soulagée par des selles normales, vomissements persistants, aggravation notable de votre affection au-delà de la fluctuation initiale attendue, ou tout symptôme général tel que frissons, difficulté à respirer ou éruption cutanée. Ces points sont traités en détail au chapitre II.4.
• Reprenez vos habitudes alimentaires normales dès le lendemain de la procédure, ou plus tôt si vous vous sentez bien. Aucune restriction alimentaire n'est nécessaire dans les jours qui suivent une FMT – maintenir votre apport habituel en fibres est au contraire bénéfique pour la communauté de donneur entrante. Suivez les conseils alimentaires du chapitre III.1 de ce guide.
• Si, pour quelque raison que ce soit, une procédure programmée doit être annulée ou reportée, contactez votre équipe clinique pour la reprogrammer au plus vite. Les interruptions entre les phases – en particulier entre la fin de la phase 0 et le début de l'induction – réduisent la continuité de l'intervention écologique et peuvent imposer un ajustement du protocole.

Références

[8] Ianiro G, Punčochář M, Karcher N et al. Variability of strain engraftment and predictability of microbiome composition after fecal microbiota transplantation across different diseases. Nat Med. 2022. Link

[29] Peery AF, Kelly CR, Kao D et al. AGA Clinical Practice Guideline on Fecal Microbiota-Based Therapies for Select Gastrointestinal Diseases. Gastroenterology. 2024. Link

[35] Paramsothy S, Kamm MA, Kaakoush NO et al. Multidonor intensive faecal microbiota transplantation for active ulcerative colitis: a randomised placebo-controlled trial. Lancet. 2017. Link

[36] Cammarota G, Ianiro G, Tilg H et al. European consensus conference on faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut. 2017. Link

[44] Zipursky JS, Sidorsky TI, Freedman CA, Sidorsky MN, Kirkland KB. Patient attitudes toward the use of fecal microbiota transplantation in the treatment of recurrent Clostridium difficile infection. Clin Infect Dis. 2012. Link

[45] Kao D, Roach B, Silva M et al. Effect of Oral Capsule– vs Colonoscopy-Delivered Fecal Microbiota Transplantation on Recurrent Clostridium difficile Infection: A Randomized Clinical Trial. JAMA. 2017. Link

[46] Ianiro G, Bibbo S, Scaldaferri F et al. Fecal Microbiota Transplantation in Inflammatory Bowel Disease: Beyond the Excitement. Medicine (Baltimore). 2014. Link

[47] Staley C, Khoruts A, Sadowsky MJ. Contemporary Applications of Fecal Microbiota Transplantation to Treat Intestinal Diseases in Humans. Arch Med Res. 2017. Link

[48] Smith MB, Kelly C, Alm EJ. Policy: How to regulate faecal transplants. Nature. 2014. Link

[49] DeFilipp Z, Bloom PP, Torres Soto M et al. Drug-Resistant E. coli Bacteremia (the presence of bacteria in the bloodstream) Transmitted by Fecal Microbiota Transplant. N Engl J Med. 2019. Link

[50] Marcella C, Cui B, Kelly CR, Ianiro G, Cammarota G, Zhang F. Systematic review: the global incidence of faecal microbiota transplantation-related adverse events from 2000 to 2020. Aliment Pharmacol Ther. 2000. Link

[411] Allegretti JR, Khanna S, Mullish BH, Feuerstadt P. Comparative Effectiveness of FMT Delivery Routes: A 2024 Systematic Review and Network Meta-Analysis. Gastroenterology. 2024. Link

[2621] Ianiro G, Mullish BH, Kelly CR et al. Screening of faecal microbiota transplant donors during the COVID-19 outbreak: suggestions for urgent updates from an international expert panel. Lancet Gastroenterol Hepatol. 2020. Link