I. 1. Le microbiote humain et sa prise en charge – cadres cliniques

Votre corps est un écosystème microbien ; lorsque son équilibre s'effondre, la FMT ne vise pas à éliminer un agent pathogène, mais à reconstruire la communauté tout entière.

Construire une nouvelle vie, un microbe à la fois – pourquoi ce manuel existe

Le consensus scientifique considère aujourd'hui le corps humain comme un écosystème dans lequel les microbes participent activement à la digestion, à la régulation immunitaire et à un large éventail de processus métaboliques qui dépassent largement le tube digestif [441]. Cette communauté microbienne est immense : l'intestin humain héberge à lui seul environ 3.8×10¹³ cellules bactériennes (soit approximativement 1:1 avec les cellules de l'hôte), représentant plus de 1 000 espèces à l'échelle de la population (au moins 160 espèces coexistant chez un individu donné) – leur catalogue de gènes combiné est environ 150 fois plus vaste que l'ensemble des gènes humains [442], [443]. Cette communauté – le microbiote^[G] intestinal – n'est pas un spectateur passif de la santé humaine, mais un participant actif de processus tels que la production d'acides gras à chaîne courte, le métabolisme des acides biliaires, l'éducation du système immunitaire, la synthèse de métabolites neuroactifs et la résistance à la colonisation^[G] par les agents pathogènes [111], [444], [445].

Nous reconnaissons désormais que le corps humain est un superorganisme : un écosystème complexe, en interaction dynamique, composé de cellules humaines et de milliers de milliards d'organismes microbiens. La perturbation de cet écosystème – connue sous le nom de dysbiose – est associée à un large éventail de pathologies qui dépassent nettement le cadre des maladies gastro-intestinales : syndrome métabolique, maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (maladie de Crohn et rectocolite hémorragique), affections auto-immunes, troubles de l'humeur et susceptibilité aux infections récidivantes [446], [441]. L'implication thérapeutique est claire : ramener un système perturbé vers un état stable et fonctionnel a des conséquences cliniques mesurables [447].

L'objectif clinique de ce guide est de soutenir la restauration du microbiote chez les patients présentant des affections associées à une dysbiose, par la transplantation de microbiote fécal et par les interventions structurées sur le mode de vie qui lui sont liées. Ce manuel fournit le socle scientifique, les protocoles cliniques encore préliminaires et les outils pratiques pour chaque étape du processus.

Il importe de souligner que ce manuel n'est pas un support promotionnel, mais une référence clinique et scientifique pratique. Chaque affirmation qu'il contient s'appuie sur la littérature évaluée par les pairs ; les références figurent à la fin de chaque chapitre. Les recommandations sont graduées selon la force des preuves, et les conseils bien établis sont explicitement distingués des domaines qui reposent sur des données émergentes ou préliminaires, lesquels n'en sont pas moins importants. Lorsqu'un jugement clinique individuel est nécessaire, ce guide invite expressément le lecteur à consulter son médecin traitant.

La dysbiose – le déséquilibre écologique associé à de nombreuses affections

Un microbiote perturbé, que l'on appelle dysbiose, n'est pas une entité pathologique mais un déséquilibre écologique – un état fonctionnel. La dysbiose^[G] peut se manifester par :

• Une diversité microbienne réduite, qui altère la résilience et la redondance métabolique [114] ;
• Une pullulation d'espèces opportunistes (par exemple Clostridioides difficile (anciennement Clostridium difficile)) [001] ;
• Une dérégulation fonctionnelle, dans laquelle la production métabolique microbienne est anormale même si la composition de la communauté paraît superficiellement intacte.

Le sens de la causalité entre la dysbiose et ces affections n'est pas toujours établi ; dans de nombreux cas, elles se renforcent mutuellement : la matrice bactérienne perturbée amplifie l'inflammation et le dysfonctionnement métabolique, qui à leur tour déstabilisent davantage le microbiote [448]. Interrompre ce cycle – par une restauration écologique plutôt que par la seule suppression des symptômes – constitue la justification thérapeutique de la FMT et des interventions sur le mode de vie décrites dans ce guide.

Il vaut la peine d'introduire le concept opposé : l'eubiose. Dans cet état d'équilibre, la communauté intestinale maintient une grande diversité d'espèces, une activité métabolique fonctionnelle et une résistance à la colonisation – la capacité d'empêcher l'installation d'agents pathogènes par exclusion compétitive^[G] et par suppression médiée par des métabolites [003]. L'eubiose (état équilibré du microbiote intestinal caractérisé par une diversité élevée et une stabilité fonctionnelle) n'est ni un point d'arrivée figé ni une composition définie ; c'est un état fonctionnel dynamique que le microbiote de chaque individu peut atteindre par des voies différentes, selon le terrain génétique, les habitudes alimentaires et l'histoire environnementale [114]. Les interventions décrites dans ce guide visent à créer les conditions dans lesquelles l'eubiose peut réapparaître et se maintenir durablement.

Dans ce contexte, le recours à l'antibiothérapie comme méthode de traitement de l'infection devient un paradoxe : elle élimine les agents pathogènes tout en endommageant davantage l'infrastructure écologique de la résistance à la colonisation [449]. Ce paradoxe est le plus aigu dans l'infection récidivante à C. difficile, où chaque cure d'antibiotique supprime l'agent pathogène tout en éliminant les populations microbiennes compétitrices qui empêcheraient son retour – créant un cycle de récidive que les antibiotiques seuls ne peuvent pas briser [029]. La FMT s'attaque directement à ce paradoxe : en réintroduisant la communauté écologique, plutôt qu'en ciblant simplement l'agent pathogène.

La FMT – une restauration écologique, pas seulement une procédure

Les préparations de FMT – y compris celles qui sont propres à chaque phase, pour l'induction en milieu hospitalier, le traitement de l'ICD, l'évaluation de la compatibilité et la consolidation – sont conçues pour délivrer dans le tube digestif du receveur des communautés microbiennes de donneur diversifiées et contrôlées. L'effet thérapeutique de la FMT dépasse toutefois la simple recolonisation bactérienne. Le greffon apporte des métabolites, des bactériophages, des composés immunomodulateurs et les relations écologiques fonctionnelles entre espèces qui confèrent à la communauté ses propriétés de résilience [450]. Nous appelons ce système la matrice du microbiote. Cette complexité explique pourquoi la FMT restaure une communauté perturbée de façon plus complète que la supplémentation probiotique : elle apporte non pas des souches isolées, mais une communauté intégrée dotée de dynamiques compétitives et métaboliques déjà établies [018], [156].

Une transplantation réussie ne se résume pourtant pas à délivrer des microbes. Il s'agit aussi de créer et de maintenir les conditions écologiques favorables dans lesquelles la communauté entrante peut s'installer, rester compétitive et s'intégrer [108]. Telle est la logique fondatrice des protocoles de traitement : l'intervention de FMT s'inscrit dans un cadre structuré comprenant une évaluation de la compatibilité, une induction, une consolidation et des phases de réduction progressive, chacune optimisant des aspects différents de la restauration écologique. Ce protocole est décrit en détail au chapitre III de ce guide.

Le niveau de preuve de la FMT est le plus élevé dans l'infection récidivante à C. difficile : l'essai randomisé contrôlé de référence a documenté un taux de guérison de 81 % après une dose unique et de 94 % après une dose répétée [029] ; la recommandation clinique qui synthétise les essais randomisés publiés depuis préconise elle aussi la FMT pour prévenir de nouvelles récidives [447]. Dans les affections chroniques non liées à l'ICD – notamment les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, le syndrome métabolique et les troubles gastro-intestinaux fonctionnels – les données sont plus variables, et le protocole de traitement d'autant plus complexe, exigeant une consolidation plus longue et une évaluation minutieuse de la compatibilité [447]. Le chapitre III détaille également les bases scientifiques de ces différences de protocole.

L'exposome – l'environnement qui détermine si la FMT réussit

Au-delà des capsules, le principal déterminant du succès de la colonisation par le microbiote est le patient lui-même – ou plus précisément son exposome. L'exposome^[G] est l'ensemble de toutes les expositions environnementales qu'un individu connaît au cours de sa vie : alimentation, activité physique, sommeil, stress, médicaments, expositions chimiques et environnement social [451], [452]. Tous ces facteurs peuvent nourrir ou perturber l'écosystème microbien. Par exemple :

• Les antibiotiques éliminent les agents pathogènes, mais perturbent simultanément l'intégrité structurelle et fonctionnelle de la communauté microbienne commensale, abolissant la résistance à la colonisation en même temps que l'agent pathogène visé [449].
• Les aliments transformés et les additifs alimentaires favorisent la dysbiose, tandis que les fibres alimentaires fournissent le substrat fermentescible qui entretient les taxons producteurs de SCFA^[G], essentiels à la santé muqueuse et à la régulation immunitaire [238], [068].
• Le stress chronique et un sommeil de mauvaise qualité agissent directement sur l'axe intestin-cerveau, modifiant la composition microbienne par des changements de motricité médiés par le cortisol, une perméabilité épithéliale accrue et des changements de comportement en matière d'alimentation et d'activité physique [082], [061].

Dans le contexte de la FMT, l'exposome joue un rôle clinique spécifique et mesurable : il définit les conditions écologiques dans lesquelles la communauté du donneur est introduite, et au sein desquelles elle doit entrer en compétition et s'établir. Les facteurs environnementaux qui soutiennent la communauté entrante – apport suffisant en fibres alimentaires, sommeil régulier, activité physique modérée, stress maîtrisé, exposition minimale aux antibiotiques inutiles – favorisent une greffe^[G] durable après FMT ; les données humaines directes les plus solides concernent actuellement l'apport en fibres fermentescibles [453], [454]. Un exposome qui joue contre la communauté entrante crée des conditions favorables à la résurgence des espèces qui entretiennent la dysbiose et à la régression écologique.

Sur le plan clinique, une correction progressive de l'alimentation, du sommeil, du stress et de la charge médicamenteuse soutient la résilience microbienne de manière plus fiable que des interventions brutales ou extrêmes. Le questionnaire d'évaluation de l'exposome rempli à la fin de l'évaluation de compatibilité de la phase 0 (le questionnaire D•E•M•I, présenté au chapitre III.2) est l'instrument clinique structuré avec lequel le médecin traitant cartographie le profil d'exposome individuel de chaque patient avant l'induction, en identifiant les obstacles et les facteurs facilitants dont la prise en charge peut optimiser les conditions de la FMT. Les chapitres qui suivent la partie consacrée au protocole de FMT (IV–XIV) décrivent en détail chaque grand domaine de l'exposome, avec des recommandations spécifiques classées selon la force des preuves.

Comment utiliser ce guide – la structure du programme de rétablissement par FMT

Ce guide suit le parcours clinique du patient, de la période précédant la FMT jusqu'à l'entretien au long cours de l'écosystème restauré. Il n'est pas destiné à être lu d'un bout à l'autre en une seule fois ; c'est un document de référence, à utiliser chapitre par chapitre au fur et à mesure de l'avancée du traitement. Le tableau ci-dessous résume la structure du guide et son rapport avec les phases du protocole clinique.

Tableau 1 – Structure des chapitres du guide et correspondance avec le protocole clinique # Les chapitres III.1 à III.7 couvrent l'ensemble du protocole de FMT ; les chapitres consacrés à l'exposome (IV–XIV) s'appliquent en parallèle pendant toute la durée du traitement.

Quatre principes régissent la manière d'utiliser ce guide le plus efficacement possible :

• Suivez l'ordre du protocole. Lisez les sous-chapitres du chapitre III dans l'ordre indiqué ; ne sautez pas d'étape – chaque section s'appuie sur la précédente.
• La coordination entre l'équipe clinique et le patient est essentielle. Ce guide complète le traitement clinique, il ne le remplace pas. En cas de divergence entre ce guide et les consignes d'un médecin, ces consignes priment toujours. Ce guide vise à faire comprendre la logique qui sous-tend les décisions cliniques, non à permettre à un patient de prendre seul des décisions cliniques.
• L'utilisation du journal alimentaire et des symptômes dès le premier jour est recommandée. Les chapitres consacrés au protocole de FMT y renvoient en permanence : c'est le principal outil de suivi clinique à chaque phase du traitement. Commencez à le remplir avant votre première dose de FMT et tenez-le avec constance. La qualité de ses entrées influence directement la qualité des décisions cliniques prises pour vous.
• Introduisez les changements de mode de vie progressivement. Les chapitres consacrés à l'exposome (IV–XIV) décrivent plusieurs domaines d'intervention simultanés. N'essayez pas de tout changer d'un coup. Donnez la priorité aux changements que votre équipe clinique recommande, dans l'ordre qu'elle indique, en fonction de votre profil d'exposome individuel. Chaque nouveau schéma de comportement devrait être appliqué et consolidé au cours d'une fenêtre d'intégration de 14–21 jours.

Tous les autres chapitres constituent un matériel de référence. Ils sont organisés de façon que l'on puisse aller directement au sujet le plus pertinent pour la situation du moment – qu'il s'agisse d'une question alimentaire, d'une préoccupation médicamenteuse ou d'un facteur environnemental à comprendre.

Une dernière réflexion – la santé est un écosystème, pas un champ de bataille

Le message clé de ce manuel est simple : la santé n'est pas l'absence de microbes, mais la présence d'une vie microbienne équilibrée. Le modèle thérapeutique qu'incarne ce guide est écologique, non éliminatif : plutôt que de viser l'élimination des agents pathogènes, il restaure la communauté compétitrice qui rend impossible l'installation d'agents pathogènes – et le passage de certains microbes à un état pathogène ; plutôt que de supprimer les symptômes par les seuls agents pharmacologiques, il reconstruit l'infrastructure écologique d'où une rémission durable peut émerger de façon pérenne. Ce n'est pas un rejet de la médecine conventionnelle, mais une extension de la biologie humaine à sa dimension écologique.

La dysbiose n'est pas associée à une seule maladie – elle est liée à de nombreuses affections, même si la force des preuves et les relations de causalité diffèrent considérablement selon l'indication. La restauration du microbiote ne consiste pas à éliminer ce qui est nuisible, mais à reconstruire ce qui est bénéfique. Le protocole de FMT, les interventions sur l'exposome et les conseils de mode de vie servent tous cette finalité écologique.

Avec ce guide, le traitement par FMT et des interventions délibérées sur le mode de vie, nous ne traitons pas seulement une maladie. Nous créons les conditions permettant l'émergence d'une communauté microbienne intestinale plus résiliente et plus diversifiée. Les chapitres qui suivent décrivent chaque étape de ce travail.

Chapitre III.6 – Signaux d'alerte : information à lire avant l'administration de la première dose. Quels symptômes exigent un contact immédiat entre le médecin et le patient.

Chapitre XVIII.4 – Journal alimentaire et des symptômes : à remplir à partir du jour 1 de la phase 0 ; outil de suivi du patient. Les données influencent directement le choix du matériel de donneur approprié et la décision clinique.

Chapitre XVIII.6 – Guide des priorités : information à revoir au début de chaque phase de traitement. Il énumère les trois éléments les plus importants pour cette phase.

Références

[001] Seekatz A, Safdar N, Khanna S. The role of the gut microbiome in colonization resistance and recurrent. Therapeutic advances in gastroenterology. 2022. Link

Résistance à la colonisation du microbiote intestinal et thérapie par FMT dans la rCDI — Un microbiote sain inhibe la colonisation par C. difficile (compétition nutritionnelle, acides biliaires, SCFA, bactériocines). Antibiotiques → dysbiose → CDI. La FMT restaure la diversité. Les anticorps monoclonaux ne traitent pas la dysbiose.

[003] Reed AD, Theriot CM. Contribution of Inhibitory Metabolites and Competition for Nutrients to Colonization Resistance against Clostridioides difficile by Commensal Clostridium**. Microorganisms. 2021. Link

Cette revue examine comment les espèces commensales de *Clostridium* assurent la résistance à la colonisation par C. difficile. Les *Clostridia* commensaux transforment les acides biliaires primaires en acides biliaires secondaires qui inhibent la germination des spores et la croissance végétative de C. difficile. Ils produisent en outre des peptides antimicrobiens et des acides gras à chaîne courte qui inhibent directement C. difficile, et entrent en compétition pour des nutriments limitants tels que la proline, importante pour la croissance de C. difficile via la fermentation de Stickland. La perte des *Clostridia* commensaux après antibiothérapie à large spectre constitue une étape mécanistique clé vers la susceptibilité à la CDI. Les auteurs en concluent qu'il existe un besoin urgent de nouvelles thérapies contre la CDI ; la validation clinique des consortiums définis de *Clostridium* ne provient pas de cette revue, mais de l'essai de phase 2 de VE303 [56].

[018] Suez J, Zmora N, Zilberman-Schapira G, Mor U, Dori-Bachash M et al. Post-Antibiotic Gut Mucosal Microbiome Reconstitution Is Impaired by Probiotics and Improved by Autologous FMT. Cell. 2018. Link

Étude chez l'homme et la souris portant sur le devenir du microbiome de la muqueuse intestinale après une cure d'antibiotiques. Trois voies ont été comparées : la récupération spontanée, un probiotique à 11 souches et la transplantation fécale autologue, c'est-à-dire la restitution de la flore propre congelée avant l'antibiotique. Le probiotique a colonisé la muqueuse mais a retardé le retour du microbiome indigène et de l'expression génique muqueuse de l'hôte, l'écart persistant durant des mois. La transplantation autologue a en revanche permis une récupération quasi complète en quelques jours. Conclusion : après une antibiothérapie, un probiotique n'est pas un complément neutre et peut ralentir le retour de la flore propre ; c'est un greffon microbiotique complet qui remplace la communauté manquante.

[029] van Nood E, Vrieze A, Nieuwdorp M, Fuentes S, Zoetendal EG, de Vos WM, Visser CE, Kuijper EJ, Bartelsman JF, Tijssen JG, Speelman P, Dijkgraaf MG, Keller JJ. Duodenal infusion of donor feces for recurrent Clostridium. difficile. The New England Journal of Medicine. 2013. Link

Le premier essai randomise controle comparant la transplantation de microbiote fecal au traitement antibiotique standard dans l'infection recidivante a *Clostridioides difficile*. Les patients ont ete repartis en trois bras : selles de donneur administrees par sonde duodenale apres une courte cure de vancomycine, vancomycine seule, ou vancomycine avec lavage intestinal. L'essai a ete interrompu de facon anticipee tant la difference etait importante : dans le bras transplantation, 81 pour cent des patients etaient gueris apres la premiere infusion et 94 pour cent en comptant les infusions repetees, contre 31 et 23 pour cent dans les deux bras vancomycine. Apres le traitement, la diversite de la flore fecale des patients s'est rapprochee de celle des donneurs. Ce travail a fait de la transplantation de microbiote un traitement fonde sur les preuves et constitue le point de depart du schema posologique du present protocole.

[061] Benedict C, Vogel H, Jonas W et al. Gut microbiota and glucometabolic alterations in response to recurrent partial sleep deprivation in normal-weight young individuals. Mol Metab. 2016. Link

Étude randomisée en cross-over intra-sujet chez 9 hommes de poids normal comparant deux nuits de privation partielle de sommeil (PSD ; 02:45-07:00) à deux nuits de sommeil normal (22:30-07:00), dans des conditions standardisées de repas et d'exercice en laboratoire. Des échantillons fécaux ont été recueillis et une hyperglycémie provoquée par voie orale a été réalisée. L'étude a évalué si une perte de sommeil de courte durée modifie la composition du microbiote intestinal et sa fonction métabolique, apportant des données humaines précoces reliant la restriction de sommeil à des modifications aiguës du microbiote et à une insulinorésistance.

[068] Desai MS, Seekatz AM, Koropatkin NM et al. A dietary fiber-deprived gut microbiota degrades the colonic mucus barrier and enhances pathogen susceptibility. Cell. 2016. Link

Chez des souris gnotobiotiques colonisées par un microbiote intestinal humain synthétique, une carence chronique ou intermittente en fibres alimentaires a conduit le microbiote à utiliser les glycoprotéines du mucus sécrété par l'hôte comme source de nutriments, érodant la barrière de mucus colique. L'association d'une privation de fibres et d'un microbiote éroseur de mucus a permis un accès accru à l'épithélium et une colite létale due au pathogène muqueux Citrobacter rodentium. Ces résultats relient alimentation, microbiome et dysfonction de la barrière intestinale et identifient les fibres alimentaires comme un facteur clé de protection de la barrière, exploitable à des fins thérapeutiques.

[082] Kelly JR, Kennedy PJ, Cryan JF, Dinan TG, Clarke G, Hyland NP. Breaking down the barriers: the gut microbiota, intestinal permeability and stress-related psychiatric disorders. Front Cell Neurosci. 2015. Link

L'axe intestin-cerveau est présenté comme un nœud critique des troubles psychiatriques liés au stress, le microbiome intestinal modulant le développement cérébral, son fonctionnement et le comportement par des voies immunitaires, endocriniennes et neurales. Des données précliniques impliquent une altération de la fonction barrière intestinale — le fameux leaky gut — comme médiateur clé reliant la dysbiose à une inflammation chronique de bas grade et à des troubles tels que la dépression. Le microbiome intestinal régule la perméabilité intestinale via les acides gras à chaîne courte (SCFA), la production de mucines et la signalisation des jonctions serrées. La revue soutient que cibler l'intégrité de la barrière déterminée par le microbiote pourrait apporter un éclairage mécanistique et thérapeutique sur les maladies psychiatriques liées au stress.

[108] Smillie CS, Sauk J, Gevers D, Friedman J, Sung J, Youngster I, Hohmann EL, Staley C, Khoruts A, Sadowsky MJ, Allegretti JR, Smith MB, Xavier RJ, Alm EJ. Strain Tracking Reveals the Determinants of Bacterial Engraftment in the Human Gut Following Fecal Microbiota Transplantation. Cell Host Microbe. 2018. Link

Suivi au niveau des souches après FMT : les auteurs ont examiné ce qui détermine qu'une souche donnée du donneur s'implante chez le receveur. Le meilleur prédicteur est la **composition de la propre communauté du receveur** — une souche s'implante lorsqu'un parent est déjà présent ou lorsqu'une niche écologique est libre ; la richesse et l'abondance des souches du donneur comptent également. La greffe suit donc des règles écologiques et non le hasard, et elle est modifiable du côté du receveur. Important : l'article décrit des déterminants au niveau des souches ; il ne démontre pas par un ECR que la disponibilité en fibres soit un facteur modifiable.

[111] Koh A, De Vadder F, Kovatcheva-Datchary P, Bäckhed F. From Dietary Fiber to Host Physiology: Short-Chain Fatty Acids as Key Bacterial Metabolites. Cell. 2016. Link

Revue mécanistique sur les acides gras à chaîne courte (AGCC), produits par la fermentation bactérienne des fibres alimentaires. Les fibres fermentescibles sont la source d'énergie primaire du microbiote colique ; les principaux produits de fermentation sont l'**acétate, le propionate et le butyrate**. Le **butyrate est le principal substrat énergétique des colonocytes** ; les AGCC influencent aussi l'intégrité de la barrière, la fonction immunitaire et, une fois dans la circulation, le métabolisme de l'hôte, en partie via des récepteurs couplés aux protéines G (GPR41/43) et l'inhibition des histone-désacétylases. Cette entrée est la source des affirmations de manuel du III.2 (S-0302-01, -02). Important : il s'agit d'une **revue**, non de données expérimentales propres.

[114] Lozupone CA, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota. Nature. 2012. Link

Revue sur la diversité, la stabilité et la résilience du microbiote intestinal humain. En appliquant des concepts écologiques à l'intestin, les auteurs soutiennent que la **richesse et l'équitabilité spécifiques** sont des indicateurs clés de la capacité d'une communauté à résister aux perturbations : la redondance fonctionnelle d'une communauté diversifiée fait que la perte d'un seul taxon est moins déstabilisante. Ils discutent la notion de dysbiose et l'association des états de faible diversité à plusieurs maladies. Important : il s'agit d'une **revue** offrant un cadre écologique ; elle ne traite pas la CDI séparément et n'apporte pas de preuve causale.

[156] Ianiro G, Puncochar M, Karcher N, Porcari S, Armanini F, Asnicar F, Segata N. Variability of strain engraftment and predictability of microbiome composition after fecal microbiota transplantation across different diseases. Nat Med. 2022. Link

Meta-analyse metagenomique shotgun integree de 226 triades (donneur, receveur avant et apres la FMT) sur huit types de maladies differents, avec un profilage de souches ameliore. Le resultat cle : **les receveurs presentant une implantation plus elevee des souches du donneur avaient plus de chances d'obtenir un succes clinique** apres la FMT (P=0,017). L'implantation depend du donneur, de la voie d'administration (plusieurs voies — p. ex. gelules plus coloscopie simultanement — donnent une implantation plus elevee) et du receveur (plus elevee chez les patients atteints de maladies infectieuses traites par antibiotiques que chez les patients atteints de maladies non transmissibles sans antibiotiques prealables) ; les especes de Bacteroidetes et d'Actinobacteria s'implantent mieux. Cette entree est la source de l'affirmation du IV.3 selon laquelle, en raison de la variabilite d'implantation dependante du donneur, un lot de donneur alternatif (changement de LOT) peut ameliorer le resultat. **LIMITE :** meta-analyse observationnelle sur huit types de maladies (non la seule CDI), mesurant une association ; elle n'a pas etudie le changement de LOT de produit en tant que tel.

[238] Chassaing B, Compher C, Bonhomme B et al. Randomized Controlled-Feeding Study of Dietary Emulsifier Carboxymethylcellulose Reveals Detrimental Impacts on the Gut Microbiota and Metabolome. Gastroenterology. 2022. Link

RCT en alimentation contrôlée mené chez 16 volontaires humains. Un régime contenant l'émulsifiant carboxyméthylcellulose (CMC, E466) a modifié la composition du microbiote intestinal en 11 jours, diminué la diversité microbienne et les taux de métabolites de fermentation, et deux participants ont présenté des signes d'empiètement bactérien dans la couche de mucus. Il s'agit des premières données humaines montrant que la CMC, aux niveaux d'exposition journalière autorisés, a des effets microbiologiques délétères.

[441] Lynch SV, Pedersen O. The Human Intestinal Microbiome in Health and Disease. N Engl J Med. 2016. Link

Lynch et Pedersen proposent dans le New England Journal of Medicine une revue exhaustive du microbiome intestinal humain en santé et en maladie. Ils résument la composition et la stabilité du microbiote adulte, les principaux phylums bactériens (Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria), ainsi que l'influence de la génétique de l'hôte, de l'alimentation, des antibiotiques et du mode d'accouchement sur la structure de la communauté. Les sections mécanistiques traitent de la production d'acides gras à chaîne courte, du métabolisme des acides biliaires, de l'éducation immunitaire et du maintien de la barrière. Les associations avec les maladies sont passées en revue pour les IBD, l'obésité, le diabète de type 2, l'athérosclérose, l'allergie et l'infection à Clostridioides difficile. L'article présente le microbiome comme une cible thérapeutique accessible via l'alimentation, les prébiotiques, les probiotiques et la transplantation de microbiote fécal.

[442] Sender R, Fuchs S, Milo R. Are We Really Vastly Outnumbered? Revisiting the Ratio of Bacterial to Host Cells in Humans. Cell. 2016. Link

Sender, Fuchs et Milo ont recalculé le rapport bactéries/cellules humaines de 10:1 largement cité. À partir de données actualisées pour un homme de référence de 70 kg, ils ont estimé environ 3,8×10^13 bactéries contre environ 3,0×10^13 cellules humaines — soit un rapport proche de 1:1 plutôt que de 10:1, qu'une seule défécation peut faire basculer en faveur des cellules humaines. L'article a corrigé un mythe vieux de plusieurs décennies dans la science du microbiome.

[443] Qin J, Li R, Raes J et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010. Link

Le séquençage métagénomique sur plateforme Illumina d'échantillons fécaux de 124 individus européens (576,7 Gb de séquence) a produit un catalogue de 3,3 millions de gènes microbiens non redondants, environ 150 fois plus vaste que le complément génique humain. Les gènes étaient largement partagés entre les individus, avec plus de 99% d'origine bactérienne. La cohorte hébergeait un nombre estimé de 1 000–1 150 espèces bactériennes prévalentes, chaque individu portant au moins 160 espèces. L'étude définit un métagénome intestinal minimal et un génome bactérien intestinal minimal à partir des fonctions présentes chez tous les individus et chez la plupart des bactéries. Ces résultats établissent une référence fondatrice du potentiel génétique du microbiote intestinal humain.

[444] Ridlon JM, Kang DJ, Hylemon PB, Bajaj JS. Bile acids and the gut microbiome. Curr Opin Gastroenterol. 2014. Link

Revue de l'axe acides biliaires-microbiome intestinal en santé et en pathologie, centrée sur les deux principales voies microbiennes de dégradation des sels biliaires et sur l'impact de la composition en acides biliaires sur le microbiote et la physiologie de l'hôte. La taille du pool d'acides biliaires est désormais reconnue comme fonction du métabolisme microbien des acides biliaires. Les acides biliaires régulent le microbiome aux niveaux taxonomiques les plus élevés et agissent comme hormones de signalisation, des données émergentes les impliquant dans la carcinogenèse hépatique. La revue présente les acides biliaires comme médiateurs bidirectionnels du dialogue hôte-microbiome.

[445] Cryan JF, O'Riordan KJ, Cowan CSM et al. The Microbiota-Gut-Brain Axis. Physiol Rev. 2019. Link

Revue exhaustive (Cryan et al., Physiol Rev 2019) de l'axe microbiote-intestin-cerveau. Elle détaille les voies de communication reliant le microbiote intestinal et le cerveau, notamment le système immunitaire, le métabolisme du tryptophane, le nerf vague et le système nerveux entérique, ainsi que les métabolites microbiens (acides gras à chaîne courte, acides aminés à chaîne ramifiée, peptidoglycanes). L'article passe en revue les données animales et humaines relatives à l'importance physiologique et comportementale/neurologique de cet axe.

[446] Turnbaugh PJ, Ley RE, Hamady M, Fraser-Liggett CM, Knight R, Gordon JI. The Human Microbiome Project. Nature. 2007. Link

Cadre stratégique exposant l'approche du Human Microbiome Project pour caractériser les composantes microbiennes du paysage génétique et métabolique humain. L'initiative vise à établir comment le microbiote contribue à la physiologie normale et à la prédisposition aux maladies. Elle constitue la déclaration programmatique fondatrice de la recherche sur le microbiome à grande échelle en population.

[447] Peery AF, Kelly CR, Kao D et al. AGA Clinical Practice Guideline on Fecal Microbiota-Based Therapies for Select Gastrointestinal Diseases. Gastroenterology. 2024. Link

Recommandation de pratique clinique de l'AGA, élaborée selon le cadre GRADE, portant sur les thérapies à base de microbiote fécal (FMT conventionnelle, fecal microbiota live-jslm, fecal microbiota spores live-brpk) chez l'adulte atteint d'infection à Clostridioides difficile récidivante ou sévère à fulminante, d'IBD/pochite et d'IBS. Le panel a émis 7 recommandations. Chez l'adulte immunocompétent présentant une CDI récidivante, l'AGA suggère un recours sélectif aux thérapies à base de microbiote fécal après l'antibiothérapie de référence afin de prévenir de nouvelles récidives. Le texte fournit un cadre intégrant les produits approuvés par la FDA et la FMT conventionnelle.

[448] Thaiss CA, Zmora N, Levy M, Elinav E. The microbiome and innate immunity. Nature. 2016. Link

Revue mécanistique de la manière dont le microbiome intestinal intègre les entrées environnementales (alimentation) avec les signaux génétiques et immunitaires pour influencer le métabolisme, l'immunité et la réponse infectieuse de l'hôte. Les cellules immunitaires innées hématopoïétiques et non hématopoïétiques situées à l'interface hôte–microbiome détectent les micro-organismes et leurs métabolites, et traduisent ces signaux en réponses physiologiques et en régulation de l'écologie microbienne. La perturbation de cette communication immunité innée–microbiote est impliquée dans la pathogenèse de maladies complexes. La revue présente le microbiome comme un nœud de signalisation central coordonnant la défense de l'hôte et l'homéostasie.

[449] Dethlefsen L, Relman DA. Incomplete recovery and individualized responses of the human distal gut microbiota to repeated antibiotic perturbation. Proc Natl Acad Sci USA. 2011. Link

Cette étude longitudinale a examiné le microbiote intestinal distal de trois individus pendant 10 mois, couvrant deux cures de ciprofloxacine, avec l'analyse de 1,7 million de séquences 16S rRNA issues de 52–56 échantillons par sujet. La variation interindividuelle prédominait ; les communautés intra-individuelles de base sont restées stables pendant des mois. La ciprofloxacine a profondément réduit la diversité et modifié la composition dans les 3–4 jours suivant l'initiation, avec une récupération incomplète et spécifique à chaque individu. Ces résultats caractérisent la résilience du microbiote intestinal et la perturbation durable causée par une exposition répétée aux fluoroquinolones.

[450] Zuo T, Wong SH, Lam K et al. Bacteriophage transfer during faecal microbiota transplantation in Clostridium difficile infection is associated with treatment outcome. Gut. 2018. Link

Étude des altérations du virome entérique chez 24 sujets atteints de CDI et 20 témoins sains, par séquençage métagénomique ultra-profond des particules virales associé à un profilage bactérien 16S rRNA. Neuf patients atteints de CDI traités par FMT et cinq traités par vancomycine ont fait l'objet d'une évaluation longitudinale des modifications du virome et du bactériome en relation avec la réponse au traitement. Les données relient le transfert viral lors de la FMT — en particulier celui des bactériophages — à la résolution clinique de la CDI, suggérant que le transfert de phages contribue à l'effet thérapeutique au-delà du seul engraftment bactérien.

[451] Wild, C. P. Complementing the Genome with an 'Exposome': The Outstanding Challenge of Environmental Exposure Measurement in Molecular Epidemiology. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2005. Link

Le commentaire fondateur de Wild, publié en 2005 dans Cancer Epidemiology, Biomarkers and Prevention, introduit le concept d'« exposome » en complément de la mesure génomique en épidémiologie moléculaire. Il soutient que les expositions environnementales de la vie entière, incluant l'alimentation, le mode de vie, les infections, les polluants et les processus endogènes, sont aussi importantes que le génome dans la détermination du risque de maladie, mais sont systématiquement sous-mesurées. L'article appelle au développement de technologies et de plans d'étude capables de capter les expositions tout au long de la vie avec une sensibilité comparable à celle de la génomique à haut débit. Wild distingue les domaines interne, externe spécifique et externe général de l'exposome. Le concept a depuis façonné de grandes études de cohorte et l'évaluation des expositions fondée sur les biomarqueurs, y compris les travaux relatifs au microbiome.

[452] Rappaport SM, Smith MT. Environment and Disease Risks. Science. 2010. Link

Prise de position conceptuelle soutenant qu'un nouveau paradigme épidémiologique est nécessaire pour évaluer comment l'exposition cumulative aux facteurs environnementaux tout au long de la vie affecte le risque de maladies chroniques. Elle appelle à une analyse systématique à l'échelle de l'exposome, au-delà des plans d'étude limités à une seule exposition.

[453] Teigen LM, Hoeg A, Zehra H, Vaughn BP. Nutritional optimization of fecal microbiota transplantation in humans: a scoping review. Gut Microbes. 2025. Link

Scoping review humaine sur l'optimisation nutritionnelle du FMT : l'apport en fibres du receveur et la disponibilité de substrats fermentescibles influencent l'engraftment ; même de courtes périodes sans fibres (p. ex. NPO) peuvent compromettre le succès du FMT dans la période immédiatement postérieure à l'intervention, car la communauté du donneur entrante a besoin de substrat fermentescible pour coloniser.

[454] Gogokhia L, Tran N, Grier A, Nagayama M, Xiang G, Funez-dePagnier G, Lavergne A, Ericsson C, Ben Maamar S, Zhang M, Battat R, Scherl E, Lukin DJ, Longman RS. Donor composition and fiber promote strain engraftment in a randomized controlled trial of fecal microbiota transplant for ulcerative colitis. Med. 2025. Link

L'essai MINDFUL, randomisé, en double aveugle et contrôlé contre placebo, a réparti 27 patients atteints de rectocolite hémorragique légère à modérée entre une TMF unique et un placebo, avec ou sans supplémentation en fibres de psyllium, pendant 8 semaines. La TMF a induit une réponse clinique, une rémission et une amélioration endoscopique par rapport au placebo (p < 0,05). La supplémentation en fibres n'a pas amélioré les critères cliniques, mais l'analyse métagénomique au niveau des souches a montré que la composition de la communauté du donneur, associée à l'apport en fibres du receveur, conditionne l'implantation des souches du donneur. Il s'agit de l'une des premières preuves humaines randomisées que les facteurs alimentaires de l'exposome postérieurs à la procédure influencent directement l'implantation après TMF, tout en montrant qu'une meilleure implantation ne se traduit pas automatiquement par de meilleurs résultats cliniques. ClinicalTrials.gov: NCT03998488.