XVIII. 2. Références

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Références

[001] Seekatz A, Safdar N, Khanna S. The role of the gut microbiome in colonization resistance and recurrent. Therapeutic advances in gastroenterology. 2022. Link

Résistance à la colonisation du microbiote intestinal et thérapie par FMT dans la rCDI — Un microbiote sain inhibe la colonisation par C. difficile (compétition nutritionnelle, acides biliaires, SCFA, bactériocines). Antibiotiques → dysbiose → CDI. La FMT restaure la diversité. Les anticorps monoclonaux ne traitent pas la dysbiose.

[003] Reed AD, Theriot CM. Contribution of Inhibitory Metabolites and Competition for Nutrients to Colonization Resistance against Clostridioides difficile by Commensal Clostridium**. Microorganisms. 2021. Link

Cette revue examine comment les espèces commensales de *Clostridium* assurent la résistance à la colonisation par C. difficile. Les *Clostridia* commensaux transforment les acides biliaires primaires en acides biliaires secondaires qui inhibent la germination des spores et la croissance végétative de C. difficile. Ils produisent en outre des peptides antimicrobiens et des acides gras à chaîne courte qui inhibent directement C. difficile, et entrent en compétition pour des nutriments limitants tels que la proline, importante pour la croissance de C. difficile via la fermentation de Stickland. La perte des *Clostridia* commensaux après antibiothérapie à large spectre constitue une étape mécanistique clé vers la susceptibilité à la CDI. Les auteurs en concluent qu'il existe un besoin urgent de nouvelles thérapies contre la CDI ; la validation clinique des consortiums définis de *Clostridium* ne provient pas de cette revue, mais de l'essai de phase 2 de VE303 [56].

[006] Feuerstadt P, Louie TJ, Lashner B et al. SER-109, an Oral Microbiome Therapy for Recurrent Clostridioides difficile Infection. New England Journal of Medicine. 2022. Link

Cet essai randomisé de phase III (ECOSPOR III) a testé le SER-109, un traitement oral du microbiome constitué de spores purifiées de Firmicutes, chez des adultes ayant présenté ≥3 épisodes de CDI (épisode aigu qualifiant inclus). Après une antibiothérapie de référence, les patients ont reçu le SER-109 ou un placebo (4 capsules par jour pendant 3 jours). Le diagnostic exigeait une recherche de toxines à l'inclusion, avec stratification selon l'âge et l'antibiotique. Le critère principal d'efficacité était la réduction du risque de récidive de CDI à 8 semaines. Le SER-109 a démontré une supériorité significative sur le placebo pour la réponse clinique durable. Les analyses ont également documenté l'engraftment du microbiome et des déplacements des métabolites microbiens cohérents avec le mécanisme de la formulation sporulée. L'essai a soutenu l'approbation par la FDA du SER-109 (Vowst) comme premier traitement oral du microbiome dans la CDI récidivante.

[008] Kao D, Roach B, Silva M et al. Effect of Oral Capsule– vs Colonoscopy-Delivered Fecal Microbiota Transplantation on Recurrent Clostridium difficile Infection: A Randomized Clinical Trial. JAMA. 2017. Link

Essai randomisé de non-infériorité chez 116 adultes atteints de CDI récidivante dans trois centres universitaires canadiens, comparant la FMT par capsules orales à la FMT administrée par coloscopie (inclusion 2014–2016 ; marge de non-infériorité de 15%). L'étude visait à déterminer si l'administration par capsules, moins invasive, égale la coloscopie dans la prévention de nouvelles récidives de CDI. Les résultats soutiennent l'équivalence clinique des deux voies, permettant un accès plus large et moins contraignant à la FMT dans la CDI récidivante.

[009] Ramai D, Zakhia K, Fields PJ, Ofosu A, Patel G, Chang S. Fecal Microbiota Transplantation (FMT) with Colonoscopy Is Superior to Enema and Nasogastric Tube While Comparable to Capsule for the Treatment of Recurrent Clostridioides difficile Infection: A Systematic Review and Meta-Analysis. Digestive Diseases and Sciences. 2021. Link

Revue systématique et méta-analyse examinant dans quelle mesure la voie d'administration compte pour la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile. À partir de trois bases de données (PubMed, EMBASE, CINAHL), 26 études totalisant 1309 patients ont été incluses : coloscopie dans 16 études (483), sonde nasogastrique dans 5 (149), lavement dans 4 (360) et capsules dans 4 (301). Les taux de guérison groupés étaient : coloscopie 94,8 pour cent ; capsule 92,1 pour cent ; lavement 87,2 pour cent ; sonde nasogastrique/nasoduodénale 78,1 pour cent. Conclusion : l'administration par coloscopie est supérieure au lavement et à la sonde, mais comparable aux capsules — la voie la moins contraignante ne coûte donc rien en efficacité. Ni la préparation de l'échantillon (fraîche ou congelée) ni le lien avec le donneur n'ont modifié le résultat.

[012] Imhann F, Bonder MJ, Vich Vila A et al. Proton pump inhibitors affect the gut microbiome. Gut. 2016. Link

L'article d'Imhann et collaborateurs paru dans Gut en 2016 rapporte que l'usage d'inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) modifie significativement le microbiote intestinal humain. En combinant trois cohortes populationnelles (>1800 individus) avec séquençage 16S rRNA, les auteurs montrent que les utilisateurs d'IPP présentent une diversité microbienne diminuée et des modifications cohérentes de 20 % des taxons bactériens : augmentation des bactéries de la cavité buccale (Streptococcaceae, Enterococcaceae), des Enterobacteriaceae et de *Clostridium* difficile, parallèlement à une diminution de commensaux tels que Ruminococcaceae et Bifidobacteriaceae. Ces modifications expliquent mécanistiquement les associations épidémiologiques entre usage d'IPP et CDI, infections entériques, encéphalopathie hépatique et SIBO. Ce travail plaide pour une prescription prudente des IPP et des démarches de déprescription.

[013] Jackson MA, Goodrich JK, Maxan ME et al. Proton pump inhibitors alter the composition of the gut microbiota. Gut. 2016. Link

Cette étude de jumeaux a analysé le 16S rRNA fécal de 1827 jumeaux sains afin de tester l'association entre l'usage d'inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) et le microbiote intestinal, avec réplication dans une cohorte interventionnelle. Les utilisateurs d'IPP présentaient une abondance significativement plus faible de commensaux intestinaux et une diversité microbienne moindre, ainsi qu'une augmentation significative des commensaux de la cavité buccale et du tractus digestif supérieur. Ces résultats étayent un lien à l'échelle populationnelle entre l'usage d'IPP et la perturbation du microbiote intestinal, fournissant un mécanisme plausible au risque accru d'infections entériques associé aux IPP.

[015] Marcella C, Cui B, Kelly CR, Ianiro G, Cammarota G, Zhang F. Systematic review: the global incidence of faecal microbiota transplantation-related adverse events from 2000 to 2020. Aliment Pharmacol Ther. 2021. Link

Revue systématique de la sécurité de la FMT résumant les événements indésirables (EI) sur 20 ans à partir de 129 études incluant 4 241 patients et 5 688 cures de FMT (recherche dans EMBASE, MEDLINE, Cochrane, CNKI, Wanfang de 2000 à 2020). Les EI ont été classés en EI liés à l'administration ou liés au microbiote. Cette revue fournit le plus vaste ensemble agrégé de données de sécurité de la FMT à ce jour et conforte le profil de sécurité globalement favorable de la FMT dans les CDI récidivantes, tout en signalant que les complications pourraient être sous-rapportées dans la littérature.

[016] Cammarota G, Ianiro G, Tilg H et al. European consensus conference on faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut. 2017. Link

Conférence de consensus européenne élaborant des recommandations fondées sur les preuves relatives à la FMT en pratique clinique, avec 28 experts de 10 pays collaborant au sein de groupes de travail. Les énoncés ont été produits par une revue fondée sur les preuves, évalués électroniquement par un processus Delphi, puis finalisés lors d'une séance plénière de consensus. Les recommandations portent sur les indications de la FMT, la sélection des donneurs, la préparation du matériel fécal, la prise en charge clinique, l'administration des selles et les exigences minimales pour créer un centre de FMT. Le document fournit le cadre européen de standardisation d'une FMT sûre et encadrée.

[018] Suez J, Zmora N, Zilberman-Schapira G, Mor U, Dori-Bachash M et al. Post-Antibiotic Gut Mucosal Microbiome Reconstitution Is Impaired by Probiotics and Improved by Autologous FMT. Cell. 2018. Link

Étude chez l'homme et la souris portant sur le devenir du microbiome de la muqueuse intestinale après une cure d'antibiotiques. Trois voies ont été comparées : la récupération spontanée, un probiotique à 11 souches et la transplantation fécale autologue, c'est-à-dire la restitution de la flore propre congelée avant l'antibiotique. Le probiotique a colonisé la muqueuse mais a retardé le retour du microbiome indigène et de l'expression génique muqueuse de l'hôte, l'écart persistant durant des mois. La transplantation autologue a en revanche permis une récupération quasi complète en quelques jours. Conclusion : après une antibiothérapie, un probiotique n'est pas un complément neutre et peut ralentir le retour de la flore propre ; c'est un greffon microbiotique complet qui remplace la communauté manquante.

[021] Thaiss CA, Zeevi D, Levy M, Zilberman-Schapira G, Elinav E et al. Transkingdom control of microbiota diurnal oscillations promotes metabolic homeostasis. Cell. 2014. Link

La composition et la fonction du microbiote intestinal suivent un rythme quotidien : l'abondance bactérienne et l'activité métabolique oscillent au fil du cycle jour-nuit, et cette oscillation est principalement pilotée par le rythme alimentaire de l'hôte. Lorsque le rythme est perturbé — modélisé ici chez la souris et sur des échantillons humains après un vol intercontinental —, l'oscillation du microbiote disparaît et une dysbiose s'installe ; le transfert de cette flore arythmique à des souris axeniques induit des troubles métaboliques. Conclusion : un rythme quotidien régulier est l'une des conditions de la stabilité du microbiote — d'où l'intérêt d'une heure de lever fixe et d'une lumière matinale dès les premiers jours du traitement.

[029] van Nood E, Vrieze A, Nieuwdorp M, Fuentes S, Zoetendal EG, de Vos WM, Visser CE, Kuijper EJ, Bartelsman JF, Tijssen JG, Speelman P, Dijkgraaf MG, Keller JJ. Duodenal infusion of donor feces for recurrent Clostridium difficile. The New England Journal of Medicine. 2013. Link

Le premier essai randomise controle comparant la transplantation de microbiote fecal au traitement antibiotique standard dans l'infection recidivante a *Clostridioides difficile*. Les patients ont ete repartis en trois bras : selles de donneur administrees par sonde duodenale apres une courte cure de vancomycine, vancomycine seule, ou vancomycine avec lavage intestinal. L'essai a ete interrompu de facon anticipee tant la difference etait importante : dans le bras transplantation, 81 pour cent des patients etaient gueris apres la premiere infusion et 94 pour cent en comptant les infusions repetees, contre 31 et 23 pour cent dans les deux bras vancomycine. Apres le traitement, la diversite de la flore fecale des patients s'est rapprochee de celle des donneurs. Ce travail a fait de la transplantation de microbiote un traitement fonde sur les preuves et constitue le point de depart du schema posologique du present protocole.

[042] Yin H, Miao Z, Wang L, Su B, Liu C, Jin Y, Wu B, Han H, Yuan X. *Fusobacterium nucleatum promotes liver metastasis in colorectal cancer by regulating the hepatic immune niche and altering gut microbiota*. Aging (Albany NY). 2022. Link

Étude mécanistique montrant que l'administration orale de *Fusobacterium nucleatum* aggrave chez la souris les métastases hépatiques du carcinome colorectal (CRC) par la modification de la niche immunitaire du foie et de la composition du microbiote intestinal. L'article documente une élévation systémique des cytokines pro-inflammatoires et une accumulation de cellules suppressives d'origine myéloïde, ainsi qu'une diminution de l'infiltration NK et Th17. L'étude soutient un rôle causal – et non purement corrélatif – d'espèces dysbiotiques spécifiques dans la progression du CRC. C'est ce type de preuve qui sous-tend le récit de la trajectoire chronique de la section II. 2.

[048] Weingarden A, González A, Vázquez-Baeza Y, Weiss S, Humphry G, Berg-Lyons D, Knights D, Unno T, Bobr A, Kang J, Khoruts A, Knight R, Sadowsky MJ. Dynamic changes in short- and long-term bacterial composition following fecal microbiota transplantation for recurrent Clostridium difficile infection. Microbiome. 2015. Link

Caractérisation longitudinale du microbiome après la FMT de quatre patients atteints de CDI récidivante, avec un échantillonnage quotidien pendant 28 jours, puis hebdomadaire pendant les 84 jours suivant le traitement, soit au total 151 jours. Le microbiote des receveurs s'est rétabli rapidement, en quelques jours, d'un état nettement dysbiotique vers une composition située dans la fourchette saine. La composition a ensuite continué de changer, s'est écartée de l'implant initial du donneur et a fluctué de manière dynamique tant à court qu'à long terme – tout en restant en permanence dans la fourchette du microbiote sain. L'article étaye le cadre du présent guide selon lequel une MTT réussie crée un écosystème du receveur autonome, et non une empreinte permanente calquée sur le donneur.

[056] Louie T, Golan Y, Khanna S et al. VE303, a Defined Bacterial Consortium, for Prevention of Recurrent Clostridioides difficile Infection: A Randomized Clinical Trial. JAMA. 2023. Link

Cet essai randomisé de phase 2, à recherche de dose, a évalué le VE303 – un consortium bactérien défini de huit souches de *Clostridia* commensales – chez soixante-dix-neuf adultes à haut risque de récidive de CDI, à la suite du traitement antibiotique standard. Dans le bras à dose élevée, la récidive à huit semaines était de 13,8 % (4/29), contre 45,5 % (10/22) sous placebo. L'essai apporte la validation clinique du fait que des consortiums de *Clostridium* définis et rationnellement composés offrent une alternative fondée sur le mécanisme à la transplantation fécale pour prévenir la CDI récidivante – une affirmation que la revue mécanistique citée sous [3] ne formule pas elle-même. L'essai de phase III de la préparation est en cours, le résultat reste donc à confirmer.

[061] Benedict C, Vogel H, Jonas W et al. Gut microbiota and glucometabolic alterations in response to recurrent partial sleep deprivation in normal-weight young individuals. Mol Metab. 2016. Link

Étude randomisée en cross-over intra-sujet chez 9 hommes de poids normal comparant deux nuits de privation partielle de sommeil (PSD ; 02:45-07:00) à deux nuits de sommeil normal (22:30-07:00), dans des conditions standardisées de repas et d'exercice en laboratoire. Des échantillons fécaux ont été recueillis et une hyperglycémie provoquée par voie orale a été réalisée. L'étude a évalué si une perte de sommeil de courte durée modifie la composition du microbiote intestinal et sa fonction métabolique, apportant des données humaines précoces reliant la restriction de sommeil à des modifications aiguës du microbiote et à une insulinorésistance.

[062] Hamer HM, Jonkers D, Venema K, Vanhoutvin S, Troost FJ, Brummer RJ. The role of butyrate on colonic function. Aliment Pharmacol Ther. 2008. Link

Revue narrative résumant la bioactivité du butyrate — un SCFA produit par la fermentation microbienne colique des fibres alimentaires — et ses mécanismes d'action sur la fonction colique humaine. Le butyrate est la principale source d'énergie des colonocytes et module l'inflammation, la carcinogenèse, l'intégrité de la barrière muqueuse, le stress oxydatif, la perméabilité et la satiété. La revue consolide les données faisant du butyrate un effecteur central de l'homéostasie colique et une cible des interventions alimentaires dans les maladies coliques.

[063] Wastyk HC, Fragiadakis GK, Perelman D et al. Gut-microbiota-targeted diets modulate human immune status. Cell. 2021. Link

Essai prospectif randomisé de 17 semaines (n=18/bras) chez des adultes sains, comparant un régime riche en fibres à un régime riche en aliments fermentés, avec profilage multi-omique du microbiome et de l'immunité de l'hôte. Le régime riche en fibres a augmenté les CAZymes de dégradation des glycanes codées par le microbiome, malgré une diversité stable. Le régime riche en aliments fermentés a augmenté la diversité du microbiome et diminué plusieurs marqueurs inflammatoires. Ces résultats démontrent des effets microbiome–immunité spécifiques du régime et soutiennent les aliments fermentés comme modulateur puissant de l'axe intestin–immunité, favorisant la diversité.

[064] Marco ML, Heeney D, Binda S et al. Health benefits of fermented foods: microbiota and beyond. Curr Opin Biotechnol. 2017. Link

Revue des aliments fermentés, parmi les premiers produits alimentaires transformés consommés par l'homme (yaourt, lait fermenté, vin, bière, choucroute, kimchi, saucisse fermentée). D'abord appréciés pour leur durée de conservation et leurs qualités gustatives, les aliments fermentés sont aujourd'hui reconnus comme dotés de propriétés nutritionnelles et fonctionnelles renforcées, par transformation du substrat et formation de produits finaux bioactifs. De nombreux aliments fermentés contiennent des micro-organismes vivants aux effets potentiels sur la santé. La revue consolide les aliments fermentés comme catégorie alimentaire pertinente pour le microbiome.

[065] Calder, P. C. Omega-3 fatty acids and inflammatory processes: from molecules to man. Biochem Soc Trans. 2017. Link

Revue du rôle des acides gras oméga-6 et oméga-3 dans l'inflammation. L'EPA et le DHA issus des poissons gras ou des suppléments d'huile de poisson inhibent partiellement la chimiotaxie des leucocytes, l'expression des molécules d'adhésion, les interactions leucocytes–endothélium ainsi que la production d'eicosanoïdes dérivés de l'acide arachidonique et de cytokines pro-inflammatoires. Les eicosanoïdes dérivés de l'EPA sont typiquement moins puissants que ceux issus de l'acide arachidonique, et l'EPA/DHA donnent naissance à des médiateurs anti-inflammatoires et de résolution de l'inflammation (résolvines, protectines, marésines), ce qui soutient leur utilisation dans les affections inflammatoires.

[066] Costantini L, Molinari R, Farinon B, Merendino N. Impact of Omega-3 Fatty Acids on the Gut Microbiota. Int J Mol Sci. 2017. Link

Les habitudes alimentaires de longue durée façonnent un microbiote intestinal spécifique de l'hôte, mais les effets des lipides alimentaires sont moins bien caractérisés que ceux des glucides. Les rares études de supplémentation en AGPI oméga-3 chez l'adulte montrent des modifications constantes : diminution de Faecalibacterium, augmentation des Bacteroidetes et des Lachnospiraceae productrices de butyrate. Puisqu'une dysbiose de ces taxons survient dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, les AGPI oméga-3 pourraient exercer un effet bénéfique en restaurant la composition microbienne et en augmentant la production d'acides gras à chaîne courte anti-inflammatoires.

[067] Suez J, Korem T, Zeevi D et al. Artificial sweeteners induce glucose intolerance by altering the gut microbiota. Nature. 2014. Link

Les édulcorants artificiels non caloriques (NAS) ont induit une intolérance au glucose chez la souris et chez l'homme via des modifications de composition et de fonction du microbiote intestinal. Un traitement antibiotique a aboli ces effets métaboliques délétères, et des souris axéniques recevant des transplantations fécales issues de souris consommant des NAS (ou un microbiote incubé avec des NAS) ont développé une intolérance au glucose. Les voies métaboliques microbiennes modifiées par les NAS ont été reliées à la susceptibilité aux maladies métaboliques, une dysbiose et une intolérance au glucose comparables étant démontrées chez des sujets humains sains. Ces résultats appellent à une réévaluation de l'usage massif des NAS.

[068] Desai MS, Seekatz AM, Koropatkin NM et al. A dietary fiber-deprived gut microbiota degrades the colonic mucus barrier and enhances pathogen susceptibility. Cell. 2016. Link

Chez des souris gnotobiotiques colonisées par un microbiote intestinal humain synthétique, une carence chronique ou intermittente en fibres alimentaires a conduit le microbiote à utiliser les glycoprotéines du mucus sécrété par l'hôte comme source de nutriments, érodant la barrière de mucus colique. L'association d'une privation de fibres et d'un microbiote éroseur de mucus a permis un accès accru à l'épithélium et une colite létale due au pathogène muqueux Citrobacter rodentium. Ces résultats relient alimentation, microbiome et dysfonction de la barrière intestinale et identifient les fibres alimentaires comme un facteur clé de protection de la barrière, exploitable à des fins thérapeutiques.

[069] Suez J, Cohen Y, Valdés-Mas R et al. Personalized microbiome-driven effects of non-nutritive sweeteners on human glucose tolerance. Cell. 2022. Link

Essai contrôlé randomisé chez 120 adultes sains recevant de la saccharine, du sucralose, de l'aspartame ou de la stévia (à des doses inférieures à la dose journalière admissible) versus un véhicule glucosé ou aucune supplémentation pendant 2 semaines. Les quatre édulcorants non nutritifs ont modifié de façon distincte le microbiome fécal/oral et le métabolome plasmatique ; la saccharine et le sucralose ont significativement altéré les réponses glycémiques. Des souris gnotobiotiques colonisées par les microbiomes des répondeurs humains extrêmes (les plus forts et les plus faibles) ont reproduit les réponses glycémiques propres au donneur, démontrant que les édulcorants non nutritifs peuvent induire des altérations glycémiques individuelles dépendantes du microbiome.

[070] Halmos EP, Power VA, Shepherd SJ, Gibson PR, Muir JG. A diet low in FODMAPs reduces symptoms of irritable bowel syndrome. Gastroenterology. 2014. Link

Un essai randomisé en simple aveugle, en cross-over, mené chez 30 patients atteints d'IBS et 8 témoins a comparé un régime pauvre en FODMAP (<0,5 g/repas) à un régime australien typique pendant 21 jours chacun (période de sevrage >=21 jours). La quasi-totalité des aliments était fournie. Le bras pauvre en FODMAP a produit une réduction significativement plus importante des symptômes de l'IBS, mesurés sur des échelles visuelles analogiques de 0-100 mm, ce qui conforte le régime pauvre en FODMAP comme intervention efficace de contrôle symptomatique dans l'IBS par rapport à un régime occidental standard.

[071] Liang X, FitzGerald GA. Timing the Microbes: The Circadian Rhythm of the Gut Microbiome. J Biol Rhythms. 2017. Link

Revue de l'organisation circadienne du microbiome intestinal. Le système circadien des mammifères (horloge maîtresse et horloges périphériques) coordonne les processus biologiques en réponse à des signaux externes tels que le cycle lumière-obscurité, mais la chronobiologie des procaryotes — en dehors des cyanobactéries — reste mal comprise. La revue synthétise les données montrant une structure compositionnelle et fonctionnelle dépendante de l'heure de la journée au sein du microbiote intestinal, la régulation de ces oscillations par l'hôte, et l'influence réciproque du microbiome intestinal sur la synchronisation circadienne de l'hôte.

[072] Chaix A, Zarrinpar A, Miu P, Panda S. Time-restricted feeding is a preventative and therapeutic intervention against diverse nutritional challenges. Cell Metab. 2014. Link

L'alimentation à horaires restreints (TRF ; accès à la nourriture 8-9 h durant la phase active) a été testée chez des souris soumises à divers régimes obésogènes. La TRF a atténué la maladie métabolique pour toute une gamme de régimes obésogènes, avec des bénéfices proportionnels à la durée du jeûne. Les effets protecteurs persistaient même lorsqu'un accès ad libitum le week-end interrompait la TRF — un schéma pertinent pour le mode de vie humain. La TRF a également stabilisé et inversé la maladie métabolique chez des souris présentant déjà une obésité et un diabète de type 2, ce qui conforte la TRF comme stratégie à la fois préventive et thérapeutique.

[073] Zarrinpar A, Chaix A, Yooseph S, Panda S. Diet and feeding pattern affect the diurnal dynamics of the gut microbiome. Cell Metab. 2014. Link

Le microbiome intestinal présente des fluctuations compositionnelles cycliques quotidiennes dictées par le cycle alimentation/jeûne. L'obésité induite par l'alimentation atténue le rythme quotidien alimentation/jeûne et amoindrit les fluctuations cycliques du microbiote. L'alimentation à horaires restreints (TRF), dans laquelle la prise alimentaire est regroupée sur la phase nocturne chez la souris, restaure partiellement les fluctuations cycliques et protège de l'obésité et de la maladie métabolique. La TRF affecte préférentiellement des bactéries connues pour influencer le métabolisme de l'hôte, reliant rythme alimentaire, dynamique du microbiome et conséquences métaboliques.

[074] Irwin MR, Opp MR. Sleep health: reciprocal regulation of sleep and innate immunity. Neuropsychopharmacology. 2017. Link

Cette revue examine les interactions réciproques entre les troubles du sommeil, dont l'insomnie, et le système immunitaire inné. Les plaintes d'insomnie, les durées de sommeil extrêmes et la privation expérimentale de sommeil modifient les marqueurs génomiques, cellulaires et systémiques de l'inflammation et contribuent à l'inflammaging. Les médiateurs inflammatoires remodèlent en retour la régulation homéostatique de la continuité et de la macrostructure du sommeil. Les implications cliniques comprennent le lien entre trouble du sommeil et symptômes dépressifs liés à l'inflammation, ainsi que le potentiel des interventions ciblant l'insomnie pour inverser l'inflammation. Ces données soulignent que le trouble du sommeil est un facteur de risque modifiable de maladie inflammatoire.

[075] Allen JM, Mailing LJ, Niemiro GM et al. Exercise alters gut microbiota composition and function in lean and obese humans. Med Sci Sports Exerc. 2018. Link

Cet essai d'entraînement d'endurance de 6 semaines chez 32 adultes auparavant sédentaires, minces (n=18) et obèses (n=14), a évalué les modifications induites par l'exercice sur la composition, la fonction et la production de métabolites du microbiote intestinal, suivies d'une période de sevrage sédentaire de 6 semaines. L'entraînement progressait de 30 à 60 minutes à 60-75 % de la réserve de fréquence cardiaque, trois jours par semaine. L'analyse de bêta-diversité a montré que les altérations du microbiote induites par l'exercice dépendaient du statut d'obésité. Ces résultats indiquent que l'entraînement d'endurance remodèle le microbiote intestinal d'une manière dépendante du phénotype de l'hôte, avec des effets en partie réversibles au retour à l'inactivité.

[076] Mayer EA, Tillisch K, Gupta A. Gut/brain axis and the microbiota. J Clin Invest. 2015. Link

Cette revue synthétise les données précliniques montrant que le microbiote intestinal influence l'axe bidirectionnel SNC-SNE-tube digestif. Les études chez les rongeurs axéniques montrent que le microbiote façonne le comportement émotionnel, les systèmes de modulation du stress et de la douleur et les neurotransmetteurs cérébraux. Les perturbations par probiotiques et antibiotiques modulent ces critères chez l'animal adulte. De multiples voies endocrines et neurocrines médient la signalisation du microbiote vers le cerveau, tandis que le cerveau modifie la composition microbienne via le système nerveux autonome. La transposition de ces observations à l'homme sain et aux troubles de l'axe intestin-cerveau reste limitée et est identifiée comme une priorité de recherche.

[077] Atarashi K, Suda W, Luo C et al. Ectopic colonization of oral bacteria in the intestine drives TH1 cell induction and inflammation. Science. 2017. Link

Cette étude gnotobiotique a montré que des souches salivaires de Klebsiella, lorsqu'elles colonisent l'intestin, sont de puissants inducteurs de lymphocytes T auxiliaires de type 1 (TH1). Ces souches de Klebsiella résistantes aux antibiotiques colonisent l'intestin lorsque le microbiote intestinal est dysbiotique et provoquent une inflammation intestinale sévère chez des hôtes génétiquement susceptibles. Ces résultats établissent la cavité buccale comme réservoir de pathobiontes intestinaux potentiels susceptibles d'aggraver des maladies telles que les IBD lorsqu'ils colonisent l'intestin de façon ectopique.

[078] Kapil V, Haydar SM, Pearl V, Lundberg JO, Weitzberg E, Ahluwalia A. Physiological role for nitrate-reducing oral bacteria in blood pressure control. Free Radic Biol Med. 2013. Link

Cette étude randomisée en cross-over menée chez 19 volontaires sains a testé si la suppression des bactéries buccales réduisant le nitrate par un bain de bouche antiseptique à la chlorhexidine affecte les taux systémiques de nitrite et la pression artérielle. La pression artérielle (au cabinet, à domicile, ambulatoire sur 24 heures) a été mesurée durant une période contrôle de 7 jours et une période de traitement par chlorhexidine de 7 jours. L'usage du bain de bouche a supprimé la flore buccale réductrice de nitrate, réduit le nitrite systémique et augmenté significativement la pression artérielle. Ces résultats démontrent que le microbiote buccal contribue activement à la régulation systémique de la pression artérielle via la voie entéro-salivaire nitrate–nitrite–NO.

[079] Hajishengallis, G. Periodontitis: from microbial immune subversion to systemic inflammation. Nat Rev Immunol. 2015. Link

Cette revue examine comment des communautés microbiennes buccales dysbiotiques induisent la parodontite et une pathologie inflammatoire à des sites locaux et distants. Les auteurs détaillent les mécanismes microbiens de subversion immunitaire qui font basculer l'homéostasie buccale vers la maladie. La parodontite apparaît comme une maladie inflammatoire dysbiotique aux implications systémiques, incluant des liens avec les maladies cardiovasculaires et d'autres maladies chroniques. Ces éléments présentent le traitement de la parodontite comme une stratégie susceptible d'apporter des bénéfices de santé systémique.

[080] Sonnenburg ED, Smits SA, Tikhonov M, Higginbottom SK, Wingreen NS, Sonnenburg JL. Diet-induced extinctions in the gut microbiota compound over generations. . 2016. Link

Chez des souris soumises à un régime pauvre en glucides accessibles au microbiote (fibres), la diversité du microbiote intestinal a diminué et cet effet s'est cumulé au fil des générations : sur quatre générations, le régime pauvre en fibres a conduit à des extinctions cumulatives de taxons qui n'étaient plus réversibles par la réintroduction de fibres alimentaires.

[082] Kelly JR, Kennedy PJ, Cryan JF, Dinan TG, Clarke G, Hyland NP. Breaking down the barriers: the gut microbiota, intestinal permeability and stress-related psychiatric disorders. Front Cell Neurosci. 2015. Link

L'axe intestin-cerveau est présenté comme un nœud critique des troubles psychiatriques liés au stress, le microbiome intestinal modulant le développement cérébral, son fonctionnement et le comportement par des voies immunitaires, endocriniennes et neurales. Des données précliniques impliquent une altération de la fonction barrière intestinale — le fameux leaky gut — comme médiateur clé reliant la dysbiose à une inflammation chronique de bas grade et à des troubles tels que la dépression. Le microbiome intestinal régule la perméabilité intestinale via les acides gras à chaîne courte (SCFA), la production de mucines et la signalisation des jonctions serrées. La revue soutient que cibler l'intégrité de la barrière déterminée par le microbiote pourrait apporter un éclairage mécanistique et thérapeutique sur les maladies psychiatriques liées au stress.

[083] McDonald D, Hyde E, Debelius JW et al. American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems. 2018. Link

L'American Gut Project a comparé plus de 10 000 échantillons de selles de citoyens-scientifiques des États-Unis, du Royaume-Uni et d'Australie à des échantillons environnementaux, selon les protocoles standardisés de l'Earth Microbiome Project. Les microbiotes fécaux humains présentaient une diversité bêta étonnamment large par rapport aux échantillons environnementaux. L'intégration ouverte des données a permis la découverte de nouvelles molécules et d'associations métabolomiques non ciblées avec la diversité de la consommation végétale (prédicteur plus fort que des variables catégorielles réductrices comme le véganisme). Ce travail démontre la faisabilité d'échantillons de microbiote auto-prélevés et envoyés par courrier pour reproduire des associations connues et en révéler de nouvelles, incluant des liens avec les maladies psychiatriques et des perturbations individuelles telles qu'une intervention chirurgicale.

[084] Wilson BC, Vatanen T, Cutfield WS, O'Sullivan JM. The Super-Donor Phenomenon in Fecal Microbiota Transplantation. Front Cell Infect Microbiol. 2019. Link

La FMT est très efficace dans l'infection récurrente à Clostridium difficile, mais son efficacité dans les maladies associées à une dysbiose chronique est modeste et variable. Plusieurs études suggèrent que le résultat de la FMT dépend de la diversité et de la composition microbiennes des selles du donneur, ce qui a conduit au concept de « super-donneurs » de FMT. Cette revue explore les espèces clés (keystone) comme prédicteurs du succès de la FMT et discute la façon dont la génétique de l'hôte et l'alimentation peuvent influencer l'engraftment et son maintien, fournissant un cadre pour une bactériothérapie plus ciblée et stratifiée selon le donneur.

[086] Chaix A, Manoogian ENC, Melkani GC, Panda S. Time-Restricted Eating to Prevent and Manage Chronic Metabolic Diseases. Annu Rev Nutr. 2019. Link

Des horloges moléculaires sont présentes dans presque chaque cellule afin d'anticiper les changements quotidiens récurrents et prévisibles, comme la disponibilité rythmique des nutriments, et d'adapter en conséquence les fonctions cellulaires. Parallèlement, les voies de détection des nutriments peuvent répondre à un déséquilibre nutritionnel aigu et moduler et orienter le métabolisme afin que les cellules s'adaptent de façon optimale à une disponibilité décroissante ou croissante des nutriments. Les rythmes circadiens de l'organisme sont coordonnés par des rythmes comportementaux tels que les cycles activité-repos et alimentation-jeûne, afin d'orchestrer temporellement une séquence de processus physiologiques optimisant le métabolisme. La recherche fondamentale sur les rythmes circadiens s'est largement concentrée sur le fonctionnement de l'oscillateur circadien moléculaire auto-entretenu, tandis que la recherche en nutrition a éclairé les réponses physiologiques à la privation calorique ou à des macronutriments spécifiques. L'intégration de ces deux champs en nouveaux concepts actionnables sur le moment de la prise alimentaire a conduit à la pratique émergente de l'alimentation à horaires restreints. Dans ce paradigme, l'apport calorique quotidien est restreint à une fenêtre constante de 8 à 12 h.

[090] Kolida S, Meyer D, Gibson GR. A double-blind placebo-controlled study to establish the bifidogenic dose of inulin in healthy humans. Eur J Clin Nutr. 2007. Link

OBJECTIF : évaluer l'efficacité bifidogène de deux doses d'inuline chez des adultes humains sains. SCHÉMA : étude humaine croisée, en double aveugle, contrôlée contre placebo. LIEU : Food Microbial Sciences Unit, The University of Reading, Reading, Royaume-Uni. SUJETS : trente volontaires sains, 15 hommes, 15 femmes (tranche d'âge 19–35 ans). INTERVENTIONS : les sujets ont consommé une boisson chocolatée contenant un placebo (maltodextrine, 8 g/jour), 5 g/jour d'inuline et 8 g/jour d'inuline pendant une période de traitement de 2 semaines. Chaque traitement était suivi d'un washout d'une semaine à l'issue duquel les volontaires passaient au traitement suivant.

[093] Zou T, Zhao Y, Zhou X, Kang Y, Wang X. Insight into the effects of Omega-3 fatty acids on gut microbiota: impact of a balanced tissue Omega-6/Omega-3 ratio. Front Nutr. 2025. Link

Revue portant sur la manière dont les acides gras oméga-3 et un rapport tissulaire équilibré oméga-6:oméga-3 façonnent la composition et la fonction du microbiote intestinal : un rapport élevé favorise les bactéries pro-inflammatoires/productrices de LPS, tandis qu'un rapport équilibré favorise les producteurs de SCFA (Bifidobacterium, Roseburia, Lactobacillus) ; ces données soutiennent une approche diététique personnalisée fondée sur les rapports d'acides gras.

[094] King MA, Rollo I, Baker LB. Nutritional considerations to counteract gastrointestinal permeability during exertional heat stress. J Appl Physiol. 2021. Link

Le stress thermique réduit la perfusion splanchnique, induit un stress oxydatif et une altération des jonctions serrées (tight junctions), ce qui augmente la perméabilité de la barrière intestinale et la translocation d'endotoxines ; ces phénomènes peuvent remodeler la composition microbienne et la régulation immunitaire. Une grande partie des données provient de modèles de stress thermique à l'effort et de modèles animaux.

[104] McFarland, L. V. Use of probiotics to correct dysbiosis of normal microbiota following disease or disruptive events: a systematic review. BMJ Open. 2014. Link

Revue systématique portant sur la capacité des probiotiques à restaurer un microbiote normal perturbé par une maladie ou une antibiothérapie, à partir de 63 études. Le résultat est double : certaines souches probiotiques ont amélioré de façon mesurable certains indicateurs du microbiote, mais la restauration de la communauté entière — reconstruire la diversité et les groupes fonctionnels manquants — n'a pas été obtenue dans la plupart des études, et l'effet dépendait de la souche, de la dose et de l'état initial. L'article ne plaide pas contre les probiotiques mais pour une délimitation précise de leur champ d'action. Le chapitre II.5 du manuel s'appuie sur cette distinction entre probiotique et greffon complet de microbiote.

[107] Vanhaecke T, Bretin O, Poirel M, Tap J. Drinking Water Source and Intake Are Associated with Distinct Gut Microbiota Signatures in {US. J Nutr. 2022. Link

À l'aide de la base de données de l'American Gut Project (3 413 et 3 794 échantillons fécaux), les auteurs ont examiné comment la **source** de l'eau de boisson et l'**apport** quotidien sont liés à la composition du microbiote intestinal et oral, après ajustement sur des facteurs anthropométriques, alimentaires et de mode de vie. La source de l'eau de boisson figurait parmi les principaux facteurs expliquant la variation du microbiote intestinal, et la source comme la quantité étaient associées à des signatures microbiennes distinctes — notamment des différences d'abondance relative de Campylobacter. Important : il s'agit d'une association transversale, non d'une preuve causale, et non dans une population FMT.

[108] Smillie CS, Sauk J, Gevers D, Friedman J, Sung J, Youngster I, Hohmann EL, Staley C, Khoruts A, Sadowsky MJ, Allegretti JR, Smith MB, Xavier RJ, Alm EJ. Strain Tracking Reveals the Determinants of Bacterial Engraftment in the Human Gut Following Fecal Microbiota Transplantation. Cell Host Microbe. 2018. Link

Suivi au niveau des souches après FMT : les auteurs ont examiné ce qui détermine qu'une souche donnée du donneur s'implante chez le receveur. Le meilleur prédicteur est la **composition de la propre communauté du receveur** — une souche s'implante lorsqu'un parent est déjà présent ou lorsqu'une niche écologique est libre ; la richesse et l'abondance des souches du donneur comptent également. La greffe suit donc des règles écologiques et non le hasard, et elle est modifiable du côté du receveur. Important : l'article décrit des déterminants au niveau des souches ; il ne démontre pas par un ECR que la disponibilité en fibres soit un facteur modifiable.

[109] Karl JP, Hatch AM, Arcidiacono SM, Pearce SC, Pantoja-Feliciano IG, Doherty LA, Soares JW. Effects of Psychological, Environmental and Physical Stressors on the Gut Microbiota. Front Microbiol. 2018. Link

Revue sur la manière dont les facteurs de stress psychologiques, environnementaux et physiques affectent le microbiote intestinal. Les auteurs soutiennent que divers stresseurs — dont la privation de sommeil, la charge thermique, l'altitude et le stress psychologique — modifient la composition et la fonction du microbiote via l'axe intestin-cerveau et altèrent l'intégrité de la barrière intestinale. Important pour le manuel : il s'agit d'une **revue**, largement fondée sur des travaux animaux et des modèles humains de stress contrôlé ; elle n'affirme PAS que le stress ou le manque de sommeil dégrade la greffe FMT.

[110] David LA, Maurice CF, Carmody RN, Gootenberg DB, Button JE, Wolfe BE, Ling AV, Devlin AS, Varma Y, Fischbach MA, Biddinger SB, Dutton RJ, Turnbaugh PJ. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome. Nature. 2014. Link

Étude d'intervention humaine contrôlée : des volontaires ont suivi brièvement un régime exclusivement animal, puis exclusivement végétal. La composition et l'expression génique du microbiote intestinal ont changé **en moins de 24 heures** et sont largement revenues à l'état initial après l'arrêt du régime. Le régime animal a augmenté les organismes tolérants à la bile et diminué les souches fermentant les polysaccharides végétaux. C'est la preuve classique que la flore intestinale est un **système vivant qui réagit à notre mode de vie**, et non un état statique. Important : étude à court terme sur petit échantillon, hors population FMT et sans porter sur la greffe.

[111] Koh A, De Vadder F, Kovatcheva-Datchary P, Bäckhed F. From Dietary Fiber to Host Physiology: Short-Chain Fatty Acids as Key Bacterial Metabolites. Cell. 2016. Link

Revue mécanistique sur les acides gras à chaîne courte (AGCC), produits par la fermentation bactérienne des fibres alimentaires. Les fibres fermentescibles sont la source d'énergie primaire du microbiote colique ; les principaux produits de fermentation sont l'**acétate, le propionate et le butyrate**. Le **butyrate est le principal substrat énergétique des colonocytes** ; les AGCC influencent aussi l'intégrité de la barrière, la fonction immunitaire et, une fois dans la circulation, le métabolisme de l'hôte, en partie via des récepteurs couplés aux protéines G (GPR41/43) et l'inhibition des histone-désacétylases. Cette entrée est la source des affirmations de manuel du III.2 (S-0302-01, -02). Important : il s'agit d'une **revue**, non de données expérimentales propres.

[113] Gibson GR, Roberfroid MB. Dietary modulation of the human colonic microbiota: introducing the concept of prebiotics. J Nutr. 1995. Link

Cet article a introduit le concept de **prébiotique** : un ingrédient alimentaire non digestible qui stimule sélectivement la croissance ou l'activité d'une ou de quelques espèces bactériennes du côlon, améliorant ainsi la santé de l'hôte. Les auteurs le distinguent du **probiotique** (qui apporte des micro-organismes vivants) et du **synbiotique** (combinaison des deux), et citent en exemple les oligosaccharides non digestibles, dont l'inuline et les fructo-oligosaccharides. Cette entrée est la source de la définition du prébiotique au III.2 (S-0302-04). Important : article conceptuel de 1995 ; la définition a été précisée à plusieurs reprises depuis.

[114] Lozupone CA, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota. Nature. 2012. Link

Revue sur la diversité, la stabilité et la résilience du microbiote intestinal humain. En appliquant des concepts écologiques à l'intestin, les auteurs soutiennent que la **richesse et l'équitabilité spécifiques** sont des indicateurs clés de la capacité d'une communauté à résister aux perturbations : la redondance fonctionnelle d'une communauté diversifiée fait que la perte d'un seul taxon est moins déstabilisante. Ils discutent la notion de dysbiose et l'association des états de faible diversité à plusieurs maladies. Important : il s'agit d'une **revue** offrant un cadre écologique ; elle ne traite pas la CDI séparément et n'apporte pas de preuve causale.

[118] Deehan EC, Yang C, Perez-Muñoz ME, Nguyen NK, Cheng CC, Triador L, Zhang Z, Bakal JA, Walter J. Precision Microbiome Modulation with Discrete Dietary Fiber Structures Directs Short-Chain Fatty Acid Production. Cell Host Microbe. 2020. Link

Essai humain randomisé contrôlé fournissant des fibres structurellement **différentes à base d'amidon de maïs**. Les différentes structures de fibres ont façonné différemment la composition du microbiote et le **profil des acides gras à chaîne courte** produits — en particulier la quantité de butyrate. L'ampleur de la réponse dépendait aussi de la composition initiale du microbiote (réponse individualisée). Les auteurs parlent de *modulation de précision du microbiome* : le choix de la structure de la fibre permet d'orienter le résultat de la fermentation. Cette entrée est la source de l'affirmation du III.3 selon laquelle la variété soutient un répertoire fonctionnel plus large. Important : adultes en bonne santé, hors population FMT ou CDI.

[120] Marco ML, Sanders ME, Gänzle M, Arrieta MC, Cotter PD, De Vuyst L, Hill C, Holzapfel W, Lebeer S, Merenstein D, Reid G, Wolfe BE, Hutkins R. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics ({ISAPP. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2021. Link

Déclaration de consensus du panel d'experts de l'ISAPP. Le panel définit les aliments et boissons fermentés comme des **« aliments obtenus par croissance microbienne souhaitée et conversions enzymatiques des composants alimentaires »**. Cette définition vise explicitement à clarifier **ce qui est (et n'est pas) un aliment fermenté** — distinguant par exemple les légumes marinés au vinaigre (non fermentés) et les aliments fermentés qui, du fait d'un traitement thermique, ne contiennent plus de cultures vivantes. Le panel clarifie en outre la **différence entre aliment fermenté et probiotique** : les probiotiques apportent des souches définies aux effets santé documentés et à dose connue, ce qui n'est pas nécessairement le cas des aliments fermentés. La sécurité, les risques et les attributs nutritionnels sont également traités. Cette entrée est la source des affirmations conceptuelles du III.4.

[123] Kang DW, Adams JB, Coleman DM, Pollard EL, Maldonado J, McDonough-Means S, Caporaso JG, Krajmalnik-Brown R. Long-term benefit of Microbiota Transfer Therapy on autism symptoms and gut microbiota. Sci Rep. 2019. Link

**Suivi à deux ans de l'essai ouvert de MTT de ref-122** (Kang 2017), **chez les mêmes 18 participants**. **RÉSULTATS CHIFFRÉS (vérifiés sur le texte intégral) :** - GSRS (symptômes digestifs) : **80 % d'amélioration** en fin de traitement (semaine 10) ; maintenue à la semaine 18 ; **58 % de réduction à deux ans** par rapport à l'inclusion, et 26 % de réduction du pourcentage de jours à selles anormales. - CARS (sévérité de l'autisme cotée par un évaluateur professionnel) : à deux ans, **47 % plus basse qu'à l'inclusion**. - Répartition de la sévérité : à l'inclusion **83 % de TSA sévère** ; à deux ans **17 % sévère**, 39 % léger à modéré, et **44 % des participants sous le seuil diagnostique**. - **L'ADOS n'a PAS été utilisé.** Instruments employés : CARS, SRS, ABC, PGI-III, VABS-II. **LIMITES ÉNONCÉES PAR LES AUTEURS (verbatim) :** "open-label trials without a control for placebo effect" ; **"12 out of 18 participants made one or more changes to their medications, nutritional supplements, and diets"** ; "we did not conduct additional GI diagnostic evaluations, which is a limitation of this study". **La deuxième limite mérite une attention particulière :** **12 des 18 participants ont modifié leur traitement, leurs compléments ou leur alimentation** au cours des deux ans — l'amélioration ne peut donc être attribuée sans ambiguïté à la MTT.

[134] Bishehsari F, Magno E, Swanson G, Desai V, Voigt RM, Forsyth CB, Keshavarzian A. Alcohol and Gut-Derived Inflammation. Alcohol Res. 2017. Link

Revue sur la façon dont la consommation chronique d'alcool induit une inflammation d'origine intestinale. Les auteurs décrivent comment l'alcool **modifie la composition du microbiote intestinal (dysbiose)** et **altère l'intégrité de la barrière intestinale**, permettant la translocation de produits bactériens (endotoxine) et une inflammation systémique ; ce mécanisme relie l'alcool aux lésions hépatiques et à d'autres complications organiques. Cette entrée est la source de l'affirmation du III.7 selon laquelle **l'alcool nuit à la flore en train de s'implanter**. **LIMITE IMPORTANTE :** l'article porte sur la consommation **chronique** d'alcool et ne couvre que la partie relative à l'alcool — il ne traite **pas** de l'effet sécrétoire d'eau des boissons sucrées ni de l'effet légèrement diurétique de la caféine.

[144] Kitamoto S, Nagao-Kitamoto H, Hein R, Schmidt TM, Kamada N. The Intermucosal Connection between the Mouth and Gut in Commensal Pathobiont-Driven Colitis. Cell. 2020. Link

Cette etude decrit la connexion intermuqueuse entre la bouche et l'intestin dans un modele murin : lors d'une inflammation buccale (parodontite), les pathobiontes oraux qui proliferent et sont deglutis — dont Klebsiella et des lymphocytes Th17 amorces au niveau parodontal — transloquent vers l'intestin, ou ils colonisent un environnement dysbiotique et aggravent la colite. Deux axes independants — microbien (bacteries orales ectopiques colonisant l'intestin) et immunologique (lymphocytes T amorces dans la bouche migrant vers l'intestin) — relient conjointement la maladie parodontale chronique a l'inflammation intestinale. Cette entree est la source de l'affirmation mecanistique du III.8 selon laquelle la cavite buccale sert de reservoir d'organismes dysbiotiques atteignant l'intestin par deglutition. **LIMITE :** un modele murin mecanistique ; ni CDI ni FMT et sans preuve d'un resultat clinique humain.

[145] Grasa-Ciria D, Couto S, Samatan E, Martinez-Jarreta B, Cenit MDC, Iguacel I. Disrupted Rhythms, Disrupted Microbes: A Systematic Review of Shift Work and Gut Microbiota Alterations. Nutrients. 2025. Link

Revue systematique sur la question de savoir si le travail poste — en particulier de nuit — modifie le microbiote intestinal. Les auteurs ont interroge trois bases de donnees jusqu'a mars 2025 ; cinq etudes etaient eligibles (quatre observationnelles a petit effectif et une randomisation mendelienne). Les etudes observationnelles ont rapporte une **diversite alpha reduite** et une augmentation de **genres pro-inflammatoires** (Escherichia/Shigella, Blautia, Dialister) chez les travailleurs de nuit, autrement dit le travail poste s'accompagne d'une dysbiose. Cette entree est la source de l'affirmation du III.8 selon laquelle le travail poste, une forme de perturbation circadienne de l'hote, s'accompagne d'une alteration du microbiote. **LIMITE :** peu d'etudes a petit effectif ; la difference de composition ne prouve pas de causalite, et la revue ne concerne pas une population CDI ou FMT.

[156] Ianiro G, Puncochar M, Karcher N, Porcari S, Armanini F, Asnicar F, Segata N. Variability of strain engraftment and predictability of microbiome composition after fecal microbiota transplantation across different diseases. Nat Med. 2022. Link

Meta-analyse metagenomique shotgun integree de 226 triades (donneur, receveur avant et apres la FMT) sur huit types de maladies differents, avec un profilage de souches ameliore. Le resultat cle : **les receveurs presentant une implantation plus elevee des souches du donneur avaient plus de chances d'obtenir un succes clinique** apres la FMT (P=0,017). L'implantation depend du donneur, de la voie d'administration (plusieurs voies — p. ex. gelules plus coloscopie simultanement — donnent une implantation plus elevee) et du receveur (plus elevee chez les patients atteints de maladies infectieuses traites par antibiotiques que chez les patients atteints de maladies non transmissibles sans antibiotiques prealables) ; les especes de Bacteroidetes et d'Actinobacteria s'implantent mieux. Cette entree est la source de l'affirmation du IV.3 selon laquelle, en raison de la variabilite d'implantation dependante du donneur, un lot de donneur alternatif (changement de LOT) peut ameliorer le resultat. **LIMITE :** meta-analyse observationnelle sur huit types de maladies (non la seule CDI), mesurant une association ; elle n'a pas etudie le changement de LOT de produit en tant que tel.

[161] Dimidi E, Cox SR, Rossi M, Whelan K. Fermented Foods: Definitions and Characteristics, Impact on the Gut Microbiota and Effects on Gastrointestinal Health and Disease. Nutrients. 2019. Link

Revue définissant les aliments fermentés comme les produits d'une croissance microbienne contrôlée et d'une conversion enzymatique du substrat, caractérisant les produits courants (kéfir, kombucha, choucroute, tempeh, natto, miso, kimchi, pain au levain) et leurs mécanismes proposés — y compris les effets sur le microbiote. La revue résume les preuves de l'impact des aliments fermentés sur la santé et les maladies gastro-intestinales humaines, soutenant leur intégration sélective dans des modèles alimentaires favorables à la santé.

[162] Sinha R, Abu-Ali G, Vogtmann E et al. Assessment of Variation in Microbial Community Amplicon Sequencing by the Microbiome Quality Control (MBQC) Project Consortium. Nature Biotechnology. 2017. Link

L'étude de référence du Microbiome Quality Control (MBQC) a évalué la variabilité du profilage taxonomique entre 15 laboratoires et 9 protocoles bio-informatiques à l'aide d'échantillons de selles en aveugle, de chémostat et de communautés artificielles. La variabilité dépendait avant tout du type et de l'origine de l'échantillon biologique, puis de l'extraction d'ADN, de l'environnement de manipulation des échantillons et du pipeline bio-informatique. L'analyse des communautés artificielles a révélé des différences quantitatives d'efficacité d'extraction et de classification bio-informatique. Ces résultats soulignent la nécessité d'une standardisation permettant la méta-analyse des études de microbiome à l'échelle des populations.

[163] Gloor GB, Macklaim JM, Pawlowsky-Glahn V, Egozcue JJ. Microbiome datasets are compositional: and this is not optional. Front Microbiol. 2017. Link

Les jeux de données de microbiome générés par séquençage à haut débit d'amplicons 16S rRNA, de métagénomes ou de métatranscriptomes sont intrinsèquement compositionnels, car l'instrument impose un total arbitraire. La revue explique les pathologies qui surviennent lorsque des données compositionnelles sont analysées par des méthodes non compositionnelles et fournit des orientations pour appliquer l'analyse de données compositionnelles à l'ensemble du flux de travail des études de microbiome. Le cadre compositionnel est présenté comme essentiel, et non optionnel, pour une inférence valide.

[164] Costea PI, Zeller G, Sunagawa S et al. Towards Standards for Human Fecal Sample Processing in Metagenomic Studies. Nature Biotechnology. 2017. Link

Vingt et un protocoles représentatifs d'extraction d'ADN ont été testés sur des échantillons fécaux identiques et comparés aux effets de la préparation des banques et du stockage, au regard de la variation biologique intra-individuelle. L'extraction d'ADN exerçait le plus fort effet technique sur les résultats métagénomiques. Les protocoles ont été classés selon la quantité et la qualité d'ADN et les biais de diversité de la communauté et du rapport Gram-positif/Gram-négatif. Les auteurs recommandent, pour les études métagénomiques des selles humaines, une méthode d'extraction d'ADN standardisée et transférable, validée à l'aide d'une communauté mock de composition connue.

[165] McLaren MR, Willis AD, Callahan BJ. Consistent and Correctable Bias in Metagenomic Sequencing Experiments. eLife. 2019. Link

Les mesures de séquençage de gènes marqueurs et de métagénomique sont systématiquement biaisées en faveur de la détection de certains taxons, ce qui rend les abondances taxonomiques issues de protocoles différents quantitativement incomparables et propices à des conclusions biologiques erronées. Les auteurs proposent un modèle mathématique du biais expérimental fondé sur les propriétés d'expériences réelles et le valident avec des données 16S rRNA et de métagénomique shotgun issues de communautés bactériennes définies. Le modèle s'ajuste mieux aux données expérimentales que les cadres antérieurs, plus complexes, et ouvre une voie à la correction du biais.

[166] Sczyrba A, Hofmann P, Belmann P et al. Critical Assessment of Metagenome Interpretation -- A Benchmark of Metagenomics Software. Nature Methods. 2017. Link

Le défi Critical Assessment of Metagenome Interpretation (CAMI) a évalué les logiciels de métagénomique à l'aide de jeux de données réalistes très complexes issus d'environ 700 micro-organismes nouvellement séquencés et d'environ 600 virus et plasmides nouveaux. L'assemblage et le binning donnaient de bons résultats pour les espèces représentées par des génomes individuels, mais se dégradaient nettement en présence de souches étroitement apparentées. Le profilage taxonomique et le binning étaient performants aux rangs taxonomiques élevés, avec une chute marquée en dessous du niveau de la famille. Les réglages des paramètres influençaient fortement les performances, soulignant l'importance de la reproductibilité. CAMI fournit une feuille de route pour le choix des logiciels.

[168] Clarke SF, Murphy EF, O'Sullivan O et al. Exercise and associated dietary extremes impact on gut microbial diversity. Gut. 2014. Link

Étude transversale par amplicons 16S rRNA comparant la composition du microbiote intestinal de rugbymen professionnels à celle de groupes témoins appariés sur la corpulence, l'âge et le sexe. Les athlètes présentaient une diversité microbienne plus élevée et une structure communautaire distincte, liées à la fois à l'exercice extrême et aux différences alimentaires associées. L'étude apporte des données précoces montrant que l'exercice de haut niveau et l'alimentation façonnent conjointement le microbiote intestinal, et prépare l'exploration de la triade exercice-alimentation-microbiome en santé métabolique et immunitaire.

[169] Gibson GR, Hutkins R, Sanders ME et al. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of prebiotics. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2017. Link

Consensus d'experts de l'ISAPP actualisant la définition du prébiotique : un substrat qui est utilisé sélectivement par les micro-organismes de l'hôte et confère un bénéfice pour la santé. Cette nouvelle définition étend les prébiotiques à des substances potentiellement non glucidiques, à des applications au-delà du tractus gastro-intestinal et à des catégories au-delà de l'alimentation. Les mécanismes sélectifs médiés par le microbiote et un bénéfice pour la santé documenté restent exigés. Ce texte établit la définition actuelle faisant autorité, qui oriente la recherche, la réglementation et le développement de produits.

[170] Hill C, Guarner F, Reid G et al. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2014. Link

Consensus d'un panel d'experts de l'ISAPP (2013) réaffirmant la définition FAO/OMS des probiotiques comme des « micro-organismes vivants qui, lorsqu'ils sont administrés en quantités adéquates, confèrent un bénéfice pour la santé de l'hôte ». Le panel a conclu que cette définition demeure pertinente et suffisamment souple. La prise de position consolide le cadre réglementaire et scientifique mondial relatif à l'identification, à l'étiquetage et aux exigences de preuves concernant les probiotiques.

[171] Goldenberg JZ, Yap C, Lytvyn L et al. Probiotics for the prevention of Clostridium difficile-associated diarrhea in adults and children. Cochrane Database Syst Rev. 2017. Link

Revue systématique des probiotiques dans la prévention primaire de la diarrhée associée à Clostridium difficile chez les adultes recevant des antibiotiques. La revue évalue l'efficacité et la sécurité dans un contexte où les recommandations ne préconisent pas la prophylaxie probiotique malgré des preuves probiotiques de haute qualité. La synthèse soutient la prophylaxie probiotique comme efficace et sûre chez des adultes hospitalisés sous antibiotiques correctement sélectionnés.

[172] Barton W, Penney NC, Cronin O et al. The microbiome of professional athletes differs from that of more sedentary subjects in composition and particularly at the functional metabolic level. Gut. 2018. Link

Cette étude cas-témoins a comparé les métagénomes fonctionnels et les métabolomes de joueurs professionnels internationaux de rugby à XV (n=40) à ceux de témoins sédentaires (n=46). Les athlètes présentaient des augmentations relatives des voies microbiennes de biosynthèse des acides aminés et des antibiotiques et du métabolisme des glucides, ainsi que des SCFA fécaux plus élevés (acétate, propionate, butyrate) liés à un renouvellement musculaire accru et à une meilleure santé globale. La séparation fonctionnelle et métabolomique entre les groupes dépassait les différences de composition. Les auteurs concluent que l'exercice associé au régime alimentaire de l'athlète façonne la fonction du microbiote plus fortement que sa taxonomie, ce qui conforte le paradigme alimentation-exercice-microbiote intestinal.

[173] Cryan JF, Dinan TG. Mind-altering microorganisms: the impact of the gut microbiota on brain and behaviour. Nat Rev Neurosci. 2012. Link

Cette revue synthétise les données montrant que le microbiote intestinal influence la fonction cérébrale et le comportement par des voies neurales, endocrines et immunitaires. Les animaux axéniques et les modèles d'infection par des pathogènes, de probiotiques ou d'antibiotiques impliquent les bactéries intestinales dans la régulation de l'anxiété, de l'humeur, de la cognition et de la douleur. L'axe microbiote-intestin-cerveau apparaît comme une cible exploitable pour développer de nouveaux traitements des troubles complexes du SNC. Les auteurs appellent à des études translationnelles établissant des liens causaux chez l'homme.

[174] Forslund K, Hildebrand F, Nielsen T et al. Disentangling type 2 diabetes and metformin treatment signatures in the human gut microbiota. Nature. 2015. Link

À partir de 784 métagénomes intestinaux humains, cette étude a dissocié les signatures microbiennes du diabète de type 2 (T2D) des effets des antidiabétiques et a montré que les traitements antidiabétiques, en particulier la metformine, confondent les associations antérieures de dysbiose liée au T2D. Les auteurs apportent des arguments en faveur d'une médiation microbienne des effets thérapeutiques de la metformine via la production d'acides gras à chaîne courte, ainsi que de mécanismes microbiotiques sous-tendant les effets indésirables digestifs connus, dont une augmentation relative des espèces d'Escherichia. Ces résultats soulignent que le statut thérapeutique doit être contrôlé lors de la caractérisation des microbiotes associés aux maladies.

[175] Maier L, Pruteanu M, Kuhn M et al. Extensive impact of non-antibiotic drugs on human gut bacteria. Nature. 2018. Link

Ce criblage in vitro a testé plus de 1000 médicaments commercialisés contre 40 souches bactériennes intestinales représentatives et a constaté que 24 % des médicaments à cible humaine, toutes classes thérapeutiques confondues, inhibaient au moins une souche. Les antipsychotiques étaient surreprésentés dans ce groupe. Les effets des médicaments sur les bactéries intestinales étaient corrélés à des effets indésirables de type antibiotique chez l'homme et concordaient avec les données de cohortes existantes. La sensibilité aux antibiotiques et aux médicaments à cible humaine était corrélée entre espèces, indiquant des mécanismes de résistance partagés, vérifiés pour plusieurs médicaments. Ces résultats font craindre que des non-antibiotiques puissent favoriser la résistance aux antibiotiques.

[176] Routy B, Le Chatelier E, Derosa L et al. Gut microbiome influences efficacy of PD-1–based immunotherapy against epithelial tumors. Science. 2018. Link

Cette étude translationnelle a montré que la résistance primaire aux inhibiteurs de points de contrôle immunitaire (ICI) anti-PD-1/PD-L1 dans les cancers avancés peut être attribuée à une composition anormale du microbiote intestinal, les antibiotiques réduisant le bénéfice clinique des ICI. La FMT à partir de répondeurs aux ICI chez des souris germ-free ou traitées par antibiotiques a restauré l'efficacité du blocage de PD-1 ; la FMT issue de non-répondeurs ne l'a pas fait. La métagénomique des selles a corrélé la réponse aux ICI à l'abondance d'Akkermansia muciniphila. L'administration orale d'A. muciniphila après FMT de non-répondeurs a restauré l'efficacité anti-PD-1 via un recrutement de lymphocytes T CD4+ CCR9+CXCR3+ dépendant de l'IL-12. Ces résultats établissent la modulation du microbiote comme adjuvant de l'immunothérapie anticancéreuse.

[177] Dominguez-Bello MG, Costello EK, Contreras M et al. Delivery mode shapes the acquisition and structure of the initial microbiota across multiple body habitats in newborns. Proc Natl Acad Sci USA. 2010. Link

Cette étude a utilisé le pyroséquençage 16S rRNA multiplexé pour caractériser les communautés bactériennes de 10 dyades mère–nouveau-né (4 accouchements par voie basse, 6 césariennes), avec prélèvements chez les mères au niveau cutané, buccal et vaginal avant l'accouchement, et chez les nouveau-nés au niveau cutané, buccal, de l'aspiration nasopharyngée et du méconium dans les 24 heures. Le mode d'accouchement déterminait fortement l'établissement du microbiote néonatal dans tous les habitats corporels : les nourrissons nés par voie basse hébergeaient des communautés proches du microbiote vaginal maternel, tandis que ceux nés par césarienne ressemblaient à la peau maternelle. Ces résultats documentent l'influence fondatrice du mode d'accouchement sur le microbiome humain initial.

[178] Alderete TL, Jones RB, Chen Z et al. Exposure to traffic-related air pollution and the composition of the gut microbiota in overweight and obese adolescents. Environ Res. 2018. Link

Cette étude a examiné les associations entre l'exposition à la pollution atmosphérique liée au trafic (TRAP) et les taxons bactériens intestinaux chez 43 adolescents en surpoids ou obèses (17-19 ans) de la cohorte Meta-AIR. Des taxons microbiens intestinaux spécifiques étaient corrélés à l'exposition à la TRAP, et plusieurs de ces mêmes taxons étaient associés à des facteurs de risque de diabète de type 2, dont la glycémie à jeun. Les données explorent si l'abondance microbienne médie en partie le lien entre pollution atmosphérique et dysfonction métabolique. Ces résultats suggèrent que la pollution atmosphérique pourrait contribuer au risque de diabète de type 2 par le biais d'altérations du microbiote intestinal.

[179] Goodrich JK, Waters JL, Poole AC et al. Human genetics shape the gut microbiome. Cell. 2014. Link

Cette étude a comparé les microbiotes de plus de 1000 échantillons fécaux de la population TwinsUK, incluant 416 paires de jumeaux, afin de tester les effets génétiques de l'hôte sur le microbiome intestinal. De nombreux taxons microbiens présentaient une abondance héritable, tout particulièrement la famille des Christensenellaceae, qui formait un réseau de co-occurrence avec d'autres bactéries héritables et des archées méthanogènes. Les Christensenellaceae et leurs partenaires étaient enrichis chez les personnes ayant un indice de masse corporelle faible. Ces résultats apportent une preuve à l'échelle populationnelle que la génétique de l'hôte façonne le microbiome intestinal et interagit avec lui pour influencer le phénotype métabolique.

[180] Mirzayi C, Renson A, Genomic Standards Consortium et al. Reporting Guidelines for Human Microbiome Research: The STORMS Checklist. Nature Medicine. 2021. Link

Ce consensus méthodologique, issu de chercheurs pluridisciplinaires du microbiome, a adapté les lignes directrices de publication de l'épidémiologie observationnelle et génétique pour créer l'outil Strengthening The Organization and Reporting of Microbiome Studies (STORMS). STORMS est une liste de contrôle de 17 items organisée en six sections correspondant à la structure habituelle d'une publication, avec de nouveaux éléments relatifs aux analyses de laboratoire, bioinformatiques et statistiques propres aux études du microbiome indépendantes de la culture. Cet outil fournit un cadre de publication standardisé facilitant la préparation des manuscrits, l'évaluation par les pairs, la compréhension des lecteurs et l'analyse comparative des études du microbiome.

[181] Househam AM, Peterson CT, Mills PJ, Chopra D. The effects of stress and meditation on the immune system, human microbiota, and epigenetics. Adv Mind Body Med. 2017. Link

La revue publiée en 2017 dans Advances in Mind-Body Medicine par Househam, Peterson, Mills et Chopra examine les effets du stress et de la méditation sur le système immunitaire, le microbiote humain et l'épigénétique. Les auteurs synthétisent les données montrant que le stress psychologique chronique active la libération de cortisol par l'axe HPA, une dysrégulation autonome et une production de cytokines pro-inflammatoires, avec des modifications dysbiotiques documentées du microbiote intestinal (diminution de Lactobacillus et Bifidobacterium, augmentation des pathobiontes). À l'inverse, les pratiques méditatives — pleine conscience, yoga, méditation transcendantale — montrent des effets sur la longueur des télomères, la méthylation de l'ADN, l'expression des gènes inflammatoires et la composition du microbiote. La revue soutient un cadre d'axe intestin-cerveau-immunité-esprit et incite à mener des essais d'interventions corps-esprit dans les dysfonctions du microbiome liées au stress.

[183] Eisenhofer R, Minich JJ, Marotz C et al. Contamination in Low Microbial Biomass Microbiome Studies: Issues and Recommendations. Trends Microbiol. 2019. Link

Afin d'évaluer l'impact d'une biomasse microbienne décroissante sur le séquençage du gène 16S rRNA, les auteurs ont généré une série de dilutions d'une communauté artificielle et testé quatre approches computationnelles de décontamination : filtrage à partir des séquences des contrôles négatifs, filtrage par abondance relative, filtrage par corrélation inverse avec la concentration en ADN (Decontam) et modélisation des sources de contamination (SourceTracker). Comme attendu, la proportion d'ADN bactérien contaminant augmentait à mesure que la biomasse initiale diminuait, atteignant 80,1 % dans l'échantillon le plus dilué. Ce benchmark fournit des recommandations pratiques pour le choix des méthodes de décontamination dans les études de microbiote à faible biomasse et souligne les limites des approches in silico.

[184] Marotz CA, Sanders JG, Zuniga C et al. Improving Saliva Shotgun Metagenomics by Chemical Host DNA Depletion. Microbiome. 2018. Link

Afin de permettre le séquençage métagénomique shotgun d'échantillons oraux dominés par l'ADN de l'hôte, trois kits commerciaux de déplétion de l'hôte, une filtration par taille et une nouvelle méthode associant lyse osmotique et monoazoture de propidium (lyPMA) ont été comparés sur de la salive humaine. La lyPMA s'est révélée la méthode la plus efficace, réduisant la proportion de lectures alignées sur l'hôte de 89,29 ± 0,03 % dans les échantillons non traités à 8,53 ± 0,10 %. De plus, les échantillons traités par lyPMA présentaient le biais taxonomique le plus faible par rapport aux contrôles non traités. La méthode est recommandée pour l'enrichissement en ADN microbien à partir d'échantillons oraux riches en matériel de l'hôte dans les études métagénomiques.

[188] Costello SP, Hughes PA, Waters O et al. Effect of fecal microbiota transplantation on 8-week remission in patients with ulcerative colitis: a randomized clinical trial. JAMA. 2019. Link

Un essai multicentrique, randomisé, en double aveugle mené dans trois centres australiens a inclus 73 adultes atteints de rectocolite hémorragique d'activité légère à modérée. Les patients ont reçu une FMT issue d'un pool de donneurs préparée en conditions anaérobies (n=38) ou une FMT autologue (n=35) par coloscopie, suivie de 2 lavements sur 7 jours, avec un suivi de 12 mois. L'hypothèse était qu'un traitement anaérobie des selles améliore la viabilité microbienne et permet une efficacité avec une FMT plus courte et moins intensive. L'essai soutient l'utilisation d'une FMT préparée en anaérobiose et de courte durée comme traitement d'induction efficace dans la rectocolite hémorragique active.

[192] Davar D, Dzutsev AK, McCulloch JA et al. Fecal microbiota transplant overcomes resistance to anti-PD-1 therapy in melanoma patients. Science. 2021. Link

Un essai clinique a évalué une FMT issue de donneurs répondeurs associée à un anti-PD-1 chez des patients atteints de mélanome réfractaire au PD-1. L'association était bien tolérée, a apporté un bénéfice clinique chez 6 des 15 patients et a induit une perturbation rapide et durable du microbiote. Les répondeurs présentaient une abondance accrue de taxons précédemment associés à la réponse aux anti-PD-1, une activation accrue des lymphocytes T CD8+ et une diminution des cellules myéloïdes exprimant l'IL-8. Des signatures protéomiques et métabolomiques distinctes, ainsi que des analyses de réseaux transkingdom, ont confirmé la régulation de ces modifications immunitaires par le microbiote intestinal. La FMT peut lever la résistance au blocage de PD-1 dans le mélanome.

[194] Vrieze A, Van Nood E, Holleman F et al. Transfer of intestinal microbiota from lean donors increases insulin sensitivity in individuals with metabolic syndrome. Gastroenterology. 2012. Link

Des receveurs masculins atteints de syndrome métabolique ont été randomisés entre une infusion dans l'intestin grêle d'un microbiote intestinal allogénique (donneur mince) ou autologue. Six semaines après l'infusion issue d'un donneur mince, la sensibilité à l'insuline avait augmenté (taux médian de disparition du glucose : 26,2 → 45,3 μmol/kg/min ; p<0,05), avec une augmentation parallèle du microbiote intestinal producteur de butyrate. Cette étude de preuve de concept soutient le développement du microbiote intestinal comme agent thérapeutique pour améliorer la sensibilité à l'insuline chez l'homme.

[206] Walsham NE, Sherwood RA. Fecal calprotectin in inflammatory bowel disease. Clin Exp Gastroenterol. 2016. Link

Les IBD et l'IBS partagent de nombreux symptômes cliniques, si bien qu'un diagnostic précis est essentiel, le traitement des IBD évoluant rapidement alors que l'IBS est essentiellement pris en charge de façon symptomatique. L'évaluation clinique associée à l'imagerie et à l'endoscopie constitue depuis longtemps la base du diagnostic. Au cours de la dernière décennie, les biomarqueurs fécaux de l'inflammation gastro-intestinale — principalement la calprotectine, protéine cytosolique des neutrophiles — sont entrés dans l'usage courant. La calprotectine permet une évaluation objective de l'activité de la maladie et de la réponse au traitement dans l'évolution chronique par poussées et rémissions des IBD (maladie de Crohn, rectocolite hémorragique).

[209] Kennedy KM, de Goffau MC, Perez-Muñoz ME et al. Questioning the fetal microbiome illustrates pitfalls of low-biomass microbial studies. Nature. 2023. Link

Les auteurs évaluent les études récentes affirmant une colonisation microbienne des fœtus humains et de l'environnement intra-utérin, sous les angles de la biologie de la reproduction, de l'écologie microbienne, de la bioinformatique, de l'immunologie, de la microbiologie clinique et de la gnotobiologie. Ils concluent que les signaux microbiens détectés résultent vraisemblablement d'une contamination lors du prélèvement, de l'extraction d'ADN ou du séquençage. L'existence de populations microbiennes vivantes et se répliquant dans un tissu fœtal sain est incompatible avec les principes établis de l'immunologie, de la microbiologie clinique et de la dérivation de mammifères axéniques. Le microbiote fœtal constitue un exemple d'avertissement des pièges du séquençage à faible biomasse et de la nécessité d'une approche transdisciplinaire.

[238] Chassaing B, Compher C, Bonhomme B et al. Randomized Controlled-Feeding Study of Dietary Emulsifier Carboxymethylcellulose Reveals Detrimental Impacts on the Gut Microbiota and Metabolome. Gastroenterology. 2022. Link

RCT en alimentation contrôlée mené chez 16 volontaires humains. Un régime contenant l'émulsifiant carboxyméthylcellulose (CMC, E466) a modifié la composition du microbiote intestinal en 11 jours, diminué la diversité microbienne et les taux de métabolites de fermentation, et deux participants ont présenté des signes d'empiètement bactérien dans la couche de mucus. Il s'agit des premières données humaines montrant que la CMC, aux niveaux d'exposition journalière autorisés, a des effets microbiologiques délétères.

[246] Sun L, Shang B, Lv S, Liu G, Wu Q, Geng Y. Effects of semaglutide on metabolism and gut microbiota in high-fat diet-induced obese mice. Front Pharmacol. 2025. Link

Étude animale (souris obèses par régime riche en graisses) indiquant que le sémaglutide modifie favorablement le métabolisme sérique et la composition du microbiote intestinal, une partie de l'amélioration métabolique étant transférable par transplantation fécale. IMPORTANT : il s'agit de preuves précliniques, issues d'un modèle animal ; la pertinence chez l'homme n'est pas encore établie, l'affirmation doit donc être considérée comme une hypothèse (🟠).

[273] Ruuskanen MO, Angély M, Metzler-Zebeli BU, et al. Farm-related exposures and gut microbiota in rural children. Frontiers in Pediatrics. 2020. Link

Un bref résumé de la publication citée est en cours de préparation.

[286] Ownby DR, Johnson CC, Peterson EL. Exposure to dogs and cats in the first year of life and risk of allergic sensitization. JAMA. 2002. Link

Un bref résumé de la publication citée est en cours de préparation.

[295] Shao Y, Forster SC, Tsaliki E, et al. Stunted microbiota and opportunistic pathogen colonization in caesarean-section birth. Nature. 2019. Link

Un bref résumé de la publication citée est en cours de préparation.

[298] Azad MB, Konya T, Persaud RR, et al. Impact of maternal intrapartum antibiotics, method of birth and breastfeeding on gut microbiota during the first year of life. BJOG. 2016. Link

Un bref résumé de la publication citée est en cours de préparation.

[304] Ege MJ, Mayer M, Normand AC, et al. Exposure to environmental microorganisms and childhood asthma. New England Journal of Medicine. 2011. Link

Un bref résumé de la publication citée est en cours de préparation.

[325] Falony G, Joossens M, Vieira-Silva S, et al. Population-level analysis of gut microbiome variation. Science. 2016. Link

Un bref résumé de la publication citée est en cours de préparation.

[395] Castellarin M, Warren RL, Freeman JD, et al. Fusobacterium nucleatum infection is prevalent in human colorectal carcinoma. Genome Research. 2012. Link

Un bref résumé de la publication citée est en cours de préparation.

[413] Brotman RM. Vaginal microbiome and sexually transmitted infections: an epidemiologic perspective. Journal of Clinical Investigation. 2011. Link

Un bref résumé de la publication citée est en cours de préparation.

[441] Lynch SV, Pedersen O. The Human Intestinal Microbiome in Health and Disease. N Engl J Med. 2016. Link

Lynch et Pedersen proposent dans le New England Journal of Medicine une revue exhaustive du microbiome intestinal humain en santé et en maladie. Ils résument la composition et la stabilité du microbiote adulte, les principaux phylums bactériens (Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria), ainsi que l'influence de la génétique de l'hôte, de l'alimentation, des antibiotiques et du mode d'accouchement sur la structure de la communauté. Les sections mécanistiques traitent de la production d'acides gras à chaîne courte, du métabolisme des acides biliaires, de l'éducation immunitaire et du maintien de la barrière. Les associations avec les maladies sont passées en revue pour les IBD, l'obésité, le diabète de type 2, l'athérosclérose, l'allergie et l'infection à Clostridioides difficile. L'article présente le microbiome comme une cible thérapeutique accessible via l'alimentation, les prébiotiques, les probiotiques et la transplantation de microbiote fécal.

[442] Sender R, Fuchs S, Milo R. Are We Really Vastly Outnumbered? Revisiting the Ratio of Bacterial to Host Cells in Humans. Cell. 2016. Link

Sender, Fuchs et Milo ont recalculé le rapport bactéries/cellules humaines de 10:1 largement cité. À partir de données actualisées pour un homme de référence de 70 kg, ils ont estimé environ 3,8×10^13 bactéries contre environ 3,0×10^13 cellules humaines — soit un rapport proche de 1:1 plutôt que de 10:1, qu'une seule défécation peut faire basculer en faveur des cellules humaines. L'article a corrigé un mythe vieux de plusieurs décennies dans la science du microbiome.

[443] Qin J, Li R, Raes J et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010. Link

Le séquençage métagénomique sur plateforme Illumina d'échantillons fécaux de 124 individus européens (576,7 Gb de séquence) a produit un catalogue de 3,3 millions de gènes microbiens non redondants, environ 150 fois plus vaste que le complément génique humain. Les gènes étaient largement partagés entre les individus, avec plus de 99% d'origine bactérienne. La cohorte hébergeait un nombre estimé de 1 000–1 150 espèces bactériennes prévalentes, chaque individu portant au moins 160 espèces. L'étude définit un métagénome intestinal minimal et un génome bactérien intestinal minimal à partir des fonctions présentes chez tous les individus et chez la plupart des bactéries. Ces résultats établissent une référence fondatrice du potentiel génétique du microbiote intestinal humain.

[444] Ridlon JM, Kang DJ, Hylemon PB, Bajaj JS. Bile acids and the gut microbiome. Curr Opin Gastroenterol. 2014. Link

Revue de l'axe acides biliaires-microbiome intestinal en santé et en pathologie, centrée sur les deux principales voies microbiennes de dégradation des sels biliaires et sur l'impact de la composition en acides biliaires sur le microbiote et la physiologie de l'hôte. La taille du pool d'acides biliaires est désormais reconnue comme fonction du métabolisme microbien des acides biliaires. Les acides biliaires régulent le microbiome aux niveaux taxonomiques les plus élevés et agissent comme hormones de signalisation, des données émergentes les impliquant dans la carcinogenèse hépatique. La revue présente les acides biliaires comme médiateurs bidirectionnels du dialogue hôte-microbiome.

[445] Cryan JF, O'Riordan KJ, Cowan CSM et al. The Microbiota-Gut-Brain Axis. Physiol Rev. 2019. Link

Revue exhaustive (Cryan et al., Physiol Rev 2019) de l'axe microbiote-intestin-cerveau. Elle détaille les voies de communication reliant le microbiote intestinal et le cerveau, notamment le système immunitaire, le métabolisme du tryptophane, le nerf vague et le système nerveux entérique, ainsi que les métabolites microbiens (acides gras à chaîne courte, acides aminés à chaîne ramifiée, peptidoglycanes). L'article passe en revue les données animales et humaines relatives à l'importance physiologique et comportementale/neurologique de cet axe.

[446] Turnbaugh PJ, Ley RE, Hamady M, Fraser-Liggett CM, Knight R, Gordon JI. The Human Microbiome Project. Nature. 2007. Link

Cadre stratégique exposant l'approche du Human Microbiome Project pour caractériser les composantes microbiennes du paysage génétique et métabolique humain. L'initiative vise à établir comment le microbiote contribue à la physiologie normale et à la prédisposition aux maladies. Elle constitue la déclaration programmatique fondatrice de la recherche sur le microbiome à grande échelle en population.

[447] Peery AF, Kelly CR, Kao D et al. AGA Clinical Practice Guideline on Fecal Microbiota-Based Therapies for Select Gastrointestinal Diseases. Gastroenterology. 2024. Link

Recommandation de pratique clinique de l'AGA, élaborée selon le cadre GRADE, portant sur les thérapies à base de microbiote fécal (FMT conventionnelle, fecal microbiota live-jslm, fecal microbiota spores live-brpk) chez l'adulte atteint d'infection à Clostridioides difficile récidivante ou sévère à fulminante, d'IBD/pochite et d'IBS. Le panel a émis 7 recommandations. Chez l'adulte immunocompétent présentant une CDI récidivante, l'AGA suggère un recours sélectif aux thérapies à base de microbiote fécal après l'antibiothérapie de référence afin de prévenir de nouvelles récidives. Le texte fournit un cadre intégrant les produits approuvés par la FDA et la FMT conventionnelle.

[448] Thaiss CA, Zmora N, Levy M, Elinav E. The microbiome and innate immunity. Nature. 2016. Link

Revue mécanistique de la manière dont le microbiome intestinal intègre les entrées environnementales (alimentation) avec les signaux génétiques et immunitaires pour influencer le métabolisme, l'immunité et la réponse infectieuse de l'hôte. Les cellules immunitaires innées hématopoïétiques et non hématopoïétiques situées à l'interface hôte–microbiome détectent les micro-organismes et leurs métabolites, et traduisent ces signaux en réponses physiologiques et en régulation de l'écologie microbienne. La perturbation de cette communication immunité innée–microbiote est impliquée dans la pathogenèse de maladies complexes. La revue présente le microbiome comme un nœud de signalisation central coordonnant la défense de l'hôte et l'homéostasie.

[449] Dethlefsen L, Relman DA. Incomplete recovery and individualized responses of the human distal gut microbiota to repeated antibiotic perturbation. Proc Natl Acad Sci USA. 2011. Link

Cette étude longitudinale a examiné le microbiote intestinal distal de trois individus pendant 10 mois, couvrant deux cures de ciprofloxacine, avec l'analyse de 1,7 million de séquences 16S rRNA issues de 52–56 échantillons par sujet. La variation interindividuelle prédominait ; les communautés intra-individuelles de base sont restées stables pendant des mois. La ciprofloxacine a profondément réduit la diversité et modifié la composition dans les 3–4 jours suivant l'initiation, avec une récupération incomplète et spécifique à chaque individu. Ces résultats caractérisent la résilience du microbiote intestinal et la perturbation durable causée par une exposition répétée aux fluoroquinolones.

[450] Zuo T, Wong SH, Lam K et al. Bacteriophage transfer during faecal microbiota transplantation in Clostridium difficile infection is associated with treatment outcome. Gut. 2018. Link

Étude des altérations du virome entérique chez 24 sujets atteints de CDI et 20 témoins sains, par séquençage métagénomique ultra-profond des particules virales associé à un profilage bactérien 16S rRNA. Neuf patients atteints de CDI traités par FMT et cinq traités par vancomycine ont fait l'objet d'une évaluation longitudinale des modifications du virome et du bactériome en relation avec la réponse au traitement. Les données relient le transfert viral lors de la FMT — en particulier celui des bactériophages — à la résolution clinique de la CDI, suggérant que le transfert de phages contribue à l'effet thérapeutique au-delà du seul engraftment bactérien.

[451] Wild, C. P. Complementing the Genome with an 'Exposome': The Outstanding Challenge of Environmental Exposure Measurement in Molecular Epidemiology. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2005. Link

Le commentaire fondateur de Wild, publié en 2005 dans Cancer Epidemiology, Biomarkers and Prevention, introduit le concept d'« exposome » en complément de la mesure génomique en épidémiologie moléculaire. Il soutient que les expositions environnementales de la vie entière, incluant l'alimentation, le mode de vie, les infections, les polluants et les processus endogènes, sont aussi importantes que le génome dans la détermination du risque de maladie, mais sont systématiquement sous-mesurées. L'article appelle au développement de technologies et de plans d'étude capables de capter les expositions tout au long de la vie avec une sensibilité comparable à celle de la génomique à haut débit. Wild distingue les domaines interne, externe spécifique et externe général de l'exposome. Le concept a depuis façonné de grandes études de cohorte et l'évaluation des expositions fondée sur les biomarqueurs, y compris les travaux relatifs au microbiome.

[452] Rappaport SM, Smith MT. Environment and Disease Risks. Science. 2010. Link

Prise de position conceptuelle soutenant qu'un nouveau paradigme épidémiologique est nécessaire pour évaluer comment l'exposition cumulative aux facteurs environnementaux tout au long de la vie affecte le risque de maladies chroniques. Elle appelle à une analyse systématique à l'échelle de l'exposome, au-delà des plans d'étude limités à une seule exposition.

[453] Teigen LM, Hoeg A, Zehra H, Vaughn BP. Nutritional optimization of fecal microbiota transplantation in humans: a scoping review. Gut Microbes. 2025. Link

Scoping review humaine sur l'optimisation nutritionnelle du FMT : l'apport en fibres du receveur et la disponibilité de substrats fermentescibles influencent l'engraftment ; même de courtes périodes sans fibres (p. ex. NPO) peuvent compromettre le succès du FMT dans la période immédiatement postérieure à l'intervention, car la communauté du donneur entrante a besoin de substrat fermentescible pour coloniser.

[454] Gogokhia L, Tran N, Grier A, Nagayama M, Xiang G, Funez-dePagnier G, Lavergne A, Ericsson C, Ben Maamar S, Zhang M, Battat R, Scherl E, Lukin DJ, Longman RS. Donor composition and fiber promote strain engraftment in a randomized controlled trial of fecal microbiota transplant for ulcerative colitis. Med. 2025. Link

L'essai MINDFUL, randomisé, en double aveugle et contrôlé contre placebo, a réparti 27 patients atteints de rectocolite hémorragique légère à modérée entre une TMF unique et un placebo, avec ou sans supplémentation en fibres de psyllium, pendant 8 semaines. La TMF a induit une réponse clinique, une rémission et une amélioration endoscopique par rapport au placebo (p < 0,05). La supplémentation en fibres n'a pas amélioré les critères cliniques, mais l'analyse métagénomique au niveau des souches a montré que la composition de la communauté du donneur, associée à l'apport en fibres du receveur, conditionne l'implantation des souches du donneur. Il s'agit de l'une des premières preuves humaines randomisées que les facteurs alimentaires de l'exposome postérieurs à la procédure influencent directement l'implantation après TMF, tout en montrant qu'une meilleure implantation ne se traduit pas automatiquement par de meilleurs résultats cliniques. ClinicalTrials.gov: NCT03998488.

[455] Zmora N, Zilberman-Schapira G, Suez J et al. Personalized Gut Mucosal Colonization Resistance to Empiric Probiotics Is Associated with Unique Host and Microbiome Features. Cell. 2018. Link

Un profilage multi-omique invasif séquentiel du microbiome gastro-intestinal associé à la muqueuse, chez la souris et chez l'homme, pendant la consommation d'un probiotique à 11 souches versus placebo, a montré que les probiotiques restaient viables au cours du transit gastro-intestinal mais se heurtaient à une résistance marquée à la colonisation muqueuse chez les hôtes colonisés. Chez l'homme, les profils de colonisation muqueuse étaient spécifiques de la personne, de la région et de la souche, et prévisibles à partir des caractéristiques initiales de l'hôte et du microbiome, tandis que la présence du probiotique dans les selles n'était pas informative. Le microbiome fécal ne corrélait que partiellement avec le microbiome muqueux. Ces résultats remettent en question l'usage empirique des probiotiques chez les sujets sains.

[456] Salter SJ, Cox MJ, Turek EM et al. Reagent and Laboratory Contamination Can Critically Impact Sequence-Based Microbiome Analyses. BMC Biology. 2014. Link

L'ADN contaminant se révèle ubiquitaire dans les kits d'extraction d'ADN et les réactifs de laboratoire couramment utilisés, sa composition variant fortement selon les kits et les lots. Cette contamination fausse de manière critique les résultats obtenus à partir d'échantillons à faible biomasse microbienne, tant dans les analyses du gène 16S rRNA que dans la métagénomique shotgun. Les auteurs fournissent une liste étendue des genres potentiellement contaminants et des recommandations d'atténuation, et appellent à la prudence dans l'application des techniques fondées sur le séquençage aux environnements microbiens à faible biomasse.

[457] Yang B, Wang Y, Qian PY. Sensitivity and Correlation of Hypervariable Regions in 16S rRNA Genes in Phylogenetic Analysis. BMC Bioinformatics. 2016. Link

Cette étude a développé un pipeline bioinformatique in silico afin d'évaluer avec quelle fiabilité les régions hypervariables du gène 16S rRNA représentent la séquence de pleine longueur en analyse phylogénétique, en utilisant la distance géodésique pour comparer quantitativement la topologie des différents arbres phylogénétiques. Le principal résultat est que les régions V4-V6 étaient les plus fiables pour l'analyse phylogénétique de la plupart des phylums bactériens, tandis que V2 et V8 étaient les moins fiables.

[458] Vandeputte D, Kathagen G, D'hoe K et al. Quantitative Microbiome Profiling Links Gut Community Variation to Microbial Load. Nature. 2017. Link

Les analyses classiques du microbiote fécal fondées sur le séquençage ne fournissent que des abondances relatives, ce qui entrave le lien entre les caractéristiques du microbiome et les paramètres quantitatifs de l'hôte lorsque la charge microbienne varie d'un échantillon à l'autre. Les auteurs soutiennent que le profilage relatif peut masquer une modification de l'abondance microbienne totale, signal clé associé à la maladie, et plaident pour un profilage quantitatif du microbiome associant la composition relative à des mesures de densité cellulaire, afin de permettre une caractérisation authentique des interactions hôte–microbiote.

[459] Sonnenburg JL, Bäckhed F. Diet–microbiota interactions as moderators of human metabolism. Nature. 2016. Link

Revue des mécanismes reliant le microbiote intestinal à l'obésité et au diabète de type 2, s'appuyant sur des modèles animaux translationnels et des études humaines. Le microbiote apparaît comme un médiateur de l'impact de l'alimentation sur le statut métabolique de l'hôte, avec des efforts croissants pour établir des relations causales chez l'homme et développer des interventions thérapeutiques, y compris la nutrition personnalisée.

[460] Zierer J, Jackson MA, Kastenmüller G et al. The fecal metabolome as a functional readout of the gut microbiome. Nat Genet. 2018. Link

L'analyse exhaustive de 1 116 métabolites chez 786 individus de l'étude de jumeaux en population TwinsUK a montré que le métabolome fécal n'est que modestement héritable (H2 = 17,9%), avec un locus répliqué au niveau de NAT2 associé aux traits métaboliques fécaux. Le métabolome fécal reflète largement la composition microbienne intestinale, qui explique en moyenne 67,7% (+/-18,8%) de sa variance, et il est fortement associé à la masse grasse viscérale. Ces résultats positionnent la métabolomique fécale comme une lecture fonctionnelle reliant la composition du microbiome à l'obésité abdominale.

[461] Moayyedi P, Surette MG, Kim PT et al. Fecal Microbiota Transplantation Induces Remission in Patients With Active Ulcerative Colitis in a Randomized Controlled Trial. Gastroenterology. 2015. Link

Essai randomisé contrôlé contre placebo chez des patients atteints de rectocolite hémorragique active sans diarrhée infectieuse. Les participants ont été randomisés vers une FMT (lavement de 50 mL provenant de donneurs sains anonymes, n=38) ou un lavement placebo à l'eau (n=37), une fois par semaine pendant 6 semaines ; les patients, les cliniciens et les investigateurs étaient en aveugle. L'essai a évalué la sécurité et l'efficacité de la FMT pour l'induction de la rémission dans l'UC, montrant que la FMT peut produire une amélioration clinique et endoscopique supérieure au placebo chez une partie des patients. Ces résultats soutiennent la FMT comme option de modulation du microbiote dans l'UC active, tout en soulignant la variabilité de la réponse individuelle.

[462] Paramsothy S, Nielsen S, Kamm MA et al. Specific Bacteria and Metabolites Associated With Response to Fecal Microbiota Transplantation in Patients With Ulcerative Colitis. Gastroenterology. 2019. Link

RCT en double aveugle chez 81 patients atteints de rectocolite hémorragique active randomisés vers une FMT intensive multidonneurs ou des lavements placebo 5 jours par semaine pendant 8 semaines, après une perfusion coloscopique initiale. Les patients du bras FMT recevaient des selles mélangées provenant de 3–7 donneurs non apparentés ; les patients du bras placebo pouvaient ensuite bénéficier d'une FMT en ouvert. 314 échantillons fécaux ont été recueillis lors du dépistage, du traitement et 8 semaines après la fin du traitement afin d'identifier les taxons bactériens et les fonctions métaboliques associés à la réponse. L'étude identifie des signatures microbiennes et métabolitiques prédictives de la réponse à la FMT dans l'UC, à l'appui de la sélection des donneurs et de la stratification de la réponse.

[463] Porcari S, Benech N, Valles-Colomer M et al. Key determinants of success in fecal microbiota transplantation: from microbiome to clinic. Cell Host Microbe. 2023. Link

Revue des déterminants du succès de la FMT couvrant les facteurs liés au donneur et au receveur (diversité et composition du microbiome, statut immunitaire, génétique de l'hôte) et les facteurs procéduraux (quantité de selles, nombre de perfusions, voie d'administration, traitements adjuvants). Le succès clinique apparaît étroitement lié au degré d'engraftment microbien du donneur. Les auteurs soutiennent que l'intégration des technologies de pointe du microbiome à des cadres conceptuels révisés — et un couplage plus étroit des flux de travail de laboratoire et cliniques — améliorera les protocoles et les résultats de la FMT dans les indications au-delà de la CDI.

[464] Paramsothy S, Kamm MA, Kaakoush NO et al. Multidonor intensive faecal microbiota transplantation for active ulcerative colitis: a randomised placebo-controlled trial. Lancet. 2017. Link

Paramsothy et ses collègues rapportent l'essai FOCUS, étude randomisée contrôlée contre placebo marquante publiée dans le Lancet en 2017, portant sur la transplantation de microbiote fécal (FMT) intensive multidonneurs dans la rectocolite hémorragique active. Quatre-vingt-un adultes atteints d'UC active légère à modérée ont reçu soit une FMT issue d'un pool de donneurs, soit des lavements placebo, avec une perfusion coloscopique d'induction suivie de lavements cinq jours par semaine pendant huit semaines. Le critère principal, une rémission clinique sans corticoïdes avec rémission ou réponse endoscopique à la semaine 8, a été atteint chez 27% des receveurs de FMT contre 8% des receveurs de placebo (p=0,021). La diversité microbienne augmentait chez les répondeurs, avec des diminutions spécifiques de Fusobacterium et des augmentations d'Eubacterium et de Roseburia. L'essai a établi la FMT multidonneurs à dose intensive comme une stratégie thérapeutique crédible dans l'UC.

[465] Terveer EM, van Beurden YH, Goorhuis A et al. How to Establish and Run a Stool Bank. Clin Microbiol Infect. 2017. Link

Description opérationnelle de la Netherlands Donor Feces Bank (NDFB), fondée en 2015 pour fournir un produit de FMT standardisé dans la CDI récidivante. L'article établit des procédures opératoires normalisées pour le recrutement, la sélection et le dépistage des donneurs, ainsi que pour la production, le stockage et la distribution de suspensions fécales congelées. Les protocoles différaient substantiellement selon les pays et les institutions, et les cadres législatifs européens relatifs aux suspensions fécales étaient alors inexistants. Le travail fournit un modèle de référence pour la gouvernance des banques de selles nationales.

[466] Hong AS, Yu WY, Hong JM, Cross CL, Azab M, Ohning G, Jayaraj M. Proton pump inhibitor in upper gastrointestinal fecal microbiota transplant: A systematic review and analysis. J Gastroenterol Hepatol. 2020.

Revue systématique de la FMT par voie digestive haute (capsule/orale) et des IPP : sur 233 patients, l'échec du traitement était similaire avec IPP (20,6%) et sans (22,6%) ; aucune donnée ne soutient l'usage systématique des IPP avant une FMT, de sorte que les IPP prescrits pour une indication documentée n'ont pas à être interrompus.

[467] Wallace, J. L. Prostaglandins, NSAIDs, and Gastric Mucosal Protection: Why Doesn't the Stomach Digest Itself?. Physiological Reviews. 2008. Link

Revue des mécanismes de défense de la muqueuse gastrique et de la manière dont les NSAID les perturbent, centrée sur la voie des prostaglandines découverte en 1971, lorsqu'il fut démontré que l'aspirine et les NSAID bloquent la synthèse des prostaglandines. Les prostaglandines modulent pratiquement tous les aspects de la défense muqueuse, et leur inhibition accroît la susceptibilité aux lésions muqueuses, l'usage chronique des NSAID conduisant à une maladie ulcéreuse cliniquement significative. La revue synthétise deux décennies de recherche ayant identifié les événements déclenchés par les NSAID qui contribuent à la formation des ulcères et à l'altération de leur cicatrisation, plaçant la biologie des prostaglandines au cœur de la pharmacologie de sécurité digestive.

[468] Zipursky JS, Sidorsky TI, Freedman CA, Sidorsky MN, Kirkland KB. Patient attitudes toward the use of fecal microbiota transplantation in the treatment of recurrent Clostridium difficile infection. Clin Infect Dis. 2012. Link

Enquête structurée auprès de 192 patients (taux de réponse de 48%) évaluant la disposition à envisager une FMT en cas de CDI récidivante. Soixante-dix pour cent des répondants étaient des femmes et 59% avaient plus de 49 ans. Avec les seules données d'efficacité, 162 répondants (85%) ont choisi la FMT et 29 (15%) les antibiotiques seuls. Après avoir appris la nature fécale de la FMT, 16 répondants sont passés aux antibiotiques, mais la préférence globale pour la FMT est restée essentiellement inchangée (154/192, 81% ; P=0,15). Ces résultats réfutent l'hypothèse selon laquelle des considérations esthétiques expliqueraient la faible adoption de la FMT et attestent de la disposition des patients lorsqu'ils sont correctement informés.

[469] Ianiro G, Bibbo S, Scaldaferri F et al. Fecal Microbiota Transplantation in Inflammatory Bowel Disease: Beyond the Excitement. Medicine (Baltimore). 2014. Link

Revue systématique de la FMT dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (IBD), ayant identifié 31 publications — majoritairement des cas cliniques et des séries de cas, ainsi que 8 essais en ouvert incluant de petites cohortes. Au total, 133 patients atteints d'IBD avaient été traités par FMT au moment de la revue. Les auteurs ont évalué de façon critique l'efficacité, la sécurité et les paramètres procéduraux rapportés. Les résultats reflètent des données précoces hétérogènes, aux signaux prometteurs mais inconstants, justifiant la nécessité d'essais contrôlés de puissance suffisante avant un usage clinique de routine dans les IBD.

[470] Staley C, Khoruts A, Sadowsky MJ. Contemporary Applications of Fecal Microbiota Transplantation to Treat Intestinal Diseases in Humans. Arch Med Res. 2017. Link

Revue (Staley, Khoruts, Sadowsky, Arch Med Res 2017) consacrée aux applications cliniques contemporaines de la transplantation de microbiote fécal (FMT) dans les maladies intestinales humaines. La FMT, transfert du microbiote intestinal d'un donneur sain destiné à restaurer la diversité et la fonction de la communauté microbienne, est devenue une thérapie alternative bien établie dans l'infection récidivante à Clostridium difficile. Les auteurs relèvent également que les essais cliniques et les modèles animaux suggèrent un potentiel prometteur de la FMT dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin et le syndrome métabolique.

[471] {U.S. Food, Drug Administration. FDA Approves First Fecal Microbiota Product (Rebyota). . 2022. Link

Communiqué de la FDA : le 30 novembre 2022, la FDA américaine a approuvé Rebyota (fecal microbiota, live-jslm ; anciennement RBX2660, Ferring/Rebiotix) — le premier produit de microbiote fécal approuvé — pour la prévention de l'infection récidivante à Clostridioides difficile (CDI) chez l'adulte (≥18 ans), après achèvement du traitement antibiotique de la CDI récidivante. Il est administré par voie rectale en dose unique.

[472] {U.S. Food, Drug Administration. FDA Approves First Orally Administered Fecal Microbiota Product (Vowst). . 2023. Link

Communiqué de la FDA : en avril 2023, la FDA américaine a approuvé Vowst (fecal microbiota spores, live-brpk ; anciennement SER-109, Seres Therapeutics) — le premier produit de microbiote fécal administré par voie orale — pour la prévention de la CDI récidivante chez l'adulte après traitement antibiotique de la CDI récidivante. Contrairement à Rebyota, administré par voie rectale, Vowst se prend sous forme de capsules orales de spores bactériennes purifiées.

[474] Smith MB, Kelly C, Alm EJ. Policy: How to regulate faecal transplants. Nature. 2014. Link

L'article de politique publié dans Nature en 2014 par Smith, Kelly et Alm plaide pour une régulation proportionnée et fondée sur la science de la transplantation de microbiote fécal (FMT). Écrivant dans le sillage de l'enforcement discretion de la FDA pour la CDI récidivante, les auteurs examinent si les selles doivent être régulées comme un médicament, un tissu ou une nouvelle catégorie. Ils soulignent les risques d'une surrégulation (orientant les patients vers des procédures DIY non sûres) et d'une sous-régulation (lacunes du dépistage des donneurs, extension hors AMM). L'article propose un cadre gradué : encadrement allégé pour les indications établies telles que la CDI, supervision plus stricte fondée sur les essais pour les indications expérimentales, et registre de sécurité unifié. Ces recommandations ont façonné les débats réglementaires ultérieurs aux États-Unis, dans l'UE et autour des banques de selles.

[475] Ianiro G, Mullish BH, Kelly CR et al. Screening of faecal microbiota transplant donors during the COVID-19 outbreak: suggestions for urgent updates from an international expert panel. Lancet Gastroenterol Hepatol. 2020. Link

Recommandation d'un panel international d'experts en 2020 : en réponse à la pandémie de COVID-19, un questionnaire de dépistage du SARS-CoV-2 et un test moléculaire (RT-PCR) doivent être ajoutés au dépistage des donneurs de selles, faisant du dépistage du SARS-CoV-2 une composante des protocoles standard de sélection des donneurs de FMT à partir de 2020.

[476] DeFilipp Z, Bloom PP, Torres Soto M et al. Drug-Resistant E. coli Bacteremia Transmitted by Fecal Microbiota Transplant. New England Journal of Medicine. 2019. Link

Description de deux cas de patients inclus dans des essais cliniques de FMT indépendants qui ont développé une bactériémie à Escherichia coli producteur de BLSE après la procédure ; les deux cas ont été reliés au même donneur de selles par séquençage génomique, et un patient est décédé. Le rapport souligne le risque de transmission d'organismes multirésistants par FMT et appuie le renforcement des protocoles de sélection des donneurs. Il fonde les mises à jour réglementaires imposant le dépistage des pathogènes multirésistants sur tout matériel de donneur destiné à la FMT.

[477] Hourigan SK, Oliva-Hemker M. Fecal Microbiota Transplantation in Children: A Brief Review. Pediatr Res. 2016. Link

Revue de la FMT en population pédiatrique dans les CDI et les IBD, soulignant que le microbiome en développement de l'enfant diffère du microbiome adulte relativement stable et peut nécessiter des protocoles adaptés. Les auteurs résument l'expérience pédiatrique publiée et discutent des considérations particulières : posologie, sélection des donneurs, voie d'administration et aspects éthiques. L'article fournit un cadre clinique pour les décisions de FMT pédiatrique dans les CDI et les IBD, où les données restent limitées.

[478] Sokol H, Landman C, Seksik P et al. Fecal microbiota transplantation to maintain remission in Crohn's disease: a pilot randomized controlled study. Microbiome. 2020. Link

Essai pilote randomisé, en simple aveugle, contrôlé par transplantation factice (sham), évaluant la FMT chez des adultes atteints d'une maladie de Crohn colique ou iléo-colique en rémission clinique induite par corticoïdes. Les patients étaient randomisés en rémission pour recevoir une FMT ou une transplantation factice au cours d'une coloscopie ; les corticoïdes étaient diminués progressivement et une coloscopie de contrôle était réalisée à la semaine 6. L'essai fournit les premières données randomisées sur la FMT pour le maintien de la rémission dans la CD, avec des signaux modestes en faveur de l'engraftment microbien comme déterminant candidat de la réponse clinique, et prépare des études de confirmation de plus grande ampleur.

[479] Cook MD, Allen JM, Pence BD et al. Exercise and gut immune function: evidence of alterations in colon immune cell homeostasis and microbiome characteristics with exercise training. Immunol Cell Biol. 2016. Link

Revue de l'activité physique habituelle en tant que facteur anti-inflammatoire dont les effets s'étendent au microbiome intestinal. L'exercice pourrait atténuer la susceptibilité aux maladies inflammatoires, en partie par des modifications favorables de la composition du microbiome et une amélioration de la fonction immunitaire intestinale. Les auteurs intègrent les données animales et humaines émergentes associant l'exercice modéré à une diversité microbienne accrue et à des taxons producteurs de butyrate. Le travail conforte l'activité physique comme modulateur non pharmacologique de l'axe microbiote intestinal-immunité.

[480] Costello EK, Lauber CL, Hamady M, Fierer N, Gordon JI, Knight R. Bacterial community variation in human body habitats across space and time. Science. 2009. Link

Étude spatio-temporelle du microbiote humain portant sur jusqu'à 27 sites corporels chez 7-9 adultes sains, à quatre reprises. La composition des communautés était déterminée principalement par l'habitat corporel ; au sein d'un même habitat, la variabilité interindividuelle était élevée alors que la variabilité temporelle intra-individuelle était minime. Les sites cutanés hébergeaient des communautés plus diversifiées que l'intestin et la bouche et différaient par leurs schémas d'assemblage communautaire. Ces données établissent la biogéographie de référence du microbiote humain sain et un référentiel pour les déviations associées aux maladies.

[481] Arpaia N, Campbell C, Fan X et al. Metabolites produced by commensal bacteria promote peripheral regulatory T-cell generation. Nature. 2013. Link

Étude mécanistique montrant que les sous-produits du métabolisme microbien sont détectés par les cellules de l'hôte et modulent la génération des lymphocytes T régulateurs (Treg) intestinaux. Ce travail relie le métabolisme microbien commensal à l'homéostasie immunitaire intestinale via les cellules Treg Foxp3+, en identifiant les signaux microbiens comme moteurs de la différenciation lymphocytaire T anti-inflammatoire. Ces résultats établissent un pont moléculaire entre alimentation, métabolisme microbien et régulation immunitaire muqueuse, et appuient les stratégies ciblant le microbiome dans les maladies inflammatoires.

[482] Furusawa Y, Obata Y, Fukuda S et al. Commensal microbe-derived butyrate induces the differentiation of colonic regulatory T cells. Nature. 2013. Link

Étude mécanistique chez la souris montrant que le butyrate, SCFA produit par la fermentation des fibres alimentaires par les Clostridia, induit la différenciation des lymphocytes T régulateurs (Treg) coliques. La métabolomique par RMN a montré que les concentrations luminales de SCFA étaient positivement corrélées au nombre de Treg coliques. Le butyrate agissait par inhibition des histone-désacétylases sur la régulation du locus Foxp3. L'étude identifie le butyrate comme médiateur microbien de la tolérance immunitaire muqueuse et appuie les interventions augmentant le butyrate dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin.

[483] Baxter NT, Schmidt AW, Venkataraman A, Kim KS, Martens EC, Schloss PD. Dynamics of Human Gut Microbiota and Short-Chain Fatty Acids in Response to Dietary Interventions with Three Fermentable Fibers. mBio. 2019. Link

Intervention alimentaire de deux semaines chez 174 jeunes adultes sains, avec supplémentation en amidon résistant de pomme de terre (RPS), amidon résistant de maïs (RMS), inuline, ou amidon de maïs accessible comme témoin. Le RPS a produit la plus forte augmentation des SCFA totaux, dont le butyrate. La plupart des microbiomes ont répondu au RPS par une augmentation des bifidobactéries, mais les répondeurs présentant une hausse de Ruminococcus bromii ou de Clostridium chartatabidum ont atteint les concentrations de butyrate les plus élevées. L'étude démontre l'existence de voies substrat- et taxon-spécifiques vers l'enrichissement en butyrate, éclairant les stratégies prébiotiques personnalisées.

[484] Aggarwala, V., Mogno, I., Li, Z., et al. Precise quantification of bacterial strains after fecal microbiota transplantation delineates long-term engraftment and explains outcomes. Nature Microbiology. 2021. Link

Les auteurs ont mis au point un cadre de suivi au niveau des souches (Strainer) pour la métagénomique shotgun et, sur 13 interventions longitudinales de FMT, ont détecté un engraftment stable d'environ 71 % des souches du donneur jusqu'à 5 ans après la FMT. Le degré d'engraftment des souches du donneur expliquait de façon indépendante l'issue clinique (rechute vs succès) avec une précision de 100 % et un rappel de 95 %.

[485] Estaki M, Pither J, Baumeister P et al. Cardiorespiratory fitness as a predictor of intestinal microbial diversity and distinct metagenomic functions. Microbiome. 2016. Link

Étude de séquençage à haut débit chez 39 participants sains d'âge, d'IMC et d'alimentation comparables mais de condition cardiorespiratoire variable, avec quantification des SCFA fécaux par chromatographie en phase gazeuse. La consommation maximale d'oxygène (VO2peak), étalon-or de la condition cardiorespiratoire, expliquait plus de 20% de la variation de la richesse taxonomique microbienne, indépendamment des autres facteurs, dont l'alimentation. La VO2peak n'expliquait pas la variation de bêta-diversité. L'étude relie la condition physique à l'alpha-diversité microbienne intestinale, appuyant l'exercice comme intervention modulatrice du microbiome.

[486] Valles-Colomer M, Falony G, Darzi Y et al. The neuroactive potential of the human gut microbiota in quality of life and depression. Nat Microbiol. 2019. Link

Étude métagénomique à grande échelle menée dans le Flemish Gut Flora Project (n=1 054) avec réplication dans des jeux de données indépendants (n=1 070 au total), évaluant les corrélations entre caractéristiques du microbiome et qualité de vie et dépression chez l'hôte. Les genres producteurs de butyrate Faecalibacterium et Coprococcus étaient constamment associés à de meilleurs indicateurs de qualité de vie, tandis que Coprococcus et Dialister étaient appauvris dans la dépression, indépendamment de la prise d'antidépresseurs. L'étude fournit des données à l'échelle populationnelle en faveur d'une signature du microbiote intestinal liée à la santé mentale et à la dépression.

[487] Khoruts A, Sadowsky MJ. Understanding the mechanisms of faecal microbiota transplantation. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2016. Link

Revue mécanistique de la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile résumant les mécanismes d'action proposés : compétition directe entre C. difficile et les commensaux apportés par la FMT, restauration du métabolisme des acides biliaires secondaires (qui inhibe la germination de C. difficile) et réparation de la barrière intestinale par stimulation immunitaire muqueuse. La revue consolide les bases mécanistiques de la FMT dans les CDI et souligne les implications translationnelles pour les thérapeutiques microbiennes conçues pour cibler ces voies.

[488] Li SS, Zhu A, Benes V et al. Durable coexistence of donor and recipient strains after fecal microbiota transplantation. Science. 2016. Link

Étude de suivi au niveau des souches utilisant les variants nucléotidiques uniques issus de métagénomes d'un essai de FMT dans le syndrome métabolique afin de quantifier l'engraftment microbien du donneur. Une coexistence étendue des souches du donneur et du receveur a été observée et a persisté 3 mois après la FMT. La colonisation par une souche conspécifique réussissait plus souvent que l'introduction d'une nouvelle espèce, cette dernière restant dans les limites des fluctuations observées chez les individus sains. Les receveurs d'un même donneur présentaient des profils de colonisation corrélés. Ces données affinent la compréhension de la dynamique des souches après FMT dans la maladie métabolique.

[489] Burkitt DP, Walker ARP, Painter NS. Effect of dietary fibre on stools and transit-times, and its role in the causation of disease. Lancet. 1972. Link

Article de référence de Burkitt, Walker et Painter paru dans le Lancet en 1972 : un faible apport en fibres augmente le temps de transit intestinal et réduit le poids des selles, ce qu'ils ont relié au risque de nombreuses maladies occidentales (cancer colorectal, diverticulose, constipation, maladies cardiovasculaires) — source fondatrice de l'« hypothèse des fibres », confirmée par la suite par des centaines d'études.

[490] Flint HJ, Scott KP, Louis P, Duncan SH. The role of the gut microbiota in nutrition and health. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology. 2012. Link

Flint, Scott, Louis et Duncan passent en revue dans Nature Reviews Microbiology le rôle du microbiote intestinal dans la nutrition et la santé humaine. Ils détaillent comment la fermentation anaérobie des glucides non digestibles par les Bacteroidetes et les Firmicutes génère des acides gras à chaîne courte (acétate, propionate, butyrate) qui fournissent 5-10% de l'énergie de l'hôte et régulent l'appétit, l'homéostasie glucidique et la fonction immunitaire. Le cross-feeding entre fermenteurs primaires et secondaires est souligné. La fermentation des protéines et des acides aminés produit des métabolites moins favorables (SCFA ramifiés, ammoniac, phénols). Ils examinent les modifications induites par l'alimentation, y compris les régimes riches en fibres, méditerranéen et occidental, et exposent les mécanismes par lesquels les produits microbiens influencent le risque d'obésité, d'IBD, de maladies cardiovasculaires et de CRC.

[491] Reynolds A, Mann J, Cummings J, Winter N, Mete E, Te Morenga L. Carbohydrate quality and human health: a series of systematic reviews and meta-analyses. Lancet. 2019. Link

Reynolds et ses collègues publient dans le Lancet en 2019 une série de revues systématiques et de méta-analyses sur la qualité des glucides et la santé humaine, commanditée par l'OMS. En regroupant des données observationnelles et interventionnelles issues de 185 études prospectives et 58 essais totalisant plus de 4 600 participants, ils constatent qu'un apport élevé en fibres alimentaires (25-29 g/jour) est associé à des réductions de 15-30% de la mortalité toutes causes et cardiovasculaire, de l'incidence de la coronaropathie, de l'accident vasculaire cérébral, du diabète de type 2 et du cancer colorectal. Les céréales complètes montrent des associations protectrices similaires. Un index/une charge glycémique faible y contribue de façon incrémentielle. Les auteurs recommandent d'augmenter l'apport en fibres à au moins 25-29 g/jour et de privilégier les céréales complètes comme stratégie de prévention à l'échelle de la population.

[492] Sonnenburg ED, Sonnenburg JL. Starving our microbial self: the deleterious consequences of a diet deficient in microbiota-accessible carbohydrates. Cell Metab. 2014. Link

Revue conceptuelle proposant que le microbiote intestinal d'une personne occidentale en bonne santé puisse lui-même être dysbiotique et prédisposer à la maladie. La plasticité asymétrique entre un génome humain relativement stable et un microbiome intestinal malléable crée l'opportunité d'une inadéquation rapide. Les régimes occidentaux pauvres en glucides accessibles au microbiote (MAC) sélectionnent une composition et une fonction microbiennes altérées, la dérégulation immunitaire reliant ces modifications aux maladies à base inflammatoire. L'article présente le mode de vie occidental comme moteur des maladies chroniques médiées par le microbiome.

[493] Rooks MG, Garrett WS. Gut microbiota, metabolites and host immunity. Nat Rev Immunol. 2016. Link

Revue des interactions microbiote-immunité couvrant les approches technologiques et computationnelles du profilage du microbiome ainsi que les avancées mécanistiques récentes. Les communautés microbiennes, leurs métabolites et leurs composants sont essentiels à l'homéostasie immunitaire et influencent la susceptibilité de l'hôte aux maladies à médiation immunitaire. La revue se concentre sur les métabolites microbiens et les composants bactériens spécifiques qui médient le mutualisme entre le microbiote et le système immunitaire. Elle offre une synthèse aux immunologistes abordant le domaine du microbiome.

[494] Estruch R, Ros E, Salas-Salvadó J et al. Primary Prevention of Cardiovascular Disease with a Mediterranean Diet Supplemented with Extra-Virgin Olive Oil or Nuts. N Engl J Med. 2018. Link

PREDIMED, RCT multicentrique espagnol mené chez 7 447 participants à haut risque (55-80 ans, 57% de femmes, sans maladie cardiovasculaire à l'inclusion) randomisés vers un régime méditerranéen supplémenté en huile d'olive extra-vierge, un régime méditerranéen supplémenté en fruits à coque variés, ou un régime témoin pauvre en graisses. Le critère principal était la survenue d'un événement cardiovasculaire majeur (infarctus du myocarde, accident vasculaire cérébral ou décès cardiovasculaire). Les deux bras méditerranéens ont significativement réduit les événements cardiovasculaires majeurs par rapport au témoin, apportant des données de référence en prévention primaire pour le modèle alimentaire méditerranéen.

[495] De Filippis F, Pellegrini N, Vannini L et al. High-level adherence to a Mediterranean diet beneficially impacts the gut microbiota and associated metabolome. Gut. 2016. Link

Étude transversale chez 153 adultes italiens évaluant le microbiote intestinal et le métabolome fécal en fonction de l'adhésion au régime habituel. Une adhésion plus forte au régime méditerranéen était associée à une augmentation des métabolites d'origine microbienne, dont les SCFA, et à une plus grande abondance de taxons dégradant les fibres. Une adhésion plus faible était liée à un déplacement du métabolome vers des métabolites issus des protéines animales. L'étude relie le régime méditerranéen habituel à un profil microbiote-métabolome compatible avec la santé intestinale et appuie l'interaction alimentation-microbiome comme médiateur des bénéfices pour la santé.

[496] Selma MV, Espín JC, Tomás-Barberán FA. Interaction between phenolics and gut microbiota: role in human health. J Agric Food Chem. 2009. Link

Revue de la transformation par le microbiote intestinal des composés phénoliques alimentaires, souvent nécessaire avant leur absorption et modulant leur activité biologique. Bien que l'alimentation contienne des milliers de composés phénoliques, la dégradation microbienne converge vers un ensemble plus restreint de métabolites bioactifs. Les auteurs résument les connaissances actuelles sur les voies de dégradation microbienne des différentes classes de polyphénols et sur les organismes responsables, appuyant des approches intégrées alimentation-microbiome-pharmacologie.

[497] Koeth RA, Wang Z, Levison BS et al. Intestinal microbiota metabolism of l-carnitine, a nutrient in red meat, promotes atherosclerosis. Nat Med. 2013. Link

Étude mécanistique démontrant que le métabolisme par le microbiote intestinal de la L-carnitine alimentaire (abondante dans la viande rouge) produit de la triméthylamine et de l'oxyde de triméthylamine (TMAO) et accélère l'athérosclérose chez la souris. Après ingestion de L-carnitine, les humains omnivores produisaient significativement plus de TMAO que les végétaliens ou les végétariens, par un mécanisme dépendant du microbiote. Des taxons bactériens spécifiques présents dans les selles étaient corrélés à la production de TMAO. Ce travail établit l'axe translationnel de risque cardiovasculaire viande rouge → microbiote → TMAO → athérosclérose.

[498] Gutiérrez-Díaz I, Fernández-Navarro T, Sánchez B, Margolles A, González S. Mediterranean diet and faecal microbiota: a transversal study. Food Funct. 2016. Link

Étude transversale chez 31 adultes sans diagnostic antérieur de cancer, de maladie auto-immune ou digestive, évaluant les associations entre l'adhésion au régime méditerranéen (FFQ annuel) et la composition du microbiote fécal. Une adhésion plus forte était liée à des profils microbiens favorables, tandis que les composantes individuelles du MD étaient corrélées à des taxons spécifiques. L'étude étend les données au-delà de l'huile d'olive et du vin rouge et appuie le modèle méditerranéen global comme régime façonnant le microbiote.

[499] Meslier V, Laiola M, Roager HM et al. Mediterranean diet intervention in overweight and obese subjects lowers plasma cholesterol and causes changes in the gut microbiome and metabolome independently of energy intake. Gut. 2020. Link

Meslier et ses collègues rapportent dans Gut (2020) un essai d'intervention par régime méditerranéen chez 82 adultes en surpoids ou obèses, non diabétiques, randomisés vers un régime méditerranéen de 8 semaines ou leur régime habituel, sans restriction énergétique. Le bras méditerranéen a abaissé le cholestérol plasmatique, amélioré la sensibilité à l'insuline, réduit les marqueurs inflammatoires et modifié à la fois la composition du microbiome et le métabolome, indépendamment de l'apport énergétique. Les principaux répondeurs microbiens comprenaient Faecalibacterium prausnitzii et des espèces de Roseburia, tandis que les profils d'acides biliaires et de SCFA étaient favorablement modifiés. Les auteurs concluent que le modèle alimentaire méditerranéen exerce des bénéfices cardiométaboliques par des mécanismes médiés par le microbiote, au-delà du bilan calorique.

[500] Fernandez MA, Marette A. Potential Health Benefits of Combining Yogurt and Fruits Based on Their Probiotic and Prebiotic Properties. Adv Nutr. 2017. Link

Fernandez et Marette passent en revue dans Advances in Nutrition les bénéfices potentiels pour la santé de l'association du yaourt et des fruits, présentée comme une synergie « probiotique-prébiotique ». Le yaourt apporte des bactéries lactiques vivantes (Lactobacillus, Streptococcus thermophilus, parfois Bifidobacterium) et des protéines de haute qualité ; les fruits fournissent des fibres fermentescibles et des polyphénols. Les auteurs examinent les données reliant la consommation habituelle de yaourt à un moindre risque cardiométabolique, à une meilleure sensibilité à l'insuline et à un meilleur contrôle du poids. Les polyphénols pourraient en outre favoriser la survie et la bioactivité des probiotiques. Ils appellent à des essais randomisés sur les associations fruits-yaourt et envisagent les implications pour les recommandations alimentaires, où le yaourt aux fruits peut remplacer des collations moins saines.

[501] Bode, L. Human milk oligosaccharides: every baby needs a sugar mama. Glycobiology. 2012. Link

Revue des oligosaccharides du lait humain (HMO), une famille de glycanes structurellement diverse, abondante dans le lait humain et qui lui est propre. D'abord identifiés comme facteur bifidus prébiotique pour le microbiote du nourrisson, les HMO sont aujourd'hui reconnus comme des antimicrobiens anti-adhésifs (récepteurs leurres solubles empêchant l'attachement des pathogènes), ainsi que comme immunomodulateurs et substrats du développement cérébral. La revue consolide la biologie des HMO et appuie les interventions fondées sur les HMO pour la prévention des infections du nourrisson et le développement du microbiote.

[502] Holscher, H. D. Dietary fiber and prebiotics and the gastrointestinal microbiota. Gut Microbes. 2017. Link

Revue des stratégies alimentaires — consommation de fibres et de prébiotiques — visant à moduler le microbiote gastro-intestinal et sa fonction métabolique au bénéfice de la santé. La plupart des glucides complexes et des polysaccharides végétaux ne sont pas digérés par les enzymes humaines mais fermentés par les microbes intestinaux en SCFA et autres métabolites bioactifs. La revue résume les mécanismes et les applications cliniques et présente l'apport prébiotique comme un levier majeur de prévention et de traitement des maladies par ciblage du microbiome.

[503] Deleu S, Machiels K, Raes J, Verbeke K, Vermeire S. Short chain fatty acids and its producing organisms: An overlooked therapy for IBD?. EBioMedicine. 2021. Link

Revue des SCFA (acétate, propionate, butyrate) en tant que facteurs de signalisation communs entre le microbiome intestinal et le système immunitaire intestinal dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (IBD). Les SCFA influencent le métabolisme énergétique de l'hôte, l'intégrité de la barrière intestinale, la fonction des cellules immunitaires et l'activité de la maladie dans les IBD. La revue conclut que des recherches supplémentaires sur les mécanismes de cross-feeding sont nécessaires et présente les SCFA comme un axe thérapeutique exploitable dans les IBD.

[504] Sonnenburg JL, Sonnenburg ED. Vulnerability of the industrialised microbiota. Science. 2019. Link

Revue conceptuelle présentant le corps humain comme un écosystème hébergeant un microbiome complexe, où les changements récents de mode de vie (antibiotiques, hygiène, aliments transformés) entraînent des modifications majeures du microbiote intestinal, potentiellement difficiles à inverser. La revue souligne que les altérations du microbiote sont aujourd'hui reliées à un large spectre de maladies immunitaires, métaboliques et neuropsychiatriques, et plaide pour la préservation du microbiome comme priorité de santé publique.

[505] Metchnikoff, E. The Prolongation of Life: Optimistic Studies. London: Heinemann. 1907. Link

La monographie de Metchnikoff parue en 1907, « The Prolongation of Life : Optimistic Studies », est le texte fondateur de la pensée probiotique moderne. Le lauréat du prix Nobel y propose que la putréfaction intestinale due aux bactéries nuisibles contribue au vieillissement (« auto-intoxication ») et que la consommation régulière de produits laitiers fermentés riches en bactéries lactiques — le yaourt bulgare en étant l'exemple type — peut déplacer la flore de putréfaction et prolonger la durée de vie en bonne santé. Il documente des observations de longévité dans des populations paysannes bulgares consommant du yaourt. L'ouvrage introduit le concept selon lequel des bactéries vivantes ingérées peuvent coloniser l'intestin et conférer un bénéfice à l'hôte, anticipant directement le domaine actuel des probiotiques et la recherche sur microbiome et vieillissement.

[506] FAO/WHO. Health and Nutritional Properties of Probiotics in Food including Powder Milk with Live Lactic Acid Bacteria. Joint FAO/WHO Expert Consultation Report. 2001. (IV-4). 2001. Link

Le rapport de la consultation d'experts FAO/OMS de 2001, « Health and Nutritional Properties of Probiotics in Food including Powder Milk with Live Lactic Acid Bacteria », est le document de consensus fondateur qui définit les probiotiques comme des « micro-organismes vivants qui, lorsqu'ils sont administrés en quantités adéquates, confèrent un bénéfice pour la santé de l'hôte ». Le rapport fixe les exigences minimales relatives à l'identification des probiotiques (genre, espèce, souche), à l'évaluation de la sécurité, à la viabilité pendant la durée de conservation et à la justification des allégations de santé par des essais contrôlés randomisés. Il recommande la nomenclature genre/espèce/souche sur les étiquettes des produits, établit un cadre de travail pour les autorités réglementaires et a façonné les recommandations ultérieures de l'ISAPP et du Codex Alimentarius. La définition reste en usage international.

[507] Suez J, Zmora N, Segal E, Elinav E. The pros, cons, and many unknowns of probiotics. Nat Med. 2019. Link

Revue de l'évaluation des probiotiques éclairée par le microbiome, traitant de la colonisation intestinale par les probiotiques, de l'activité au niveau de la souche, des interactions avec le microbiome indigène, de la sécurité et de l'impact sur l'hôte. Les résultats cliniques contradictoires observés pour de nombreuses souches et formulations reflètent l'hétérogénéité de la colonisation, de la réponse de l'hôte et de l'indication. La revue propose un paradigme de probiotiques de précision reliant les souches à des effets physiologiques et à des indications médicales validées.

[508] Shen NT, Maw A, Tmanova LL et al. Timely Use of Probiotics in Hospitalized Adults Prevents Clostridium difficile Infection: A Systematic Review With Meta-Regression Analysis. Gastroenterology. 2017. Link

Revue systématique actualisée et méta-analyse d'essais contrôlés randomisés évaluant les probiotiques pour la prévention des CDI chez des adultes hospitalisés recevant des antibiotiques, avec interrogation de MEDLINE, EMBASE, IJPP et de la Cochrane Library. La synthèse démontre une réduction significative de l'incidence des CDI sous prophylaxie probiotique. Les résultats soutiennent l'utilisation systématique des probiotiques comme mesure adjuvante de prévention des CDI chez des adultes hospitalisés à haut risque sélectionnés et alimentent la révision des recommandations.

[509] Shortt, C. The probiotic century: historical and current perspectives. Trends Food Sci Technol. 1999. Link

La revue publiée par Shortt en 1999 dans Trends in Food Science and Technology retrace le « siècle probiotique », depuis l'hypothèse de Metchnikoff sur le yaourt en 1907 jusqu'au paysage des aliments fonctionnels de la fin des années 1990, en passant par l'essor de Lactobacillus et de Bifidobacterium dans les produits laitiers commerciaux. L'auteur résume les preuves relatives à la santé intestinale, à la modulation immunitaire, à la tolérance au lactose et aux effets antimicrobiens de souches sélectionnées, tout en relevant l'hétérogénéité des essais et les allégations marketing non étayées. Les priorités de recherche futures comprennent des travaux mécanistiques spécifiques de souche, des études dose-réponse et une justification rigoureuse des allégations de santé. L'article reflète le paysage réglementaire antérieur à l'ISAPP et replace dans son contexte la maturation de l'industrie probiotique.

[510] Swanson KS, Gibson GR, Hutkins R et al. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of synbiotics. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2020. Link

Panel d'experts de l'ISAPP (2019) actualisant la définition des synbiotiques comme « un mélange comprenant des micro-organismes vivants et un ou des substrats utilisés sélectivement par les micro-organismes de l'hôte, qui confère un bénéfice pour la santé de l'hôte ». Le panel a rejeté une définition des synbiotiques réduite à probiotique + prébiotique, exigeant au contraire que la combinaison fonctionne de manière coopérative. La prise de position structure le domaine des synbiotiques pour l'innovation, la réglementation et la production de preuves.

[511] Schrezenmeir J, de Vrese M. Probiotics, prebiotics, and synbiotics – approaching a definition. Am J Clin Nutr. 2001. Link

L'article de Schrezenmeir et de Vrese paru en 2001 dans l'American Journal of Clinical Nutrition propose des définitions opérationnelles des probiotiques, des prébiotiques et des synbiotiques, qui sont devenues largement citées. Les probiotiques y sont définis comme des préparations ou des produits contenant des micro-organismes viables et définis, en nombre suffisant pour modifier la microflore de l'hôte et exercer des effets bénéfiques sur la santé. Les prébiotiques sont des ingrédients alimentaires non digestibles qui stimulent sélectivement la croissance ou l'activité d'une ou d'un nombre limité de bactéries bénéfiques. Les synbiotiques associent les deux. Les auteurs discutent des critères de mesure, des exigences de preuves et des implications réglementaires. Ces définitions ont précédé et nourri les prises de position consensuelles de la FAO/OMS et de l'ISAPP.

[512] Markowiak P, Śliżewska K. Effects of Probiotics, Prebiotics, and Synbiotics on Human Health. Nutrients. 2017. Link

Revue présentant le tractus gastro-intestinal comme un écosystème microbien complexe en co-évolution symbiotique avec l'hôte. Les bactéries bénéfiques produisent des nutriments, préviennent les infections par des pathogènes entériques et modulent les réponses immunitaires normales. La revue résume les stratégies de modification du microbiote intestinal visant à atteindre, restaurer et maintenir un équilibre écologique favorable, notamment l'alimentation, les prébiotiques, les probiotiques et la FMT.

[513] Kukkonen K, Savilahti E, Haahtela T et al. Probiotics and prebiotic galacto-oligosaccharides in the prevention of allergic diseases: a randomized, double-blind, placebo-controlled trial. J Allergy Clin Immunol. 2007. Link

Essai randomisé mené chez 1 223 femmes enceintes portant des enfants à haut risque, comparant un mélange probiotique de 4 souches associé à des galacto-oligosaccharides à un placebo. Les mères ont reçu la préparation 2–4 semaines avant l'accouchement ; les nourrissons ont reçu les mêmes probiotiques associés aux prébiotiques. L'intervention évaluait la prévention des maladies allergiques chez la descendance. L'essai fournit des preuves de haute qualité sur la supplémentation périnatale en probiotiques + prébiotiques pour la prévention de l'allergie chez les nourrissons génétiquement prédisposés.

[514] Bermudez-Brito M, Plaza-Díaz J, Muñoz-Quezada S, Gómez-Llorente C, Gil A. Probiotic mechanisms of action. Ann Nutr Metab. 2012. Link

Revue des mécanismes d'action des probiotiques, centrée sur les bactéries lactiques et les bifidobactéries. Les mécanismes comprennent la modification du microbiote intestinal, l'adhésion compétitive à la muqueuse et à l'épithélium, la production de substances antimicrobiennes, le renforcement de la fonction de barrière et l'immunomodulation. La revue consolide les bases mécanistiques du potentiel thérapeutique des probiotiques dans diverses maladies, tout en soulignant que des preuves spécifiques de souche et d'indication sont nécessaires.

[515] Asemi Z, Zare Z, Shakeri H, Sabihi SS, Esmaillzadeh A. Effect of multispecies probiotic supplements on metabolic profiles, hs-CRP, and oxidative stress in patients with type 2 diabetes. Ann Nutr Metab. 2013. Link

Essai randomisé en double aveugle contrôlé contre placebo mené chez 54 patients diabétiques âgés de 35–70 ans, répartis entre une supplémentation probiotique multi-espèces et un placebo. L'étude évaluait le profil métabolique, la protéine C-réactive ultrasensible (hs-CRP) et des marqueurs du stress oxydatif. La supplémentation probiotique multi-espèces a produit des améliorations significatives des marqueurs métaboliques et inflammatoires par rapport au placebo, ce qui soutient les probiotiques multi-espèces comme intervention adjuvante dans la prise en charge du diabète de type 2.

[516] Farnworth, E. R. Kefir – a complex probiotic. Food Sci Technol Bull Funct Foods. 2005. Link

La revue de Farnworth parue en 2005 dans Food Science and Technology Bulletin : Functional Foods décrit le kéfir comme un lait fermenté probiotique complexe. L'auteur résume la composition microbienne des grains de kéfir, qui contiennent un consortium symbiotique stable de bactéries lactiques (Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc), de bactéries acétiques et de levures (Kluyveromyces, Saccharomyces) enchâssées dans une matrice polysaccharidique de kéfirane. Les effets sur la santé documentés dans des études animales et humaines comprennent une activité antimicrobienne, une modulation immunitaire, une tolérance au lactose, une réduction du cholestérol ainsi que d'éventuelles propriétés antitumorales et antiallergiques. La standardisation, l'évaluation de la sécurité au niveau de la souche et des essais cliniques rigoureux sont identifiés comme des lacunes de recherche. Cette revue demeure une référence clé pour la microbiologie et la bioactivité du kéfir.

[517] Bourrie BCT, Willing BP, Cotter PD. The Microbiota and Health Promoting Characteristics of the Fermented Beverage Kefir. Front Microbiol. 2016. Link

Revue consacrée au kéfir, produit laitier fermenté complexe obtenu par fermentation symbiotique du lait par des bactéries lactiques et des levures enchâssées dans un grain de kéfir. Le kéfir a été associé à une réduction du cholestérol et à une inhibition de l'ECA, à une activité antimicrobienne, à une suppression tumorale, à une cicatrisation accélérée des plaies et à une immunomodulation (y compris un soulagement de l'allergie et de l'asthme). La revue synthétise les données relatives aux composants bioactifs du kéfir et le propose comme aliment fonctionnel candidat pour la santé cardiométabolique et immunitaire.

[518] O'Sullivan O, Coakley M, Lakshminarayanan B et al. Alterations in intestinal microbiota of elderly Irish subjects post-antibiotic therapy. J Antimicrob Chemother. 2013. Link

Étude transversale portant sur 185 sujets âgés irlandais (≥65 ans), dont 42 avaient reçu des antibiotiques dans le mois précédant le profilage du microbiote fécal. Les sujets provenaient de structures de soins de long séjour, de services de rééducation, d'accueil de jour et du domicile. L'exposition aux antibiotiques était associée à des modifications significatives de la composition, au-delà des changements liés à l'âge, le type de résidence modifiant l'ampleur de la perturbation. Ces données quantifient la dysbiose induite par les antibiotiques dans des cohortes âgées ainsi que le rôle du cadre de prise en charge dans la résilience du microbiote.

[519] Pasteur, L. Mémoire sur la fermentation appelée lactique. Mémoires de la Société des Sciences, de l'Agriculture et des Arts de Lille. 1857. Link

Le « Mémoire sur la fermentation appelée lactique » de Pasteur, publié en 1857, est l'article fondateur de la science de la fermentation microbienne. En isolant un micro-organisme spécifique responsable de la fermentation lactique du lait aigre, Pasteur a renversé la théorie de la fermentation comme décomposition chimique défendue par Liebig et Berzelius et a établi que la fermentation est un processus biologique conduit par des microbes vivants. La méthodologie — transfert stérile, milieux nutritifs définis, identification microscopique — est devenue le modèle de la microbiologie médicale. Ce travail fonde directement la science moderne des probiotiques et de la fermentation alimentaire en démontrant que des micro-organismes définis provoquent des transformations chimiques définies.

[520] Geison, G. L. The Private Science of Louis Pasteur. Princeton: Princeton University Press. 1995. Link

« The Private Science of Louis Pasteur » de Geison, paru en 1995, est une monographie savante des Princeton University Press qui réexamine la carrière scientifique de Pasteur à partir de ses cahiers de laboratoire personnels. Geison documente les tensions entre les affirmations publiées de Pasteur et sa pratique expérimentale réelle, en particulier dans les travaux sur le ver à soie, la vaccination contre le charbon et les essais sur la rage. L'ouvrage recadre le récit héroïque de Pasteur comme l'histoire d'une science publique soigneusement construite et fournit un contexte historique à la fondation de la microbiologie, de la science de la fermentation, de la vaccination et de la théorie microbienne des maladies. Il demeure une référence clé pour l'histoire de la médecine et l'épistémologie sociale de la science de laboratoire.

[521] Marsh AJ, O'Sullivan O, Hill C, Ross RP, Cotter PD. Sequence-based analysis of the bacterial and fungal compositions of multiple kombucha (tea fungus) samples. Food Microbiol. 2014. Link

Revue consacrée au kombucha, thé sucré fermenté par une symbiose de bactéries et de levures enchâssées dans une pellicule cellulosique, produisant de l'éthanol, du CO2, des acides organiques (gluconique, acétique, lactique) et des métabolites bioactifs. La composition microbienne fait depuis longtemps l'objet d'investigations. La revue résume les données actuelles sur l'écologie microbienne du kombucha et ses effets présumés sur la santé, le présentant comme une boisson fermentée aux propriétés fonctionnelles plausibles mais incomplètement caractérisées.

[522] Renaud S, de Lorgeril M. Wine, alcohol, platelets, and the French paradox for coronary heart disease. Lancet. 1992. Link

L'article de Renaud et de Lorgeril paru en 1992 dans le Lancet a introduit le « paradoxe français » : le constat d'une mortalité coronarienne relativement faible en France malgré un apport alimentaire élevé en graisses saturées. Les auteurs proposent que la consommation modérée de vin rouge — et les polyphénols associés (resvératrol), l'inhibition de l'agrégation plaquettaire par l'éthanol et les effets sur le HDL-cholestérol — rende compte de cette discordance. Ils passent en revue les données épidémiologiques et mécanistiques soutenant le rôle du vin dans la protection cardiovasculaire. L'article a exercé une influence majeure sur l'épidémiologie nutritionnelle ultérieure, la recherche sur les antioxydants et les messages de santé publique, bien que des travaux postérieurs aient contesté l'interprétation causale et souligné la confusion liée au modèle alimentaire méditerranéen.

[523] Novelle MG, Wahl D, Diéguez C, Bernier M, de Cabo R. Resveratrol supplementation: Where are we now and where should we go? Ageing Res Rev. 2015. 2015. Link

Revue (Novelle et al., Ageing Res Rev 2015) sur l'état des connaissances relatives à la supplémentation en resvératrol. Les données précliniques fournissent des preuves croissantes que le resvératrol, un polyphénol alimentaire, pourrait conférer des bénéfices pour la santé et protéger contre diverses affections et complications liées à l'âge. Les auteurs soulignent toutefois qu'il n'existe pas de preuve constante d'une protection accrue contre les troubles métaboliques et autres lorsque l'on compare les études animales et humaines, et ils discutent des difficultés de transposition des bénéfices du resvératrol des modèles animaux à l'homme.

[524] Espín JC, González-Sarrías A, Tomás-Barberán FA. The gut microbiota: A key factor in the therapeutic effects of (poly)phenols. Biochem Pharmacol. 2017. Link

Revue des (poly)phénols (PP), famille phytochimique chimiquement diversifiée constituant les composants actifs des nutraceutiques d'origine végétale et des médicaments à base de plantes. Les PP présentent typiquement une faible biodisponibilité et atteignent le côlon en grande partie inchangés, où ils entrent dans une relation bidirectionnelle avec le microbiote intestinal : les PP modulent la composition microbienne et les microbes intestinaux catabolisent les PP en métabolites bioactifs. La revue consolide les interactions PP–microbiote comme élément central de leur activité pharmacologique et de la grande variabilité interindividuelle observée.

[525] Dueñas M, Muñoz-González I, Cueva C et al. A survey of modulation of gut microbiota by dietary polyphenols. Biomed Res Int. 2015. Link

Revue de la modulation du microbiote intestinal par les polyphénols, organisée selon le type de dispositif expérimental : cultures en batch, simulateurs gastro-intestinaux, modèles animaux et études d'intervention chez l'homme. Les données convergent vers des déplacements constants, induits par les polyphénols, en faveur de taxons bénéfiques (Bifidobacterium, Lactobacillus) ainsi que vers une génération, dépendante du microbiote, de métabolites polyphénoliques bioactifs. La revue fournit une synthèse structurée du domaine polyphénols–microbiote à l'appui de la recherche translationnelle et des recommandations alimentaires.

[526] Singh RK, Chang HW, Yan D et al. Influence of diet on the gut microbiota and implications for human health. J Transl Med. 2017. Link

Revue systématique de la manière dont les composants alimentaires courants façonnent le microbiote intestinal, avec des implications pour les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, l'obésité, le diabète de type 2, les maladies cardiovasculaires et le cancer. Les modifications alimentaires peuvent induire d'importants déplacements microbiens en moins de 24 heures. La consommation de certains types d'aliments produit des déplacements prévisibles des genres bactériens de l'hôte, et l'identité de ces bactéries influe sur les paramètres immunitaires et métaboliques de l'hôte. Les auteurs soulignent le potentiel thérapeutique de la modulation du microbiote par l'alimentation.

[527] Bang HO, Dyerberg J, Sinclair HM. The composition of the Eskimo food in north western Greenland. Am J Clin Nutr. 1980. Link

Des échantillons alimentaires en double provenant de 50 adultes (répartition égale entre les sexes) du nord-ouest du Groenland (1976) ont été analysés pour leur teneur en eau, cendres, protéines, lipides, acides gras, cholestérol et glucides, puis comparés aux régimes danois typiques. Le phoque et le poisson étaient les aliments prédominants. Les régimes esquimaux étaient nettement plus riches en acides gras polyinsaturés, avec un rapport acides gras polyinsaturés/saturés de 0,84 contre 0,24 chez les Danois. Ces résultats documentent le profil nutritionnel distinctif, dominé par les graisses marines, qui sous-tend les faibles taux de maladies cardiovasculaires historiquement observés dans cette population.

[528] Dyerberg J, Bang HO, Stoffersen E, Moncada S, Vane JR. Eicosapentaenoic acid and prevention of thrombosis and atherosclerosis?. Lancet. 1978. Link

L'article de Dyerberg, Bang, Stoffersen, Moncada et Vane paru en 1978 dans le Lancet propose que l'acide eicosapentaénoïque (EPA) issu des régimes marins prévienne la thrombose et l'athérosclérose. S'appuyant sur les observations épidémiologiques d'une faible cardiopathie ischémique chez les Inuits du Groenland malgré un apport lipidique élevé, les auteurs montrent que l'EPA entre en compétition avec l'acide arachidonique dans les voies eicosanoïdes plaquettaires, générant moins de thromboxane pro-agrégant et davantage de composés vasodilatateurs de type prostacycline. Ce travail a fourni la base mécanistique de l'hypothèse cardiovasculaire des oméga-3, motivant des décennies d'essais cliniques de supplémentation en huile de poisson et de consommation alimentaire de poisson. Il demeure un classique de la citation en cardiologie nutritionnelle.

[529] Simopoulos, A. P. An Increase in the Omega-6/Omega-3 Fatty Acid Ratio Increases the Risk for Obesity. Nutrients. 2016. Link

Les régimes occidentaux sont passés d'un rapport oméga-6/oméga-3 de 1:1 au cours de l'évolution humaine à 20:1 ou davantage aujourd'hui, parallèlement à la hausse de la prévalence de l'obésité. Des études expérimentales montrent des effets divergents des oméga-6 et des oméga-3 sur l'adipogenèse, le brunissement du tissu adipeux, l'homéostasie lipidique, l'axe cerveau–intestin–tissu adipeux et l'inflammation systémique. Des études prospectives confirment qu'un taux plus élevé d'oméga-6 et un rapport oméga-6/oméga-3 plus élevé dans les phospholipides membranaires des érythrocytes augmentent le risque d'obésité, tandis qu'un taux élevé d'oméga-3 le réduit. Le maintien d'un rapport équilibré est important pour la prévention et la prise en charge de l'obésité.

[530] Noriega BS, Sanchez-Gonzalez MA, Salyakina D, Coffman J. Understanding the impact of omega-3 rich diet on the gut microbiota. Case Rep Med. 2016. Link

Étude des modifications du microbiote intestinal en réponse à un régime riche en oméga-3, replacée dans le constat plus large selon lequel les acides gras polyinsaturés oméga-3 améliorent les troubles cardiométaboliques, inflammatoires et oncologiques. Ces bénéfices pourraient être médiés en grande partie par les modifications de la composition du microbiote intestinal induites par l'alimentation. Parmi les facteurs exogènes qui façonnent le microbiome intestinal, l'alimentation semble avoir l'effet le plus important.

[531] Cani PD, Amar J, Iglesias MA et al. Metabolic endotoxemia initiates obesity and insulin resistance. Diabetes. 2007. Link

Le lipopolysaccharide bactérien (LPS) est identifié comme facteur déclenchant de l'insulinorésistance, de l'obésité et du diabète. Le LPS plasmatique fluctue selon la prise alimentaire et le jeûne, et un régime riche en graisses de 4 semaines l'a augmenté chroniquement de 2 à 3 fois (« endotoxémie métabolique »), tout en augmentant la proportion du microbiote intestinal contenant du LPS. L'induction chez la souris d'une endotoxémie métabolique comparable par perfusion sous-cutanée continue de LPS pendant 4 semaines a reproduit le phénotype du régime riche en graisses : élévation de la glycémie et de l'insulinémie à jeun, prise de poids, inflammation adipeuse F4/80+ et accumulation de triglycérides hépatiques.

[532] O'Keefe SJD, Li JV, Lahti L et al. Fat, fibre and cancer risk in African Americans and rural Africans. Nat Commun. 2015. Link

L'incidence du cancer du côlon est environ 13 fois plus élevée chez les Afro-Américains (65/100 000) que chez les Sud-Africains ruraux (<5/100 000), cet écart étant lié aux protéines et graisses animales, à un faible apport en fibres, à des acides biliaires secondaires coliques plus élevés et à des acides gras à chaîne courte plus bas. Un échange de régimes contrôlé de 2 semaines chez des volontaires d'âge moyen issus des deux populations a produit des modifications réciproques des biomarqueurs muqueux de risque de cancer, du microbiote et du métabolome : augmentation de la fermentation saccharolytique et de la butyrogenèse avec suppression de la synthèse des acides biliaires secondaires chez les Afro-Américains soumis au régime africain riche en fibres.

[533] Topping DL, Clifton PM. Short-chain fatty acids and human colonic function: roles of resistant starch and nonstarch polysaccharides. Physiol Rev. 2001. Link

L'amidon résistant (RS) et les polysaccharides non amylacés (NSP), principaux composants des fibres alimentaires, sont fermentés par les bactéries coliques humaines en acides gras à chaîne courte — principalement acétate, propionate et butyrate. Les SCFA stimulent le débit sanguin colique et l'absorption hydro-électrolytique ; le butyrate est le substrat préféré des colonocytes et soutient un phénotype colonocytaire normal. La fermentation de certains types de RS favorise préférentiellement la production de butyrate, fournissant une base mécanistique aux bénéfices des régimes riches en fibres pour la santé du côlon.

[534] Flint HJ, Scott KP, Duncan SH, Louis P, Forano E. Microbial degradation of complex carbohydrates in the gut. Gut Microbes. 2012. Link

Les bactéries intestinales possèdent un répertoire d'enzymes de dégradation bien plus vaste que celui de l'hôte humain, en particulier d'enzymes actives sur les glucides. Des Bacteroidetes dominants tels que B. thetaiotaomicron possèdent des centaines de glycoside hydrolases et changent de source d'énergie avec souplesse. Toutefois, des dégradeurs primaires spécialisés parmi les Firmicutes, Actinobacteria et Verrucomicrobia apparaissent essentiels pour initier la dégradation des parois cellulaires végétales, des particules d'amidon et de la mucine. La revue met en évidence la manière dont les prébiotiques et d'autres glucides alimentaires exercent des effets sur la santé via la relation complexe entre alimentation, microbiote et métabolites.

[535] Ze X, Duncan SH, Louis P, Flint HJ. Ruminococcus bromii is a keystone species for the degradation of resistant starch in the human colon. ISME J. 2012. Link

Parmi quatre bactéries coliques amylolytiques dominantes, Ruminococcus bromii s'est révélé être une espèce clé (keystone) dans la dégradation primaire de l'amidon résistant (RS2 et RS3). E. rectale et B. thetaiotaomicron n'utilisaient le RS que de façon limitée, tandis que B. adolescentis et R. bromii étaient plus performants. En co-culture, R. bromii stimulait de manière unique l'utilisation du RS par les autres espèces, même dans des milieux ne permettant pas sa propre croissance. La supplémentation en R. bromii de cultures fécales provenant d'individus qui en étaient dépourvus a fortement augmenté la fermentation du RS3 in vitro, confirmant un rôle pivot de R. bromii dans la fermentation colique du RS.

[536] Snow, J. On the Mode of Communication of Cholera. 2nd ed. London: John Churchill. 1855. Link

« On the Mode of Communication of Cholera » de Snow (deuxième édition, John Churchill, Londres, 1855 ; réimpression 1965) est le texte fondateur de l'épidémiologie moderne et de la théorie des maladies transmises par l'eau. En cartographiant les décès par choléra dans le quartier de Soho à Londres et en les reliant à une pompe à eau publique contaminée de Broad Street, Snow a démontré que le choléra se transmet par ingestion d'eau contaminée par des matières fécales et non par un « miasme ». Le retrait du bras de la pompe constitue l'étude de cas canonique de l'épidémiologie environnementale. Ce travail fonde directement la compréhension moderne de la transmission féco-orale des maladies, des interventions d'assainissement et du rôle de la sécurité de l'eau et des aliments en santé publique microbienne.

[537] Johansson ME, Sjövall H, Hansson GC. The gastrointestinal mucus system in health and disease. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2013. Link

Les mucines sont de grandes protéines fortement glycosylées qui protègent la lumière gastro-intestinale. Les entérocytes portent des mucines transmembranaires apicales, tandis que les cellules caliciformes sécrètent des mucines gélifiantes. L'intestin grêle possède une couche de mucus unique, non adhérente, qui devient pathologiquement adhérente dans la mucoviscidose. L'estomac et le côlon possèdent des systèmes de mucus à deux couches ; dans le côlon, la couche externe héberge les bactéries commensales tandis que la couche interne adhérente est imperméable aux bactéries et est renouvelée toutes les heures par les cellules caliciformes de surface, établissant une barrière critique entre le microbiote et l'épithélium.

[538] Wang DC, Peng XF, Chen WX, Yu M. The association of moisture intake and constipation among US adults: evidence from NHANES 2005-2010. BMC Public Health. 2025. Link

Analyse transversale de NHANES 2005-2010 (adultes de 20 ans et plus) : un apport hydrique plus élevé était significativement associé à un risque moindre de constipation (OR 0,81 ; IC 95 % 0,74-0,89). En cas d'apport hydrique insuffisant, le côlon réabsorbe davantage d'eau à partir des selles, produisant des selles plus sèches et plus dures — la constipation apparaît ainsi comme une manifestation clinique d'un déséquilibre hydrique.

[539] Turnbaugh PJ, Hamady M, Yatsunenko T et al. A core gut microbiota in obese and lean twins. Nature. 2009. Link

L'analyse de la communauté microbienne fécale de paires de jumelles adultes monozygotes et dizygotes concordantes pour la minceur ou l'obésité (ainsi que de leurs mères) a produit 9 920 séquences 16S rRNA de longueur quasi complète et 2,14 Gb de données métagénomiques provenant de 154 individus. Les membres d'une même famille partagent un microbiome intestinal, mais la composition en lignées bactériennes propre à chaque personne varie ; la covariation était comparable entre paires monozygotes et dizygotes, indiquant que l'environnement partagé joue un rôle majeur, aux côtés du génotype de l'hôte, dans la formation du microbiome intestinal.

[540] and others. Health Effects and Therapeutic Potential of the Gut Microbe Akkermansia muciniphila. Nutrients. 2025. Link

Akkermansia muciniphila vit dans la couche de mucus, se nourrit des glycanes de la mucine et joue un rôle clé dans le maintien de la barrière intestinale ; sa déplétion est associée à un amincissement du mucus, à un dysfonctionnement de la barrière et à une inflammation. La O-glycosylation de la mucine détermine l'hydratation du mucus et les propriétés de barrière.

[541] Fraser, G. E. Associations between diet and cancer, ischemic heart disease, and all-cause mortality in non-Hispanic white California Seventh-day Adventists. Am J Clin Nutr. 1999. Link

Étude de cohorte portant sur 34 192 adventistes du septième jour de Californie, examinant les associations entre alimentation et maladies chroniques. Environ 50 % consommaient de la viande <1 fois/semaine ; les végétariens consommaient davantage de tomates, de légumineuses, de fruits à coque et de fruits. Une consommation de bœuf >=3 fois/semaine augmentait le risque de cardiopathie ischémique fatale chez les hommes (RR = 2,31 vs végétariens) ; une consommation de fruits à coque >=5 fois/semaine réduisait de moitié le risque d'IHD (RR ~0,5). Le risque d'IHD au cours de la vie était réduit d'environ 31 % avec une consommation fréquente de fruits à coque et d'environ 37 % chez les hommes végétariens. Le risque de cancer du côlon et de la prostate était plus élevé chez les non-végétariens (RR 1,88 et 1,54), et les consommateurs fréquents de bœuf présentaient un risque accru de cancer de la vessie.

[542] Orlich MJ, Singh PN, Sabaté J et al. Vegetarian dietary patterns and mortality in Adventist Health Study 2. JAMA Intern Med. 2013. Link

La cohorte prospective Adventist Health Study 2, portant sur 96 469 adventistes du septième jour (échantillon analytique 73 308), a évalué la mortalité selon cinq profils alimentaires : non végétarien, semi-végétarien, pesco-végétarien, lacto-ovo-végétarien et végétalien. Une régression de Cox à risques proportionnels a contrôlé les facteurs de confusion démographiques et liés au mode de vie. Les résultats soutiennent une association entre profils alimentaires végétariens et réduction de la mortalité globale, les signaux les plus forts étant observés dans les groupes pesco-végétarien et végétalien, constituant l'un des plus vastes jeux de données nord-américains sur les effets des régimes végétaux.

[543] Conlon MA, Bird AR. The impact of diet and lifestyle on gut microbiota and human health. Nutrients. 2015. Link

Revue narrative du rôle de l'alimentation et d'autres facteurs environnementaux dans la modulation de la composition et de l'activité métabolique du microbiote intestinal, avec ses répercussions sur la santé. Les technologies moléculaires ont révélé la complexité et la variation individuelle des communautés microbiennes intestinales. Les macronutriments — en particulier les glucides — façonnent fortement la composition du microbiote, mais de nombreuses questions demeurent quant aux effets de glucides spécifiques, et les effets des lipides et des protéines alimentaires sont moins bien définis.

[544] Russell WR, Gratz SW, Duncan SH et al. High-protein, reduced-carbohydrate weight-loss diets promote metabolite profiles likely to be detrimental to colonic health. Am J Clin Nutr. 2011. Link

Essai en cross-over chez 17 hommes obèses comparant un régime riche en protéines/modérément glucidique (HPMC) et un régime riche en protéines/pauvre en glucides (HPLC) (4 semaines chacun) à un régime d'entretien (7 jours). Les deux régimes hyperprotéinés ont augmenté la proportion d'acides gras à chaîne ramifiée ainsi que les concentrations fécales d'acide phénylacétique et de composés N-nitrosés — des métabolites microbiens considérés comme délétères pour la santé colique à long terme. Ces résultats indiquent que les régimes amaigrissants hyperprotéinés et pauvres en glucides déplacent le profil métabolique colique vers des marqueurs associés au risque de maladie colorectale.

[545] Flint HJ, Duncan SH, Scott KP, Louis P. Links between diet, gut microbiota composition and gut metabolism. Proc Nutr Soc. 2015. Link

Revue des modifications de la composition du microbiote intestinal induites par l'alimentation et de leurs produits métaboliques. La composition en espèces répond aux changements alimentaires par la compétition pour les substrats et la tolérance aux conditions intestinales, et les produits métaboliques tels que les SCFA sont influencés à la fois par l'apport en substrats alimentaires et par les déplacements de composition médiés par l'alimentation. La distribution phylogénétique des voies de production des principaux métabolites a progressé : le butyrate et le propionate peuvent être attribués à des groupes bactériens distincts, le propionate étant formé par des voies alternatives à partir de désoxy-sucres et de lactate. Le cross-feeding sur le lactate par certains Firmicutes soutient la stabilité de la communauté.

[546] Burr ML, Fehily AM, Gilbert JF et al. Effects of changes in fat, fish, and fibre intakes on death and myocardial reinfarction: diet and reinfarction trial (DART). Lancet. 1989. Link

L'essai DART de Burr et collaborateurs (Diet and Reinfarction Trial, Lancet 1989) est un essai randomisé de référence portant sur des interventions diététiques après infarctus du myocarde chez 2033 hommes britanniques. Les participants recevaient des conseils visant à modifier leur apport en lipides, en poissons gras ou en fibres céréalières, selon un plan factoriel 2×2×2. Après deux ans, le groupe conseillé en poisson présentait une réduction de 29 % de la mortalité toutes causes par rapport au groupe sans conseil poisson, tandis que les modifications de l'apport en lipides ou en fibres seules n'affectaient pas significativement la mortalité. L'essai a fourni des preuves précoces de prévention secondaire en faveur de la consommation de poissons gras (oméga-3) après infarctus et a façonné les recommandations diététiques cardiologiques ultérieures. L'étude DART-2, menée plus tard chez des patients angineux, a donné des résultats plus équivoques.

[547] Tremaroli V, Bäckhed F. Functional interactions between the gut microbiota and host metabolism. Nature. 2012. Link

Revue des mécanismes par lesquels le microbiote intestinal influence le métabolisme de l'hôte, avec des implications pour l'obésité, les maladies cardiovasculaires et les syndromes métaboliques, dont le diabète de type 2. Le microbiote module les voies métaboliques de l'hôte en améliorant le rendement énergétique tiré des aliments et en modifiant la bioactivité des composés alimentaires et dérivés de l'hôte. Une meilleure compréhension mécanistique soutiendra le développement de traitements des maladies métaboliques ciblant le microbiote.

[548] Key TJ, Appleby PN, Rosell MS. Health effects of vegetarian and vegan diets. Proc Nutr Soc. 2006. Link

Revue des régimes végétariens (sans viande/volaille/poisson) et végétaliens (également sans produits laitiers/œufs) dans des populations occidentales de niveau d'éducation élevé. Ces régimes sont typiquement riches en céréales, légumineuses, fruits à coque, fruits, légumes, fibres, caroténoïdes, folates, vitamines C et E et Mg, et plus pauvres en protéines, graisses saturées, acides gras n-3 à longue chaîne, rétinol, B12 et Zn (les végétaliens étant particulièrement pauvres en B12 et Ca). Les données transversales montrent un IMC et un cholestérol plasmatique plus bas mais une homocystéine plus élevée ; les études de cohorte montrent une réduction modérée de la mortalité par IHD mais peu de différence pour les autres grandes causes par rapport aux non-végétariens soucieux de leur santé.

[549] Tong TYN, Appleby PN, Bradbury KE et al. Risks of ischaemic heart disease and stroke in meat eaters, fish eaters, and vegetarians over 18 years of follow-up: results from the prospective EPIC-Oxford study. BMJ. 2019. Link

La cohorte prospective EPIC-Oxford, portant sur 48 188 adultes britanniques indemnes de maladie cardiovasculaire à l'inclusion (24 428 consommateurs de viande, 7 506 consommateurs de poisson, 16 254 végétariens/végétaliens), a été suivie pendant 18,1 ans. 2 820 cas de cardiopathie ischémique et 1 072 cas d'accident vasculaire cérébral (519 ischémiques, 300 hémorragiques) ont été enregistrés. Les résultats comparent le risque d'IHD et d'AVC entre groupes alimentaires ; l'étude figure parmi les plus vastes évaluations prospectives des profils alimentaires végétariens et de leurs conséquences cardiovasculaires dans une population occidentale.

[550] Tomova A, Bukovsky I, Rembert E et al. The Effects of Vegetarian and Vegan Diets on Gut Microbiota. Front Nutr. 2019. Link

Revue des différences de composition du microbiote intestinal entre individus végétaliens/végétariens et omnivores. Les régimes à base de plantes sont associés à des communautés microbiennes plus diversifiées et plus stables et à des effectifs plus élevés de certaines unités taxonomiques opérationnelles (OTU) de Bacteroidetes. Les fibres augmentent de façon constante les bactéries lactiques (Ruminococcus, E. rectale, Roseburia) et réduisent Clostridium et Enterococcus. Les polyphénols augmentent Bifidobacterium et Lactobacillus, avec des bénéfices antipathogènes, anti-inflammatoires et cardiovasculaires, tandis qu'un apport élevé en fibres stimule la production d'acides gras à chaîne courte (acétate, propionate, butyrate).

[551] Tap J, Furet JP, Bensaada M et al. Gut microbiota richness promotes its stability upon increased dietary fibre intake in healthy adults. Environ Microbiol. 2015. Link

Un essai nutritionnel de 6 semaines chez 19 adultes sains a complété l'alimentation quotidienne par 10 ou 40 g de fibres alimentaires pendant 5 jours, suivis de périodes de washout de 15 jours. Les échantillons fécaux ont été analysés par pyroséquençage 16S, mesure de la génotoxicité intestinale, métatranscriptomique et dosage des SCFA. Les variations d'apport en fibres à court terme n'ont pas affecté tous les individus de la même manière, mais ont produit des déplacements significatifs au niveau du genre au sein de chaque individu. Une richesse initiale plus élevée du microbiote était associée à une plus grande stabilité du microbiote lors de l'augmentation de l'apport en fibres, ce qui conforte la richesse comme déterminant de la réponse alimentaire.

[552] Ridaura VK, Faith JJ, Rey FE et al. Gut microbiota from twins discordant for obesity modulate metabolism in mice. Science. 2013. Link

Le microbiote fécal de paires de jumelles adultes discordantes pour l'obésité a été transplanté à des souris axéniques nourries avec de la nourriture standard ou des régimes de type occidental. L'augmentation de la masse corporelle et de la masse grasse ainsi que les phénotypes métaboliques associés à l'obésité étaient transmissibles par les communautés fécales non cultivées comme cultivées. La cohabitation de souris porteuses d'un microbiote obèse avec des congénères porteurs d'un microbiote maigre a empêché le développement de l'obésité, ce sauvetage étant dû à l'invasion de Bacteroidetes spécifiques du microbiote maigre vers le microbiote obèse. L'effet dépendait du régime, révélant des interactions régime-microbiote rapides, transmissibles et modifiables sur la composition corporelle.

[553] Zinöcker MK, Lindseth IA. The Western Diet–Microbiome-Host Interaction and Its Role in Metabolic Disease. Nutrients. 2018. Link

Revue défendant l'idée que le profil alimentaire occidental favorise l'inflammation via des modifications structurelles et comportementales du microbiome intestinal. L'environnement créé par les aliments ultra-transformés constitue un terrain de sélection unique pour des microbes capables de favoriser des maladies inflammatoires. Les régimes fondés sur des aliments bruts apparaissent comme un dénominateur commun des populations à faible morbidité. La reconnaissance du rôle du microbiome dans les maladies liées à l'alimentation a des implications pour la recherche, les recommandations nutritionnelles et les pratiques de production alimentaire, les effets de l'ultra-transformation sur le microbiome constituant une cible clé des investigations futures.

[554] Hehemann JH, Correc G, Barbeyron T et al. Transfer of carbohydrate-active enzymes from marine bacteria to Japanese gut microbiota. Nature. 2010. Link

Bacteroides thetaiotaomicron possède 261 glycoside hydrolases et polysaccharide lyases ainsi que 208 homologues SusC/SusD, illustrant la diversité des enzymes actives sur les glucides (CAZymes) des bactéries intestinales — enzymes absentes du génome humain. L'étude caractérise les premières porphyranases de la bactérie marine Zobellia galactanivorans, actives sur le porphyrane de l'algue rouge Porphyra, et démontre que les gènes codant ces enzymes ont été transférés horizontalement à la bactérie intestinale Bacteroides plebeius chez des individus japonais, élargissant le répertoire de CAZymes par acquisition de gènes d'origine marine.

[555] O'Sullivan L, Murphy B, McLoughlin P et al. Prebiotics from marine macroalgae for human and animal health applications. Mar Drugs. 2010. Link

Revue des polysaccharides de macroalgues marines (algues) en tant qu'ingrédients fonctionnels prébiotiques potentiels pour la santé humaine et animale. Les prébiotiques sont des composés non digestibles, fermentés sélectivement, qui stimulent un microbiote intestinal bénéfique et confèrent un bénéfice de santé à l'hôte. La revue expose la chimie des polysaccharides d'algues et passe en revue les données in vitro et in vivo soutenant leur application prébiotique, présentant les macroalgues marines comme une source sous-exploitée de composés bioactifs.

[556] Devkota S, Wang Y, Musch MW et al. Dietary-fat-induced taurocholic acid promotes pathobiont expansion and colitis in Il10-/- mice. Nature. 2012. Link

Chez des souris nourries avec un régime riche en graisses saturées (issues du lait) — mais non avec un régime riche en graisses polyinsaturées (huile de carthame) — on observe l'expansion du pathobionte sulfito-réducteur Bilophila wadsworthia, accompagnée d'une réponse immunitaire Th1 et d'une aggravation de la colite chez les souris Il10-/- génétiquement susceptibles. Le mécanisme implique la conjugaison à la taurine des acides biliaires hépatiques induite par la matière grasse laitière, augmentant la disponibilité en soufre organique. Une supplémentation en acide taurocholique — mais non en acide glycocholique — a reproduit la prolifération de B. wadsworthia et la colite. Les lipides alimentaires modifient ainsi la composition des acides biliaires et l'environnement microbien, perturbant l'homéostasie immunitaire.

[557] Turnbaugh PJ, Ley RE, Mahowald MA, Magrini V, Mardis ER, Gordon JI. An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest. Nature. 2006. Link

La comparaison du microbiote intestinal distal de souris génétiquement obèses et de leurs congénères maigres de la même portée, ainsi que de volontaires humains obèses et minces, a révélé que l'obésité est associée à des déplacements du rapport Bacteroidetes/Firmicutes. Les analyses métagénomiques et biochimiques montrent que le microbiome obèse possède une capacité accrue à extraire l'énergie de l'alimentation. Ce trait est transmissible : la colonisation de souris axéniques par un microbiote obèse a produit des augmentations de masse grasse significativement plus importantes que la colonisation par un microbiote maigre, identifiant le microbiote intestinal comme un facteur contributif de la physiopathologie de l'obésité.

[558] Tang WH, Hazen SL. The contributory role of gut microbiota in cardiovascular disease. J Clin Invest. 2014. Link

Les nutriments alimentaires contenant de la triméthylamine (TMA) — choline/phosphatidylcholine et L-carnitine — participent à la cardiopathie athéroscléreuse via une voie méta-organismique impliquant la formation de TMA dépendante du microbiote intestinal et sa conversion en TMAO dépendante de la flavine monooxygénase 3 (FMO3) hépatique. Les taux de TMAO sont mécaniquement liés à l'athérosclérose et corrèlent fortement avec le risque de maladie cardiovasculaire. Les précurseurs nutritionnels, le microbiote intestinal et les enzymes de l'hôte le long de cette voie représentent de nouvelles cibles pour la prévention et le traitement des CVD.

[559] Bastide NM, Pierre FH, Corpet DE et al. Red Meat-Derived Nitroso Compounds, Lipid Peroxidation Products and Colorectal Cancer. Crit Rev Food Sci Nutr. 2016. Link

Le fer héminique de la viande rouge et transformée favorise la formation de composés N-nitrosés et de produits de peroxydation lipidique dans l'intestin ; ceux-ci sont génotoxiques, modifient l'environnement intestinal, réduisent la diversité alpha microbienne et provoquent une dysbiose (augmentation des Proteobacteria à Gram négatif), l'un des mécanismes de la carcinogenèse colorectale.

[560] Chassaing B, Koren O, Goodrich JK et al. Dietary emulsifiers impact the mouse gut microbiota promoting colitis and metabolic syndrome. Nature. 2015. Link

Chez des souris de type sauvage, des concentrations relativement faibles de deux émulsifiants ubiquitaires — la carboxyméthylcellulose (CMC) et le polysorbate-80 (P80) — ont induit une inflammation de bas grade et une obésité/un syndrome métabolique, et ont favorisé une colite marquée chez des souris prédisposées. La barrière protectrice de mucus et la composition du microbiote étaient altérées. Ces résultats impliquent les émulsifiants alimentaires, composants ubiquitaires des aliments transformés, dans l'augmentation des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin et des troubles métaboliques observée depuis le milieu du XXe siècle.

[561] Chassaing B, Van de Wiele T, De Bodt J, Marzorati M, Gewirtz AT. Dietary emulsifiers directly alter human microbiota composition and gene expression ex vivo potentiating intestinal inflammation. Gut. 2017. Link

À l'aide du modèle ex vivo de microbiote humain M-SHIME, qui exclut l'inflammation de l'hôte comme facteur de confusion, la carboxyméthylcellulose (CMC) et le polysorbate 80 (P80) ont agi directement sur le microbiote humain pour augmenter son potentiel pro-inflammatoire, comme en témoigne l'élévation de la flagelline bioactive. L'augmentation de flagelline induite par la CMC était rapide (1 jour) et due à une modification de l'expression génique microbienne. Ces résultats établissent que ces émulsifiants alimentaires exercent des effets pro-inflammatoires directs, indépendants de l'hôte, sur le microbiote intestinal humain.

[563] Ruiz-Ojeda FJ, Plaza-Díaz J, Sáez-Lara MJ, Gil A. Effects of Sweeteners on the Gut Microbiota: A Review of Experimental Studies and Clinical Trials. Adv Nutr. 2019. Link

Revue des données expérimentales et cliniques sur la façon dont les édulcorants non nutritifs (NNS) — synthétiques (acésulfame-K, aspartame, cyclamate, saccharine, néotame, advantame, sucralose) et naturels (thaumatine, glycosides de stéviol, monelline, néohespéridine DC, glycyrrhizine) — ainsi que les polyols nutritifs affectent le microbiote intestinal humain. Seuls la saccharine, le sucralose (NNS synthétiques) et la stévia (édulcorant naturel) ont clairement modifié le microbiote intestinal. Certains polyols (isomaltose, maltitol, lactitol, xylitol) atteignent le côlon et augmentent les bifidobactéries, suggérant un effet prébiotique partiel.

[564] McCann D, Barrett A, Cooper A et al. Food additives and hyperactive behaviour in 3-year-old and 8/9-year-old children in the community: a randomised, double-blinded, placebo-controlled trial. Lancet. 2007. Link

L'essai randomisé, en double aveugle et contrôlé contre placebo publié par McCann et collaborateurs dans Lancet en 2007 — l'étude de Southampton — a testé l'effet de colorants alimentaires artificiels et du conservateur benzoate de sodium sur le comportement hyperactif chez 153 enfants de trois ans et 144 enfants de huit-neuf ans issus de la communauté. Les enfants recevaient quotidiennement des boissons contenant l'un des deux mélanges tests de colorants azoïques autorisés associés au benzoate de sodium, ou un placebo, selon un plan en cross-over. Les évaluations comportementales ont montré des augmentations significatives des scores d'hyperactivité pendant le mélange actif par rapport au placebo, dans les deux groupes d'âge. L'essai a directement influencé la réévaluation des colorants alimentaires par l'EFSA et a conduit à l'étiquetage d'avertissement obligatoire dans l'UE pour les produits contenant les additifs incriminés.

[565] European Food Safety Authority (EFSA). Scientific Opinion on the re-evaluation of six food colours. EFSA Journal. 2009. Link

L'avis scientifique de l'EFSA de 2009 « Re-evaluation of six food colours » a réexaminé la sécurité et la dose journalière admissible (DJA) de six colorants azoïques impliqués dans l'étude d'hyperactivité de Southampton (McCann 2007) : jaune de quinoléine, jaune orangé S, tartrazine, azorubine, ponceau 4R et rouge allura. Le panel de l'EFSA sur les additifs alimentaires a abaissé la DJA de plusieurs colorants, reflétant des preuves limitées d'effets comportementaux chez l'enfant. Cet avis a fourni la base scientifique de la réglementation européenne imposant un étiquetage d'avertissement obligatoire (« peut avoir des effets indésirables sur l'activité et l'attention chez les enfants ») sur les aliments contenant ces colorants. Ce travail constitue une référence en matière de réglementation des additifs alimentaires fondée sur les preuves.

[566] Duan Y, Llorente C, Lang S et al. Bacteriophage targeting of gut bacterium attenuates alcoholic liver disease. Nature. 2019. Link

La cytolysine, exotoxine à deux sous-unités sécrétée par Enterococcus faecalis, a été identifiée comme une cause de mort hépatocytaire et de lésion hépatique dans l'hépatite alcoolique. Les patients atteints d'hépatite alcoolique présentaient des effectifs fécaux d'E. faecalis accrus par rapport aux sujets non consommateurs d'alcool ou aux patients présentant un trouble de l'usage de l'alcool sans hépatite ; la présence d'E. faecalis cytolysine-positif (cytolytique) était corrélée à la sévérité de la maladie hépatique et à la mortalité. Ces résultats identifient un facteur de virulence d'origine microbienne comme moteur de la sévérité de l'hépatite alcoolique et comme cible thérapeutique candidate.

[567] Szabo, G. Gut-liver axis in alcoholic liver disease. Gastroenterology. 2015. Link

Revue de l'axe intestin-foie dans la maladie alcoolique du foie (ALD). L'élévation des taux d'endotoxine portale, l'altération de la barrière intestinale et l'augmentation de la perméabilité intestinale sont centrales dans l'ALD. Le lipopolysaccharide (LPS) entretient l'inflammation via le Toll-like receptor 4. La dysbiose induite par l'alcool — déséquilibre entre pathobiontes et commensaux — contribue à l'anomalie de l'axe intestin-foie. La décontamination bactérienne améliore l'ALD dans les modèles humains et animaux, confortant le microbiote comme cible thérapeutique.

[568] Yan AW, Fouts DE, Brandl J et al. Enteric dysbiosis associated with a mouse model of alcoholic liver disease. Hepatology. 2011. Link

Dans un modèle murin d'alimentation intragastrique continue par alcool ou par régime isocalorique, la translocation bactérienne a précédé les modifications du microbiome intestinal. Des analyses quantitatives par culture de la microflore de l'intestin grêle et du côlon ont documenté une dysbiose associée à la maladie alcoolique du foie. Ces résultats montrent que la translocation bactérienne à travers la barrière intestinale est un événement précoce de l'ALD, survenant avant tout déplacement mesurable de la composition du microbiote, et que les protéines antimicrobiennes muqueuses régulent ce processus.

[569] Leclercq S, Matamoros S, Cani PD et al. Intestinal permeability, gut-bacterial dysbiosis, and behavioral markers of alcohol-dependence severity. Proc Natl Acad Sci USA. 2014. Link

Étude menée chez des sujets alcoolodépendants examinant si les modifications de la perméabilité intestinale sont liées à la composition et à l'activité du microbiote intestinal, et si le dysfonctionnement intestinal est associé à des symptômes psychologiques et au risque de rechute. Certains sujets alcoolodépendants, mais non tous, ont développé une hyperperméabilité intestinale, corrélée à des scores plus élevés de dépression, d'anxiété et de craving après 3 semaines d'abstinence. Ces résultats suggèrent que le dysfonctionnement intestinal constitue un facteur psychobiologique de la sévérité de l'alcoolodépendance et de la rechute potentielle.

[570] Staudacher HM, Whelan K, Irving PM, Lomer MC. Comparison of symptom response following advice for a diet low in fermentable carbohydrates (FODMAPs) versus standard dietary advice in patients with irritable bowel syndrome. J Hum Nutr Diet. 2011. Link

Comparaison de conseils diététiques pauvres en FODMAP (n=43) et de conseils diététiques standard selon le NICE britannique (n=39) chez des patients atteints d'IBS vus lors d'une consultation diététique de suivi. Davantage de patients du groupe pauvre en FODMAP ont rapporté une satisfaction quant à la réponse de leurs symptômes (76 %) que ceux du groupe conseils standard (54 %, p=0,038). Ces résultats confortent la supériorité des conseils diététiques pauvres en FODMAP sur les recommandations standard fondées sur le NICE dans la prise en charge des symptômes de l'IBS.

[571] Halmos EP, Christophersen CT, Bird AR, Shepherd SJ, Gibson PR, Muir JG. Diets that differ in their FODMAP content alter the colonic luminal microenvironment. Gut. 2015. Link

Un essai randomisé en cross-over, en simple aveugle, chez 27 sujets atteints d'IBS et 6 sujets sains a comparé un régime pauvre en FODMAP (3,05 g/jour) à un régime australien typique (23,7 g/jour) pendant 21 jours chacun. Le régime pauvre en FODMAP a entraîné un pH fécal plus élevé (7,37 vs 7,16, p=0,001), des concentrations similaires de SCFA, une diversité microbienne accrue mais une abondance bactérienne totale réduite (9,63 vs 9,83 log10 copies/g, p<0,001). Ces résultats indiquent que le régime pauvre en FODMAP, bien qu'il soulage les symptômes, modifie le micro-environnement luminal colique d'une manière dont les implications à long terme restent possibles.

[572] Gibson PR, Shepherd SJ. Evidence-based dietary management of functional gastrointestinal symptoms: The FODMAP approach. J Gastroenterol Hepatol. 2010. Link

Revue de la base de preuves concernant la restriction en FODMAP dans les symptômes gastro-intestinaux fonctionnels. Les FODMAP (oligosaccharides, disaccharides, monosaccharides fermentescibles et polyols) comprennent le fructose, le lactose, les fructanes, les galactanes et les polyols. Largement répandus dans l'alimentation, ils apportent un substrat facilement fermentescible et de l'eau à l'intestin grêle distal et au côlon proximal, et induisent une distension luminale et des symptômes digestifs fonctionnels. La revue décrit la nature des FODMAP, leur mode d'induction des symptômes, les résultats des essais cliniques et la mise en oeuvre pratique du régime.

[573] Staudacher HM, Lomer MCE, Anderson JL et al. Fermentable carbohydrate restriction reduces luminal bifidobacteria and gastrointestinal symptoms in patients with irritable bowel syndrome. J Nutr. 2012. Link

Un essai contrôlé randomisé (Staudacher et al., J Nutr 2012) chez des patients atteints du syndrome de l'intestin irritable (IBS) : la restriction des glucides fermentescibles (FODMAP) a réduit les symptômes gastro-intestinaux mais a également abaissé les bifidobactéries luminales. Dans l'analyse en intention de traiter, davantage de patients du groupe intervention ont rapporté un contrôle adéquat des symptômes (13/19, 68 %) que les témoins (5/22, 23 %). L'étude souligne le compromis entre le bénéfice symptomatique d'un régime pauvre en FODMAP et la diminution des bifidobactéries bénéfiques.

[574] De Palma G, Nadal I, Collado MC, Sanz Y. Effects of a gluten-free diet on gut microbiota and immune function in healthy adult volunteers. Br J Nutr. 2009. Link

Une intervention d'un mois par régime sans gluten (GFD) chez dix adultes sains (âge moyen 30,3 ans) a montré que le GFD réduisait l'apport en polysaccharides (p=0,001) sans autres différences alimentaires significatives. Le microbiote fécal, profilé par FISH et PCR quantitative, et les réponses cytokiniques des PBMC mesurées par ELISA, ont montré des modifications de la composition microbienne et de la fonction immunitaire attribuables au GFD. Ces résultats indiquent que l'exclusion du gluten modifie le microbiote intestinal et les paramètres immunitaires même chez des sujets sains non coeliaques.

[575] Sanz Y, De Palma G. Gut microbiota, diet and chronic metabolic diseases. In: Proceedings of the Nutrition Society. 2009. Link

L'article de Sanz et De Palma paru en 2009 dans Proceedings of the Nutrition Society passe en revue les interactions entre microbiote intestinal, alimentation et maladies métaboliques chroniques. Les auteurs synthétisent les données montrant que l'obésité, le diabète de type 2 et le syndrome métabolique s'accompagnent de modifications dysbiotiques (rapport Firmicutes/Bacteroidetes altéré, diminution d'Akkermansia muciniphila, diversité microbienne réduite), et que les profils alimentaires — occidental, méditerranéen, à base de végétaux — déterminent ces modifications. Les mécanismes incluent une récupération énergétique accrue, une inflammation de bas grade médiée par le LPS, une altération de la signalisation des SCFA et des acides biliaires, et la modulation des hormones d'origine intestinale (GLP-1, PYY). Probiotiques, prébiotiques et fibres alimentaires sont présentés comme des interventions ciblant le microbiote. Cette revue précède mais anticipe une grande part de la recherche translationnelle de la décennie suivante.

[576] Nistal E, Caminero A, Herrán AR et al. Differences of small intestinal bacteria populations in adults and children with/without celiac disease: influence of age, gluten diet, and disease. Inflammatory Bowel Diseases. 2012. Link

Comparaison des communautés bactériennes de l'intestin grêle proximal chez des adultes (sains, maladie coeliaque non traitée, et traités par régime sans gluten) et des enfants (sains, CD non traitée) par séquençage du gène 16S rRNA de biopsies duodénales. Les communautés bactériennes étaient dominées par les Firmicutes, Proteobacteria et Bacteroidetes, avec 89 genres identifiés chez les adultes et 46 chez les enfants. La richesse bactérienne était significativement plus faible chez les enfants que chez les adultes, ce qui met en évidence des différences liées à l'âge et à l'état pathologique dans la composition microbienne de l'intestin grêle, pertinentes pour la pathogenèse de la maladie coeliaque.

[577] Setchell KDR, Brown NM, Lydeking-Olsen E. The clinical importance of the metabolite equol – a clue to the effectiveness of soy and its isoflavones. J Nutr. 2002. Link

L'équol, un oestrogène non stéroïdien formé exclusivement par le métabolisme bactérien intestinal de la daidzéine, isoflavone du soja, possède une affinité pour les deux récepteurs des oestrogènes et une activité antioxydante supérieure. Il n'est pas produit chez tous les adultes sains malgré un apport en soja ou en daidzéine. Des études d'intervention diététique montrent que les réponses cliniques maximales aux régimes riches en protéines de soja surviennent chez les « producteurs d'équol », ce qui suggère qu'un bactério-typage de la production d'équol pourrait prédire l'efficacité des interventions à base de soja dans les affections hormono-dépendantes.

[578] Decroos K, Vanhemmens S, Cattoir S, Boon N, Verstraete W. Isolation and characterisation of an equol-producing mixed microbial culture from a human faecal sample. Arch Microbiol. 2005. Link

Étude du métabolisme in vitro de la daidzéine par des échantillons fécaux provenant de quatre individus. Une culture a produit de la dihydrodaidzéine et de l'O-desméthylangolensine, une autre de la dihydrodaidzéine et de l'équol. À partir de l'échantillon producteur d'équol, une culture mixte stable et transférable transformant la daidzéine en équol a été obtenue. L'empreinte moléculaire par DGGE a révélé quatre espèces bactériennes, dont trois ont été mises en culture pure, faisant progresser la caractérisation du consortium microbien responsable de la production d'équol chez l'homme.

[579] Frankenfeld CL, Atkinson C, Wahala K, Lampe JW. Obesity prevalence in relation to gut microbial environments capable of producing equol or O-desmethylangolensin from the isoflavone daidzein. Eur J Clin Nutr. 2014. Link

Étude transversale (Frankenfeld et al., Eur J Clin Nutr) sur la prévalence de l'obésité en relation avec les phénotypes microbiens intestinaux capables de produire de l'équol ou de l'O-desméthylangolensine (ODMA) à partir de l'isoflavone daidzéine. L'équol et l'ODMA sont des métabolites bactériens intestinaux de la daidzéine, composé abondant dans les aliments à base de soja. Les auteurs ont examiné si les phénotypes métabolisant la daidzéine sont associés à l'obésité, en comparant la prévalence des phénotypes producteurs d'ODMA et d'équol chez des sujets obèses, en surpoids et de poids normal. (Remarque : l'article a en réalité été publié en 2014.)

[580] Wrangham, R. Catching Fire: How Cooking Made Us Human. New York: Basic Books. 2009. Link

L'ouvrage de Wrangham paru en 2009, « Catching Fire: How Cooking Made Us Human », est une monographie anthropologique (Basic Books) soutenant que la maîtrise du feu et la cuisson des aliments ont constitué l'événement évolutif décisif distinguant Homo erectus des hominidés antérieurs. Wrangham propose que la cuisson a considérablement augmenté l'énergie biodisponible des aliments végétaux et animaux, réduit le temps de mastication et de digestion, diminué la taille de l'intestin et de la mâchoire, et permis l'expansion d'un cerveau énergétiquement coûteux. Le livre présente la cuisson comme un trait co-évolutif au même titre que la bipédie et l'usage d'outils. Il a exercé une forte influence sur l'évolution humaine, les sciences de la nutrition et les conceptions du niche digestive de l'« aliment cuit » informées par le microbiome.

[581] Carmody RN, Weintraub GS, Wrangham RW. Energetic consequences of thermal and nonthermal food processing. Proc Natl Acad Sci U S A. 2011. Link

Étude expérimentale chez la souris (Mus musculus) ayant quantifié directement les conséquences énergétiques de la transformation thermique (cuisson) par rapport à la transformation non thermique (broyage) des aliments. Les animaux ont été nourris successivement selon quatre conditions alimentaires – viande crue et cuite, tubercule riche en amidon cru et cuit (patate douce) –, avec contrôle de la prise alimentaire et de l'activité. La cuisson a augmenté significativement le gain net d'énergie tiré de la viande comme du tubercule : à prise alimentaire mesurée identique, les souris soumises aux régimes cuits ont pris davantage de masse corporelle que celles soumises aux régimes crus, et le bénéfice énergétique de la cuisson a dépassé celui du broyage pour les deux types d'aliments. Ces résultats ont apporté le premier soutien expérimental à l'hypothèse de la cuisson de Wrangham, selon laquelle la maîtrise du feu a constitué un tournant énergétique dans l'évolution humaine. L'étude ne comportait pas d'analyse du microbiote.

[582] Carmody RN, Gerber GK, Luevano JM et al. Diet dominates host genotype in shaping the murine gut microbiota. Cell Host Microbe. 2015. Link

L'effet de perturbations alimentaires sur le microbiote intestinal a été examiné chez cinq souches de souris consanguines, des souris déficientes pour MyD88, NOD2, ob/ob, Rag1, et plus de 200 souris non consanguines. Un régime riche en graisses et en sucres a modifié de façon reproductible le microbiote intestinal quel que soit le génotype de l'hôte ; le microbiote a montré une réponse linéaire à la dose, avec un délai moyen d'atteinte d'un nouvel état stationnaire de 3,5 jours par groupe bactérien répondant au régime. La plupart des modifications étaient réversibles lors d'un changement de régime, bien que certaines bactéries dépendent d'une consommation antérieure. L'alimentation domine le génotype de l'hôte dans la détermination de la variation interindividuelle du microbiote.

[583] Hanski I, von Hertzen L, Fyhrquist N et al. Environmental biodiversity, human microbiota, and allergy are interrelated. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012. Link

La perte de biodiversité environnementale (et des microbes environnementaux) est liée à un appauvrissement du microbiote humain et à un risque allergique accru. Mécanisme proposé : les microbes environnementaux entretiennent les réponses immunitaires régulatrices (Treg) par une stimulation régulière de faible intensité, prévenant une réactivité excessive (Th2/allergique).

[584] Leone V, Gibbons SM, Martinez K et al. Effects of diurnal variation of gut microbes and high-fat feeding on host circadian clock function and metabolism. Cell Host Microbe. 2015. Link

Des souris axéniques nourries avec des régimes pauvres ou riches en graisses ont présenté une expression nettement altérée des gènes de l'horloge circadienne centrale et hépatique et n'ont pas pris de poids par rapport aux animaux élevés conventionnellement, malgré des signaux lumière-obscurité intacts. Les souris conventionnelles ont montré une variation diurne, dépendante du régime, de la structure et de la fonction microbiennes intestinales. Les acides gras à chaîne courte d'origine microbienne — mais non le sulfure d'hydrogène — modulaient directement l'expression des gènes de l'horloge circadienne des hépatocytes. Ces résultats établissent le microbiome intestinal et ses métabolites comme des régulateurs clés du rythme circadien de l'hôte et des effets métaboliques du régime occidentalisé.

[585] Özkul C, Yalınay M, Karakan T. Islamic fasting leads to an increased abundance of Akkermansia muciniphila and Bacteroides fragilis group: A preliminary study on intermittent fasting. Turkish Journal of Gastroenterology. 2019. Link

Neuf volontaires musulmans adultes en bonne santé ont été prélevés avant et à la fin du jeûne du Ramadan de 29 jours (environ 17 heures de jeûne quotidien), au moyen d'une PCR quantitative ciblée sur les selles. Après le jeûne, tous les participants présentaient une augmentation significative de l'abondance relative d'Akkermansia muciniphila et du groupe Bacteroides fragilis par rapport à l'inclusion, ainsi qu'une baisse significative de la glycémie à jeun et du cholestérol total. Les auteurs concluent que le jeûne islamique, en tant que forme de jeûne intermittent, enrichit des taxons intestinaux généralement considérés comme bénéfiques. Compte tenu de l'effectif très faible (n = 9), de l'absence de groupe témoin et du contrôle incomplet de la composition alimentaire, ce résultat est générateur d'hypothèses et non confirmatoire.

[586] Su, J.; Wang, Y.; Zhang, X.; Ma, M.; Xie, Z.; Pan, Q.; Ma, Z.; Peppelenbosch, M. P. Remodeling of the gut microbiome during Ramadan-associated intermittent fasting. The American Journal of Clinical Nutrition 113(5):1332–1342. 2021. Link

Étude humaine menée sur deux cohortes (27 volontaires jeûnant et 10 ne jeûnant pas), avec prélèvements de selles et de sang au début du Ramadan, à la fin du Ramadan et un mois plus tard. Le jeûne intermittent associé au Ramadan a augmenté la diversité du microbiome intestinal et était spécifiquement associé à une augmentation des familles issues des Clostridiales, Lachnospiraceae (non jeûneurs 24,6 ± 13,7 % vs jeûneurs 39,7 ± 15,9 % d'abondance relative) et Ruminococcaceae. La composition du microbiome est revenue à son état initial après l'arrêt de l'alimentation intermittente, ce qui indique que l'effet est réversible et lié au maintien de la fenêtre de jeûne.

[587] Li L, Su Y, Li F et al. The effects of daily fasting hours on shaping gut microbiota in mice. BMC Microbiol. 2020. Link

Des souris mâles C57BL/6J ont été soumises à un jeûne quotidien de 12, 16 ou 20 heures pendant 1 mois, suivi de 1 mois en ad libitum. La prise alimentaire cumulée était inchangée avec 12 heures de jeûne mais significativement diminuée avec 16 et 20 heures de jeûne. La composition du microbiote intestinal a été modifiée par tous les protocoles de jeûne intermittent, l'ampleur du jeûne déterminant la réduction de l'apport calorique et la modulation du microbiote. Ces résultats montrent que la durée du jeûne quotidien façonne de manière notable à la fois l'apport énergétique et la composition du microbiote intestinal.

[589] McCay CM, Crowell MF, Maynard LA. The effect of retarded growth upon the length of life span and upon the ultimate body size. J Nutr. 1935. Link

L'article de McCay, Crowell et Maynard paru en 1935 dans le Journal of Nutrition constitue l'étude expérimentale fondatrice sur la restriction calorique (CR) et la longévité. Les auteurs montrent que des rats nourris dès le sevrage avec un régime restreint en calories mais adéquat en micronutriments présentaient une durée de vie significativement plus longue, une taille corporelle adulte réduite, une maturation reproductive retardée et une diminution des maladies liées à l'âge par rapport aux témoins ad libitum. Ce travail a établi la CR comme l'intervention la plus robuste pour prolonger la durée de vie à travers les espèces, motivant des décennies de recherches ultérieures chez la souris, le primate et l'homme (dont l'essai CALERIE). Il demeure la référence classique en gérontologie nutritionnelle et en science de la longévité, et sous-tend l'intérêt actuel pour les profils alimentaires, le jeûne et la biologie du vieillissement.

[590] Colman RJ, Anderson RM, Johnson SC, Kastman EK, Kosmatka KJ, Beasley TM, Allison DB, Cruzen C, Simmons HA, Kemnitz JW, Weindruch R. Caloric restriction delays disease onset and mortality in rhesus monkeys. Science. 2009. Link

Cette étude de 20 ans menée au Wisconsin National Primate Research Center a montré qu'une restriction calorique de 30 % retardait l'apparition des maladies liées à l'âge chez le macaque rhésus (Macaca mulatta). La mortalité liée à l'âge chez les animaux restreints représentait environ un tiers de celle des témoins, avec une incidence significativement plus faible de diabète, de cancer, de maladie cardiovasculaire et d'atrophie cérébrale. Elle a fourni la première preuve chez le primate que la relation entre restriction calorique et durée de vie décrite chez les rongeurs s'étend à un mammifère supérieur. Une réserve importante est que l'essai parallèle du NIA n'a mis en évidence aucun bénéfice significatif de survie ; une réanalyse groupée des deux cohortes (Mattison et al., Nature Communications, 2017) a finalement soutenu un bénéfice modéré en matière de santé et de survie. Il n'existe pas de données humaines avec la durée de vie comme critère d'évaluation.

[591] Wang S, Huang M, You X, Zhao J, Chen L, Wang L, Luo Y, Chen Y. Gut microbiota mediates the anti-obesity effect of calorie restriction in mice. Scientific Reports. 2018. Link

Étude chez la souris montrant que l'effet anti-obésité de la restriction calorique est largement médié par le microbiote intestinal. La restriction calorique a remodelé la composition bactérienne intestinale, augmentant Lactobacillus et Bifidobacterium tout en diminuant l'abondance relative d'Helicobacter. L'effet était transférable : la déplétion par antibiotiques et la transplantation de microbiote fécal (FMT) à partir de donneurs soumis à la restriction calorique vers des souris receveuses ont reproduit le phénotype métabolique et pondéral favorable, ce qui étaye un rôle médiateur causal du microbiote.

[592] Fontana L, Partridge L. Promoting health and longevity through diet: from model organisms to humans. Cell. 2015. Link

Revue de la modulation alimentaire de la durée de vie en bonne santé et de la longévité, des organismes modèles à l'homme. La réduction de l'apport alimentaire sans dénutrition atténue le vieillissement et les maladies liées à l'âge. Le moment des repas — jeûne intermittent et rythmes diurnes de prise alimentaire ajustés — améliore la santé indépendamment de l'apport global. La réduction de l'apport de nutriments spécifiques (notamment les protéines et certains acides aminés) est déterminante, et la modulation du microbiome est également pertinente. L'alimentation a des effets à long terme, voire intergénérationnels, et de nouvelles interventions visent à capter les bénéfices de la restriction alimentaire que les humains peinent à maintenir volontairement.

[593] Thaiss CA, Levy M, Korem T et al. Microbiota diurnal rhythmicity programs host transcriptome oscillations. Cell. 2016. Link

Des approches multi-omiques intégrées et l'imagerie chez la souris ont démontré que le microbiote intestinal présente une localisation biogéographique et des profils métabolomiques oscillants, exposant rythmiquement l'épithélium intestinal à différentes espèces bactériennes et différents métabolites au cours de la journée. Ce comportement microbien diurne programme les oscillations circadiennes transcriptionnelles, épigénétiques et métabolomiques de l'hôte. La perturbation de la rythmicité du microbiome a aboli les oscillations chromatiniennes et transcriptionnelles normales de l'hôte et déclenché des oscillations de novo à l'échelle du génome dans l'intestin et le foie, avec des implications pour la physiologie diurne et la susceptibilité aux maladies.

[595] Scheiman J, Luber JM, Chavkin TA et al. Meta-omics analysis of elite athletes identifies a performance-enhancing microbe that functions via lactate metabolism. Nat Med. 2019. Link

Cette étude a identifié un enrichissement en Veillonella atypica dans les selles de coureurs de marathon après la course et a isolé la souche pour des tests fonctionnels. L'inoculation de V. atypica chez la souris a significativement augmenté le temps de course jusqu'à épuisement sur tapis roulant. Veillonella utilise le lactate comme seule source de carbone ; l'analyse métagénomique shotgun chez des athlètes de haut niveau a montré que chaque gène de la voie lactate-propionate présentait une abondance relative plus élevée après l'exercice. Ces résultats relient une voie microbienne intestinale spécifique à la performance physique et désignent Veillonella comme un commensal ergogénique candidat.

[596] Patra AK, Kar I. Heat stress on microbiota composition, barrier integrity, and nutrient transport in gut, production performance, and its amelioration in farm animals. J Anim Sci Technol. 2021. Link

Revue montrant que le stress thermique modifie la composition du microbiote intestinal, altère l'intégrité de la barrière et le transport des nutriments ; elle confirme que la réponse au stress thermique atteint l'intestin. Les données proviennent en grande partie de modèles d'animaux d'élevage.

[597] Laukkanen T, Khan H, Zaccardi F, Laukkanen JA. Association between sauna bathing and fatal cardiovascular and all-cause mortality events. JAMA Intern Med. 2015. Link

Cette étude de cohorte prospective finlandaise Kuopio Ischemic Heart Disease Risk Factor (n=2315 hommes d'âge moyen, 42-60 ans) a examiné les associations entre la fréquence et la durée des séances de sauna et la mort subite cardiaque (SCD), la coronaropathie fatale, la maladie cardiovasculaire fatale et la mortalité toutes causes. Au cours d'un suivi médian de 20,7 ans, sont survenus 190 SCD, 281 CHD fatales, 407 CVD fatales et 929 décès toutes causes. Une fréquence et une durée de sauna plus élevées étaient associées de façon inverse et dose-dépendante aux quatre critères. Ces résultats confortent un effet cardioprotecteur du sauna régulier chez les hommes d'âge moyen.

[598] Dokladny K, Moseley PL, Ma TY. Physiologically relevant increase in temperature causes an increase in intestinal epithelial tight junction permeability. American Journal of Physiology-Gastrointestinal and Liver Physiology. 2006. Link

Dokladny, Moseley et Ma (Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol, 2006) ont utilisé un modèle d'épithélium intestinal Caco-2 pour examiner comment une élévation physiologiquement pertinente de la température (37-41 C) affecte la fonction de barrière des jonctions serrées. L'augmentation de la température a accru la perméabilité paracellulaire tout en induisant simultanément la protéine de choc thermique 70 (HSP70) ; la surexpression de HSP70 protégeait la barrière en se liant aux protéines de jonction serrée occludine et ZO-1, limitant l'augmentation de perméabilité. L'étude fournit la base mécanistique de la stabilisation des protéines de jonction serrée et de la réduction de la vulnérabilité de la barrière par HSP70 induite thermiquement.

[599] Bailey MT, Dowd SE, Galley JD, Hufnagle AR, Allen RG, Lyte M. Exposure to a social stressor alters the structure of the intestinal microbiota: implications for stressor-induced immunomodulation. Brain Behav Immun. 2011. Link

Cette étude a examiné si le microbiome intestinal contribue à l'immunopotentialisation induite par le stress, à l'aide d'un modèle de stress de disruption sociale (SDR) chez la souris. L'exposition au SDR a augmenté les cytokines circulantes et préparé le système immunitaire inné à une réactivité accrue. Les communautés microbiennes caecales, caractérisées par pyroséquençage d'amplicons FLX, ont montré des modifications de composition induites par le stress. Ces résultats apportent des preuves, au niveau du microbiome, reliant le stress social au priming immunitaire inné, et confortent un rôle des bactéries intestinales dans la modulation immunitaire induite par le stress.

[600] Knowles SR, Nelson EA, Palombo EA. Investigating the role of perceived stress on bacterial flora activity and salivary cortisol secretion: a possible mechanism underlying susceptibility to illness. Biol Psychol. 2008. Link

Étude humaine observationnelle chez des étudiants universitaires utilisant la période d'examens comme modèle naturaliste de stress psychologique. Les participants ont été prélevés lors d'une phase de référence à faible stress (début de semestre) puis pendant la semaine d'examens, à stress élevé, avec mesure simultanée du stress perçu, du cortisol salivaire et des bactéries lactiques fécales (Lactobacillus et taxons apparentés). Le stress perçu et le cortisol salivaire ont augmenté pendant la semaine d'examens, tandis que les bactéries lactiques fécales diminuaient. En raison du schéma observationnel, aucune causalité ne peut être déduite et une confusion par l'alimentation, le sommeil ou les médicaments ne peut être totalement exclue ; il s'agit néanmoins de l'une des toutes premières observations humaines directes montrant que le stress psychologique quotidien covarie avec la composition de la flore intestinale.

[601] Dinan TG, Cryan JF. The microbiome-gut-brain axis in health and disease. Gastroenterol Clin North Am. 2017. Link

Cette revue synthétise les données montrant que les microbes intestinaux produisent la plupart des neurotransmetteurs humains et influencent la neurochimie centrale et le comportement. Le syndrome de l'intestin irritable est présenté comme le trouble prototypique de l'axe cerveau-intestin-microbiote, répondant aux probiotiques. Des données translationnelles suggèrent que certaines bactéries modulent les réponses au stress et la cognition. Les auteurs proposent les psychobiotiques, les prébiotiques et les antibiotiques ciblés comme nouvelles stratégies thérapeutiques des troubles de l'axe intestin-cerveau, dont la dépression et l'autisme.

[602] Bhasin MK, Dusek JA, Chang BH et al. Relaxation response induces temporal transcriptome changes in energy metabolism, insulin secretion and inflammatory pathways. PLoS ONE. 2013. Link

Cette étude a mesuré les modifications transcriptomiques du sang périphérique induites par une seule séance de pratique de la réponse de relaxation (RR) chez des méditants de longue date comparés à des novices, avant et après 8 semaines d'entraînement à la RR. Les deux groupes ont présenté des modifications temporelles significatives de l'expression génique, plus marquées chez les praticiens expérimentés. La pratique de la RR a augmenté l'expression de gènes impliqués dans le métabolisme énergétique, la fonction mitochondriale, la sécrétion d'insuline et le maintien des télomères, et réduit l'expression des voies inflammatoires et liées au stress. Ces résultats identifient des signatures moléculaires sous-tendant les bénéfices cliniques de la RR dans l'hypertension, l'anxiété, l'insomnie et le vieillissement.

[603] Gaylord SA, Palsson OS, Garland EL et al. Mindfulness Training Reduces the Severity of Irritable Bowel Syndrome in Women: Results of a Randomized Controlled Trial. American Journal of Gastroenterology. 2011. Link

Essai contrôlé randomisé prospectif chez 75 femmes atteintes du syndrome de l'intestin irritable, réparties entre huit séances hebdomadaires de groupe d'entraînement à la pleine conscience assorties d'une demi-journée intensive, ou un groupe de soutien. La sévérité des symptômes a diminué de 26,4 % dans le groupe pleine conscience contre 6,2 % dans le groupe de soutien immédiatement après l'entraînement (p = 0,006), et de 38,2 % contre 11,8 % au suivi à 3 mois (p = 0,001). La qualité de vie liée à la santé s'est améliorée et la détresse a diminué. Aucune donnée de microbiote n'a été recueillie, de sorte qu'une éventuelle voie médiée par le microbiome reste non testée.

[604] Lackner JM, Jaccard J, Keefer L et al. Improvement in gastrointestinal symptoms after cognitive behavior therapy for refractory irritable bowel syndrome. Gastroenterology. 2018. Link

Cet essai contrôlé randomisé a attribué 436 patients atteints d'IBS (Rome III, 80 % de femmes) à une TCC standard de 10 séances (S-CBT, n=146), à une TCC à domicile à contact minimal de 4 séances (MC-CBT, n=145) ou à une éducation sur l'IBS de 4 séances (EDU, n=145). Le critère principal était l'amélioration globale des symptômes de l'IBS sur l'échelle Clinical Global Impressions-Improvement. La MC-CBT a obtenu des taux de réponse comparables à ceux de la S-CBT et supérieurs à ceux de l'EDU, avec un bénéfice durable. Ces résultats montrent que la TCC à domicile à contact minimal est un traitement efficace et diffusable à grande échelle des symptômes de l'IBS réfractaire.

[605] Sudo N, Chida Y, Aiba Y, Sonoda J, Oyama N, Yu XN, Kubo C, Koga Y. Postnatal microbial colonization programs the hypothalamic-pituitary-adrenal system for stress response in mice. J Physiol. 2004. Link

Comparaison de souris axéniques (GF), exemptes d'organismes pathogènes spécifiques (SPF) et gnotobiotiques à l'université de Kyushu. L'élévation de l'ACTH et de la corticostérone plasmatiques en réponse à un stress de contention était nettement plus marquée chez les souris GF que chez les souris SPF (mais pas en réponse à une stimulation à l'éther). Les souris GF présentaient une expression réduite du facteur neurotrophique dérivé du cerveau (BDNF) dans le cortex et l'hippocampe. La réponse exagérée de l'axe HPA au stress a été corrigée par une reconstitution avec Bifidobacterium infantis, tandis qu'une monoassociation avec Escherichia coli entéropathogène l'accentuait (contrairement à son mutant dépourvu du gène du récepteur de l'intimine transloqué). La reconstitution avec des selles SPF n'a corrigé le phénotype qu'à un stade précoce du développement, ce qui indique une fenêtre critique en début de vie pour la programmation microbienne de l'axe HPA. J Physiol. 2004;558(Pt 1):263–275. Modèle murin ; pas d'équivalent humain direct.

[606] Kelly JR, Borre Y, O'Brien C et al. Transferring the blues: depression-associated gut microbiota induces neurobehavioural changes in the rat. J Psychiatr Res. 2016. Link

Cette étude cas-témoins a comparé 34 patients atteints de dépression majeure à 33 témoins sains appariés pour des marqueurs neuro-immunitaires et neuroendocriniens liés au microbiote intestinal. Les cytokines plasmatiques, la CRP, le cortisol salivaire et la protéine de liaison au lipopolysaccharide ont été mesurés par ELISA afin d'évaluer si la composition du microbiote intestinal médie la dysrégulation neuro-immunitaire et neuroendocrinienne sous-jacente à la dépression. La dépression était associée à des altérations significatives des marqueurs inflammatoires et de l'axe HPA, compatibles avec une dysrégulation immunitaire pilotée par le microbiote. Ces résultats confortent la contribution de l'axe cerveau-intestin-microbiote à la physiopathologie de la dépression majeure.

[607] Song SJ, Lauber C, Costello EK et al. Cohabiting family members share microbiota with one another and with their dogs. eLife. 2013. Link

Cette étude transversale a analysé les microbiotes fécal, oral et cutané de 60 familles (couples avec ou sans enfants, avec chiens, les deux ou aucun) afin de quantifier les échanges microbiens entre cohabitants. Les membres d'un même foyer, en particulier les couples, partageaient significativement plus de microbiote que des individus de foyers différents, avec des effets de la cohabitation plus marqués sur la peau que sur les communautés orales ou fécales. La possession d'un chien augmentait significativement le microbiote cutané partagé entre adultes cohabitants ; les adultes partageaient davantage de microbiote cutané avec leur propre chien qu'avec d'autres chiens. Ces résultats démontrent que des contacts directs fréquents façonnent substantiellement la composition des communautés microbiennes.

[608] Tung J, Barreiro LB, Burns MB et al. Social networks predict gut microbiome composition in wild baboons. eLife. 2015. Link

Cette étude a utilisé la métagénomique shotgun chez des babouins sauvages afin de déterminer si l'appartenance à un groupe social et les relations de réseau prédisent la composition et la structure génique du microbiote intestinal. Les taux d'interaction expliquaient la variation de composition du microbiote intestinal même après contrôle de l'alimentation, de la parenté et de l'environnement partagé, ce qui implique le contact physique direct dans la transmission des espèces microbiennes. 51 taxons structurés socialement ont été identifiés, enrichis en modes de vie anaérobies et non sporulants. Ces résultats établissent les interactions sociales comme un déterminant majeur de la composition du microbiote intestinal dans les populations animales naturelles.

[609] Blaser, M. J. Missing Microbes: How the Overuse of Antibiotics Is Fueling Our Modern Plagues. New York: Henry Holt. 2014. Link

L'ouvrage de Blaser paru en 2014, « Missing Microbes : How the Overuse of Antibiotics Is Fueling Our Modern Plagues » (Henry Holt), est une synthèse de vulgarisation scientifique soutenant que la surconsommation d'antibiotiques, la césarienne, l'alimentation au lait artificiel et le mode de vie occidental ont progressivement appauvri la diversité microbienne humaine au fil des générations, contribuant à l'augmentation de l'obésité, de l'asthme, des allergies, des IBD, de l'autisme et du diabète de type 1. Blaser s'appuie sur ses travaux sur Helicobacter pylori, sur des données de modèles murins relatives à l'exposition antibiotique précoce et sur des tendances épidémiologiques. Le livre a popularisé l'« hypothèse du microbiote disparaissant » et le concept d'héritage microbien en tant que patrimoine écologique. Il a largement influencé le discours public, clinique et politique sur le bon usage des antibiotiques.

[611] Korpela K, Salonen A, Virta LJ, Kekkonen RA, Forslund K, Bork P, de Vos WM. Intestinal microbiome is related to lifetime antibiotic use in Finnish pre-school children. Nat Commun. 2016. Link

Étude du microbiote intestinal de 142 enfants finlandais d'âge préscolaire, de 2–7 ans, en relation avec la consommation d'antibiotiques au cours de la vie vérifiée par registre, avec deux temps de prélèvement. L'usage de macrolides était associé à un déplacement compositionnel et fonctionnel durable, persistant jusqu'à 1–2 ans : appauvrissement en Actinobacteria (dont Bifidobacterium), augmentation des Bacteroidetes et des Proteobacteria, activité hydrolase des sels biliaires réduite et enrichissement en gènes de résistance aux macrolides. Les pénicillines laissaient une empreinte nettement plus faible et plus brève. L'usage précoce de macrolides était en outre associé à un risque accru d'asthme et à une prédisposition à la prise de poids associée aux antibiotiques. Le schéma étant observationnel, aucune causalité ne peut être déduite.

[612] Yassour M, Vatanen T, Siljander H et al. Natural history of the infant gut microbiome and impact of antibiotic treatment on bacterial strain diversity and stability. Sci Transl Med. 2016. Link

Cette étude longitudinale a analysé par séquençage de l'ADN des échantillons de selles mensuels provenant de 39 enfants au cours des 3 premières années de vie, environ la moitié d'entre eux ayant reçu plusieurs cures d'antibiotiques. Le microbiote intestinal des enfants nés par voie vaginale était dominé par des espèces de Bacteroides ; les enfants nés par césarienne et environ 20 % des enfants nés par voie vaginale étaient dépourvus de Bacteroides pendant 6-18 mois. Les enfants traités par antibiotiques présentaient un microbiote moins diversifié tant au niveau des espèces que des souches, certaines espèces étant souvent dominées par une souche unique, avec parallèlement une élévation des gènes de résistance aux antibiotiques. Ces résultats caractérisent les effets des antibiotiques et du mode d'accouchement sur le développement du microbiote en début de vie.

[613] Huang EY, Inoue T, Leone VA, Dalal S, Touw K, Wang Y, Musch MW, Theriault B, Higuchi K, Donovan S, Gilbert J, Chang EB. Using corticosteroids to reshape the gut microbiome: implications for inflammatory bowel diseases. Inflammatory Bowel Diseases. 2015. Link

Étude expérimentale chez la souris examinant comment les glucocorticoïdes modifient le microbiote intestinal et comment ces changements affectent la régulation de la mucine chez l'hôte et l'inflammation colique. Des souris mâles adultes C57BL/6 – axéniques, hétérozygotes Muc2 ou déficientes en Muc2 – ont reçu de la dexaméthasone, un glucocorticoïde de synthèse, pendant quatre semaines. La dexaméthasone a déplacé la composition du microbiote intestinal et, de manière dépendante du microbiote, a modifié la production de mucine et l'état inflammatoire du côlon. Les auteurs concluent que les bactéries intestinales commensales sont un médiateur clé des effets anti-inflammatoires des glucocorticoïdes dans le gros intestin, et que les microbes intestinaux constituent un organe microbien pouvant être ciblé thérapeutiquement pour rétablir l'homéostasie intestinale. IMPORTANT : il s'agit d'une expérience préclinique chez la souris et non d'une revue systématique de cohortes de patients humains.

[614] Wu H, Esteve E, Tremaroli V et al. Metformin alters the gut microbiome of individuals with treatment-naive type 2 diabetes, contributing to the therapeutic effects of the drug. Nat Med. 2017. Link

Cet essai randomisé en double aveugle a réparti des patients atteints de diabète de type 2 naïfs de traitement entre placebo et metformine pendant 4 mois et a montré que la metformine exerçait des effets marqués sur le microbiote intestinal, répliqués dans un sous-groupe en cross-over avec placebo. La FMT à partir de donneurs traités par metformine chez des souris germ-free a amélioré la tolérance au glucose. Des expériences in vitro en simulateur intestinal ont montré que la metformine affectait des voies codant des métalloprotéines et des transporteurs de métaux chez des espèces appartenant à deux phyla. Ces résultats fournissent une preuve causale que le microbiote intestinal médie une partie de l'effet antidiabétique de la metformine.

[615] Kunasol C, Chattipakorn N, Chattipakorn SC. Impact of calcineurin inhibitors on gut microbiota: Focus on tacrolimus with evidence from in vivo and clinical studies. . 2024. Link

Revue de l'effet des inhibiteurs de la calcineurine (tacrolimus, ciclosporine A) sur le microbiote intestinal, à partir d'études in vivo et cliniques. Les CNI induisent une dysbiose : le tacrolimus réduit les bactéries productrices de butyrate, tandis que la ciclosporine A modifie les abondances de Bacteroides/Blautia et de Clostridium. La dysbiose qui en résulte contribue à l'hyperglycémie, à la néphrotoxicité et à la diarrhée. L'effet est en partie indépendant de l'immunosuppression, mais le mécanisme est largement médié par l'hôte (altération de la régulation immunitaire et métabolique) plutôt que par une inhibition directe de phosphatases bactériennes de type calcineurine.

[616] Lee JR, Muthukumar T, Dadhania D et al. Gut microbiota and tacrolimus dosing in kidney transplantation. PLoS ONE. 2015. Link

Cette étude pilote menée chez 19 transplantés rénaux adultes a relié la composition du microbiote intestinal durant le premier mois post-transplantation aux besoins posologiques en tacrolimus. Les patients nécessitant une augmentation de dose >=50 % (n=5) et ceux à dose stable (n=14) avaient des doses initiales similaires (4,2+/-1,1 vs 3,8+/-0,8 mg/jour) mais divergeaient en fin de mois (9,6+/-2,4 vs 3,3+/-1,5 mg/jour, p<0,001). L'abondance fécale de Faecalibacterium prausnitzii en semaine 1 était de 11,8 % chez les patients à escalade de dose contre 0,8 % chez les patients stables (p=0,002, correction BH). Ces résultats identifient F. prausnitzii comme marqueur prédictif candidat pour l'adaptation posologique du tacrolimus.

[619] Syer SD, Blackler RW, Wallace JL. NSAID enteropathy and bacteria: a complicated relationship. . 2015. Link

Syer, Blackler et Wallace (J Gastroenterol, 2015 ; 50:387-393) passent en revue le rôle du microbiote intestinal dans la pathogenèse des lésions de l'intestin grêle induites par les AINS (entéropathie aux AINS). Ils soulignent que les animaux axéniques sont résistants aux lésions de l'intestin grêle induites par les AINS, alors que la colonisation bactérienne (en particulier par des organismes à Gram négatif) les rend sensibles, démontrant que le microbiote est nécessaire à l'entéropathie. Le mécanisme implique la circulation entérohépatique des AINS, la déconjugaison bactérienne (bêta-glucuronidase) et la libération d'endotoxines.

[620] Wallace JL. NSAID gastropathy and enteropathy: distinct pathogenesis likely necessitates distinct prevention strategies. . 2012. Link

La revue de Wallace parue en 2012 dans le British Journal of Pharmacology distingue les pathogenèses divergentes des lésions gastriques (gastropathie) et des lésions de l'intestin grêle (entéropathie) induites par les AINS. L'entéropathie n'est pas principalement due à l'inhibition de la synthèse des prostaglandines, mais à la circulation entérohépatique des AINS : les AINS de type acide carboxylique sont conjugués dans le foie en acyl-glucuronides, excrétés dans la bile vers l'intestin grêle, où la bêta-glucuronidase bactérienne les déconjugue en aglycone actif, lequel endommage la muqueuse à concentration localement élevée et est réabsorbé. Chez les animaux axéniques ou traités par antibiotiques, ce cycle — et la lésion — ne se produit pas, ce qui démontre le rôle causal du microbiote. L'auteur souligne que la gastropathie et l'entéropathie requièrent des stratégies de prévention distinctes.

[621] Cussotto, S., Strain, C. R., Fouhy, F., et al. Differential effects of psychotropic drugs on microbiome composition and gastrointestinal function. Psychopharmacology. 2019. Link

Les auteurs ont étudié un traitement psychotrope chronique (fluoxétine, escitalopram, venlafaxine, lithium, valproate, aripiprazole) chez le rat et ont montré que plusieurs de ces médicaments — notamment les SSRI et le lithium — modifient la composition du microbiote intestinal et la fonction gastro-intestinale, et exercent une activité antimicrobienne à l'encontre de taxons spécifiques.

[622] Baker JM, Al-Nakkash L, Herbst-Kralovetz MM. Estrogen-gut microbiome axis: physiological and clinical implications. Maturitas. 2017. Link

Cette revue examine la régulation des œstrogènes circulants par le microbiote intestinal via la déconjugaison médiée par la bêta-glucuronidase, ainsi que son rôle dans les maladies modulées par les œstrogènes. Une dysbiose avec diversité microbienne réduite diminue la déconjugaison et abaisse les œstrogènes circulants. Les altérations œstrogéniques qui en résultent sont liées à l'obésité, au syndrome métabolique, aux cancers, à l'hyperplasie endométriale, à l'endométriose, au syndrome des ovaires polykystiques, à la fertilité, aux maladies cardiovasculaires et au déclin cognitif. Ces données soutiennent le ciblage de l'estrobolome intestinal comme stratégie thérapeutique dans les situations postménopausiques et de santé reproductive.

[623] Flores R, Shi J, Fuhrman B et al. Fecal microbial determinants of fecal and serum estrogens and estrogen metabolites. Journal of Translational Medicine. 2012. Link

Étude transversale (Flores et al., 2012) portant sur la relation entre le microbiote intestinal et les œstrogènes et métabolites œstrogéniques fécaux et sériques. Les auteurs ont cherché à identifier les membres et les fonctions de la communauté microbienne intestinale associés aux taux d'œstrogènes via la recirculation entérohépatique ; l'échantillon comprenait 51 individus (25 hommes, 7 femmes ménopausées et 19 femmes non ménopausées). Les résultats soutiennent un lien entre le microbiome intestinal et le métabolisme systémique des œstrogènes. (Note : l'article est paru dans le Journal of Translational Medicine.)

[624] Zuo T, Ng SC. The gut microbiota in the pathogenesis and therapeutics of inflammatory bowel disease. Front Microbiol. 2018. Link

Cette revue décrit la dysbiose microbienne intestinale sous-jacente aux maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (IBD), incluant l'expansion des Enterobacteriaceae, et étend la caractérisation au-delà des bactéries au mycobiote, au virobiote et aux helminthes. Les virus Caudovirales ainsi que Basidiomycota, Ascomycota et Candida albicans sont augmentés dans les IBD. Les auteurs discutent des interactions alimentation–microbiote dans les IBD et du potentiel thérapeutique de la manipulation du microbiote. Cette revue fournit un cadre pour intégrer les signatures microbiennes multi-règnes au diagnostic et au traitement des IBD.

[625] Hoarau, G.; Mukherjee, P. K.; Gower-Rousseau, C.; Hager, C.; Chandra, J.; Retuerto, M. A.; Neut, C.; Vermeire, S.; Clemente, J.; Colombel, J. F.; Fujioka, H.; Poulain, D.; Sendid, B.; Ghannoum, M. A. Bacteriome and Mycobiome Interactions Underscore Microbial Dysbiosis in Familial Crohn's Disease. mBio 7(5):e01250-16. 2016. Link

Un séquençage Ion Torrent a été utilisé pour caractériser le microbiote bactérien intestinal (bactériome) et la communauté fongique (mycobiome) chez des patients atteints de maladie de Crohn et chez leurs apparentés du premier degré non malades, dans 9 familles multiplex du nord de la France et de Belgique, ainsi que chez des individus sains issus de 4 familles. Serratia marcescens et Escherichia coli étaient augmentées dans la maladie de Crohn, tandis que les bactéries bénéfiques — dont Faecalibacterium prausnitzii — étaient diminuées. L'abondance du champignon Candida tropicalis était significativement plus élevée dans la maladie de Crohn que chez les apparentés non malades (P = 0,003) et corrélait positivement avec les taux d'anticorps anti-Saccharomyces cerevisiae (ASCA) ainsi qu'avec S. marcescens et E. coli. Les trois organismes formaient in vitro des biofilms mixtes plus épais et riches en hyphes que les biofilms à une ou deux espèces, ce qui indique que les interactions microbiennes inter-règnes pourraient être des déterminants majeurs de la dysbiose dans la maladie de Crohn.

[626] Liu W, Tang H, Yang H, et al. Influence of Fluconazole Administration on Gut Microbiome, Intestinal Barrier, and Immune Response in Mice. . 2021. Link

Dans un modèle murin, l'administration de fluconazole a significativement réduit la diversité de la communauté bactérienne intestinale (alors que l'abondance relative globale variait peu), déplacé l'équilibre Firmicutes/Proteobacteria, altéré la fonction de barrière intestinale et modifié les réponses immunitaires. L'étude fournit une preuve expérimentale directe que le traitement antifongique affecte collatéralement le microbiote bactérien, et non seulement la composante fongique — ce qui appuie l'idée que les antifongiques agissent sur l'ensemble de l'écosystème intestinal.

[627] Sokol H, Leducq V, Aschard H et al. Fungal microbiota dysbiosis in IBD. Gut. 2017. Link

Cette étude a caractérisé le microbiote fécal bactérien et fongique de 235 patients atteints d'IBD et de 38 sujets sains par séquençage 16S et ITS2, en analysant la diversité et les associations cliniques par modèles linéaires multivariés. Les IBD étaient associées à un microbiote bactérien et fongique distinct de celui des témoins sains. Des taxons bactériens et fongiques spécifiques étaient corrélés à des paramètres cliniques, ce qui soutient la pertinence du mycobiote intestinal dans la pathogenèse des IBD. Ces résultats élargissent le concept de dysbiose dans les IBD au-delà des bactéries.

[628] Oh B, Boyle F, Pavlakis N, et al. Emerging Evidence of the Gut Microbiome in Chemotherapy: A Clinical Review. . 2021. Link

Revue clinique de la relation bidirectionnelle entre chimiothérapie et microbiome intestinal : les agents cytotoxiques induisent une dysbiose, des lésions de la barrière muqueuse et une inflammation, contribuant à la toxicité gastro-intestinale et aux effets indésirables.

[629] Gopalakrishnan V, Spencer CN, Nezi L et al. Gut microbiome modulates response to anti–PD-1 immunotherapy in melanoma patients. Science. 2018. Link

Cette étude a analysé les microbiotes oral et intestinal de 112 patients atteints de mélanome traités par anti-PD-1. L'analyse du microbiote fécal (n=43 ; 30 répondeurs, 13 non-répondeurs) a montré une diversité alpha (P<0,01) et une abondance de Ruminococcaceae (P<0,01) significativement plus élevées chez les répondeurs. La métagénomique a révélé un enrichissement en voies anaboliques dans le microbiote des répondeurs. Le profilage immunitaire a indiqué une immunité systémique et antitumorale renforcée chez les répondeurs, résultat répliqué chez des souris germ-free recevant des transplants fécaux de répondeurs. Ces résultats identifient une signature favorable du microbiote intestinal prédictive de la réponse aux anti-PD-1 dans le mélanome.

[630] Tropini C, Moss EL, Merrill BD et al. Transient osmotic perturbation causes long-term alteration to the gut microbiota. Cell. 2018. Link

Cette étude murine a évalué la résilience de l'écosystème intestinal à une perturbation osmotique à différentes échelles spatiales et temporelles. Le stress osmotique a, de façon reproductible, éteint des taxons très abondants et favorisé l'expansion de membres moins prévalents dans les microbiotes humain et murin. L'imagerie quantitative a montré une destruction de la barrière de mucus durant la perturbation, suivie d'une récupération. Le système immunitaire a présenté des modifications transitoires des cytokines et une réponse IgG durable dirigée contre les commensaux. L'augmentation de l'osmolalité empêchait la croissance des commensaux in vitro, révélant l'un des mécanismes d'extinction. Ces résultats caractérisent la façon dont un stress osmotique de type laxatif remodèle le microbiote intestinal et l'immunité de l'hôte.

[631] Smaill FM, Grivell RM. Antibiotic prophylaxis versus no prophylaxis for preventing infection after cesarean section. Cochrane Database Syst Rev. 2014. Link

Cette revue Cochrane actualisée a évalué l'antibioprophylaxie versus l'absence de prophylaxie lors de la césarienne, principal facteur de risque d'infection maternelle du post-partum. Les essais randomisés et quasi randomisés ont été recherchés dans le Cochrane Pregnancy and Childbirth Group's Trials Register (jusqu'au 31 juillet 2014). L'antibioprophylaxie a réduit significativement la morbidité infectieuse, incluant l'endométrite, l'infection de la plaie et l'infection urinaire. Ces résultats soutiennent l'antibioprophylaxie systématique comme pratique standard chez les femmes ayant une césarienne.

[632] Dierikx T, Berkhout D, Eck A, et al. Timing of antimicrobial prophylaxis for cesarean section is critical for gut microbiome development in term born infants. . 2022. Link

Étude prospective du développement du microbiome intestinal chez des nouveau-nés à terme nés par césarienne, en fonction du moment de l'antibioprophylaxie maternelle (avant l'incision cutanée vs après le clampage du cordon ombilical). Les auteurs ont montré que l'administration avant l'incision – qui améliore la prévention des infections du site opératoire chez la mère mais expose le fœtus à des concentrations transplacentaires d'antibiotique plus élevées – produisait une colonisation du microbiote intestinal néonatal mesurablement altérée, souvent retardée ou de moindre diversité durant les premiers jours de vie, comparativement à l'administration après clampage du cordon. Ces résultats confirment que le moment de l'antibioprophylaxie est une variable cliniquement pertinente façonnant le microbiote du nourrisson.

[633] Stokholm J, Blaser MJ, Thorsen J et al. Maturation of the gut microbiome and risk of asthma in childhood. Nat Commun. 2018. Link

Cette étude de cohorte portant sur 690 enfants a relié la composition du microbiote intestinal de la première année, évaluée par séquençage 16S rRNA, au risque ultérieur d'asthme à 5 ans. Les enfants d'un an présentant une composition microbienne immature avaient un risque accru d'asthme, mais l'association était limitée aux enfants de mères asthmatiques, suggérant qu'une stimulation microbienne insuffisante durant la première année déclenche une susceptibilité asthmatique héritée. Une maturation adéquate du microbiome intestinal semble protéger les enfants prédisposés. Ces résultats identifient la maturation précoce du microbiote comme un facteur modifiable de la prévention de l'asthme.

[634] Vieira-Silva S, Falony G, Belda E et al. Statin therapy is associated with lower prevalence of gut microbiota dysbiosis. Nature. 2020. Link

Cette étude a utilisé des métagénomes fécaux quantitatifs de la cohorte MetaCardis Body Mass Index Spectrum (n=888) pour examiner l'entérotype Bacteroides2 (Bact2) associé à l'obésité, caractérisé par une abondance élevée de Bacteroides, une faible abondance de Faecalibacterium et une faible densité cellulaire microbienne. Le traitement par statines est apparu comme une covariable clé de la diversification du microbiome. Dans la sous-cohorte sans statines, la prévalence de Bact2 passait de 3,90 % chez les sujets minces ou en surpoids à 17,73 % chez les sujets obèses. Les porteurs de Bact2 présentaient une inflammation systémique supérieure à celle prédite par la seule obésité, désignant Bact2 comme une constellation dysbiotique liée à l'obésité et à l'inflammation, les statines pouvant moduler cette association.

[635] Dias AM, Cordeiro G, Estevinho MM, et al. Gut bacterial microbiome composition and statin intake—A systematic review. . 2020. Link

Revue systématique des interactions entre statines et microbiome intestinal, regroupant études animales et humaines. Les statines exercent une activité antimicrobienne directe (principalement contre les bactéries à Gram positif, par perturbation des structures de surface bactériennes), et leur usage est associé à des modifications de la composition du microbiome intestinal ; plusieurs études rapportent un enrichissement en taxons commensaux (par exemple Lactobacillaceae) et une réduction des Enterobacteriaceae pro-inflammatoires chez des patients hypercholestérolémiques. La revue replace dans son contexte les effets pléiotropes et modulateurs du microbiote des statines.

[637] Mancin L, Wu GD, Paoli A. Gut microbiota-bile acid-skeletal muscle axis. . 2023. Link

La revue parue dans Trends in Microbiology par Mancin, Wu et Paoli (en ligne 2022, imprimé 2023) systématise l'axe microbiote intestinal-acides biliaires-muscle squelettique. Le microbiote intestinal convertit les acides biliaires primaires en acides biliaires secondaires métaboliquement actifs qui, comme ligands du récepteur farnésoïde X (FXR) et de TGR5, influencent le métabolisme, la masse et la fonction du muscle squelettique. La dysbiose (faible diversité, composition instable) altère l'homéostasie musculaire via un pool d'acides biliaires modifié. Ce cadre fournit la base conceptuelle de l'hypothèse selon laquelle les modifications des acides biliaires et du microbiote induites par les statines pourraient affecter le muscle — même si les preuves causales directes chez l'homme pour la myopathie associée aux statines font toujours défaut.

[638] Nemet I, Saha PP, Gupta N, et al. A Cardiovascular Disease-Linked Gut Microbial Metabolite Acts via Adrenergic Receptors. . 2020. Link

À l'aide d'une métabolomique non ciblée (n=1162, puis une cohorte indépendante de n=4000), les auteurs ont identifié la phénylacétylglutamine (PAGln), un métabolite issu du microbiote intestinal associé à la maladie cardiovasculaire et aux événements cardiovasculaires majeurs (infarctus du myocarde, accident vasculaire cérébral, décès). La PAGln agit par l'intermédiaire de récepteurs adrénergiques couplés aux protéines G (alpha-2A, alpha-2B et bêta-2) pour renforcer l'activation plaquettaire et le potentiel thrombotique ; le bêta-bloquant carvédilol bloque cet effet et inverse les critères d'évaluation induits par la PAGln dans des modèles animaux. Cela établit un pont mécanistique direct entre la signalisation bêta-adrénergique, le microbiote intestinal et l'action des bêta-bloquants.

[639] Freestone PPE, Sandrini SM, Haigh RD, Lyte M. Microbial endocrinology: how stress influences susceptibility to infection. Trends Microbiol. 2008. Link

Cette revue introduit l'endocrinologie microbienne, à l'intersection de la microbiologie avec l'endocrinologie et la neurophysiologie des mammifères, en démontrant que les micro-organismes ont évolué pour utiliser des neurohormones largement distribuées comme signaux environnementaux de croissance et de pathogenèse. La revue documente que la réactivité aux hormones humaines du stress est largement répandue dans le monde microbien, fournissant un cadre mécanistique aux variations de susceptibilité aux maladies infectieuses induites par le stress. Ces éléments établissent l'endocrinologie microbienne comme une approche opérante pour comprendre les interactions stress–infection.

[640] Sandek A, Bauditz J, Swidsinski A et al. Altered intestinal function in patients with chronic heart failure. J Am Coll Cardiol. 2007. Link

Cette étude cas-témoins a évalué la morphologie et la fonction intestinales chez 22 patients en insuffisance cardiaque chronique (CHF) (FEVG 31+/-1 %, NYHA 2,3+/-0,1, VO2 pic 15,0+/-1,0 ml/kg/min) versus 22 témoins. Les patients CHF présentaient une paroi intestinale significativement épaissie (iléon terminal 1,48+/-0,16 vs 1,04+/-0,08 mm ; côlon descendant 2,59+/-0,18 vs 1,43+/-0,13 mm ; sigmoïde 2,97+/-0,27 vs 1,64+/-0,14 mm ; tous p<0,01), avec une perméabilité accrue de l'intestin grêle et du côlon et un biofilm bactérien muqueux modifié. Ces résultats soutiennent le rôle du dysfonctionnement de la barrière intestinale et de la translocation bactérienne comme moteurs de l'inflammation associée à la CHF.

[641] Pimentel M, Saad RJ, Long MD, Rao SSC. ACG Clinical Guideline: Small Intestinal Bacterial Overgrowth. Am J Gastroenterol. 2020. Link

Cette recommandation clinique évalue le diagnostic et le traitement de la pullulation bactérienne de l'intestin grêle (SIBO), définie comme un excès de bactéries dans l'intestin grêle provoquant des symptômes digestifs. Les recommandations fondées sur les preuves ont été élaborées selon le processus GRADE, avec consensus d'experts lorsque la gradation formelle n'était pas réalisable. Le document définit les méthodes diagnostiques optimales, dont les tests respiratoires et la culture d'aspirat de l'intestin grêle, et passe en revue les options thérapeutiques antibiotiques et adjuvantes. Il fournit un cadre pratique pour la décision clinique en cas de suspicion de SIBO.

[642] Arimatsu K, Yamada H, Miyazawa H, Minagawa T, Nakajima M, Ryder MI, Gotoh K, Motooka D, Nakamura S, Iida T, Yamazaki K. Oral pathobiont induces systemic inflammation and metabolic changes associated with alteration of gut microbiota. Scientific Reports. 2014. Link

Porphyromonas gingivalis, pathogène clé de la parodontite, a été administré par voie orale à des souris C57BL/6N deux fois par semaine pendant cinq semaines et a modifié la composition du microbiote intestinal, principalement en déplaçant le rapport Bacteroidetes/Firmicutes dans l'iléon. Parallèlement à ce déplacement microbien, la fonction de barrière intestinale s'est détériorée (expression réduite des protéines de jonction serrée), l'endotoxine circulante a augmenté et une inflammation systémique de bas grade, une insulinorésistance et des altérations métaboliques de type stéatose hépatique se sont développées. L'étude a fourni la première preuve directe qu'un pathobionte oral dégluti déclenche des conséquences métaboliques systémiques en atteignant l'intestin, et non uniquement par le biais de l'inflammation parodontale. Limite principale : données uniquement murines, sans équivalent humain.

[643] Hajishengallis G, Lamont RJ. Dancing with the stars: how choreographed bacterial interactions dictate nososymbiocity and give rise to keystone pathogens, accessory pathogens, and pathobionts. Trends Microbiol. 2016. Link

Cette revue introduit le concept de nososymbiocité : une maladie résultant de communautés polymicrobiennes d'organismes indigènes perturbant l'homéostasie des surfaces muqueuses. Les auteurs décrivent des désignations fonctionnelles le long du spectre commensal–pathogène, incluant les pathogènes accessoires qui favorisent la colonisation par les pathogènes, les pathogènes clés de voûte ou alpha-bugs qui exercent une influence disproportionnée à faible abondance, et les pathobiontes qui exploitent une homéostasie perturbée. Ces éléments fournissent un cadre pour comprendre les synergies polymicrobiennes dans les maladies muqueuses inflammatoires chroniques.

[644] Lemos JA, et al. (J Bacteriol retrospective). A Streptococcus mutans retrospective: from oral pathogen to bacterial paradigm. . 2026. Link

Rétrospective historique sur la recherche consacrée à Streptococcus mutans. Elle rappelle que J. Kilian Clarke a isolé en 1924, à partir de lésions carieuses, une bactérie fortement acidogène qu'il a nommée « mutans » en raison des formes cellulaires irrégulières et ovales observées au microscope (qu'il croyait être des formes mutantes de streptocoques), et qu'il a pu provoquer des caries dentaires in vitro avec elle — preuve précoce que S. mutans est une cause majeure de la carie dentaire. La source étaye donc de manière fiable l'attribution de la découverte à 1924 avancée dans le chapitre.

[645] Uzel NG, Teles FR, Teles RP, et al. Microbial shifts during dental biofilm re-development in the absence of oral hygiene in periodontal health and disease. . 2011. Link

Étude clinique prospective : après un nettoyage professionnel et en l'absence d'hygiène bucco-dentaire, le biofilm de plaque supra- et sous-gingivale se reconstitue selon une succession microbienne ordonnée (des commensaux précoces aux anaérobies tardifs en 1-7 jours), documentant la succession écologique de la maturation du biofilm.

[646] Marsh PD. Dental plaque as a biofilm and a microbial community – implications for health and disease. . 2006. Link

La revue de Marsh caractérise la plaque dentaire comme un biofilm organisé sur les plans structurel et fonctionnel, qui se forme par une succession ordonnée et qui, en situation de santé, maintient une composition stable dominée par les commensaux (homéostasie microbienne). Les modifications environnementales (chute du pH liée à la fermentation des glucides, médiateurs inflammatoires de l'hôte) rompent cet équilibre et orientent la communauté vers un état dysbiotique enrichi en pathobiontes — c'est l'hypothèse écologique de la plaque, sous-jacente à la carie, à la gingivite et à la parodontite.

[647] Lundberg JO, Weitzberg E, Gladwin MT. The nitrate–nitrite–nitric oxide pathway in physiology and therapeutics. Nat Rev Drug Discov. 2008. Link

Cette revue met en avant la voie nitrate–nitrite–monoxyde d'azote (NO) comme source alternative majeure de NO, complémentaire de la voie L-arginine–NO synthase, en particulier en hypoxie. Le nitrate et le nitrite inorganiques, auparavant considérés comme des produits terminaux inertes, sont recyclés in vivo en NO, avec des fonctions biologiques dans la vasodilatation, la signalisation mitochondriale et la cytoprotection. Le potentiel thérapeutique du nitrate et du nitrite est discuté pour l'infarctus du myocarde, l'accident vasculaire cérébral, l'hypertension systémique et pulmonaire et l'ulcération gastrique. Ces éléments reconsidèrent le nitrate alimentaire comme régulateur cardioprotecteur et métabolique.

[648] Dewhirst FE, Chen T, Izard J et al. The human oral microbiome. J Bacteriol. 2010. Link

Cette étude a établi la Human Oral Microbiome Database (HOMD, www.homd.org), base de données 16S rRNA du microbiote buccal, curée et fondée sur la phylogénie. La HOMD répertorie 619 taxons buccaux répartis en 13 phyla, dont Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Fusobacteria, Proteobacteria, Spirochaetes, SR1, Synergistetes, Tenericutes et TM7. Cette ressource permet l'ancrage taxonomique systématique de taxons jusqu'alors non nommés et référencés uniquement par des numéros de clone ou de GenBank, ce qui soutient une recherche reproductible sur le microbiome buccal.

[649] Tonetti MS, Van Dyke TE, and working group 1 of the joint EFP/AAP workshop. Periodontitis and atherosclerotic cardiovascular disease: consensus report of the Joint EFP/AAP Workshop. J Clin Periodontol. 2013. Link

Ce rapport de consensus évalue l'association entre la parodontite et la maladie cardiovasculaire athéroscléreuse (ACVD), en appréciant la plausibilité biologique, l'épidémiologie et les données d'essais interventionnels. La parodontite permet l'entrée de bactéries dans la circulation sanguine, activant une inflammation systémique qui favorise la formation, la maturation et l'aggravation de l'athérome. Ces éléments soutiennent la parodontite comme contributeur modifiable au risque d'ACVD et recommandent l'intégration du dépistage parodontal dans les stratégies de prévention cardiovasculaire.

[650] Pavlic V, Peric D, Stosovic Kalezic I, Madi M, Bhat SG, Brkic Z, Staletovic D. Identification of Periopathogens in Atheromatous Plaques Obtained from Carotid and Coronary Arteries. . 2021. Link

Étude clinique utilisant la PCR pour détecter des pathogènes parodontaux – Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia, Treponema denticola, Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Prevotella intermedia – dans des plaques athéroscléreuses (athéromes) issues des artères carotides et coronaires de patients opérés d'une endartériectomie carotidienne ou d'un pontage aorto-coronarien. Ces résultats documentent directement la translocation de pathogènes oraux depuis la cavité buccale vers un tissu vasculaire distant, appuyant le lien microbien entre parodontite et inflammation systémique/athérosclérose.

[651] Stein MM, Hrusch CL, Gozdz J et al. Innate immunity and asthma risk in Amish and Hutterite farm children. N Engl J Med. 2016. Link

Cette étude comparative Amish–Huttérites a examiné 60 enfants issus de populations américaines culturellement similaires mais aux pratiques agricoles divergentes, les Amish pratiquant une agriculture traditionnelle et les Huttérites une agriculture industrielle. Les prévalences de l'asthme et de la sensibilisation allergique étaient respectivement 4 fois et 6 fois plus faibles chez les enfants amish. Les taux médians d'endotoxine dans la poussière des maisons amish étaient 6,8 fois plus élevés que dans la poussière huttérite. Des modèles murins ont montré que les extraits de poussière amish inhibaient l'inflammation allergique des voies aériennes. Ces résultats relient causalement les expositions microbiennes issues de l'agriculture traditionnelle à une programmation immunitaire protectrice contre l'asthme.

[652] Strachan, D. P. Hay fever, hygiene, and household size. BMJ. 1989. Link

L'article de Strachan paru dans le BMJ en 1989 a introduit l'hypothèse hygiéniste. En analysant les données de plus de 17 000 enfants britanniques de la National Child Development Study, Strachan a observé que la prévalence du rhume des foins et de l'eczéma diminuait avec le nombre croissant de frères et sœurs aînés et avec la taille du foyer. Il a proposé que l'exposition aux infections dans la petite enfance, transmises par des contacts peu hygiéniques avec les aînés, protège contre le développement ultérieur de maladies allergiques. L'article a posé les bases des hypothèses immunologiques des « vieux amis » et de la diversité microbienne dans l'allergie et l'auto-immunité. Il demeure l'un des travaux les plus influents de l'épidémiologie environnementale et immunologique moderne.

[653] Rook, G. A. Regulation of the immune system by biodiversity from the natural environment. Proc Natl Acad Sci USA. 2013. Link

Cette revue résume les données indiquant que la proximité des environnements naturels est associée à une mortalité, une maladie cardiovasculaire et une morbidité psychiatrique réduites. Les auteurs soulignent que l'augmentation des maladies chroniques dans les pays à revenu élevé est associée à une immunorégulation défaillante et à une inflammation persistante de bas grade, en partie attribuable à la perte d'exposition aux micro-organismes « Old Friends » co-adaptés au cours de l'évolution. L'hypothèse relie les environnements riches en biodiversité à un entraînement immunorégulateur protecteur contre les maladies inflammatoires chroniques. Ces éléments reconsidèrent l'exposition aux espaces verts comme une intervention immunologique et non purement psychologique.

[654] Lynch SV, Wood RA, Boushey H et al. Effects of early-life exposure to allergens and bacteria on recurrent wheeze and atopy in urban children. J Allergy Clin Immunol. 2014. Link

Cette cohorte de naissance Urban Environment and Childhood Asthma (n=560) a examiné les facteurs environnementaux urbains associés aux sifflements récurrents chez des nourrissons à haut risque à Baltimore, Boston, New York et St Louis, avec une étude cas-témoins nichée (n=104) portant sur le contenu bactérien des poussières domestiques de la première année. L'exposition cumulée aux allergènes sur 3 ans était associée à une sensibilisation allergique, laquelle prédisait des sifflements récurrents à l'âge de 3 ans. Ces résultats mettent en évidence le moment de l'exposition allergénique et la composition microbienne des poussières comme contributeurs modifiables au développement de l'asthme de l'enfant.

[655] Nakatsuji T, Chen TH, Narala S et al. Antimicrobials from human skin commensal bacteria protect against Staphylococcus aureus and are deficient in atopic dermatitis. Sci Transl Med. 2017. Link

Cette étude de criblage a testé si les bactéries commensales de la peau humaine contribuent à la défense contre Staphylococcus aureus dans la dermatite atopique (DA). Les souches de Staphylococcus à coagulase négative (CoNS) douées d'une activité anti-S. aureus étaient fréquentes chez les donneurs sains mais rares chez les sujets atteints de DA, et corrélaient inversement avec la colonisation par S. aureus. Cette activité était due à des peptides antimicrobiens jusqu'alors inconnus de Staphylococcus epidermidis et S. hominis, spécifiques de souche et agissant en synergie avec la LL-37 humaine. Appliquées à la souris, ces souches de CoNS conféraient une protection in vivo. Ces résultats identifient une stratégie thérapeutique fondée sur le microbiote dans la DA.

[656] Grice EA, Segre JA. The skin microbiome. Nat Rev Microbiol. 2011. Link

Cette revue décrit la diversité et la variabilité du microbiome cutané humain selon la topographie corporelle, les facteurs de l'hôte et les expositions environnementales. Les réponses immunitaires innées et adaptatives de la peau modulent le microbiote cutané, qui à son tour éduque le système immunitaire. La caractérisation moléculaire révèle des communautés bactériennes cutanées très diverses et dynamiques. Comprendre le microbiome cutané est essentiel pour faire progresser les stratégies thérapeutiques pro- et antimicrobiennes dans les affections dermatologiques. Ces données positionnent le microbiome cutané à la fois comme cible et comme effecteur dans la prise en charge des maladies de peau.

[657] Two AM, Nakatsuji T, Kotol PF, Arvanitidou E, Du-Thumm L, Hata TR, Gallo RL. The Cutaneous Microbiome and Aspects of Skin Antimicrobial Defense System Resist Acute Treatment with Topical Skin Cleansers. . 2016. Link

L'étude a lavé les avant-bras de volontaires sains avec des nettoyants cutanés courants et mesuré l'effet à court terme sur le peptide antimicrobien LL-37 ainsi que sur l'abondance et la diversité de la communauté bactérienne. Malgré une diminution transitoire de LL-37, la composition du microbiome cutané n'a pas été significativement modifiée : la communauté cutanée s'est révélée résiliente au traitement nettoyant aigu et s'est rétablie rapidement. Cela appuie l'idée que la recolonisation à partir des réservoirs cutanés protégés (follicules, plis) restaure le microbiote en peu de temps.

[658] Dominguez-Bello MG, De Jesus-Laboy KM, Shen N et al. Partial restoration of the microbiota of cesarean-born infants via vaginal microbial transfer. Nat Med. 2016. Link

Cette étude pilote a exposé des nouveau-nés issus de césarienne aux sécrétions vaginales maternelles à la naissance afin de restaurer partiellement le microbiote transmis par voie vaginale. Durant les 30 premiers jours de vie, les communautés bactériennes intestinales, orales et cutanées des nouveau-nés exposés étaient enrichies en bactéries vaginales habituellement sous-représentées chez les nouveau-nés par césarienne non exposés, avec une similitude plus marquée avec les nouveau-nés par voie basse pour les prélèvements oraux et cutanés que pour les prélèvements anaux. Les conséquences sanitaires à long terme restent inconnues, mais ces résultats démontrent la faisabilité de l'ensemencement vaginal à la naissance.

[659] von Mutius E, Vercelli D. Farm living: effects on childhood asthma and allergy. Nat Rev Immunol. 2010. Link

Cette revue résume des données épidémiologiques cohérentes montrant qu'une enfance passée dans une ferme traditionnelle protège de l'asthme, du rhume des foins et de la sensibilisation allergique. Le contact précoce avec le bétail et les fourrages, ainsi que la consommation de lait de vache non transformé, sont identifiés comme les expositions protectrices les plus efficaces. Les études mécanistiques pointent vers l'activation et la modulation des réponses immunitaires innées et adaptatives par une exposition microbienne intense, incluant des signaux xénogéniques reçus en période prénatale ou peu après la naissance. Ces résultats soutiennent les expositions microbiennes d'origine agricole comme base de stratégies de prévention de l'allergie.

[660] Fujimura KE, Demoor T, Rauch M, Faruqi AA, Jang S, Johnson CC, Boushey HA, Zoratti E, Ownby D, Lukacs NW, Lynch SV. House dust exposure mediates gut microbiome Lactobacillus enrichment and airway immune defense against allergens and virus infection. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014. Link

Dans un modèle murin, l'exposition à la poussière domestique associée aux chiens a protégé contre la pathologie des voies aériennes médiée par l'ovalbumine ou par un allergène de blatte : les animaux protégés présentaient une réduction significative du nombre total de lymphocytes T des voies aériennes, une diminution des réponses respiratoires de type Th2 et une sécrétion de mucine réduite. Après exposition à la poussière associée aux chiens, le microbiome caecal des animaux protégés était largement restructuré, avec un enrichissement significatif en Lactobacillus johnsonii. La supplémentation d'animaux de type sauvage avec L. johnsonii seul les a protégés contre la provocation allergénique des voies aériennes et contre l'infection par le virus respiratoire syncytial (VRS). Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111(2):805–810. Expérience murine ; l'équivalent humain est l'association épidémiologique entre la possession d'un chien et l'allergie de l'enfant.

[661] Azad MB, Konya T, Maughan H et al. Infant gut microbiota and the hygiene hypothesis of allergic disease: impact of household pets and siblings. Allergy, Asthma & Clinical Immunology. 2013. Link

L'article d'Azad et collaborateurs paru dans le CMAJ en 2013 étudie le microbiote intestinal du nourrisson et l'hypothèse hygiéniste des maladies allergiques, en se concentrant sur les animaux domestiques et la fratrie. En analysant par séquençage du gène 16S rRNA les selles de 24 nourrissons sains de 4 mois de la cohorte canadienne CHILD, les auteurs constatent que l'exposition domestique aux animaux de compagnie — en particulier aux chiens — et aux frères et sœurs aînés est associée à une richesse et une diversité bactériennes accrues. Des augmentations spécifiques de Peptostreptococcaceae et des diminutions de Bifidobacteriaceae ont été observées. Ces résultats apportent une plausibilité mécanistique médiée par le microbiote à l'hypothèse hygiéniste de Strachan et ont éclairé les études ultérieures sur la protection allergique « ferme et animaux de compagnie ».

[662] Grönroos M, Parajuli A, Laitinen OH et al. Short-term direct contact with soil and plant materials leads to an immediate increase in diversity of skin microbiota. MicrobiologyOpen. 2019. Link

Étude expérimentale d'exposition chez l'humain visant à déterminer si un contact direct de courte durée avec des matériaux d'origine naturelle microbiologiquement diversifiés modifie immédiatement la communauté bactérienne cutanée. Les mains des participants ont été exposées pendant une durée définie à de la terre horticole, de la tourbe ou du matériel végétal, et les échantillons cutanés ont été analysés par séquençage de nouvelle génération. L'exposition a augmenté, au moins transitoirement, la diversité totale du microbiote cutané ainsi que la diversité de plusieurs groupes bactériens (Acidobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Proteobacteria). L'étude s'est limitée à la peau : le microbiote intestinal n'a pas été mesuré et aucun critère immunologique n'a été évalué, de sorte qu'elle n'apporte aucune preuve directe d'un tonus immunitaire anti-inflammatoire ; la durabilité de l'effet n'a pas non plus fait l'objet d'un suivi à long terme.

[663] Roslund MI, Puhakka R, Gronroos M, et al. Biodiversity intervention enhances immune regulation and health-associated commensal microbiota among daycare children. . 2020. Link

Intervention randomisée en crèche : l'enrichissement de la cour de jeu par des éléments de sol et de végétation biodiversifiés pendant 28 jours a diversifié le microbiote cutané des enfants, augmenté le TGF-bêta1 plasmatique et la proportion de lymphocytes T régulateurs, et amélioré le rapport IL-10:IL-17A — preuve humaine directe que l'exposition microbienne environnementale/tellurique renforce les voies immunorégulatrices (Treg).

[664] Pittet D, Hugonnet S, Harbarth S et al. Effectiveness of a hospital-wide programme to improve compliance with hand hygiene. Lancet. 2000. Link

L'étude de Pittet et collaborateurs parue dans le Lancet en 2000 est l'essai d'intervention avant-après de référence portant sur un programme d'hygiène des mains à l'échelle de l'ensemble des Hôpitaux universitaires de Genève. Sur cinq ans, le programme — fondé sur la friction hydro-alcoolique au point de soin, la formation et le retour d'information — a fait passer l'observance de 48 % à 66 %, a réduit de moitié la transmission de Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) et a diminué de 40 % les infections nosocomiales globales. L'essai a établi la friction hydro-alcoolique comme pierre angulaire de la prévention des infections associées aux soins et a façonné la campagne Clean Care is Safer Care de l'OMS. Il reste la référence la plus citée sur les données de mise en œuvre de l'hygiène des mains.

[665] Yang H, Wang W, Romano KA, et al. A common antimicrobial additive increases colonic inflammation and colitis-associated colon tumorigenesis in mice. . 2018. Link

Étude expérimentale murine montrant qu'une exposition de courte durée et à dose relativement faible au triclosan provoque une inflammation colique de bas grade, aggrave la colite et favorise la tumorigenèse colique associée à la colite chez la souris. Le triclosan a modifié le microbiote intestinal (avec notamment une diminution des espèces de Bifidobacterium), et l'effet pro-inflammatoire était atténué chez les souris axéniques et passait par la signalisation TLR4 – indiquant un effet dépendant du microbiote. Il s'agit d'un modèle animal, non d'une exposition humaine habituelle en conditions réelles.

[666] FDA. Safety and Effectiveness of Consumer Antiseptics; Topical Antimicrobial Drug Products for Over-the-Counter Human Use. Final Rule. 2016. (IXI-7). 2016. Link

La Final Rule de la FDA de 2016 « Safety and Effectiveness of Consumer Antiseptics ; Topical Antimicrobial Drug Products for Over-the-Counter Human Use » a interdit 19 principes actifs dans les produits antiseptiques lavants grand public en vente libre, notamment le triclosan et le triclocarban, au motif que les fabricants n'avaient pas démontré qu'ils étaient à la fois sûrs pour un usage quotidien prolongé et plus efficaces que le savon ordinaire et l'eau pour prévenir les maladies. La règle invoquait des préoccupations de perturbation endocrinienne, de résistance antimicrobienne et d'écotoxicité. Les fabricants ont été tenus de retirer ces ingrédients des produits lavants grand public. Cette règle a remodelé le marché des produits antimicrobiens domestiques et constitue une référence clé en matière de microbiome environnemental et de politique de bon usage des antimicrobiens.

[667] Sanidad KZ, Xiao H, Zhang G, et al. Triclosan has a robust, yet reversible impact on human gut microbial composition in vitro. . 2020. Link

Dans un modèle in vitro du microbiome intestinal humain, le triclosan a modifié de façon robuste la communauté microbienne : il a réduit la taille de la population, la diversité et la production de métabolites, en supprimant sélectivement certains taxons commensaux. L'effet était largement réversible après une période de récupération de deux semaines. L'étude fournit une preuve mécanistique directe de l'effet perturbateur du triclosan sur le microbiote ; son potentiel de sélection de résistances aux antibiotiques est étayé par des études d'exposition distinctes (murines et environnementales).

[668] Hesselmar B, Hicke-Roberts A, Wennergren G. Allergy in children in hand versus machine dishwashing. Pediatrics. 2015. Link

Cette étude suédoise par questionnaire portant sur 1029 enfants âgés de 7-8 ans a testé si les facteurs de mode de vie augmentant l'exposition microbienne sont associés à une moindre prévalence de l'allergie, comme le prédit l'hypothèse hygiéniste. La vaisselle à la main était associée à une réduction significative du risque de maladie allergique par rapport au lave-vaisselle (OR multivarié 0,57 ; IC à 95 % 0,37-0,85). L'association protectrice s'étendait à la consommation d'aliments fermentés ou achetés à la ferme. Ces résultats indiquent que les pratiques domestiques favorisant l'exposition microbienne réduisent les maladies allergiques de l'enfant.

[669] Mazmanian SK, Liu CH, Tzianabos AO, Kasper DL. An immunomodulatory molecule of symbiotic bacteria directs maturation of the host immune system. Cell. 2005. Link

Étude fondatrice (Mazmanian et al., Cell 2005) démontrant que, lors de la colonisation par la bactérie intestinale ubiquitaire Bacteroides fragilis, un polysaccharide bactérien (PSA, polysaccharide A) dirige la maturation cellulaire et physique du système immunitaire en développement. Ce travail a établi qu'une molécule spécifique d'une bactérie intestinale symbiotique peut diriger le développement du système immunitaire de l'hôte (par exemple en corrigeant l'équilibre des lymphocytes T chez la souris axénique).

[670] Callewaert C, De Maeseneire E, Kerckhof FM, Verliefde A, Van de Wiele T, Boon N. Microbial odor profile of polyester and cotton clothes after a fitness session. Appl Environ Microbiol. 2014. Link

Cette étude a comparé la croissance microbienne et le développement des odeurs entre des textiles vestimentaires en coton et synthétiques. Des tee-shirts ont été recueillis auprès de 26 personnes en bonne santé après un exercice intensif de cyclisme, puis incubés pendant 28 heures. Un panel olfactif entraîné a mis en évidence des différences significatives entre le polyester et le coton : les tee-shirts en polyester sentaient de façon significativement moins agréable et plus intense que le coton pour cinq caractéristiques olfactives. Ces résultats relient la composition des textiles à la croissance microbienne et au développement de l'odeur corporelle, avec des implications pour le choix des tissus lors de l'exercice.

[671] McQueen RH, Laing RM, Brooks HJL, Niven BE. Odor Intensity in Apparel Fabrics and the Link with Bacterial Populations. . 2007. Link

McQueen et ses collègues (Textile Research Journal, 2007) ont examiné la rétention d'odeur axillaire après port dans neuf tissus vestimentaires différant par la fibre (coton, laine, polyester) et la structure du tricot, tout en dénombrant les bactéries aérobies totales et les corynébactéries sur les tissus. L'intensité de l'odeur était fortement associée au type de fibre : le polyester obtenait des scores élevés, le coton et la laine des scores moyens à faibles. La différence d'odeur s'expliquait non par le nombre absolu de bactéries, mais par les propriétés des fibres (les fibres naturelles hydrophiles fixent moins les composés odorants d'origine lipidique). Ce travail fournit un fondement empirique à l'affirmation selon laquelle la laine (dont le mérinos) présente un profil distinct — moins odorant et microbiologiquement différent — par rapport au coton et aux tissus synthétiques.

[672] Katz PO, Gerson LB, Vela MF. Guidelines for the diagnosis and management of gastroesophageal reflux disease. Am J Gastroenterol. 2013. Link

Les recommandations de pratique clinique de Katz, Gerson et Vela publiées en 2013 dans l'American Journal of Gastroenterology sur le diagnostic et la prise en charge du reflux gastro-œsophagien (RGO) fournissent des recommandations graduées selon le niveau de preuve pour l'American College of Gastroenterology. Elles couvrent le diagnostic fondé sur les symptômes, la place d'un traitement d'épreuve empirique par IPP, les indications de l'endoscopie et de la pH-métrie ambulatoire, la prise en charge pharmacologique (IPP, anti-H2), les traitements anti-reflux chirurgicaux et endoscopiques, ainsi que la prise en charge des symptômes réfractaires et extra-œsophagiens. Les recommandations insistent sur une prise en charge par paliers, la déprescription des IPP lorsqu'elle est possible et l'évaluation du rapport bénéfice-risque d'une suppression acide au long cours. Elles restent une référence clé dans la prise en charge du RGO et sont fréquemment citées dans les discussions sur les interactions IPP-microbiome.

[673] Lax S, Smith DP, Hampton-Marcell J et al. Longitudinal analysis of microbial interaction between humans and the indoor environment. Science. 2014. Link

Cette étude de 6 semaines portant sur sept familles et leurs domiciles (dont trois ayant déménagé) a montré que les communautés microbiennes diffèrent sensiblement d'un logement à l'autre, le microbiome du domicile provenant en grande partie des occupants humains. Le microbiote de chaque logement était identifiable par famille. L'analyse de réseau a identifié l'humain comme principal vecteur bactérien, et une méthode bayésienne a permis d'apparier significativement les individus à leur logement. Des génomes ébauchés de pathogènes potentiels prélevés sur un plan de travail de cuisine ont pu être appariés aux mains des occupants. Ces résultats caractérisent l'environnement bâti comme une extension microbienne d'origine humaine.

[674] Gilbert JA, Stephens B. Microbiology of the built environment. Nat Rev Microbiol. 2018. Link

Cette revue présente le champ de la microbiologie de l'environnement bâti, couvrant l'écologie, l'adaptation et l'évolution microbiennes dans les logements, les lieux de travail, les écoles et les véhicules. Les micro-organismes se trouvent dans l'air, sur les surfaces et sur les matériaux de construction, principalement dispersés par les humains, les animaux et les sources extérieures. Les communautés microbiennes de l'environnement bâti et leurs métabolites peuvent à la fois causer ou aggraver et atténuer les maladies humaines. Ces données éclairent le choix des matériaux de construction et désignent l'environnement bâti comme un déterminant modifiable de l'exposition microbienne et de la santé humaines.

[675] Vangay P, Johnson AJ, Ward TL et al. US immigration westernizes the human gut microbiome. Cell. 2018. Link

Cette étude a recueilli des selles, des rappels alimentaires et des mesures anthropométriques auprès de 514 immigrés Hmong et Karen de première et deuxième génération aux États-Unis, de 19 personnes Karen échantillonnées avant et après l'immigration, et de 36 Américains d'origine européenne nés aux États-Unis. Le séquençage 16S et métagénomique shotgun a montré que la migration vers les États-Unis est associée à une perte immédiate de diversité et de fonctions du microbiome intestinal, les souches et fonctions associées aux États-Unis remplaçant celles d'origine. Les effets augmentaient avec la durée de résidence aux États-Unis et étaient aggravés par l'obésité et au fil des générations. Ces résultats documentent l'occidentalisation microbienne comme une conséquence mesurable de l'immigration.

[676] Smits SA, Leach J, Sonnenburg ED et al. Seasonal cycling in the gut microbiome of the Hadza hunter-gatherers of Tanzania. Science. 2017. Link

Cette étude a analysé 350 échantillons de selles longitudinaux provenant de chasseurs-cueilleurs Hadza de Tanzanie sur plus d'un an. Les données ont révélé une reconfiguration cyclique annuelle du microbiome intestinal, avec des taxons devenant indétectables selon la saison puis réapparaissant. La comparaison avec 18 populations réparties dans 16 pays a montré que la composition de la communauté intestinale suit le degré de modernisation, et que les taxons Hadza les plus volatils selon les saisons sont ceux-là mêmes qui différencient les populations industrialisées des populations traditionnelles. Ces résultats documentent la perte de lignées microbiennes dynamiques dans les populations modernisées comme conséquence probable du mode de vie occidentalisé.

[677] Bikle, D. D. Vitamin D metabolism, mechanism of action, and clinical applications. Chem Biol. 2014. Link

Cette revue décrit la synthèse, le métabolisme et la signalisation de la vitamine D. La vitamine D3 est synthétisée dans la peau à partir du 7-déhydrocholestérol sous l'effet des UVB, la vitamine D2 à partir de l'ergostérol végétal ; toutes deux sont métabolisées en 25-hydroxyvitamine D (25OHD, par CYP2R1) puis en 1,25-dihydroxyvitamine D (1,25(OH)2D, par CYP27B1), et catabolisées par CYP24A1. La 1,25(OH)2D agit via le récepteur de la vitamine D au niveau des éléments de réponse à la vitamine D (VDRE), régulant des centaines de gènes de manière spécifique du type cellulaire. Ces données fournissent le cadre permettant de comprendre les effets pléiotropes de la vitamine D.

[678] Cantorna MT, Snyder L, Lin YD, Yang L. Vitamin D and 1,25(OH)2D regulation of T cells. Nutrients. 2015. Link

Cette revue, accompagnée de données primaires inédites, résume la régulation directe et indirecte des lymphocytes T par la vitamine D, y compris ses effets sur les cellules T natural killer invariantes (iNKT) humaines. In vivo, la 1,25(OH)2D inhibe la prolifération des lymphocytes T, l'IFN-gamma et l'IL-17, et induit l'IL-4, son efficacité nécessitant les cellules NKT, l'IL-10, l'IL-10R et l'IL-4. Dans les lymphocytes T murins et humains, la 1,25(OH)2D inhibe l'IL-17 et l'IFN-gamma, induit des lymphocytes T régulateurs et l'IL-4, et induit l'IL-4 dans les cellules iNKT. Ces résultats détaillent le rôle mécanistique de la vitamine D dans la régulation immunitaire médiée par les lymphocytes T.

[679] Bosman ES, Albert AY, Lui H, Vallance BA, Jacobson K. Skin Exposure to Narrow Band Ultraviolet (UVB) Light Modulates the Human Intestinal Microbiome. Front Microbiol. 2019. Link

Cette étude pilote clinique menée chez 21 femmes en bonne santé a testé si l'exposition cutanée aux ultraviolets B à bande étroite (NB-UVB) module le microbiome intestinal humain parallèlement au statut en vitamine D. Les participantes étaient stratifiées selon une supplémentation hivernale antérieure en vitamine D (VDS+ vs VDS-). Les NB-UVB ont augmenté la 25OHD sérique et modifié la composition du microbiote intestinal, avec des effets modulés par le statut initial en vitamine D. Ces résultats apportent des données humaines préliminaires en faveur d'un axe peau-intestin par lequel la synthèse de vitamine D induite par les UVB influence la composition du microbiote intestinal.

[680] Jin, D.; Wu, S.; Zhang, Y.-G.; Lu, R.; Xia, Y.; Dong, H.; Sun, J. Lack of Vitamin D Receptor Causes Dysbiosis and Changes the Functions of the Murine Intestinal Microbiome. Clinical Therapeutics 37(5):996–1009.e7. 2015. Link

Cette étude a comparé, par séquençage métagénomique, les microbiomes caecal et fécal de souris déficientes en récepteur de la vitamine D (Vdr-/-) et de souris de type sauvage, afin de préciser le rôle du VDR dans la régulation de la composition et de la fonction du microbiome intestinal. Chez les souris Vdr-/-, Lactobacillus était appauvri dans les selles tandis que Clostridium et Bacteroides étaient enrichis ; dans le contenu caecal, Alistipes et Odoribacter étaient appauvris et Eggerthella enrichie. Par rapport au type sauvage, 40 modules fonctionnels (26 enrichis, 14 appauvris) dans le microbiome caecal et 72 (41 enrichis, 31 appauvris) dans le microbiome fécal étaient significativement modifiés, touchant la synthèse et le métabolisme des acides aminés, des glucides et des acides gras, la détoxification et la signalisation des récepteurs de type NOD. Le VDR façonne donc, du côté de l'hôte, à la fois la composition et les fonctions métaboliques du microbiome intestinal.

[681] Akimbekov NS, Digel I, Sherelkhan DK, Lutfor AB, Razzaque MS. Vitamin D and the Host-Gut Microbiome: A Brief Overview. Acta Histochem Cytochem. 2020. Link

Cette revue résume les données reliant la vitamine D et le récepteur de la vitamine D (VDR) à l'intégrité de la barrière intestinale, à l'immunité muqueuse et à la composition du microbiome intestinal. La vitamine D module la fonction du microbiome intestinal, contrôle l'expression des peptides antimicrobiens et protège la barrière épithéliale de la muqueuse intestinale. Ces données soutiennent le rôle de la vitamine D comme régulateur de l'homéostasie intestinale, avec une pertinence pour les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin et l'inflammation intestinale plus largement. Le statut en vitamine D apparaît comme un facteur modifiable dans la prévention et le traitement adjuvant des IBD.

[682] Voigt RM, Forsyth CB, Green SJ et al. Circadian disorganization alters intestinal microbiota. PLoS One. 2014. Link

Cette étude murine a testé si une perturbation circadienne chronique modifie le microbiome intestinal et comment l'alimentation module cet effet. Des souris mâles C57BL/6J ont subi des inversions hebdomadaires de phase du cycle lumière/obscurité, sous régime standard ou sous régime riche en graisses et en sucres (HFHS). Les inversions de phase seules n'ont pas modifié le microbiote chez les souris sous régime standard, mais associées au régime HFHS elles ont significativement altéré la composition du microbiote. Ces résultats indiquent que l'alimentation et la perturbation circadienne interagissent pour produire une dysbiose, fournissant une base mécanistique aux maladies associées au travail posté, au décalage horaire et au jet lag social.

[683] Patra V, Byrne SN, Wolf P. The skin microbiome: is it affected by UV-induced immune suppression?. Frontiers in Microbiology. 2016. Link

Cette revue examine les effets du rayonnement ultraviolet (UV-R) sur la fonction immunitaire cutanée. Les UV-R déclenchent la production de peptides antimicrobiens, agissent sur l'immunité innée et suppriment l'immunité cellulaire adaptative. La modulation immunitaire cutanée par les UV peut être bénéfique (par exemple en réduisant l'inflammation) mais contribue aussi à la carcinogenèse cutanée et à la réactivation d'agents infectieux, dont le virus herpes simplex. Ces données détaillent le double rôle des UV-R dans la modulation de l'immunité et de l'homéostasie cutanées, avec des implications pour la photoprotection et la photo-immunothérapie.

[684] Koller MF, Toufektsian L, Sun F et al. Vitamin D and the gut microbiome: a systematic review of in vivo studies. Eur J Nutr. 2022. Link

La revue systématique de Koller et collaborateurs publiée en 2022 dans l'European Journal of Nutrition examine les études in vivo sur la vitamine D et le microbiome intestinal. En regroupant 16 études animales et humaines, les auteurs constatent que le statut en vitamine D et la supplémentation modulent la composition microbienne intestinale, avec des augmentations constantes de Bifidobacterium et d'Akkermansia muciniphila et des diminutions des Proteobacteria pro-inflammatoires. Les études mécanistiques impliquent la signalisation du récepteur de la vitamine D dans la barrière épithéliale intestinale et la défense antimicrobienne des cellules de Paneth. La revue souligne l'hétérogénéité des posologies et des critères de jugement et recommande des schémas de RCT standardisés afin de clarifier les relations causales et les implications cliniques pour les IBD et les maladies métaboliques et immunitaires.

[685] Lowry CA, Hollis JH, de Vries A et al. Identification of an immune-responsive mesolimbocortical serotonergic system: potential role in regulation of emotional behavior. Neuroscience. 2007. Link

L'activation immunitaire périphérique peut modeler le comportement via les systèmes neuromodulateurs du tronc cérébral. Chez la souris, l'administration intratrachéale (12 h) ou sous-cutanée (6 h) de Mycobacterium vaccae inactivé par la chaleur a activé un sous-ensemble spécifique de neurones sérotoninergiques du raphé dorsal interfasciculaire (DRI), mesuré par l'expression de c-Fos. L'ovalbumine, qui induit un profil immunitaire différent, n'a pas produit cet effet. M. vaccae a augmenté le métabolisme de la sérotonine dans le cortex préfrontal ventromédian et réduit l'immobilité au test de nage forcée, en cohérence avec une modification comportementale de type antidépresseur. Ces résultats étayent une signalisation du système immunitaire vers le système sérotoninergique comme mécanisme reliant l'activation immunitaire périphérique au comportement lié à l'humeur.

[686] Flies EJ, Skelly C, Negi SS et al. Biodiverse green spaces: a prescription for global urban health. Front Ecol Environ. 2017. Link

La perspective de Flies et collaborateurs parue en 2017 dans Frontiers in Ecology and the Environment soutient que les espaces verts riches en biodiversité constituent une prescription de santé publique pour la santé urbaine mondiale. Les auteurs synthétisent les données montrant que l'exposition urbaine à une végétation biodiverse favorise l'entraînement immunitaire, la santé mentale, les paramètres cardiométaboliques et la diversité des microbiomes cutané, intestinal et respiratoire. Les mécanismes incluent la transmission microbienne directe depuis le sol et les plantes, la réduction du stress, l'activité physique et l'amélioration de la qualité de l'air. Les auteurs appellent à intégrer dans les politiques d'aménagement la création d'espaces verts biodiversifiés, intervention de santé publique peu coûteuse et à fort effet de levier. Ce travail a influencé les programmes de recherche « one-health » et « biodiversité-microbiome-santé » en écologie urbaine et en santé planétaire.

[687] Li Q, Morimoto K, Nakadai A et al. Forest bathing enhances human natural killer activity and expression of anti-cancer proteins. Int J Immunopathol Pharmacol. 2007. Link

Cette étude a examiné les effets d'un séjour de trois jours de bain de forêt sur l'activité des cellules natural killer (NK) chez 12 sujets masculins en bonne santé âgés de 37-55 ans, résidant à Tokyo. Les sujets ont marché dans trois zones forestières différentes au cours d'un séjour de deux nuits, avec des prélèvements sanguins aux jours 2 et 3, comparés à une valeur de référence recueillie lors d'une journée de travail témoin. L'activité NK, le nombre de cellules NK et l'expression de la perforine, des granzymes A/B et de la granulysine dans les lymphocytes du sang périphérique ont été mesurés. Le bain de forêt a significativement augmenté l'activité NK et l'expression des médiateurs cytotoxiques. Ces résultats soutiennent l'exposition à la forêt comme intervention de renforcement immunitaire.

[688] Song C, Ikei H, Miyazaki Y. Physiological effects of nature therapy: a review of the research in Japan. Int J Environ Res Public Health. 2016. Link

Cette revue apporte des données objectives sur les effets de relaxation physiologique des stimuli issus d'environnements naturels. Les auteurs rappellent que l'être humain a passé plus de 99,99 % de son histoire évolutive en milieu naturel et que l'écart entre cet état d'adaptation et l'environnement urbain moderne contribue au stress chronique. Les études examinées démontrent des réductions constantes de l'activité des systèmes du stress (système nerveux sympathique, axe HPA) et une amélioration de l'humeur et des marqueurs physiologiques après exposition à la nature. Ces résultats établissent la thérapie par la nature comme une intervention physiologique mesurable.

[689] Yasuda K, Oh K, Ren B, et al. Fluoride Depletes Acidogenic Taxa in Oral but Not Gut Microbial Communities in Mice. . 2017. Link

Étude murine contrôlée, la première à dissocier les effets indépendants de l'exposition au fluorure sur les communautés microbiennes orales et intestinales. À des concentrations pertinentes pour la prévention de la carie, le fluorure a sélectivement appauvri les taxons oraux acidogènes/aciduriques (p. ex. Streptococcus, Lactobacillus), en cohérence avec une prévention de la carie par inhibition de la récupération d'énergie chez les bactéries orales cariogènes. La même exposition n'a produit que peu ou pas de modification de la composition du microbiote intestinal, indiquant que l'effet du fluorure sur le microbiote se concentre dans la cavité buccale, tandis que les effets intestinaux aux concentrations de l'eau de boisson restent cliniquement incertains. Les modèles in vitro montrent une réponse biphasique (une faible dose peut stimuler, une dose élevée inhibe).

[690] Samsel A, Seneff S. Glyphosate's Suppression of Cytochrome P450 Enzymes and Amino Acid Biosynthesis by the Gut Microbiome: Pathways to Modern Diseases. Entropy. 2013. Link

Article d'hypothèse fondé sur la littérature soutenant que le glyphosate, principe actif du Roundup, n'est pas faiblement toxique pour l'humain, contrairement à la position de l'industrie. L'argumentation des auteurs repose sur deux mécanismes : le glyphosate inhibe les enzymes du cytochrome P450 (CYP) et perturbe la biosynthèse des acides aminés aromatiques par les bactéries intestinales via la voie du shikimate, ces effets agissant en synergie avec une altération du transport sérique du sulfate. Ils en déduisent un rôle supposé du glyphosate dans la perturbation endocrinienne et dans de nombreuses maladies modernes. RÉSERVE MÉTHODOLOGIQUE IMPORTANTE : l'article n'est pas une étude expérimentale originale, ne contient aucune donnée primaire et a été publié dans une revue à orientation physique, hors du champ de la littérature toxicologique ; ses conclusions ont été largement et vivement critiquées par les toxicologues et les chercheurs du microbiome. Il doit être cité comme document de l'histoire du débat, non comme une preuve.

[691] Liang Y, Zhan J, Liu D et al. Organophosphorus pesticide chlorpyrifos intake promotes obesity and insulin resistance through impacting gut and gut microbiota. Microbiome. 2019. Link

Cette étude a testé si une exposition prolongée au chlorpyrifos induit une insulinorésistance et une obésité par rupture de la barrière bactéries-mucus, chez des souris C57Bl/6 et CD-1 soumises à un régime riche ou normal en graisses, avec des expériences d'antibiothérapie et de transplantation de microbiote. Le chlorpyrifos a rompu l'intégrité de la barrière intestinale, augmenté le passage de lipopolysaccharide dans la circulation sanguine et produit une inflammation de bas grade indépendamment du fond génétique ou du régime. Les souris recevant le microbiote modifié par le chlorpyrifos ont pris davantage de masse grasse et présentaient une moindre sensibilité à l'insuline. Ces résultats établissent un lien causal entre exposition aux pesticides, obésité et insulinorésistance via le microbiote intestinal.

[692] Mesnage R, Teixeira M, Mandrioli D, et al. Use of Shotgun Metagenomics and Metabolomics to Evaluate the Impact of Glyphosate or Roundup MON 52276 on the Gut Microbiota and Serum Metabolome of Sprague-Dawley Rats. . 2021. Link

Mesnage et ses collègues (Environ Health Perspect, 2021 ; 129:017005) ont utilisé un test de toxicité subchronique de 90 jours combinant métagénomique shotgun et métabolomique pour évaluer l'impact du glyphosate et du Roundup MON 52276 sur le microbiote intestinal du rat. Ils ont montré que le glyphosate inhibe la voie du shikimate (enzyme EPSPS) chez les bactéries intestinales, comme en témoigne l'accumulation de métabolites de cette voie (p. ex. shikimate et 3-déshydroshikimate) dans le sérum et l'intestin, confirmant que les bactéries intestinales possédant la voie du shikimate sont directement sensibles au mécanisme inhibiteur du glyphosate.

[693] Zhai Q, Narbad A, Chen W. Dietary strategies for the treatment of cadmium and lead toxicity. Nutrients. 2015. Link

Cette revue résume les données selon lesquelles des compléments alimentaires protègent contre la toxicité du cadmium (Cd) et du plomb (Pb), en évaluant les métaux essentiels, les vitamines, les plantes comestibles, les composés phytochimiques et les probiotiques. Les mécanismes comprennent l'inhibition compétitive de l'absorption des métaux, la chélation, la protection antioxydante et la séquestration par les microbes intestinaux. Des stratégies alimentaires sont proposées comme interventions préventives et adjuvantes dans les populations à risque d'exposition au Cd et au Pb, avec un profil de sécurité et un coût favorables par rapport à la chélation conventionnelle. Ces travaux esquissent des approches nutritionnelles pratiques de la prise en charge de la toxicité des métaux lourds.

[694] Zeng X, Zeng Z, Wang Q, Liang W, Guo Y, Huo X. Alterations of the gut microbiota and metabolomics in children with e-waste lead exposure. J Hazard Mater. 2022. Link

Étude humaine chez des enfants chinois comparant des enfants de 3–7 ans de Guiyu, zone bien connue de démantèlement de déchets électroniques, à des enfants de la zone de référence de Haojiang (70 des 551 enfants dépistés remplissaient les critères d'inclusion). Le plomb sanguin et urinaire a été mesuré par spectrométrie d'absorption atomique à four graphite et par ICP-MS, tandis que les selles ont été analysées par séquençage de l'ARNr 16S pour la composition du microbiote et par GC-MS pour les métabolites. Les enfants de la zone à charge en plomb plus élevée présentaient une composition du microbiote intestinal modifiée et un profil de métabolites fécaux différent de ceux du groupe de référence. Le schéma est transversal, sur un petit effectif, et l'effet du plomb ne peut être séparé de celui des polluants concomitants issus des déchets électroniques, de sorte qu'aucune causalité ne peut être déduite.

[695] Cox KD, Covernton GA, Davies HL, Dower JF, Juanes F, Dudas SE. Human Consumption of Microplastics. . 2019. Link

À partir d'une méta-analyse des données disponibles, l'étude a estimé l'apport annuel humain en microplastiques. Selon les aliments et boissons consommés, l'apport annuel est de l'ordre de 39 000–52 000 particules, s'élevant à 74 000–121 000 lorsque l'inhalation est prise en compte ; les consommateurs d'eau en bouteille ingèrent nettement plus de particules que les buveurs d'eau du robinet. L'étude confirme que l'exposition aux microplastiques est quotidienne, généralisée et pratiquement inévitable par l'alimentation et l'air.

[696] Vethaak AD, Legler J. Microplastics and human health. . 2021. Link

Cette revue de politique scientifique publiée dans Science résume l'ubiquité des microplastiques (et des nanoplastiques <1 µm) dans l'ensemble de la biosphère ainsi que les principales voies d'exposition humaine — inhalation et ingestion — par lesquelles les particules atteignent l'intestin. Les auteurs soulignent que les méthodes de mesure ne sont pas standardisées et que l'absorption tissulaire réelle et le risque sanitaire restent mal compris, identifiant des lacunes critiques de connaissance tant sur l'exposition que sur le danger.

[697] Schwabl P, Köppel S, Königshofer P et al. Detection of various microplastics in human stool: a prospective case series. Ann Intern Med. 2019. Link

Cette série de cas prospective portant sur 8 adultes en bonne santé (33-65 ans) originaires d'Europe et d'Asie a examiné si l'être humain ingère involontairement des microplastiques. Les participants ont tenu un journal alimentaire et fourni des échantillons de selles conformément au protocole. Des microplastiques ont été détectés dans les selles de chaque participant, avec l'identification de plusieurs types de polymères, dont le polypropylène et le polytéréphtalate d'éthylène. Ces résultats documentent une ingestion humaine généralisée de microplastiques environnementaux dans des populations diverses, soulevant des inquiétudes quant à l'exposition chronique aux plastiques et à ses effets biologiques potentiels.

[698] Leslie HA, van Velzen MJM, Brandsma SH, Vethaak AD, Garcia-Vallejo JJ, Lamoree MH. Discovery and quantification of plastic particle pollution in human blood. . 2022. Link

Des particules de microplastique ont été détectées et quantifiées pour la première fois dans le sang total de 22 adultes sains ; quatre polymères produits en grand volume ont été identifiés (PET, polyéthylène, polymères à base de polystyrène, PMMA), confirmant la présence de microplastique dans le sang circulant.

[699] Ragusa A, Svelato A, Santacroce C, et al. Plasticenta: First evidence of microplastics in human placenta. . 2021. Link

Cette étude d'Environment International a analysé six placentas humains par microspectroscopie Raman et a détecté pour la première fois des fragments de microplastique (5–10 µm) dans le placenta humain — du côté fœtal comme du côté maternel et dans les membranes amniochoriales. Les particules identifiées comprenaient du polypropylène coloré et plusieurs polymères pigmentés. Ces résultats documentent la présence transplacentaire de microplastiques, soulevant la possibilité d'une exposition fœtale.

[700] Ibrahim YS, Tuan Anuar S, Azmi AA, et al. Detection of microplastics in human colectomy specimens. . 2021. Link

Étude humaine : les 11 pièces de colectomie contenaient toutes des microplastiques (moyenne ~28 particules/g de tissu ; polycarbonate, polyamide, polypropylène), confirmant la présence de microplastiques ingérés dans le tissu colique.

[701] Marfella R, Prattichizzo F, Sardu C, et al. Microplastics and Nanoplastics in Atheromas and Cardiovascular Events. . 2024. Link

Étude clinique prospective (NEJM 2024) : des micro- et nanoplastiques (principalement polyéthylène et polychlorure de vinyle) ont été détectés par chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse après pyrolyse dans des plaques d'athérome excisées chez des patients opérés d'une endartériectomie carotidienne. Les patients présentant des micro-/nanoplastiques dans la plaque (58 sur 150) avaient une incidence significativement plus élevée du critère composite d'infarctus du myocarde non fatal, d'accident vasculaire cérébral ou de décès toutes causes survenant ultérieurement (30/150 vs 8/107), avec des taux de marqueurs inflammatoires plus élevés. Il s'agit d'une association, non d'une causalité démontrée, mais c'est la première à relier la présence de microplastique à des critères cardiovasculaires durs chez l'homme.

[702] Lu L, Wan Z, Luo T, Fu Z, Jin Y. Polystyrene microplastics induce gut microbiota dysbiosis and hepatic lipid metabolism disorder in mice. . 2018. Link

Étude murine : l'exposition orale à des microplastiques de polystyrène a modifié la composition du microbiote intestinal et induit un trouble du métabolisme lipidique hépatique (baisse des triglycérides/du cholestérol, altération des gènes de la lipogenèse).

[703] Jin Y, Lu L, Tu W, Luo T, Fu Z. Impacts of polystyrene microplastic on the gut barrier, microbiota and metabolism of mice. Sci Total Environ. 2019. Link

Cette étude murine a exposé des souris mâles à des microplastiques (MP) de polystyrène natifs et fluorescents de 5 um pendant six semaines. Les MP de polystyrène se sont accumulés dans l'intestin, ont réduit la sécrétion de mucus intestinal et altéré la fonction de barrière. Le séquençage 16S V3-V4 de l'rRNA a montré une composition modifiée du microbiote intestinal dans le contenu cæcal, avec une diminution significative des Actinobacteria au niveau du phylum. Ces résultats apportent chez le mammifère une preuve directe que l'exposition aux microplastiques compromet l'intégrité de la barrière intestinale et dérègle le microbiote, suggérant des conséquences métaboliques et immunitaires en aval.

[704] Zhang Z, Xu M, Wang L, et al. Continuous oral exposure to micro- and nanoplastics induced gut microbiota dysbiosis, intestinal barrier and immune dysfunction in adult mice. . 2023. Link

Étude murine : l'exposition orale continue à des micro- et nanoplastiques a induit une dysbiose du microbiote intestinal, une dysfonction de la barrière intestinale et une dysfonction immunitaire chez des souris adultes, avec un enrichissement en bactéries délétères et une production réduite de SCFA.

[705] Fackelmann G, Sommer S. Microplastics and the gut microbiome: How chronically exposed species may suffer from gut dysbiosis. . 2019. Link

Article de revue/de concept (Marine Pollution Bulletin, 2019) soutenant qu'une exposition chronique aux microplastiques peut conduire à une dysbiose intestinale chez les espèces chroniquement exposées : les microplastiques ingérés peuvent modifier la composition et la diversité de la communauté intestinale, en enrichissant les taxons pathogènes et en appauvrissant les bactéries bénéfiques, avec de possibles conséquences inflammatoires et métaboliques. Les auteurs soulignent que la majorité des données proviennent d'études animales et que la causalité chez l'homme n'est pas encore établie.

[706] Bora SS, Gogoi R, Sharma MR, et al. Microplastics and human health: unveiling the gut microbiome disruption and chronic disease risks. . 2024. Link

Cette revue publiée dans Frontiers in Cellular and Infection Microbiology synthétise la manière dont les microplastiques perturbent le microbiome intestinal humain. Les particules ingérées et inhalées s'accumulent dans le tractus gastro-intestinal, provoquant une dysbiose (déséquilibre délétère entre bactéries bénéfiques et nuisibles) qui a été reliée à des troubles gastro-intestinaux, à une inflammation systémique et à des maladies chroniques. L'article examine, explicitement dans le contexte des microplastiques, la relation potentielle entre la perturbation du microbiome intestinal humain et les maladies chroniques.

[707] Barberán A, Dunn RR, Reich BJ, Pacifici K, Laber EB, Menninger HL, Morton JM, Henley JB, Leff JW, Miller SL, Fierer N. The ecology of microscopic life in household dust. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 2015. Link

Les communautés bactériennes et fongiques ont été caractérisées par séquençage à haut débit dans la poussière prélevée sur les encadrements de portes d'environ 1 200 foyers américains, dans le cadre du projet de science citoyenne Wild Life of Our Homes. La composition de la communauté fongique et la distribution des allergènes potentiels étaient principalement prédites par la localisation géographique et le climat, les champignons d'intérieur provenant en grande partie de l'air extérieur. Les communautés bactériennes, en revanche, étaient bien davantage déterminées par les caractéristiques des occupants : le nombre et le type de résidents, en particulier le rapport femmes-hommes, ainsi que la présence de chiens et de chats (56 taxons bactériens étaient plus abondants dans les foyers possédant un chien et 24 dans ceux possédant un chat). L'étude a montré que la signature microbienne de la poussière domestique permet de prédire la région géographique d'un logement, le sexe-ratio de ses occupants et la possession d'animaux de compagnie. Elle portait sur l'écologie microbienne de l'environnement bâti, et non sur le microbiome humain ou des critères de santé.

[708] (Han cohort study, Lhasa/Chongqing). Gut microbiota contributes to high-altitude hypoxia acclimatization of human populations. . 2024. Link

Cette étude longitudinale publiée dans Genome Biology (2024) a suivi 45 adultes Han en bonne santé sur un cycle de 108 jours, depuis la plaine de Chongqing (243 m) jusqu'à Lhassa en haute altitude (3 658 m) et retour. L'hypoxie d'altitude a modifié de façon mesurable la composition du microbiote intestinal, en particulier lors de l'exposition précoce, principalement par l'enrichissement du genre Blautia A — le même genre également abondant chez les populations résidant durablement en environnement pauvre en oxygène (Shigatse, 4 700 m). Les auteurs concluent que le microbiote intestinal contribue activement à l'acclimatation à l'hypoxie d'altitude en modulant le métabolisme de l'hôte. Ce travail fournit une preuve humaine directe du lien entre altitude et microbiote intestinal.

[709] Yoo JY, McSkimming D, Rajan K, Sarkar A, Labbé N, Groer M, Menon U. A Preliminary Study Exploring the Relationship between Occupational Health Hazards and Gut Microbiota among Firefighters. Life (Basel). 2023. Link

Petite étude pilote exploratoire comparant le microbiote intestinal de 15 pompiers à celui de témoins appariés sur l'âge et le sexe, afin de cartographier la relation entre l'environnement professionnel et la flore intestinale. Les pompiers présentaient une diversité alpha microbienne intestinale plus faible et une proportion plus élevée de bactéries potentiellement pathogènes que les témoins. La charge chimique professionnelle a également été évaluée : le benzo[a]pyrène, l'un des cancérogènes professionnels les mieux connus, n'a été détecté à des concentrations élevées que chez les pompiers. Les auteurs interprètent l'exposition à des facteurs de stress traumatiques, associée à l'exposition chimique, comme des modulateurs plausibles du microbiote intestinal des pompiers. L'effectif est très faible, le schéma transversal, le microbiote cutané n'a pas été analysé et aucune analyse dose-réponse en fonction de la fréquence d'exposition active au feu n'a été réalisée ; les résultats doivent donc être considérés comme préliminaires.

[710] Vallianou, N. G., Kounatidis, D., Psallida, S., et al. NAFLD/MASLD and the Gut-Liver Axis: From Pathogenesis to Treatment Options. Metabolites. 2024. Link

Revue complète de l'axe intestin-foie dans la pathogenèse et le traitement de la NAFLD/MASLD. Les auteurs décrivent comment l'augmentation de la perméabilité intestinale et la translocation bactérienne (LPS) entretiennent une inflammation chronique de bas grade et une insulinorésistance hépatique, et passent en revue les options thérapeutiques ciblant le microbiome (probiotiques, FMT, alimentation).

[711] Tilg H, Adolph TE, Trauner M. Gut-liver axis: Pathophysiological concepts and clinical implications. Cell Metabolism. 2022. Link

La revue de Tilg, Adolph et Trauner publiée en 2024 dans Cell Metabolism synthétise les connaissances actuelles sur l'axe intestin-foie et ses implications cliniques dans la stéatopathie hépatique associée à une dysfonction métabolique (MASLD) et la MASH (anciennement NAFLD/NASH). Les auteurs détaillent les mécanismes par lesquels le microbiote intestinal, la perméabilité de la barrière intestinale, les acides biliaires, les métabolites microbiens (SCFA, éthanol, TMAO, acides biliaires) et le flux portal de lipopolysaccharide favorisent la stéatose hépatique, l'inflammation, la fibrose et la progression vers le CHC. Les principaux profils dysbiotiques et les taxons bénéfiques (Akkermansia, Faecalibacterium) sont recensés. Les stratégies thérapeutiques abordées comprennent l'intervention diététique, la FMT, les médicaments ciblant le microbiote, les agonistes FXR (resmétirom dans la MASH) et les agonistes du GLP-1. Cette revue constitue une mise à jour complète 2024 sur la translation microbiome-hépatologie.

[712] Kootte R, Levin E, Salojärvi J, Smits L, Hartstra A, Udayappan S, Hermes G, Bouter K, Koopen A, Holst J, Knop F, Blaak E, Zhao J, Smidt H, Harms A, Hankemeijer T, Bergman J, Romijn H, Schaap F, Olde Damink S, Ackermans M, Dallinga-Thie G, Zoetendal E, de Vos W, Serlie M, Stroes E, Groen A, Nieuwdorp M. Improvement of Insulin Sensitivity after Lean Donor Feces in Metabolic Syndrome Is Driven by Baseline Intestinal Microbiota Composition. Cell metabolism. 2017. Link

La composition initiale du microbiote détermine qui répond favorablement à la FMT dans le syndrome métabolique — La FMT allogénique a amélioré la sensibilité à l'insuline à 6 semaines ; l'effet ne persistait plus à 18 semaines. La réponse est corrélée à une faible diversité initiale du microbiote. Les métabolites plasmatiques (GABA) ont été modifiés. Suivi mécanistique de l'essai Vrieze 2012.

[713] Fujimura KE, Sitarik AR, Havstad S et al. Neonatal gut microbiota associates with childhood multisensitized atopy and T cell differentiation. Nat Med. 2016. Link

Cette étude de cohorte de naissance américaine a utilisé le séquençage du 16S rRNA sur 298 échantillons de selles (âge 1-11 mois) pour identifier trois états de composition du microbiote intestinal néonatal (NGM1-3) associés à des risques relatifs (RR) différents d'atopie multisensibilisée à 2 ans et d'asthme diagnostiqué par un médecin à 4 ans. Le groupe NGM3, à plus haut risque, présentait moins de Bifidobacterium, Akkermansia et Faecalibacterium, davantage de Candida et Rhodotorula et un métabolome pro-inflammatoire. L'eau fécale du groupe NGM3 augmentait ex vivo les lymphocytes T CD4+ IL-4+ et réduisait les Treg CD4+CD25+FOXP3+ ; l'enrichissement en 12,13-DiHOME dans le NGM3 reproduisait cet effet. Ces résultats identifient un métabolite d'origine microbienne causalement lié au risque d'atopie et d'asthme de l'enfant.

[714] Koren O, Goodrich JK, Cullender TC et al. Host remodeling of the gut microbiome and metabolic changes during pregnancy. Cell. 2012. Link

Cette étude a caractérisé les bactéries fécales de 91 femmes enceintes d'IMC pré-gestationnels variés et de statut diabète gestationnel variable, ainsi que de leurs nourrissons. La similitude du microbiote mère-nourrisson augmentait avec l'âge de l'enfant ; le microbiote du nourrisson n'était pas influencé par l'état de santé maternel. Le microbiote intestinal maternel se modifiait profondément entre le premier (T1) et le troisième (T3) trimestre, avec une diversité inter-individuelle accrue entre les mères, une augmentation globale des Proteobacteria et des Actinobacteria, une richesse réduite et les signaux d'inflammation et de perte d'énergie les plus marqués au T3. Le répertoire génique du microbiome restait constant. Ces résultats documentent une dysbiose programmée du troisième trimestre ressemblant à un syndrome métabolique.

[715] Claesson MJ, Jeffery IB, Conde S et al. Gut microbiota composition correlates with diet and health in the elderly. Nature. 2012. Link

Cette étude a analysé le microbiote fécal de 178 sujets âgés et identifié des groupements corrélés au lieu de résidence (communauté, hôpital de jour, rééducation, soins de longue durée). Le regroupement des sujets selon l'alimentation se séparait selon le lieu de résidence et le groupe de microbiote. La composition du microbiote était corrélée à la fragilité, à la comorbidité, à l'état nutritionnel, aux marqueurs de l'inflammation et aux métabolites fécaux. Les résidents en soins de longue durée présentaient une diversité microbienne significativement plus faible que les personnes vivant dans la communauté. Ces résultats relient des facteurs environnementaux — en particulier la résidence en institution et l'alimentation — à la composition du microbiote et aux résultats de santé chez les personnes âgées.

[717] Yatsunenko T, Rey FE, Manary MJ et al. Human gut microbiome viewed across age and geography. Nature. 2012. Link

Cette étude a comparé la composition en espèces bactériennes et le contenu en gènes fonctionnels des selles (n=531 individus, 110 avec métagénomique) chez des enfants et des adultes en bonne santé de l'Amazonie vénézuélienne, du Malawi rural et de zones métropolitaines des États-Unis, incluant des jumeaux mono- et dizygotes. Des schémas partagés de maturation fonctionnelle sont apparus au cours des 3 premières années de vie dans les trois populations, incluant des modifications liées à l'âge des gènes de biosynthèse et de métabolisme des vitamines. Les résidents des États-Unis présentaient des différences marquées d'assemblages bactériens et de répertoires géniques par rapport aux populations non états-uniennes, manifestes dès la petite enfance et à l'âge adulte. Ces résultats documentent une programmation précoce de microbiomes intestinaux spécifiques de population.

[718] Kuhle S, Tong OS, Woolcott CG. Association between caesarean section and childhood obesity: a systematic review and meta-analysis. . 2015. Link

Revue systématique et méta-analyse de l'association entre la naissance par césarienne et l'obésité infantile. Les enfants nés par césarienne présentent un risque de surpoids/obésité environ 30–35 % plus élevé qu'après un accouchement par voie basse (odds ratio combiné d'environ 1,33), confirmant le sens des études de cohorte individuelles antérieures (p. ex. Blustein et al. 2013). Les auteurs soulignent une possible confusion résiduelle (IMC maternel, indication) ; l'association n'est donc pas nécessairement causale.

[719] Schnorr SL, Candela M, Rampelli S et al. Gut microbiome of the Hadza hunter-gatherers. Nat Commun. 2014. Link

Les auteurs ont caractérisé le microbiome intestinal des chasseurs-cueilleurs Hadza de Tanzanie et l'ont comparé à celui de populations agricoles rurales africaines et de témoins urbains italiens. Les Hadza présentaient une richesse et une biodiversité microbiennes nettement supérieures à celles des témoins urbains. Leur microbiote était dépourvu de Bifidobacterium, montrait des différences liées au sexe en rapport avec la division sexuée du travail de subsistance, et était enrichi en Prevotella, Treponema et Bacteroidetes non classés, avec en outre une organisation particulière des Clostridiales. Ces caractéristiques favorisent probablement une extraction efficace des nutriments à partir d'aliments végétaux fibreux. Ces résultats illustrent la co-évolution du microbiote avec la stratégie de subsistance et remettent en question l'idée d'un microbiome sain universel.

[720] Jaquet M, Rochat I, Moulin J, Cavin C, Bibiloni R. Impact of coffee consumption on the gut microbiota: a human volunteer study. Int J Food Microbiol. 2009. Link

Cette étude a évalué l'impact de trois semaines de consommation modérée de café instantané (3 tasses par jour) sur le microbiote intestinal de 16 volontaires adultes sains. Les échantillons fécaux ont été analysés par des méthodes fondées sur les acides nucléiques avant et après l'intervention. La composition du microbiote dominant n'a pas été significativement modifiée (similarité de Dice 92 %), mais les dénombrements de Bifidobacterium spp. ont augmenté de façon significative (P=0,02) et certains sujets ont montré une augmentation spécifique de l'activité métabolique de Bifidobacterium. Ces résultats indiquent qu'une consommation modérée de café renforce sélectivement l'activité de Bifidobacterium sans perturber l'ensemble de la communauté intestinale.

[721] Biedermann L, Zeitz J, Mwinyi J et al. Smoking cessation induces profound changes in the composition of the intestinal microbiota in humans. PLOS ONE. 2013. Link

Cette étude observationnelle de 9 semaines a suivi 10 fumeurs sains en sevrage contrôlé, comparés à 5 fumeurs poursuivant leur consommation et à 5 non-fumeurs. Le microbiote fécal a été caractérisé par T-RFLP du 16S rRNA et séquençage à haut débit. L'arrêt du tabac a entraîné des modifications microbiennes profondes : augmentation des Firmicutes et des Actinobacteria et diminution des Bacteroidetes et des Proteobacteria au niveau du phylum. Ces résultats démontrent que le tabagisme module la composition microbienne intestinale et que son arrêt produit des modifications comparables à celles observées dans l'obésité et le syndrome métabolique.

[722] Costantini TW, Krzyzaniak M, Cheadle GA, et al. Targeting alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor in the enteric nervous system: a cholinergic agonist prevents gut barrier failure after severe burn injury. The American Journal of Pathology. 2012. Link

Étude expérimentale démontrant le rôle du récepteur nicotinique de l'acétylcholine alpha-7 (alpha7nAChR) du système nerveux entérique dans la régulation de l'intégrité de la barrière intestinale : l'activation agoniste du récepteur a prévenu l'augmentation post-lésionnelle de la perméabilité intestinale et l'atteinte des protéines des jonctions serrées (occludine, ZO-1). Ces résultats confirment que les récepteurs nicotiniques de l'acétylcholine exprimés dans l'intestin modulent directement la barrière intestinale (ainsi que la motilité/l'inflammation entériques) – base mécanistique de l'action de la nicotine, via les récepteurs nicotiniques intestinaux, sur la perméabilité et la motilité intestinales.

[723] Khanna S, Assi M, Lee C et al. Efficacy and Safety of RBX2660 in PUNCH CD3, a Phase III, Randomized, Double-Blind, Placebo-Controlled Trial. Drugs. 2022. Link

Cet essai de phase III randomisé, en double aveugle et contrôlé contre placebo a évalué le RBX2660, un produit biothérapeutique vivant préparé à partir de selles humaines, pour réduire l'infection récidivante à C. difficile. Une analyse bayésienne principale a intégré les données de phase III à celles, antérieures, de la phase IIb. Des adultes ayant présenté au moins 1 récidive de CDI et traités par une antibiothérapie conforme aux standards ont été randomisés selon un rapport 2:1 pour recevoir un lavement unique de RBX2660 ou un placebo. Le critère principal était le succès thérapeutique, défini par l'absence de diarrhée liée à la CDI dans les 8 semaines. Sur 320 personnes évaluées, 289 ont été randomisées et 267 ont reçu le traitement en aveugle (RBX2660 n=180 ; placebo n=87). Le RBX2660 s'est révélé significativement supérieur au placebo pour l'obtention d'une réponse clinique durable, avec un profil de tolérance acceptable. Ces résultats ont appuyé l'autorisation réglementaire du RBX2660 (Rebyota) comme traitement fondé sur le microbiote pour la CDI récidivante.

[725] dos Santos JCC, Oliveira LF, Noleto FM, et al. Gut-microbiome-brain axis: the crosstalk between the vagus nerve, alpha-synuclein and the brain in Parkinson's disease. . 2023. Link

Article de revue : l'axe intestin-microbiome-cerveau dans la maladie de Parkinson — l'agrégation entérique de l'alpha-synucléine pourrait se propager au système nerveux central via le nerf vague, les métabolites du microbiote signalant par les afférences vagales ; une synthèse mécanistique pertinente pour les cibles d'intervention périphériques.

[727] Zhang F, Luo W, Shi Y, Fan Z, Ji G. Should we standardize the 1,700-year-old fecal microbiota transplantation?. . 2012. Link

Cet article largement cité documente les racines historiques de la FMT : la plus ancienne description connue provient du médecin chinois Ge Hong, au IVe siècle, qui recommandait dans son manuel « Zhou Hou Bei Ji Fang » une suspension fécale (« soupe jaune ») contre les diarrhées sévères et les intoxications alimentaires. Les auteurs plaident pour la standardisation de cette procédure vieille d'environ 1 700 ans dans la pratique clinique moderne. La source étaye donc de manière fiable l'affirmation historique sur la « soupe jaune » de Ge Hong.

[728] EMA/HMA. Faecal Microbiota Transplantation – EU-IN Horizon Scanning Report. EMA/204935/2022/Rev. 1 (updated May 2025). 2022. Link

Le rapport EMA/HMA de 2022 (actualisé en mai 2025) « Faecal Microbiota Transplantation – EU-IN Horizon Scanning Report » (EMA/204935/2022/Rev. 1) est l'analyse prospective officielle de l'European Medicines Agency sur la réglementation de la FMT. Il cartographie le paysage réglementaire européen hétérogène (cadres tissus, médicament, composant sanguin ou hybride selon les États membres), passe en revue les données cliniques par indication (CDI, IBD, encéphalopathie hépatique, décolonisation des bactéries multirésistantes) et identifie les priorités d'harmonisation. Le rapport éclaire les négociations du règlement européen SoHO 2024/1938 et propose une approche coordonnée de la sélection des donneurs, de l'agrément des banques de selles, de la traçabilité, de la pharmacovigilance et des registres d'essais cliniques. Il constitue une référence politique clé pour la gouvernance européenne de la FMT.

[729] European Commission. Proposal for a Regulation on standards of quality and safety for substances of human origin intended for human application (SOHO Regulation). 2022. 2022. Link

La « Proposal for a Regulation on standards of quality and safety for substances of human origin intended for human application (SOHO Regulation) » de la Commission européenne (2022) est le projet européen destiné à remplacer les directives 2002/98/CE (sang) et 2004/23/CE (tissus et cellules). La proposition crée un cadre unifié et pérenne pour le sang, les tissus, les cellules, les cellules reproductives, le lait maternel, le microbiote fécal et toute future SoHO. Elle institue l'EU SoHO Coordination Board, la SoHO Platform, des voies d'autorisation harmonisées pour les préparations et les entités SoHO, des règles de protection des donneurs et des exigences de vigilance et de traçabilité. La proposition a été adoptée sous la forme du règlement (UE) 2024/1938 en juin 2024 et s'applique à partir d'août 2027. Il s'agit de l'instrument réglementaire européen central pour la FMT et les banques de selles.

[730] Keller JJ, Ooijevaar RE, Hvas CL et al. A standardised model for stool banking for faecal microbiota transplantation: a consensus report from a multidisciplinary UEG working group. United European Gastroenterol J. 2021. Link

Ce document de consensus européen fournit des recommandations détaillées sur l'ensemble des processus liés au recueil, à la manipulation et à l'application clinique des selles de donneurs humains pour la transplantation de microbiote fécal (FMT). Les banques de selles opèrent dans le cadre des directives européennes relatives aux tissus et cellules, avec des exigences détaillées de sélection, de traitement et de traçabilité. Le document a été élaboré par une collaboration d'experts lors de la United European Gastroenterology Week de 2019. Il fournit un standard opérationnel pour les banques de selles destinées à la FMT en Europe, afin de garantir la sécurité et la reproductibilité de l'administration de la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile et dans d'autres indications.

[731] Ianiro G, Mullish BH, Kelly CR et al. Reorganisation of faecal microbiota transplant services during the COVID-19 pandemic. Gut. 2020. Link

Cette prise de position fournit des recommandations de la communauté internationale de la FMT aux centres de FMT et aux banques de selles pendant la pandémie de COVID-19. Les recommandations couvrent la sélection des patients, le recrutement et le dépistage des donneurs (y compris le SARS-CoV-2), la production des préparations de selles, les procédures de FMT, le suivi des patients et les activités de recherche. L'objectif est de maintenir un accès fiable des patients à la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile tout en protégeant les soignants et les patients de la transmission du SARS-CoV-2. Ces travaux fournissent un cadre opérationnel pratique, adapté à la pandémie, pour les services de FMT dans le monde entier.

[732] Nature Reviews Drug Discovery (news). FDA approves second microbiome-based C. difficile therapy. . 2023. Link

Brève d'actualité de Nature Reviews Drug Discovery sur l'approbation par la FDA de la deuxième thérapie du C. difficile fondée sur le microbiome : l'autorisation, le 26 avril 2023, de Vowst (Seres Therapeutics, SER-109, capsule orale de spores) – premier biothérapeutique oral à microbiote vivant pour la prévention des CDI récidivantes – après l'approbation en 2022 du Rebyota rectal (Ferring, RBX2660). L'article présente ces deux produits comme les premières thérapies du microbiome approuvées par la FDA et comme une étape clé de la transition de la FMT vers un statut de médicament réglementé.

[733] {European Parliament, Council of the European Union. Regulation (EU) 2024/1938 of the European Parliament and of the Council of 13 June 2024 on standards of quality and safety for substances of human origin intended for human application and repealing Directives 2002/98/EC and 2004/23/EC. Official Journal of the European Union, OJ L, 2024/1938, 17.7.2024. 2024. Link

Le règlement (UE) 2024/1938 relatif aux substances d'origine humaine (SoHO) a été adopté le 13 juin 2024 et publié au Journal officiel le 17 juillet 2024, abrogeant la directive 2002/98/CE (sang) et la directive 2004/23/CE (tissus et cellules). Il est entré en vigueur le 6 août 2024, la grande majorité de ses dispositions étant applicables à partir du 7 août 2027. Par rapport au cadre antérieur des directives, son champ d'application est étendu à d'autres substances d'origine humaine, dont le lait maternel et le microbiote intestinal — il s'agit du premier cadre juridique européen contraignant couvrant la FMT.

[734] {Organización Nacional de Trasplantes. Documento de consenso ONT-AEMPS sobre la donación, obtención, procesamiento y trasplante de microbiota fecal para el tratamiento de la infección por Clostridioides difficile. Organización Nacional de Trasplantes y Agencia Española de Medicamentos y Productos Sanitarios, Madrid. Versión final, 21 de mayo de 2025. 2025. Link

Document de consensus conjoint de l'Organisation nationale espagnole de transplantation (ONT) et de l'Agence espagnole des médicaments et des produits de santé (AEMPS) sur le don, l'obtention, la transformation et la transplantation de microbiote fécal pour le traitement de l'infection à Clostridioides difficile ; version finale du 21 mai 2025, adoptée par la Commission de transplantation du Conseil interterritorial du Système national de santé. Le document classe la FMT comme substance d'origine humaine (SoHO) au sens du règlement (UE) 2024/1938, désigne l'ONT comme autorité compétente au niveau national et les autorités SoHO désignées par les communautés autonomes au niveau régional, et leur confie l'enregistrement, l'autorisation et l'inspection des établissements exerçant des activités de FMT.

[735] Cammarota G, Ianiro G, Kelly CR et al. International consensus conference on stool banking for faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut. 2019. Link

Ce consensus international, réunissant des experts de la FMT d'Europe, d'Amérique du Nord et d'Australie, formule des recommandations sur les banques de selles pour la FMT, couvrant les principes généraux, l'organisation, la sélection et le dépistage des donneurs, le recueil, la préparation et la conservation des selles, les services et les clients, les registres, le suivi des résultats, l'éthique et le rôle clinique évolutif de la FMT. Le consensus a été obtenu par des tours Delphi complétés par une discussion plénière, les énoncés étant étayés par les meilleures données disponibles. Le document guide le développement mondial des banques de selles afin de promouvoir un accès sûr et équitable à la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile.

[736] Ministry of Interior (BM). Professional clinical guideline on conventional intestinal microbiota transplantation procedures. Identifier: 002338. Published: 15 August 2025. Valid until: 15 August 2028. (Replaces: EMMI 002080/2020.). 2025. Link

La recommandation professionnelle clinique 2025 du ministère de l'Intérieur (BM) de Hongrie (identifiant 002338, publiée le 15 août 2025, valable jusqu'au 15 août 2028, remplaçant EMMI 002080/2020) relative aux procédures conventionnelles de transplantation de microbiote intestinal définit les standards hongrois de la pratique de la FMT. Le document précise les exigences de dépistage des donneurs, de traitement des selles, de conservation et de traçabilité en cohérence avec le règlement SoHO de l'UE ; définit les indications (principalement la CDI récidivante et réfractaire, avec un cadre de recherche pour les autres indications) ; précise les voies d'administration (capsule, nasogastrique/duodénale, coloscopique, lavement) ; et décrit les obligations de pharmacovigilance, de suivi et de registre. Cette recommandation constitue le standard national opérationnel des services hospitaliers de FMT en Hongrie et aligne la pratique nationale sur le consensus européen.

[738] Khanna S, Pardi DS. Clostridioides difficile infection: curbing a difficult menace. Therap Adv Gastroenterol. 2022. Link

La revue de Khanna et Pardi publiée en 2022 dans Therapeutic Advances in Gastroenterology, « Clostridioides difficile infection : curbing a difficult menace », propose une mise à jour complète de l'épidémiologie, de la pathogenèse, du diagnostic et de la prise en charge moderne de la CDI. Les auteurs abordent le glissement vers la fidaxomicine et le bezlotoxumab au détriment de la vancomycine comme traitements préférentiels, le rôle de la FMT dans la CDI récidivante et l'émergence des produits à base de microbiote (Rebyota, Vowst). Les facteurs de risque (antibiotiques, IPP, hospitalisation, âge avancé, comorbidités) sont passés en revue en parallèle du contrôle de l'infection. L'article situe la CDI dans le paradigme plus large de la perturbation du microbiote et traite de la prévention, du bon usage des tests diagnostiques et de l'évolution de l'algorithme thérapeutique. Une référence clé pour la pratique clinique actuelle de la CDI.

[739] {Paul-Ehrlich-Institut. Substances of Human Origin: Paul-Ehrlich-Institut to Assume Central Roles Within the Framework of the SoHO Regulation. Paul-Ehrlich-Institut, Bundesinstitut für Impfstoffe und biomedizinische Arzneimittel, Langen. 2026. Link

Communication officielle du Paul-Ehrlich-Institut (PEI) indiquant qu'en Allemagne le PEI agira comme autorité nationale SoHO (SoHO national authority) et également comme autorité compétente SoHO, chargée de l'autorisation des préparations SoHO, tandis que les autorités des Länder conservent les missions de surveillance. La communication précise explicitement que le champ d'application du règlement (UE) 2024/1938 est étendu à d'autres substances, à savoir le lait maternel et le microbiote intestinal. Le règlement est entré en vigueur le 6 août 2024 et devient directement applicable le 7 août 2027, après une phase de mise en œuvre de trois ans.

[740] Stallmach A, von Müller L, Storr M, Link A, Konturek PC, Solbach PC, Weiss KH, Wahler S, Vehreschild MJGT. Fäkaler Mikrobiota-Transfer (FMT) in Deutschland – Status und Perspektive. Zeitschrift für Gastroenterologie 62(4):490-499. 2024. Link

Revue d'experts allemands sur la situation et les perspectives du transfert de microbiote fécal (FMT) en Allemagne. Elle expose qu'en Allemagne la FMT relève du statut de médicament au sens de la loi allemande sur les médicaments (Arzneimittelgesetz, AMG) et décrit les conséquences qui en découlent en matière d'autorisation et d'accès pour la pratique clinique. Référence nationale standard sur la situation réglementaire allemande de la FMT.

[741] {Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM). La transplantation de microbiote fécal et son encadrement dans les essais cliniques. ANSM, Saint-Denis. Version de novembre 2016 (mise à jour de la version de juin 2015). 2016. Link

Document-cadre de l'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM) sur la transplantation de microbiote fécal et son encadrement dans les essais cliniques ; version de novembre 2016, mise à jour de la version de juin 2015. Le document établit que le microbiote fécal relève du statut de médicament en droit français, car il est présenté comme possédant des propriétés curatives ou préventives à l'égard des maladies humaines. Hors essais cliniques, il peut être préparé en tant que préparation magistrale ou hospitalière (article L. 5121-1 du Code de la santé publique), et sa préparation doit s'effectuer sous la responsabilité d'une pharmacie à usage intérieur (PUI). Document fondateur de la réglementation française de la FMT.

[743] Bruggeman A, Vandendriessche C, Hamerlinck H, De Looze D, Tate DJ, Vuylsteke M, De Commer L, Devolder L, Raes J, Verhasselt B, Laukens D, Vandenbroucke RE, Santens P. Safety and efficacy of faecal microbiota transplantation in patients with mild to moderate Parkinson's disease (GUT-PARFECT): a double-blind, placebo-controlled, randomised, phase 2 trial. eClinicalMedicine. 2024. Link

GUT-PARFECT : essai de phase 2 randomisé, en double aveugle et contrôlé par placebo dans la maladie de Parkinson légère à modérée (n=46, une seule FMT nasojéjunale provenant d'un donneur sain contre selles autologues). À 12 mois, le bras FMT-donneur a montré une amélioration plus importante du score moteur MDS-UPDRS partie III (−5,8 contre −2,7 points) et un temps de transit colique plus court. Seuls des effets indésirables gastro-intestinaux légers et transitoires sont survenus, sans événement indésirable grave. L'effet est modéré et provient d'un seul essai de taille moyenne.

[744] Scheperjans F, Levo R, Bosch B, Lääperi M, Pereira PAB, Smolander OP, Aho VTE, Vetkas N, Toivio L, Kainulainen V, Fedorova TD, Lahtinen P, Ortiz R, Kaasinen V, Satokari R, Arkkila P. Fecal Microbiota Transplantation for Treatment of Parkinson Disease: A Randomized Clinical Trial. JAMA Neurology. 2024. Link

Essai finlandais randomisé et contrôlé par placebo dans la maladie de Parkinson (n=45, FMT par coloscopie contre placebo, ratio 2:1). Le critère d'évaluation principal — la variation du score total MDS-UPDRS parties I–III à 6 mois — n'a pas différé entre les groupes. Les effets indésirables gastro-intestinaux ont été plus fréquents dans le bras FMT (16 [53 %] contre 1 [7 %]). Cet essai est négatif : les données sur la FMT dans la maladie de Parkinson sont contradictoires et aucun bénéfice moteur n'est établi.

[745] Ross AA, Doxey AC, Neufeld JD. The Skin Microbiome of Cohabiting Couples. mSystems. 2017. Link

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FMT dans la maladie de Crohn — revue systématique — 15 études (2 RCT, 13 cohortes). Les FMT multiples ont montré un taux de réponse précoce plus élevé. Efficacité précoce de la voie digestive haute 75–100 % vs voie basse 30–58 %. Aucun événement indésirable grave n'est survenu.