IX. 1. L'axe microbien bucco-intestinal

Votre microbiome intestinal commence dans la bouche – les bactéries buccales avalées chaque jour atteignent l'intestin, où une dysbiose buccale peut alimenter une inflammation bien en aval.

La bouche, porte d'entrée – là où commence le microbiome

Votre microbiote^[G] intestinal ne commence pas dans l'estomac. Il commence dans votre bouche [144].

Le lien entre le microbiome^[G] buccal et la santé systémique était compris en médecine bien avant l'ère du microbiote intestinal – mais à travers un prisme plus étroit. Streptococcus mutans et les Streptococcus viridans buccaux étaient connus depuis le début du XXe siècle comme agents, respectivement, de la carie dentaire et de l'endocardite bactérienne. Le concept plus large selon lequel la cavité buccale ensemence l'intestin en micro-organismes d'une façon biologiquement significative n'a émergé que bien plus tard. Les travaux de Hajishengallis et de ses collègues entre 2010 et 2015 ont identifié Porphyromonas gingivalis comme un pathogène « clé de voûte » de faible abondance, qui entretient la parodontite et l'inflammation systémique associée en subvertissant la communauté parodontale commensale et le système du complément [079]. La preuve directe du passage vers l'intestin ne vient toutefois pas de ces travaux : Arimatsu et ses collègues ont montré dans une expérience chez la souris (souris C57BL/6N, administration orale de P. gingivalis deux fois par semaine pendant cinq semaines) que le P. gingivalis dégluti modifie la composition du microbiote intestinal, altère la fonction de barrière intestinale et conduit, par une endotoxémie, à une inflammation systémique et à des modifications métaboliques (Scientific Reports, 2014). [642] Dans une étude publiée dans Science en 2017, Atarashi et ses collègues ont montré que des souches de Klebsiella multirésistantes isolées de la salive de patients atteints de maladie inflammatoire chronique de l'intestin (maladie de Crohn, rectocolite hémorragique) colonisaient l'intestin de souris axéniques^[G], induisaient fortement les cellules TH1 et provoquaient une inflammation intestinale sévère chez des hôtes murins génétiquement susceptibles [077]. Aucune étude humaine équivalente n'est disponible pour l'un ou l'autre de ces mécanismes. Le microbiote buccal ne se contentait pas de cohabiter avec le microbiote intestinal : il apportait des pathobiontes capables de déclencher une activation immunitaire intestinale. [643] La portée clinique est que la santé buccale n'est pas un domaine distinct de la santé intestinale – elle en est un déterminant microbien en amont. Les patients atteints de maladie parodontale chronique entretiennent un réservoir continu d'organismes buccaux dysbiotiques qui ensemencent l'intestin par la déglutition, contribuant potentiellement à l'inflammation intestinale ou l'entretenant. [144] En pratique clinique, cela signifie que l'évaluation de l'état d'hygiène bucco-dentaire est pertinente chez tout patient présentant une inflammation gastro-intestinale inexpliquée ou réfractaire, et que le traitement parodontal doit être considéré comme un élément d'une stratégie globale de prise en charge du microbiote intestinal plutôt que comme une affaire dentaire séparée.

La cavité buccale est le point d'entrée du tube digestif et héberge l'une des communautés microbiennes les plus diverses du corps humain – dépassée seulement par le côlon. Environ 700 espèces bactériennes (taxons procaryotes) ont été identifiées dans le microbiome buccal, résidant dans des niches écologiques distinctes : surfaces dentaires, sillons gingivaux, dos de la langue, muqueuse buccale, amygdales et salive [648]. Cette communauté n'est pas isolée ; elle est continuellement avalée, introduisant des bactéries buccales dans le tube digestif à chaque repas et tout au long de la journée [077].

L'axe microbien bucco-intestinal décrit la relation bidirectionnelle entre les microbiomes buccal et intestinal. Dans des conditions saines, les barrières physiques et immunitaires du tube digestif – acide gastrique, bile, enzymes pancréatiques et immunité muqueuse – empêchent la plupart des bactéries buccales de s'implanter dans l'intestin. Cependant, lorsque ces barrières sont altérées, ou lorsque la dysbiose^[G] buccale produit des bactéries en quantités qui dépassent les mécanismes normaux d'élimination, les micro-organismes buccaux atteignent et colonisent la muqueuse intestinale.

Les pathogènes parodontaux – Porphyromonas gingivalis, Fusobacterium nucleatum, Treponema denticola et Tannerella forsythia – comptent parmi les espèces buccales les plus régulièrement détectées dans les échantillons intestinaux de patients atteints de maladie inflammatoire chronique de l'intestin, de cancer colorectal et d'autres pathologies intestinales. Fusobacterium nucleatum est aujourd'hui l'une des espèces de translocation bucco-intestinale les plus étudiées, avec des liens mécanistiques directs avec la modulation du microenvironnement tumoral colorectal.

Le microbiome buccal influence la santé systémique par de multiples voies au-delà de la translocation intestinale directe. Les bactéries buccales entrent dans la circulation sanguine lors de la mastication, du brossage des dents, des soins dentaires, ou à travers un tissu gingival enflammé. La bactériémie (la présence de bactéries dans la circulation sanguine ; une complication rare mais grave) (la présence de bactéries dans la circulation sanguine) – même transitoire – expose des tissus distants à des produits et antigènes bactériens, contribuant à l'activation immunitaire systémique et à une inflammation chronique de bas grade. Cette voie relie la dysbiose buccale aux maladies cardiovasculaires, au syndrome métabolique, à la polyarthrite rhumatoïde et aux issues défavorables de grossesse.

Le métabolisme des nitrates est une fonction cliniquement importante du microbiome buccal. Les nitrates alimentaires issus des légumes sont réduits en nitrite par les bactéries buccales (en particulier les espèces de Neisseria et de Rothia), lequel est ensuite converti dans l'estomac en oxyde nitrique – une molécule vasodilatatrice et antimicrobienne aux bénéfices cardiovasculaires et intestinaux systémiques. L'usage de bains de bouche qui tuent les bactéries buccales perturbe cette voie nitrate-nitrite-oxyde nitrique, avec des effets aigus mesurables sur la pression artérielle et la capacité à l'effort.

La salive est à la fois un habitat microbien et un milieu de transport. La déglutition d'environ 1.5 litre de salive par jour délivre un flux continu de micro-organismes buccaux dans l'intestin. En cas de dysbiose buccale – caractérisée par une diversité réduite et une abondance élevée de pathobiontes –, cette inoculation quotidienne amplifie l'exposition intestinale à des espèces potentiellement nocives.

Maintenir la santé du microbiome buccal n'est donc pas une préoccupation purement dentaire. C'est une composante à part entière de la prise en charge du microbiote systémique et intestinal, en particulier chez les patients recevant une FMT ou engagés dans un programme actif de restauration du microbiote.

Soutenir l'axe bucco-intestinal en pratique clinique

L'hygiène bucco-dentaire est le principal déterminant modifiable de la composition du microbiome buccal. Un brossage régulier, un nettoyage interdentaire et un nettoyage de la langue réduisent la charge en pathobiontes et soutiennent les communautés bactériennes buccales commensales, réduisant directement la qualité de l'inoculum buccal délivré chaque jour à l'intestin.

L'alimentation est un moteur majeur de la composition du microbiome buccal. Le sucre alimentaire nourrit les bactéries buccales acidogènes (Streptococcus mutans, espèces de Lactobacillus) qui provoquent la déminéralisation de l'émail et la dysbiose buccale. Réduire la fréquence et la quantité de sucre – non seulement la quantité totale, mais le nombre d'expositions quotidiennes – compte parmi les interventions alimentaires les plus efficaces pour la santé du microbiome buccal.

Les nitrates d'origine végétale soutiennent la voie nitrate bucco-systémique. Les légumes-feuilles verts (roquette, épinards, betterave, céleri) sont les sources alimentaires de nitrates les plus riches. Maintenir l'apport alimentaire en nitrates préserve le substrat disponible pour les bactéries buccales nitrato-réductrices, soutenant la production d'oxyde nitrique en aval.

L'usage d'antibiotiques, y compris les antibiotiques buccaux topiques et les bains de bouche antiseptiques, perturbe la diversité du microbiome buccal. Les cliniciens qui pilotent la restauration du microbiote intestinal prennent en compte l'exposition aux antibiotiques et antiseptiques buccaux au même titre que l'usage d'antibiotiques systémiques lorsqu'ils évaluent la charge antimicrobienne totale.

Le tabagisme et les produits du tabac produisent une dysbiose buccale majeure par toxicité muqueuse directe, altération des réponses immunitaires et modification de la disponibilité en oxygène dans la cavité buccale. Le sevrage tabagique est une intervention hautement prioritaire pour la santé du microbiome buccal et ses effets intestinaux et systémiques en aval.

L'hydratation soutient le flux salivaire, qui est un mécanisme clé du maintien du microbiome buccal. La salive tamponne le pH buccal, délivre des protéines antimicrobiennes (lactoferrine, lysozyme, sIgA) et élimine mécaniquement les bactéries des surfaces buccales. Une déshydratation chronique réduit le flux salivaire et contribue à la dysbiose buccale.

Des soins dentaires réguliers – détartrage professionnel et évaluation parodontale au moins deux fois par an – éliminent le biofilm sous-gingival qui ne peut être traité par la seule hygiène à domicile, réduisent la charge en pathobiontes parodontaux et soutiennent directement l'axe bucco-intestinal.

Effets sur le microbiote

• La dysbiose buccale constitue une source continue d'inoculation de l'intestin en pathobiontes par la déglutition quotidienne de salive, contribuant à la dysbiose intestinale en particulier lorsque les barrières gastrique et immunitaire sont altérées [077].
• Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis et d'autres pathogènes parodontaux transloquent vers l'intestin et ont été détectés dans le tissu de cancer colorectal, la muqueuse en cas d'IBD (inflammatory bowel disease : maladie de Crohn et rectocolite hémorragique) et des échantillons hépatiques, avec des rôles mécanistiques directs dans la promotion tumorale et l'inflammation intestinale [042].
• La voie buccale nitrate-nitrite-oxyde nitrique, médiée par les bactéries commensales buccales, produit de l'oxyde nitrique aux propriétés vasodilatatrices, antimicrobiennes et favorables à la barrière intestinale – une fonction perturbée par l'usage de bains de bouche antiseptiques.
• La diversité du microbiome buccal est positivement corrélée à la diversité du microbiote intestinal chez les personnes en bonne santé ; la restauration de la santé du microbiome buccal après traitement parodontal est associée, dans certaines études, à une amélioration partielle de la composition du microbiote intestinal.
• La bactériémie issue d'une dysbiose buccale active des voies immunitaires systémiques qui augmentent indirectement la perméabilité intestinale^[G] et l'inflammation muqueuse, même en l'absence de translocation bactérienne directe de la bouche vers l'intestin.
• La composition microbienne salivaire prédit partiellement la composition du microbiote intestinal, ce qui suggère que le microbiome buccal n'est pas un simple contributeur passif en amont, mais un façonneur actif de l'environnement microbien intestinal.

Conseils au patient

• Brossez-vous les dents deux fois par jour avec une brosse à poils souples et une technique correcte – deux minutes au minimum.
• Nettoyez chaque jour les espaces interdentaires à l'aide de brossettes interdentaires ou de fil dentaire.
• Nettoyez la langue chaque jour avec un gratte-langue ou le dos d'une brosse à dents.
• Faites réaliser un détartrage professionnel et une évaluation parodontale au moins deux fois par an.
• Réduisez la fréquence des prises de sucre – limitez les aliments et boissons sucrés aux repas plutôt que tout au long de la journée.
• Consommez chaque jour des légumes riches en nitrates (roquette, épinards, betterave, céleri) pour soutenir la voie bucco-intestinale des nitrates.
• Évitez l'usage systématique de bains de bouche antiseptiques ; ne les utilisez que sur indication clinique et pour la durée la plus courte nécessaire.
• Restez bien hydraté pour soutenir le flux salivaire et le maintien du microbiome buccal.
• Si vous fumez, considérez le sevrage comme une intervention prioritaire, tant pour le microbiote buccal que pour le microbiote intestinal.
• Signalez rapidement à votre chirurgien-dentiste des gencives qui saignent, une mauvaise haleine persistante ou des douleurs buccales.

Références

[042] Yin H, Miao Z, Wang L, Su B, Liu C, Jin Y, Wu B, Han H, Yuan X. *. Fusobacterium nucleatum promotes liver metastasis in colorectal cancer by regulating the hepatic immune niche and altering gut microbiota*. Aging (Albany NY). 2022. Link

Étude mécanistique montrant que l'administration orale de *Fusobacterium nucleatum* aggrave chez la souris les métastases hépatiques du carcinome colorectal (CRC) par la modification de la niche immunitaire du foie et de la composition du microbiote intestinal. L'article documente une élévation systémique des cytokines pro-inflammatoires et une accumulation de cellules suppressives d'origine myéloïde, ainsi qu'une diminution de l'infiltration NK et Th17. L'étude soutient un rôle causal – et non purement corrélatif – d'espèces dysbiotiques spécifiques dans la progression du CRC. C'est ce type de preuve qui sous-tend le récit de la trajectoire chronique de la section II. 2.

[077] Atarashi K, Suda W, Luo C et al. Ectopic colonization of oral bacteria in the intestine drives TH1 cell induction and inflammation. Science. 2017. Link

Cette étude gnotobiotique a montré que des souches salivaires de Klebsiella, lorsqu'elles colonisent l'intestin, sont de puissants inducteurs de lymphocytes T auxiliaires de type 1 (TH1). Ces souches de Klebsiella résistantes aux antibiotiques colonisent l'intestin lorsque le microbiote intestinal est dysbiotique et provoquent une inflammation intestinale sévère chez des hôtes génétiquement susceptibles. Ces résultats établissent la cavité buccale comme réservoir de pathobiontes intestinaux potentiels susceptibles d'aggraver des maladies telles que les IBD lorsqu'ils colonisent l'intestin de façon ectopique.

[079] Hajishengallis, G. Periodontitis: from microbial immune subversion to systemic inflammation. Nat Rev Immunol. 2015. Link

Cette revue examine comment des communautés microbiennes buccales dysbiotiques induisent la parodontite et une pathologie inflammatoire à des sites locaux et distants. Les auteurs détaillent les mécanismes microbiens de subversion immunitaire qui font basculer l'homéostasie buccale vers la maladie. La parodontite apparaît comme une maladie inflammatoire dysbiotique aux implications systémiques, incluant des liens avec les maladies cardiovasculaires et d'autres maladies chroniques. Ces éléments présentent le traitement de la parodontite comme une stratégie susceptible d'apporter des bénéfices de santé systémique.

[144] Kitamoto S, Nagao-Kitamoto H, Hein R, Schmidt TM, Kamada N. The Intermucosal Connection between the Mouth and Gut in Commensal Pathobiont-Driven Colitis. Cell. 2020. Link

Cette etude decrit la connexion intermuqueuse entre la bouche et l'intestin dans un modele murin : lors d'une inflammation buccale (parodontite), les pathobiontes oraux qui proliferent et sont deglutis — dont Klebsiella et des lymphocytes Th17 amorces au niveau parodontal — transloquent vers l'intestin, ou ils colonisent un environnement dysbiotique et aggravent la colite. Deux axes independants — microbien (bacteries orales ectopiques colonisant l'intestin) et immunologique (lymphocytes T amorces dans la bouche migrant vers l'intestin) — relient conjointement la maladie parodontale chronique a l'inflammation intestinale. Cette entree est la source de l'affirmation mecanistique du III.8 selon laquelle la cavite buccale sert de reservoir d'organismes dysbiotiques atteignant l'intestin par deglutition. **LIMITE :** un modele murin mecanistique ; ni CDI ni FMT et sans preuve d'un resultat clinique humain.

[642] Arimatsu K, Yamada H, Miyazawa H, Minagawa T, Nakajima M, Ryder MI, Gotoh K, Motooka D, Nakamura S, Iida T, Yamazaki K. Oral pathobiont induces systemic inflammation and metabolic changes associated with alteration of gut microbiota. Scientific Reports. 2014. Link

Porphyromonas gingivalis, pathogène clé de la parodontite, a été administré par voie orale à des souris C57BL/6N deux fois par semaine pendant cinq semaines et a modifié la composition du microbiote intestinal, principalement en déplaçant le rapport Bacteroidetes/Firmicutes dans l'iléon. Parallèlement à ce déplacement microbien, la fonction de barrière intestinale s'est détériorée (expression réduite des protéines de jonction serrée), l'endotoxine circulante a augmenté et une inflammation systémique de bas grade, une insulinorésistance et des altérations métaboliques de type stéatose hépatique se sont développées. L'étude a fourni la première preuve directe qu'un pathobionte oral dégluti déclenche des conséquences métaboliques systémiques en atteignant l'intestin, et non uniquement par le biais de l'inflammation parodontale. Limite principale : données uniquement murines, sans équivalent humain.

[643] Hajishengallis G, Lamont RJ. Dancing with the stars: how choreographed bacterial interactions dictate nososymbiocity and give rise to keystone pathogens, accessory pathogens, and pathobionts. Trends Microbiol. 2016. Link

Cette revue introduit le concept de nososymbiocité : une maladie résultant de communautés polymicrobiennes d'organismes indigènes perturbant l'homéostasie des surfaces muqueuses. Les auteurs décrivent des désignations fonctionnelles le long du spectre commensal–pathogène, incluant les pathogènes accessoires qui favorisent la colonisation par les pathogènes, les pathogènes clés de voûte ou alpha-bugs qui exercent une influence disproportionnée à faible abondance, et les pathobiontes qui exploitent une homéostasie perturbée. Ces éléments fournissent un cadre pour comprendre les synergies polymicrobiennes dans les maladies muqueuses inflammatoires chroniques.

[648] Dewhirst FE, Chen T, Izard J et al. The human oral microbiome. J Bacteriol. 2010. Link

Cette étude a établi la Human Oral Microbiome Database (HOMD, www.homd.org), base de données 16S rRNA du microbiote buccal, curée et fondée sur la phylogénie. La HOMD répertorie 619 taxons buccaux répartis en 13 phyla, dont Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Fusobacteria, Proteobacteria, Spirochaetes, SR1, Synergistetes, Tenericutes et TM7. Cette ressource permet l'ancrage taxonomique systématique de taxons jusqu'alors non nommés et référencés uniquement par des numéros de clone ou de GenBank, ce qui soutient une recherche reproductible sur le microbiome buccal.