4. La première semaine après la FMT

Pendant la première semaine, des gaz modérés, des ballonnements et des selles changeantes sont généralement des signes normaux de colonisation – mais quelques symptômes exigent une aide médicale immédiate.

Contactez immédiatement votre équipe clinique ou rendez-vous aux urgences si l'un des éléments suivants survient :

• Fièvre ≥38 °C

• Sang dans les selles (rouge vif ou foncé, goudronneux)

• Douleur abdominale sévère non soulagée par les selles

• Vomissements persistants

• Frissons ou tremblements

• Difficulté à respirer

• Diarrhée s'aggravant rapidement

• Éruption cutanée ou urticaire

N'attendez pas votre prochain rendez-vous programmé.

La première semaine est la plus bruyante – et c'est attendu

Les sept jours qui suivent la première dose de FMT constituent, pour la plupart des patients, la période la plus symptomatique de tout le traitement. Ce n'est pas le signe que le traitement échoue. C'est la conséquence prévisible d'une réorganisation écologique rapide et de grande ampleur dans l'intestin : des centaines d'espèces microbiennes de donneur s'y installent, entrent en compétition, fermentent et émettent des signaux simultanément, et les systèmes immunitaire et moteur de l'hôte y répondent en temps réel. Comprendre ce qui se passe sur le plan biologique – et à quoi ressemble la chronologie des symptômes attendus – est, d'après l'expérience générale en éducation du patient, l'un des outils les plus utiles pour maintenir l'observance durant cette période [51], [50].

La raison la plus fréquente d'un arrêt prématuré de la FMT est la mauvaise interprétation de symptômes normaux de la phase précoce comme signes d'échec du traitement ou d'événements indésirables graves. Combiner information écrite et information orale améliore généralement la compréhension et l'observance à cette période [51]. Ce chapitre fournit ces repères en détail.

Ce qui est normal pendant la première semaine

Modifications des selles : la réponse la plus immédiate et la plus attendue. Les changements de fréquence, de consistance et d'aspect des selles débutent dans les 12–48 heures suivant la première dose de FMT chez la plupart des patients et constituent le marqueur observable le plus direct de l'activité écologique. Des selles plus molles ou une diarrhée dans les 2–5 premiers jours sont normales et reflètent une activité de fermentation accrue, des déplacements du métabolisme des acides biliaires et des changements de la réabsorption colique de l'eau à mesure que la nouvelle communauté microbienne s'installe. La couleur des selles peut virer temporairement vers un brun plus foncé ou des tons verdâtres, reflet d'un traitement modifié des acides biliaires et de changements du temps de transit. Une fréquence accrue des selles – jusqu'à 4–6 par jour dans les 48–72 premières heures après une FMT par coloscopie – se situe dans la fourchette attendue et ne justifie ni traitement ni intervention. Aux jours 4–7, la fréquence et la consistance commencent typiquement à se normaliser vers un profil plus stable, même si la normalisation complète peut demander 2–4 semaines [7], [35].

Flatulences et ballonnements : le signal de fermentation. Une production de gaz accrue et des ballonnements abdominaux comptent parmi les symptômes les plus constants de la phase précoce, rapportés par 40–70 % des patients pendant la première semaine après FMT dans plusieurs séries cliniques [50], [35]. Ces symptômes traduisent la fermentation active de la communauté de donneur entrante lorsqu'elle rencontre les substrats alimentaires disponibles dans le côlon. La communauté du donneur arrive avec un arsenal complet d'enzymes fermentaires et peut initialement produire plus de gaz que le microbiome antérieur du receveur, en particulier si celui-ci suivait avant la FMT une alimentation pauvre en fibres ou appauvrie par les antibiotiques. Les ballonnements sont typiquement les plus marqués pendant les 2–4 premiers jours et diminuent progressivement à mesure que la communauté se stabilise. C'est inconfortable mais sans danger, et cela n'exige aucune intervention alimentaire au-delà des conseils de faible fermentation du chapitre III.1 version B. La siméticone (diméticone activée) peut être utilisée pour soulager les symptômes si la gêne liée aux gaz est importante ; cela n'interfère pas avec la greffe [50].

Légères crampes abdominales : la réorganisation péristaltique (contractions musculaires en vagues qui propulsent le contenu intestinal vers l'avant). Des crampes légères à modérées – décrites par les patients comme des vagues d'inconfort qui se résolvent spontanément et sont souvent soulagées par l'émission de gaz ou de selles – sont une constatation normale de la première semaine. Elles reflètent des changements de la motricité intestinale liés à une signalisation modifiée des métabolites microbiens, en particulier des déplacements de la composition en SCFA et des profils d'acides biliaires secondaires qui modulent le système nerveux entérique [39]. Des crampes qui cèdent à la défécation ou à l'émission de gaz, qui ne s'aggravent pas progressivement et qui ne s'accompagnent ni de fièvre ni de saignement rectal se situent dans la fourchette attendue. Des antispasmodiques (par exemple le butylbromure de hyoscine) peuvent être utilisés pour soulager les symptômes si les crampes sont très gênantes ; cela n'influence pas la greffe.

Fatigue et malaise passager : la fenêtre de réponse immunitaire. Une partie des patients – estimée à 20–40 % selon les études – rapportent une fatigue légère, un malaise général ou une baisse d'énergie dans les 3–5 premiers jours après la FMT [50], [35]. Cela reflète probablement une réponse immunitaire systémique transitoire à la nouvelle communauté microbienne : le système immunitaire muqueux échantillonne les taxons entrants du donneur et génère une réponse inflammatoire et régulatrice initiale. Chez la plupart des patients, elle est légère et spontanément résolutive ; elle disparaît à mesure que la tolérance immunitaire s'installe et n'est pas associée à des issues défavorables. Se reposer plus que d'habitude, réduire l'activité physique intense pendant cette fenêtre et maintenir une hydratation et une nutrition suffisantes sont les réponses appropriées. Une fatigue persistante au-delà du jour 5, ou une fatigue accompagnée de fièvre ou d'autres symptômes généraux, nécessite une évaluation clinique.

Modifications de l'appétit : transitoires et spontanément résolutives. Une baisse d'appétit ou de légères nausées dans les 1–3 premiers jours après la FMT sont fréquentes, en particulier après une administration par coloscopie. Elles traduisent les effets conjugués de la préparation intestinale, du vécu de la procédure, d'une motricité intestinale modifiée et de la production précoce de gaz de fermentation. Les patients devraient maintenir leurs apports hydriques (au minimum 1,5–2 L/jour) et prendre de petits repas facilement digestibles même si l'appétit est réduit. L'appétit revient typiquement en 2–4 jours. Maintenir les apports nutritionnels pendant cette période est important : la communauté de donneur entrante a besoin de substrat alimentaire pour s'installer, et un jeûne prolongé ou une suppression sévère de l'appétit pendant la première semaine peut altérer la greffe [2622].

Réponses normales et signaux d'alerte – repères jour par jour

Tableau 6 – Guide de référence des symptômes de la première semaine # La colonne « normal » décrit les réponses attendues qui ne nécessitent pas d'intervention clinique. La colonne « signal d'alerte » décrit des constatations qui exigent un contact clinique rapide, quelle que soit l'heure. En cas de doute, contactez votre équipe clinique.

Un panorama jour par jour de la première semaine

Jours 1–2 : pic de turbulence écologique. Les 48 premières heures après une FMT de phase d'induction sont typiquement les plus symptomatiques. Chez les patients traités par coloscopie, les effets résiduels de la préparation intestinale – dont une fréquence accrue des selles et des pertes hydriques – se superposent à la réponse de fermentation initiale de la communauté du donneur. Les patients traités par capsules connaissent typiquement un début plus graduel. La priorité, à cette période, est l'hydratation (au minimum 2 L/jour), le repos et le maintien d'apports alimentaires légers. Commencez vos entrées dans le journal alimentaire et des symptômes dès le jour 1 si ce n'est pas déjà fait.

Jours 3–4 : stabilisation précoce. La fréquence des selles commence typiquement à diminuer et la consistance à se raffermir. Les ballonnements restent souvent marqués mais sont habituellement moins aigus. Le niveau d'énergie commence à revenir. L'appétit s'améliore typiquement. C'est une fenêtre de surveillance critique : les patients qui ne montrent aucune amélioration de la fréquence ou de la consistance des selles au jour 4, ou qui développent de nouveaux symptômes à cette période, devraient contacter leur équipe clinique.

Jours 5–7 : début de la consolidation écologique. La plupart des patients rapportent une amélioration nette de la consistance des selles et une diminution des gaz et des ballonnements aux jours 5–7. C'est le début de la stabilisation écologique : la communauté du donneur prend des positions dominantes dans le paysage des niches coliques, la production de SCFA se normalise et les profils d'acides biliaires évoluent vers un schéma plus favorable à la résistance à la colonisation. Certains patients rapportent des améliorations de l'énergie, de l'humeur ou du sommeil pendant cette fenêtre, reflet de changements précoces de la signalisation de l'axe intestin-cerveau [39], [53]. C'est aussi la fenêtre où le signal de compatibilité de la phase 0 devient interprétable : l'équipe clinique examinera votre journal à la fin du premier cycle de 8 jours pour évaluer la réponse à la préparation.

Et si les symptômes ne s'améliorent pas au jour 7 ? Une minorité de patients connaissent une période symptomatique de première semaine prolongée au-delà du jour 7. Cela n'indique pas nécessairement un échec du traitement. Dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin en particulier, la perturbation écologique initiale induite par la FMT peut prolonger la période symptomatique à 10–14 jours avant qu'une amélioration nette n'apparaisse [35], [31]. Toutefois, toute aggravation par rapport à l'état de référence – et non des symptômes inchangés ou en amélioration graduelle – justifie une réévaluation clinique. L'équipe clinique s'appuie sur cette évaluation pour distinguer une réponse prolongée attendue d'événements indésirables ou de problèmes de compatibilité imposant une modification du protocole.

Lire le signal de compatibilité pendant la phase 0

Les patients en phase d'évaluation de compatibilité (phase 0) font l'objet d'une observation clinique structurée, et non d'une induction complète. Le vécu symptomatique de chaque cycle de 8 jours sert à établir un profil de compatibilité pour chaque préparation de donneur testée. Comprendre comment l'équipe clinique interprète ce signal aide les patients à s'investir plus activement dans la tenue de leur journal.

Signal de compatibilité positif. Défini comme : amélioration partielle ou complète d'au moins un symptôme cible (consistance des selles, ballonnements, douleur), absence de nouveaux symptômes indésirables et absence de réponse systémique (ni fièvre, ni réaction cutanée). Un signal positif n'exige pas une amélioration spectaculaire – même une stabilisation ou une légère amélioration compte comme une réponse favorable aux faibles doses utilisées en phase 0. Un signal positif confirme que la préparation retenue peut passer à l'induction.

Signal neutre. Défini comme : aucun changement significatif des symptômes cibles dans un sens ou dans l'autre, aucune réponse défavorable. Un signal neutre peut refléter une dose insuffisante pour produire une réponse détectable aux niveaux de la phase 0, une inadéquation de la préparation de donneur, ou un microbiome hôte actuellement trop résistant à une perturbation écologique à faible dose. L'équipe clinique déterminera s'il convient de poursuivre avec la même préparation à dose d'induction ou de tester une autre préparation au cycle suivant.

Signal défavorable. Défini comme : symptômes nouveaux ou nettement aggravés, temporellement associés à l'administration de la préparation et non expliqués par des facteurs alimentaires ou d'autres facteurs confondants. Un signal défavorable entraîne un changement immédiat de préparation et une réévaluation clinique. Cela ne signifie pas que la FMT ne fonctionnera pas – cela signifie que la préparation précise testée n'est pas la bonne, et le processus de sélection itératif passe à la préparation candidate suivante. C'est précisément pour cela que la phase 0 existe.

Effets sur le microbiote

• Dans les 24–72 heures suivant une FMT par coloscopie, les études de séquençage du microbiome montrent des déplacements rapides et de grande ampleur de la composition communautaire : les taxons du donneur commencent à apparaître dans les selles du receveur dès les 24 premières heures et, en cas de greffe réussie, ils représentent la majorité des séquences détectables en 48–72 heures [7], [34].
• La diarrhée et les selles molles précoces après FMT reflètent la combinaison d'une réabsorption colique de l'eau modifiée – la nouvelle communauté microbienne réorganisant la signalisation du transport hydro-électrolytique – et d'une charge fermentaire transitoirement accrue ; l'effet net sur la consistance des selles se normalise typiquement en 3–7 jours, lorsque la fermentation atteint un équilibre écologique [7], [35].
• Les profils de SCFA dans les selles se modifient substantiellement au cours de la première semaine après FMT, les concentrations de butyrate augmentant progressivement à mesure que les taxons producteurs de butyrate du donneur (Faecalibacterium prausnitzii, Roseburia spp., Eubacterium rectale) s'installent dans le côlon du receveur ; ce déplacement des SCFA est corrélé à des améliorations de la fonction de barrière muqueuse et à une baisse de la signalisation inflammatoire [39], [54].
• Le métabolisme des acides biliaires secondaires est restauré en quelques jours après une FMT réussie chez les patients atteints d'ICD, les selles du receveur montrant des concentrations croissantes d'acides biliaires secondaires (acide désoxycholique, acide lithocholique) qui inhibent la germination et la sporulation de C. difficile ; ce déplacement des acides biliaires est l'un des principaux mécanismes de la guérison rapide de l'ICD [7].
• L'activation immunitaire innée muqueuse – reflétée par les taux de calprotectine fécale (marqueur protéique de l'inflammation intestinale dans les selles) (protéine mesurable dans les selles qui témoigne d'une inflammation intestinale) – montre typiquement une élévation transitoire initiale dans les 3–5 premiers jours après la FMT, suivie d'un déclin progressif au cours des semaines 2–6, à mesure que la tolérance immunitaire muqueuse à la communauté du donneur s'installe ; une hausse initiale de la calprotectine est donc attendue et n'indique pas de lésion muqueuse délétère [31], [54].
• Des changements de la signalisation de l'axe intestin-cerveau sont détectables dès la première semaine chez certains patients : des déplacements précoces du métabolisme du tryptophane vers la production de précurseurs de la sérotonine, et une normalisation de la disponibilité des précurseurs du GABA, peuvent contribuer aux améliorations de l'humeur et de l'énergie rapportées par une partie des patients aux jours 5–7 [53].
• Les communautés de bactériophages transférées lors de la FMT commencent à remodeler la composition de la communauté bactérienne du receveur dans les 48–72 premières heures par prédation bactérienne sélective ; la greffe des phages est typiquement plus durable que la greffe bactérienne chez certains patients, des phages du donneur restant détectables dans les selles du receveur 12 mois après la FMT dans jusqu'à 40 % des cas [30].

Conseils au patient

• Dès le jour de votre première dose de FMT, gardez votre journal alimentaire et des symptômes sur vous ou immédiatement accessible. Notez chaque jour : la fréquence des selles et le score sur l'échelle de Bristol, les symptômes abdominaux cotés de 0 à 10, le niveau d'énergie coté de 0 à 10, ce que vous avez mangé et bu, les médicaments pris et tout symptôme inhabituel.
• Donnez la priorité à l'hydratation pendant la première semaine : visez au minimum 2 litres d'eau ou de boissons sans caféine par jour. Les selles molles et l'activité de fermentation accrue augmentent les pertes hydriques ; une hydratation insuffisante peut aggraver la fatigue, concentrer les urines et favoriser les céphalées après FMT.
• Prenez des repas réguliers et légers pendant les 3 premiers jours, même si votre appétit est réduit. Choisissez des aliments facilement digestibles à teneur modérée en fibres : porridge d'avoine, légumes cuits, banane mûre, riz blanc avec pomme de terre refroidie, poisson ou poulet vapeur. Évitez les crucifères crus, les légumineuses sèches, l'oignon et l'ail crus, ainsi que les aliments riches en graisses pendant les 5 premiers jours. Suivez les conseils alimentaires de la version B du chapitre III.1.
• Réduisez l'intensité de l'exercice physique pendant les 3–5 premiers jours. La marche légère est bénéfique et soutient la motricité intestinale ; l'entraînement de haute intensité, le port de charges lourdes ou les efforts d'endurance devraient être évités jusqu'à ce que le profil des selles se stabilise. Un exercice intense pendant la période de turbulence écologique maximale augmente la perméabilité intestinale et peut nuire à la greffe [52].
• Ne prenez pas d'antidiarrhéiques (lopéramide, phosphate de codéine) de votre propre initiative sans avis clinique. Ces agents réduisent la motricité intestinale et peuvent altérer la distribution et l'établissement écologique de la communauté du donneur pendant la première semaine. Si la diarrhée est très éprouvante, contactez votre équipe clinique avant de prendre tout médicament ralentissant le transit.
• La siméticone (diméticone activée) peut être utilisée sans danger pour soulager gaz et ballonnements et n'interfère pas avec la greffe. Les doses standard en vente libre (40–125 mg après les repas et au coucher) peuvent être prises au besoin. Des antispasmodiques (par exemple le butylbromure de hyoscine) peuvent être pris pour soulager les crampes si l'équipe clinique ne les a pas contre-indiqués.
• N'interprétez pas les symptômes de la première semaine comme le résultat final de votre traitement. Les 7 premiers jours correspondent à une turbulence écologique, non au point d'arrivée. Le bénéfice thérapeutique de la FMT apparaît typiquement à partir de la deuxième semaine, à mesure que la nouvelle communauté se consolide. L'arrêt prématuré fondé sur les symptômes de la première semaine est l'une des causes d'échec du traitement les plus fréquentes et les plus évitables.
• Si votre affection sous-jacente semble s'aggraver pendant la première semaine, ne paniquez pas et n'attribuez pas immédiatement cela à un échec du traitement. Une aggravation initiale est documentée chez 20–35 % des patients atteints de MICI dans les 1–2 premières semaines de FMT et ne préjuge pas du résultat final [35], [31]. Consignez l'aggravation dans votre journal, contactez votre équipe clinique pour évaluation et poursuivez le protocole sauf indication contraire explicite.
• Reportez-vous chaque jour, pendant la première semaine, aux signaux d'alerte énumérés dans le tableau 1 de ce chapitre. Si vous présentez un élément de la colonne des signaux d'alerte, contactez immédiatement votre équipe clinique. N'attendez pas un rendez-vous programmé ; n'essayez pas de gérer seul un signal d'alerte.
• À la fin du jour 7 (ou lors du premier suivi programmé), tenez les données de votre journal prêtes pour examen par votre équipe clinique. Cet examen est le principal outil clinique d'évaluation de la compatibilité en phase 0 et de décision pour le cycle suivant. La qualité de la tenue de votre journal détermine directement la qualité de la décision clinique.

Références

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[30] Zuo T, Wong SH, Lam K et al. Bacteriophage transfer during faecal microbiota transplantation in Clostridium difficile infection is associated with treatment outcome. Gut. 2018. Link

[31] Moayyedi P, Surette MG, Kim PT et al. Fecal Microbiota Transplantation Induces Remission in Patients With Active Ulcerative Colitis in a Randomized Controlled Trial. Gastroenterology. 2015. Link

[34] Smillie CS, Sauk J, Gevers D et al. Strain tracking reveals the determinants of bacterial engraftment in the human gut following fecal microbiota transplantation. Cell Host Microbe. 2018. Link

[35] Paramsothy S, Kamm MA, Kaakoush NO et al. Multidonor intensive faecal microbiota transplantation for active ulcerative colitis: a randomised placebo-controlled trial. Lancet. 2017. Link

[39] Koh A, De Vadder F, Kovatcheva-Datchary P, Bäckhed F. From Dietary Fiber to Host Physiology: Short-Chain Fatty Acids as Key Bacterial Metabolites. Cell. 2016. Link

[50] Marcella C, Cui B, Kelly CR, Ianiro G, Cammarota G, Zhang F. Systematic review: the global incidence of faecal microbiota transplantation-related adverse events from 2000 to 2020. Aliment Pharmacol Ther. 2000. Link

[51] Hourigan SK, Oliva-Hemker M. Fecal Microbiota Transplantation in Children: A Brief Review. Pediatr Res. 2016. Link

[52] Cook MD, Allen JM, Pence BD et al. Exercise and gut immune function: evidence of alterations in colon immune cell homeostasis and microbiome characteristics with exercise training. Immunol Cell Biol. 2016. Link

[53] Cryan JF, O'Riordan KJ, Cowan CSM et al. The Microbiota-Gut-Brain Axis. Physiol Rev. 2019. Link

[54] Sokol H, Landman C, Seksik P et al. Fecal microbiota transplantation to maintain remission in Crohn's disease: a pilot randomized controlled study. Microbiome. 2020. Link

[2622] Bibbò S et al. Nutritional optimization of fecal microbiota transplantation in humans: a scoping review. Gut Microbes. 2025. Link