III. 7. Phase de décroissance

La phase de décroissance n'est pas le retrait du traitement mais sa réussite : à mesure que le soutien externe diminue, le microbiome apprend à se maintenir sans renfort.

ℹCRITÈRES D'ENTRÉE DANS LA PHASE DE DÉCROISSANCELa phase de décroissance ne peut débuter que lorsque toutes les conditions suivantes sont réunies simultanément :

• Profil symptomatique stable pendant ≥2 semaines consécutives
• Échelle de Bristol constamment à 3–4
• Aucun symptôme nouveau ou aggravé au cours des 14 jours précédents
• Le journal confirme l'adhésion au calendrier complet de dosage de la consolidation

La décroissance n'est pas un retrait – L'écologie de la diminution du soutien externe

La phase de décroissance est la troisième et dernière phase active du protocole FMT de MicroBiome Bank (un protocole pilote propriétaire non validé de façon indépendante par un essai contrôlé randomisé externe). Sa caractéristique déterminante est la réduction progressive de l'apport microbien externe – la diminution progressive de la fréquence des doses de capsules – tandis que la communauté du donneur, désormais consolidée, évolue vers un auto-entretien autonome. La phase de décroissance n'est pas la fin du traitement au sens classique ; c'est le début du fonctionnement indépendant du microbiome du patient, sans nécessité de renfort externe continu.

Une idée fausse fréquente et cliniquement importante consiste à croire que réduire la fréquence des capsules signifie que le traitement est retiré, ou que le patient est laissé sans soutien. C'est l'inverse qui est vrai : la décroissance est engagée précisément parce que le traitement a suffisamment bien fonctionné pour que le soutien externe puisse être réduit. L'analogie écologique est exacte : un projet de restauration forestière n'exige pas de replanter indéfiniment une fois que les arbres plantés ont établi leur système racinaire, étendu leur canopée et commencé à se ressemer. L'intervention a réussi ; sa poursuite à la même intensité serait redondante et potentiellement contre-productive, en empêchant la communauté émergente de développer une dynamique écologique autonome [480], [108].

La justification biologique de la décroissance est tout aussi ancrée dans la physiologie immunitaire. Un dosage microbien soutenu à haute fréquence sur des périodes prolongées peut entretenir un état d'activation immunitaire muqueuse de bas grade – le système immunitaire échantillonnant en continu le matériel entrant – qui n'est pas optimal pour la stabilisation à long terme d'une réponse tolérogène muqueuse. Réduire la fréquence des doses permet au système immunitaire muqueux de consolider sa tolérance envers la communauté établie, sans le stimulus récurrent de nouveaux inocula à haute densité [481], [482]. La décroissance n'est donc pas seulement commode sur le plan logistique ; elle peut activement soutenir la maturation immunologique qui sous-tend une rémission durable.

Le calendrier de décroissance – Du quotidien à l'indépendance

Le calendrier de décroissance est individualisé par l'équipe clinique en fonction de la trajectoire de réponse du patient en phase 2, du diagnostic sous-jacent, du profil immunitaire et des facteurs de l'exposome. Le cadre général suit un modèle de fréquence décroissante sur les semaines 7–12 ou au-delà, avec une réévaluation clinique à chaque point de transition. Une trajectoire de décroissance typique pour un patient non-CDI ayant achevé 60 jours de consolidation est illustrée ci-dessous ; les calendriers individuels peuvent être plus prudents ou plus rapides selon l'évaluation clinique.

Tableau 9 – Calendrier de fréquence de décroissance typique pour les patients non-CDI achevant une consolidation de 60 jours (protocole clinique MicroBiome Bank ; validation par essai contrôlé randomisé externe en cours) # Les calendriers individuels sont déterminés par l'équipe clinique ; les transitions n'ont lieu que lorsque les critères de stabilité du palier en cours sont remplis. Certains patients atteints d'affections sévères ou réfractaires peuvent nécessiter un entretien prolongé au palier 4 ou 5 plutôt que de progresser vers un entretien autonome.

Reconnaître et gérer le rebond pendant la décroissance

Le rebond – la réapparition ou l'aggravation des symptômes pendant un palier de décroissance – est le signal clinique le plus important à surveiller pendant la phase 3. Il indique que la stabilité autonome de la communauté du donneur, à la fréquence de dosage actuelle, est insuffisante pour maintenir l'équilibre écologique sans soutien externe supplémentaire. Le rebond ne signifie pas que la FMT a échoué ; il signifie que la décroissance progresse plus vite que ne le permet le niveau actuel d'indépendance écologique de la communauté.

Distinguer le rebond d'une fluctuation normale. La variation symptomatique normale d'un jour à l'autre – petits changements de consistance des selles, ballonnements légers après une variation alimentaire, fatigue transitoire – se poursuit tout au long de la décroissance et ne constitue pas un rebond. Le rebond se caractérise par une tendance orientée et soutenue : des symptômes qui s'aggravent progressivement sur 4–7 jours consécutifs après une réduction de fréquence, qui reviennent vers le niveau de base pré-FMT ou le dépassent, et qui ne s'expliquent pas par un facteur déclenchant alimentaire ou de mode de vie identifiable. Le journal alimentaire et symptomatique est l'outil principal pour distinguer le rebond de la fluctuation : une tendance n'est interprétable qu'avec des données quotidiennes couvrant une semaine entière.

Réponse du protocole au rebond. Si un rebond est identifié pendant la décroissance, la réponse du protocole est le retour au palier précédent (stepback), et non une réinduction : le patient revient au palier de fréquence de dosage antérieur et se stabilise pendant au moins 4 semaines avant de tenter à nouveau la même réduction de fréquence. Ce retour au palier précédent n'est pas un échec ; c'est le protocole qui fonctionne correctement, en prévenant la régression écologique qui suivrait si la fréquence réduite était maintenue face à un signal de rebond net. Chez une minorité de patients dont la communauté n'atteint pas une stabilité autonome, même au dosage du palier 4 ou 5 et après plusieurs tentatives de retour au palier précédent, un entretien à long terme à faible fréquence peut être indiqué de façon indéfinie. Il s'agit d'une décision clinique prise dans le contexte du diagnostic du patient, de sa qualité de vie et de la trajectoire globale du traitement.

Le rôle du mode de vie dans la prévention du rebond. Le risque de rebond pendant la décroissance est directement modulé par l'environnement de vie que le patient maintient. Un patient qui réduit la fréquence des capsules tout en maintenant un apport élevé en fibres alimentaires, un sommeil régulier, une activité physique modérée et des conditions de faible stress offre des conditions écologiques optimales à l'autonomie de la communauté. Un patient qui réduit la fréquence des capsules alors que son alimentation, son sommeil ou sa gestion du stress se dégradent cumule la réduction du soutien microbien externe et la réduction de conditions favorables chez l'hôte – une association qui élève substantiellement le risque de rebond [483]. La phase de décroissance n'est donc pas le moment de relâcher les modifications du mode de vie ; c'est le moment de démontrer que ces modifications sont durables et suffisamment robustes pour soutenir la communauté sans renfort externe.

Durabilité de l'implantation et résultat à long terme. Les études de suivi au niveau des souches montrent que l'implantation durable des souches du donneur est étroitement associée au résultat clinique à long terme de la FMT [484]. Il n'existe pas encore de données randomisées uniformes à long terme sur l'effet indépendant des recommandations de mode de vie après la décroissance (apport soutenu en fibres, évitement judicieux des antibiotiques à large spectre) ; sur la base de la logique écologique de l'implantation, elles peuvent toutefois être présentées comme des recommandations de soutien raisonnables pour maintenir les résultats.

Entretien à long terme – Le microbiome après la FMT

L'objectif du protocole FMT complet – évaluation de la compatibilité, induction, consolidation et décroissance – est un écosystème microbien autosuffisant qui n'a plus besoin de FMT programmée pour maintenir son état fonctionnel. À quoi ressemble cet écosystème, et qu'implique réellement l'entretien à long terme pour le patient ?

Ce que « autonome » signifie en termes écologiques. La stabilité autonome du microbiome ne signifie pas qu'il est statique ou immuable. Un écosystème stable et résilient est un écosystème capable d'absorber des perturbations – changements alimentaires, maladie passagère, stress, exposition occasionnelle aux antibiotiques – et de revenir à son état fonctionnel caractéristique après chaque perturbation, plutôt que de subir des modifications de composition irréversibles [480], [114]. Le but n'est pas une composition du microbiome figée et identique à celle du donneur ; c'est un microbiome du receveur qui intègre les capacités fonctionnelles clés issues du donneur (résistance à la colonisation, production de butyrate, signalisation immunorégulatrice) au sein d'une communauté stable et intégrée à l'hôte. Différents receveurs développeront des compositions post-FMT différentes qui partagent néanmoins ces propriétés fonctionnelles [156].

Implantation du donneur à long terme : ce que montrent les données. Les études de suivi au niveau des souches montrent que les souches du donneur et celles du receveur coexistent durablement après l'intervention, et que l'ampleur de l'implantation est largement déterminée par la composition de la communauté propre du receveur [108], [156], [488]. L'expérience clinique indique que la représentation proportionnelle des taxons du donneur s'atténue progressivement au fil des mois, à mesure que la signature microbienne propre du receveur se réaffirme – mais aucune mesure directe, au niveau des souches, de cette trajectoire pluriannuelle n'est disponible. Cela est attendu et n'indique pas un échec du traitement, à condition que les bénéfices fonctionnels (rémission des symptômes, résistance à la colonisation, production de SCFA) soient maintenus. Chez certains patients, des espèces clés de voûte spécifiques du donneur montrent une persistance à long terme remarquable – détectables par suivi métagénomique au niveau des souches même des années après la FMT – en particulier celles qui occupaient des niches où le receveur ne possédait aucun taxon endogène équivalent [484]. La signification clinique de ces profils d'implantation est un domaine de recherche actif [488].

Quand une nouvelle FMT peut-elle être nécessaire ? Une proportion des patients parvenant à un entretien autonome connaîtra une régression écologique cliniquement significative – retour des symptômes primaires approchant la sévérité pré-FMT – sur une période de 12–24 mois, en particulier après des perturbations écologiques majeures : cures d'antibiotiques prolongées, maladie gastro-intestinale sévère, chirurgie lourde ou périodes prolongées de stress élevé. Ces patients peuvent être candidats à une FMT d'entretien à la demande – une seule cure de consolidation plutôt qu'une réinduction complète – afin de rétablir la stabilité écologique. L'équipe clinique discutera des critères et de l'organisation de l'entretien à la demande lors du bilan final du protocole. Les patients ne doivent pas interpréter une régression à long terme comme signifiant que la FMT initiale était inefficace ; c'est l'écologie qui a changé, non l'intervention initiale.

Le protocole FMT complet – Une vue d'ensemble intégrée

Tableau 10 – Vue d'ensemble du protocole FMT complet : toutes les phases, de l'évaluation de la compatibilité à l'entretien autonome # Ce tableau fournit un résumé intégré de l'ensemble du parcours de traitement décrit aux chapitres II.1–II.7.

La vie après la FMT – Entretenir l'écosystème que vous avez construit

L'achèvement du protocole FMT n'est pas la fin de la relation clinique entre le patient et son microbiome. C'est le début d'une relation différente : une relation dans laquelle le patient ne reçoit plus de soutien microbien externe mais entretient activement un écosystème interne par ses choix comportementaux quotidiens. Les chapitres qui suivent dans ce guide – consacrés aux modes alimentaires, aux horaires des repas, au sommeil, à l'activité physique, au stress et à d'autres facteurs de mode de vie – ne sont pas des annexes au protocole FMT. Ils en sont l'infrastructure permanente. Chaque repas contenant des fibres, chaque horaire de sommeil régulier, chaque séance d'exercice modéré est un investissement dans la stabilité écologique de la communauté que la FMT a construite.

Le lien entre la réussite à long terme de la FMT et l'entretien du mode de vie est mécanistiquement plausible, mais il n'est pas encore étayé par des données humaines directes. Ce qui est établi : la persistance des souches du donneur varie fortement d'un receveur à l'autre, et la coexistence durable des souches du donneur et du receveur peut se maintenir pendant des mois [488] ; par ailleurs, le maintien de la production de butyrate dépend directement d'un apport continu en fibres fermentescibles [483]. On peut donc attendre un avantage écologique chez les patients qui maintiennent une grande diversité alimentaire, une activité physique régulière et une faible charge inflammatoire – mais aucune étude ciblée n'a encore quantifié le lien entre le mode de vie et la persistance des espèces du donneur à 12–24 mois. La FMT a transféré la communauté. Ce sont les choix du patient qui déterminent si elle reste.

Effets sur le microbiote

• La réduction progressive de la fréquence de dosage des capsules pendant la décroissance est associée à une augmentation du rapport entre les taxons issus du receveur et ceux issus du donneur lors du séquençage du microbiome fécal, reflétant la réaffirmation graduelle des conditions écologiques de l'hôte ; ce déplacement de composition est attendu et cliniquement acceptable à condition que les marqueurs fonctionnels (production de SCFA, résistance à la colonisation, stabilité symptomatique) soient maintenus [108], [156].
• La résilience écologique – la capacité de la communauté à revenir à sa composition caractéristique après une perturbation – augmente au cours de la phase de décroissance à mesure que la redondance métabolique s'approfondit et que les relations mutualistes interespèces mûrissent ; la résilience est mesurable par la rapidité et le caractère complet de la récupération de la communauté après une épreuve alimentaire ou pharmacologique définie [480], [114].
• Les souches du donneur et les souches propres du receveur peuvent coexister durablement après la FMT : chez les patients suivis par Li et ses collègues, une partie des souches du donneur est restée détectable de façon stable dans les mois suivant l'intervention, avant tout celles qui occupaient des niches écologiques vacantes dans la communauté pré-FMT du receveur [488]. Au-delà, on ne dispose pas encore de suffisamment de données de suivi publiées sur l'évolution à plus long terme de l'abondance des espèces du donneur, ni donc sur le taux de persistance à 12–24 mois.
• La capacité de production de butyrate – principale mesure fonctionnelle de la réussite de la consolidation – montre une stabilité à long terme supérieure à celle de la composition au niveau des espèces : les receveurs qui maintiennent un apport élevé en fibres alimentaires conservent des concentrations fécales de butyrate élevées, même lorsque la représentation des espèces du donneur diminue, ce qui indique que la capacité fonctionnelle a été transférée à la communauté résidente au sens large plutôt que de dépendre uniquement de la persistance des taxons du donneur [483].
• Le métabolisme des acides biliaires secondaires, que la FMT restaure, est l'un des mécanismes clés de la protection contre la récidive de CDI : l'activité hydrolase des sels biliaires et 7α-déshydroxylante de la communauté transférée rétablit le profil d'acides biliaires secondaires qui inhibe la germination des spores de C. difficile [487]. La communauté restaurée reste dans l'intervalle sain dans les mois qui suivent le traitement, sans poursuite du dosage de FMT [048] ; il n'existe cependant aucune donnée patient publiée sur la durabilité des concentrations d'acides biliaires secondaires au-delà de 12 mois.
• La mise en place de la tolérance immunitaire muqueuse est bien étayée sur le plan mécanistique : les acides gras à chaîne courte produits par les bactéries commensales – avant tout le butyrate – déclenchent chez la souris la différenciation des lymphocytes T régulateurs (Treg) périphériques et coliques, via une modification épigénétique du locus Foxp3 [481], [482]. En revanche, aucun suivi humain après FMT ne montre que la maturation immunitaire à 6 mois serait un meilleur prédicteur de la stabilité écologique à 24 mois que les mesures d'implantation au niveau des espèces – cela reste pour l'instant une hypothèse de travail.
• La rythmicité circadienne du microbiome – l'oscillation diurne de la composition de la communauté microbienne, synchronisée avec l'alimentation et le sommeil de l'hôte – est restaurée progressivement pendant la consolidation et maintenue pendant la décroissance chez les patients ayant des horaires de sommeil et de repas réguliers ; la perte de régularité circadienne du mode de vie pendant la phase d'entretien est associée à un amortissement progressif de ces oscillations et à une vulnérabilité accrue à la déstabilisation écologique [021].

Conseils au patient

• Comprenez la phase de décroissance comme un signal clinique positif, et non comme une réduction du soutien. Votre équipe clinique engage la décroissance parce que les éléments issus de votre journal et de l'évaluation clinique indiquent que la communauté de votre microbiome a atteint une stabilité suffisante pour commencer à fonctionner avec moins de renfort externe. C'est un marqueur de progrès.
• Suivez le calendrier de décroissance fourni par votre équipe clinique sans l'ajuster de votre propre initiative. Ne sautez pas de paliers pour accélérer le processus et ne prolongez pas les paliers au-delà de la durée prévue sans avis clinique. Le calendrier est calibré sur votre trajectoire individuelle ; les écarts dans un sens comme dans l'autre augmentent le risque de rebond ou de traitement inutilement prolongé.
• Tenez votre journal alimentaire et symptomatique pendant toute la phase de décroissance, en passant à un format de synthèse hebdomadaire à partir du palier 3, sauf indication contraire. Notez vos indicateurs clés les mêmes jours chaque semaine afin de permettre la comparaison des tendances. Le journal reste l'outil de surveillance principal, même lorsque les contacts cliniques s'espacent.
• Lors de chaque transition de palier – en particulier la première réduction de 5 à 3 jours par semaine – redoublez d'attention aux signaux précoces de rebond pendant les 7–10 premiers jours. Si vous constatez une tendance orientée à l'aggravation de la consistance des selles, de votre énergie ou des symptômes de votre maladie sous-jacente sur 4–7 jours consécutifs, contactez votre équipe clinique avant le prochain bilan prévu. L'identification précoce du rebond permet un retour au palier précédent avant qu'une régression écologique significative ne survienne.
• Maintenez ou renforcez les fondations de votre mode de vie pendant la décroissance. C'est la phase où la communauté doit prouver qu'elle peut se maintenir elle-même – votre apport en fibres alimentaires, la régularité de votre sommeil, votre activité physique et votre gestion du stress sont l'infrastructure écologique sur laquelle elle s'appuie. Réduire simultanément la fréquence des capsules et la qualité du mode de vie est le schéma le plus fréquent conduisant au rebond.
• Si vous atteignez l'entretien autonome et connaissez plus tard une période de régression écologique significative – retour des symptômes primaires sur des semaines ou des mois – contactez votre équipe clinique avant de tenter toute stratégie d'autogestion. Ne recommencez pas de votre propre initiative des probiotiques, des régimes restrictifs ou des compléments intestinaux en vente libre. Une évaluation clinique permet de déterminer si une FMT d'entretien à la demande, une intervention alimentaire ou d'autres mesures sont appropriées.
• Après avoir achevé le protocole complet, rendez-vous au bilan clinique annuel recommandé par votre équipe, même si vous vous sentez bien. La surveillance du microbiome à long terme permet de détecter précocement une dérive de composition avant qu'elle ne produise une régression symptomatique, et permet une intervention proactive avant qu'un rebond complet ne survienne.
• Informez tout nouveau médecin ou spécialiste que vous consultez – y compris les dentistes, les chirurgiens et les urgentistes – que vous avez reçu un traitement par FMT. Cela est pertinent pour les décisions de prescription d'antibiotiques, les exigences de préparation intestinale pour toute intervention future et l'évaluation de tout symptôme gastro-intestinal qui pourrait survenir. Emportez à cette fin un bref résumé écrit des dates de votre traitement FMT, de la voie d'administration et des coordonnées de votre équipe clinique.
• Considérez les recommandations relatives à l'alimentation, au sommeil et à l'activité physique présentées dans les chapitres restants de ce guide non comme des conseils de mode de vie facultatifs, mais comme le protocole d'entretien quotidien de l'écosystème que vous avez construit. La FMT a été l'intervention écologique ; le reste du guide décrit comment maintenir les conditions dans lesquelles cette intervention peut produire un bénéfice permanent.
• Si vous avez des questions sur la trajectoire à long terme de votre traitement, demandez à votre équipe clinique, lors de votre prochain bilan, une copie des données d'évaluation de votre microbiome si elles sont disponibles, ainsi qu'un échange sur ce que ces données montrent de l'état fonctionnel actuel de votre communauté. Comprendre vos propres données fait activement partie d'un engagement à long terme envers votre santé, et non d'une réception passive de décisions cliniques prises à votre sujet.

Les données par indication : une synthèse

Le tableau suivant résume la force actuelle des données concernant la FMT pour les principales indications abordées dans ce guide. Les niveaux de preuve reflètent la qualité, la cohérence et la quantité des essais cliniques et des revues systématiques disponibles au moment de la rédaction.

Tableau 11 – Synthèse des données par indication clinique de la FMT # Niveaux de preuve, base de preuves principale et remarques cliniques pour chaque indication soutenue au moment de la rédaction.

Remarque : les niveaux de preuve sont fournis pour éclairer la décision du patient. Ils ne constituent pas des recommandations cliniques. Discutez de votre indication spécifique et de sa base de preuves avec votre médecin traitant.

Références

[021] Thaiss CA, Zeevi D, Levy M, Zilberman-Schapira G, Elinav E et al. Transkingdom control of microbiota diurnal oscillations promotes metabolic homeostasis. Cell. 2014. Link

La composition et la fonction du microbiote intestinal suivent un rythme quotidien : l'abondance bactérienne et l'activité métabolique oscillent au fil du cycle jour-nuit, et cette oscillation est principalement pilotée par le rythme alimentaire de l'hôte. Lorsque le rythme est perturbé — modélisé ici chez la souris et sur des échantillons humains après un vol intercontinental —, l'oscillation du microbiote disparaît et une dysbiose s'installe ; le transfert de cette flore arythmique à des souris axeniques induit des troubles métaboliques. Conclusion : un rythme quotidien régulier est l'une des conditions de la stabilité du microbiote — d'où l'intérêt d'une heure de lever fixe et d'une lumière matinale dès les premiers jours du traitement.

[048] Weingarden A, González A, Vázquez-Baeza Y, Weiss S, Humphry G, Berg-Lyons D, Knights D, Unno T, Bobr A, Kang J, Khoruts A, Knight R, Sadowsky MJ. Dynamic changes in short- and long-term bacterial composition following fecal microbiota transplantation for recurrent Clostridium. difficile infection. Microbiome. 2015. Link

Caractérisation longitudinale du microbiome après la FMT de quatre patients atteints de CDI récidivante, avec un échantillonnage quotidien pendant 28 jours, puis hebdomadaire pendant les 84 jours suivant le traitement, soit au total 151 jours. Le microbiote des receveurs s'est rétabli rapidement, en quelques jours, d'un état nettement dysbiotique vers une composition située dans la fourchette saine. La composition a ensuite continué de changer, s'est écartée de l'implant initial du donneur et a fluctué de manière dynamique tant à court qu'à long terme – tout en restant en permanence dans la fourchette du microbiote sain. L'article étaye le cadre du présent guide selon lequel une MTT réussie crée un écosystème du receveur autonome, et non une empreinte permanente calquée sur le donneur.

[108] Smillie CS, Sauk J, Gevers D, Friedman J, Sung J, Youngster I, Hohmann EL, Staley C, Khoruts A, Sadowsky MJ, Allegretti JR, Smith MB, Xavier RJ, Alm EJ. Strain Tracking Reveals the Determinants of Bacterial Engraftment in the Human Gut Following Fecal Microbiota Transplantation. Cell Host Microbe. 2018. Link

Suivi au niveau des souches après FMT : les auteurs ont examiné ce qui détermine qu'une souche donnée du donneur s'implante chez le receveur. Le meilleur prédicteur est la **composition de la propre communauté du receveur** — une souche s'implante lorsqu'un parent est déjà présent ou lorsqu'une niche écologique est libre ; la richesse et l'abondance des souches du donneur comptent également. La greffe suit donc des règles écologiques et non le hasard, et elle est modifiable du côté du receveur. Important : l'article décrit des déterminants au niveau des souches ; il ne démontre pas par un ECR que la disponibilité en fibres soit un facteur modifiable.

[114] Lozupone CA, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota. Nature. 2012. Link

Revue sur la diversité, la stabilité et la résilience du microbiote intestinal humain. En appliquant des concepts écologiques à l'intestin, les auteurs soutiennent que la **richesse et l'équitabilité spécifiques** sont des indicateurs clés de la capacité d'une communauté à résister aux perturbations : la redondance fonctionnelle d'une communauté diversifiée fait que la perte d'un seul taxon est moins déstabilisante. Ils discutent la notion de dysbiose et l'association des états de faible diversité à plusieurs maladies. Important : il s'agit d'une **revue** offrant un cadre écologique ; elle ne traite pas la CDI séparément et n'apporte pas de preuve causale.

[156] Ianiro G, Puncochar M, Karcher N, Porcari S, Armanini F, Asnicar F, Segata N. Variability of strain engraftment and predictability of microbiome composition after fecal microbiota transplantation across different diseases. Nat Med. 2022. Link

Meta-analyse metagenomique shotgun integree de 226 triades (donneur, receveur avant et apres la FMT) sur huit types de maladies differents, avec un profilage de souches ameliore. Le resultat cle : **les receveurs presentant une implantation plus elevee des souches du donneur avaient plus de chances d'obtenir un succes clinique** apres la FMT (P=0,017). L'implantation depend du donneur, de la voie d'administration (plusieurs voies — p. ex. gelules plus coloscopie simultanement — donnent une implantation plus elevee) et du receveur (plus elevee chez les patients atteints de maladies infectieuses traites par antibiotiques que chez les patients atteints de maladies non transmissibles sans antibiotiques prealables) ; les especes de Bacteroidetes et d'Actinobacteria s'implantent mieux. Cette entree est la source de l'affirmation du IV.3 selon laquelle, en raison de la variabilite d'implantation dependante du donneur, un lot de donneur alternatif (changement de LOT) peut ameliorer le resultat. **LIMITE :** meta-analyse observationnelle sur huit types de maladies (non la seule CDI), mesurant une association ; elle n'a pas etudie le changement de LOT de produit en tant que tel.

[480] Costello EK, Lauber CL, Hamady M, Fierer N, Gordon JI, Knight R. Bacterial community variation in human body habitats across space and time. Science. 2009. Link

Étude spatio-temporelle du microbiote humain portant sur jusqu'à 27 sites corporels chez 7-9 adultes sains, à quatre reprises. La composition des communautés était déterminée principalement par l'habitat corporel ; au sein d'un même habitat, la variabilité interindividuelle était élevée alors que la variabilité temporelle intra-individuelle était minime. Les sites cutanés hébergeaient des communautés plus diversifiées que l'intestin et la bouche et différaient par leurs schémas d'assemblage communautaire. Ces données établissent la biogéographie de référence du microbiote humain sain et un référentiel pour les déviations associées aux maladies.

[481] Arpaia N, Campbell C, Fan X et al. Metabolites produced by commensal bacteria promote peripheral regulatory T-cell generation. Nature. 2013. Link

Étude mécanistique montrant que les sous-produits du métabolisme microbien sont détectés par les cellules de l'hôte et modulent la génération des lymphocytes T régulateurs (Treg) intestinaux. Ce travail relie le métabolisme microbien commensal à l'homéostasie immunitaire intestinale via les cellules Treg Foxp3+, en identifiant les signaux microbiens comme moteurs de la différenciation lymphocytaire T anti-inflammatoire. Ces résultats établissent un pont moléculaire entre alimentation, métabolisme microbien et régulation immunitaire muqueuse, et appuient les stratégies ciblant le microbiome dans les maladies inflammatoires.

[482] Furusawa Y, Obata Y, Fukuda S et al. Commensal microbe-derived butyrate induces the differentiation of colonic regulatory T cells. Nature. 2013. Link

Étude mécanistique chez la souris montrant que le butyrate, SCFA produit par la fermentation des fibres alimentaires par les Clostridia, induit la différenciation des lymphocytes T régulateurs (Treg) coliques. La métabolomique par RMN a montré que les concentrations luminales de SCFA étaient positivement corrélées au nombre de Treg coliques. Le butyrate agissait par inhibition des histone-désacétylases sur la régulation du locus Foxp3. L'étude identifie le butyrate comme médiateur microbien de la tolérance immunitaire muqueuse et appuie les interventions augmentant le butyrate dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin.

[483] Baxter NT, Schmidt AW, Venkataraman A, Kim KS, Martens EC, Schloss PD. Dynamics of Human Gut Microbiota and Short-Chain Fatty Acids in Response to Dietary Interventions with Three Fermentable Fibers. mBio. 2019. Link

Intervention alimentaire de deux semaines chez 174 jeunes adultes sains, avec supplémentation en amidon résistant de pomme de terre (RPS), amidon résistant de maïs (RMS), inuline, ou amidon de maïs accessible comme témoin. Le RPS a produit la plus forte augmentation des SCFA totaux, dont le butyrate. La plupart des microbiomes ont répondu au RPS par une augmentation des bifidobactéries, mais les répondeurs présentant une hausse de Ruminococcus bromii ou de Clostridium chartatabidum ont atteint les concentrations de butyrate les plus élevées. L'étude démontre l'existence de voies substrat- et taxon-spécifiques vers l'enrichissement en butyrate, éclairant les stratégies prébiotiques personnalisées.

[484] Aggarwala, V., Mogno, I., Li, Z., et al. Precise quantification of bacterial strains after fecal microbiota transplantation delineates long-term engraftment and explains outcomes. Nature Microbiology. 2021. Link

Les auteurs ont mis au point un cadre de suivi au niveau des souches (Strainer) pour la métagénomique shotgun et, sur 13 interventions longitudinales de FMT, ont détecté un engraftment stable d'environ 71 % des souches du donneur jusqu'à 5 ans après la FMT. Le degré d'engraftment des souches du donneur expliquait de façon indépendante l'issue clinique (rechute vs succès) avec une précision de 100 % et un rappel de 95 %.

[487] Khoruts A, Sadowsky MJ. Understanding the mechanisms of faecal microbiota transplantation. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2016. Link

Revue mécanistique de la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile résumant les mécanismes d'action proposés : compétition directe entre C. difficile et les commensaux apportés par la FMT, restauration du métabolisme des acides biliaires secondaires (qui inhibe la germination de C. difficile) et réparation de la barrière intestinale par stimulation immunitaire muqueuse. La revue consolide les bases mécanistiques de la FMT dans les CDI et souligne les implications translationnelles pour les thérapeutiques microbiennes conçues pour cibler ces voies.

[488] Li SS, Zhu A, Benes V et al. Durable coexistence of donor and recipient strains after fecal microbiota transplantation. Science. 2016. Link

Étude de suivi au niveau des souches utilisant les variants nucléotidiques uniques issus de métagénomes d'un essai de FMT dans le syndrome métabolique afin de quantifier l'engraftment microbien du donneur. Une coexistence étendue des souches du donneur et du receveur a été observée et a persisté 3 mois après la FMT. La colonisation par une souche conspécifique réussissait plus souvent que l'introduction d'une nouvelle espèce, cette dernière restant dans les limites des fluctuations observées chez les individus sains. Les receveurs d'un même donneur présentaient des profils de colonisation corrélés. Ces données affinent la compréhension de la dynamique des souches après FMT dans la maladie métabolique.