4. Exposition microbienne au sol et au plein air (jardinage, marche pieds nus)

Le contact direct avec la terre – jardinage, marche pieds nus – apporte une richesse microbienne naturelle qui renforce la diversité et la stabilité de votre flore intestinale.

Les microbes du sol et du plein air – nos alliés oubliés

Le contact direct avec la terre et les milieux extérieurs est l'un des moyens naturels les plus riches de diversifier et de renforcer votre microbiote.

La relation entre contact avec le sol et santé immunitaire a deux points de repère scientifiques séparés par soixante-dix ans. Le premier est l'« Agricultural Testament » d'Albert Howard, publié en 1940, qui soutenait que la santé du sol, de la plante, de l'animal et de l'humain formait une seule chaîne biologique – une affirmation rejetée à l'époque comme du mysticisme. Le second est une étude de 2012 de l'écologue finlandais Ilkka Hanski et de ses collègues, publiée dans les Proceedings of the National Academy of Sciences, qui a examiné la sensibilisation allergique chez des adolescents vivant en milieu rural ou urbain en Finlande. L'équipe de Hanski a constaté que la diversité des espèces végétales dans l'environnement immédiat – mesurable depuis la fenêtre du logement – était inversement corrélée à la sensibilisation cutanée aux allergènes. Elle a en outre montré que le microbiote cutané des adolescents les moins sensibilisés était enrichi en bactéries du genre Acinetobacter, associées au sol et à la surface des plantes, et que ces bactéries étaient associées aux profils immunitaires anti-inflammatoires qui protègent de la maladie allergique. Howard avait décrit la chaîne sans pouvoir en identifier les maillons. L'étude de Hanski en a fourni deux : le microbiote du sol atteint la peau humaine, et ce qui atteint la peau façonne ce que devient le système immunitaire.

Les effets immunologiques du contact direct avec le sol ont été formellement étudiés à travers les travaux de Graham Rook à l'University College de Londres, qui a élaboré l'hypothèse de la biodiversité en matière de régulation immunitaire – une extension et une révision mécanistique de l'hypothèse hygiéniste. L'argument central de Rook était que les organismes dont l'absence prédit le mieux un dysfonctionnement immunitaire ne sont pas des pathogènes transitoires, mais les commensaux environnementaux quasi permanents qui ont co-évolué avec le système immunitaire humain sur des centaines de milliers d'années : bactéries du sol, organismes de l'eau, aliments fermentés et contact animal. [257] Les organismes identifiés comme les plus pertinents dans le cadre de Rook comprennent des membres des Mycobacteriaceae (en particulier des espèces non pathogènes comme Mycobacterium vaccae), des espèces de Lactobacillus issues du sol et de substrats fermentés, et diverses Actinobacteria des milieux telluriques. Des études expérimentales ont montré que Mycobacterium vaccae injecté à des souris avant des épreuves de stress réduisait les comportements de type anxieux et augmentait le métabolisme de la sérotonine dans le tissu du cortex préfrontal – ce qui suggère que cette bactérie du sol portait des signaux immunorégulateurs et neurologiques façonnés par une longue coexistence évolutive avec son hôte. [332] Pour le jardinage en particulier, une étude de Lowry et de ses collègues des universités de Bristol et du Colorado a démontré que Mycobacterium vaccae, lorsqu'il est rencontré par le système immunitaire, active les neurones sérotoninergiques du noyau dorsal du raphé – la voie même que ciblent les antidépresseurs ISRS. L'effet du « se salir les mains » sur l'humeur des jardiniers a été proposé comme opérant par ce mécanisme : un contact régulier avec le sol maintient l'activation d'une voie de signalisation immunité-cerveau évolutivement ancienne qui module la réponse au stress et le bien-être. [257] Les bénéfices du contact avec le sol et le plein air pour le microbiote intestinal passent en partie par l'ingestion d'organismes telluriques avec la terre adhérente lors des activités extérieures, et en partie par les effets d'amorçage immunitaire de l'exposition microbienne environnementale, qui réduit secondairement le tonus inflammatoire chronique moteur de la dysbiose intestinale. La marche pieds nus sur des surfaces naturelles, le jardinage sans gants et le temps passé dans des milieux extérieurs riches en biodiversité augmentent tous la diversité du contact microbien environnemental.

La portée immunologique du contact microbien avec le sol a une histoire scientifique documentée qui commence avec les recherches de Graham Rook à l'University College de Londres sur la relation entre mycobactéries et régulation immunitaire. Les travaux de Rook dans les années 1990 ont montré que Mycobacterium vaccae – organisme tellurique dépourvu de propriétés pathogènes chez les personnes immunocompétentes – avait des effets immunomodulateurs mesurables lorsqu'il était introduit chez des animaux de laboratoire et chez l'humain. [257] Une étude de Lowry et de ses collègues publiée dans Neuroscience en 2007 a démontré que Mycobacterium vaccae administré à des souris produisait des effets comportementaux compatibles avec une anxiété réduite et activait des voies sérotoninergiques – établissant qu'un organisme du sol pouvait influencer la fonction cérébrale par une signalisation immunité-neurones. La voie impliquait l'activation de populations spécifiques de macrophages dans l'intestin, avec des effets en aval sur le métabolisme de la sérotonine. [332] Les études de contact direct avec le sol chez l'humain sont plus limitées, mais cohérentes. Une étude comparant des jardiniers à des non-jardiniers a trouvé une diversité microbienne cutanée nettement supérieure, un enrichissement en Actinobacteria associées au sol à la surface des mains, et des taux plus faibles de symptômes allergiques rapportés. Les enfants jouant régulièrement dans la terre présentaient une plus grande diversité du microbiote intestinal dans des études prospectives suivant de multiples expositions environnementales. La marche pieds nus en extérieur, qui procure un contact cutané continu avec le microbiote du sol, a été associée dans des travaux observationnels à une plus grande diversité du microbiote des pieds et de la peau qu'en environnement exclusivement intérieur et chaussé. [257] L'application clinique est le principe du « la saleté, c'est bon » formulé sur des bases probantes : un contact maîtrisé avec le sol dans des milieux naturels – jardinage, marche pieds nus sur l'herbe ou sur des surfaces naturelles – fournit une diversité biologiquement significative d'apports microbiens environnementaux à la peau et au système immunitaire muqueux. La dose compte : un contact occasionnel apporte un bénéfice moins durable qu'une exposition régulière et répétée pendant la période de développement ou tout au long de la vie adulte [257].

Tout au long de l'histoire humaine, la terre a été une compagne constante. Avant que les modes de vie modernes ne nous séparent du sol, les gens travaillaient, jouaient et mangeaient en contact étroit avec la terre et la végétation. Le sol abrite l'une des communautés microbiennes les plus complexes de la planète, comprenant des bactéries, des champignons et des archées bien plus diversifiés que le microbiote humain lui-même. Ces organismes s'installent rarement durablement dans l'intestin, mais ils fournissent au corps un large éventail de signaux environnementaux qui interagissent avec le système immunitaire via la peau, les voies respiratoires et les barrières muqueuses [257].

Les données scientifiques soutiennent l'hypothèse de la biodiversité, selon laquelle une interaction réduite avec les écosystèmes microbiens naturels contribue à un déclin des apports immunorégulateurs. Dans ce modèle, une exposition répétée à des microbes environnementaux variés aide à éduquer le système immunitaire, en favorisant la tolérance et en réduisant l'inflammation inappropriée. Il ne s'agit pas de l'implantation d'un microbe unique dans l'intestin ; il s'agit plutôt d'un vaste réseau de signaux moléculaires qui façonnent le développement immunitaire, en particulier durant la petite enfance.

Des expositions contrôlées à la terre et à des matières végétales augmentent, selon des études à court terme, la diversité du microbiote cutané et influencent des marqueurs immunitaires. Si ces changements sont souvent temporaires, ils démontrent qu'un contact microbien d'origine naturelle peut modifier les communautés microbiennes humaines au-delà des limites des environnements intérieurs. Les effets durables de telles expositions sont encore à l'étude, et démêler les rôles de l'alimentation, du mode de vie et du contact environnemental reste un défi majeur.

Il est également essentiel de reconnaître que le sol peut contenir des organismes nocifs ou des contaminants chimiques selon le lieu et l'usage des terres. L'exposition doit donc être comprise dans le cadre d'activités quotidiennes sûres, comme le jardinage ou le temps passé dans des espaces verts naturels, et non comme une invitation à négliger l'hygiène. Une hygiène des mains raisonnable et la connaissance de la qualité du sol sont essentielles pour minimiser les risques tout en soutenant les interactions bénéfiques.

Les expositions microbiennes de plein air peuvent aussi agir par des voies indirectes. Des fragments microbiens aéroportés et des composés associés aux plantes sont inhalés et interagissent avec la muqueuse respiratoire, laquelle communique avec l'intestin et l'immunité systémique par des axes complexes. Ces communications indirectes peuvent influencer les réponses inflammatoires sans nécessiter que les microbes s'installent dans l'intestin.

Les milieux naturels influencent aussi les comportements, dont l'activité physique, la réduction du stress et les choix alimentaires, créant une constellation de facteurs qui soutiennent ensemble la santé. Il est difficile d'isoler l'effet du contact avec le sol lui-même de ces éléments de mode de vie associés, mais cette complexité souligne l'idée que la santé microbienne relève d'une relation écologique intégrée, non d'une intervention isolée.

Renouer avec la terre et les milieux extérieurs ne constitue pas un traitement médical à soi seul, mais fait partie d'un mode de vie équilibré, en accord avec la manière dont le système immunitaire humain a évolué pour interagir avec le monde microbien.

Comment accroître l'exposition microbienne au sol et au plein air

Le jardinage représente une forme pratique de contact avec le sol à faible risque, offrant une interaction répétée avec des communautés microbiennes naturelles tout en s'inscrivant dans les routines quotidiennes.

Marcher pieds nus sur un sol naturel crée un contact direct entre la peau et l'environnement, mais son intérêt principal tient à des effets sensoriels et de mode de vie plutôt qu'à des modifications prouvées du microbiote intestinal.

Les activités de plein air comme la randonnée ou le travail aux champs élargissent les rencontres environnementales, même si leur pertinence pour la santé est indissociable du mouvement, de la lumière du jour et de la réduction du stress, et pas seulement des microbes.

Le jeu dans la terre pendant l'enfance paraît particulièrement significatif, car le développement immunitaire précoce répond davantage à la variété environnementale que les expositions plus tardives à l'âge adulte.

Après un contact avec la terre, une hygiène des mains ordinaire suffit ; une stérilisation agressive n'apporte aucun bénéfice supplémentaire chez les personnes en bonne santé et peut perturber l'équilibre du microbiote cutané.

Les alternatives d'intérieur comme les plantes en pot peuvent offrir un lien symbolique avec la nature, mais elles ne reproduisent pas la complexité des écosystèmes extérieurs, et les prétendus « probiotiques telluriques » manquent de données cliniques cohérentes.

Effets sur le microbiote

• L'exposition environnementale n'« enrichit » pas directement le microbiote intestinal chez la plupart des adultes ; son influence principale est indirecte, passant par une modulation immunitaire au niveau des barrières cutanée et respiratoire plutôt que par une colonisation intestinale stable [257].
• Une stimulation des voies immunitaires régulatrices, dont l'activité des lymphocytes T régulateurs, est plausible, mais les données proviennent surtout d'études sur la petite enfance et de modèles de poussière de ferme, non d'un contact adulte routinier avec le sol [257] [332].
• Les associations avec un risque réduit d'allergie et d'asthme sont les plus solides, tandis que les liens avec les maladies auto-immunes restent évocateurs et multifactoriels, impliquant l'alimentation, les infections, la génétique et les polluants aux côtés de l'exposition microbienne.
• Les interactions intestin-cerveau-immunité sont médiées principalement par des métabolites et une signalisation nerveuse, non par le transfert d'organismes telluriques ; les acides gras à chaîne courte et les voies vagales sont mieux établis que la migration microbienne directe.
• Les Actinomycetota (anciennement Actinobacteria) d'origine tellurique et les Bacillota sporulantes (anciennement Firmicutes) sont fréquemment détectées sur la peau et dans la poussière, mais leur greffe persistante dans l'intestin est rare ; leur rôle relève plus probablement d'une signalisation transitoire que d'une appartenance durable.
• Les composantes fongiques et virales du microbiote extérieur peuvent façonner l'inflammation locale, en particulier par les voies respiratoires, mais les effets intestinaux chez l'humain sont largement indirects et restent un champ émergent.
• La détectabilité des microbes environnementaux dans les échantillons humains est limitée dans le temps, et leur présence dans les données de séquençage n'équivaut pas à une intégration fonctionnelle au microbiote de base.
• La résilience de l'écosystème intestinal dépend davantage de l'alimentation, des antibiotiques et de la physiologie de l'hôte que d'une exposition extérieure occasionnelle, qui agit comme un facteur modificateur plutôt que comme un moteur primaire.

Conseils au patient

• Essayez de passer un peu de temps dans la nature chaque semaine – une courte promenade dans un parc ou un jardin suffit.
• Laissez les enfants jouer dehors quand c'est sans danger – le contact avec les surfaces naturelles durant la petite enfance compte davantage que l'exposition à l'âge adulte.
• Lavez-vous les mains normalement après un contact avec la terre – un savon doux suffit ; les désinfectants puissants sont rarement nécessaires.
• Gardez le jardinage comme une habitude simple, non comme un traitement – profitez du contact avec la terre sans en attendre d'effets médicaux.
• Ne marchez pieds nus que là où le sol est propre et sûr – le confort et la sécurité passent avant tout bénéfice supposé.
• Choisissez des activités de plein air que vous aimez déjà – le mouvement, la lumière du jour et l'air frais agissent de concert avec l'exposition microbienne.
• Rappelez-vous : la nature soutient la santé, mais elle ne remplace pas les soins médicaux.

Références

[24] Sonnenburg JL, Bäckhed F. Diet–microbiota interactions as moderators of human metabolism. Nature. 2016. Link

[257] Rook, G. A. Regulation of the immune system by biodiversity from the natural environment. Proc Natl Acad Sci USA. 2013. Link

[264] von Mutius E, Vercelli D. Farm living: effects on childhood asthma and allergy. Nat Rev Immunol. 2010. Link

[332] Lowry CA, Hollis JH, de Vries A et al. Identification of an immune-responsive mesolimbocortical serotonergic system: potential role in regulation of emotional behavior. Neuroscience. 2007. Link