2. Régimes traditionnels et aliments fermentés
Depuis des millénaires, les aliments fermentés apportent à l'intestin des microbes vivants et des métabolites bénéfiques ; ils agissent au mieux aux côtés d'une alimentation riche en fibres.
L'art ancien de nourrir votre microbiote intestinal
Les aliments fermentés font partie intégrante de l'alimentation humaine depuis des millénaires et constituent une source naturelle de probiotiques et de postbiotiques [257].
En 1905, un étudiant en médecine bulgare de vingt-sept ans nommé Stamen Grigorov étudiait à Genève lorsqu'il examina un échantillon de yaourt bulgare que sa famille lui avait envoyé du village de Studen Izvor et identifia une bactérie en bâtonnet jusque-là non décrite, responsable de la fermentation. Il la nomma Bacillus bulgaricus – on la connaît aujourd'hui sous le nom de Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus. Grigorov porta ses résultats à Élie Metchnikoff, à l'Institut Pasteur de Paris. Metchnikoff, qui avait déjà développé sa théorie selon laquelle la putréfaction intestinale causait le vieillissement, s'empara de la découverte : les paysans bulgares qui mangeaient du yaourt tous les jours étaient, soutenait-il, parmi les personnes les plus longévives du monde, et le bacille de Grigorov en était le mécanisme. La théorie de Metchnikoff était en partie juste et en partie romancée – les affirmations sur la longévité étaient exagérées –, mais l'observation sous-jacente, à savoir que les aliments fermentés vivants introduisaient des bactéries précises dans l'intestin et que cela avait des effets physiologiques mesurables, était fondatrice. Le yaourt que Grigorov apporta à Genève en 1905 n'avait rien d'exceptionnel. C'était un échantillon de ce que les villages bulgares produisaient depuis des siècles comme méthode de conservation. La bactérie qu'il contenait y avait toujours été. Ce qui était nouveau, c'est que quelqu'un eut l'idée de l'observer au microscope et de se demander ce qu'elle faisait.
La documentation systématique des bénéfices des régimes traditionnels pour le microbiote doit beaucoup aux travaux de deux équipes de recherche qui publièrent simultanément dans Cell en 2021 : Wastyk et ses collègues (Stanford, laboratoire Sonnenburg) et Dahl et ses collègues (Stanford, laboratoire Gardner). Le groupe Sonnenburg a comparé une intervention alimentaire riche en fibres à une intervention riche en aliments fermentés chez des adultes en bonne santé sur 17 semaines, avec un profilage complet du microbiote intestinal. [106] Le bras riche en aliments fermentés – les participants consommaient en moyenne 6.3 portions par jour d'aliments comprenant yaourt, kéfir, fromage blanc fermenté, kimchi, saumure de légumes fermentés et kombucha – a montré une augmentation significative de la diversité du microbiote, avec 19 nouveaux taxons microbiens apparaissant dans le groupe riche en aliments fermentés et absents du groupe riche en fibres. Par ailleurs, 19 des 91 protéines immunitaires mesurées dans le sang ont diminué dans le groupe aliments fermentés, en cohérence avec une activation inflammatoire systémique réduite. [24] Le bras riche en fibres a montré des déplacements fonctionnels du microbiote – expression accrue d'enzymes actives sur les glucides – mais pas l'augmentation de diversité, ce qui suggère que les fibres soutiennent la fonction des organismes déjà présents tandis que les aliments fermentés en introduisent activement de nouveaux. L'interaction entre diversité des aliments fermentés et bénéfice immunitaire était dose-dépendante : les participants qui augmentaient le plus leur consommation d'aliments fermentés présentaient les plus fortes hausses de diversité et les plus fortes baisses des marqueurs immunitaires. [39] Les aliments fermentés traditionnels diffèrent des produits probiotiques commerciaux sur deux points clés : ils contiennent généralement des centaines d'espèces microbiennes au lieu des 1 à 5 souches des produits commerciaux, et beaucoup de leurs organismes sont des commensaux environnementaux ou des ferments spécifiques d'un aliment qui colonisent l'intestin de façon transitoire mais stimulent la régulation immunitaire pendant leur transit. La diversité des aliments fermentés traditionnels – chacun avec son consortium caractéristique de bactéries lactiques, de levures et d'organismes accessoires façonné par l'environnement local et la méthode de préparation – délivre une ampleur de stimulation immunitaire que les produits probiotiques monosouches ne peuvent pas reproduire.
Lorsque des patients demandent si les aliments fermentés comptent vraiment, je commence en général par une clarification simple : la fermentation modifie la chimie de l'aliment avant même qu'il n'atteigne l'intestin. Les micro-organismes décomposent les sucres et les protéines en acides, peptides et autres métabolites. Ces composés peuvent influencer la digestion et la signalisation immunitaire même lorsque les microbes eux-mêmes ne demeurent pas dans l'intestin [39].
Les aliments fermentés traditionnels–yaourt, kéfir, choucroute, kimchi ou miso–contiennent des mélanges de bactéries, de levures et de produits de fermentation. Certains de ces organismes survivent au passage de l'estomac, mais la plupart ne colonisent pas durablement l'intestin. Ils agissent plutôt de façon transitoire, en interagissant avec les microbes résidents ou les cellules immunitaires. Cette interaction temporaire peut malgré tout influencer l'activité microbienne et la signalisation inflammatoire.
Les études cliniques suggèrent que les régimes riches en aliments fermentés peuvent modifier les marqueurs immunitaires et la composition microbienne chez certaines personnes. L'effet est toutefois variable. Il dépend de l'alimentation de départ, de l'exposition antérieure aux antibiotiques, de l'âge et de la diversité microbienne existante. Les aliments fermentés doivent donc être vus comme des modulateurs du métabolisme microbien plutôt que comme des probiotiques universels.
La fermentation modifie aussi la digestibilité. Le procédé peut réduire certains composés qui fixent les minéraux et dégrader partiellement les protéines ou les glucides. Dans certains cas, cela améliore la tolérance aux légumineuses, aux céréales ou aux produits laitiers. Ces effets sont propres à chaque aliment et ne doivent pas être généralisés à tous les produits fermentés.
Il importe aussi de reconnaître les limites. La transformation industrielle peut réduire la teneur en microbes vivants, et certains aliments fermentés contiennent beaucoup de sel ou de sucre ajouté. Les personnes présentant une intolérance à l'histamine, une immunosuppression sévère ou certains troubles gastro-intestinaux peuvent avoir besoin d'un avis médical avant d'augmenter leur consommation.
Les aliments fermentés semblent agir au mieux lorsqu'ils sont associés à des régimes riches en fibres végétales. Les fibres fournissent les principaux substrats de la fermentation microbienne dans le côlon, tandis que les aliments fermentés apportent des métabolites supplémentaires et des signaux de diversité microbienne. Ensemble, ces profils sont associés, dans certaines études, à une production accrue d'acides gras à chaîne courte et à des modifications des marqueurs inflammatoires.
D'un point de vue clinique, les aliments fermentés se comprennent au mieux comme un élément d'une structure alimentaire plus large. Une consommation régulière d'aliments fermentés bien tolérés, au sein d'une alimentation variée et peu transformée, peut soutenir l'équilibre métabolique microbien. Ils ne sont ni un remède ni un substitut à la qualité globale de l'alimentation.
Les patients trouvent souvent cela rassurant. Les aliments fermentés n'ont pas besoin d'être exotiques ni consommés en grandes quantités. De petites portions régulières intégrées à une alimentation équilibrée suffisent. Avec le temps, le microbiote répond à des régularités, et non à des interventions isolées, et les aliments traditionnels peuvent être un moyen pratique de soutenir cette stabilité.
Intégrer les aliments fermentés aux habitudes alimentaires quotidiennes
En pratique clinique, les aliments fermentés sont généralement introduits comme petits accompagnements des repas ordinaires plutôt que comme produits à part, ce qui aide à préserver l'équilibre alimentaire et la tolérance.
Les légumes fermentés naturellement ou les produits laitiers fermentés peuvent être intégrés à des plats familiers, permettant une exposition progressive sans bouleversement alimentaire majeur.
Les produits contenant des cultures vivantes sont envisagés lorsqu'ils sont tolérés, mais les aliments fermentés pasteurisés peuvent tout de même apporter des métabolites utiles, même sans microbes viables.
Les aliments fermentés traditionnels de différentes cuisines–ferments de soja, légumes lactofermentés ou produits au levain–peuvent être alternés au fil du temps pour ajouter de la variété alimentaire, plutôt que pour viser des bactéries particulières.
La fermentation maison est parfois explorée par des patients motivés, surtout pour maîtriser les ingrédients et la teneur en sel, même si elle exige une attention à l'hygiène et à la sécurité de la préparation.
De petites portions régulières sont généralement mieux tolérées que des quantités importantes ou irrégulières, en particulier chez les personnes à digestion sensible.
Les aliments fermentés sont habituellement associés à des repas riches en fibres, puisque les fibres végétales fournissent les principaux substrats de la fermentation microbienne dans le côlon.
Les produits fermentés du commerce sont évalués avec attention, car certains contiennent beaucoup de sel, de sucre ou d'additifs susceptibles d'annuler les bénéfices potentiels.
Du point de vue médical, les aliments fermentés sont considérés comme un élément d'une structure alimentaire globale, et non comme un traitement probiotique.
Effets sur le microbiote
- Les aliments fermentés peuvent introduire des micro-organismes vivants comme Lactobacillus, Bifidobacterium et certaines levures (par exemple Saccharomyces), mais la plupart des souches agissent de façon transitoire plutôt que de coloniser durablement l'intestin [106].
- La fermentation produit des métabolites (acides organiques, peptides, exopolysaccharides) susceptibles d'influencer la fonction de barrière épithéliale et la signalisation immunitaire muqueuse [24].
- Une consommation régulière d'aliments fermentés peut modifier l'activité métabolique microbienne et, dans certaines études, la composition microbienne, même si les effets varient d'une personne à l'autre.
- Les acides organiques produits pendant la fermentation (par exemple l'acide lactique) peuvent abaisser le pH local dans les aliments et dans certaines parties de l'intestin, ce qui peut inhiber la croissance de certains pathogènes.
- La fermentation peut augmenter la biodisponibilité de certains nutriments en réduisant les composés qui fixent les minéraux, même si l'effet dépend du type d'aliment et de la méthode de préparation.
- Les régimes riches en aliments fermentés ont été associés, dans certaines études cliniques, à des modifications des marqueurs inflammatoires, mais les résultats sont inconstants et dépendants de la population.
- Les aliments fermentés interagissent avec l'écosystème du microbiote intestinal, comprenant bactéries, champignons, bactériophages et archées, en modifiant la disponibilité des nutriments et les voies de signalisation microbienne.
- Certains aliments fermentés apportent des souches microbiennes capables de produire des métabolites liés aux neurotransmetteurs (par exemple des précurseurs du GABA), mais leur impact clinique sur l'humeur ou la cognition reste à l'étude.
- Les aliments fermentés agissent en synergie avec les fibres alimentaires, qui fournissent aux microbes résidents les substrats nécessaires à la production d'acides gras à chaîne courte comme l'acétate, le propionate et le butyrate.
- Une consommation régulière et bien tolérée d'aliments fermentés peut soutenir le confort digestif chez certaines personnes, mais les effets sur l'IBS ou les maladies métaboliques sont hétérogènes et non universels.
Conseils au patient
- Ajoutez une petite portion d'un aliment fermenté bien toléré à un repas, la plupart des jours.
- Choisissez du yaourt nature, du kéfir, des légumes fermentés ou d'autres produits simples sans sucre ajouté.
- Commencez par de petites quantités et augmentez lentement si la digestion le permet.
- Consommez les aliments fermentés avec des repas riches en fibres, comme des légumes, des légumineuses ou des céréales complètes.
- Privilégiez une consommation régulière plutôt que des prises importantes et occasionnelles.
- Lisez les étiquettes et limitez les produits riches en sel, en sucre ou en additifs.
- Évitez la fermentation maison si l'hygiène ne peut pas être garantie ou si vous êtes immunodéprimé.
- Arrêtez ou réduisez la consommation si des symptômes comme des ballonnements, une éruption cutanée ou une intolérance apparaissent.
- Rappelez-vous que les aliments fermentés soutiennent la qualité de l'alimentation mais ne remplacent pas une nutrition équilibrée.
Les régimes traditionnels et les pratiques de fermentation alimentaire constituent des systèmes de délivrance microbienne co-évolués : les populations qui conservent des modèles alimentaires traditionnels présentent des profils de microbiome mesurablement différents et globalement plus diversifiés que celles à alimentation occidentalisée. Les traditions d'aliments fermentés (kimchi, kéfir, miso, kvas, injera) introduisent des communautés microbiennes vivantes aux côtés de prébiotiques biodisponibles, dans des proportions façonnées par des siècles d'optimisation empirique. Intégrer ne serait-ce qu'une modeste composante fermentée traditionnelle à une alimentation occidentalisée déplace le microbiote de façon mesurable en 2–4 semaines.
Références
[24] Sonnenburg JL, Bäckhed F. Diet–microbiota interactions as moderators of human metabolism. Nature. 2016. Link
[39] Koh A, De Vadder F, Kovatcheva-Datchary P, Bäckhed F. From Dietary Fiber to Host Physiology: Short-Chain Fatty Acids as Key Bacterial Metabolites. Cell. 2016. Link
[106] Wastyk HC, Fragiadakis GK, Perelman D et al. Gut-microbiota-targeted diets modulate human immune status. Cell. 2021. Link
[257] Rook, G. A. Regulation of the immune system by biodiversity from the natural environment. Proc Natl Acad Sci USA. 2013. Link