6. Aliments fermentés

Les aliments fermentés sont des aliments vivants ; les communautés microbiennes et les métabolites qu'ils transportent peuvent enrichir directement votre flore intestinale et réduire l'inflammation.

L'usine à probiotiques de la nature – La fermentation au service de la santé intestinale

Les aliments fermentés sont des aliments vivants qui enrichissent directement votre microbiote.

Pendant des siècles, les grains de kéfir ont compté parmi les secrets les plus jalousement gardés du Caucase. La boisson au lait fermenté qu'ils permettent d'obtenir était consommée par les peuples montagnards de la région – Karatchaïs, Balkars, Ossètes – qui lui attribuaient une longévité exceptionnelle, et certains croyaient que les grains étaient un don du prophète Mahomet. Aucun grain n'était donné volontairement à un étranger. En 1908, un entrepreneur laitier russe nommé Blandov envoya une jeune médecin, Irina Sakharova, à la cour d'un prince karatchaï nommé Bek-Mirza Barchorov, avec pour consigne d'obtenir les grains par le charme et la persuasion. Le prince, apparemment plus séduit par la médecin que par sa mission, la fit enlever et lui proposa le mariage. Sakharova refusa, fut délivrée et déposa ensuite une plainte formelle devant un tribunal de Tiflis. Le juge ordonna à Barchorov de l'indemniser. Elle déclina un paiement en argent et demanda à la place dix livres de grains de kéfir. Les grains arrivèrent à Moscou plus tard dans l'année, furent remis à la Société panrusse des médecins et commencèrent à apparaître dans les hôpitaux russes en quelques mois – d'abord comme aliment thérapeutique pour les patients tuberculeux et les personnes souffrant de troubles intestinaux. [104] Élie Metchnikoff, à l'Institut Pasteur, déjà plongé dans ses recherches sur le yaourt bulgare, reçut peu après des échantillons et se mit à étudier la composition microbienne du kéfir parallèlement à celle du yaourt. Ce qu'il trouva – un consortium complexe de Lactobacillus, Leuconostoc, Streptococcus et de levures coexistant dans une matrice polysaccharidique – résistait au modèle simple, à organisme unique, de la maladie qui dominait la microbiologie du XIXe siècle. Le kéfir, en fin de compte, n'était pas le produit d'un microbe mais d'une communauté. [105] Cette intuition – qu'une communauté d'organismes, et non une souche isolée, puisse être responsable d'effets sur la santé – mit encore un siècle à devenir centrale dans la science du microbiome^[G].

Lorsque les patients demandent comment les générations précédentes soutenaient leur santé intestinale sans compléments, la réponse se trouve souvent dans les aliments fermentés. La fermentation fut d'abord une méthode de conservation, mais elle produisait aussi des aliments porteurs de microbes vivants ou de métabolites microbiens. Les aliments fermentés sont créés par une activité microbienne contrôlée, dans laquelle des bactéries ou des levures transforment les sucres en acides et en d'autres composés qui stabilisent l'aliment et modifient son profil nutritionnel.

Parmi les exemples courants figurent le yaourt, le kéfir, la choucroute, le kimchi, le miso, le tempeh, le pain au levain et certains légumes en saumure. Ces aliments peuvent contenir des espèces de Lactobacillus, de Leuconostoc ou des levures telles que Saccharomyces, même si le nombre d'organismes viables varie beaucoup d'un produit à l'autre. Un traitement thermique ou un stockage prolongé peut réduire les microbes vivants, si bien que tous les aliments fermentés n'apportent pas de cultures actives.

Les études humaines suggèrent que les régimes riches en aliments fermentés peuvent influencer la diversité du microbiote et les marqueurs immunitaires. Les changements sont généralement modestes et varient d'une personne à l'autre. La plupart des microbes issus de l'alimentation ne colonisent pas durablement l'intestin, mais ils peuvent interagir avec les bactéries résidentes pendant leur passage et modifier le métabolisme microbien. Les aliments fermentés semblent influencer l'activité microbienne davantage que la composition microbienne [106] [107].

La fermentation modifie aussi la chimie des aliments. Les bactéries lactiques dégradent le lactose, ce qui rend le yaourt ou le kéfir plus faciles à tolérer pour beaucoup de personnes. La fermentation des céréales et des légumineuses peut réduire les phytates, améliorant la disponibilité des minéraux, et peut augmenter certaines vitamines. Ces effets nutritionnels sont souvent mieux établis que les changements du microbiote [108].

Contrairement aux gélules de probiotiques, les aliments fermentés se présentent dans une matrice complexe de nutriments, d'acides et de métabolites. Ce mélange peut influencer la digestion et la signalisation immunitaire, même s'il est difficile de séparer la contribution des microbes de celle de l'aliment lui-même. Les effets dépendent fortement de la qualité de l'alimentation, de l'apport en fibres et de la composition individuelle du microbiote [107].

Le choix des aliments fermentés demande de l'attention à leur préparation. Certains produits sont pasteurisés après fermentation ou contiennent de grandes quantités de sucre ou de sel. D'autres peuvent déclencher une sensibilité à l'histamine chez les personnes prédisposées. Les étiquettes mentionnant des cultures vivantes ou des méthodes de préparation traditionnelles indiquent plus probablement la présence de microbes viables.

La tolérance varie. Certaines personnes ressentent des ballonnements en introduisant des légumes fermentés ou du kombucha en grandes quantités. Commencer par de petites portions améliore généralement le confort. Les patients atteints d'une immunosuppression sévère ou de pathologies complexes doivent évoquer les aliments fermentés avec leur médecin.

En pratique quotidienne, les aliments fermentés donnent leur meilleur associés à des aliments végétaux riches en fibres. Un yaourt avec des fruits, du kéfir avec de l'avoine ou des légumes fermentés avec des légumineuses apportent des microbes en même temps que des substrats fermentescibles. Ces associations traditionnelles soutiennent progressivement la fonction intestinale, dans le cadre d'une alimentation équilibrée et non en remplacement d'une prise en charge médicale.

Intégrer les aliments fermentés au quotidien

• En pratique clinique, les aliments fermentés sont généralement introduits progressivement, afin de permettre au système digestif de s'adapter à une quantité accrue de métabolites microbiens et de substrats fermentescibles.
• Les produits qui indiquent des cultures vivantes ou des méthodes de préparation traditionnelles sont généralement préférés, car les aliments traités thermiquement peuvent conserver leur goût mais pas des micro-organismes viables.
• La variété alimentaire est en général plus utile que le recours à un seul produit fermenté. Alterner les ferments laitiers, les ferments de légumes et les aliments de type levain expose le microbiote à un éventail plus large de métabolites microbiens.
• Les aliments fermentés sont souvent consommés en petites portions au cours des repas ordinaires, comme dans les cuisines traditionnelles où ils servent de condiments plutôt que de plats principaux.
• Les versions nature et peu transformées sont généralement mieux tolérées, car une teneur élevée en sucre ou une transformation poussée peuvent annuler les bénéfices potentiels pour le microbiote.
• La tolérance individuelle guide l'usage pratique. Certaines personnes ressentent des ballonnements ou une gêne lorsque les aliments fermentés sont introduits rapidement, tandis qu'une incorporation progressive est souvent associée à un meilleur confort digestif.
• Les aliments fermentés semblent donner leur meilleur dans le cadre d'un mode alimentaire riche en fibres, où les aliments végétaux fournissent des substrats au microbiote résident qui interagit avec les microbes des aliments fermentés.

Effets sur le microbiote

• Les aliments fermentés peuvent introduire des microbes viables dans l'intestin, mais la plupart ne colonisent pas durablement. Des organismes de passage tels que Lactobacillus, Leuconostoc, Streptococcus thermophilus, Bifidobacterium ou des levures comme Saccharomyces peuvent en revanche interagir métaboliquement avec le microbiote résident pendant leur transit [105] [107].
• Une consommation régulière peut influencer la diversité et l'activité microbiennes, mais l'effet varie largement d'une personne à l'autre et dépend de la composition de l'alimentation, en particulier de l'apport en fibres. Certaines études montrent une diversité accrue avec des régimes riches en aliments fermentés, tandis que d'autres montrent surtout des changements métaboliques [106].
• Les aliments fermentés peuvent modifier le métabolisme microbien en apportant des acides organiques (p. ex. lactate, acétate) susceptibles d'être utilisés par d'autres bactéries intestinales comme Faecalibacterium prausnitzii ou Eubacterium rectale dans des voies d'alimentation croisée qui génèrent du butyrate [108].
• Les modifications des métabolites microbiens peuvent influencer la signalisation de la barrière intestinale, le renouvellement de la couche de mucus et les réponses immunitaires épithéliales. Ces effets sont indirects et modestes, et ne constituent pas une amélioration universelle de la perméabilité intestinale.
• Une modulation immunitaire a été observée dans certaines études, avec des modifications des marqueurs inflammatoires et des profils de cytokines, mais les résultats dépendent de l'aliment fermenté concerné, du microbiote initial et de l'état de l'hôte [106].
• Le microbiote non bactérien peut aussi être impliqué, notamment les levures probiotiques (Saccharomyces boulardii), les interactions avec les bactériophages et les déplacements des populations fongiques ou archéennes, même si ces mécanismes sont encore à l'étude.
• Les aliments fermentés peuvent soutenir la récupération après une dysbiose, par exemple après un traitement antibiotique, mais ce sont des mesures de soutien et non un traitement de première intention [109].
• Les effets sur le microbiote peuvent être mesurés par séquençage, métabolomique et analyse des SCFA, mais les changements de laboratoire ne se traduisent pas toujours par une amélioration clinique nette.
• Le sel, la teneur en histamine et les sous-produits de fermentation peuvent influencer la tolérance, et ces facteurs peuvent modifier les réponses individuelles du microbiote.

Conseils au patient

• Ajoutez de petites portions d'aliments fermentés à vos repas plusieurs fois par semaine.
• Choisissez des produits mentionnant « cultures vivantes » ou une fermentation traditionnelle.
• Préférez les aliments fermentés nature, non sucrés.
• Introduisez progressivement les nouveaux aliments fermentés en cas de ballonnements.
• Utilisez les légumes fermentés en accompagnement plutôt qu'en grandes portions.
• Associez les aliments fermentés à des repas riches en fibres.
• Évitez de vous appuyer sur des boissons fermentées riches en sucre.
• Notez la digestion, le profil des selles et le confort dans votre journal.
• Parlez de vos symptômes persistants à votre médecin.
• Rappelez-vous : les aliments fermentés soutiennent la santé intestinale mais ne remplacent pas un traitement médical.

Références

[104] Farnworth, E. R. Kefir – a complex probiotic. Food Sci Technol Bull Funct Foods. 2005. Link

[105] Bourrie BCT, Willing BP, Cotter PD. The Microbiota and Health Promoting Characteristics of the Fermented Beverage Kefir. Front Microbiol. 2016. Link

[106] Wastyk HC, Fragiadakis GK, Perelman D et al. Gut-microbiota-targeted diets modulate human immune status. Cell. 2021. Link

[107] Marco ML, Heeney D, Binda S et al. Health benefits of fermented foods: microbiota and beyond. Curr Opin Biotechnol. 2017. Link

[108] Dimidi E, Cox SR, Rossi M, Whelan K. Fermented Foods: Definitions and Characteristics, Impact on the Gut Microbiota and Effects on Gastrointestinal Health and Disease. Nutrients. 2019. Link

[109] O'Sullivan O, Coakley M, Lakshminarayanan B et al. Alterations in intestinal microbiota of elderly Irish subjects post-antibiotic therapy. J Antimicrob Chemother. 2013. Link