III. 2. La préparation avant la FMT

Le succès se joue avant la première capsule : la fenêtre sans antibiotiques et la préparation de l'environnement intestinal constituent la première phase active du traitement, non une simple formalité.

La greffe commence avant la capsule – pourquoi la préparation détermine le résultat

Le succès d'une transplantation de microbiote fécal n'est pas déterminé seulement par la qualité de la préparation du donneur, mais tout autant par l'état de l'environnement intestinal du receveur au moment du transfert. La préparation n'est pas une formalité – c'est la première phase active du traitement.

D'un point de vue écologique, la FMT tente d'introduire une nouvelle communauté microbienne dans un environnement qui contient déjà une communauté établie, fût-elle perturbée. L'issue de cette compétition dépend de l'équilibre des forces présentes au moment de l'introduction : la densité et la viabilité du microbiote de donneur entrant, l'état écologique de l'intestin du receveur – y compris le pH, la composition en acides biliaires, le niveau d'activation immunitaire et le substrat nutritionnel disponible – et le degré auquel les espèces pathogènes ou dysbiotiques résiduelles ont été éliminées ou affaiblies. Les stratégies de préparation agissent simultanément sur ces trois variables, et les défauts de préparation comptent parmi les causes les plus fréquentes et les plus évitables de résultats sous-optimaux de la FMT [016], [447].

La fenêtre sans antibiotiques – l'étape préparatoire la plus critique. Les antibiotiques encore actifs dans l'intestin au moment de la FMT vont supprimer la communauté microbienne de donneur entrante avec le même effet indiscriminé que celui qu'ils exercent sur les populations résidentes. L'intervalle minimal requis entre la dernière dose d'antibiotique et l'administration de la FMT est de 24–48 heures pour la plupart des agents ; pour les agents à action intestinale prolongée (par exemple les aminosides, les carbapénèmes), un délai plus long, apprécié au cas par cas, est retenu en pratique, sans que l'on dispose pour autant de données pharmacocinétiques fécales issues d'études [016]. Chez les patients recevant une FMT pour une infection récidivante à C. difficile, une cure courte standardisée de vancomycine ou de fidaxomicine est typiquement administrée dans les jours qui précèdent immédiatement la procédure de FMT afin de réduire la charge pathogène active ; cette cure doit ensuite être arrêtée et l'intervalle de sevrage décrit plus haut respecté (au moins 24–48 heures selon la pharmacocinétique fécale de l'agent, 72 heures en cas d'élimination prolongée), afin que l'antibiotique disparaisse de la lumière colique [465]. La recommandation de l'AGA ne fixe pas cette fenêtre de façon chiffrée ; l'intervalle indiqué provient de la pratique des protocoles de banques de selles. Chez les patients non-ICD, les cures d'antibiotiques en cours doivent être terminées et une fenêtre respectée avant le début de la phase d'évaluation de compatibilité, plutôt qu'interrompues puis reprises autour des procédures de FMT.

Protocoles actualisés de sélection des donneurs (2024). La mise à jour 2024 du consensus européen ESCMID/ECCO a rendu obligatoire, chez tous les donneurs, le dépistage des BLSE, des entérobactéries résistantes aux carbapénèmes (CRE) et d'autres micro-organismes multirésistants ; elle a élargi le champ des panels SARS-CoV-2 et variole du singe ; et elle a introduit des recommandations de surveillance métagénomique pour l'assurance qualité du pool de donneurs. La nouvelle norme exige, lors de la validation d'un donneur, un dépistage fonctionnel du microbiome à côté des panels sérologiques et parasitologiques traditionnels, incluant une représentation appropriée des taxons producteurs de butyrate (Faecalibacterium, Roseburia, Eubacterium). La banque de FMT FindBiome applique ces normes 2024.

La préparation intestinale pour la FMT par coloscopie. Lorsque la FMT est administrée par coloscopie, la question de savoir si une préparation intestinale mécanique améliore la greffe a été examinée dans plusieurs études. Une revue systématique de 2021 a constaté que la préparation intestinale – typiquement par une solution de polyéthylène glycol (PEG) – est associée à de meilleures conditions procédurales et peut-être à une greffe plus élevée dans la FMT par coloscopie pour l'ICD, même si les données ne sont pas définitives pour les indications non-ICD. La justification est mécanistique : la préparation intestinale réduit le volume du contenu luminal, abaisse la densité pathogène résiduelle et facilite le contact direct entre le matériel du donneur et l'épithélium colique. Le protocole standard de la plupart des centres de FMT prévoit une préparation par PEG en doses fractionnées la veille et le matin de la procédure, avec un régime liquide clair pendant les 24 heures précédentes [447], [465]. Les patients atteints d'une maladie inflammatoire chronique de l'intestin peuvent nécessiter des protocoles de préparation modifiés en raison de la fragilité muqueuse et de considérations de gestion hydrique – ce point est toujours individualisé par l'équipe clinique.

La préparation alimentaire – que manger et quoi éviter. Les exigences alimentaires des jours précédant immédiatement la FMT diffèrent selon la voie d'administration. Pour la FMT par coloscopie, un régime pauvre en résidus ou liquide clair pendant 24–48 heures avant la procédure réduit le contenu luminal et facilite à la fois la préparation intestinale et l'administration procédurale. Pour la FMT par capsules, aucune restriction alimentaire formelle n'est habituellement nécessaire, mais plusieurs principes s'appliquent : les patients devraient éviter les repas copieux, riches en graisses ou très transformés le jour de la prise des capsules, car, sur des bases physiologiques, la vitesse de vidange gastrique et la motricité intestinale peuvent en principe influencer le site de désintégration de la capsule et de libération des microbes [111]. Maintenir un apport suffisant en fibres alimentaires dans les jours qui entourent la FMT par capsules est en réalité bénéfique, car les fibres fournissent le substrat fermentescible dont la communauté de donneur entrante a besoin pour s'établir et produire des SCFA. Une restriction alimentaire extrême ou un jeûne dans les jours précédant une FMT par capsules est donc contre-productif et doit être évité, sauf consigne explicite de l'équipe clinique.

La revue des médicaments – que poursuivre, que suspendre et de quoi discuter. Plusieurs classes de médicaments interagissent avec l'efficacité de la FMT par leurs effets sur le microbiome intestinal, l'acidité gastrique, la motricité intestinale ou la réponse immunitaire. Une revue systématique des médicaments fait donc partie du bilan avant FMT, conduite par l'équipe clinique. Les inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) réduisent la sécrétion d'acide gastrique, laquelle constitue normalement la première barrière contre les micro-organismes administrés par voie orale. Pour la FMT par capsules, l'effet des IPP sur la viabilité du contenu des capsules est complexe : une acidité réduite augmente la probabilité de survie dans l'estomac des bactéries sensibles à l'acide, ce qui peut être bénéfique ; mais elle modifie aussi le microbiome digestif haut et peut influencer la dynamique de délivrance distale. Les données actuelles ne justifient pas l'arrêt systématique des IPP avant une FMT par capsules, et les patients à qui des IPP ont été prescrits pour des indications documentées devraient les poursuivre, sauf indication contraire explicite [466]. Les anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS) augmentent la perméabilité intestinale^[G] et peuvent aggraver l'inflammation muqueuse ; leur usage dans la période péri-FMT devrait être réduit au minimum lorsque c'est cliniquement possible. Les immunosuppresseurs ne doivent jamais être interrompus sans autorisation médicale explicite, car un arrêt brutal comporte des risques qui dépassent largement tout bénéfice théorique pour la greffe [447], [465].

Préparation psychologique et logistique. L'observance du protocole de FMT – journal alimentaire et des symptômes, questionnaire Exposome, revue des médicaments et calendrier de dosage en plusieurs phases – exige un niveau d'engagement structuré qui n'est réaliste que si le patient comprend la logique de chaque composante. Les séances d'éducation avant FMT, qu'elles se déroulent en présentiel ou par supports écrits, font donc partie du processus préparatoire. Les patients qui comprennent la raison d'être de chaque étape adhèrent nettement mieux aux protocoles de traitement et se déclarent plus satisfaits des résultats, indépendamment de la réponse clinique. La préparation logistique comprend l'accès au journal alimentaire et des symptômes avant le début de la phase 0, la confirmation de l'approvisionnement et du calendrier des médicaments avec le médecin prescripteur, et la discussion avec l'équipe clinique de tout voyage prévu, changement alimentaire ou maladie intercurrente dans les semaines qui suivent immédiatement le début de la FMT.

Préparation avant la FMT : synthèse par voie d'administration

Tableau 4 – Liste de contrôle de la préparation avant FMT, par voie d'administration # Toutes les décisions relatives aux médicaments sont prises exclusivement par le médecin traitant ; ce tableau sert uniquement à orienter le patient, il n'est pas un guide d'automédication.

Effets sur le microbiote

• La fenêtre sans antibiotiques avant la FMT améliore substantiellement la probabilité de greffe ; une activité antibiotique résiduelle dans le côlon au moment du transfert réduit la densité microbienne viable du donneur et supprime sélectivement les taxons de donneur sensibles, ce qui peut modifier la composition de la communauté greffée par rapport à la préparation du donneur [016], [465].
• La préparation intestinale par PEG réduit la densité pathogène résiduelle dans la lumière colique avant une FMT par coloscopie ; l'effet laxatif osmotique transitoire modifie aussi l'environnement physicochimique du côlon, ce qui peut améliorer l'accessibilité muqueuse pour l'attachement des microbes du donneur.
• Des fibres alimentaires maintenues dans les jours qui précèdent et suivent immédiatement une FMT par capsules fournissent le substrat fermentescible qui soutient l'activité métabolique et la valeur compétitive des taxons de donneur entrants ; une privation de fibres en période péri-FMT peut réduire la greffe initiale en privant la communauté du donneur de substrats de croissance essentiels [111].
• L'usage d'IPP modifie la barrière acide gastrique et altère l'environnement microbien digestif haut ; s'il n'altère pas de façon constante les résultats de la FMT par coloscopie, son effet net sur la FMT par capsules est complexe et n'est actuellement pas caractérisé de manière définitive dans des essais humains contrôlés [466].
• L'usage d'AINS en période péri-FMT augmente la perméabilité intestinale par inhibition de la protection muqueuse médiée par les prostaglandines ; une perméabilité accrue peut faciliter la translocation de fragments microbiens du donneur dans la circulation systémique et exacerber la signalisation inflammatoire muqueuse chez les patients dont la barrière intestinale est déjà compromise [467].
• La poursuite des immunosuppresseurs pendant la FMT n'altère pas nécessairement la greffe, et la recommandation de l'AGA ne préconise pas non plus de suspendre systématiquement l'immunosuppression avant une FMT ; aucun essai contrôlé n'a toutefois comparé directement les taux de greffe des patients immunodéprimés et immunocompétents, si bien que la décision exige une appréciation individuelle du rapport bénéfice-risque [447].
• La préparation psychologique et l'éducation avant FMT sont associées à une meilleure observance du traitement et à un remplissage plus régulier du journal alimentaire et des symptômes ; l'exhaustivité du journal influence directement la capacité de l'équipe clinique à détecter les signaux de compatibilité pendant la phase 0 et les événements indésirables pendant l'induction, et à y répondre.
• L'état de référence alimentaire et de mode de vie établi avant la FMT grâce au questionnaire Exposome et aux premières données du journal alimentaire et des symptômes permet à l'équipe clinique d'identifier les facteurs modifiables avant l'induction ; des interventions ciblant ces facteurs – supplémentation en fibres, régularisation du sommeil ou achèvement d'une cure d'antibiotiques – peuvent être engagées avant la phase 1, ce qui améliore les conditions écologiques dans lesquelles la communauté du donneur sera introduite [451].

Conseils au patient

• Faites la revue de vos médicaments avec votre médecin au moins 2 semaines avant le début de la FMT. Apportez une liste complète de tous les médicaments, compléments et produits en vente libre que vous utilisez régulièrement. N'arrêtez et n'ajustez aucun médicament de vous-même avant cette revue.
• Si des antibiotiques vous sont prescrits, pour quelque raison que ce soit, dans les semaines qui précèdent la date de début de votre FMT, informez-en immédiatement votre équipe clinique de FMT. Les cures d'antibiotiques qui chevauchent le début de votre traitement peuvent imposer un ajustement du calendrier afin de garantir une fenêtre suffisante.
• Si votre FMT est administrée par coloscopie : suivez précisément les consignes de préparation intestinale de votre équipe clinique. Commencez le régime pauvre en résidus 24–48 heures avant la procédure, effectuez la préparation par PEG en doses fractionnées comme indiqué, et veillez à prendre la dernière dose au moins 4–6 heures avant l'heure prévue de la procédure. Une préparation intestinale insuffisante est l'une des causes évitables les plus fréquentes de résultat procédural sous-optimal.
• Si votre FMT est administrée par capsules : ne jeûnez pas les jours où vous prenez les capsules. Prenez un repas normal et équilibré 30–60 minutes avant vos capsules. Évitez les repas lourds, gras ou très transformés juste avant la prise. Maintenez votre apport habituel en fibres – ne restreignez pas et n'arrêtez pas les aliments qui en contiennent.
• Commencez votre journal alimentaire et des symptômes au moins 7 jours avant votre première dose de FMT. Notez la fréquence et la consistance des selles (échelle de Bristol), les symptômes abdominaux (échelle de 0–10 pour les ballonnements, la douleur et les crampes), le niveau d'énergie, la qualité du sommeil et les apports quotidiens en aliments et en liquides. Ces données de référence sont indispensables à l'équipe clinique pour interpréter vos réponses pendant la phase 0.
• Remplissez le questionnaire d'évaluation de l'exposome intégralement et honnêtement. Si une question n'est pas claire, interrogez votre équipe clinique plutôt que de la laisser sans réponse. Le questionnaire n'est pas un examen – c'est un outil clinique conçu pour repérer, dans votre environnement, les facteurs que votre équipe clinique peut vous aider à modifier pour soutenir votre traitement.
• Pendant la période de préparation, donnez la priorité à la régularité du sommeil, à la réduction du stress et à une hydratation suffisante. Ces facteurs ne sont pas cosmétiques – ils influencent directement la motricité intestinale, le tonus immunitaire muqueux et les conditions écologiques de votre intestin au moment de votre première dose de FMT.
• Ne commencez aucun nouveau complément probiotique, aucune préparation intestinale à base de plantes ni aucun protocole alimentaire de votre propre initiative dans les 2 semaines qui précèdent la FMT sans en parler d'abord à votre équipe clinique. Les probiotiques du commerce peuvent modifier l'environnement intestinal et interférer avec l'évaluation de la greffe pendant la phase 0.
• Si vous développez une maladie, une fièvre ou un changement notable de vos symptômes dans la semaine précédant la date prévue de début de votre FMT, contactez votre équipe clinique avant de poursuivre. Certaines maladies intercurrentes peuvent imposer de reporter le début de la FMT afin d'assurer des conditions intestinales optimales chez le receveur.
• Abordez la phase de préparation activement, non passivement. Chaque étape que vous accomplissez – de la revue des médicaments à l'état de référence du journal en passant par le questionnaire Exposome – augmente directement la probabilité que votre traitement par FMT réussisse. La phase de préparation est la première chose que vous pouvez faire pour votre propre microbiome.

Références

[016] Cammarota G, Ianiro G, Tilg H et al. European consensus conference on faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut. 2017. Link

Conférence de consensus européenne élaborant des recommandations fondées sur les preuves relatives à la FMT en pratique clinique, avec 28 experts de 10 pays collaborant au sein de groupes de travail. Les énoncés ont été produits par une revue fondée sur les preuves, évalués électroniquement par un processus Delphi, puis finalisés lors d'une séance plénière de consensus. Les recommandations portent sur les indications de la FMT, la sélection des donneurs, la préparation du matériel fécal, la prise en charge clinique, l'administration des selles et les exigences minimales pour créer un centre de FMT. Le document fournit le cadre européen de standardisation d'une FMT sûre et encadrée.

[111] Koh A, De Vadder F, Kovatcheva-Datchary P, Bäckhed F. From Dietary Fiber to Host Physiology: Short-Chain Fatty Acids as Key Bacterial Metabolites. Cell. 2016. Link

Revue mécanistique sur les acides gras à chaîne courte (AGCC), produits par la fermentation bactérienne des fibres alimentaires. Les fibres fermentescibles sont la source d'énergie primaire du microbiote colique ; les principaux produits de fermentation sont l'**acétate, le propionate et le butyrate**. Le **butyrate est le principal substrat énergétique des colonocytes** ; les AGCC influencent aussi l'intégrité de la barrière, la fonction immunitaire et, une fois dans la circulation, le métabolisme de l'hôte, en partie via des récepteurs couplés aux protéines G (GPR41/43) et l'inhibition des histone-désacétylases. Cette entrée est la source des affirmations de manuel du III.2 (S-0302-01, -02). Important : il s'agit d'une **revue**, non de données expérimentales propres.

[447] Peery AF, Kelly CR, Kao D et al. AGA Clinical Practice Guideline on Fecal Microbiota-Based Therapies for Select Gastrointestinal Diseases. Gastroenterology. 2024. Link

Recommandation de pratique clinique de l'AGA, élaborée selon le cadre GRADE, portant sur les thérapies à base de microbiote fécal (FMT conventionnelle, fecal microbiota live-jslm, fecal microbiota spores live-brpk) chez l'adulte atteint d'infection à Clostridioides difficile récidivante ou sévère à fulminante, d'IBD/pochite et d'IBS. Le panel a émis 7 recommandations. Chez l'adulte immunocompétent présentant une CDI récidivante, l'AGA suggère un recours sélectif aux thérapies à base de microbiote fécal après l'antibiothérapie de référence afin de prévenir de nouvelles récidives. Le texte fournit un cadre intégrant les produits approuvés par la FDA et la FMT conventionnelle.

[451] Wild, C. P. Complementing the Genome with an 'Exposome': The Outstanding Challenge of Environmental Exposure Measurement in Molecular Epidemiology. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2005. Link

Le commentaire fondateur de Wild, publié en 2005 dans Cancer Epidemiology, Biomarkers and Prevention, introduit le concept d'« exposome » en complément de la mesure génomique en épidémiologie moléculaire. Il soutient que les expositions environnementales de la vie entière, incluant l'alimentation, le mode de vie, les infections, les polluants et les processus endogènes, sont aussi importantes que le génome dans la détermination du risque de maladie, mais sont systématiquement sous-mesurées. L'article appelle au développement de technologies et de plans d'étude capables de capter les expositions tout au long de la vie avec une sensibilité comparable à celle de la génomique à haut débit. Wild distingue les domaines interne, externe spécifique et externe général de l'exposome. Le concept a depuis façonné de grandes études de cohorte et l'évaluation des expositions fondée sur les biomarqueurs, y compris les travaux relatifs au microbiome.

[465] Terveer EM, van Beurden YH, Goorhuis A et al. How to Establish and Run a Stool Bank. Clin Microbiol Infect. 2017. Link

Description opérationnelle de la Netherlands Donor Feces Bank (NDFB), fondée en 2015 pour fournir un produit de FMT standardisé dans la CDI récidivante. L'article établit des procédures opératoires normalisées pour le recrutement, la sélection et le dépistage des donneurs, ainsi que pour la production, le stockage et la distribution de suspensions fécales congelées. Les protocoles différaient substantiellement selon les pays et les institutions, et les cadres législatifs européens relatifs aux suspensions fécales étaient alors inexistants. Le travail fournit un modèle de référence pour la gouvernance des banques de selles nationales.

[466] Hong AS, Yu WY, Hong JM, Cross CL, Azab M, Ohning G, Jayaraj M. Proton pump inhibitor in upper gastrointestinal fecal microbiota transplant: A systematic review and analysis. J Gastroenterol Hepatol. 2020.

Revue systématique de la FMT par voie digestive haute (capsule/orale) et des IPP : sur 233 patients, l'échec du traitement était similaire avec IPP (20,6%) et sans (22,6%) ; aucune donnée ne soutient l'usage systématique des IPP avant une FMT, de sorte que les IPP prescrits pour une indication documentée n'ont pas à être interrompus.

[467] Wallace, J. L. Prostaglandins, NSAIDs, and Gastric Mucosal Protection: Why Doesn't the Stomach Digest Itself?. Physiological Reviews. 2008. Link

Revue des mécanismes de défense de la muqueuse gastrique et de la manière dont les NSAID les perturbent, centrée sur la voie des prostaglandines découverte en 1971, lorsqu'il fut démontré que l'aspirine et les NSAID bloquent la synthèse des prostaglandines. Les prostaglandines modulent pratiquement tous les aspects de la défense muqueuse, et leur inhibition accroît la susceptibilité aux lésions muqueuses, l'usage chronique des NSAID conduisant à une maladie ulcéreuse cliniquement significative. La revue synthétise deux décennies de recherche ayant identifié les événements déclenchés par les NSAID qui contribuent à la formation des ulcères et à l'altération de leur cicatrisation, plaçant la biologie des prostaglandines au cœur de la pharmacologie de sécurité digestive.