XVII. 3. La réglementation actuelle par continent et par pays

Les règles diffèrent d'un pays à l'autre ; nous cartographions la manière dont la FDA, Santé Canada et les États membres européens traitent la FMT, des régimes les plus stricts aux plus permissifs.

Amérique du Nord

États-Unis : la FDA a classé la FMT comme IND (Investigational New Drug) en 2013, puis a instauré une tolérance d'application exemptant la rICD de l'exigence d'IND. Le 30 novembre 2022, elle a autorisé Rebyota (Ferring, RBX2660, produit de microbiote vivant, administré par voie rectale) [471] et le 26 avril 2023 Vowst (Seres Therapeutics, SER-109, capsule orale) [472] – les premières thérapies du microbiome autorisées par la FDA [732]. La FMT hospitalière non commerciale pour la rICD peut se poursuivre sous cette tolérance d'application ; les indications hors ICD exigent un protocole d'essai clinique.

Canada : Santé Canada réglemente la FMT comme un médicament biologique. Une application clinique limitée à la rICD est autorisée sans IND formel ; la commercialisation exige une autorisation complète.

Europe – panorama

Le Horizon Scanning Report 2022 de l'EMA (EMA/204935/2022/Rev. 1, mis à jour en mai 2025) indique : « il n'existe pas d'approche européenne convenue quant à la manière dont la FMT devrait être réglementée » [728]. Les États membres appliquent trois cadres distincts – médicament, produit tissulaire/cellulaire ou acte thérapeutique. Le rapport couvre 18 pays et retient août 2027 comme première échéance contraignante d'harmonisation : le règlement (UE) 2024/1938 a été adopté le 13 juin 2024 et s'applique à compter du 7 août 2027 [733].

Réglementation stricte – autorisation complète de médicament exigée

Allemagne : la FMT est classée comme médicament (Arzneimittel) sous la supervision du Paul-Ehrlich-Institut [739]. En dehors des essais cliniques, une autorisation complète de médicament est obligatoire. C'est l'approche la plus stricte d'Europe en matière de FMT : les banques de donneurs à but non lucratif ne peuvent pas satisfaire aux standards GMP industriels, si bien que l'accès est généralement limité au cadre des essais cliniques [728]. L'AMG (Arzneimittelgesetz) ne contient aucune exemption hospitalière spécifique à la FMT [728], [740].

France : l'ANSM (Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé) qualifie le microbiote fécal de médicament, au motif qu'il est présenté comme possédant des propriétés curatives ou préventives à l'égard des maladies humaines. En dehors des essais cliniques, il relève du régime des préparations magistrales ou hospitalières (article L. 5121-1 du code de la santé publique) et sa préparation doit être réalisée sous la responsabilité d'une pharmacie à usage intérieur (PUI) [741]. La banque de donneurs de l'hôpital Beaujon (Paris) est l'une des meilleures d'Europe. La catégorie juridique est donc celle du médicament, mais le régime des préparations ouvre à la pratique clinique une voie praticable [728], [741].

Royaume-Uni : la MHRA (Medicines and Healthcare products Regulatory Agency) classe la FMT comme médicament à usage humain ; les centres qui produisent et délivrent la FMT doivent obtenir une autorisation de la MHRA, tandis qu'une exemption pharmaceutique peut s'appliquer à une délivrance nominative au sein d'un même établissement. Dans l'ICD récidivante, la FMT est une procédure acceptée et recommandée par les référentiels au sein du NHS. Depuis le Brexit, la réglementation britannique évolue indépendamment du cadre SoHO de l'UE [777].

Irlande : classée comme médicament selon le tableau de l'EMA, sous la supervision de la HPRA (Health Products Regulatory Authority). Aucun protocole public détaillé n'est disponible [728].

Tchéquie et Croatie : toutes deux classent la FMT comme médicament selon le tableau de l'EMA, sous la supervision respective du SÚKL (tchèque) et de HALMED (croate). L'accès est généralement limité au cadre des essais cliniques [728].

Espagne : figure dans le tableau de l'EMA sans catégorie clairement attribuée [728], mais la question a été tranchée au niveau national en 2025 : le document de consensus conjoint de l'ONT (Organización Nacional de Trasplantes) et de l'AEMPS (Agencia Española de Medicamentos y Productos Sanitarios), adopté le 21 mai 2025 par la Commission des transplantations du Conseil interterritorial du Système national de santé, qualifie la transplantation de microbiote fécal de substance d'origine humaine (SoHO) au sens du règlement (UE) 2024/1938. L'enregistrement, l'autorisation et l'inspection des établissements pratiquant la FMT relèvent de l'ONT au niveau national et des autorités SoHO désignées par les communautés autonomes au niveau régional [734].

Réglementation souple – produit tissulaire ou acte thérapeutique

Autriche : le tableau de l'EMA identifie l'Autriche comme appliquant la réglementation de la FMT la plus permissive d'Europe [728]. La FMT extemporanée préparée à l'hôpital y est classée comme acte thérapeutique – ni médicament, ni produit tissulaire. Autrement dit, la FMT hospitalière n'est soumise à pratiquement aucune obligation d'autorisation de médicament, seuls les standards cliniques généraux s'appliquant. Les préparations de FMT fabriquées industriellement relèvent en revanche de la réglementation des médicaments. Cette approche à deux niveaux pourrait servir de modèle à la mise en œuvre du règlement SoHO [728].

Danemark : applique une classification au cas par cas – l'une des approches les plus pragmatiques d'Europe selon l'EMA [728]. La FMT destinée au traitement d'une dysbiose en milieu hospitalier peut être réglementée comme un produit tissulaire lorsque la transformation est minimale (filtration, conditionnement en poche ou en capsules). Lorsqu'une indication est explicitement revendiquée, la FMT devient un médicament. Toute sous-population de matériel fécal multipliée en vue d'un traitement est automatiquement un médicament. Cette frontière souple permet de traiter la rICD à l'hôpital avec une charge administrative relativement faible [728].

Pays-Bas : figurent dans le tableau de l'EMA ; réglementée en pratique comme un produit tissulaire [728]. La banque de selles de l'Amsterdam UMC est l'un des modèles de banque de donneurs les plus avancés d'Europe, avec des protocoles de dépistage des donneurs très complets, et elle est devenue une référence pour les efforts de standardisation européens. L'approche néerlandaise démontre que l'accès clinique et une assurance qualité élevée sont conciliables sous une classification en produit tissulaire [730], [735].

Belgique : la directive européenne 2004/23/CE ne s'applique pas formellement à la FMT, mais la Belgique la réglemente comme un produit tissulaire au titre de sa législation nationale sur les tissus et cellules – charge administrative plus faible qu'une autorisation de médicament, tout en imposant les exigences d'assurance qualité des banques de tissus [728].

Italie : réglementée de la même façon comme un produit tissulaire au titre de la loi nationale sur les tissus, bien que la directive 2004/23/CE ne s'applique pas formellement. L'AIFA autorise l'application clinique pour la rICD. La banque de donneurs de la Fondazione Policlinico Gemelli représente un standard de qualité remarquable. L'Italie démontre que des standards élevés de sécurité des donneurs sont atteignables dans un cadre réglementaire tissulaire [728].

Suède et Finlande : toutes deux figurent dans le tableau de l'EMA sans catégorie clairement définie. Au vu de la culture réglementaire scandinave et de la littérature disponible, toutes deux traitent probablement la FMT comme un produit tissulaire ou un acte thérapeutique souple. En Finlande, la FMT pour la rICD fait l'objet de recherches actives dans des essais cliniques ; la Fimea (agence finlandaise du médicament) n'a publié aucune position prohibitive connue [728].

Portugal : figure dans le tableau de l'EMA ; la classification détaillée n'est pas publiquement disponible. L'application clinique paraît limitée et réglementée de façon inconstante [728].

Hongrie

La réglementation hongroise de la FMT a franchi une étape importante en 2025 : le ministère de l'Intérieur a publié le 15 août 2025 une nouvelle recommandation professionnelle clinique sur la réalisation des procédures conventionnelles de transplantation de microbiote intestinal (identifiant : 002338, validité : 3 ans, jusqu'au 15 août 2028). Cette recommandation remplace la recommandation EMMI 002080 arrivée à expiration (2020–2024), corédigée par la section de gastroentérologie et d'hépatologie (Prof. Dr. Áron Vincze) et la section d'infectiologie (Dr. János Szlávik) [736].

Principales nouveautés de la recommandation BM : température de conservation révisée à ≤ –70°C (12 mois au maximum) ; décongélation à température ambiante requise (bain d'eau chaude explicitement interdit – risque de contamination par Comamonas) ; usage du cryoprotecteur (glycérol) reconfirmé ; terminologie actualisée en « transplantation de microbiote intestinal » ; horizon indicatif élargi : les IBD (rectocolite hémorragique, maladie de Crohn) sont mentionnées, mais pas encore recommandées en soins courants [736].

La recommandation reste un document professionnel clinique, et non une réglementation juridique. La classification juridique de la FMT en Hongrie (médicament, produit tissulaire ou acte thérapeutique) demeure non résolue. Il n'existe ni système uniforme d'autorisation des banques de donneurs, ni cadre d'accréditation, ni enregistrement obligatoire. Fait notable, la Hongrie ne figure même pas dans le tableau de l'EMA – l'absence de réglementation nationale est ainsi documentée non seulement à l'échelle nationale, mais aussi au niveau européen [728], [736]. MicroBiome Bank poursuit le développement de son système d'assurance qualité sur la base de la nouvelle recommandation BM et participe activement à la préparation professionnelle de la mise en œuvre nationale du règlement SoHO.

Asie et Océanie

Australie : la TGA (Therapeutic Goods Administration) réglemente la plupart des produits de FMT comme des produits biologiques ; les normes minimales obligatoires sont fixées par la détermination TGO 105 de 2020. Pour les indications autres que l'ICD récidivante, et pour les produits non inscrits à l'ARTG, l'utilisation est possible dans le cadre d'un essai clinique approuvé ou via le Special Access Scheme.

Chine : depuis 2020, un consensus national d'experts fixe la méthodologie de la FMT (en Chine : transplantation de microbiote lavé, WMT) : sélection des donneurs, protocole de lavage, préparation du patient, voie d'administration et exigences de sécurité. Le champ des indications est plus large qu'en Occident – les IBD, l'IBS et le syndrome métabolique en font partie [778].

Japon : autorisée dans le cadre d'essais cliniques ; l'application commerciale est limitée. La PMDA adopte une approche prudente [728].

Références

[471] . FDA Approves First Fecal Microbiota Product (Rebyota). . 2022. Link

Communiqué de la FDA : le 30 novembre 2022, la FDA américaine a approuvé Rebyota (fecal microbiota, live-jslm ; anciennement RBX2660, Ferring/Rebiotix) — le premier produit de microbiote fécal approuvé — pour la prévention de l'infection récidivante à Clostridioides difficile (CDI) chez l'adulte (≥18 ans), après achèvement du traitement antibiotique de la CDI récidivante. Il est administré par voie rectale en dose unique.

[472] . FDA Approves First Orally Administered Fecal Microbiota Product (Vowst). . 2023. Link

Communiqué de la FDA : en avril 2023, la FDA américaine a approuvé Vowst (fecal microbiota spores, live-brpk ; anciennement SER-109, Seres Therapeutics) — le premier produit de microbiote fécal administré par voie orale — pour la prévention de la CDI récidivante chez l'adulte après traitement antibiotique de la CDI récidivante. Contrairement à Rebyota, administré par voie rectale, Vowst se prend sous forme de capsules orales de spores bactériennes purifiées.

[728] EMA/HMA. Faecal Microbiota Transplantation – EU-IN Horizon Scanning Report. EMA/204935/2022/Rev. 1 (updated May 2025). 2022. Link

Le rapport EMA/HMA de 2022 (actualisé en mai 2025) « Faecal Microbiota Transplantation – EU-IN Horizon Scanning Report » (EMA/204935/2022/Rev. 1) est l'analyse prospective officielle de l'European Medicines Agency sur la réglementation de la FMT. Il cartographie le paysage réglementaire européen hétérogène (cadres tissus, médicament, composant sanguin ou hybride selon les États membres), passe en revue les données cliniques par indication (CDI, IBD, encéphalopathie hépatique, décolonisation des bactéries multirésistantes) et identifie les priorités d'harmonisation. Le rapport éclaire les négociations du règlement européen SoHO 2024/1938 et propose une approche coordonnée de la sélection des donneurs, de l'agrément des banques de selles, de la traçabilité, de la pharmacovigilance et des registres d'essais cliniques. Il constitue une référence politique clé pour la gouvernance européenne de la FMT.

[730] Keller JJ, Ooijevaar RE, Hvas CL et al. A standardised model for stool banking for faecal microbiota transplantation: a consensus report from a multidisciplinary UEG working group. United European Gastroenterol J. 2021. Link

Ce document de consensus européen fournit des recommandations détaillées sur l'ensemble des processus liés au recueil, à la manipulation et à l'application clinique des selles de donneurs humains pour la transplantation de microbiote fécal (FMT). Les banques de selles opèrent dans le cadre des directives européennes relatives aux tissus et cellules, avec des exigences détaillées de sélection, de traitement et de traçabilité. Le document a été élaboré par une collaboration d'experts lors de la United European Gastroenterology Week de 2019. Il fournit un standard opérationnel pour les banques de selles destinées à la FMT en Europe, afin de garantir la sécurité et la reproductibilité de l'administration de la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile et dans d'autres indications.

[732] Nature Reviews Drug Discovery (news). FDA approves second microbiome-based C. difficile therapy. . 2023. Link

Brève d'actualité de Nature Reviews Drug Discovery sur l'approbation par la FDA de la deuxième thérapie du C. difficile fondée sur le microbiome : l'autorisation, le 26 avril 2023, de Vowst (Seres Therapeutics, SER-109, capsule orale de spores) – premier biothérapeutique oral à microbiote vivant pour la prévention des CDI récidivantes – après l'approbation en 2022 du Rebyota rectal (Ferring, RBX2660). L'article présente ces deux produits comme les premières thérapies du microbiome approuvées par la FDA et comme une étape clé de la transition de la FMT vers un statut de médicament réglementé.

[733] . Regulation (EU) 2024/1938 of the European Parliament and of the Council of 13 June 2024 on standards of quality and safety for substances of human origin intended for human application and repealing Directives 2002/98/EC and 2004/23/EC. Official Journal of the European Union, OJ L, 2024/1938, 17.7.2024. 2024. Link

Le règlement (UE) 2024/1938 relatif aux substances d'origine humaine (SoHO) a été adopté le 13 juin 2024 et publié au Journal officiel le 17 juillet 2024, abrogeant la directive 2002/98/CE (sang) et la directive 2004/23/CE (tissus et cellules). Il est entré en vigueur le 6 août 2024, la grande majorité de ses dispositions étant applicables à partir du 7 août 2027. Par rapport au cadre antérieur des directives, son champ d'application est étendu à d'autres substances d'origine humaine, dont le lait maternel et le microbiote intestinal — il s'agit du premier cadre juridique européen contraignant couvrant la FMT.

[734] . Documento de consenso ONT-AEMPS sobre la donación, obtención, procesamiento y trasplante de microbiota fecal para el tratamiento de la infección por Clostridioides difficile. Organización Nacional de Trasplantes y Agencia Española de Medicamentos y Productos Sanitarios, Madrid. Versión final, 21 de mayo de 2025. 2025. Link

Document de consensus conjoint de l'Organisation nationale espagnole de transplantation (ONT) et de l'Agence espagnole des médicaments et des produits de santé (AEMPS) sur le don, l'obtention, la transformation et la transplantation de microbiote fécal pour le traitement de l'infection à Clostridioides difficile ; version finale du 21 mai 2025, adoptée par la Commission de transplantation du Conseil interterritorial du Système national de santé. Le document classe la FMT comme substance d'origine humaine (SoHO) au sens du règlement (UE) 2024/1938, désigne l'ONT comme autorité compétente au niveau national et les autorités SoHO désignées par les communautés autonomes au niveau régional, et leur confie l'enregistrement, l'autorisation et l'inspection des établissements exerçant des activités de FMT.

[735] Cammarota G, Ianiro G, Kelly CR et al. International consensus conference on stool banking for faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut. 2019. Link

Ce consensus international, réunissant des experts de la FMT d'Europe, d'Amérique du Nord et d'Australie, formule des recommandations sur les banques de selles pour la FMT, couvrant les principes généraux, l'organisation, la sélection et le dépistage des donneurs, le recueil, la préparation et la conservation des selles, les services et les clients, les registres, le suivi des résultats, l'éthique et le rôle clinique évolutif de la FMT. Le consensus a été obtenu par des tours Delphi complétés par une discussion plénière, les énoncés étant étayés par les meilleures données disponibles. Le document guide le développement mondial des banques de selles afin de promouvoir un accès sûr et équitable à la FMT dans l'infection récidivante à C. difficile.

[736] Ministry of Interior (BM). Professional clinical guideline on conventional intestinal microbiota transplantation procedures. Identifier: 002338. Published: 15 August 2025. Valid until: 15 August 2028. (Replaces: EMMI 002080/2020.). 2025. Link

La recommandation professionnelle clinique 2025 du ministère de l'Intérieur (BM) de Hongrie (identifiant 002338, publiée le 15 août 2025, valable jusqu'au 15 août 2028, remplaçant EMMI 002080/2020) relative aux procédures conventionnelles de transplantation de microbiote intestinal définit les standards hongrois de la pratique de la FMT. Le document précise les exigences de dépistage des donneurs, de traitement des selles, de conservation et de traçabilité en cohérence avec le règlement SoHO de l'UE ; définit les indications (principalement la CDI récidivante et réfractaire, avec un cadre de recherche pour les autres indications) ; précise les voies d'administration (capsule, nasogastrique/duodénale, coloscopique, lavement) ; et décrit les obligations de pharmacovigilance, de suivi et de registre. Cette recommandation constitue le standard national opérationnel des services hospitaliers de FMT en Hongrie et aligne la pratique nationale sur le consensus européen.

[739] . Substances of Human Origin: Paul-Ehrlich-Institut to Assume Central Roles Within the Framework of the SoHO Regulation. Paul-Ehrlich-Institut, Bundesinstitut für Impfstoffe und biomedizinische Arzneimittel, Langen. 2026. Link

Communication officielle du Paul-Ehrlich-Institut (PEI) indiquant qu'en Allemagne le PEI agira comme autorité nationale SoHO (SoHO national authority) et également comme autorité compétente SoHO, chargée de l'autorisation des préparations SoHO, tandis que les autorités des Länder conservent les missions de surveillance. La communication précise explicitement que le champ d'application du règlement (UE) 2024/1938 est étendu à d'autres substances, à savoir le lait maternel et le microbiote intestinal. Le règlement est entré en vigueur le 6 août 2024 et devient directement applicable le 7 août 2027, après une phase de mise en œuvre de trois ans.

[740] Stallmach A, von Müller L, Storr M, Link A, Konturek PC, Solbach PC, Weiss KH, Wahler S, Vehreschild MJGT. Fäkaler Mikrobiota-Transfer (FMT) in Deutschland – Status und Perspektive. Zeitschrift für Gastroenterologie 62(4):490-499. 2024. Link

Revue d'experts allemands sur la situation et les perspectives du transfert de microbiote fécal (FMT) en Allemagne. Elle expose qu'en Allemagne la FMT relève du statut de médicament au sens de la loi allemande sur les médicaments (Arzneimittelgesetz, AMG) et décrit les conséquences qui en découlent en matière d'autorisation et d'accès pour la pratique clinique. Référence nationale standard sur la situation réglementaire allemande de la FMT.

[741] . La transplantation de microbiote fécal et son encadrement dans les essais cliniques. ANSM, Saint-Denis. Version de novembre 2016 (mise à jour de la version de juin 2015). 2016. Link

Document-cadre de l'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM) sur la transplantation de microbiote fécal et son encadrement dans les essais cliniques ; version de novembre 2016, mise à jour de la version de juin 2015. Le document établit que le microbiote fécal relève du statut de médicament en droit français, car il est présenté comme possédant des propriétés curatives ou préventives à l'égard des maladies humaines. Hors essais cliniques, il peut être préparé en tant que préparation magistrale ou hospitalière (article L. 5121-1 du Code de la santé publique), et sa préparation doit s'effectuer sous la responsabilité d'une pharmacie à usage intérieur (PUI). Document fondateur de la réglementation française de la FMT.

[777] Mullish BH, Merrick B, Quraishi MN et al. The use of faecal microbiota transplant as treatment for recurrent or refractory Clostridioides difficile infection and other potential indications: second edition of joint British Society of Gastroenterology (BSG) and Healthcare Infection Society (HIS) guidelines. Gut. 2024. Link

Un bref résumé de la publication citée est en cours de préparation.

[778] Fecal Microbiota Transplantation-standardization Study Group. Nanjing consensus on methodology of washed microbiota transplantation. Chin Med J (Engl). 2020. Link

Un bref résumé de la publication citée est en cours de préparation.