1. Terminologie
Ce glossaire alphabétique définit les termes scientifiques et cliniques clés du guide, pour que chaque mot reste clair au fil de la lecture.
Ce glossaire définit les termes scientifiques et cliniques clés utilisés tout au long de ce guide. Les termes sont classés par ordre alphabétique. Les termes marqués (terme employé dans ce guide) sont propres à ce protocole.
L'acide gras à chaîne courte le plus abondant produit par les bactéries intestinales lors de la fermentation. Il sert de substrat métabolique à la fois pour l'hôte et pour les autres microbes. Sa production reflète l'activité fermentaire microbienne globale.
Tout effet indésirable ou nocif survenant pendant ou après le traitement. Les événements indésirables peuvent aller d'un inconfort léger à des complications sévères. La surveillance des événements indésirables est essentielle à la sécurité de la FMT.
Mesure de la richesse et de la régularité des espèces microbiennes au sein d'un même échantillon. Une alpha-diversité plus élevée indique généralement un écosystème intestinal plus résilient. Indices courants : entropie de Shannon, indice de Simpson, nombre d'espèces observées.
Micro-organismes distincts des bactéries, dont certains vivent dans l'intestin humain et contribuent à des processus métaboliques comme la production de méthane. Ils constituent une composante mineure mais pertinente de l'écosystème intestinal transféré lors de la FMT.
Virus qui infecte les bactéries et s'y réplique. Les bactériophages sont présents dans l'intestin en nombre considérable et façonnent la composition de la communauté bactérienne. La FMT transfère les phages en même temps que les bactéries, et leur implantation peut contribuer à la durabilité du traitement. Ils font partie de la matrice microbienne plus large transférée lors de la FMT.
L'état de départ du patient avant le début du traitement. Il sert de point de référence par rapport auquel les changements ultérieurs sont mesurés. Une évaluation initiale précise est essentielle à l'interprétation des résultats du traitement.
Mesure des différences de communauté microbienne entre échantillons ou entre individus. Une bêta-diversité élevée entre donneur et receveur avant la FMT ne prédit pas le résultat ; la convergence après la FMT vers la bêta-diversité du donneur est un marqueur d'implantation.
Molécules produites par le foie pour faciliter la digestion des graisses, puis transformées par les bactéries intestinales en acides biliaires secondaires. Ces transformations microbiennes influencent le métabolisme et contribuent à supprimer certains agents pathogènes. Rétablir la conversion des acides biliaires est l'une des façons dont la FMT restaure une fonction écologique.
Exposition brève et contrôlée au microbiote d'un donneur, utilisée pour observer la réponse initiale du receveur avant le traitement complet. Le principe est proche d'un test de compatibilité préalable à une intervention complète, et il constitue la base du processus d'évaluation de la compatibilité.
Acide gras à chaîne courte qui constitue la principale source d'énergie des cellules du côlon. Il soutient la barrière intestinale et exerce des effets anti-inflammatoires dans l'intestin. Rétablir la production de butyrate est un objectif clé de la récupération soutenue par la FMT.
Administration orale de microbiote sous forme encapsulée. Elle permet des doses répétées dans le temps et est moins invasive que l'administration endoscopique. Elle est particulièrement utile dans les protocoles de traitement prolongés.
État inflammatoire prolongé et dérégulé, associé à de nombreuses affections métaboliques, immunitaires et gastro-intestinales. La dysbiose peut contribuer à sa persistance en entretenant des signaux microbiens pro-inflammatoires.
L'horloge interne du corps, qui régule le sommeil, le métabolisme et les cycles hormonaux. Elle influence aussi l'activité et la composition microbiennes sur un cycle de 24 heures. Une perturbation du rythme circadien peut nuire à la stabilité du microbiote.
Critères de jugement définis, utilisés pour déterminer si un traitement est efficace. Ils peuvent inclure l'amélioration des symptômes, la rémission ou des marqueurs biologiques précis. Des critères de jugement clairs aident à guider les décisions thérapeutiques.
La capacité du microbiote intestinal établi à empêcher l'invasion et la prolifération d'agents pathogènes. La FMT restaure la résistance à la colonisation principalement en rétablissant des populations microbiennes denses et diversifiées qui supplantent les espèces pathogènes dans la compétition pour les nutriments et les sites d'adhésion.
Administration du microbiote du donneur directement dans le côlon au moyen d'une procédure endoscopique. Cette méthode permet d'administrer une dose élevée en une seule séance et est souvent utilisée lorsqu'une administration rapide et de grand volume est nécessaire.
La qualité de l'interaction entre le microbiote d'un donneur et l'environnement biologique et écologique d'un receveur donné. Elle reflète la réponse immunitaire, les interactions métaboliques et l'adéquation écologique. La variabilité de la compatibilité aide à expliquer pourquoi les patients répondent différemment à une FMT provenant de donneurs différents.
Processus structuré, préalable au traitement, servant à évaluer la façon dont un receveur répond à différents microbiotes de donneurs. Il implique une exposition contrôlée au matériel du donneur ainsi que la surveillance des symptômes et des réponses physiologiques. Utilisé dans ce protocole pour éclairer la sélection du donneur avant le traitement complet.
Le processus par lequel un groupe d'organismes empêche un autre d'occuper la même niche écologique. Dans l'intestin, des microbes bénéfiques peuvent supprimer les pathogènes en les supplantant dans la compétition pour les ressources. La FMT réintroduit des communautés capables d'assurer cette fonction.
Phase 2 du protocole de traitement, au cours de laquelle des doses répétées ou continues soutiennent l'intégration et la stabilisation microbiennes. L'accent est mis sur le renforcement des changements amorcés pendant l'induction et sur la promotion de la succession écologique.
Glucides d'origine végétale qui ne sont pas digérés par les enzymes humaines mais fermentés par les bactéries intestinales, avec production de métabolites tels que les SCFA. Un apport suffisant en fibres contribue à soutenir la fonction et la stabilité microbiennes après la FMT.
Individu en bonne santé dont les selles sont utilisées pour la FMT. Les donneurs font l'objet d'un dépistage approfondi afin de réduire le risque de transmission d'infections ou d'autres caractères indésirables. La sélection du donneur est un facteur déterminant de la sécurité et de l'efficacité du traitement.
Le processus d'évaluation des donneurs potentiels au regard des risques infectieux, métaboliques et des autres risques pour la santé. Il comprend les antécédents médicaux, des analyses de laboratoire et des critères d'exclusion. Ce processus est essentiel à la sécurité de la FMT.
Différences de composition et de fonction microbiennes entre donneurs. Ces différences peuvent influer sur la réponse au traitement, car tous les microbiotes de donneurs ne se comportent pas aussi bien chez tous les receveurs. Comprendre la variabilité entre donneurs aide à expliquer pourquoi les résultats diffèrent d'un patient à l'autre.
Le calendrier, la fréquence et la quantité définis d'administration du microbiote. Différents schémas d'administration peuvent influencer la dynamique écologique et les résultats du traitement. Une posologie structurée est un élément important de la conception du protocole.
Un déséquilibre de la composition, de la diversité ou de la capacité fonctionnelle du microbiote intestinal, associé à tout un éventail d'affections cliniques. La dysbiose peut comporter une perte d'espèces bénéfiques, une prolifération de taxons pathogènes ou pro-inflammatoires, une diversité réduite ou une production métabolique perturbée. Ce n'est pas une maladie en soi, mais un déséquilibre écologique. La FMT est utilisée pour orienter le système vers une stabilité fonctionnelle.
Le rôle et la position fonctionnelle d'un micro-organisme au sein d'un écosystème, y compris les ressources qu'il utilise, les conditions dont il a besoin et ses interactions avec d'autres espèces. La FMT peut rétablir l'équilibre en comblant des niches perturbées ou inoccupées.
La capacité d'un système microbien à maintenir sa structure et sa fonction dans le temps. Les systèmes stables résistent mieux aux perturbations et sont plus faciles à entretenir. Un objectif majeur du traitement par FMT est de soutenir la stabilité écologique à long terme.
Le changement progressif de la composition de la communauté microbienne au fil du temps après une perturbation, analogue à la succession écologique dans les macro-écosystèmes. Après une FMT, l'intestin traverse une période de succession pendant laquelle les espèces du donneur entrent en compétition avec les microbes résidents pour les niches écologiques.
Le processus consistant à ramener un système microbien perturbé vers un état plus fonctionnel. Il suppose de reconstruire des relations et des fonctions écologiques, et non simplement d'ajouter des organismes. C'est le modèle conceptuel central utilisé dans ce guide pour expliquer ce que la FMT accomplit.
L'installation stable de micro-organismes issus du donneur dans l'intestin du receveur après la FMT. L'implantation se mesure en comparant la composition du microbiote du receveur avant et après la FMT à l'état initial du donneur. On distingue implantation partielle et implantation complète ; la réponse clinique n'exige pas toujours une implantation complète.
Le contact avec des facteurs externes tels que l'alimentation, les substances chimiques, les microbes et les conditions physiques, qui façonnent en continu le microbiote et son activité. Des changements d'exposition environnementale peuvent modifier les conditions écologiques dans lesquelles la FMT est introduite.
Mesure de la facilité avec laquelle les substances traversent la muqueuse intestinale. Une perméabilité accrue est associée à l'inflammation et à la maladie. La restauration du microbiote peut contribuer à soutenir une fonction de barrière plus normale.
Un écosystème microbien équilibré et fonctionnellement stable. Il soutient la digestion, la régulation immunitaire et la protection contre les organismes nuisibles. La FMT vise à orienter le système vers cet état.
L'ensemble des expositions environnementales qu'un individu connaît tout au long de sa vie et de leurs effets biologiques cumulés. Il comprend l'alimentation, la qualité de l'air, les médicaments, le stress et les contacts microbiens. L'exposome façonne la composition microbienne et concerne directement les thérapies fondées sur le microbiote.
Bactérie commensale du phylum des Firmicutes, systématiquement associée à la santé intestinale dans les études humaines. Elle produit du butyrate et possède des propriétés anti-inflammatoires. Son abondance est fréquemment réduite dans les états dysbiotiques et peut être partiellement restaurée après une FMT.
Le transfert d'une préparation de selles traitées, provenant d'un donneur sain et dépisté, dans le tube digestif d'un receveur. Il apporte une communauté microbienne complexe dans le but de restaurer des fonctions écologiques perturbées. C'est l'intervention thérapeutique centrale décrite dans ce guide.
Le processus par lequel les bactéries intestinales dégradent les fibres alimentaires et d'autres substrats en l'absence d'oxygène. Ce processus produit des métabolites tels que les SCFA et constitue une activité fonctionnelle essentielle d'un microbiote intestinal sain.
Une aggravation temporaire des symptômes d'une affection chronique. Elle peut être déclenchée par des changements immunitaires, environnementaux ou microbiens. Reconnaître les poussées aide à distinguer une variabilité attendue d'une détérioration clinique.
Un outil structuré permettant de consigner l'alimentation, les symptômes et les facteurs associés dans le temps. Il aide à repérer des schémas et facilite l'interprétation clinique de la réponse au traitement. Dans ce guide, il est utilisé comme instrument clé d'aide à la décision pendant la FMT.
Micro-organismes qui font partie de l'écosystème intestinal, collectivement appelés mycobiome. Ils interagissent avec les bactéries et l'hôte de manières susceptibles d'influencer la fonction immunitaire et l'équilibre écologique. Leur rôle dans la FMT est moins bien compris que celui des bactéries.
Le réseau de communication bidirectionnel reliant le microbiote intestinal, le système nerveux entérique, le nerf vague, le système immunitaire et le système nerveux central. Des métabolites microbiens, dont les SCFA, les dérivés du tryptophane et les acides biliaires secondaires, modulent cet axe. Des changements du microbiote peuvent influencer des symptômes d'origine cérébrale par cette connexion.
La relation dynamique entre le corps humain et sa communauté microbienne, incluant les échanges métaboliques, la signalisation immunitaire et les interactions structurelles. La FMT modifie cette relation en introduisant un nouveau système microbien dans l'environnement écologique du receveur.
L'axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien : le principal système neuroendocrinien de réponse au stress. L'activation chronique de l'axe HPA élève le cortisol, ce qui modifie la motilité intestinale, l'intégrité de la barrière muqueuse et la composition microbienne. La dysbiose elle-même peut dérégler l'activité de l'axe HPA, créant une boucle bidirectionnelle stress-microbiote.
L'influence du microbiote sur la fonction immunitaire par l'intermédiaire de métabolites microbiens et de composants structurels. Ces signaux contribuent à façonner l'équilibre et la réactivité immunitaires. La FMT peut améliorer la santé intestinale en partie en restaurant ces signaux immunitaires microbiens.
La communication entre cellules immunitaires au moyen de messagers chimiques. Les métabolites microbiens et les composants structurels influencent ces signaux, contribuant à façonner l'équilibre et la réactivité immunitaires. La restauration des signaux microbiens pourrait être l'un des mécanismes par lesquels la FMT influence l'inflammation et la tolérance immunitaire.
La capacité du système immunitaire à ne pas réagir de façon excessive à des stimuli inoffensifs, y compris les microbes bénéfiques. Un microbiote sain aide à maintenir cet équilibre. La FMT peut influencer la tolérance en restaurant des apports microbiens appropriés.
Phase 1 du protocole de traitement, au cours de laquelle le microbiote est introduit à doses plus élevées. L'objectif est d'amorcer le changement écologique et de commencer la restauration des fonctions microbiennes clés. C'est la première phase de traitement actif.
La réponse du corps à une lésion, une infection ou d'autres menaces. Bien qu'elle soit nécessaire à la protection, une inflammation prolongée peut contribuer à la maladie. Le microbiote joue un rôle important dans la modulation des processus inflammatoires.
Le passage accru de produits microbiens (par exemple le lipopolysaccharide) et d'autres molécules à travers l'épithélium intestinal vers la circulation systémique. Cela peut activer les réponses immunitaires innées et contribuer à une inflammation systémique de bas grade. La FMT peut aider à restaurer l'intégrité de la barrière par des mécanismes microbiens et métaboliques.
Les comportements quotidiens tels que les habitudes alimentaires, le sommeil, l'activité physique et la gestion du stress, qui influencent les conditions de croissance microbienne et l'activité métabolique. Optimiser les facteurs liés au mode de vie peut favoriser le succès des thérapies fondées sur le microbiote.
L'ensemble des petites molécules produites par les processus métaboliques de l'organisme et du microbiote. Ces molécules assurent de nombreuses interactions entre les microbes et l'hôte. Les changements du métabolome reflètent les évolutions fonctionnelles après une FMT.
Un groupe de micro-organismes en interaction au sein d'un environnement partagé. Dans l'intestin, cette communauté est façonnée par la coopération et la compétition entre espèces. La FMT agit en introduisant une communauté fonctionnelle plutôt que des souches isolées.
La variété des espèces microbiennes présentes au sein du microbiote. Une diversité plus élevée est généralement associée à une plus grande résilience et à une redondance fonctionnelle. La FMT vise souvent à restaurer la diversité dans le cadre de la reconstruction de l'équilibre écologique.
Le microbiote considéré comme un système interconnecté d'organismes, de métabolites et de conditions environnementales. Cette notion souligne que la fonction naît des relations entre espèces plutôt que de microbes isolés. La FMT cible cet écosystème dans son ensemble.
Le système intégré de micro-organismes, de métabolites, de bactériophages et d'interactions écologiques transféré lors de la FMT. Cette notion souligne que les effets thérapeutiques découlent de la structure et des relations au sein de la communauté, et non de ses seuls membres pris isolément. Ce terme est utilisé dans ce guide pour décrire la complexité fonctionnelle du matériel transplanté.
L'ensemble complet des micro-organismes (bactéries, archées, champignons, virus, phages) et de leur matériel génétique dans un environnement défini. Dans l'usage clinique, « microbiome intestinal » et « microbiote intestinal » sont souvent employés indifféremment, même si, techniquement, le « microbiome » inclut les gènes tandis que le « microbiote » désigne les organismes. Il décrit non seulement quels organismes sont présents, mais aussi ce qu'ils font et comment ils influencent les processus physiologiques. Dans ce guide, restaurer le microbiome signifie restaurer ces processus fonctionnels plutôt que des espèces individuelles.
La communauté de micro-organismes (bactéries, archées, champignons, virus) qui habite un environnement donné. Le microbiote intestinal humain contient environ 10¹³ micro-organismes représentant des milliers d'espèces. Dans ce guide, le microbiote est traité comme une communauté fonctionnelle directement modifiée par la FMT, fonctionnant comme un réseau qui assure la transformation des nutriments, la production de métabolites et l'interaction immunitaire.
Le cadre thérapeutique plus large dans lequel la FMT est associée à des interventions ciblées portant sur le mode de vie et l'environnement, notamment l'alimentation, le sommeil, la gestion du stress et d'autres facteurs qui influencent la survie et l'intégration microbiennes. C'est le terme utilisé dans ce guide pour désigner le modèle de traitement complet dans lequel s'inscrit la FMT.
Le revêtement protecteur de l'intestin qui sépare le microbiote de la circulation sanguine, comprenant le mucus, les cellules épithéliales et des composants immunitaires. Un microbiote plus sain soutient le maintien de cette barrière après la FMT.
L'absence d'amélioration significative après le traitement. Elle peut résulter de facteurs liés au donneur, au receveur, à l'écologie ou au protocole. Identifier une non-réponse est nécessaire pour décider si le traitement doit être modifié.
Une amélioration incomplète mais significative après le traitement. Elle suggère qu'un effet thérapeutique s'est produit, sans résolution complète. Reconnaître une réponse partielle aide à orienter les décisions cliniques ultérieures.
L'étape du protocole précédant le traitement, comprenant la préparation, l'évaluation de la compatibilité et l'évaluation initiale. Elle définit les conditions dans lesquelles le traitement débutera.
La phase d'induction du traitement, au cours de laquelle le microbiote est introduit à doses plus élevées pour amorcer le changement écologique et commencer la restauration des fonctions clés.
La phase de consolidation, au cours de laquelle des doses répétées ou continues soutiennent l'intégration microbienne et la stabilisation des changements écologiques.
La phase de réduction progressive ou d'entretien, au cours de laquelle l'intensité de l'intervention est réduite tout en maintenant la stabilité écologique et en soutenant la persistance à long terme du microbiote restauré.
Un acide gras à chaîne courte produit par les microbes intestinaux et absorbé dans la circulation sanguine. Il est principalement métabolisé dans le foie, où il contribue à la régulation du glucose et à la fonction métabolique systémique. Les variations des taux de propionate reflètent les changements de l'activité microbienne après une FMT.
La personne qui reçoit la FMT. Son microbiote existant, son système immunitaire et son état physiologique influencent le comportement de la communauté transplantée. Les résultats du traitement dépendent de l'interaction entre les facteurs liés au donneur et ceux liés au receveur.
Une période pendant laquelle les symptômes sont réduits ou absents. Elle traduit une amélioration clinique, sans nécessairement signifier la résolution complète des causes sous-jacentes. Une rémission durable est l'un des principaux objectifs du traitement par FMT.
La capacité du microbiote à se rétablir après une perturbation. Un écosystème résilient peut revenir à un état fonctionnel après un stress tel qu'une exposition aux antibiotiques ou une maladie. La FMT vise à améliorer cette capacité.
Une forme d'amidon fermentescible mais lentement digestible qui, à l'état cru, se comporte davantage comme une fibre insoluble. Il agit comme un prébiotique et est associé à des changements plus larges du microbiote à l'échelle de l'écosystème.
Une amélioration mesurable après le traitement, évaluée par les symptômes, des marqueurs cliniques ou des changements fonctionnels. L'évaluation de la réponse guide les décisions quant au bon fonctionnement du protocole.
Métabolites produits par la fermentation microbienne des fibres alimentaires, principalement le butyrate, le propionate et l'acétate. Les SCFA sont la principale source d'énergie des colonocytes, modulent la fonction immunitaire muqueuse et régulent l'intégrité de la barrière intestinale. Ce sont des marqueurs clés d'un microbiote fonctionnellement actif.
La profondeur, la durée et la régularité du sommeil. Un mauvais sommeil peut affecter des voies hormonales et immunitaires qui influencent le microbiote. Des habitudes de sommeil régulières peuvent favoriser la stabilité microbienne après le traitement.
Phase 3 du protocole de traitement : la réduction progressive de l'intensité de l'intervention après stabilisation. Son but est de préserver les bénéfices thérapeutiques tout en laissant le système microbien fonctionner de façon plus autonome.
La réaction physiologique du corps à un stress psychologique ou physique, impliquant des changements hormonaux susceptibles de modifier la motilité intestinale, l'activité immunitaire et la composition microbienne. Un stress chronique peut contrarier la stabilité des résultats de la FMT.
Un donneur dont les préparations de FMT produisent systématiquement des taux d'implantation plus élevés et de meilleurs résultats cliniques chez de multiples receveurs. Ce concept reflète la variabilité observée de l'efficacité des donneurs, mais ne correspond pas à une définition clinique standardisée.
Les expériences subjectives rapportées par le patient, telles que douleur, ballonnements, fatigue ou modifications du transit. Elles reflètent la façon dont le corps répond à des processus biologiques sous-jacents. Un suivi attentif des symptômes est essentiel pour surveiller la réponse à la FMT.
Complexes protéiques (comprenant la claudine, l'occludine et ZO-1) qui scellent les espaces entre les cellules épithéliales intestinales. Leur intégrité est essentielle pour empêcher le passage paracellulaire de bactéries et de toxines. La perturbation des jonctions serrées associée à la dysbiose contribue à la perméabilité épithéliale.
La capacité d'un patient à suivre un traitement sans effets indésirables notables. Elle varie selon les individus et les protocoles. Une bonne tolérance favorise l'observance et la poursuite du traitement.
L'enregistrement systématique des symptômes, des comportements ou des observations cliniques dans le temps. Il aide à révéler des schémas invisibles dans des observations isolées. Un bon suivi améliore la qualité de la décision clinique.
Un schéma d'évolution observé dans le temps. Il aide à distinguer des fluctuations passagères d'une amélioration ou d'une détérioration significative. Les tendances sont plus informatives que des observations isolées pour évaluer la réponse au traitement.
Un acide aminé essentiel qui sert de précurseur à la sérotonine (produite à 95 % dans l'intestin), aux métabolites de la voie de la kynurénine[G] et aux composés indoliques[G]. Les bactéries intestinales régulent la disponibilité du tryptophane et son orientation métabolique. La FMT peut influencer l'humeur, la motilité et le tonus immunitaire en partie par la restauration du métabolisme du tryptophane.
Les fluctuations des symptômes ou des mesures dans le temps. Une certaine variabilité est attendue, mais des changements excessifs ou irréguliers peuvent indiquer une instabilité. Comprendre la variabilité aide à interpréter plus précisément l'évolution du patient.
Un récepteur nucléaire exprimé dans les cellules épithéliales intestinales, les cellules immunitaires et d'autres tissus. Il régule la tolérance immunitaire, la fonction de barrière épithéliale et la composition microbienne. Son activation dépend en partie des acides biliaires secondaires issus du microbiote.
Des symptômes pouvant indiquer une évolution grave ou potentiellement dangereuse, nécessitant une attention rapide et parfois un avis médical urgent. La reconnaissance claire des signes d'alerte est un élément clé de la sécurité du traitement par FMT.
Une période pendant laquelle aucun traitement n'est administré, afin que les effets antérieurs puissent s'estomper. Elle sert à séparer des expositions thérapeutiques ou à observer les conditions initiales. Dans le test de compatibilité, la période de sevrage aide à isoler la réponse à un donneur donné.
Une protéine qui module la perméabilité des jonctions serrées de l'épithélium intestinal. Des taux élevés de zonuline sont associés à une perméabilité intestinale accrue. C'est l'un des indicateurs mesurables du dysfonctionnement de la barrière.