4. Perfilado cuantitativo del microbioma y Dynamap – Hacia los valores absolutos

Las proporciones relativas pueden inducir a error; el perfilado cuantitativo y Dynamap miden recuentos celulares absolutos, un avance real, aunque siguen sin resolver la cuestión de la interpretación.

Una debilidad compartida por los análisis convencionales de 16S y shotgun es que producen datos composicionales relativos [18], [23]. Si todos los taxones bacterianos disminuyen por igual (por ejemplo, bajo tratamiento antibiótico), las proporciones relativas permanecen sin cambios, mientras que la biomasa bacteriana total se reduce a una fracción de su nivel anterior. Este sesgo composicional complica de raíz la interpretación clínica [18].

La respuesta metodológica a esto es el perfilado cuantitativo del microbioma (QMP): añadiendo estándares internos (p. ej., cantidades conocidas de ADN sintético como spike), los valores relativos pueden convertirse en recuentos celulares absolutos. Esto permite en principio distinguir el crecimiento y el descenso reales de los meros desplazamientos de proporciones [23].

El Dynamap —al que se hace referencia en la práctica clínica nacional— ofrece un enfoque basado en este principio [23], mediante la identificación completa de las moléculas de ADN. La tecnología es prometedora, pero la base de experiencia clínica sigue siendo limitada. El hecho de que aspire a examinar todo el contenido de ADN (y no solo la región de amplicón del 16S) reduce en principio algunos de los sesgos de la secuenciación de amplicones. La cuantificación absoluta es también un avance [23].

Aun así, las cuestiones interpretativas fundamentales —qué significa una composición dada para ese paciente concreto y qué debería hacer el médico al respecto— tampoco quedan resueltas de forma automática por esta tecnología [23]. El valor de una herramienta de medición más precisa lo determinan el contexto clínico y el marco de interpretación basado en la evidencia.

¿Qué significa esto para el paciente?

El perfilado cuantitativo del microbioma y la tecnología Dynamap representan un avance metodológico genuino respecto al análisis relativo convencional. En un paciente que ha recibido un ciclo de antibióticos, el análisis convencional de 16S podría mostrar que el microbioma se ha "mantenido estable", cuando el recuento bacteriano total ha caído a una fracción y solo las proporciones siguen siendo parecidas. La cuantificación absoluta sí puede captar esa diferencia [23].

Es importante, no obstante, ver con claridad que una medición más precisa no resuelve por sí sola todas las cuestiones de interpretación. El QMP muestra si un taxón ha aumentado o disminuido realmente, pero no dice si eso es bueno o malo, deseable o indeseable. Para ello hace falta conocer el contexto clínico del paciente concreto, sus síntomas, su perfil de exposoma y el objetivo del tratamiento [23].

En el caso del Dynamap hay que tener en cuenta además que la disponibilidad nacional y la base de experiencia clínica son hoy limitadas. La distancia entre un enfoque metodológico prometedor y una aplicabilidad clínica validada y disponible de forma rutinaria suele abarcar años, y esa distancia existe en este momento. La dirección de desarrollo de la tecnología es sólida, pero se necesitan expectativas realistas tanto por parte del médico como del paciente [23].

En conjunto: si hoy hubiera que elegir entre los tres métodos, el enfoque QMP/Dynamap es el que aporta más información en principio y el que conlleva menos sesgos composicionales [18], [23]. Sin embargo, las bases de datos de referencia validadas y los protocolos de interpretación necesarios para el apoyo a la decisión clínica siguen en desarrollo para los tres métodos.

Referencias

[18] Gloor GB, Macklaim JM, Pawlowsky-Glahn V, Egozcue JJ. Microbiome datasets are compositional: and this is not optional. Front Microbiol. 2017. Link

[23] Vandeputte D, Kathagen G, D'hoe K et al. Quantitative Microbiome Profiling Links Gut Community Variation to Microbial Load. Nature. 2017. Link