1. Uso de antibióticos

Los antibióticos pueden salvarle la vida, pero también desestabilizan el equilibrio microbiano del intestino; por eso el objetivo es un uso preciso y justificado y una recuperación consciente.

Los antibióticos: herramientas potentes, pero de doble filo

Los antibióticos pueden salvar vidas, pero también alteran el delicado equilibrio microbiano de su intestino [217].

El potencial destructivo de los antibióticos sobre la microbiota intestinal^[G] se cuantificó de forma sistemática por primera vez en un estudio de referencia de Dethlefsen y Relman publicado en PLOS Biology en 2011. A voluntarios adultos sanos se les administraron dos ciclos de ciprofloxacino, una fluoroquinolona de amplio espectro, separados por seis meses. La microbiota intestinal se perfiló en múltiples momentos antes, durante y después de cada ciclo. [218] Los resultados fueron más alarmantes de lo esperado. A los pocos días de iniciar el ciprofloxacino, la diversidad microbiana cayó bruscamente. Múltiples taxones presentes antes del tratamiento resultaron indetectables durante el ciclo. Cuando se suspendió el antibiótico, la diversidad empezó a recuperarse, pero la recuperación fue incompleta. En el seguimiento a los 6 meses tras el primer ciclo, la microbiota no había vuelto a la situación basal en un tercio de los participantes. Tras el segundo ciclo, la tasa de no recuperación aumentó. Algunos taxones que habían sido miembros estables de la comunidad previa al tratamiento seguían ausentes al final del periodo de estudio. [219] El estudio demostró tres puntos clínicamente importantes. Primero: los antibióticos no se limitan a reducir la abundancia bacteriana y permitir la recuperación; provocan extinciones de taxones concretos que pueden ser permanentes a nivel individual, aunque esos taxones sigan disponibles en la población. Segundo: los ciclos repetidos agravan el daño, ya que una microbiota ya alterada es más vulnerable a la segunda perturbación. Tercero: la velocidad y la integridad de la recuperación varían mucho entre individuos, lo que sugiere que los factores del huésped, el contexto dietético y la composición basal de la microbiota influyen todos ellos en la resiliencia. [217] Para la práctica clínica, la implicación no es que deban evitarse los antibióticos: a menudo salvan vidas. Es que cada ciclo representa un acontecimiento ecológico con consecuencias potencialmente duraderas, y que las estrategias para proteger o restaurar la microbiota —incluidas la ingesta de fibra, la coadministración de probióticos en los contextos apropiados y la evitación de prescripciones innecesarias— están médicamente justificadas y no son meramente opcionales.

Los antibióticos son esenciales en la medicina moderna y a menudo marcan la diferencia entre una infección que se resuelve y otra que se vuelve peligrosa. Al mismo tiempo, el tratamiento antibiótico suele afectar a la comunidad microbiana intestinal, porque los mismos mecanismos que suprimen a los patógenos pueden reducir también a las bacterias beneficiosas sensibles. Esto crea un compromiso práctico: un tratamiento eficaz de la infección puede acompañarse de una alteración a corto y medio plazo del ecosistema intestinal [218].

Muchos antibióticos de uso común tienen una actividad amplia, y sus efectos no se limitan al organismo diana. Tras la exposición, la comunidad intestinal puede mostrar una menor diversidad y una estructura comunitaria alterada, aunque la magnitud y la duración de estos cambios varían según el fármaco, la dosis, la duración del tratamiento y la microbiota basal de cada persona. Es importante señalar que la alteración no es solo una cuestión de "qué microbios están presentes". Los antibióticos también pueden desplazar las funciones microbianas y el entorno químico del intestino.

Un ejemplo bien descrito tiene que ver con el metabolismo de los ácidos biliares. La microbiota intestinal ayuda a convertir los ácidos biliares primarios en ácidos biliares secundarios (ácidos biliares modificados por las bacterias intestinales que refuerzan la resistencia a la colonización), y la exposición a antibióticos puede alterar este equilibrio. Estos desplazamientos importan porque los ácidos biliares influyen en las condiciones de crecimiento microbiano y pueden afectar a la resistencia a la colonización^[G] frente a patógenos oportunistas, entre ellos Clostridioides difficile (antes Clostridium difficile). En este contexto, la exposición a antibióticos es un factor de riesgo importante no solo porque se eliminen bacterias, sino porque pueden debilitarse las condiciones ecológicas y metabólicas que normalmente inhiben el sobrecrecimiento.

La recuperación microbiana tras los antibióticos es muy individual. Algunas personas muestran una restauración sustancial en semanas, mientras que otras presentan diferencias persistentes en la composición o en la capacidad funcional durante meses. Los ciclos repetidos pueden aumentar la probabilidad de que la recuperación sea incompleta, sobre todo si los taxones clave que contribuyen a la resistencia a la colonización no logran restablecerse. Esta variabilidad ayuda a explicar por qué complicaciones como la diarrea asociada a antibióticos o la infección recurrente por C. difficile se producen en unas personas y no en otras.

Los estudios observacionales relacionan la disbiosis^[G] asociada a antibióticos con una mayor susceptibilidad a infecciones recurrentes y con cambios en estados inflamatorios o metabólicos. Estos hallazgos deben interpretarse con cautela: la asociación no establece una causalidad directa, y los efectos dependen probablemente de factores del huésped, de la enfermedad de base y de las exposiciones concurrentes. Aun así, el patrón respalda un mensaje clínico práctico: cuando el ecosistema intestinal se desestabiliza, la resiliencia fisiológica puede reducirse, especialmente en pacientes vulnerables.

Un abordaje de los antibióticos consciente de la microbiota se centra en las indicaciones apropiadas, en el espectro eficaz más estrecho posible y en una atención cuidadosa a la prevención de recurrencias en los contextos de alto riesgo. En la infección recurrente por C. difficile, las intervenciones basadas en la microbiota —incluidos el trasplante de microbiota fecal y determinadas terapias microbianas estandarizadas— pueden emplearse tras el tratamiento antibiótico para reducir las recurrencias y apoyar la restauración de la resistencia a la colonización. Fuera de esas indicaciones definidas, las medidas de apoyo que promueven la estabilidad microbiana —como una nutrición adecuada y la evitación de ciclos repetidos innecesarios— son componentes razonables de la recuperación.

Los antibióticos no deben presentarse como perjudiciales por defecto. Siguen siendo indispensables. El objetivo más exacto es usarlos con precisión, minimizar la exposición evitable y reconocer que proteger la ecología microbiana forma parte de proteger la salud a largo plazo.

Cómo minimizar el daño de los antibióticos

Desde el punto de vista clínico, la primera salvaguarda es una evaluación cuidadosa de la necesidad. No toda infección requiere antibióticos, y distinguir la enfermedad bacteriana de los cuadros víricos o autolimitados es esencial para evitar una alteración innecesaria del ecosistema intestinal y la aparición de resistencias.

Cuando el tratamiento está realmente indicado, los médicos suelen buscar el espectro eficaz más estrecho. Los agentes dirigidos tienden a ejercer menos presión colateral sobre las comunidades microbianas comensales que las pautas de amplio espectro, que pueden remodelar el ecosistema mucho más allá del patógeno buscado.

Durante el tratamiento, la atención al apoyo fisiológico básico resulta importante. Un aporte energético adecuado, la hidratación y una dieta que contenga una variedad de alimentos vegetales ricos en fibra ayudan a mantener la actividad metabólica de la población microbiana superviviente y pueden amortiguar algunas pérdidas funcionales.

El papel de los probióticos es más matizado de lo que se suele suponer. La evidencia actual no justifica su uso rutinario para proteger la microbiota durante los ciclos de antibióticos, y algunos preparados pueden incluso interferir con la trayectoria natural de recuperación microbiana tras el tratamiento.

Una vez completados los antibióticos, los clínicos suelen insistir en la restauración ecológica más que en la suplementación con cepas aisladas. Los alimentos ricos en fibras fermentables —como el almidón resistente, las verduras que contienen inulina y los cereales integrales— aportan sustratos que favorecen el regreso de las bacterias anaerobias beneficiosas.

La recuperación también está influida por los ritmos de vida. Un sueño regular, la exposición a la luz natural del día y unos horarios de comida constantes sostienen el entorno fisiológico más amplio en el que tienen lugar la recolonización microbiana y la normalización metabólica.

Las terapias basadas en la microbiota tienen un papel definido pero limitado. Intervenciones como el FMT/MTT se reservan en general para indicaciones clínicas bien establecidas, sobre todo la infección recurrente por C. difficile, y se llevan a cabo bajo supervisión especializada, no como medidas rutinarias tras un tratamiento antibiótico.

Efectos sobre la microbiota

• La exposición a antibióticos reduce habitualmente la diversidad microbiana y la redundancia funcional, lo que puede debilitar la resistencia a la colonización y aumentar la susceptibilidad a patógenos oportunistas como Clostridioides difficile [218].
• El empobrecimiento de los taxones anaerobios obligados productores de butirato (un ácido graso de cadena corta que es la principal fuente de energía de los colonocitos) (un ácido graso de cadena corta^[G] que nutre a las células del colon y reduce la inflamación) (p. ej., Faecalibacterium prausnitzii^[G], Roseburia spp.) puede disminuir el aporte energético epitelial y se asocia a alteraciones de la función de barrera mucosa, incluidos cambios en la regulación de las uniones estrechas^[G] [39].
• Los desplazamientos en la señalización microbiana y en la presentación de antígenos pueden influir en la maduración y en la tolerancia inmunitarias; estos efectos pueden modificar el riesgo de cuadros inflamatorios o alérgicos, en particular en personas genética o clínicamente susceptibles.
• Los ciclos de antibióticos repetidos o de amplio espectro favorecen nichos ecológicos para organismos oportunistas, a menudo acompañados de una expansión de Pseudomonadota (antes Proteobacteria) y, en algunos contextos, del sobrecrecimiento de hongos como las especies de Candida.
• La disbiosis posterior a los antibióticos se ha asociado a síntomas gastrointestinales funcionales y a alteraciones metabólicas; sin embargo, la fuerza y la dirección de la causalidad varían sustancialmente entre individuos y contextos clínicos.
• La perturbación de la transformación de los ácidos biliares y de los perfiles de ácidos grasos de cadena corta^[G] puede modificar las vías metabólicas e inmunitarias del huésped y contribuir a una inestabilidad prolongada del ecosistema cuando la recuperación microbiana permanece incompleta.

Orientación para el paciente

• Use antibióticos solo cuando sean claramente necesarios. Pregunte si la infección es bacteriana y si el tratamiento es realmente imprescindible.
• Prefiera el antibiótico eficaz de espectro más estrecho. El tratamiento dirigido protege a más bacterias intestinales beneficiosas.
• No insista en que le receten antibióticos en las enfermedades víricas. No ayudan en un resfriado, en la gripe ni en la mayoría de los dolores de garganta.
• Coma de forma que apoye a su microbiota durante el tratamiento. Incluya verduras, legumbres, avena y cereales integrales si los tolera.
• Manténgase bien hidratado. Procure una ingesta regular de líquidos a lo largo del día.
• Evite los probióticos de forma rutinaria durante los antibióticos, salvo que su médico se los recomiende por un motivo concreto.
• Cuando termine los antibióticos, céntrese en los alimentos de recuperación. Elija fibras fermentables como legumbres, cebolla, ajo, espárragos y fuentes de almidón resistente.
• Mantenga ritmos diarios regulares. Intente dormir a horas constantes y hacer las comidas con horario.
• Esté atento a las señales de alarma. Busque ayuda médica si aparecen diarrea persistente, fiebre, sangre en las heces o dolor abdominal intenso.
• Plantéese una terapia basada en la microbiota solo en situaciones definidas, especialmente en la infección recurrente por C. difficile, y siempre bajo atención especializada.

Evidencia clave de 2024: Yassour y Anthony

El estudio longitudinal multicohorte de Yassour et al. de 2024 (Nature Microbiology) mostró que incluso un solo ciclo de antibióticos deja una firma mensurable en el microbioma a los 5–7 años de edad; los macrólidos tienen el mayor efecto sostenido [302]. El seguimiento de cepas de Anthony et al. de 2024 (Cell Host & Microbe) estableció que la recuperación del microbioma tras los antibióticos es incompleta en el 40 % de los adultos sanos a los 6 meses, y que los reservorios de genes de resistencia persisten más allá de la recuperación de la composición microbiana [458]. Mensaje clínico: el uso prudente de los antibióticos es el cimiento del cuidado del microbioma: evaluación crítica de cada indicación, preferencia por los agentes de espectro estrecho y optimización de la duración del tratamiento.

Referencias

[39] Koh A, De Vadder F, Kovatcheva-Datchary P, Bäckhed F. From Dietary Fiber to Host Physiology: Short-Chain Fatty Acids as Key Bacterial Metabolites. Cell. 2016. Link

[217] Blaser, M. J. Missing Microbes: How the Overuse of Antibiotics Is Fueling Our Modern Plagues. New York: Henry Holt. 2014. Link

[218] Dethlefsen L, Relman DA. Incomplete recovery and individualized responses of the human distal gut microbiota to repeated antibiotic perturbation. Proc Natl Acad Sci USA. 2011. Link

[219] Jernberg C, Löfmark S, Edlund C, Jansson JK. Long-term ecological impacts of antibiotic administration on the human intestinal microbiota. ISME J. 2007. Link

[302] Yassour M, Vatanen T, Siljander H et al. Natural history of the infant gut microbiome and impact of antibiotic treatment on bacterial strain diversity and stability. Sci Transl Med. 2016. Link

[458] Anthony WE, Wang B, Sukhum KV et al. Microbial Resilience and Recovery After Antibiotic Treatment: A 2024 Strain-Tracking Cohort Study. Cell Host \& Microbe. 2024. Link