5. La metabolómica como diagnóstico complementario – Más cerca de la función

La metabolómica no mide quién está presente en el intestino, sino qué produce: capta la función de forma directa, y no solo la composición del microbioma.

¿Qué es la metabolómica y por qué se diferencia de la secuenciación?

Los análisis de 16S y de shotgun miden la composición del microbioma: quién está presente en el intestino. La metabolómica, en cambio, mide la función del microbioma: los productos metabólicos generados por los microbios (y, en menor medida, por el huésped). Los ácidos grasos de cadena corta (butirato, propionato, acetato), los metabolitos de los ácidos biliares, los productos de degradación del triptófano, las poliaminas, los indoles: estas son las moléculas que realmente "hacen" algo en el cuerpo, nutren la pared intestinal, modulan el sistema inmunitario, influyen en la función cerebral y determinan el estado inflamatorio [24].

Esta diferencia de fondo es clínicamente decisiva: la composición del microbioma por sí sola no confirma que una función determinada esté teniendo lugar. La presencia de una bacteria productora de butirato no garantiza que se esté produciendo butirato suficiente; para ello hacen falta el sustrato adecuado (fibra), un pH adecuado, un entorno competitivo adecuado y una expresión génica activa. La metabolómica, en cambio, mide directamente el producto final: no solo si la "fábrica" está ahí, sino si está produciendo [25].

¿Cómo se realiza el análisis metabolómico?

Las plataformas de metabolómica clínica más habituales emplean espectrometría de masas (MS) y espectroscopia de resonancia magnética nuclear (NMR) [25], normalmente a partir de heces, suero u orina. El análisis puede medir simultáneamente de cientos a miles de metabolitos, que después se agrupan e interpretan con herramientas bioinformáticas. La metabolómica no dirigida registra todas las moléculas detectables; el enfoque dirigido se centra en un panel de metabolitos definido de antemano.

Las ventajas del método son reales: aporta información funcional directa, no requiere amplificación del ADN (de modo que no le afectan los sesgos de la secuenciación de amplicones) y se apoya en plataformas de MS ya utilizadas de forma rutinaria en los laboratorios clínicos. La metabolómica basada en NMR es especialmente reproducible y comparable entre laboratorios, ya que el principio físico de medida depende menos de los kits de reactivos [25].

Limitaciones y retos de interpretación

• No es específica del microbioma: algunos de los metabolitos medidos en heces y en suero proceden también del propio metabolismo del huésped, de la alimentación y de los medicamentos. Distinguir el "origen microbiano" no siempre es posible [25].
• Instantánea en el tiempo: los niveles de metabolitos cambian con rapidez; comer, la actividad física y el estrés pueden influir en los resultados en cuestión de horas. Una medición aislada ofrece una instantánea, no una característica estable [26].
• Bases de datos incompletas: la función biológica de una proporción significativa de los metabolitos detectados sigue siendo desconocida. La proporción de "picos desconocidos" en los análisis no dirigidos oscila entre el 30–60 %, y sobre ellos hoy no podemos decir nada [25].
• Sin intervalos clínicos de referencia validados: igual que ocurre con la secuenciación, la metabolómica carece de una referencia calibrada al individuo, a su alimentación, su edad y su estado de salud. Definir un nivel "normal" de butirato depende tanto del contexto como definir una composición "normal" del microbioma [26].
• Interpolación e inferencias basadas en modelos: las reconstrucciones de rutas funcionales (p. ej., estimar las rutas metabólicas microbianas a partir de datos de metabolitos) también contienen interpolación algorítmica: los puntos de medida que faltan los "rellena" el modelo a partir de relaciones bioquímicas conocidas [25], [24].

Relación con el FMT y aplicabilidad clínica

En el FMT, la metabolómica es una herramienta complementaria especialmente prometedora. El éxito del trasplante no lo señala solo la aparición de las cepas del donante, sino la restauración del perfil funcional de metabolitos: butirato fecal en ascenso, metabolitos de ácidos biliares que se normalizan, indicadores inflamatorios que descienden. En algunos protocolos de investigación ya se han medido, y se ha visto que la "normalización" metabolómica (p. ej., de los SCFA) suele acompañar de cerca a la mejoría clínica y, en algunos casos, aporta una señal complementaria más informativa que los cambios de composición taxonómica [25], [26], [28].

En la rutina clínica, sin embargo, la metabolómica todavía no ha llegado a donde está la secuenciación [25], [24], es decir, ampliamente disponible en el mercado pero limitada en el apoyo a la decisión clínica. Las razones son, en parte, el coste más alto y la falta de estandarización de las plataformas y, en parte, el escaso desarrollo del marco de interpretación. La dirección del desarrollo apunta con claridad hacia la aplicación combinada, multiómica, de la metabolómica y la secuenciación del microbioma, donde la composición y la función se hacen visibles a la vez.

Referencias

[24] Sonnenburg JL, Bäckhed F. Diet–microbiota interactions as moderators of human metabolism. Nature. 2016. Link

[25] Zierer J, Jackson MA, Kastenmüller G et al. The fecal metabolome as a functional readout of the gut microbiome. Nat Genet. 2018. Link

[26] Dahl WJ, Zhu H, Guan LL. Fecal metabolomics reveals diet-dependent microbiome changes. Curr Dev Nutr. 2020. Link

[28] Vétizou M, Pitt JM, Daillère R et al. Anticancer immunotherapy by CTLA-4 blockade relies on the gut microbiota. Science. 2015. Link